BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G23940.1 Length=2184 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg930508 jgi|Araly1|930508|scaffold_302965.1 3105 0.0 > Ahg930508 jgi|Araly1|930508|scaffold_302965.1 Length=1871 Score = 3105 bits (1681), Expect = 0.0 Identities = 1805/1866 (97%), Gaps = 4/1866 (0%) Strand=Plus/Plus Query 62 CTCCTCGCGCCGTCATGCAAGCCACCATCTTCTCTCCACGCGCCACTCTCTTCCCCTGTA 121 |||| ||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 7 CTCCACGCGCCGCCATGCACGCCACCATCCTCTCCCCACGCGCCACTCTCTTCCCTTGTA 66 Query 122 AACCTCTCCTCCCTTCCCACAATGTCAACTCTCG---CCGTCCCTCAATCATCTCCTGCT 178 |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| Sbjct 67 AACCTCTCCTCCATCCCCACAATGTCAACTCTCGTAACCGCCCCTCAACCATCTCCTGCT 126 Query 179 CCGCCCAATCCGTAACCGCTGATCCTTCACCACCTATCACTGACACCAATAAGCTCAACA 238 ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||| Sbjct 127 CCGTCCAATCCGTAACCGCTGATCCTTCCCCACCTCTCACTGACTCCAACAAGCTCAACA 186 Query 239 AATACAGCTCAAGAATCACTGAACCCAAATCCCAAGGTGGGTCTCAAGCAATTCTTCACG 298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 187 AATACAGCTCAAGAATCACTGAACCCAAATCCCAAGGTGGGTCTCAAGCAATTCTTCACG 246 Query 299 GTGTTGGTTTATCAGACGACGATTTGCTAAAACCCCAGATTGGTATCTCGTCGGTTTGGT 358 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 247 GTGTTGGTTTATCAGACGACGATTTGCTAAAACCCCAAATTGGTATCTCGTCGGTTTGGT 306 Query 359 ATGAAGGGAACACTTGTAACATGCATTTGCTGAAATTGTCTGAGGCTGTGAAAGAAGGAG 418 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 307 ATGAAGGGAACACTTGTAACATGCATTTGTTGAAATTGTCTGAGGCTGTGAAAGAAGGAG 366 Query 419 TTGAAAATGCAGGAATGGTTGGGTTTAGGTTTAATACTATTGGTGTGAGTGATGCTATTT 478 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 367 TTGAAAATGCAGGAATGGTTGGGTTTAGGTTTAATACGATTGGTGTGAGTGATGCTATTT 426 Query 479 CGATGGGAACGAGAGGGATGTGTTTTAGTTTGCAATCTAGGGATTTGATTGCTGATAGTA 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 427 CGATGGGAACGAGAGGGATGTGTTTTAGTTTGCAATCTAGGGATTTGATTGCTGATAGTA 486 Query 539 TTGAGACTGTTATGAGTGCTCAGTGGTATGATGGTAACATATCTATTCCCGGTTGTGATA 598 |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 487 TTGAGACTGTGATGAGTGCTCAATGGTATGATGGTAACATATCTATTCCTGGTTGTGATA 546 Query 599 AAAATATGCCTGGAACTATTATGGCTATGGGAAGGCTTAACAGACCAGGGATTATGGTTT 658 |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 547 AAAATATGCCTGGAACAATTATGGCCATGGGAAGGCTTAACAGACCAGGCATTATGGTTT 606 Query 659 ATGGTGGAACCATTAAGCCTGGCCATTTTCAAGACAAGACATATGACATTGTATCTGCTT 718 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 607 ATGGTGGAACCATTAAGCCTGGCCATTTTCAAGACAAGACATATGACATAGTATCTGCTT 666 Query 719 TCCAGAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCC 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 667 TCCAGAGTTATGGAGAATTTGTTAGTGGCTCCATAAGTGATGAACAGAGAAAGACTGTCC 726 Query 779 TCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACACAGCGAATACAATGG 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 727 TCCATCATTCATGTCCTGGAGCTGGAGCCTGTGGTGGCATGTACACAGCGAATACAATGG 786 Query 839 CTTCTGCTATCGAAGCAATGGGAATGTCCCTTCCTTACAGTTCTTCAATACCTGCTGAAG 898 ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 787 CTTCTGCAATCGAAGCCATGGGAATGTCACTTCCTTACAGTTCTTCAATACCTGCTGAAG 846 Query 899 ACCCATTGAAGTTGGACGAGTGTCGCTTAGCAGGAAAATATCTTCTAGAATTGCTAAAGA 958 |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 847 ACCCATTGAAATTGGACGAGTGTCGCTTAGCTGGAAAATATCTTCTAGAATTGCTAAAGA 906 Query 959 TGGACTTAAAACCCCGTGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCG 