BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G24880.1
Length=6089
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480005 jgi|Araly1|480005|fgenesh2_kg.3__2706__AT3G24880.1 5616 0.0
> Ahg480005 jgi|Araly1|480005|fgenesh2_kg.3__2706__AT3G24880.1
Length=6139
Score = 5616 bits (3041), Expect = 0.0
Identities = 3369/3526 (96%), Gaps = 27/3526 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATGGAAGCGTTTCAGGATATCTTCTAGTAAATGCTGAGGTTGATTCCATGGGAGGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATGGAAGCGTTTCAGGATATCTTCTAGTAAATGCTGAGGTTGATTCCATGGGAGGA 60
Query 61 GTTATCGATAGTGGAGGTGGTATTGGTGTTAAAACATCTCCGCGCCGAACAGCTATTGAG 120
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 GTTATTGATAGTGGAGGTGGTATTGGTGTCAAAACTTCTCCGCGCCGAACAGCAATTGAG 120
Query 121 AAGGCTCAAGCGGAGCTAAGGCAAGAGTATGATGTTCGTGAGGAAAGGAGGAGAGAATTG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 AAGGCTCAAGCGGAGCTAAGGCAAGAGTATGATGTCCGTGAGGAAAGGAGGAGAGAACTG 180
Query 181 GAGTTTCTAGAGAAAGGCGGTAATCCCTTGGATTTCAAGTTTGGTATTGCAACTTCACAT 240
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAGTTTCTGGAAAAAGGCGGTAATCCCTTGGATTTCAAGTTCGGTATTGCAACTTCACAT 240
Query 241 AGCGTCCAATCTACATCACTCACAGATCAGCAAGCAGAGCATTTTGTAAACAGTGAAGTC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 241 AGCGTCCAATCTACATCACTCACAGATCAGCAAGCAGAGCATTTTATAAACAGTGAAGTC 300
Query 301 AAAGATAGTTTTGCCCTGACTGCCTCACCACATGGTGACTCGGTGGAGAGTAGCGGTAGA 360
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAGGATAGTTTTGCCCTGACTGCCTCACCACATGGAGACTCTGTGGAGAGTAGCGGTAGA 360
Query 361 CCTGGAGTTCCTACAATTTCTGAACCCAATACAGCAGATAATCTTTTACTGTTTGATTCT 420
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTGGAGTTCCTACAATTTCTGAACCTAATACAGCAGATAATCTTTTACTGTTTGATTCT 420
Query 421 GAAAACAAGTCAGTTGAAGGGGAAAGAAATTTGAGACATCCTAATAGGCAAAACAGAACT 480
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAAAACAAGTCAGTTGAAGGAGAAAGAAATTTGAGATATCCTAATAGGCAAAACAGAACT 480
Query 481 TCTGAGTCAGAACGATCTTCCAAAGCACACACCAACCAGAATACCAAAGAAACAGAAGAT 540
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCTGACTCAGAACGATCTTCCAAAGCAAACACCAACCAGAATACCAAAGAAACAGAAGAT 540
Query 541 TCTGCCATCTTTCGCCCGTATGCTCGGAGGAACAGATCGAAGATAAGTCGGGATCCAGCA 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 TCTGCCATCTTTCGCCCGTATGCTCGGAGGAACAGATCAAAGATAAATCGGGATCCAGCG 600
Query 601 CGGTCAAGCTCTACGGATTTAGTTCAGAATCGTGGTGGTCTTGCAACGTCTATATCTATT 660
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 601 CGGTCAAGCTCTACAGATTTAGTTCAGAATCGTGGTGGTCTTGCAACATCTATATCCATT 660
Query 661 CGCAGAGGATCAGTGGAAGGAAAGGGTTGCATTCCCGAAGCAGCCAATCAAAAGGATATG 720
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 661 CGCAGAGGATCAGTAGAAGGAGAGGGTTGCATTCCTGAAGCAGCCAATCAAAAGGATAGG 720
