BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24090.1
Length=2034
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479923 jgi|Araly1|479923|fgenesh2_kg.3__2624__AT3G24090.1 2222 0.0
Ahg916249 jgi|Araly1|916249|Al_scaffold_0008_1000 1875 0.0
Ahg916257 jgi|Araly1|916257|Al_scaffold_0008_1008 1402 0.0
> Ahg479923 jgi|Araly1|479923|fgenesh2_kg.3__2624__AT3G24090.1
Length=2197
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1335/1400 (95%), Gaps = 4/1400 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 637 GAGCTAGATCAAGGTGAGAGCAATAGTCATGTTTTCCAAGATGCTCACTTTCTATCTAAG 696
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 800 GAGCTAGATCAAGGCAAGAGCAATAGTCATGTTTTTCAAGATGCTCACTTTCTTTCTAAG 859
Query 697 AATGACCATCCCAAGGAGTTTTTCCTATCAAGTGATCCACATGCTCTTGTTGAGCACACA 756
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 860 AATGACCATCCCAAGGAATTTTTCCTATCAAGTGATCCGCATGCTCTTGTTGAGCACACA 919
Query 757 AAGAAAGTTTTGGTGATTGAAGATGGCGAAGTTG-TCAATCTCAAGGATGGAGGTGT-AT 814
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| |
Sbjct 920 AAGAAAGTTTTGGTGATTGAAGATGGCGAAGTTGTTC-ACCTCAAGGATGGAGGTGTGA- 977
Query 815 CAATACTTAAGTTTGAAAATGAGAGGGGAAGGTGTAATGGTTTATCGAGACCTGCTTCAG 874
| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 978 CTATACTTAAGTCTGAAAACGAGAGGGGAAGGCGTAATGGTATATCGAGAATTGCTTCAG 1037
Query 875 TGGAACGTGCCTTATCTGTTCTAGAGATGGAGGTAGAGCAAATAAGCAAGGGAAAATATG 934
|||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1038 TGGAACGTGCATTATCTGTTTTAGAAATGGAGGTGGAGCAAATAAACAAGGGAAAATATG 1097
Query 935 ATCATTACATGCAAAAGGAAATCCACGAGCAGCCAGAATCTTTAACTACTACAATGAGAG 994
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1098 ATCATTACATGCAAAAAGAAATCCACGAGCAGCCGGAATCTTTAACTACCACAATGAGAG 1157
Query 995 GCCGACTTATACGCGGTGGTTCACGTAAAACGAAAACCGTCCTCTTAGGTGGGCTGAAAG 1054
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1158 GCCGACTTATACGCGGTGGTTCACGCAAAACAAAAACAGTCCTCCTAGGTGGGTTGAAAG 1217
Query 1055 ATCACCTAAAGACCATAAGACGCAGCCGGCGTATAGTTTTTATTGGATGTGGGACAAGTT 1114
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1218 ATCACTTAAAGACCATAAGACGCAGCCGGCGTATAGTTTTTATTGGGTGTGGGACAAGTT 1277
Query 1115 ACAATGCCGCTCTTGCATCAAGACCTATCCTTGAAGAACTCTCTGGTATACCAGTCAGTA 1174
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1278 ACAACGCCGCTCTTGCATCAAGACCTATCCTTGAAGAACTCTCTGGTATACCAGTCAGCA 1337
Query 1175 TGGAGATTGCTAGTGATCTATGGGACCGGCAAGGTCCAATATACAGAGAAGATACCGCGG 1234
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1338 TGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACCGGCAAGGTCCAATATACAGAGAAGATACTGCGG 1397
Query 1235 TGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACTGCAGATACACTACTTGCTTTGGACTATGCTCGAG 1294
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1398 TGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACACTACTTGCTTTGGACTATGCTCGGG 1457
Query 1295 AAAACGGTGCATTATGTGTCGGCATAACTAACACCGTTGGGAGCTCCATAGCTAGAAAAA 1354
