BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23640.1
Length=3407
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930399 jgi|Araly1|930399|scaffold_302856.1 4820 0.0
> Ahg930399 jgi|Araly1|930399|scaffold_302856.1
Length=3007
Score = 4820 bits (2610), Expect = 0.0
Identities = 2879/3007 (96%), Gaps = 25/3007 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 189 ACAAATCTTTACTTAGGATGACTTTAAGTGGGGATAGCTCGGAAACTGTAGAGATGACTT 248
||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | | | ||
Sbjct 4 ACAAATCTTTAGTTAGGATGACTGTAAGTGGAGATAGCTCGGAAAC--T---G-T---TT 54
Query 249 CAACTGATATGATTTTCGAGCCGATTTTGGAGCATGGAGTTTTCCGGTTTGATTGTTCTG 308
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 55 CAACCGATATGATTTTCGAGCCGATTTTGGAGCACGGAGTTTTCCGGTTTGACTCTTCTG 114
Query 309 TTGACCATAGGAAGGCTGCT-TTTCCTAGTGTTTCATTTAAGAACAGCAAAGACCGGGAA 367
| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 TGGACCATAGGAAGGCTG-TATTTCCTAGTGTTTCATTTAAGAACAGCAAAGACCGGGAA 173
Query 368 GTTCCTATTGTGAGTCACATTGTTCCAGCATATATTCCTACTTGTGGTTGTCTTCAGGAC 427
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 174 GTTCCAATTGTGAGTCACAGTGTTCCAGCATATATTCCTACTTGTGTTTGTCTACAGGAC 233
Query 428 CAACAAGTTGTCACCTTTGAGTTTTCTCCTGGTACATCGTTTTATGGGACGGGAGAAGTT 487
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 234 CAACAAGTTGTCACTTTTGAGTTTTCTCCTGGCACATCGTTTTATGGAACGGGAGAAGTT 293
Query 488 AGTGGTCAGTTGGAGAGAACAGGCAAACGGGTTTTTACTTGGAACACTGATGCATGGGGA 547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 AGTGGTCAGTTGGAGAGAACAGGCAAACGGGTTTTTACTTGGAACACTGATGCATGGGGA 353
Query 548 TATGGTTCTGGAACCACTTCGTTATACCAGTCACATCCTTGGGTACTAGTTGTCCTTCCA 607
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TATGGCTCTGGAACCACTTCGTTATACCAGTCACATCCTTGGGTACTAGTTGTCCTTCCA 413
Query 608 ACTGGAGAAACACTAGGGGTTCTTGCTGATACAACACGAAAGTGTGAGATTGATCTACGG 667
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 414 ACCGGAGAAACACTAGGGGTTCTTGCTGATACAACACGAAAGTGTGAGATTGATCTAAGG 473
Query 668 AAAGAGGGAATCATAAGAATTATCTCCCCAGCATCATATCCAATAATCACATTTGGTCCA 727
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 474 AAAGAGGGAATCATAAGAATTATCTCCCCAACATCATATCCAATAATCACATTTGGCCCA 533
Query 728 TTCTCCTCGCCTACTGCTGTCTTGGAGTCCCTCTCGCACGCCATTGGAACTGTGTTTATG 787
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 534 TTCTCCTCACCCACTGCTGTCTTGGAGTCCCTGTCGCACGCCATTGGAACTGTTTTTATG 593
Query 788 CCTCCGAAGTGGGCCTTAGGCTACCACCAATGCCGTTGGAGTTATATGTCTGACAAGCGA 847
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 CCACCAAAGTGGGCCTTAGGCTACCACCAATGCCGTTGGAGTTATATGTCTGACAAGCGA 653
Query 848 GTAGCCGAGATCGCTCAAACATTTCGCGACAAGAAAATTCCTTCTGACGTGATATGGATG 907
