BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23900.1
Length=3417
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930446 jgi|Araly1|930446|scaffold_302903.1 4911 0.0
Ahg342541 jgi|Araly1|342541|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002304 195 3e-48
Ahg930434 jgi|Araly1|930434|scaffold_302891.1 89.8 1e-16
> Ahg930446 jgi|Araly1|930446|scaffold_302903.1
Length=2998
Score = 4911 bits (2659), Expect = 0.0
Identities = 2890/3002 (96%), Gaps = 14/3002 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 177 GGTACTTTATAGTTGT-AATGGCTTCAGATCGTGGTTCTGCAGCTTCTGGTGGTAAGCCC 235
|||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||
Sbjct 4 GGTACTTTATTGTT-TCAATGGCTTCAGATCGTGGTTCT---GCTGCTGCTGGTAAGCCC 59
Query 236 ATTTGGATGAAACATGCGGAAGATGCAAAAATCAAAGACGAAGGAGAGAAAGACGCTGCG 295
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTTTGGATGAAACATGCGGAAGATGCAAAAATCAAAGACGAAGGAGAGAAAGACGCTGCG 119
Query 296 GCAAAAGCAGCTTTTGAAGCTACATTCAAAGGTGTAGACCAAACTACACATTTGATTGAA 355
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GCTAAAGCAGCTTTTGAAGCTACATTCAAAGGTGTAGACCAAACTACACATTTGATTGAA 179
Query 356 CCTGTTGCACCGGTACCGGAATCCGCACCGGAATCTGATAGTGATTCAgatgatgatgat 415
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 180 GCTGTTGCACCGGCACCGGAATCTGCACCGGAATCTGATAGTGATTC---TGATGATGAT 236
Query 416 gatgatgaATCTGATTACTTGTCTAGGAAACCAATTGGTCCTGTGGATCCGAGTAAGTCT 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 GATGATGAATCTGATTACTTGTCTAGGAAACCAATTGGTCCTGTGGATCCGAGTAAGTCT 296
Query 476 ACAGCTTCTGGTGCTGGTATTGGTGGTGGAACGGCTTGTGTTCCGTCTACGTTTGTTGTT 535
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 297 ACAGCTTCTGGTGCTGGTATTGGTGGTGGAACGGCTTGTGTTCCGTCTACTTTTGTTGTT 356
Query 536 GTAACTAAGGATTCTGATGGGAGGAAAGTTCCAAATGGTGGAGCTTTGATTAGAGTTAAA 595
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 357 GTAACTAAGGATTCTGATGGGAGGAAAGTTCCTAATGGTGGAGCTTTGATTAGAGTTAGA 416
Query 596 GTGTCTCCTGGTGTTGGTGTTGGTGGTACTGATCAAGAAGGTGTGGTTAAAGATGTTGGT 655
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 417 GTGTGTCCTGGTGTTGGTGTTGGTGGTACTGATCAAGAAGGTGTTGTTAAAGATGTTGGT 476
Query 656 GATGGGAGTTATGCTGTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATT 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GATGGGAGTTATGCTGTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATT 536
Query 716 GAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAGGGTCT 775
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GAATGCAATGGGAGTGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAGGGTCT 596
Query 776 TCTTCTACTGGACTGATGGGTTCTGCTCCAGCTTCATACTCGAATCTTATAAATCAAACA 835
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TCTTCGACTGGATTGATGGGTTCTGCTCCAGCTTCATACTCGAATCTTATAAATCAAACC 656
Query 836 ATGCCAAACATGCCTAATTACACTGGTTCTGTTTCGGGTGCTTTCCCGGGGTTGTTGGGG 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 657 ATGCCAAACATGCCTAATTACACTGGTTCTGTTTCGGGTGCTTTCCCGGGGCTGTTGGGA 716
Query 896 ATGGTTCCAGGGATTGCATCTGGTCCTTCAGGTGGTGCTATTTTGCCTGGAGTTGGAGCT 955