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1458 AAAACGGTGCATTATGTGTCGGCATAACTAACACCGTTGGGAGCTCGATAGCTAGAAAAA 1517
Query 1355 CACACTGTGGTGTCCATATAAACGCAGGAGCTGAGATTGGTGTCGCAAGTACAAAGGCAT 1414
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1518 CACACTGTGGTGTTCATATAAACGCAGGAGCTGAGATTGGTGTCGCAAGTACAAAGGCAT 1577
Query 1415 ATACAAGTCAGATTGTGGTAATGGTAATGCTAGCTTTAGCAATAGGAAGTGACACAATCT 1474
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1578 ACACAAGTCAGATTGTGGTAATGGTTATGCTAGCTTTAGCAATTGGAAGTGACACAATCT 1637
Query 1475 CCAGCCAAAAGAGACGGGAAGCTATAATCGATGGACTACTTGATTTGCCGTATAAGGTTA 1534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 CCAGCCAAAAGAGACGGGAAGCTATAATCGATGGACTACTTGATTTGCCGTATAAGGTTA 1697
Query 1535 AGGAAGTACTAAAGCTAGACGATGAAATGAAAGATCTCGCGCAACTCTTGATAGACGAGC 1594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1698 AGGAAGTACTAAAGCTAGACGATGAAATGAAAGATCTCGCACAACTTTTGATAGATGAGC 1757
Query 1595 AGTCACTGCTAGTGTTTGGCAGAGGATACAACTACGCAACAGCTTTAGAAGGAGCATTAA 1654
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1758 AGTCACTGCTTGTGTTTGGCAGAGGATACAACTACGCAACAGCTTTAGAAGGAGCATTGA 1817
Query 1655 AAGTAAAAGAAGTAGCACTTATGCACAGTGAAGGAATACTTGCAGGAGAAATGAAACATG 1714
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1818 AAGTAAAAGAAGTAGCACTTATGCATAGTGAAGGAATACTAGCAGGAGAAATGAAACATG 1877
Query 1715 GACCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTCCCCATAGCTGTGATTGCCACTCGTGATGCTT 1774
||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1878 GACCTTTAGCTTTAGTTGATGAGAATCTTCCCATTGCTGTGATCGCCACTCGTGATGCTT 1937
Query 1775 GTTTCAGTAAACAACAATCTGTGATTCAGCAACTTCACGCACGCAAAGGGAGACTAATAG 1834
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1938 GTTTCAGCAAACAACAGTCTGTGATTCAGCAACTTCACGCACGCAAAGGGAGATTAATAG 1997
Query 1835 TAATGTGCTCAAAAGGTGATGCTGCATCGGTAAGCTCGAGTGGTTCTTGTCGAGCTATCG 1894
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1998 TAATGTGCTCAAAAGGTGATGCTGCATCAGTAAGCTCGAGTGGATCTTGTCGAGCAATCG 2057
Query 1895 AAGTTCCTCAAGTTGAAGATTGTTTACAACCTGTTATTAATATAGTGCCATTACAGTTGT 1954
|||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 AAGTACCTCAAGTTGAAGATTGTTTACAACCTGTTGTTAATATAGTGCCATTACAGTTGT 2117
Query 1955 TGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGTTGATCAACCGAGGAATCTGGCAA 2014
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2118 TGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAACGTTGATCAACCGAGGAATCTGGCGA 2177
Query 2015 AGAGTGTGACTACTCAATAG 2034
||||||||||||||||||||
Sbjct 2178 AGAGTGTGACTACTCAATAG 2197
Score = 913 bits (494), Expect = 0.0
Identities = 595/643 (93%), Gaps = 9/643 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTGTGGAATCTTCGCGTATCTGAATTTTCACGCGAACAAAGAGAGACGATACATTCTC 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5 ATGTGTGGAATCTTCGCGTATTTGAATTTTCACGCTAACAAAGAGAGACGATACATTCTC 64
Query 61 GATG-TTCTCTTCAATGGTCTTCGTCGTCTTGAATACAGAGGCTACGATTCTGCTGGAAT 119
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 65 GA-GATTCTCTTCAATGGTCTTCGTCGTCTTGAATACAGAGGCTATGATTCAGCTGGAAT 123