Query 721 CATACAACTTCTGTATCTTGTCCAGTATTTGCAAATTCAAATGGTAATATCGTTCCGAAA 780
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||
Sbjct 721 CATACAACTTCTGTATCTTGTCCAATATTTGCAAATACAAATGGTAATAACGTTCCAAAA 780
Query 781 AATAGAGTTTCCAGCAATTCGCTGAATACTAAGGTGGATGGTGAACCTGTTGTACGAGAG 840
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AATAGAGTTCCCAGCAATTCTCTGAATACTAAGGTGGATGGTGAACCTGTTGTACGAGAG 840
Query 841 AGTACTGCTGGATCCAAGACTAGTCTATTGAAAGATGAAGCCGACATTTCGTATAGTAAA 900
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 841 AGTACTGCTGGATCCAAGACTAGTCTATTTAAAGATGAAGCCGACATTACATATAGAAAA 900
Query 901 AGCTCTGCATATTTGCCAGTTGGAGAGTCTGGCCTTGCTGGGGAGAAGGCACAACTAGTT 960
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 901 AGGTCTGCATATTTGCCAGTTGGAGAGTCTGGCCTTGCTGGGGAGAAGGCACAGCTAGTT 960
Query 961 TC-----G-ACTG-G--TGGTTCTCCCAAAGCTGCAACAATAGCT-GGCCAGAAAAATAG 1010
|| | || | | |||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||
Sbjct 961 TCGAGTGGTACAGAGATTGGTTCTCCCAAAGCTGCAACAATAGCTAGG-CAGGAAAATAA 1019
Query 1011 TTCTACCCAACTGAATGGCCTAAGAGATTCCACGGTAGAGGAAGAAAGCTTAACAAATAG 1070
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTCTACCCAACTGAATGGCCTAAGAGATTCCATGGGAGAGGAAGAAAGCTTAACAAATAG 1079
Query 1071 AGGAGCTACAGGGACTAATGGGTTAGAGTCAGAGTCTTCTCATGCGAACAACGTAGAAGT 1130
||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 AGGAGCTGCAGGGACTAAAGGGATAGAGTCAGAGTCTTCTCATGCTAACAACGTAGAAGT 1139
Query 1131 AAATGTAGATAATGAAAGAGATCTTTATAAAGTGGACAAACTTGACTCTGATGAAATCTC 1190
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGATGTAGATAATGAAAGAGATCTTTATAAAGTGGAGAAACTTGACTCTGATGAAATCTC 1199
Query 1191 TATGCAGAAGACTTTGAGAGTAGAGGGGTTACTAGATCAAACAGTTGGTGAAATGAC-CA 1249
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1200 TATGCAGAAGACTTTGAGAGTAGAGGGGTTACTAGATCAAACAGTTGGTGAAATAACGC- 1258
Query 1250 AAACTAAGATTGAAGATGAGACAGGTCAATCTACCACCATTATCAGTGAGTGCATTCCTG 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1259 AAACTAAGATTGAAGATGAGACAGGTCAATCTACCACCATTATTACTGAGTGCATTCCTG 1318
Query 1310 AATGTGAAATGCAGATGAAATCGGTTAAAATTGAAAATCAAAGTCACAGAAGTACAGCTG 1369
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGCGTGAAATGCAGATGAAATCGGTTAAAATTGAAAATCAAAGTCACAGAAGTACAGCTG 1378
Query 1370 AGATGCAAACTAAGGAGAAAAGTTCCGAGACTGAGAAAAGGCTTCAAGATGGGTTGGTTG 1429
||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGATGCAAAATGAGGAGAAAGGTTTTGAGACTGAGAAAAGGCTTCAAGATGGGTTGGTTG 1438
Query 1430 TACTCGAAAATGACAGTAAAGTTGGTAGTATTTTATCTGAAAATCCTAGCAGCACGTTGT 1489
||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1439 TACCCGAAAATGACAGGAAAGTTGGTAGTATTTTACCTGAAAATCCTAGCAGCTCGTTGT 1498