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 ATGGTTCCAGGCATTGCATCTGGTCCTTCAGGTGGTGCTATTTTGCCTGGAGTTGGAGCT 776
Query 956 TCACTTGGGGAAGTTTGTCGAGAATATCTTAATGGTAGATGTGTGAACTCTATGTGCAAG 1015
|| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TCGCTTGGGGAAGTCTGTCGGGAATATCTTAATGGTAGATGTGTGAACTCTATGTGCAAG 836
Query 1016 TTAAACCACCCTCCTCAGAATTTGCTGATGACTGCTATAGCTGCAACGACAAGTATGGGT 1075
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTAAACCACCCTCCTCAGAATCTGCTGATGACTGCTATAGCTGCAACGACAAGTATGGGT 896
Query 1076 AACCTTAGTCAGGTGCCTATGGCTCCTTCTGCTGCTGCAATGGCTGCTGCGCAGGCTATT 1135
|| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 897 AATATGAGTCAGGTGCCTATGGCACCTTCTGCTGCAGCAATGGCTGCTGCACAGGCCATT 956
Query 1136 GTTGCTGCACAGGCTCTTCAAGCTCATGCTTCTCAGATGCAAGCACAGGCTCAATCAAAC 1195
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GTTGCCGCACAGGCTCTTCAAGCTCATGCTTCTCAGATGCAAGCACAGGCTCAATCAAAC 1016
Query 1196 AAGGGATCTTTAGGTTCCCCAGAAAAAGGAGAAAACGGGGA-T--TTGAAGAAATTTCTC 1252
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1017 AAGGGATCTTTAGGTTCCCCAGAAAAAGGAGATAACGGGGATTCATTGAAGAAATTTCTC 1076
Query 1253 CAAGTTAGCAACCTAAGTCCATCGCTTACAACTGAACAACTTAGGCAGCTATTTAGCTTC 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CAAGTTAGCAACCTAAGTCCATCGCTTACAACTGAACAACTTAGGCAGCTATTTAGCTTC 1136
Query 1313 TGTGGCACAGTAGTTGACTGTAGTATAACTGATTCAAAGCATATCGCCTACATAGAATAC 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1137 TGTGGCACAGTAGTTGACTGTAGTATAACTGATTCAAAGCATCTTGCCTACATAGAATAC 1196
Query 1373 TCGAATTCCGAAGAAGCAACAGCTGCTTTGGCATTAAACAATACGGAAGTCTTTGGTAGA 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TCGAATTCCGAAGAAGCAACAGCTGCTTTGGCATTAAACAATACGGAAGTCTTTGGTAGA 1256
Query 1433 GCATTGAATGTTGAGATTGCAAAATCGCTACCTCACAAACCATCTTCAAATAATTCTTCG 1492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 CCATTGAATGTTGAGATTGCAAAATCGCTACCTCACAAACCATCTTCAAATAATTCTTCG 1316
Query 1493 TCCTCACTACCACTGATGATGCAACAGGCCGTCGCGATGCAGCAGATGCAATTCCAGCAG 1552
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1317 TCCTCACTACCACTGATGATGCAACAGGCCGTCGCGATGCAGCAGATGCAATTCCAACAG 1376
Query 1553 GCTATACTAATGCAACAAGCCGTGGCTACTCAGCAGGCAGCAAATAGAGCTGCCACAATG 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GCTATACTAATGCAACAAGCCGTGGCTACTCAGCAGGCAGCAAATAGAGCTGCCACAATG 1436
Query 1613 AAGTCTGCCACTGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGCAGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCT 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AAGTCTGCCACTGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGCAGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCT 1496
Query 1673 GATGGAGTTGGAAATGATGAAAAAGAAGCTGATCAGAAGTCTAGGTCACCATCTAAGTCT 1732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GATGGAGTTGGAAATGATGAAAAAGAAGCTGATCAGAAGTCTAGGTCACCATCTAAGTCT 1556
Query 1733 CCTGCAAGGTCGAGATCAAAGTCAAAATCACCAATAAGTTACAGGCGAAGACGGAGATCT 1792
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1557 CCTG---GGTCGAGATCAAAGTCAAAATCACCAATAAGTTACAGGCGCAGACGGAGATCT 1613