Query 120 CGCCATTGATAATTCTTC-TC-CT-TCTTCTTCTCCTCTCGTGTTTCGTCAAGCAGGAAA 176
||| |||||| ||||||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 124 CGCAATTGATGATTCTTCAACAATCTCTTCCCCTCCTCTTGTGTTTCGTCAAGCAGGAAA 183
Query 177 CATTGAATCACTTGTTAATTCCGTTAACGAAGAGATTACGAATACGGATTTGAATC-TAG 235
|||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || | |||
Sbjct 184 CATTGAATCACTCGTTAATTCTGTAAACGAAGAGATTACGAATACAGATTT-AAACTTAG 242
Query 236 ACGAAGTTTTCTACTTTCATGCTGGAATTGCACATACGAGGTGGGCTACTCATGGTGAGC 295
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 243 ATGAAGTTTTCTACTTTCATGCTGGAATTGCACATACTAGATGGGCTACACATGGTGAGC 302
Query 296 CAGCTCCAAGGAATAGTCATCCTCAATCTTCTGGTCCTGGAGATGATTTTTTGGTGGTTC 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 CAGCTCCAAGGAATAGTCATCCTCAATCTTCTGGTCCTGGAGATGATTTTTTGGTGGTTC 362
Query 356 ATAATGGTGTTATCACTAACTATGAGGTATTGAAAGAAACGTTAGTGAGGCATGGATTTA 415
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 363 ATAATGGTGTTATCACTAATTATGAGGTGTTGAAAGAAACTTTAGTGAGGCATGGATTTA 422
Query 416 CTTTTGAATCGGACACAGATACTGAAGTAATTCCTAAGCTTGCTAAGTTTGTTTTTGACA 475
||||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 423 CTTTTGATTCGGATACAGATACTGAGGTTATACCAAAGCTTGCTAAATTTGTTTTTGACA 482
Query 476 AAGCTAATGAAGAAGGTGGACAAACTGTTACA-TTCTGTGAAGTTGTGTTTGAAGTGATG 534
|||||||||||||||||| ||| |||||| || || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 483 AAGCTAATGAAGAAGGTGAACAGACTGTT-CAATTTTGTGAAGTTGTCTTTGAAGTGATG 541
Query 535 AGGCATCTTGAAGGAGCTTATGCTCTTATATTTAAAAGCTGGCATTATCCGAATGAGTTA 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 542 AGGCATCTTGAAGGAGCTTATGCTCTTATATTTAAAAGCTGGCATTACCCGAACGAGTTG 601
Query 595 ATTGCGTGCAAGCTTGGTAGTCCATTGCTTTTAGGTGTTAAAG 637
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 602 ATTGCGTGCAAGCTTGGTAGCCCGTTGCTTTTAGGTGTTAAAG 644
> Ahg916249 jgi|Araly1|916249|Al_scaffold_0008_1000
Length=1971
Score = 1875 bits (1015), Expect = 0.0
Identities = 1205/1295 (93%), Gaps = 19/1295 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 AGAGACGATACATTCTCGATG-TTCTCTTCAATGGTCTTCGTCGTCTTGAATACAGAGGC 102
||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 AGAGACGATACATTCTCGA-GATTCTCTTCAATGGTCTTCGTCGTCTTGAATACAGAGGC 123
Query 103 TACGATTCTGCTGGAATCGCCATTGATAATTCTTC-TC-CT-TCTTCTTCTCCTCTCGTG 159
|| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||| | | ||||| ||||||| |||
Sbjct 124 TATGATTCAGCTGGAATCGCAATTGATGATTCTTCAACAATCTCTTCCCCTCCTCTTGTG 183
Query 160 TTTCGTCAAGCAGGAAACATTGAATCACTTGTTAATTCCGTTAACGAAGAGATTACGAAT 219
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 184 TTTCGTCAAGCAGGAAACATTGAATCACTCGTTAATTCTGTAAACGAAGAGATTACGAAT 243
Query 220 ACGGATTTGAATC-TAGACGAAGTTTTCTACTTTCATGCTGGAATTGCACATACGAGGTG 278
|| ||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 244 ACAGATTT-AAACTTAGATGAAGTTTTCTACTTTCATGCTGGAATTGCACATACTAGATG 302
Query 279 GGCTACTCATGGTGAGCCAGCTCCAAGGAATAGTCATCCTCAATCTTCTGGTCCTGGAGA 338
