BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24495.1
Length=3465
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479958 jgi|Araly1|479958|fgenesh2_kg.3__2659__AT3G24495.1 2531 0.0
> Ahg479958 jgi|Araly1|479958|fgenesh2_kg.3__2659__AT3G24495.1
Length=3386
Score = 2531 bits (1370), Expect = 0.0
Identities = 1615/1731 (93%), Gaps = 26/1731 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 61 ATGCAGCGCCAGAGATCGATTTTGTCTTTCTTCCAAAAACCCACGGCGGCGACTACGAAG 120
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||
Sbjct 1 ATGCAGCGCCAGAGATCGATTCTGTCTTTCTTCCAAAAGCCCTCGCCGGCGACTACTCAG 60
Query 121 GGTTTGGTTTCCGGCGATGCTGCTAGCGGCGGGGGCGGCAGCGGAGGACCACGATTTAAT 180
||||||||||||||||||||| | || || || |||||| ||| ||| | || | |
Sbjct 61 GGTTTGGTTTCCGGCGATGCTACCAGTGGAGGCGGCGGCGGCGTCGGAGGAGGA--T--T 116
Query 181 GTGAAGGAAGGGGATGCTAAAGGCGACGCTTCTGTACGTTTTGCTGTTTCGAAATCTGTC 240
| || || | || |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 117 GCGACTCAA--TG-TG--AAAGACGACGCTTCTGTACGCTTTGCTGTTTCGAAATCTGTC 171
Query 241 GATGAGGTTAGAGGAACGGATACTCCACCGGAGAAGGTTCCGCGTCGTGTCCTGCCGTCT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 172 GATGAGGTTAGAGGAACGGATACTCCACCGGAGAAGGTTCCGCGTCGTGTTCTGCCGTCT 231
Query 301 GGATTTAAGCCGGCTGAATCCGCC---GGTGATGCTTCGTCCCTGTTCTCCAATATTATG 357
||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||| ||
Sbjct 232 GGATTTAAGACGGCTGAATCCGCCGGAGGTGGTGCTTCGTCATTGTTCTCTAATATTGTG 291
Query 358 CATAAGTTTGTAAAAGTCGATGATCGAGATTGTTCTGGAGAGAGGAGCCGAGAAGATGTT 417
||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 292 CATAAGTTTGTGAAGGTCGATGATCGAGAATGTTCTGGACAGAGGAGCCGAGAAGATGTT 351
Query 418 GTTCCGCTGAATGATTCATCTCTATGTATGAAGGCTAATGATGTTATTCCTCAATTTCGT 477
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 352 GTTCCGCTGAATGATTCATCTGTATGTATGAAAGCTGATGATGTTATTCCTGAATTTCGT 411
Query 478 TCCAATAATGGTAAAACTCAAGAAAGAAACCATGCTTTTAGTTTCAGTGGGAGAGCTGAA 537
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 412 TCCAATAATGGTCAAACTCAAGAAAGAGACCATGCTTTTAGCTTCAGTGGGAGA---G-- 466
Query 538 CTTAGATCAGTAGAAGATATAGGAGTAGATGGCGATGTTCCTGGTCCAGAAACACCAGGG 597
|||| || | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 --TAGA--AG-A-TA-ATATAGGAGTAGATGATGATGTTCCTGGTCCAGAAACACCAGGG 519
Query 598 ATGCGTCCACGTGCTTCTCGCTTGAAGCGAGTTCTGGAGGATGAAATGACTTTTAAGGAG 657
|| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 520 ATACGTCCAAGTGTTTCTCGCTTGAAGCGAGTTTTGGAGGATGGAATGACTGTTAAGGAG 579
Query 658 GATAAGGTTCCTGTATTGGACTCTAACAAAAGGCTGAAAATGCTCCAGGATCCGGTTTGT 717
|||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 580 AATAAGGCTCCTGTATTGGATTCTAATAAAAGGCTGAAAATGCTTCAGGATCCGGTTTGT 639
Query 718 GGAGAGAAGAAAGAAGTAAACGAAGGAACCAAATTTGAATGGCTTGAGTCTTCTCGAATC 777
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 640 GGAGAGAAGAAAGAAGTAAACGAAGGAACCAAATTTGAGTGGCTTGAGCCTTCTCGAATC 699
Query 778 AGGGATGCCAATAGAAGACGTCCTGATGATCCCCTTTACGATAGAAAGACCTTACACATA 837
