BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24320.1
Length=3730
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479946 jgi|Araly1|479946|fgenesh2_kg.3__2647__AT3G24320.1 5555 0.0
Ahg338769 jgi|Araly1|338769|fgenesh1_pg.C_scaffold_2000868 953 0.0
Ahg342592 jgi|Araly1|342592|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002355 231 2e-59
> Ahg479946 jgi|Araly1|479946|fgenesh2_kg.3__2647__AT3G24320.1
Length=3652
Score = 5555 bits (3008), Expect = 0.0
Identities = 3466/3681 (94%), Gaps = 55/3681 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAGGACTGTGAGATTGTGAATT---GCATAGTCGTCGTCTTCTGGCGGGAAAAGAAGCC 57
|||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 AGAGGACTGTGAAATTGTGAATTGCAGCATA-TCGTCGTCTTCTGGCGGGAAACGAAGCC 59
Query 58 CTAGAAAAAGGGTGAAAGGTGAA-AACTCTA-cttcttcttcttcttcttcttcAGAGTG 115
||||||||| ||||| ||||||| || | ||| ||||||||| | | || ||
Sbjct 60 CTAGAAAAAAGGTGACAGGTGAAGAA---AAGCTT-TTCTTCTTC-ACAGAGT--GACTG 112
Query 116 TGAGAGAGATGCATTGGATTGCTACCAGAAACGCCGTCGTTTCATTCCCAAAATGGCGGT 175
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 113 TGAGAGAGATGCATTGGATTGCGACCAGAAACGCCGTCGTTTCATTCCCCAAATGGCGAT 172
Query 176 TCTTCTTCCGCTCCTCATATCGCACTTACTCTTCCCTCAAACCCTCCTCCCCAATTCTAC 235
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 TCCTCTTCCGCTCCTCATATCGCACTTACTCTTCCCTCAAACCCTCCTCCCCAATTCTAC 232
Query 236 TTAATAGAAGGTACTCTGAGGGGATAT-CTTGTCTCAGAGATGGAAAGTCTTTGAAAA-G 293
|||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||| |||| |
Sbjct 233 TTAATAGAAGGTACTCTGAGGGAATATAC-TGTCTCAGAGATCGAAAGTCTTT-AAAAGG 290
Query 294 AATCACAACGGCTTCTAAGAAAGTGAAGACGTCAAGTGATGTTCTCACTGACAAAGATCT 353
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 AATCACAACGGCTTCTAAGAAAGTCAAGACGTCAAGTGATGTTCTCACTGACAAAGATCT 350
Query 354 CTCTCATTTGGTTTGGTGGAAGGAGAGATTGCAGACATGTAAGAAACCATCTACTCTTCA 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 CTCTCATTTGGTTTGGTGGAAGGAGAGATTGCAGACATGTAAGAAACCATCTACTCTTCA 410
Query 414 GCTTATTGAAAGGCTTATGTACACCAATTTACTTGGTTTGGACCCTAGCTTGAGGAATGG 473
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 GCTTATTGAAAGGCTTATGTACACCAATTTACTGGGTTTGGACCCTAGCTTGAGGAATGG 470
Query 474 AAGTTTAAAAGATGGAAACCTCAACTGGGAGATGTTGCAGTTTAAGTCAAGGTTTCCACG 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 AAGTTTAAAAGATGGAAACCTCAACTGGGAGATGTTGCAGTTTAAGTCAAGGTTTCCACG 530
Query 534 CGAAGTTTTGCTCTGCAGAGTAGGAGAATTTTATGAGGCTATTGGAATAGATGCTTGTAT 593
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 531 CGAAGTTTTGCTCTGCAGAGTGGGAGACTTTTATGAGGCTATTGGAATAGATGCTTGTAT 590