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 GGCTACACATGGTGAGCCAGCTCCAAGGAATAGTCATCCTCAATCTTCTGGTCCTGGAGA 362
Query 339 TGATTTTTTGGTGGTTCATAATGGTGTTATCACTAACTATGAGGTATTGAAAGAAACGTT 398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 363 TGATTTTTTGGTGGTTCATAATGGTGTTATCACTAATTATGAGGTGTTGAAAGAAACTTT 422
Query 399 AGTGAGGCATGGATTTACTTTTGAATCGGACACAGATACTGAAGTAATTCCTAAGCTTGC 458
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||||||
Sbjct 423 AGTGAGGCATGGATTTACTTTTGATTCGGATACAGATACTGAGGTTATACCAAAGCTTGC 482
Query 459 TAAGTTTGTTTTTGACAAAGCTAATGAAGAAGGTGGACAAACTGTTAC-ATTCTGTGAAG 517
||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| |||||||
Sbjct 483 TAAATTTGTTTTTGACAAAGCTAATGAAGAA-GT-----TACTGTT-CAATTTTGTGAAG 535
Query 518 TTGTGTTTGAAGTGATGAGGCATCTTGAAGGAGCTTATGCTCTTATATTTAAAAGCTGGC 577
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TTGTCTTTGAAGTGATGAGGCATCTTGAAGGAGCTTATGCTCTTATATTTAAAAGCTGGC 595
Query 578 ATTATCCGAATGAGTTAATTGCGTGCAAGCTTGGTAGTCCATTGCTTTTAGGTGTTAAAG 637
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 596 ATTACCCGAACGAGTTGATTGCGTGCAAGCTTGGTAGCCCGTTGCTTTTAGGTGTTAAAG 655
Query 638 AGCTAGATCAAGGTGAGAGCAATAGTCATGTTTTCCAAGATGCTCACTTTCTATCTAAGA 697
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 656 AGCTAGATCAAGGCAAGAGCAATAGTCATGTTTTTCAAGATGCTCACTTTCTTTCTAAGA 715
Query 698 ATGACCATCCCAAGGAGTTTTTCCTATCAAGTGATCCACATGCTCTTGTTGAGCACACAA 757
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 716 ATGACCATCCCAAGGAATTTTTCCTATCAAGTGATCCGCATGCTCTTGTTGAGCACACAA 775
Query 758 AGAAAGTTTTGGTGATTGAAGATGGCGAAGTTGT-CAATCTCAAGGATGGAGGTGT-ATC 815
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |
Sbjct 776 AGAAAGTTTTGGTGATTGAAGATGGCGAAGTTGTTCAC-CTCAAGGATGGAGGTGTGA-C 833
Query 816 AATACTTAAGTTTGAAAATGAGAGGGGAAGGTGTAATGGTTTATCGAGACCTGCTTCAGT 875
|||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 834 TATACTTAAGTCTGAAAACGAGAGGGGAAGGCGTAATGGTATATCGAGAATTGCTTCAGT 893
Query 876 GGAACGTGCCTTATCTGTTCTAGAGATGGAGGTAGAGCAAATAAGCAAGGGAAAATATGA 935
||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 894 GGAACGTGCATTATCTGTTTTAGAAATGGAGGTGGAGCAAATAAACAAGGGAAAATATGA 953
Query 936 TCATTACATGCAAAAGGAAATCCACGAGCAGCCAGAATCTTTAACTACTACAATGAGAGG 995
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 954 TCATTACATGCAAAAAGAAATCCACGAGCAGCCGGAATCTTTAACTACCACAATGAGAGG 1013
Query 996 CCGACTTATACGCGGTGGTTCACGTAAAACGAAAACCGTCCTCTTAGGTGGGCTGAAAGA 1055
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1014 CCGACTTATACGCGGTGGTTCACGCAAAACAAAAACAGTCCTCCTAGGTGGGTTGAAAGA 1073
Query 1056 TCACCTAAAGACCATAAGACGCAGCCGGCGTATAGTTTTTATTGGATGTGGGACAAGTTA 1115
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1074 TCACTTAAAGACCATAAGACGCAGCCGGCGTATAGTTTTTATTGGGTGTGGGACAAGTTA 1133
Query 1116 CAATGCCGCTCTTGCATCAAGACCTATCCTTGAAGAACTCTCTGGTATACCAGTCAGTAT 1175
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1134 CAACGCCGCTCTTGCATCAAGACCTATCCTTGAAGAACTCTCTGGTATACCAGTCAGCAT 1193
