BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23750.1
Length=2952
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479890 jgi|Araly1|479890|fgenesh2_kg.3__2591__AT3G23750.1 4575 0.0
> Ahg479890 jgi|Araly1|479890|fgenesh2_kg.3__2591__AT3G23750.1
Length=2956
Score = 4575 bits (2477), Expect = 0.0
Identities = 2806/2965 (95%), Gaps = 22/2965 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGGCTCCT-ACGCCTCTCCTCCTTCTCGTCCTCCTCACAACCATAACCTTCTTCAC 59
||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAGGCT-CTAACGCCTCTCCTCCTTCTCTTCCTCCTCACAACCATAACCTTCTTCAC 59
Query 60 CACCTCCGTCGCTGATGACCAAACAGCAATGCTCGCTTTAGCTAAATCATTCAATCCTCC 119
||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 60 CACATCCGTCGCTGACGACGGAACAGCAATGCTCGCTTTAGCTAAATCATTTAATCCTCC 119
Query 120 GCCGTCAGATTGGT---CTTC--CA-CCACCGATTTCTGCAAATGGTCCGGCGTACGATG 173
|||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GCCGTCAGATTGGTCAACCACAACATCCACCGATTTCTGCAAATGGTCCGGCGTACGATG 179
Query 174 TACCGGCGGTCGTGTCACAACCATCAGCCTCGCTGATAAATCTCTCACCGGATTCATCGC 233
||||||||||||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TACCGGCGGTCGTGTTACTATAATCAGTCTCGCTGATAAATCTCTCACCGGATTCATCGC 239
Query 234 ACCTGAGATCTCGACTCTTTCAGAGCTCAAATCTGTTTCTATTCAACGTAACAAACTCTC 293
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ACCTGAGATCTCGACTCTCTCAGAGCTCAAATCTGTTTCTATTCAACGTAACAAACTCTC 299
Query 294 CGGTACAATCCCTTCGTTTGCTAAACTCTCGTCTCTTCAAGAGATCTATATGGATGAGAA 353
|||| |||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 TGGTAAAATCCCTTCGTTTGCTAAGCTTTCTTCTCTTCAAGAGATCTATATGGATGATAA 359
Query 354 TAAT-TTCGTCGGAGTTGAAACCGGAGCTTTCGCCGGACTTACTAGTCTCCAGATCTTGA 412
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 360 T-TTCTTCGTCGGAGTTGAAACCGGAGCTTTCGCCGGACTTACTAGTCTTCAGATCTTGA 418
Query 413 GTTTAAGCGATAACAACAACATTACTACTTGGAGTTTCCCATCGGAGCTCGTCGATTCGA 472
||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| || |||||||| || |||||||
Sbjct 419 GTTTAAGCGATAATAAGAACATTACTGCTTGGAGTTTTCCTTCGGAGCTTGTTGATTCGA 478
Query 473 CTTCTCTCACTACGATTTATCTCGATAACACAAACATCGCCGGAGTTTTGCCTGACATTT 532
|||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTTCTCTCACTAAGATTTATCTCGATAACACCAATATCGTCGGAGTTTTGCCTGACATTT 538
Query 533 TCGATTCCTTAGCTTCTCTTCAAAATCTCCGGTTATCTTACAACAACATCACCGGCGTTT 592
||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 539 TCGATTCATTCGCTTCTCTGCAAGATCTCCGGTTATCTTACAACAACATCACCGGAGTTT 598
Query 593 TACCACCGTCGCTTG-GAAAATCTTCGATTCAGAATCTTTGGATCAACAATCAAGACCTA 651
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 599 TACCACCGTCGCTTGCG-AAATCTTCGATTCAGAATCTTTGGATCAACAATCAAGAATTA 657
