BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G23940.1
Length=2184
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg930508 jgi|Araly1|930508|scaffold_302965.1 3105 0.0
> Ahg930508 jgi|Araly1|930508|scaffold_302965.1
Length=1871
Score = 3105 bits (1681), Expect = 0.0
Identities = 1805/1866 (97%), Gaps = 4/1866 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 62 CTCCTCGCGCCGTCATGCAAGCCACCATCTTCTCTCCACGCGCCACTCTCTTCCCCTGTA 121
|||| ||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 7 CTCCACGCGCCGCCATGCACGCCACCATCCTCTCCCCACGCGCCACTCTCTTCCCTTGTA 66
Query 122 AACCTCTCCTCCCTTCCCACAATGTCAACTCTCG---CCGTCCCTCAATCATCTCCTGCT 178
|||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 67 AACCTCTCCTCCATCCCCACAATGTCAACTCTCGTAACCGCCCCTCAACCATCTCCTGCT 126
Query 179 CCGCCCAATCCGTAACCGCTGATCCTTCACCACCTATCACTGACACCAATAAGCTCAACA 238
||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 127 CCGTCCAATCCGTAACCGCTGATCCTTCCCCACCTCTCACTGACTCCAACAAGCTCAACA 186
Query 239 AATACAGCTCAAGAATCACTGAACCCAAATCCCAAGGTGGGTCTCAAGCAATTCTTCACG 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 187 AATACAGCTCAAGAATCACTGAACCCAAATCCCAAGGTGGGTCTCAAGCAATTCTTCACG 246
Query 299 GTGTTGGTTTATCAGACGACGATTTGCTAAAACCCCAGATTGGTATCTCGTCGGTTTGGT 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 GTGTTGGTTTATCAGACGACGATTTGCTAAAACCCCAAATTGGTATCTCGTCGGTTTGGT 306
Query 359 ATGAAGGGAACACTTGTAACATGCATTTGCTGAAATTGTCTGAGGCTGTGAAAGAAGGAG 418
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 ATGAAGGGAACACTTGTAACATGCATTTGTTGAAATTGTCTGAGGCTGTGAAAGAAGGAG 366
Query 419 TTGAAAATGCAGGAATGGTTGGGTTTAGGTTTAATACTATTGGTGTGAGTGATGCTATTT 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 367 TTGAAAATGCAGGAATGGTTGGGTTTAGGTTTAATACGATTGGTGTGAGTGATGCTATTT 426
Query 479 CGATGGGAACGAGAGGGATGTGTTTTAGTTTGCAATCTAGGGATTTGATTGCTGATAGTA 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 427 CGATGGGAACGAGAGGGATGTGTTTTAGTTTGCAATCTAGGGATTTGATTGCTGATAGTA 486
Query 539 TTGAGACTGTTATGAGTGCTCAGTGGTATGATGGTAACATATCTATTCCCGGTTGTGATA 598
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 487 TTGAGACTGTGATGAGTGCTCAATGGTATGATGGTAACATATCTATTCCTGGTTGTGATA 546
Query 599 AAAATATGCCTGGAACTATTATGGCTATGGGAAGGCTTAACAGACCAGGGATTATGGTTT 658
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 547 AAAATATGCCTGGAACAATTATGGCCATGGGAAGGCTTAACAGACCAGGCATTATGGTTT 606
Query 659 ATGGTGGAACCATTAAGCCTGGCCATTTTCAAGACAAGACATATGACATTGTATCTGCTT 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 607 ATGGTGGAACCATTAAGCCTGGCCATTTTCAAGACAAGACATATGACATAGTATCTGCTT 666
Query 719 TCCAGAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCC 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 TCCAGAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCC 726
Query 779 TCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACACAGCGAATACAATGG 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 TCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACACAGCGAATACAATGG 786
Query 839 CTTCTGCTATCGAAGCAATGGGAATGTCCCTTCCTTACAGTTCTTCAATACCTGCTGAAG 898
||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 CTTCTGCAATCGAAGCCATGGGAATGTCACTTCCTTACAGTTCTTCAATACCTGCTGAAG 846
Query 899 ACCCATTGAAGTTGGACGAGTGTCGCTTAGCAGGAAAATATCTTCTAGAATTGCTAAAGA 958
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 ACCCATTGAAATTGGACGAGTGTCGCTTAGCTGGAAAATATCTTCTAGAATTGCTAAAGA 906
Query 959 TGGACTTAAAACCCCGTGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCG 1018