Query 594 ACTTGTTGAATATGCTGGTCTCAATCCTTTTGGTGGTCTTCGATCAGATAGTATTCCAAA 653
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 ACTCGTTGAATATGCTGGTCTAAATCCTTTTGGTGGTCTTCGATCAGATAGTATTCCAAA 650
Query 654 GGCTGGCTGCCCAATTATGAATCTTCGACAGACTTTGGATGACCTGACACGCAATGGTTA 713
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 651 GGCTGGCTGCCCAGTTGTGAATCTTCGACAGACTTTGGATGACCTGACACGCAACGGTTA 710
Query 714 TTCAGTGTGTATTGTGGAGGAAGTTCAGGGGCCAACACCAGCACGCTCCCGTAAAGGTCG 773
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||
Sbjct 711 TTCAGTGTGCATTGTGGAGGAAGTTCAGGGGCCAACACAAGCGCGTTCTCGTAAAGGTCG 770
Query 774 ATTTATTTCAGGGCATGCACATCCAGGAAGTCCTTATGTATATGGGCTTGTCGGTGTTGA 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 771 ATTTATTTCAGGGCATGCACATCCAGGAAGTCCTTATGTATATGGGCTTGTTGGTGTTGA 830
Query 834 CCATGATCTTGACTTTCCTGATCCTATGCCTGTTGTTGGGATATCTCGTTCAGCAAGGGG 893
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 CCACGATCTTGACTTTCCTGAACCTATGCCTGTTGTTGGGATATCTCGTTCAGCAAGGGG 890
Query 894 GTATTGTATGATATCTATTTTCGAGACTATGAAAGCATATTCGCTAGATGATGGTCTAAC 953
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 GTATTGCATGATATCTATTTTCGAGACTATGAAAGCATATTCGCTAGATGATGGTCTAAC 950
Query 954 AGAAGAAGCCTTAGTTACCAAGCTCCGCACTCGTCGCTGTCATCATCTTTTCTTACATGC 1013
|||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 951 AGAAGAAGCCTTGGTTACTAAGCTCCGCACCCGTCGCTGTCATCATCTATTCTTACATGC 1010
Query 1014 ATCGTTGAGGCACAATGCATCAGGGACGTGCCGCTGGGGAGAGTTTGGGGAAGGGGGTCT 1073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 ATCGTTGAGGCACAATGCATCAGGGACGTGCCGCTGGGGAGAGTTTGGGGAAGGGGGTCT 1070
Query 1074 ACTCTGGGGAGAATGCAGTAGCAGGAATTTTGAATGGTTTGAAGGAGATACTCTTTCCGA 1133
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1071 TCTCTGGGGAGAATGCAGTGGCAGGAATTTTGAATGGTTTGAAGGAGATACCCTTTCTGA 1130
Query 1134 GCTCTTATCAAGGGTCAAAGATGTTTATGGTCTTGATGATGAAGTTTCCTTTAGAAATGT 1193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 GCTCTTATCAAGGGTCAAAGATGTTTATGGTCTTGATGATGAAGTTTCCTTTAGAAATGT 1190
Query 1194 CAATGTACCTTCAAAAAATCGGCCACGTCCGTTGCATCTTGGAACGGCTACACAAATTGG 1253
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1191 CAATGTACCTTCAAAAAACCGGCCACGTCCTTTGCATCTTGGAACGGCTACACAAATT-G 1249
Query 1254 TGCCTTACCTACTGAAGGAATACCTTGTTTGTTGAAGGTGTTACTTCCATCTACGTGCAG 1313
| | | | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 -G----A---AGTTTAGGAGTGCCTTGTTTGTTGAAGGTGTTACTTCCATCTACGTGCAG 1301
Query 1314 TGGTCTGCCTTCTTTGTATGTTAGGGATCTTCTTCTGAACCCTCCTGCTTACGATATTGC 1373
||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||
Sbjct 1302 TGGTCTGCCTTCTTTGTATGTCCGAGATCTTCTTCTAAATCCTCCTGCTTATGACATTGC 1361