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 700 AGGGATGCTAATAGAAGACGGCCTGATGATCCACTTTACGACAGAAAGACCTTATACATA 759
Query 838 CCACCTGATGTTTTCAAGAAAATGTCTGCATCACAAAAGCAATATTGGAGTGTTAAGAGT 897
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 760 CCACCTGATGTTTTCAAGAAAATGTCTGCGTCGCAAAAGCAATATTGGAGTGTTAAGAGT 819
Query 898 GAATATATGGACATTGTGCTTTTCTTTAAAGTGGGGAAA-TTTTATGAGCTGTATGAGCT 956
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 820 GAATATATGGATATTGTGCTTTTCTTTAAAGT-GGGAAAGTTTTATGAGCTGTATGAGGT 878
Query 957 AGATGCGGAATTAGGTCACAAGGAGCTTGACTGGAAGATGACCATGAGTGGTGTGGGAAA 1016
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 879 AGATGCGGAGTTAGGTCACAAGGAGCTTGACTGGAAGATGACCATGAGCGGTGTGGGAAA 938
Query 1017 ATGCAGACAGGTTGGTATCTCTGAAAGTGGGATAGATGAGGCAGTGCAAAAGCTATTAGC 1076
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 939 ATGCAGACAGGTCGGTATCTCTGAAAGTGGGATAGATGAGGCAGTGCAAAAGCTTTTAGC 998
Query 1077 TCGTGGATATAAAGTTGGACGAATCGAGCAGCTAGAAACATCTGACCAAGCAAAAGCCAG 1136
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 TCGTGGATATAAAGTTGGACGAATTGAGCAGCTAGAAACATCTGACCAAGCAAAAGCCAG 1058
Query 1137 AGGTGCTAATACTATAATTCCAAGGAAGCTAGTTCAGGTATTAACTCCATCAACAGCAAG 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 AGGTGCTAATACTATAATTCCAAGGAAGCTAGTTCAGGTATTAACTCCATCAACAGCAAG 1118
Query 1197 CGAGGGAAACATCGGGCCTGATGCCGTCCATCTTCTTGCTATAAAAGAGATCAAAATGGA 1256
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 CGAGGGTAACATTGGGCCTGATGCCGTCCATCTTCTTGCTATAAAAGAGATCAAAATGGA 1178
Query 1257 GCTACAAAAGTGTTCAACTGTGTATGGATTTGCTTTTGTTGACTGTGCTGCCTTGAGGTT 1316
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GCTAGAAAAGTGTTCAACTGTGTATGGATTTGCTTTTGTTGACTGTGCTGCCTTGAGGTT 1238
Query 1317 TTGGGTTGGGTCCATCAGCGATGATGCATCATGTGCTGCTCTTGGAGCGTTATTGATGCA 1376
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1239 TTGGGTCGGGTCCATCAGCGACGATGCATCATGTGCTGCTCTTGGAGCTTTATTGATGCA 1298
Query 1377 GGTTTCTCCAAAGGAAGTGTTATATGACAGTAAAGGGCTATCAAGAGAAGCACAAAAGGC 1436
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1299 GGTTTCTCCAAAGGAAGTGGTATATGACAGTAAAGGGCTATCAAGAGAAGCCCAAAAGGC 1358
Query 1437 TCTAAGGAAATATACGTTGACAGGGTCTACGGCGGTACAGTTGGCTCCAGTACCACAAGT 1496
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1359 TCTAAGGAAATATACATTGACAGGGTCTACGGCGGTACAGTTGGCTCCAGTATCACAAGT 1418
Query 1497 AATGGGGGATACAGATGCTGCTGGAGTTAGAAATATAATAGAATCTAACGGATACTTTAA 1556
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1419 AATGGGGGATACAGATGCTGCTGGAGTTAGAAATATAATAGAATCTAATGGATACTTTAG 1478
Query 1557 AGGTTCTTCTGAATCATGGAACTGTGCTGTTGATGGTCTAAATGAATGTGATGTTGCCCT 1616
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1479 AGGTTCTTCTGAGTCATGGAACTGTGCTGTTGATGGTCTAAGTGAATGTGATGTTGCCCT 1538
Query 1617 TAGTGCTCTTGGAGAGCTAATTAATCATCTGTCTAGGCTAAAGCTAGAAGATGTACTTAA 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 TAGTGCTCTTGGAGAGCTAATTAATCATCTGTCTAGGCTGAAGCTAGAAGATGTACTTAA 1598
Query 1677 GCATGGGGATATTTTTCCATACCAAGTTTACAGGGGTTGTCTCAGAATTGATGGCCAGAC 1736