Query 1490 GCTCTGGAATTCCTCAGGCATCTGTAGACACAAGTTCTTGCACAGTTGGCAATAGTTTAT 1549
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1499 GCTCGGGAATTCCTCAGGCATCTGTAGACACAAGTTCTTGCACAGTTGGCAATAATTTAT 1558
Query 1550 TGTCAGGAACTGACATTGAAGCATTAAAACATCAGCCGAGCTCAGATGCAGTTATGTTAG 1609
||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1559 TGTCAGGAACTGATATTGAATCACTAAAACATCAGCCGAGCTCAGATGCAGTTGTGTTAG 1618
Query 1610 ATACTGTCAAGGAGGACGCTATTCTTGAGGAGGCCCGGATTATACAGGCAAAGaaaaaaa 1669
||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1619 ATACTATCAAGGAGGACTCTATCCTTGAAGAGGCACGGATTATACAGGCAAAGAGAAAAA 1678
Query 1670 GAATTGCCGAATTATCTTGTGGTACTGCACCAGTGGAGGTCCGTGAGAAATCTCAATGGG 1729
|||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GAATTGCCGAGTTATCTTTTGGTACTGCACCATTGGAGGTCCGTGAGAAATCTCAATGGG 1738
Query 1730 ATTTTGTCCTCGAAGAAATGGCATGGCTGGCAAATGATTTTGCGCAGGAGCGCCTTTGGA 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATTTTGTCCTCGAAGAAATGGCATGGCTGGCAAATGATTTTGCGCAGGAGCGCCTTTGGA 1798
Query 1790 AAATGACTGCTGCCGCACAAATTTGCCATCGAGTTGCTTTGACTTGTCAGTTGAGATTTG 1849
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AGATGACTGCTGCAGCACAAATTTGCCATCGAGTTGCTTTGACTTGTCAGTTGAGATTTG 1858
Query 1850 AGGAACGAAATCAGCACAGAAAGCTGaaaaaaaTAGCTTCAGTCCTATCTAATGCTATCT 1909
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 AGGAACGAAATCAGCACAAAAAGCTGAAAAAAATAGCTTCAGTCCTATCTAATGCTATCT 1918
Query 1910 TACAATTCTGGAGTTCTGTGGAGGCCGAGGTTCCTGGGGAGCTGGAGGAGACGAGCTTGG 1969
|| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TAGAATTCTGGAGTTCTGT----G--GAGGTTCCTGGGGAGCTGGAGGAGACGAGCTTGG 1972
Query 1970 GAATTGTTAAGGAGACTTGCCAAGAATCTAATTGTTTGAATGGCAGAAG-ATGTTTAGCT 2028
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||
Sbjct 1973 GTATTGTTAAGGAGACTTGCCAAGAATCTAATTGTGTGAATGGCAG-AGTATGTTTGGCT 2031
Query 2029 GCGGGTGTCAAGGAATATGCAAGTAGATTTTTGAAGTACAACAACTCTTCCATCTCCTAT 2088
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GGGGGTGTCAAGGAGTATGCAAGTAGATTTTTGAAGTACAACAACTCTTCCATCTCCTAT 2091
Query 2089 CATTCAGCTGCACCGTCAACACCTGACAATATGTGCGACCCAGAAATATTGGATATATCT 2148
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 CATTCAGCTGCACTGTCAACACCGGACAATATGTGCAACCCAGAAATATTGGATATATCT 2151
Query 2149 ATGGTTGATCAGCTTACAGAAGCAAGCCTCTTTTATTCAGTTCCATCTGGTGCAATGGAG 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 ATGGTTGATCAGCTTACAGAAGCAAGCCTCTTTTATTCAGTTCCATCTGGTGCAATGGAG 2211
Query 2209 GTGTACCTTAAGTCCATTGAGTCGCATCTTACACGTTGTGAGAAGTCTGGAAGTAGCATG 2268
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 GTGTACCATAAGTCCATTGAGTCGCATCTTACACGCTGTGAGAAGTCTGGAAGTAGCATG 2271
Query 2269 CAGGAGGAGGTTGATACATCAGCCTATGATACTGCTGGAGATATAGGATATAATGTTACT 2328
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||