Query 1793 CCAACCTATTCACCACCGTTTCGTCGCCCAAGAAGTCACAGATCGAGATCACCATTAAGA 1852
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 CCATCCTATTCACCACCGTTTCGTCGCCCAAGAAATCATAGATCGAGATCACCATTAAGA 1673
Query 1853 TATCAACGGCGATCAACTTATGAAGGGAGAAGGCGGTCATATAGAGATTCTAGGGATATT 1912
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 TATCACCGGCGATCAACTTATGAAGGGAGAAGGCGGTCATATAGAGATTCTAGGGATATT 1733
Query 1913 TCTGAAAGTAGGAGATACGGTAGATCAGATGAACACCATTCTTCTAGTTCAAGGAGAAGT 1972
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1734 TCTGAAAGTAGGAGATACGGTAGATCAGATGAACACTATTCTTCCAGTTCAAGGAGAAGT 1793
Query 1973 AGGAGTGTAAGCCCTAAAAAGAGAAAATCTGGACAAGAAGATTCAGAGCTGTCAAGACTT 2032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1794 AGGAGTGTAAGCCCTAAAAAGAGAAAATCTGGACAAGAAGATTCAGAGCTCTCAAGACAT 1853
Query 2033 CGACGAGATAGCTCATCACGTGGAGAGAAGAAATCATCTCGTGCTGGTTCACGATCACCA 2092
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1854 CGACGTGATAGCTCATCACGTGGAGAGAAGAAATCATCTCGTGCTGGTTCACGATCACCG 1913
Query 2093 AGGCGACGTAAGGAAGTTAAGTCAACCCCAAGAGATGATGAGGAAAACAAAGTGAAACGT 2152
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 AGGCGACGTAAGGAAGTTAAGTCAACCCCAAGAGATGATGAGGAAAACAAAGTGAAACGG 1973
Query 2153 AGAACACGTTCAAGATCTAGATCAGTGGAAGATTCTGCAGATATAAAGGATAAATCTAGA 2212
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1974 AGAACACGTTCAAGATCTAGATCAGTGGAAGATTCTGCAGATATAAAGGATAAAGCTAGA 2033
Query 2213 GATGAGGAATTGAAACATCACAAAAAGCGGTCGAGGTCAAGATCTCGTGAAGATAGGAGT 2272
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GATGAGGAATTGAAACATCACAAAAAGCGGTCAAGGTCAAGATCTCGTGAAGATAGGAGT 2093
Query 2273 AAAACCAGAGACACATCTCGAAATTCTGATGAAGCTAAACAGAAACACCGGCAGAGGTCT 2332
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2094 AAAACCAGAGACACATCTCGAAATTCTGATGAAACTAAACAGAAACACAGGGGGAGGTCT 2153
Query 2333 AGGTCCAGATCATTGGAAAATGACAATGGATCTCATGAGAATGTTGATGTTGCTCAAGAC 2392
||||||| |||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 AGGTCCAAATCATTAGAAAACGACAATGGTTCTGATGAGAATGTTGATGTTGCTCAAGAT 2213
Query 2393 AATGATCTAAATTCCCGTCACAGTAAGCGCAGGTCAAAATCATTGGACGAGGACTATGAT 2452
||| || ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214 GGTGACCTGAATTCTCGTCACAGTAGGCGCAGGTCAAAATCATTGGACGAGGACTATGAT 2273
Query 2453 ATGAAAGAGAGGAGGGGAAGGTCCAGGTCCAGATCATTGGAAACGAAAAACAGGTCTTCT 2512
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2274 ATGAAAGAGAGGAGGGGAAGGTCCAGGTCTAGATCATTGGAAACGAAAAAGAGGTCTTTT 2333
Query 2513 AGGAAGAATAAGCTGGATGAAGACAGAAACACAGGATCACGTCGAAGGAGGTCCAGGTCA 2572
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 GGGAAAAATAAGCTGGATGAAGACAGAAACACAGGATCACGTCGAAGGAGGTCCAGGTCA 2393
Query 2573 AAATCAGTGGAAGGTAAGCGCAGTTATAACAAGGAGACTCGAAGCAGGGACAAAAAGTCC 2632
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2394 AAATCAGTGGAAGGTAAGCGTAATTATAACAAGGAGACTCGGAGCAGGGACAAAAAGTCC 2453
Query 2633 AAGCGTCGTAGTGGAAGACGGTCGAGGTCACCATCATCTGAGGGTAAGCAAGGGAGAGAT 2692
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 AAGCGTCGTAGTGGAAGACGGTCAAGGTCACCATCATCTGAGGGTAAGCAAGGGAGAGAT 2513