Query 652 GGAATGTCAGGAACGATCGAAGTTCTT-TCGAGTATGACGTCCTTGTCACAAGCTTGGCT 710
|||||||||||||||||||||| | || || ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 658 GGAATGTCAGGAACGATCGAAG-TGTTATCTAGTATGACGTCGTTGTCACAAGCTTGGCT 716
Query 711 TCACAAGAATCACTTCTTTGGACCGATTCCAGATCTCTCCAAGAGCGAGAATCTCTTCGA 770
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TCACAAGAATCAGTTCTTTGGACCGATTCCAGATCTCTCCAAGAGCGAGAATCTCTTCGA 776
Query 771 TCTACAGCTCCGGGATAATGATTTAACCGGAATAGTACCTCCGACGCTTCTTACACTCGC 830
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 777 TCTACAGCTCCGGGATAATCAGTTAACCGGAATAGTACCTCCGACGCTTCTTTCACTTGG 836
Query 831 TAGCTTGAAGAATATTTCTCTAGATAACAATAAATTTCAAGGACCTCTTCCTTTGTTTTC 890
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 837 AAGTTTGAAGAACATTTCTCTGGATAACAATAAATTTCAAGGTCCTCTTCCTTTGTTTTC 896
Query 891 ACCGGAGGTTAAAGTAACAATAGACCACAACGTTTTTTGTACTACTAAAGCTGGACAAAG 950
| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 ATCAGAGGTTAAAGTAACAATCGACCACAACGATTTCTGTACTACTAAAGCTGGACAAAC 956
Query 951 CTGTAGTCCTCAGGTGATGACGCTTTTAGCGGTGGCTGGAGGTTTGGGATATCCTTCAAT 1010
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 957 CTGTAGTCCTCAGGTGATGACGCTTTTAGCGGTGGCCGGAGGTTTGGGATATCCATCAAT 1016
Query 1011 GTTGGCTGAGTCTTGGCAAGGTGATGATGCTTGTAGTGGTTGGGCTTATGTTAGTTGTGA 1070
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1017 GTTGGCTGAGTCTTGGCAAGGTGATGATGCTTGTAGTCGTTGGGCTTATGTTATTTGTGA 1076
Query 1071 TTCAGCTGGGAAGAATGTTGTCACGTTGAATCTTGGGAAACATGGATTCACCGGGTTTAT 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1077 TTCAGCTGGGAAGAATGTTGTCACGTTGAATCTTGGGAAACATGGATTCGCCGGATTTAT 1136
Query 1131 ATCTCCGGCGATTGCGAATCTTACTTCATTGAAGAGTCTTTATCTTAATGGTAACGATTT 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||
Sbjct 1137 ATCTCCGGCGATTGCGAATCTTACTTCATTGAAGAGTATTTACCTTAATGACAACAATTT 1196
Query 1191 GACTGGTGTTATTCCTAAGGAGTTGACATTTATGACTAGTTTGCAGTTAATTGATGTCTC 1250
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1197 GACTGGTGTTATCCCTAAGGAGTTGACATTTATGACTAGTTTGCAGTTGATTGATGTCTC 1256
Query 1251 GAATAACAATCTTAGAGGGGAGATACCTAAGTTTCCGGCTACGGTGAAGTTTAGTTACAA 1310
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||||||
Sbjct 1257 GAATAACAATCTTAGAGGGGAGATACCGAAGTTTCCGGCTGCGGTTAAGTTTAATTACAA 1316
Query 1311 ACCGGGGAATGCTTTGTTGGGAACTAATGGTGGAGATGGTTCGAGTCCTGGAACtggtgg 1370
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1317 ACCGGGGAACGCGTTGTTGGGAACTAATGGTGGAGATGGTTCAACACCTGGAACTGGTGG 1376
Query 1371 tgctagtggtggtcctggtgggtcttctggtggtggtggtagtaaggttggtgtgattgt 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1377 TGCTAGTGGTGGTCCTGGTGGGTCTTCTGGTGGTGGTGGTAGTAAGGTTGGTGTGATCGT 1436
