BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24180.1
Length=3626
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479911 jgi|Araly1|479911|fgenesh2_kg.3__2612__AT3G24180.1 5073 0.0
> Ahg479911 jgi|Araly1|479911|fgenesh2_kg.3__2612__AT3G24180.1
Length=3489
Score = 5073 bits (2747), Expect = 0.0
Identities = 3203/3413 (94%), Gaps = 71/3413 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 CGCACGCAAATCAAAAG--AG--TTTAAAAACCACTTGCCACCGTATGAG-AACCTTGTC 60
||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||
Sbjct 1 CGCACGCAAATCAAAAGCCAGACTTT-AAAACCACTTGCCACCGTACGAGAAACCTT-TC 58
Query 61 TCTGACGGTCGATTCTCCGCTCGCCACGACGACGCCACGTCAGCATCCACATAGATTCC- 119
||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| | | |||
Sbjct 59 TCTGACGGTCGATCCTCCGCTCGCCACGCCGCCGCCACGTCAGCA--GTC-T--CCTCCA 113
Query 120 TCTAAATCTCACCAATACCATCAAACCGATTTTCGAAGATTCGAATCCAATTCTTCTCCT 179
|| ||| | | || || | |||| |||||||||||||||||||||| | | ||
Sbjct 114 TC-AAA-AT-A--GATTCC-T--AACCAATTTTCGAAGATTCGAATCCAA----T-T-CT 159
Query 180 CCTCCTCCTTCTTCTTCTGAGAAAATCTCATCGGATTT-C-ATATTTTTGTCCTATTGAC 237
| || | ||||||||||||||||||||| ||| | | |||| | || ||| |
Sbjct 160 --T-CT-C--CTTCTTCTGAGAAAATCTCAT-ATTTTTGCGA-ATTTCT-ACCGATT--C 208
Query 238 TAT-TCAACGTGACAGAT-CGAATACA---AAACTT--TTT-GGTTTTGAATCGGGGATT 289
| | || || |||| || | || |||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 209 -GTCTGAA--TG--AGATGCGTTTTCATTGTCACTTCCTTTAGGTTTTGAATCGGGGATT 263
Query 290 GTTGCGACTGAGACGGTGCCGTTTCAATTCGCTGCAAATGCTTCCCTGAGAAATACCTTT 349
||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 264 GTTCCGACTGAAACGGTGCCGTTTTAATTCGCTGCAAATGCTTGCCTGAGAAACACCTTT 323
Query 350 TGTTCTTTTATGTAAATAAAAGTGTAGAATCGAGAAGTAT-AGTAAATATGGTTGGAGCA 408
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | | |||| | ||||| || |||
Sbjct 324 TGTTCTTTTATGTAAATACAAGTGTAGAGTCGAGAA-TTTGAGTAGAGATGGTGGGGGCA 382
Query 409 ACTTTGTTTCACCGTAGAAAGCATTCATGGCCGACTGAGGAATTCATCAGCAGAAGTACT 468
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 383 ACTTTGTTTCACCGTAGAAAGCATTCATGGCCGGCTGAGGAATTTATCAGTAGAAGTACT 442
Query 469 TTGCAATTGCTCGATTTTGATAGTGCTGCTCCGCCACCACACGCATGGAGGAGGAGATTA 528
||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 CTGCAATTACTTGATTCTGATAGTGCTGCTCCGCCACCACACGCATGGAGGAGGAGATTA 502
Query 529 AACTGCCATGCCAATAT-CTTAAAAGAATTCACTATTACTTTTAGGGAAGCCATTAAAAT 587
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 AACTGCCATGCCAATATCCTT-AAAGAATTCACTATTACTTTTAGGGAAGCCATTAAAAT 561
Query 588 GGTACGCTTGGGGATACGATTATGGTCTTATGTCAGAGAAGAGGCCTCCCATGGAAGGAA 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 GGTACGCTTGGGGATACGATTATGGTCTTATGTCAGAGAAGAGGCCTCCCATGGAAGGAA 621
Query 648 AGCACCTATCGATCCCTTCACCAAAGAGAACTGCAAACCATCTGCATCCCAAGGTGTTCC 707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 AGCACCTATCGATCCCTTCACCAAAGAGAACTGCAAACCATCTGCATCCCAAGGTGTTCC 681
Query 708 ACTCGGAGGAATGGGAAGTGGAAGCATATCTAGGGGCTTCAGAGGG-GAGTTTAAGCAGT 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 682 ACTCGGAGGAATGGGAAGTGGAAGCATATCTAGGGGCTTCAG-GGGTGAGTTTAAGCAGT 740
Query 767 GGCAAATCACTCCTGGGACTTGCGATCCATCACCTATGATGTCTAATCAGTTCTCTATTT 826
