BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24650.1
Length=2987
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg342636 jgi|Araly1|342636|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002399 3188 0.0
> Ahg342636 jgi|Araly1|342636|fgenesh1_pg.C_scaffold_3002399
Length=2178
Score = 3188 bits (1726), Expect = 0.0
Identities = 2042/2190 (93%), Gaps = 39/2190 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 542 ATGAAAAGCTTGCATGTGGCGGCCAACGCCGGAGATCTGGCTGAGGATTGTGGAATACTC 601
||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAAGCTTGCATGTGGCGGCAAACGGCGAAGATCTGGCTGAGGATTGTGGAATACTA 60
Query 602 GGTGGAGACGCTGATGATACTGTTTTGATGGATGGAATTGATGAAGTTGGTAGAGAGATC 661
| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCCGGAGACGCTGATGATGCTGCTTTGATGGATGGAATGGATGAAGTTGGTAGAGAGATC 120
Query 662 TGGTTAGATGACCATGGAGGAGATAATAATCATGTTCATG------GTCATCAAGATGAT 715
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 121 TGGCTAGATGACCATGGAGGAGATCATAATCATGTTCATGTTCATAGTCATGAAGATGAT 180
Query 716 GATTTGATTGTTCATCATGACCCTTCAATCTTCTATGGAGATCTCCCAACGCTTCCTGAT 775
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATTTGATTGTTCATCATGACCCTTCAATATTCTATGGAGATCTCCCAACGCTTCCTGAT 240
Query 776 TTCCCATGCATGTCGTCTTCATCATCGTCTTCAACATCTCCAGCTCCTGTCAACGCAATC 835
||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCCCATGCATCTCGTCATCATCATCTTCTTCAACATCTCCAGCTCCTGTCAACGCAATC 300
Query 836 GTCTCCTCAGCCTCTTCTTCTTCGGCAGCTTCTTCCTCCACTTCCTCAGCTGCTTCTTGG 895
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTCTCTTCAGCATCTTCCTCTTCGGCAGCTTCTTCCTCCACTTCCTCAGCTGCTTCTTGG 360
Query 896 GCTATATTGAGATCAGATGGAGAAGATCCGACTCCAAACCAAAACCAATACGCATCAGGA 955
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCCATATTGAGATCAGATGGAGAAGATCCGACTCCAAACCAAAACCAATACGCATCAGGT 420
Query 956 AACTGTGACGACTCTTCTGGTGCATTGCAATCCACAGCTTCCATGGAGATTCCATTAGAC 1015
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AACTGTGACGACTCTTCTGGCGCATTGCAATCCACAGGTTCCATGGAGATTCCATTAGAC 480
Query 1016 AGCAGTCAAGGTTTTGGTTGCGGCGAAGGCGGTGGTGATTGCATTGATATGATGGAGACT 1075
| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AATAGTCAAGGCTTCGGTTGCGGTGAAGGCGGTGGTGATTGCATTGATATGATGGAGACT 540
Query 1076 TTCGGGTACATGGATCTACTTGATAGCAACGAGTTCTTTGACACCTCAGCTATATTTAGC 1135
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 541 TTCGGGTATATGGATCTACTTGATAGCAACGAGTTCTTTGATACCTCAGCTATCTTCAGC 600
Query 1136 CAAGACGACGACACGCAAAACCCTAACTTGATGGACCAAACCCTTGAGAGACAAGAAGAC 1195
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||
Sbjct 601 CAAGACGACGACACGCAAAACCCTAACTTGATGGACCAAACACTCGAGAGACAACAAGAC 660
Query 1196 CAGGTCGTTGTTCCGATGATGGAGAATAACAGTGGTGGAGACATGCAAATGATGAATTCT 1255
||||| |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CAGGTTGTTGTTCCGATGTTGGAGAAAAATAGTGGTGGAGACATGCAAATGATGAATTCT 720
Query 1256 TCCTTGGAACAGGACGATGATCTCGCTGCTGTGTTTTTGGAGTGGCTAAAGAACAACAAG 1315
||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCCTTGGAACAAGACGATGATCTAGCTACTGTGTTCTTAGAGTGGCTAAAGAACAACAAG 780
Query 1316 GAGACTGTGTCGGCTGAGGATTTGAGGAAAGTAAAGATAAAGAAAGCTACGATTGAATCA 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 781 GAGACTGTGTCGGCTGAGGATTTGAGGAAAGTGAAGATAAAGAAAGCAACGATAGAGTCA 840
Query 1376 GCGGCAAGAAGACTAGGCGGTGGTAAAGAAGCGATGAAGCAGCTTTTAAAGCTGATTCTT 1435
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 841 GCGGCGAGAAGGCTTGGCGGTGGTAAAGAAGCGATGAAGCAGCTTTTGAAGCTGATTCTT 900
Query 1436 GAATGGGTCCAAACTAATCACTTACAAAGAAGACGcaccaccacc-ac--caccaccaAC 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||
Sbjct 901 GAATGGGTCCAAACTAATCACTTACAAAGAAGACGCACCACCACCAACAACAACAACAAC 960
Query 1493 CTCTCTTATCAACAATCATTCCAACAAGATCCATTTCAAAACCCTAACCCTAATAACAAC 1552
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TTCTCTTATCAACATTCATTCCAACAAGATCCATTTCAAAACCCTAACCCTAATAACAAC 1020
Query 1553 AACCTAATCCCACCGTCCGACCAAACCTGTTTCTCACCTTCAACATGGGTTCCTCCACCA 1612
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AACCTAATCCCACCGTCTGACCAAACCTGTTTCTCACCTTCTACATGGGTTCCTCCACCA 1080