Sbjct 2272 CAGGAGGAGGTTGATACATCAGCCTATGATACTGCT-G-G----AGGATATAATGGTACT 2325
Query 2329 GCGTTCGATGAGGATGAAGGAGAAACAAGTACCTATTATCTTCCGGGAGCTTTCGAGTCT 2388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2326 GCGTTCGATGAGGATGAAGGAGAAACAAGTACCTATTATCTTCCAGGAGCTTTCGAGTCT 2385
Query 2389 AGCAGATCATTTAATATAAGCCACaaaaaaaGGAAGAATCTGATGAAGTCTCATTCTGCC 2448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 AGCAGATCATTTAATATAAGCCACAAAAAAAGGAAGAATCTGATGAAGTCTCATTCTGCC 2445
Query 2449 CGGTCATATGATCTTGGGGACGATTTACCATACGTCAACAACACAGGTGGCTCTAACTCA 2508
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 CGGTCATATGATCTTGGGGATGATTTACCATATGTCAACTACACAGGTGGCTCTAACTCA 2505
Query 2509 TCAAGTTTGATGGCAAAAAGGCCTGACAGTAATATTAATGCCGGCTCAGTTCCAACAAGG 2568
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2506 TCAAGTTTGATGGCAAAAAGGCCTGCCAGTAATATTAATGCCGGCTCAGTTCCGACGAGG 2565
Query 2569 CGAGTGCGCACTGCTTCCAGGCAGAGGGTTGTGAGTCCTTTTGGGTGTGCTACTACTGGG 2628
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2566 CGAGTGCGCACTGCTTCCAGGCAGAGGATTGTGAGTCCTTTTGGGTGTGCTACTGCTGGG 2625
Query 2629 AATTTACCAGTGCCCTCGAAGACAGATGCGTCTAGTGGGGATACTAGTTCTTTCCAGGAT 2688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2626 AATTTACCAGTGCCCTCGAAGACAGATGCGTCTAGTGGGGATACTAGTTCTTTCCAGGAT 2685
Query 2689 GAGTATAGTAGTTTGCATGGTGGATCGGCAGTCCAAAAAGGCACAGAGGTTGAGTCAAGT 2748
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 GAGCAAAGTAGTTTGCATGGTGGATCGGCAGTCCAAAAAGGCACAGAGGTTGAGTCAAGT 2745
Query 2749 GTTAACTTTGAAAAGCTGTTACCTTATGACATGGCTGAAACCTCAGGAAGACCTAAAAAG 2808
| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2746 GGTAATTTTGAAAAGATGTTACCTTATGACATGGCTGAAACCTCAGGAAAACCTAAAAAG 2805
Query 2809 AAAAAGAAGACTCATCAGGGCTCCGCATATGACCAAACTTGGCATCTCGATCCGTCAGTC 2868
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2806 AAGAAGAAGACTCATCAGGGATCCGCATATGACCAAACCTGGCATCTCGATCCGTCAGTC 2865
Query 2869 CATGTTGAACAGAAGGACCACTGGAAGAAGCGACCAGAGAATAATTTCGATATGAATGGT 2928
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2866 CATGTTGAACAGAAGGACCACTGGAAGAAGCGACCAGAGAATCATTTCGATATGAATGGC 2925
Query 2929 CTGTATGGTCCTCATAGTGCAAAGAAGCAAAAGACCACCAAGCAATTGGTAGAGAATAAT 2988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2926 CTGTATGGTCCTCATAGTGCAAAGAAGCAAAAGACCACCAAGCAATTGGTAGACAATAAT 2985
Query 2989 TTTGATATGGCTATTCCTCACACTGGATCGATTCCTTCTCCGGCTGCTTCCCAGATGAGC 3048
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2986 TTTGATATTGCTATTCCTCACGCTGGATCGATTCCTTCTCCGGCAGCTTCCCAGATGAGC 3045
Query 3049 AATATGTCCAACCCCAACAAATCTATCAAATTTATTGGAGGTCGTGATAGGGGCAGAAAA 3108
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3046 AATATGTCCAACCCCAACAAATCTATCAAATTTATTGGAGGTCGTGATAGGGCCAGAAAA 3105