||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 GTAGCTGAGATTGCTCAAACATTTCGTGACAAGAAAATTCCTTCTGACGTGATATGGATG 713
Query 908 GATATTGACTACATGGATGGTTTCCGTTGTTTCACATTCGACAAGGAGCGTTTTCCGGAT 967
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 714 GATATTGACTACATGGATGGTTTTCGTTGTTTCACATTCGACAAGGAGCGTTTCCCGGAT 773
Query 968 CCAAGTGCTTTGGCCAAAGATCTCCATAGTAATGGTTTCAAAGCTATCTGGATGCTTGAC 1027
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 774 CCAAGTGCTTTGGCGAAAGATCTCCATAGCAATGGTTTCAAAGCGATCTGGATGCTTGAC 833
Query 1028 CCTGGAATAAAGCAGGAGGAAGGTTATTATGTCTACGATAGTGGGAGTAAAAATGATGTT 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 CCTGGAATAAAGCAGGAGGAAGGTTATTATGTCTATGATAGTGGGAGTAAAAATGATGTT 893
Query 1088 TGGATTAGCCGAGCAGATGGGAAGCCATTTACTGGTGAAGTATGGCCTGGGCCTTGCGTT 1147
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TGGATTAGCCGAGCAGATGGGAAGCCATTTATTGGTGAAGTATGGCCTGGGCCTTGCGTT 953
Query 1148 TTCCCTGACTATACAAATTCCAAAGCACGCTCTTGGTGGGCTAATTTGGTTAAGGAATTT 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 TTCCCTGACTATACAAATTCCAAAGCACGCTCTTGGTGGGCTAATTTGGTTAAGGAATTT 1013
Query 1208 GTTTCAAATGGTGTTGATGGTATATGGAATGATATGAATGAGCCAGCTGTTTTCAAAGTC 1267
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 GTTTCAAATGGTGTTGATGGTATATGGAATGATATGAATGAGCCAGCTGTTTTCAAAGTC 1073
Query 1268 GTGACAAAGACGATGCCTGAGAACAATATTCACCATGGAGATGATGAGCTTGGAGGTGTT 1327
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1074 GTGACAAAGACGATGCCTGAGAACAATATTCACCGTGGAGATGACGACCTTGGAGGTGTT 1133
Query 1328 CAAAACCACTCACACTACCACAATGTCTATGGGATGCTGATGGCAAGATCAACTTACGAA 1387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1134 CAAAACCACTCACACTACCACAATGTCTATGGGATGCTGATGGCCAGATCAACTTATGAA 1193
Query 1388 GGGATGGAGCTAGCTGATAAGAATAAGCGACCTTTTGTATTGACAAGGGCTGGATTCATA 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1194 GGGATGGAGCTAGCTGATAAGAATAAGCGACCTTTTGTATTGACAAGAGCTGGATTCATA 1253
Query 1448 GGTAGCCAGAGATATGCTGCGACTTGGACAGGAGATAACCTTTCAAACTGGGAGCATCTA 1507
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 GGTAGCCAGAGATATGCTGCGACTTGGACTGGAGATAACCTTTCAAACTGGGAGCATCTA 1313
Query 1508 CATATGTCTATATCCATGGTCCTTCAGCTGGGGCTTAGTGGTCAGCCCTTATCAGGGCCA 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 CATATGTCTATATCCATGGTCCTTCAGCTGGGGCTTAGTGGTCAGCCCTTATCAGGGCCA 1373
Query 1568 GATATCGGTGGCTTTGCTGGCAATGCAACTCCGCGGCTATTTGGACGTTGGATGGGTGTT 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 GATATCGGTGGCTTTGCTGGCAATGCAACTCCGCGGCTATTTGGACGTTGGATGGGTGTT 1433
Query 1628 GGAGCTATGTTTCCATTCTGTCGTGGCCATTCCGAGGCTGGCACTGATGACCATGAACCA 1687
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 GGAGCTATGTTTCCATTCTGTCGTGGTCATTCTGAGGCTGGCACTGATGACCATGAACCA 1493