Query 2693 ATCAGGTCATCCCCTGGATATTCTGATGAAAAGAAATCAAGACATAAACGGCACTCCAGG 2752
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2514 ATCAGGTCATCCCCTGGATATTCTGATGAAAAAAAATCAAGACATAAGCGGCACTCCAGG 2573
Query 2753 TCAAGATCAATAGAGAAAAAGAACAGTTCAAGAGATAAAAGGTCAAAACGTCATGAAAGA 2812
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 TCAAGATCAACAGAGAAAAAGAACAGTTCAAGAGAAAAAAGGTCAAAACGTCATGAAAGA 2633
Query 2813 TTGCGGTCATCATCTCCTGGACGTGACAAAAGACGGGGCGATAGATCATTATCTCCTGTT 2872
|||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 TTGCGGTCATCATCTCCTCTAGGCGACAAAAGACGGGGCGATAGATCATTATCTCCTGTT 2693
Query 2873 AGTTCAGAGGATCATAAGATCAAGAAAAGACACTCTGGATCAAAATCTGTGAAAGAGAAA 2932
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 AGTTCAGAAGATCATAAGATCAAGAAAAGACACTCTGGATCAAAATCTGTGAAAGAGAAA 2753
Query 2933 CCCCACTCAGATTATGAGAAAGTTGACGATGGAGATGCAAATTCAGATTCTAGTCAGCAG 2992
|||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || |
Sbjct 2754 CCCCGCTCAGATTATGAGAAAGTTGACTATGCAGATGCAAAATCAGATTCTAGTCGGCCG 2813
Query 2993 GAAAGGAATCTTGAAGGTCATTTATTGTCATTGGATTCGATGTCATCACAGGATGTGGAG 3052
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 GAAAGGAATCTTGAAGGTCTTTTATTGTCACTGGATTCGATGTCATCACAGGATGTGGAG 2873
Query 3053 AAGTCAAAAGAGAATCCACCATCTAGCAGCTCAGTGGAAAGAGGTGATGCAAATGATGAT 3112
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2874 AAGTCAAAAGAGAATCCTCCATCTAGCAGCTCAGTGGATATAGGTGATGCAAATGATGAT 2933
Query 3113 GAGAAGTTTAAGATTGAGGAGAAAAGGATTATTCTTAAGTCATAGGAACATCTGGATTCT 3172
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2934 GAGAAGTTTAAGATTGAGGAGAAAAGGATTATTCTCAAGTCATAGGAAGATCTGGATTCT 2993
Query 3173 AT 3174
||
Sbjct 2994 AT 2995
> Ahg342541 jgi|Araly1|342541|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002304
Length=1266
Score = 195 bits (105), Expect = 3e-48
Identities = 137/152 (90%), Gaps = 4/152 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2977 AGATTCTAGTCA-GCAGGAAAGGAATCTTGAAGGTCATTTATTGTCATTGGATTCGATGT 3035
|||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 324 AGATTCTAGT-AGGCCGGAAAGGAATCTTGAAGGTCTTTTACTGTCACTGGATTCGATGT 382
Query 3036 CATCACAGGATGTGGAGAAGTCAAAAGAGAATCCACCATCTAGCAGCTCAGTGGAAAG-A 3094
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |
Sbjct 383 CATCACAGGATGTGGAGAAGTCAAAAGAGAATCCTCCATCTAGCAGCTCAATGGAA-GTA 441
Query 3095 GGTGATGCAAATGATGATGAGAAGTTTAAGAT 3126
|||| | ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 442 TGTGAAGGGAATGATGATGACAAGTTTAAGAT 473
> Ahg930434 jgi|Araly1|930434|scaffold_302891.1
Length=215
Score = 89.8 bits (48), Expect = 1e-16
Identities = 55/58 (95%), Gaps = 2/58 (3%)
Strand=Plus/Minus
Query 1620 CCACTGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGC--AGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCTGAT 1675
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 170 CCAATGAGCTTGCAGCAGCTAGAGCTGCAGAGAGATAAGTAGGAAACTGAGACCTGAT 113
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129015172470
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5