Query 3109 ATAAAAGGCCTGAAGATTTCTCCTGGTCAGCATGGTTCTGGAAATCCATGGTCACTATTT 3168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3106 ATAAAAGGCCTGAAGATTTCTCCTGGTCAGCATGGTTCTGGAAATCCGTGGTCACTATTT 3165
Query 3169 GAGGATCAGGCGCTTGTTGTCCTGGTGCATGATATGGGCCCTAACTGGGAGCTCATTAGT 3228
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 GAGGATCAGGCGCTTGTTGTCCTAGTGCATGACATGGGCCCTAACTGGGAGCTCATTAGT 3225
Query 3229 GATGCAATGAACAGCACTCTTAAAATTAAGTGTATATATCGCAATCCGACTGAGTGCAAG 3288
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3226 GATGCTATGAACAGCACCCTTAAAATTAAGTGTATATATCGCAATCCGACTGAGTGCAAG 3285
Query 3289 GACCGGCATAAGATTCTGATGGATAAAACTGCTGGTGATGGGGCTGATAGTGCAGAAGAT 3348
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3286 GAGCGGCATAAGATTCTGATGGATAAGACTGCTGGTGATGGGGCTGATAGTGCTGAAGAT 3345
Query 3349 TCAGGGAATTCTCAGTCTTATCCATCCACTTTGCCTGGCATCCCAAAGGGAAGTGCGAGA 3408
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3346 TCAGGGAATTCCCAGTCTTATCCATCCACTTTGCCTGGCATCCCAAAGGGAAGTGCGAGA 3405
Query 3409 CAGTTGTTTCAACGACTGCAAGGGCCAATGGAGGAAGATACCCTGAAGTCTCATTTTGAG 3468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3406 CAGTTGTTTCAACGACTGCAAGGGCCAATGGAGGAAGATACCCTGAAGTCTCATTTTGAG 3465
Query 3469 AAGATTTGTTTGATTGGGAAGAAATTACATTATAGAAAGACACAGA 3514
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3466 AAGATTTGTTTGATTGGGAAGAAGTTACATTATAGAAAGACACAGA 3511
Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0
Identities = 2398/2565 (93%), Gaps = 70/2565 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 3512 AGAGTGTTATCGGGGTTTCTGTGGTTTCTTTTGTTCACGGAATTCAGTTTTCAAGTTGCA 3571
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3554 AGAGTGTTATCAGAGTTTCTGTGGTTTCTTTTGTTCACGGAATTCAGTTTTCAAGTTGCA 3613
Query 3572 CTGGAGCTGGCATATCTCAATCA-CTCGACATACCAGGTCTGCATGTTTCTAAGTATAGC 3630
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3614 CTGGAGCTGGCATATCTCAATCACCT-GACATACCAGGTTTGCATGTTTCTAAGTATAGC 3672
Query 3631 TGCAAATCTTGGCTAGGATTTCCTGAAAATGATGGTCGGGATTCCAAGCAAATAGTACCA 3690
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3673 TGCAAATCTTGGCTAACATTTGCTGAAAATGATGGTCGGGATCCCAAGCAAATAGTACCA 3732
Query 3691 GTTCACAATTCACAAGTCATGGCTCTCTCTCAAGTATTCCCGAATAATCTGAATGGAGGT 3750
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3733 GTTCACAATTCACAAGTTATGGCTCTTTCTCAAGTATTCCCGAATAATCTGAATGGAGGT 3792
Query 3751 GTTCTTACGCCCCTTGATGTCTGTGACGCATCAACTTCAGGTCAAGATGTATTTTCACTT 3810
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3793 GTTCTTACGCCCCTTGATGTCTGTGATGCATCAACTTCAGGTCAAGATGTATTTTCACTT 3852
Query 3811 GAAAATCCAGGTCTTCCAATGTTGAATCAGGGAACGCCAGTGCTCCCTACTTCTGGAGCA 3870