Query 1688 TGGTCCTTT-GGAGAAGAGTGTGAGGAAGTCTGTCGTGCCGCATTGAAGAGGCGTTACCA 1746
||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 TGGTC-TTTCGGAGAAGAGTGCGAGGAAGTCTGTCGTGCCGCATTGAAGAGGCGTTACCA 1552
Query 1747 ACTCCTACCACATTTTTACACCTTGTTTTACATAGCCCATACAACTGGTGCTCCAGTTGC 1806
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 ACTTCTACCACATTTTTACACCTTGTTTTACATAGCCCATACAACTGGTGCTCCAGTTGC 1612
Query 1807 AGCTCCAATCTTTTTCGCTGATCC-AATAGATTCCCGGCTAAG-AGCTGTTGAAAATGGC 1864
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1613 AGCTCCAATCTTTTTCGCTGATCCTAA-AGATTCCCGGCTAAGGA-CTGTTGAAAATGGC 1670
Query 1865 TTTCTTTTGGG-CCCACTTCTTATATATGCAAGCACTTTGTCTAGTCAGGGATCACATGA 1923
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 TTTCTTTTGGGTCCC-CTTCTTATATATGCAAGCACTTTGTCTAGTCAGGGATCACATGA 1729
Query 1924 GCTGCAGCACATATTACCGAGAGGAATTTGGCAT-AGGTTTGATTTTGCAGATTCACATC 1982
||||||||||||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1730 GCTGCAGCACATATTGCCCAGAGGAATTTGGC-TCAGGTTTGATTTTGAAGATTCACATC 1788
Query 1983 CGGATTTACCAACTTTATATTTACAAGGGGGATCCATCATATCATTGGCTCCTCCACATC 2042
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 CGGATTTACCAACATTATATTTACAAGGTGGATCCATCATATCATTGGCTCCTCCACATC 1848
Query 2043 TGCATGTTGGGGAGTTTAGTCTGTCAGATGACTTGACCCTACTTGTGTCATTAGATGAAA 2102
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TGCATGTTGGGGAATTTAGTCTGTCAGATGACTTGACCCTACTTGTGTCATTAGATGAAA 1908
Query 2103 ATGGGAAAGCTAAAGGACTCTTGTTCGAAGATGATGGAGATGGATATGGCTACACTAAAG 2162
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1909 ATGGGAAAGCTAAAGGACTCTTGTTCGAGGATGATGGAGATGGATATGGCTACGCTAACG 1968
Query 2163 GAAGATTTCTAGTTACACACTACATTGCTGAGCGGGATTCTTCCACTGTCACCGTCAAGG 2222
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1969 GCAGATTTCTAGTTACACACTACATTGCTGAGCGGCATTCTTCCACTGTCACTGTCAAGG 2028
Query 2223 TTTCAAAAACTGAAGGAGACTGGCAGAGGCCAAACCGCCGTGTTCATGTCCAATTATTAC 2282
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2029 TTTCAAAAACTGAAGGAGACTGGCAGAGGCCGAAGCGCCGTATTCATGTCCAGTTATTAC 2088
Query 2283 TAGGAGGCGGTGCAATGCTTGATGCTTGGGGAATGGATGGAGAGTTTATCCACATTAAGG 2342
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2089 TAGGAGGCGGTGCAACGCTTGATGCTTGGGGAATGGATGGAGAGATTATCGACATTAAGG 2148
Query 2343 TGCCTTCAGAAAGTGGAA-TTTCAGAGTTAATATCCACAAGCAATGAGCGCTTTAAACTT 2401
||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 TGCCTTCAGAAAGTG-AAGTTTCTGAGTTAATATCCACAAGCAATGAGCGCTTTAAACTT 2207
Query 2402 CATATGGAAAATACAAAACTGATACCTGAGAAGGAAGTGGTACCTGGACAAAAGGGAATG 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2208 CATATGGAAAATACAAAACTGATACCTGAGAAGGAAGTGCTACCTGGACAAAAGGGAATG 2267
Query 2462 GAACTTTCAAAGGAGCCAGTTGAGTTAAGCAGTGGTGATTGGAAACTTAATATAGTTCCC 2521