||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 741 GGCAAATCACTCCCGGAACTTGTGATCCTTCACCTATGATGTCTAATCAGTTTTCTATTT 800
Query 827 TTATTTCACGAGATGGTGGACACAAAAAGTATGCATCAGTTTTGTCTCCAGGCCAGCATG 886
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TTATTTCTCGAGATGGTGGACACAAAAAGTATGCATCAGTTTTGTCTCCAGGCCAGCATG 860
Query 887 GAAGTTTAGGAAAGTCGCGTGATAAAGGTCTTTCTTCATGGGGCTGGAATCTGAATGGCC 946
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 GAAGTTTAGGAAAATCGCGTGATAAAGGTCTTTCTTCATGGGGCTGGAATCTGAATGGCC 920
Query 947 AGCATTCAACTTATCATGCTCTATTTCCTCGGGCTTGGACTATATATGATGGTGAGCCTG 1006
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 AGCATTCAACTTATCATGCTCTTTTTCCTCGGGCTTGGACTATATATGATGGTGAGCCTG 980
Query 1007 ATCCAGAGTTAAAGATTTCCTGCCGGCAAATATCACCTTTTATACCAAACAATTATCGAG 1066
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 ATCCAGAGTTAAAGATCTCCTGCCGGCAAATATCTCCTTTTATACCAAACAATTATCGAG 1040
Query 1067 ATAGTAGTCTTCCAGCAGCTGTTTTTGTATATACTTTGGTGAACACTGGAAAGGAAAGGG 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 ATAGTAGTCTTCCAGCAGCTGTTTTTGTATATACTTTGGTGAACACTGGAAAGGAAAGGG 1100
Query 1127 CAAAAGTCAGCCTTCTTTTCACATGGGCGAATTCAATGGGTGGGACTTCACATATGTCAG 1186
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 CAAAAGTCAGCCTCCTATTCACATGGGCGAATTCAATAGGTGGGACTTCACATATGTCAG 1160
Query 1187 GGGGTCATGTGAATGAGCCATTCATAGGTGAAGATGGGGTCTCTGGCGTCCTCTTACATC 1246
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1161 GGGGTCATGTGAATGAGCCATTCATAGGCGAAGATGGGGTCTCTGGTGTCCTCTTACATC 1220
Query 1247 ACAAGACAGGCAAAGGAAATCCTCCTGTTACATTTGCGATTGCTGCTTCTGAGACTCAGA 1306
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 ACAAGACAGGCAAGGGAAATCCTCCTGTTACATTTGCGATTGCTGCTTCTGAGACTCAGA 1280
Query 1307 ATGTTAATGTAACTGTTTTACCATGCTTTGGATTGTCTGAAGATAGTTCTTTTACAGCGA 1366
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 ATGTTAATGTAACTGTTTTACCATACTTTGGATTGTCTGAAGATAGTTCTTTTACAGCGA 1340
Query 1367 AAGATATGTGGGATACAATGGAACAGGATGGGAAATTTGATCAAGAAAACTTCAATAGCG 1426
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 AAGATATGTGGGATACAGTGGAAAAGGATGGGAAATTTGATCAAGAAAACTTCAATAGCG 1400
Query 1427 GGCCAAGCACACCTTCATTAGCTGGAGACACTATTTGTGCAGCAGTCTCGGCTTCGGCAT 1486
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1401 GGCCAAGCACGCCTTCATTAGCTGGAGACACTATTTGTGCAGCAGTCTCAGCTTCGGCAT 1460
Query 1487 GGGTAGAAGCTCATGGCAAGTGCACTGTGTCTTTTGCACTTTCATGGTCATCGCCAAAAG 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1461 GGGTAGAAGCTCATGGCAAGTGCACTGTGTCTTTTGCTCTTTCGTGGTCATCACCAAAAG 1520
Query 1547 TGAAATTTTCAAAGGGAAGCACATATGACAGGAGATACACTAAATTTTATGGTACTTCGC 1606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1521 TGAAATTTTCAAAGGGAAGCACATATGACAGGAGATACACTAAATTTTATGGAACTTCGC 1580
Query 1607 CAAGAGCAGCGTTGGACCTTGTGCATGATGCACTGACAAATTATAAGAGGTGGGAGGAAG 1666
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 CAAGAGCAGCGCTGGACCTTGTGCATGATGCACTGACAAATTATAAGAGGTGGGAGGAAG 1640
Query 1667 ATATTGAAGCATGGCAGAATCCCATTCTCAGAGATGAAAGGCTCCCTGAGTGGTACAAGT 1726
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 ATATTGAGGCATGGCAAAATCCCATTCTCAGAGATGAAAGGCTCCCTGAGTGGTACAAGT 1700
Query 1727 TCACTCTGTTCAATGAGCTTTACTTTTTGGTTGCCGGTGGTACAGTTTGGATAGACTCTT 1786