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3853 GAAAATCCAGGTCTTCCAATTTTGAATCAGGGAACGCCAGTGCTCCATACTTCTGGAGCA 3912
Query 3871 CATCCATCCACTCCTGGATCATCTGGTGTTGTTCTGAGCAACAATTTGCCAACCACATCT 3930
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3913 CATCCATCCACTCCTGGATCGTCTGGTGTGGTTCTGAGTAACAATTTGCCAACCACATCT 3972
Query 3931 GGCCTACAGAGTGCTTCTGTCAGGGATGGTAGATTCAATGTTCCTAGAGGGTCTTTGCCA 3990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3973 GGCCTACAGAGTGCTTCTGTCAGGGATGGTAGATTCAATGTTCCTAGAGGGTCTTTGCCA 4032
Query 3991 CTTGATGAACAACACCGACTACAACAATTTAATCAAACGTTATCTGGTAGAAACCTGCAG 4050
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||
Sbjct 4033 CTTGATGAACAACACCGACTACAACAATTTAATCAGATGTTATCCGGTAGAAACCTACAG 4092
Query 4051 CAGCCCTCCTTATCAACTCCTGCAGCTGTCTCAGGATCTGATCGTGGACATCGCATGGTT 4110
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4093 CAGCCCTCCTTATCAACTCCTGGAGCTGTCTCAGGATCTGATCGTGGACATCGCATGGTT 4152
Query 4111 CCTGGTGGAAATGCTATGGGTGTAAGTGGAATGAACAGGAACACACCCATGTCAAGGCCT 4170
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4153 CCTGGTGGAAATGCTATGGGTGTAACTGGAATGAACAGGAACACACCCATGTCAAGGCCT 4212
Query 4171 GGTTTTCAAGGGATGGCCTCATCAGCAATGCCAAATACTGGTAGTATGCTTTCCTCTGGC 4230
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4213 GGTTTCCAAGGGATGGCCTCATCAGCAATGCCAAATACTGGTAGTATGCTTTCTTCTGGT 4272
Query 4231 ATGGTAGAAATTCCAAACACTGGAAATATTCATTCCGGAGGAGGAGCTTCTCAAGGAAAC 4290
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4273 ATGGTAGGAATTCCAAACACTGGAAATGTTCATTCCGGAGGAGGAGCTTCTCAAGGAAAC 4332
Query 4291 TCCATGATCAGGCCTCGTGAAGCTGTGCAGCATATGATGCGGATGCAGGCTGCTCAAGGG 4350
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4333 TCCATGCTCAGGCCTCGTGAAGCTGTGCAGCATATGATGCGGATGCAAGCTGCTCAAGGG 4392
Query 4351 AACAGTCCGGGGATCCCAGCTTTCAGTAATTTGAGTTCTGGATTTACCAACCAGACAACT 4410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4393 AACAGTCCGGGGATCCCAGCTTTCAGTAATTTGAGTTCTGGATTTACCAACCAGACAACT 4452
Query 4411 CCTGTTCAGGCGTACCCAGGCCATCTTTCCCAGCAGCATCAGATGTCACCGCAGTCACAT 4470
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4453 CCTGTTCAGGCATACCCAGGCCAACTTTCCCAGCAGCATCAGATGTCACCGCAGTCACAT 4512
Query 4471 GTGCTTGGCAACTCGCATCATCCTCATCTCCAGAGCCCAAGTCAAGCCACTGGGGCACAG 4530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4513 GTGCTTGGCAACTCGCATCATCCTCATCTCCAGAGCCCAAGTCAAGCCACTGGGGCACAG 4572
Query 4531 CAAGAAGCATTTGCTATCCGTCAAAGACAAATTCACCAGAGGTATTTGCAGCAACAGCAA 4590
|| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4573 CAGGAAGCATTTGCTATCCGTCAAAGGCAAATACACCAGAGGTATTTGCAGCAACAGCA- 4631
Query 4591 CAGCAACAGCAGTTTCCAGCATCTGGTTCTATGATGCCACATGTACAACAACCTCAGGGC 4650