Query 1431 tggtgtgattgtggcggtTTTAGTGTTTCTTGCCATTTTAGGATTTGTGGTTTATAAATT 1490
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1437 TGGTGTGATTGTGGCGGTTTTAGTTTTTCTTGCCATTTTAGGATTTGTGGTTTACAAATT 1496
Query 1491 TGTTATGAAGAGGAAGTATGGGAGGTTTAATAGGACGGATCCTGAGAAGGTTGGGAAGAT 1550
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1497 TGTTATGAAAAGGAAGTATGGGAGGTTTAATAGGACGGATCCTGAGAAGGCTGGGAAGAT 1556
Query 1551 TTTGGTTAGTGATGCTGTATCTAATGGTGGTAGTGGTAATGGTGGATATGCTAATGGGCA 1610
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1557 TTTGGTTAGTGATGCTGTGTCTAATGGTGGAAGTGGTGGTGGTGGATATGCTAATGGACA 1616
Query 1611 TGGAGCTAATAACTTCAATGCTTTGAATAGTCCTAGTAGTGGTGACAATAGTGATCGTTT 1670
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TGGAGCTAATAACTTCAATGCGTTGAACAGTCCTAGTAGTGGTGACAATAGTGATCGTTT 1676
Query 1671 CCTTCTTGAAGGTGGAAGTGTTACCATTCCAATGGAGGTTCTTCGCCAGGTTACAAATAA 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1677 CCTTCTTGAAGGTGGAAGTGTTACCATTCCAATGGAGGTTCTTCGTCAGGTTACGAATAA 1736
Query 1731 TTTCAGTGAGGATAACATATTGGGCAGAGGGGGTTTCGGTGTCGTGTATGCTGGAGAATT 1790
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1737 TTTCAGTGAGGATAACATATTGGGCAGAGGCGGTTTTGGTGTTGTGTATGCTGGAGAATT 1796
Query 1791 ACACGATGGAACAAAGACTGCTGTTAAGAGGATGGAATGTGCAGCAATGGGTAATAAAGG 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 ACACGATGGAACAAAGACTGCTGTTAAGAGGATGGAATGTGCAGCAATGGGTAATAAAGG 1856
Query 1851 AATGAGCGAGTTTCAGGCTGAGATAGCGGTACTTACTAAGGTCAGGCATAGACATTTGGT 1910
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 AATGAGCGAGTTTCAGGCCGAGATAGCGGTGCTCACTAAGGTCAGGCATAGACATTTGGT 1916
Query 1911 TGCTCTATTGGGTTACTGTGTGAACGGGAACGAGAGGTTGCTTGTCTATGAGTACATGCC 1970
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 CGCCCTATTGGGTTACTGTGTGAATGGGAACGAGAGGTTGCTTGTCTATGAGTACATGCC 1976
Query 1971 ACAGGGAAATCTTGGACAGCATTTGTTTGAGTGGAGTGAACTCGGTTACTCTCCTTTGAC 2030
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1977 ACAGGGAAATCTTGGACAGCATTTGTTTGAGTGGCGTGAACTCGGATACTCTCCTCTGAC 2036
Query 2031 ATGGAAACAGAGAGTGAGCATTGCTTTAGACGTGGCAAGAGGTGTGGAATATCTCCATAG 2090
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CTGGAAACAGAGAGTGAGCATTGCTTTAGACGTGGCAAGAGGTGTGGAATATCTCCATAG 2096
Query 2091 CTTGGCTCAACAAAGCTTCATCCACAGAGATTTAAAGCCCTCTAACATCCTTCTAGGAGA 2150
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2097 CTTGGCTCAGCAAAGCTTCATCCACAGAGATTTAAAGCCCTCTAATATCCTTCTAGGAGA 2156
Query 2151 TGACATGAGAGCCAAGGTTGCTGATTTTGGATTGGTCAAGAACGCACCTGATGGTAAATA 2210
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2157 TGACATGAGAGCCAAGGTTGCTGATTTCGGATTGGTTAAGAACGCACCAGATGGGAAATA 2216