Query 1176 GGAGATTGCTAGTGATCTATGGGACCGGCAAGGTCCAATATACAGAGAAGATACCGCGGT 1235
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1194 GGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACCGGCAAGGTCCAATATACAGAGAAGATACTGCGGT 1253
Query 1236 GTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACTGCAGATACACTACTTGCTTTGGACTATGCTCGAGA 1295
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1254 GTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACACTACTTGCTTTGGACTATGCTCGGGA 1313
Query 1296 AAACGGTGCATTATGTGTCGGCATAACTAACACCG 1330
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 AAACGGTGCATTATGTGTCGGCATAACTAACACCG 1348
Score = 953 bits (516), Expect = 0.0
Identities = 589/625 (94%), Gaps = 2/625 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1411 GCATATACAAGTCAGATTGTGGTAATGGTA-ATGCTAGCTTTAGCAATAGGAAGTGACAC 1469
||||| ||||| ||||||| || | | ||| | | ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1348 GCATACACAAGACAGATTGAGGGACT-GTATAGGGTAGCTTTAGCAATTGGAAGTGACAC 1406
Query 1470 AATCTCCAGCCAAAAGAGACGGGAAGCTATAATCGATGGACTACTTGATTTGCCGTATAA 1529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AATCTCCAGCCAAAAGAGACGGGAAGCTATAATCGATGGACTACTTGATTTGCCGTATAA 1466
Query 1530 GGTTAAGGAAGTACTAAAGCTAGACGATGAAATGAAAGATCTCGCGCAACTCTTGATAGA 1589
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1467 GGTTAAGGAAGTACTAAAGCTGGACGAGGAAATGAAAGATCTCGCACAACTTTTGATAGA 1526
Query 1590 CGAGCAGTCACTGCTAGTGTTTGGCAGAGGATACAACTACGCAACAGCTTTAGAAGGAGC 1649
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1527 CGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGCAGAGGATACAACTACGCAACAGCTTTAGAAGGAGC 1586
Query 1650 ATTAAAAGTAAAAGAAGTAGCACTTATGCACAGTGAAGGAATACTTGCAGGAGAAATGAA 1709
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1587 ATTGAAAGTAAAAGAAGTAGCACTTATGCATAGTGAAGGAATACTAGCAGGAGAAATGAA 1646
Query 1710 ACATGGACCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTCCCCATAGCTGTGATTGCCACTCGTGA 1769
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1647 ACATGGACCTTTAGCTTTAGTTGATGAGAATCTTCCCATTGCTGTGATCGCCACTCGTGA 1706
Query 1770 TGCTTGTTTCAGTAAACAACAATCTGTGATTCAGCAACTTCACGCACGCAAAGGGAGACT 1829
|||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1707 TGCTTGTTTCAGCAAACAACAGTCTGTGATTCAGCAACTTCACGCACGCAAAGGGAGATT 1766
Query 1830 AATAGTAATGTGCTCAAAAGGTGATGCTGCATCGGTAAGCTCGAGTGGTTCTTGTCGAGC 1889
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1767 AATAGTAATGTGCTCAAAAGGTGATGCTGCATCAGTAAGCTCGAGTGGATCTTGTCGAGC 1826
Query 1890 TATCGAAGTTCCTCAAGTTGAAGATTGTTTACAACCTGTTATTAATATAGTGCCATTACA 1949
||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1827 TATTGAAGTTCCTCATGTGGAAGATTGTTTACAACCGGTTGTCAATATAGTGCCATTACA 1886
Query 1950 GTTGTTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGTTGATCAACCGAGGAATCT 2009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1887 GTTGTTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAACGTTGATCAACCGAGGAATCT 1946