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 GCATGGAGATATTTTTCCATACCAAGTTTACAGGGGTTGTCTCAGAATTGATGGCCAGAC 1658
Query 1737 GATGGTAAATCTTGAGATATTTAACAATAGCTGTGATGGTGGTCCTTCAGG 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1659 GATGGTAAATCTTGAGATATTTAACAATAGCTGGGATGGCGGTCCTTCAGG 1709
Score = 2486 bits (1346), Expect = 0.0
Identities = 1522/1608 (95%), Gaps = 8/1608 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1787 GGACCTTGTACAAATATCTTGATAACTGTGTTAGTCCAACTGGTAAGCGACTCTTAAGGA 1846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1757 GGACCTTGTACAAATATCTTGATAACTGTGTTAGTCCAACTGGTAAGCGGCTCTTAAGAA 1816
Query 1847 ATTGGATCTGCCATCCACTCAAAGATGTAGAAAGCATCAATAAACGGCTTGATGTAGTTG 1906
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1817 ATTGGATCTGCCATCCACTCAAAGATGTAGCAAGCGTCAATAAAAGGCTTGATATAGTTG 1876
Query 1907 AAGAATTCACGGCAAACTCAGAAAGTATGCAAATCACTGGCCAGTATCTCCACAAACTTC 1966
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1877 AAGAATTCACGGCAAACTCAGAAATTATGCAAACCACCGGCCAGTATTTTCACAAACTTC 1936
Query 1967 CAGACTTAGAAAGACTGCTCGGACGCATCAAGTCTAGCGTTCGATCATCAGCCTCTGTGT 2026
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 1937 CAGACTTAGAAAGACTGCTCGGACGCATTAAGTCTAGCGTTCAATCATCAGCCTCTGTTT 1996
Query 2027 TGCCTGCTCTTCTGGGGAAAAAAGTGCTGAAACAACGAGTTAAAGCATTTGGGCAAATTG 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1997 TGCCTGCTCTTCTGGGGAAAAAAGTGCTGAAACAACGAGTTAAAGCATTTGGGCAAACTG 2056
Query 2087 TGAAAGGGTTCAGAAGTGGAATTGATCTGTTGTTGGCTCTACAGAAGGAATCAAATATGA 2146
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 TGAAAGGGTTCAGAAGTGGAATTGATTTGTTGTTGGCTCTACAGAAGGAATCAAATATGA 2116
Query 2147 TGAGTTTGCTTTATAAACTCTGTAAACTTCCTATATTAGTAGGAAA-AAGCGGGCTAGAG 2205
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 2117 TGAGTTTGCTTTGTAAACTCTGTAAACTTCCTATATTAGTTGGAAACAA-TGGGCTAGAG 2175
Query 2206 TTATTTCTTTCTCAATTCGAAGCAGCCATAGATAGCGACTTTCCAAATTATCAGAACCAA 2265
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 TTATTCCTTTCTCAATTTGAAGCAGCCATAGATAGCGACTTTCCAAATTATCAGAACCAA 2235
Query 2266 GATGTGACAGATGAAAACGCTGAAACTCTCACAATACTTATCGAACTTTTTATCGAAAGA 2325
||| ||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2236 GATATGACAGAGGAGAATGCTGAAACTCTTACAATACTTATTGAACTATTTATCGAAAGA 2295
Query 2326 G-CAACTCAATGGTCTGAGGTCATTCACACCATAAGCTGCCTAGATGTCCTGAGATCTTT 2384
| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2296 GTC-ACTCAATGGTCTGAGGTCATTCACATTATAAGCTGCCTCGATGTCCTGAGATCTTT 2354
Query 2385 TGCAATCGCAGCAAGTCTCTCTGCTGGAAGCATGGCCAGGCCTGTTATTTTTCCCGAATC 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2355 TGCAATCGCAGCAAGTCTCTCTGCTGGAAGCATGGCCAGGCCTGTTATTTTTCCCGAATC 2414
Query 2445 AGAAGCTACAGATCAGAATCAGAAAACAAAAGGGCCAATACTTAAAATCCAAGGACTATG 2504
|||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 AGAAAATACAGATCAAAATCAGGAAATAAAAGGGCCAATACTTAAAATCCAAGGACTATG 2474
Query 2505 GCATCCATTTGCAGTTGCAGCCGATGGTCAATTGCCTGTTCCGAATGATATACTCCTTGG 2564
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2475 GCATCCATTTGCAGTTGCAGCTGATGGTCAATTGCCTGTTCCAAATGATATACTCCTTGG 2534