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 TCACTCTGTTCAATGAGCTTTACTTTTTGGTAGCCGGTGGTACAGTTTGGATAGACTCTT 1760
Query 1787 CTTCACTCAATGCTAATGGGAATAGTCAGCATCAACAATCGGGATTAGGAAATTCAGATG 1846
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1761 CTTCACTCAATGCCAATGGGAATAGTCAGCATCAACAATCGGGTTTAGGAAATTCAGATG 1820
Query 1847 GTAAGGTCGG-TGGACTTGACATTAATGATCAACGGAATGACCTTGGTAATGGCAACAGC 1905
||| || ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1821 GTATGG-CGGGTGGACTCGACATCAATGATCAACGGAATGACCTTGGTAATGGAAACAGC 1879
Query 1906 GTTGGAGTAAAAAGCAATGATGAAGTATCAGCCATTCATAACCGGAATGGTTTATTTGTC 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 GTTGGAGTAAAAAGCAATGATGAAGTATCAGCTATTCATAACCGGAATGGTTTATTTGTC 1939
Query 1966 GATACTCCCCATGTAGATGATGGCGATGATGTTGGTCGGTTTCTGTATTTGGAAGGTGTG 2025
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940 GACACTCGCCATGTAGATGATGGCGATGATGTTGGTCGGTTTCTGTATTTGGAAGGTGTG 1999
Query 2026 GAGTATGTGATGTGGTGCACATATGATGTACACTTTTACGCATCATATGCGCTCCTTATG 2085
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 GAGTATGTGATGTGGTGCACATATGACGTGCACTTTTACGCATCATATGCGCTCCTTATG 2059
Query 2086 CTATTCCCAAAGATCGAACTAAACATCCAGCGTGATTTTGCGAAAGCCGTGTTGTCTGAA 2145
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2060 CTATTCCCAAAGATCGAACTAAACATCCAGCGGGATTTTGCAAAAGCTGTGTTGTCTGAA 2119
Query 2146 GATGGTAGGAAGGTTAAGTTCCTGGCAGAAGGAAATGTGGGAATTCGCAAGGTCAGAGGT 2205
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2120 GATGGGAGGAAGGTTAAGTTCCTGGCAGAAGGAAATGTGGGGATTCGCAAGGTCAGAGGT 2179
Query 2206 GCTGTTCCTCACGATCTGGGGATGCATGATCCTTGGAATGAAATGAATGCCTACAACATA 2265
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 GCTGTTCCTCACGATCTGGGGATGCATGATCCGTGGAATGAAATGAATGCCTACAACATA 2239
Query 2266 CATGACACAAGCAGGTGGAAGGATCTGAACCCAAAGTTTGTGCTTCAGGTGTATAGAGAT 2325
||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2240 CATGACACAAGCAAGTGGAAGGATCTTAATCCAAAGTTTGTGCTTCAGGTGTATAGAGAT 2299
Query 2326 TTTGCAGCTACAGGGGATTACCAATTTGGAATAGACGTGTGGCCCGCAGTTCGTGCTGCT 2385
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 TTTGCAGCTACAGGGGATTACCAATTTGGAATAGACGTTTGGCCCGCAGTTCGTGCTGCT 2359
Query 2386 ATGGAGTACATGGAACAGTTTGATAGAGACAATGACGATCTAATAGAGAATGATGGTTTC 2445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2360 ATGGAGTACATGGAACAGTTTGATAGAGACAATGACGATCTAATAGAGAATGATGGTTTC 2419
Query 2446 CCAGATCAGACATATGATACATGGACTGTTCATGGCGTGAGTGCCTACTGCGGTTGCCTG 2505
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2420 CCAGATCAGACATATGATACATGGACTGTTCATGGTGTGAGTGCATACTGCGGTTGCCTT 2479
Query 2506 TGGCTGGCTGCTCTTCAAGCTGCAGCAGCAATGGCTCTCCAAATTGGTGACAAATTCTTT 2565
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2480 TGGCTGGCTGCTCTTCAAGCTGCAGCGGCAATGGCTCTCCAAATCGGTGACAAATTCTTT 2539
Query 2566 GCAGAACTT-TGTAAAAATAAGTTTTTGAATGCAAAGGCAGCACTGGAAACGAAACTCTG 2624
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2540 GCAGAA-TTGTGTAAAAATAAGTTTTTGAATGCAAAGGCAGCAATGGAAACGAAACTCTG 2598
Query 2625 GAATGGATCATACTTCAATTACGACAGTGGGTCAAGCAGCAACAGCAAATCTATACAGAC 2684
||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 GAACGGATCATACTTCAATTATGACAGTGGGGCAAGCAGCAACAGCAAATCTATACAGAC 2658