Query 1613 CCACAACAACAAGCTTTTGTCTCGGACCCGGGTTTTGGATACATGCCTGCTCCAAACTAT 1672
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CCACCACAACAAGCTTTTGTCTCCGACCCGGGTTTTGGATACATGCCTGCTCCAAACTAT 1140
Query 1673 CCGCCACAGCCAGAGTTCCTTCCTTTACTTGAATCTCCACCGTCATGGCCACCACCACCA 1732
|| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CCACCACCGGGAGAGTTCCTTCCTTTACTTGAATCTCCACCATCATGGCCACCACCACCA 1200
Query 1733 C-A-----G---TCTGGTCCCATGCCACATCAACAATTCCCCATGCCGCCAACCTCGCAG 1783
| | | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||| | |||||
Sbjct 1201 CCACCACCGCAGTCTGGTCCTATGCCACATCAACAATTCGCTATGCCACCAAACACGCAG 1260
Query 1784 TATAATCAATTTGGAGATCCAACAGGTTTCA-ATGGATACAACATGAATCCGTACCAATA 1842
||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1261 TATAATCAATTTGGAGAGCCAACAGGTTTCACA-GGATACAACATGAATCCGTATCAATA 1319
Query 1843 TCCTTATGTTCCTGCAGGACAAATGAGAGATCAGAGATTACTCCGTTTGTGTTCCTCAGC 1902
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCCTTATGTTCCTGCAGGACAGGTGAGAGATCAGAGATTGCTACGTTTGTGTTCCTCAGC 1379
Query 1903 AACTAAAGAGGCAAGAAAGAAACGGATGGCGAGACAGAGGAGGTTCTTGTCTCATCACCA 1962
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1380 AACTAAAGAGGCAAGAAAAAAACGGATGGCTAGACAGCGGAGGTTCTTGTCTCACCACCA 1439
Query 1963 CAGACATaacaacaacaacaacaacaacaacaaTAATCAGCAGAACCAAACCCAAATCGG 2022
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1440 CAGACATAACAACAACAACAACAA---------TAATCAGCAGAACCAGACCCAAATCGG 1490
Query 2023 AGAAACCTGTGCCGCGGTGGCTCCACAACTTAACCCCGTGGCCACAACCGCCACGGGAGG 2082
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1491 AGAGACCTGTGCCGCCGTGGCTCCACAACTTAACCCTGTGGCCACAACCGCCACCGGAGG 1550
Query 2083 GACCTGGATGTATTGGCCTAATGTCCCGGCAGTGCCGCC---TCAATTACCGCCAGTGAT 2139
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| || | |||
Sbjct 1551 GACCTGGATGTATTGGCCTAATGTCCCGGCTGCGCCGCCGCCTCAATTACCACCGGCGAT 1610
Query 2140 GGAGACTCAGTTACCTACCATGGACCGAGCTGGCTCAGCTT-CTGCTATGCCACGTCAGC 2198
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1611 GGAGACTCAGTTACCAACCATGGACCGAGCTGGCTCT-CTTGCTGCTATGCCACGTCAGC 1669
Query 2199 AGGTGGTACCAGATCGCCGGCAGGGATGGAAACCAGAAAAGAATTTGCGGTTTCTCTTGC 2258
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 AGGTGGTACCAGATCGTCGGCAGGGATGGAAACCAGAAAAGAATTTGCGGTTTCTCTTGC 1729
Query 2259 AGAAAGTCTTGAAGCAAAGCGACGTGGGTAACCTCGGAAGGATCGTTTTGCCaaaaaaaG 2318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1730 AGAAAGTCTTGAAGCAAAGCGACGTGGGTAACCTCGGAAGGATCGTCTTACCAAAAAAAG 1789
Query 2319 AAGCTGAGACACACTTGCCGGAGCTAGAGGCAAGAGACGGCATCTCTCTGGCCATGGAAG 2378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 AAGCTGAGACACACTTGCCGGAGCTAGAGGCAAGAGATGGCATCTCTCTGGCCATGGAAG 1849
Query 2379 ACATCGGAACCTCTCGTGTTTGGAACATGCGCTACAGGTTTTGGCCTAACAACAAAAGCA 2438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850 ACATCGGAACCTCTCGTGTTTGGAACATGCGCTACAGGTTTTGGCCTAACAACAAAAGCA 1909
Query 2439 GGATGTATCTCCTCGAGAACACCGGCGATTTTGTGAAAACCAATGGGCTCCAAGAAGGTG 2498
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1910 GGATGTATCTCCTCGAGAACACCGGTGATTTTGTGAAAACTAATGGGCTCCAAGAAGGTG 1969
Query 2499 ATTTCATAGTCATATACTCCGACGTCAAATGTGGCAAATATTTGATACGAGGGGTTAAAG 2558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1970 ATTTCATAGTCATATACTCCGACGTCAAATGTGGCAAATATTTGATACGTGGTGTTAAAG 2029
Query 2559 TAAGACAACCGAGCGG-ACAAAAGCCGGAGGCCCCACCGTCGTCAGCAGCT---ACGAAG 2614
|||||||||||| ||| ||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||
Sbjct 2030 TAAGACAACCGA-CGGGACAAAAGCCGGAGGCTCCGCCTTCATCAGCAGCCGCCACGAAG 2088
Query 2615 AGACAAAACAAGTCGCAAAGGAACATAAACAATAACTCTCCGTCGGCGAATGTGGTGGTC 2674
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2089 AGACAAAACAAGTCGCAGAGGAACATTAACAATAACTCTCCGTCTGCGAATGTGGTGGTC 2148
Query 2675 GCTTCACCAACTTCTCAAACTGTTAAATGA 2704
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 GCTTCACCAACTTCTCAAACTGTTAAATGA 2178
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112785215445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5