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 TGGACTTGAAACCACGGGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCG 966
Query 1019 TCATGGCCCTTGGGGGATCGACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGGTCTG 1078
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 TCATGGCCCTTGGGGGATCAACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGGTCTG 1026
Query 1079 TTGGTTTGGAGTTGACTCTTGACGATTTTCAGAAAGTTAGCGATGCGGTTCCATTTCTAG 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TTGGTTTGGAGTTGACTCTTGACGATTTTCAGAAGGTCAGCGATGCGGTTCCATTTCTAG 1086
Query 1139 CAGATCTTAAACCCAGTGGGAAGTATGTTATGGAGGATATACATAAGATAGGTGGTACGC 1198
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087 CAGATCTTAAACCCAGTGGGAAATATGTTATGGAGGATATACATAAGATAGGTGGTACGC 1146
Query 1199 CAGCTGTTCTCCGCTATTTATTAGAGCTAGGATTGATGGATGGTGATTGTATGACAGTGA 1258
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1147 CAGCTGTTCTCCGGTATCTATTAGAGCTAGGATTGATGGATGGGGATTGTATGACAGTCA 1206
Query 1259 CAGGGCAGACTTTGGCTCAAAATTTAGAAAACGTCCCAAGCTTAACAGAAGGGCAGGAGA 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1207 CAGGGCAGACTTTGGCTCAAAATTTAGAAAACGTCCCCCGCTTAACAGAAGGGCAGGAGA 1266
Query 1319 TAATTAGACCTCTGTCAAATCCAATCAAGGAGACTGGACACATACAAATTTTGAGAGGAG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 TAATTAGACCTCTGTCAAATCCAATCAAGGAGACTGGACACATACAAATTTTGAGAGGAG 1326
Query 1379 ACCTTGCACCAGATGGTTCTGTAGCAAAAATTACCGGCAAAGAGGGCTTATATTTCTCTG 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 ACCTTGCACCAGATGGTTCTGTAGCAAAAATTACCGGCAAAGAGGGCTTATATTTCTCTG 1386
Query 1439 GTCCTGCACTTGTATTTGAAGGAGAGGAATCTATGTTGGCTGCTATATCAGCAGACCCAA 1498
|||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 GTCCCGCGCTTGTATTTGAAGGAGAGGAATCTATGCTGGCTGCTATATCAGCAGACCCAA 1446
Query 1499 TGAGTTTTAAGGGAACTGTGGTTGTTATCAGAGGAGAGGGGCCTAAAGGAGGTCCAGGTA 1558
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 TGAGGTTTAAGGGAACAGTGGTTGTTATCAGAGGAGAGGGGCCTAAAGGAGGTCCAGGTA 1506
Query 1559 TGCCTGAGATGTTGACACCGACAAGTGCAATAATGGGTGCCGGTCTTGGAAAGGAATGTG 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 TGCCTGAGATGTTGACACCGACAAGTGCAATAATGGGTGCCGGTCTTGGAAAGGAATGTG 1566
Query 1619 CATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTT 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 CATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTT 1626
Query 1679 GCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCGATCGGTCTGATCAAGAACGGAGACATAATCACCA 1738
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 GCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCGATTGGTCTGATAAAGAACGGAGACATAATCACCA 1686
Query 1739 TTGACATAGGAAAGAAGAGAATAGACACACAAGTCTCACCCGAAGAAATGAATGACCGTA 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 TTGACATAGGAAAGAAGAGAATAGACACACAAATCTCTCCCGAAGAAATGAATGACCGTA 1746
Query 1799 GAAAGAAATGGACTGCTCCTGCATACAAGGTTAACCGCGGAGTCCTATATAAGTACATCA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1747 GAAAGAAATGGACTGCTCCTGCATACAAGGTTAACCGTGGAGTTCTATACAAGTACATCA 1806
Query 1859 AGAACGTGCAATCGGCTTCAGATGGATGTGTGACTGACGAGTAAAGTGAACGATCTAAGA 1918
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1807 AGAACGTGCAATCGGCTTCATATGGATGTGTGACTGACGAGTAA-GTGAACGATCTAAGA 1865
Query 1919 GAGAGT 1924
| ||||
Sbjct 1866 GGGAGT 1871
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82198748710
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5