Query 1374 TCTGAAAATTCAAGAAACGTGCAAGCTCATGAGCACAGTAACATGTTCAATTCCAGAGTT 1433
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1362 TCTGAAAATTCAAGAAACGTGCAAGCTCATGAGCATAGTAACTTGCTCAATTCCGGAGTT 1421
Query 1434 TACCTGCGTCTCTTCTGCTAAGCTTGTGAAGCTTCTTGAGCAACGGGAAGCCAACTACAT 1493
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1422 TACCTGCCTCTCGTCTGCTAAGCTTGTGAAGCTTCTAGAGCAACGTGAAGCCAACTACAT 1481
Query 1494 TGAGTTCTGTCGAATAAAAAATGTGCTTGATGATGTATTACATATGCATAGACATGCTGA 1553
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 TGAGTTCTGCCGAATAAAAAATGTTCTTGATGATGTATTACATATGCATAGACATGCTGA 1541
Query 1554 GCTTGTGGAAATCCTGAAATTATTGATGGATCCTACCTGGGTGGCTACTGGTTTGAAAAT 1613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1542 GCTTGTGGAAATCCTGAAATTATTGATGGATCCTACCTGGGTGGCTACTGGTTTGAAGAT 1601
Query 1614 TGACTTTGACACTTTTGTCAACGAATGTCATTGGGCGTCTGATACAATTGGTGAAATGAT 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 TGACTTTGACACTTTTGTCAACGAATGTCATTGGGCGTCTGATACAATTGGTGAAATGAT 1661
Query 1674 CTCTTTAGATGAGAATGAAAGTCATCAGAATGTAAGTAAATGTGAC-AATGTCCCGAACG 1732
||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||| ||||| |
Sbjct 1662 ATCTCTAGATGACAATGAAAGTCATCAGAATGTTAGTAAATGCG-CTAATGTTCCGAATG 1720
Query 1733 AATTCTTTTATGATATGGAGTCTTCATGGCGAGGTCGCGTTAAGGGAATTCATATAGAGG 1792
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1721 AGTTCTTTTATGATATGGAGTCTTCATGGCGAGGTCGTGTTAAGGGAATTCATATAGA-G 1779
Query 1793 AA-GAAATCACTCAAGTAGAAAAATCAGCTGAGGCTTTATCTTTAGCAGTAGCTGAGGAT 1851
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1780 AAGGAAATCACTCAAGTGGAAAAATCAGCTGAGGCTTTATCTTTAGCTGTAGCTGAGGAT 1839
Query 1852 TTTCACCCTATTATATCAAGAATTAAGGCCACCACTGCTTCACTTGGTGGCCCGAAAGGC 1911
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1840 TTCCTCCCTATTATATCAAGAATTAAGGCCACCACTGCTTCACTTGGTGGCCCGAAGGGC 1899
Query 1912 GAAATCGCATATGCAAGAGAGCATGAGTCTGTTTGGTTCAAGGGGAAACGGTTTACGCCA 1971
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1900 GAAATTGCATATGCAAGAGAGCATGAGTCTGTTTGGTTCAAGGGGAAACGGTTTACACCA 1959
Query 1972 TCTATCTGGGCTGGTACTGCAGGGGAAGACCAAATAAAACAGCTGAAACCTGCCTTAGAC 2031
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1960 TCTATCTGGGCTGGTACTGCAGGGGAAGACCAAATTAAACAGCTGAAACCTGCTTTAGAC 2019
Query 2032 TCGAAAGGAAAAAAGGTTGGAGAAGAATGGTTTACGACCCCAAAGGTGGAAATTGCTTTA 2091
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2020 TCAAAAGGAAGAAAGGTTGGAGAAGAATGGTTTACGACTCCAAAGGTGGAAATTGCTTTA 2079
Query 2092 GTCAGATACCATGAAGCTAGTGAGAATGCAAAAGCTCGGGTGTTGGAACTGTTGCGCGAG 2151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 GTCAGATACCATGAAGCTAGTGAGAATGCAAAAGCTCGGGTGTTGGAACTGTTGCGCGAG 2139