Query 2685 CGATCAGCTGGCGGGTCAATGGTATGCCGCGTCTTCAGGTCTGCCTCCATTATTTGAGGA 2744
|||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2659 TGATCAGTTGGCGGGTCAATGGTATGCTGCATCTTCAGGTCTGCCTCCAATATTCGAGGA 2718
Query 2745 ATCCAAAATCAGAAGCACTATGCAAAAGATCTTTGATTTCAATGTGATGAAGACAAAAGG 2804
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2719 ATCTAAAATCAGAAGCACTATGCAAAAGATCTTTGATTTCAATGTGATGAAGACCAAAGG 2778
Query 2805 AGGTAAAATGGGTGCTGTAAATGGGATGCATCCGGATGGGAAAGTGGATGACACGTGCAT 2864
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2779 AGGCAAAATGGGTGCAGTAAATGGGATGCATCCTGATGGGAAAGTGGATGACACATGCAT 2838
Query 2865 GCAGTCTCGTGAGATATGGACAGGTGTTACTTATGCAGCTGCGGCTACTATGATCCTCTC 2924
|||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2839 GCAGTCGCGTGAGATATGGACAGGCGTCACTTATGCAGCTGCAGCTACAATGATCCTCTC 2898
Query 2925 TGGAATGGAAGAACAAGGTTTCACCACTGCTGAGGGAATTTTCACAGCTGGCTGGTCAGA 2984
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2899 TGGAATGGAAGAACAAGGATTCACCACTGCTGAGGGAATTTTTACAGCTGGCTGGTCAGA 2958
Query 2985 AGAAGGTTTCGGATATTGGTTCCAGACACCGGAAGGTTGGACAATGGATGGGCATTACCG 3044
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2959 AGAAGGTTTCGGATATTGGTTCCAGACACCGGAAGGTTGGACAATGGATGGGCATTACAG 3018
Query 3045 GTCACT-GATATACATGAGACCGCTCGCGATATGGGGAATGCAATGGGCATTATCGTTGC 3103
||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3019 GTC-CTTGATATACATGAGACCGCTTGCGATATGGGGAATGCAATGGGCATTATCGCTGC 3077
Query 3104 CAAAGGCAATTCTGGACGCTCCACAGATCAACATGATGGACAGAGTACACTTATCCCCTA 3163
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3078 CAAAGGCAATTCTGGACGCTCCTCAGATCAACATGATGGACAGAGTACACTTATCCCCAA 3137
Query 3164 GAAGCCGAAGATTCTCGAACAACTTCAAAGTTGTGAAACACAAGGCAAAGTGTTTTGGTA 3223
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 3138 GAAGCCGCAGATTCTCTAACAACTTCAAAGTTGTGAAACACAAGGCTAAGTGTTTTGGCA 3197
Query 3224 ATTCAGCATTAAGCTGTTCTTGCTAAATCATTCGGTCTTGTTATATATAAGATACAAGTA 3283
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 3198 ATTCAGCATTAAGCTGTTCTTGCTAAATCATTCCGTCTTATTATATATAACATACAAGTA 3257
Query 3284 A-ATTCACATCTCTGATATGATTATCGGAGTAACATATATAAAAAAGAGGAAA---TGTT 3339
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||
Sbjct 3258 ACATTCACATCTCTGATATGATTATCGGAGTAACTTATATAAAAAAAAGTAAAAAATGTT 3317
Query 3340 ATTTAAGGAGAGGAACTAGCCGACATAGTTCCTGAGTTGTAATAATATTAATA 3392
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3318 ATTTAAGGAGAGGAATTAGCCGACATGGTTCCTGAGTTGTAATAA-AT-AATA 3368
Score = 183 bits (99), Expect = 6e-45
Identities = 123/134 (92%), Gaps = 4/134 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 3494 TAATAAATAATAATCTGAGAAGAACAATTTGTGTTCTTCTTTTCTTCTGTTGGTTT-TGA 3552
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 3357 TAATAAATAATAACCTGAGAAGAACAATTTGTGTTCTTCTTTTCTTCTGTTGGTTTAT-A 3415
Query 3553 ATTATTGGCTAAAAGAAAAGCCACGTAAGAGCATATAAT--GACAACGCCTACGTACGCT 3610
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||
Sbjct 3416 TTTATTGGCTTAAAGAAAAGCCACGTAAGAGCATATAAAACGGCAACACCTACGTACGCT 3475
Query 3611 TTTTAGCGTTCAAT 3624
|| |||||||||||
Sbjct 3476 TTATAGCGTTCAAT 3489
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 136969205227
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5