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4632 --GCA---GCAGTTTCCAGCATCTGGTACTATGATGCCACATGTACAACAACCTCAGGGC 4686
Query 4651 TCTTCTGTTTCTTCTTCTCCACAAAACAGTCCTCAGACTCAACCACCTGTTTCGCCCCAG 4710
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4687 TCGTCTGTTTCTTCTTCTCCACAAAACAGTCCTCAGACTCAACCACCTGTTTCGCCCCAG 4746
Query 4711 CCATTATCCATGCCCCCGGTGTCGCCCTCTCCTAATATTAATGCTATGGCACAACAGAAA 4770
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4747 CCATTATCGATGCCCCCAGTGTCGCCCTCTCCTAATATTAATGCTATGGCACAACAGAAC 4806
Query 4771 CCTCAAAAATCTCAGTTGGCGCTTCATGGTTTGGGTAGGAGTCCTCAGTCTGGTACTTCT 4830
||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4807 CCTAAAAAATCTCAGTTGCCGCTTCATGGTCTGGGTAGGAGTCCTCAGTCTGGTACTTCT 4866
Query 4831 GGAGTGAACAATCAAGCTGGAAAACAAAGGCAGCGACAACTTCAGCAG---T--C----- 4880
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4867 GGAGTGAACAATCAAGCTGGAAAACAACGGCAGCGACAACTTCAGCAGCAGTTGCAGCAG 4926
Query 4881 T--GCAAGACAGCATCCACACCAGCGGCAGCCAACACAAGGTCAACAGCTGAATAAACAA 4938
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 4927 TCTGCAAGACAACATCCACACCAGCGGCAGCCAACACAAGGTCAACAGCAGAATAAA-AA 4985
Query 4939 CTGAAGGGGATGGGTAGAGGCAACATGATCCATCAGAACATCACTGTTGATCAGTCACAC 4998
| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4986 --G--GGG-ATGGGTAGAGGCAGCATGATCCATCAGAACATCACTGTCGATCAGTCACAC 5040
Query 4999 CTGAATGGCCTTACCATG-CCCCAAGGAAACCAGGCTACTGAAAAAGGAGAGAT-AGCGG 5056
|||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | |||||
Sbjct 5041 CTGAATGGTCTTACCATGGCCCCA-GGAAATCAGGCTACCGAAAAAGGAGAG-TCAGCGG 5098
Query 5057 TTCCAGTTAGGCCTGATCAGCAGTCTAGTGTGGGGACTACCACGAGCACGA-ATCTGCAG 5115
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||
Sbjct 5099 TTCCAGTTAGGCCTGATCAGCAGTCTAGTGCAGGGACTAGCACGAGCAC-ACATCTGCAG 5157
Query 5116 TCTAAACCATTTGTTTCTCCCTTGTCTTCAAATCATTCACAGCAACTGCCAAAATCATTC 5175
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5158 TCTAAACCATTTGTTCCTCCCTTATCTTCAAATCATTCACAGCAACTGCCAAACTCATTC 5217
Query 5176 CCTGGTGCTTTGCCTCCATCCCCTCAACAACAGATGCAATTACATTCAGACAATAGCATC 5235
|||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5218 CCTGGTGCTTCGTCTCCGTCCC---AACAACAGATGCAATTACATTCAGACAATAGCATC 5274
Query 5236 CAAGGCCAGAGCTCACCTGCGACCCCATGTAATATTTTATCCACCTCTAGCCCGTCAATT 5295
|||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5275 CAAGGCCAGACCTCACCTGCGGCCCCATGTAACATCTTATCCACCTCTAGCCCGTCAATT 5334
Query 5296 GCACCAGCGGTTGCACCTTCTAACCATCAGCATTTGTTGATACACCAAAAGCAGCGCAAT 5355
|||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5335 ACACCTGCAGTTGCACCTTCCAACCATCAGCATTTGTTGATACACCAAAAGCAGCGCAAT 5394
Query 5356 CAAGTGCAATCAACAGCTCAGCGAGTTGTTCAACATAATCATCTAGGGAACTCTGAGTTA 5415