Query 2152 TTATCCGTTAAATTGCAAACAAAAATAAATGTTCTTGTCTTTGCATCTATGCTTCTGGTC 2211
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2140 TTATCTGTTAAATTGCAAACAAAAATTAATGTTCTTGTCTTTGCATCTATGCTTCTGGTC 2199
Query 2212 ATTTCAAAAGCATTATTTTCCCATGCTTGTGAAGGGAGAAGGCGAAAGTGGGTTTTTCCA 2271
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2200 ATTTCTAAAGCATTATTTGCCCATGCTTGTGAAGGGAGAAGGCGAAAGTGGGTTTTTCCA 2259
Query 2272 ACGCTTGTCGGATTCAGTTTAGATGAGGGCGCAAAACCATTAGATGGTGCCAGTCGAATG 2331
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2260 ACGCTTGTCGGATTCAGTACAGATGAGGGCGCAAAACCATTAGATGGTGCCAGTCGAATG 2319
Query 2332 AAGCTGACAGGCCTGTCACCTTATTGGTTTGATGTATCTTCTGGAACCGCTGTTCACAAT 2391
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2320 AAGCTGACAGGCCTATCACCGTATTGGTTTGATGTATCTTCTGGAACCGCTGTTCACAAT 2379
Query 2392 ACCGTTGACATGCAATCACTGTTTCTTCTAACTGGACCTAACGGTGGTGGTAAATCGAGT 2451
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2380 ACTGTTGACATGCAATCACTGTTTCTTCTAACTGGACCTAATGGTGGTGGTAAATCTAGT 2439
Query 2452 TTGCTCAGATCAATATGCGCAGCTGCTCTACTTGGAATTTCCGGTTTAATGGTTCCAGCT 2511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440 TTGCTCAGATCAATATGCGCAGCTGCTCTACTTGGAATTTCCGGTTTAATGGTTCCAGCT 2499
Query 2512 GAATCAGCTTGTATTCCTCACTTTGATTCCATCATGCTTCACATGAAATCATATGACAGC 2571
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2500 GAATCAGCTTCTATCCCTCACTTTGATTCCATCATGCTTCACATGAAATCCTATGACAGC 2559
Query 2572 CCTGTAGACGGAAAAAGTTCTTTCCAGGTAGAAATGTCGGAAATACGATCTATTGTAAGC 2631
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2560 CCTGTAGATGGAAAAAGTTCTTTCCAGGTAGAAATGTCGGAAATACGATCTATCGTAAGC 2619
Query 2632 CAGGCTACTTCGAGAAGCCTAGTGCTTATAGATGAGATATGCCGAGGGACAGAGACAGCA 2691
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2620 CAGGCTACTTCAAGAAGCCTAGTGCTTATAGACGAGATATGCCGAGGGACAGAGACAGCA 2679
Query 2692 AAAGGCACCTGTATCGCTGGTAGTGTGGTAGAGAGTCTTGACACAAGTGGTTGTTTGGGT 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2680 AAAGGCACCTGTATCGCTGGTAGTGTGGTAGAGAGTCTTGACACAAGTGGTTGTTTGGGT 2739
Query 2752 ATTGTATCTACTCATCTCCATGGAATCTTCAGTTTACCTCTTACAGCGAAAAACATCACA 2811
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 2740 ATTGTATCTACTCATCTCCATGGAATCTTCAGTTTACCTCTTGCTGCCAAAAACATCACA 2799
Query 2812 TATAAAGCAATGGGAGCCGAAAATGTCGAAGGGCAAACCAAGCCAACTTGGAAATTGACA 2871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2800 TATAAAGCAATGGGAGCCGAAAATGTCGAAGGGCAAACTAAGCCAACTTGGAAATTGACA 2859
Query 2872 GATGGAGTCTGCAGAGAGAGTCTTGCGTTTGAAACAGCTAAGAGGGAAGGTGTTCCCGAG 2931