Query 2010 GGCAAAGAGTGTGACTACTCAATAG 2034
||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1947 GGCGAAGAGCGTGACTACTCAATAG 1971
> Ahg916257 jgi|Araly1|916257|Al_scaffold_0008_1008
Length=1422
Score = 1402 bits (759), Expect = 0.0
Identities = 827/861 (96%), Gaps = 0/861 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1174 ATGGAGATTGCTAGTGATCTATGGGACCGGCAAGGTCCAATATACAGAGAAGATACCGCG 1233
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 562 ATGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACCGGCAAGGTCCAATATACAGAGAAGATACTGCG 621
Query 1234 GTGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACTGCAGATACACTACTTGCTTTGGACTATGCTCGA 1293
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 GTGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACACTACTTGCTTTGGACTATGCTCGG 681
Query 1294 GAAAACGGTGCATTATGTGTCGGCATAACTAACACCGTTGGGAGCTCCATAGCTAGAAAA 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 682 GAAAACGGTGCATTATGTGTCGGCATAACTAACACCGTTGGGAGCTCGATAGCTAGAAAA 741
Query 1354 ACACACTGTGGTGTCCATATAAACGCAGGAGCTGAGATTGGTGTCGCAAGTACAAAGGCA 1413
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 ACACACTGTGGTGTTCATATAAACGCAGGAGCTGAGATTGGTGTCGCAAGTACAAAGGCA 801
Query 1414 TATACAAGTCAGATTGTGGTAATGGTAATGCTAGCTTTAGCAATAGGAAGTGACACAATC 1473
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 802 TACACAAGTCAGATTGTGGTAATGGTTATGCTAGCTTTAGCAATTGGAAGTGACACAATC 861
Query 1474 TCCAGCCAAAAGAGACGGGAAGCTATAATCGATGGACTACTTGATTTGCCGTATAAGGTT 1533
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 862 TCCAGCCAAAAGAGACGGGAAGCTATAATCGATGGACTACCTGATTTGCCGTATAAGGTT 921
Query 1534 AAGGAAGTACTAAAGCTAGACGATGAAATGAAAGATCTCGCGCAACTCTTGATAGACGAG 1593
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 922 AAGGAAGTACTAAAGCTGGACGAGGAAATGAAAGATCTCGCACAACTTTTGATAGACGAG 981
Query 1594 CAGTCACTGCTAGTGTTTGGCAGAGGATACAACTACGCAACAGCTTTAGAAGGAGCATTA 1653
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 CAGTCACTGCTTGTGTTTGGCAGAGGATACAACTACGCAACAGCTTTAGAAGGAGCATTG 1041
Query 1654 AAAGTAAAAGAAGTAGCACTTATGCACAGTGAAGGAATACTTGCAGGAGAAATGAAACAT 1713
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1042 AAAGTAAAAGAAGTAGCACTTATGCATAGTGAAGGAATACTAGCAGGAGAAATGAAACAT 1101
Query 1714 GGACCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTCCCCATAGCTGTGATTGCCACTCGTGATGCT 1773
|||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 GGACCTTTAGCTTTAGCTGATGAGAATCTTCCCATTGCTGTGATTGCCACTCGTGATGCT 1161
Query 1774 TGTTTCAGTAAACAACAATCTGTGATTCAGCAACTTCACGCACGCAAAGGGAGACTAATA 1833
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1162 TGTTTCAGCAAACAACAGTCTGTGATTCAGCAACTTCACGCACGCAAAGGGAGATTAATA 1221
Query 1834 GTAATGTGCTCAAAAGGTGATGCTGCATCGGTAAGCTCGAGTGGTTCTTGTCGAGCTATC 1893
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1222 GTAATGTGCTCAAAAGGTGATGCTGCATCAGTAAGCTCGAGTGGATCTTGTCGAGCAATC 1281
Query 1894 GAAGTTCCTCAAGTTGAAGATTGTTTACAACCTGTTATTAATATAGTGCCATTACAGTTG 1953