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2268 GAACTTTCAAAGGAGCCAGTTGAGTTAAACAGTGGCGATTGGAAACTTAATATAGTTCCC 2327
Query 2522 TGGGTTGGTGGAAGGATATTGTCTATGACACATGTTCCCTCAGGAATTCAATGGCTTCAT 2581
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2328 TGGATTGGTGGAAGGATATTGTCTATGACACATGTTCCCTCAGGAATTCAATGGCTTCAT 2387
Query 2582 AGCAGGATAGATATCAATGGTTATGAGGAGTATAGTGGTACTGAGTACCGGTCAGCTGGA 2641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2388 AGCAGGATAGATATCAATGGTTATGAGGAGTATAGTGGTACTGAGTACCGGTCAGCTGGA 2447
Query 2642 TGTACTGAGGAATACAATGTCATTGAGAGGGATTTGGAGCATGCAGGAGAAGAAGAATCT 2701
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2448 TGTACTGAGGAATATAATGTCATTGAGAGGGATTTGGAGCATGCAGGAGAGGAGGAATCT 2507
Query 2702 CTGATCCTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTGGTTCTTCGGCGTAAAATAAGTATAGCT 2761
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2508 CTGATCCTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTGGTTCTTCGGCGTAAAATAAGTATACCT 2567
Query 2762 AAAGACAATCAACGAGTTTTCCGGATTGCCTCTAGCATTGAAGCCCGTAGTGTTGGTGCT 2821
|||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2568 AAAGACAATCCTCGAGTTTTTCAGATTGCCTCTAGCATTGAAGCCCGTAGTGTTGGTGCT 2627
Query 2822 GGTTCTGGTGGATTTTCAAGGCTGGTATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCACTCTTTTG 2881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2628 GGTTCTGGTGGATTTTCAAGGCTGGTATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCACTCTTTTG 2687
Query 2882 CATCCGACTGAATCGTTTGTCTCTTTCACGTCGATTGATGGTTCAAAGCATGAAGTTTGG 2941
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2688 CATCCAACTGAATCGTTTGTCTCATTCACGTCGATTGATGGTTCAAAGCATGAAGTTTGG 2747
Query 2942 CCAGATTCTGGAGACCAAATATATGAAGGGAACAACCTTCCACATGG-GAAATGGATGTT 3000
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |
Sbjct 2748 CCAGATTCTGGAGAGCAATTATATGAAGGGAACAACCTACCACATGGTGAA-TGGATGCT 2806
Query 3001 GGTGGACAAGAGCCTCAATCTTCGGATGGTAAACAGGTTCGATGTTAGTCAGGTCTTCAA 3060
||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2807 GGTGGACAAGAGCCTCAATCTACGGCTATTAAACAAGTTCAATGTTAGTCAGGTCTTCAA 2866
Query 3061 ATGTATTATCCACTGGGACTGTGGAACTGTTAACTTAGAGCTATGGTCTAAAGAGCGGCC 3120
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| || ||
Sbjct 2867 ATGTATTGTCCACTGGGACTGTGGAACCGTTAACTTGGAGCTATGGTCTGAAGACCGACC 2926
Query 3121 TGTTTCCAAGGAATCTCCTCTGAAAATAGAGCATGAATATGAAGTCACAAGTTTCCCATA 3180
|||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2927 TGTTTCTAAAGAATCTCCTCTCAAAATAGAGCATGAATACGAAGTCGCAAGTTTCCCATA 2986
Query 3181 AATGTGT 3187
||| |||
Sbjct 2987 AATATGT 2993
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128634596740
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5