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2860 GATGGAGTCTGCAGAGAGAGTCTTGCGTTTGAAACAGCTAAGAGAGAAGGTGTTCCCGAG 2919
Query 2932 TCAGTTATCCAAAGAGCTGAAGCTCTTTACCTCTCGGTCTATGCAAAAGACGCATCAGCT 2991
|| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2920 ACAATCATCCAAAGAGCCGAAGCTCTTTACCTCTCGGTTTATGCAAAAGATGCATCATCT 2979
Query 2992 GAAGTTGTCAAACCCGACCAAATCATAACTTCATCCAACAATGACCAGCAGATCCAAAAA 3051
|||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2980 GAAGTTGTCAAACCCGACAAAATCGTAACTGCATCCAACAATGACCAGCAGATCCGCAAA 3039
Query 3052 CCAGTCAGCTCTGAGAGAAGTTTGGAGAAGGACTTAGCAAAAGCTATCGTCAAAATCTGT 3111
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3040 CCAGTCAGTTCTGAGAGAAGTTTGGAGAAGGACTTGGCAAAAGCTATCGTTAAAATCTGT 3099
Query 3112 GGGAAAAAGATGATTGAGCCTGAAGCAATAGAATGTCTTTCAATTGGTGCTCGTGAGCTT 3171
|| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 3100 GGAAAAAAGATGATTGAGCCTGAAGCATTAGAATGTCTTTCAATCGGTGCTCGAGAGCTT 3159
Query 3172 CCACCTCCATCTACAGTTGGTTCTTCATGCGTGTATGTGATGCGGAGACCCGATAAGAGA 3231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3160 CCACCTCCATCTACAGTTGGTTCTTCATGCGTGTATGTGATGCGTAGACCCGATAAGAGA 3219
Query 3232 TTGTACATTGGACAGACCGATGATCTTGAAGGACGAATACGTGCGCATCGAGCAAAGGAA 3291
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3220 TTGTACATTGGACAGACGGATGATCTTGAAGGAAGAATACGTGCGCATCGAGCAAAGGAA 3279
Query 3292 GGACTGCAAGGGTCAAGTTTTCTATACCTTATGGTTCAAGGTAAGAGCATGGCTTGTCAG 3351
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3280 GGACTGCAAGGGTCAAGTTTTCTATACCTTATGGTGCAAGGTAAGAGCATGGCTTGTCAG 3339
Query 3352 TTAGAGACTCTAT-TGATTAATCAACTCCATGAACAAGGCTACTCTCTGGCTAACCTAGC 3410
|||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3340 CTAGAGACTCT-TCTGATTAACCAACTCCATGAACAAGGCTACTCTCTGGCTAACCTAGC 3398
Query 3411 CGATGGAAAGCACCGTAATTTCGGAACGTCCTCAAGCTTGAGTACATCAGACGTAGTCAG 3470
||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 3399 CGATGGAAAGCACCGGAATTTCGGAACATCCACAAGCTTGAGTGCATCAGATGTAGTCAG 3458
Query 3471 CATCTTATAGTTTGAAACATTAGCTGTGTTTGTAGTTGATCATCTCTATGTGCAATTGAA 3530
|||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | | |||
Sbjct 3459 TATCTCATAGTTTGAAACATTAGCTATGTTTGTAATTGATCATCTCTCT----A---GAA 3511
Query 3531 CAAGTCAGTTTGCTAGAACTAGAGTAGATTACTAAGAAACCATGCCGTTTTTCATTTTGA 3590
| || ||| ||| | || | |||||| | ||||||||||||| ||||||
Sbjct 3512 CTAG--AGT-----AGA--T----TAC-T-ACTAAGCATGCATGCCGTTTTTCTTTTTGA 3556
Query 3591 GATTTTGCAAAACGGCATGCAGTTCGGGTAAGTCGGATGCCGCAATTACCAATTTTGGGT 3650
||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3557 GATTTTGTTAAACGGCACGCAGTTCAGGCAA-TCGGATGCAGCAATTACCAATTTTGGGT 3615