Query 2565 CGAGGCTAGAAGA-AGCAGTGGCAGCATTCATCCTCGGTCATTGTTACTGACGGGACCAA 2623
|||| ||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2535 TGAGGATAGAA-ACCGCAGCAACAGCATTCATCCTCGGTCCTTGTTACTGACAGGACCAA 2593
Query 2624 ACATGGGCGGAAAATCAACTCTTCTTCGTGCAACATGTCTGGCCGTTATCTTTGCCCAAC 2683
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2594 ACATGGGTGGAAAGTCAACTCTTCTTCGTGCAACATGTCTTGCCGTTATCTTTGCCCAAC 2653
Query 2684 TTGGCTGCTACGTGCCGTGTGAGTCTTGCGAAATCTCCCTCGTGGATACTATCTTCACAA 2743
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2654 TTGGCTGCTATGTGCCATGTGAGTCTTGCGAAATCTCCCTTGTGGATACTATCTTCACAA 2713
Query 2744 GGCTTGGCGCATCTGATAGAATCATGACAGGAGAGAGTACCTTTTTGGTAGAATGCACTG 2803
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2714 GGCTTGGTGCATCTGATAGAATCATGACAGGAGAGAGTACCTTCTTGGTAGAATGCACTG 2773
Query 2804 AGACAGCGTCAGTTCTTCAGAATGCAACTCAGGATTCACTAGTAATCCTTGACGAACTGG 2863
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 AGACGGCATCAGTTCTTCAGAATGCAACTCAGGATTCACTAGTAATCCTTGACGAACTGG 2833
Query 2864 GCAGAGGAACTAGTACTTTCGATGGATACGCCATTGCATACTCGGTTTTTCGTCACCTGG 2923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2834 GCAGAGGAACTAGTACTTTCGATGGATACGCCATTGCATACTCGGTTTTTCGTCACCTGG 2893
Query 2924 TAGAGAAAGTTCAATGTCGGATGCTCTTTGCAACACATTACCACCCTCTCACCAAGGAAT 2983
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2894 TAGAGAAAGTCCAGTGTCGGATGCTCTTTGCAACACATTACCACCCTCTCACCAAGGAAT 2953
Query 2984 TCGCGTCTCACCCACGTGTCACCTCGAAACACATGGCTTGCGCATTCAAATCAAGATCTG 3043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2954 TCGCGTCTCACCCACGTGTCACCTCGAAACACATGGCGTGCGCATTCAAATCAAGATCTG 3013
Query 3044 ATTAT-CAACCACGTGGTTGTGATCAAGACCTAGTGTTCTTGTACCGTTTAACCGAGGGA 3102
|| | || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 ATCAAGCA-CCACGTGGCTGTGACCAAGACCTAGTGTTCTTGTACCGTTTAACCGAGGGA 3072
Query 3103 GCTTGTCCTGAGAGCTACGGACTTCAAGTGGCACTCATGGCTGGAATACCAAACCAAGTG 3162
|||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3073 GCTTGTCCCGAGAGCTACGGACTTCAAGTAGCCCTCATGGCTGGAATACCAAACCTAGTG 3132
Query 3163 GTTGAAACAGCATCAGGTGCTGCTCAAGCCATGAAGAGATCAATTGGGGAAAACTTCAAG 3222
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3133 GTTGAAACAGCATCAGACGCTGCTCAAGCCATGAAGAGATCAATTGGCGAAAACTTCAAA 3192
Query 3223 TCAAGTGAGCTAAGATCTGAGTTCTCAAGTCTGCATGAAGACTGGCTCAAGTCATTGGTG 3282
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3193 TCAAGTGAGCTAAGGTCTGAGTTCTCAAGTCTGCATGAAGACTGGCTCAAGTCATTGGTA 3252
Query 3283 GGTATTTCTCGAGTCGCCCACAACAATGCCCCCATTGGCGAAGATGACTACGACACTTTG 3342
||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3253 GGTATCTCTCGAGCCGCCCACAACAATGCCGCCATTGGCGAAGATGACTACGACACTTTG 3312
Query 3343 TTTTGCTTATGGCATGAGATCAAATCCTCTTACTGTGTTCCCAAATAA 3390
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3313 GTTTGCTTATGGCATGAGATCAAATCTTCTTACTGTGTTCCCAAATAA 3360
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130841935974
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5