Query 2211 CTCTGTTGAAACAAGATTAGCAGGCACATTCGGTTATCTAGCACCAGAATACGCCGCTAC 2270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2217 CTCTGTTGAAACAAGATTAGCAGGCACATTCGGTTATCTAGCACCAGAATACGCTGCTAC 2276
Query 2271 TGGAAGAGTAACGACGAAAGTGGATGTGTATGCATTTGGTGTGGTTCTCATGGAAATACT 2330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2277 TGGAAGAGTAACGACGAAAGTGGATGTGTATGCATTTGGAGTGGTTCTTATGGAAATACT 2336
Query 2331 AACTGGAAGAAAAGCTTTAGATGATTCATTACCAGACGAGAGATCTCATCTAGTCACATG 2390
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 AACTGGAAGAAAAGCTTTAGATGATACATTACCAGACGAGAGATCTCATCTAGTCACATG 2396
Query 2391 GTTCAGAAGAATCCTAATCAACAAAGAAAACATCCCAAAGGCACTCGACCAAACCTTAGA 2450
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2397 GTTCAGAAGAATCCTAATCAACAAAGAAAACATCCCAAAGGCACTAGACCAAACCTTAGA 2456
Query 2451 AGCAGACGAGGAAACAATGGAGAGCATTTACAGAGTTGCTGAGCTAGCTGGACACTGCAC 2510
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2457 AGCAGACGAGGAAACAATGGAGAGCATTTACAGAGTTGCTGAGCTAGCAGGACATTGCAC 2516
Query 2511 AGCCCGCGAACCTCAACAAAGACCCGACATGGGCCACGCAGTAAACGTGCTAGGTCCACT 2570
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 AGCCCGCGAACCTCAACAAAGACCAGACATGGGCCACGCAGTAAACGTGCTAGGTCCACT 2576
Query 2571 TGTAGAGAAGTGGAAACCGTCGTGCCAAGAAGAAGAAGAGAGTTTCGGAATCGATGTGAA 2630
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2577 TGTAGAGAAGTGGAAACCGTCATGCCAAGAAGAAGAAGAGAGTTTCGGAATCGATGTAAA 2636
Query 2631 CATGAGTTTACCTCAAGCTCTACAAAGATGGCAAAACGAAGGAACATCGTCATCAACAAT 2690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2637 CATGAGTTTACCTCAAGCTCTACAAAGATGGCAAAACGAAGGAACATCGTCATCGACAAT 2696
Query 2691 GTTCCATGGAGACTTCTCTTATTCTCAGACACAGTCTAGTATTCCTCCTAAAGCCTCTGG 2750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2697 GTTCCATGGAGACTTCTCTTATTCTCAGACACAGTCTAGTATTCCTCCGAAGGCCTCTGG 2756
Query 2751 CTTTCCTAATACTTTCGATTCAGCTGATGGTCGGTGACACCAAACTTTGTGTCGATCTGT 2810
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 CTTTCCTAATACCTTCGATTCGGCTGATGGTCGGTGACACCAAACTTTGTGTCGATCTGT 2816
Query 2811 GACAAATCGTTGTTACTAAGtttttttctttcattttggctttggctttttttcttcttt 2870
||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2817 GACAAATCGATGTTACTAAGTTTTT--CTTTCGTTTTGGCTTTGGCTTTTT--CTT-TTT 2871
Query 2871 tA-TGGTATGATGATTATATTTATATATTGTAAGCACATAT-TT-GCGTCTGACCTCTTT 2927
|| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2872 TAATGACATGATGGTTATATTTATATATTGTAAGCACATATATTTGCGTCTGACCTCTTT 2931
Query 2928 GAGCAATCGCATTTGTTCATTCTTT 2952
|||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2932 GAGCTTTCGCATTTGTTCATTCTTT 2956
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111452056870
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5