Query 3651 CAGTCTGTGTAATTGTCGTTT 3671
||||| |||||||||||||||
Sbjct 3616 CAGTCGGTGTAATTGTCGTTT 3636
> Ahg338769 jgi|Araly1|338769|fgenesh1_pg.C_scaffold_2000868
Length=1200
Score = 953 bits (516), Expect = 0.0
Identities = 548/564 (97%), Gaps = 0/564 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 721 TGTATTGTGGAGGAAGTTCAGGGGCCAACACCAGCACGCTCCCGTAAAGGTCGATTTATT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 586 TGTATTGTGGAGGAAGTTCAGGGGCCAACACCAGCACGCTCTCGCAAAGGTCGATTTATT 645
Query 781 TCAGGGCATGCACATCCAGGAAGTCCTTATGTATATGGGCTTGTCGGTGTTGACCATGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 646 TCAGGGCATGCACATCCAGGAAGTCCTTACGTATATGGGCTCGTTGGTGTTGACCACGAT 705
Query 841 CTTGACTTTCCTGATCCTATGCCTGTTGTTGGGATATCTCGTTCAGCAAGGGGGTATTGT 900
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 706 CTTGACTTTCCTGAGCCTATGCCTGTTGTTGGGATATCTCGGTCAGCAAGGGGGTACTGT 765
Query 901 ATGATATCTATTTTCGAGACTATGAAAGCATATTCGCTAGATGATGGTCTAACAGAAGAA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 ATGATATCTATTTTCGAGACTATGAAAGCATATTCACTAGATGATGGTCTAACAGAAGAA 825
Query 961 GCCTTAGTTACCAAGCTCCGCACTCGTCGCTGTCATCATCTTTTCTTACATGCATCGTTG 1020
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 GCCTTAGTTACCAAGCTCCGCACCCGTCGCTGTCATCATCTTTTCTTACATGCATCGTTG 885
Query 1021 AGGCACAATGCATCAGGGACGTGCCGCTGGGGAGAGTTTGGGGAAGGGGGTCTACTCTGG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 886 AGGCACAATGCATCAGGGACGTGCCGCTGGGGAGAGTTTGGGGAAGGGGGTTTACTCTGG 945
Query 1081 GGAGAATGCAGTAGCAGGAATTTTGAATGGTTTGAAGGAGATACTCTTTCCGAGCTCTTA 1140
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 GGAGAATGTAGTGGCAGGAATTTTGAATGGTTTGAAGGAGATACTCTTTCCGAGCTCTTA 1005
Query 1141 TCAAGGGTCAAAGATGTTTATGGTCTTGATGATGAAGTTTCCTTTAGAAATGTCAATGTA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TCAAGGGTCAAAGATGTTTATGGTCTTGATGATGAAGTTTCCTTTAGAAATGTCAATGTA 1065
Query 1201 CCTTCAAAAAATCGGCCACGTCCGTTGCATCTTGGAACGGCTACACAAATTGGTGCCTTA 1260
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1066 CCTTCAAAAAATCGGCCACGTCCTTTGCATCTTGGAACGGCTACACAAATTGGTTCCTTA 1125
Query 1261 CCTACTGAAGGAATACCTTGTTTG 1284
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 CCTACTGAAGGAATACCTTGTTTG 1149
Score = 379 bits (205), Expect = 7e-104
Identities = 217/223 (97%), Gaps = 0/223 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 479 TAAAAGATGGAAACCTCAACTGGGAGATGTTGCAGTTTAAGTCAAGGTTTCCACGCGAAG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TAAAAGATGGAAACCTCAACTGGGAGATGTTGCAGTTTAAGTCAAGGTTTCCACGCGAAG 358