1018 ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 907 TGGACTTGAAACCACGGGACATTATCACTCCAAAATCACTTCGTAATGCAATGGTTTCCG 966 Query 1019 TCATGGCCCTTGGGGGATCGACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGGTCTG 1078 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 967 TCATGGCCCTTGGGGGATCAACAAATGCAGTATTGCATCTAATTGCTATTGCAAGGTCTG 1026 Query 1079 TTGGTTTGGAGTTGACTCTTGACGATTTTCAGAAAGTTAGCGATGCGGTTCCATTTCTAG 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 1027 TTGGTTTGGAGTTGACTCTTGACGATTTTCAGAAGGTCAGCGATGCGGTTCCATTTCTAG 1086 Query 1139 CAGATCTTAAACCCAGTGGGAAGTATGTTATGGAGGATATACATAAGATAGGTGGTACGC 1198 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1087 CAGATCTTAAACCCAGTGGGAAATATGTTATGGAGGATATACATAAGATAGGTGGTACGC 1146 Query 1199 CAGCTGTTCTCCGCTATTTATTAGAGCTAGGATTGATGGATGGTGATTGTATGACAGTGA 1258 ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 1147 CAGCTGTTCTCCGGTATCTATTAGAGCTAGGATTGATGGATGGGGATTGTATGACAGTCA 1206 Query 1259 CAGGGCAGACTTTGGCTCAAAATTTAGAAAACGTCCCAAGCTTAACAGAAGGGCAGGAGA 1318 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1207 CAGGGCAGACTTTGGCTCAAAATTTAGAAAACGTCCCCCGCTTAACAGAAGGGCAGGAGA 1266 Query 1319 TAATTAGACCTCTGTCAAATCCAATCAAGGAGACTGGACACATACAAATTTTGAGAGGAG 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1267 TAATTAGACCTCTGTCAAATCCAATCAAGGAGACTGGACACATACAAATTTTGAGAGGAG 1326 Query 1379 ACCTTGCACCAGATGGTTCTGTAGCAAAAATTACCGGCAAAGAGGGCTTATATTTCTCTG 1438 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1327 ACCTTGCACCAGATGGTTCTGTAGCAAAAATTACCGGCAAAGAGGGCTTATATTTCTCTG 1386 Query 1439 GTCCTGCACTTGTATTTGAAGGAGAGGAATCTATGTTGGCTGCTATATCAGCAGACCCAA 1498 |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1387 GTCCCGCGCTTGTATTTGAAGGAGAGGAATCTATGCTGGCTGCTATATCAGCAGACCCAA 1446 Query 1499 TGAGTTTTAAGGGAACTGTGGTTGTTATCAGAGGAGAGGGGCCTAAAGGAGGTCCAGGTA 1558 |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1447 TGAGGTTTAAGGGAACAGTGGTTGTTATCAGAGGAGAGGGGCCTAAAGGAGGTCCAGGTA 1506 Query 1559 TGCCTGAGATGTTGACACCGACAAGTGCAATAATGGGTGCCGGTCTTGGAAAGGAATGTG 1618 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1507 TGCCTGAGATGTTGACACCGACAAGTGCAATAATGGGTGCCGGTCTTGGAAAGGAATGTG 1566 Query 1619 CATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTT 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1567 CATTACTGACTGATGGTAGGTTCTCTGGTGGGTCACACGGTTTTGTTGTTGGCCACATTT 1626 Query 1679 GCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCGATCGGTCTGATCAAGAACGGAGACATAATCACCA 1738 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1627 GCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCGATTGGTCTGATAAAGAACGGAGACATAATCACCA 1686 Query 1739 TTGACATAGGAAAGAAGAGAATAGACACACAAGTCTCACCCGAAGAAATGAATGACCGTA 1798 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1687 TTGACATAGGAAAGAAGAGAATAGACACACAAATCTCTCCCGAAGAAATGAATGACCGTA 1746 Query 1799 GAAAGAAATGGACTGCTCCTGCATACAAGGTTAACCGCGGAGTCCTATATAAGTACATCA 1858 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| Sbjct 1747 GAAAGAAATGGACTGCTCCTGCATACAAGGTTAACCGTGGAGTTCTATACAAGTACATCA 1806 Query 1859 AGAACGTGCAATCGGCTTCAGATGGATGTGTGACTGACGAGTAAAGTGAACGATCTAAGA 1918 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1807 AGAACGTGCAATCGGCTTCATATGGATGTGTGACTGACGAGTAA-GTGAACGATCTAAGA 1865 Query 1919 GAGAGT 1924 | |||| Sbjct 1866 GGGAGT 1871 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 82198748710 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5