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5395 CAAGTGCAATCAGCAGCTCAGCGAGTTGTTCATCATAATCATCTAGGAAACTCTGAGTTA 5454
Query 5416 TCAAAGAAGTCCCAAGCTGAACGCATGCCACGTGTTCCACAGTCTGTAACCAATACTACC 5475
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||| |||
Sbjct 5455 TCAAAGAAGTCCCAAGCTGAACGTATGCCACGTGTTCCGCTGTCTGTCACCAATACAACC 5514
Query 5476 CAAACTGTTAGTATGGGTACGACCAAGGGTATGCCTCAAGCGAGTAATGATTTGAAAAAC 5535
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5515 CAAACTGCTAGTATGGGTACGACCAAGGGTATGCATCAAGCGAGTAATGATTTGAAAAAC 5574
Query 5536 ATAAAAGCAGTTGGTTCTACTGCGGTGCCTGCTTTGGAACCTCCATCTTGTGTTGCTTCT 5595
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5575 ATAAAAGCAGTTGGTTCTACTGCGGCGCCTGCTTTGGAACCTCCATCTTGTGTTGCCTCT 5634
Query 5596 GTGCAAATCACTGCTTCGAAAGTAGTAAACAGTTCCAATACAGATTCAGCAGGAAATGAT 5655
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 5635 GTGCAAAGCACTGCTTCTAAAGTAGTAAACAGTTCCAATACAGATTCAGCTGGGAATGAT 5694
Query 5656 CCAGTATCAACACCGAACCAAGGACTAGCTCA--A--A---A---G----C------A-- 5693
|||||| ||||||||||||||||||||||||| | | | | | |
Sbjct 5695 CCAGTAACAACACCGAACCAAGGACTAGCTCAGGAGCATCTATCTGGTGACTTGCCTAGT 5754
Query 5694 C--GGGATCAAGGGCGTTACACAGAGACAACAACAGTCTCTACCTTCAGAAGAAAAGAGA 5751
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5755 CACGGGATCAAGGGCGTGACACAGAGACAACAACAGTCTCTACCTTCAGAAGAAAAGAGA 5814
Query 5752 CCGAAA-TTGCCAGAGAAGCCGACTGTACAAAATCAGAAACACCTTGCTTCTGAG--G-A 5807
|| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 5815 CC-AAAGTTGCCAGAGAAGCTGACTGTACAAAATCAAAAACACCTTGCTTCTGAGCAGCA 5873
Query 5808 ---GCAGCCTCATTTAGAAGAAGCACAAGAATTATCATCTTCCAAGCCTCCTGATACAAA 5864
||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5874 ACAGCAGCCTCAATTAGAAGAAGCACTGGAAGTATCATCTTCCAAGCCTCCTGATACAAA 5933
Query 5865 AGTGGAATGAGAGGCATGACAGATGAACCTAGAACCTTGAGTAGCTGTAGATCCTGCAAA 5924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5934 AGTGGAATGAGAGGCATGACAGATGAACCTAGAACCTTGAGTAGTTGTAGATCCTGCAAA 5993
Query 5925 GCTTAACGCTGGCCCTTACCGACAACAACCCTGTACAGGAACCCAAACTGGTTTGTGTCC 5984
|||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 5994 GCTTAATGCTGGCCCTTACCAACAACAACCCTGTACAGGAACCCAAACTGGTTTATCTCC 6053
Query 5985 TCCACCTTCAGAGTCGGGTC-TC--TTTTTGGCATTAACATCTTG 6026
||| |||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 6054 TCCGCCTTCAGATTCGGGTCCTCACTTTTTGGCATTAACATCTTG 6098
Score = 56.5 bits (30), Expect = 2e-06
Identities = 30/30 (100%), Gaps = 0/30 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6059 GTATAACATAACAAACTCTACAGATTGTGG 6088
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6110 GTATAACATAACAAACTCTACAGATTGTGG 6139
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 230705007526
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5