Query 539 TTTTGCTCTGCAGAGTAGGAGAATTTTATGAGGCTATTGGAATAGATGCTTGTATACTTG 598
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 359 TTTTGCTCTGCAGAGTAGGGGACTTTTATGAGGCTATTGGAATAGATGCTTGTATACTCG 418
Query 599 TTGAATATGCTGGTCTCAATCCTTTTGGTGGTCTTCGATCAGATAGTATTCCAAAGGCTG 658
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTGAATATGCTGGTCTAAATCCCTTTGGTGGTCTTCGATCTGATAGTATTCCAAAGGCTG 478
Query 659 GCTGCCCAATTATGAATCTTCGACAGACTTTGGATGACCTGAC 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GCTGCCCAATTATGAATCTTCGACAGACTTTGGATGACCTGAC 521
Score = 329 bits (178), Expect = 7e-89
Identities = 233/258 (90%), Gaps = 10/258 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 124 ATGCATTGGATTGCTACCAGAAACGCCGTCGTTTCATTCCCAAAATGGCGGTTCTTCTTC 183
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||
Sbjct 1 ATGCATTGGATTGCAACCAGAAACGCCGTCGTTTCAGTCCCTAAATGGCGATTCCTCTTC 60
Query 184 CGCTCCTCATATCGCACTTACTCTTCCCTCAAACCCTCCTCCCCAATTCTACTTAATAGA 243
|||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCTCCTCAT-T-TCAC--A--CTTCCCTCAAACCCTCCTCTCCAATTCTACTTAATAGA 114
Query 244 AGGTACTCTGAGGGGATAT-CTTGTCTCAGAGATGGAAAGTCT-TTGAAAAGAATCACAA 301
||| ||||||| || |||| | ||||| |||||| |||||||| || ||| |||||||||
Sbjct 115 AGGAACTCTGAAGGTATATAC-TGTCTTAGAGATCGAAAGTCTCTT-AAAGGAATCACAA 172
Query 302 CGGCTTCTAAGAAAGTGAAGACGTCAAGTGATGTTCTCACTGACAAAGATCTCTCTCATT 361
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 CGGCTTCTAAGAAAGTTAAGACGTCAAGTGATGTTCTCACTGACAAAGATCTCTCTCATT 232
Query 362 TGGTTTGGTGGAAGGAGA 379
|||||||||| |||||||
Sbjct 233 TGGTTTGGTGTAAGGAGA 250
> Ahg342592 jgi|Araly1|342592|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002355
Length=474
Score = 231 bits (125), Expect = 2e-59
Identities = 166/184 (90%), Gaps = 9/184 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 293 GAATCACAACGGCTTCTAAGAAAGTGAAGACGTCAAGTGATGTTCTCACTGACAAAGATC 352
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 GAATCACAACGGCTTCTAAGAAAGTCAAGACGTCAAGTGATGTTCTCACTGACAAAGATC 325
Query 353 TCTCTCATTTGGTTTGGTGGAAGGAGAGATTGCAGACATGTAAGAAACCATCTACTCTTC 412
||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 326 TCTCTCATTTGGTTTGGTGGAAGGAGA-----CA----TGTCAGAAACCATCTACTCTTC 376
Query 413 AGCTTATTGAAAGGCTTATGTACACCAATTTACTTGGTTTGGACCCTAGCTTGAGGAATG 472
|||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| | | |||||||||
Sbjct 377 AGCTTATTCAAAGGCATATGTACACTAATTTACTGGGTTTGGACCCCATCATGAGGAATG 436
Query 473 GAAG 476
||||
Sbjct 437 GAAG 440
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140927192819
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5