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1282 GAAGTACCTCAAGTTGAAGATTGTTTACAACCTGTTCTTAATATAGTACCATTACAGTTA 1341
Query 1954 TTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGTTGATCAACCGAGGAATCTGGCA 2013
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 TTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAACGTTGATCAACCGAGGAATCTGGCG 1401
Query 2014 AAGAGTGTGACTACTCAATAG 2034
|||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 AAGAGTGTGACTACTCAATAG 1422
Score = 553 bits (299), Expect = 2e-156
Identities = 363/393 (92%), Gaps = 7/393 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTGTGGAATCTTCGCGTATCTGAATTTTCACGCGAACAAAGAGAGACGATACATTCTC 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTGTGGAATCTTCGCGTATTTGAATTTTCACGCTAACAAAGAGAGACGATACATTCTC 60
Query 61 GATG-TTCTCTTCAATGGTCTTCGTCGTCTTGAATACAGAGGCTACGATTCTGCTGGAAT 119
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 61 GA-GATTCTCTTCAATGGTCTTCGTCGTCTTGAATACAGAGGCTATGATTCAGCTGGAAT 119
Query 120 CGCCATTGATAATTCTTC-TC-CT-TCTTCTTCTCCTCTCGTGTTTCGTCAAGCAGGAAA 176
||| |||||| ||||||| | | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CGCAATTGATGATTCTTCAACAATCTCTTCCCCTCCTCTTGTGTTTCGTCAAGCAGGAAA 179
Query 177 CATTGAATCACTTGTTAATTCCGTTAACGAAGAGATTACGAATACGGATTTGAATC-TAG 235
|||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || | |||
Sbjct 180 CATTGAATCACTCGTTAATTCTGTAAACGAAGAGATTACGAATACAGATTT-AAACTTAG 238
Query 236 ACGAAGTTTTCTACTTTCATGCTGGAATTGCACATACGAGGTGGGCTACTCATGGTGAGC 295
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||
Sbjct 239 ATGAAGTTTTCTACTTTCATGCTGGAATTGCACATACTAGATGGGCTACACATGGTGAGC 298
Query 296 CAGCTCCAAGGAATAGTCATCCTCAATCTTCTGGTCCTGGAGATGATTTTTTGGTGGTTC 355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CAGCTCCAAGGAATAGTCATCCTCAATCTTCTGGTCCTGGAGATGATTTTTTGGTGGTTC 358
Query 356 ATAATGGTGTTATCACTAACTATGAGGTATTGA 388
||||||||||||||||||| |||||| || |||
Sbjct 359 ATAATGGTGTTATCACTAATTATGAGATACTGA 391
Score = 189 bits (102), Expect = 7e-47
Identities = 116/123 (94%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 514 GAAGTTGTGTTTGAAGTGATGAGGCATCTTGAAGGAGCTTATGCTCTTATATTTAAAAGC 573
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 439 GAAGTTGTCTTTGAAGTGATGAGGCATCTTGAAGGAGCTTATGCTCTTATATATAAAAGC 498
Query 574 TGGCATTATCCGAATGAGTTAATTGCGTGCAAGCTTGGTAGTCCATTGCTTTTAGGTGTT 633
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 499 TGGCATTACCCGAACGAGTTGATTGCGTGCAAGCTTGGTAGCCCGTTGCTTTTAGGTGTT 558
Query 634 AAA 636
|||
Sbjct 559 AAA 561
Score = 76.8 bits (41), Expect = 6e-13
Identities = 54/60 (90%), Gaps = 1/60 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 432 AGATACTGAAGTAATTCCTAAGCTTGCT-AAGTTTGTTTTTGACAAAGCTAATGAAGAAG 490
||||||||| || || || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 AGATACTGAGGTTATACCAAAGCTTGCTAAAATTTGTTTTTGACAAAGCTAATGAAGAAG 442
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76485211960
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5