BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G25100.1
Length=2211
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480015 jgi|Araly1|480015|fgenesh2_kg.3__2716__AT3G25100.1 3090 0.0
Ahg887357 jgi|Araly1|887357|Al_scaffold_0706_1 2289 0.0
> Ahg480015 jgi|Araly1|480015|fgenesh2_kg.3__2716__AT3G25100.1
Length=1972
Score = 3090 bits (1673), Expect = 0.0
Identities = 1858/1946 (95%), Gaps = 17/1946 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 278 ATTCAATTTCACGGAAATGGTGAGGATTAAGAAAGTAGAATCGTTCTACGCGAAGCTTCG 337
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 29 ATTCAATTTCACGGATATGGTGAGGATTCAGAAAGTAGAATCGTTCTACGCGAAGCTTCG 88
Query 338 TGAGTCAGCTACTTCATTATCTTCACAGAATCCACTTTTGATATTTCCTTCAACATCTGA 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 89 TGAGTCAGCTACTTCATTATCTTCACAGAATCCACTTTTGATATTTCCTTCAACATCTGA 148
Query 398 TGTTGATTCACTTTGTGCGCTTAAGGTTATTACTCATATCCTTGAATCAGATTCGATTCA 457
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 149 TGTTGATTCACTTTGTGCGCTTAAGGTTATTACTCATATCCTCGAATCAGATTCGATTCA 208
Query 458 GTATTCTTGTTTCCCTGTATCGTCTTTTTTGGAGATTCACAAGTATGCTGGTCCTGCTGG 517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 GTATTCTTGTTTCCCTGTATCGTCTTTTTTGGAGATTCACAAGTATGCTGGTCCTGCTGG 268
Query 518 TTTGTGTTCTACTTCGT-TGGAGAGTCCTCCTGTTACTATACTGTTGATTAATTGGGGTT 576
||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 TTTGTGTTCTACTTCGTCT-GAGTCTCCTCCTGTTACTATACTGTTGATTAATTGGGGTT 327
Query 577 GTCACCGTGATTTGAAGCTTGTGTTGAAGTTAGGTCCTTCGGCTCGTGTTTTCGTTGTTG 636
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 328 GTCACCGTGATTTGAAGCTCGTGTTGAAGTTAGGTCCCGCGGCTCGTGTTTTTGTTGTTG 387
Query 637 ATAGTCATAGGCCTATTCATTTGCATAATCTTAGTGATTATAATGAGCAAGTTGTTGTTC 696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 ATAGTCATAGGCCTATTCATTTGCATAATCTTAGTGATTATAATGAGCAAGTTGTTGTTC 447
Query 697 TTCATACTGATGATGATGAGAGGCAAGGTGATTTGGCTTATGATTTCGATGTGTTGAAAT 756
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 TTCATACTGATGATGATGAGAGACAAGCTGATTTGGCTTATGATTTCGATGTGTTGAAAT 507
Query 757 TGGCGAATGAGAGCTTTCAGTTACGTGTAGAAGATGCTGGTGAA---GAAT-Ctgatgag 812
||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||||| | || || |||
Sbjct 508 TGGCGAACGAGAGCTTTCAGTTACATGTAGAAGAAGGGGGTGAATCTG-ATGAGGAGGAG 566
Query 813 gagga-g--gaagatgaggaaga-g--gatgaggaggatgatgatgatgat---gatggt 863
||||| | |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 567 GAGGAGGAAGAAGATGAGGAAGAGGAAGATGAGGATGATGATGATGATGATGGAGATGGT 626
Query 864 gatAGGCCAAGTAAGAGGAGGAAAATGGGAGATGGTGTGAAGGTTTTCAAGAAGCTAAAG 923
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 627 GATAGGCCAAGTAAGAGGAGAAAAATGGGAGATGGTGTGAAGGTTTTCAAGAAGTTAAAG 686
Query 924 AGGGATTATTACAAGATGGGGACTTTTCATGGGAAGCCATCGGGGTGTTTGTTGTTTGAG 983
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 687 AGGGATTATTACAAGATGGGGACTTTTCATGGGAAGCCATCGGGATGTTTGTTGTTTGAG 746
Query 984 CTATCTCATATGTTGAGGAAGAACACTAACGAGTTGTTGTGGCTGGCTTGTGTTTCTTTG 1043
|||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 CTATCTCATATGTTGAGGAAGAACACAAATGAGCTGCTGTGGCTGGCTTGTGTTTCTTTG 806
Query 1044 ACTGATCAGTTTGTTCATGAGAGGTTGACTGATGAAAGATATCAAGCTGCGGTTATGGAG 1103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 807 ACTGATCAGTTTGTTCATGAGAGGTTGACTGATGAAAGATACCAAGCTGCGGTTATGGAG 866
Query 1104 CTTGAACAACACATCAATAGCTCAGGGAATATAGATAAGATCACTAGTGTTACTCTGAAA 1163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 867 CTTGAACAACACATCAATAGCTCAGGGAATATAGATAAGATCACTTCTGTTACTTTGAAA 926
Query 1164 GATGGAACCAAGGTTCGAGCACCAGACTGTTCAAGAATCTCTTATGAAGAAGAGCCTAGG 1223
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 927 GATGGAACCAAGGTTCGAGCACCTGACTGTTCGAGAATCTCTTATGAAGAAGAGCCTAGG 986
Query 1224 CTTATGCTTCTTAGAGAGTGGACGTTGTTTGACTCCATGCTTTGTTCTTCATACATTGCG 1283
||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 CTTATGCTTCTCAGGGAGTGGACGTTGTTTGACTCTATGCTTTGTTCTTCATACATTGCG 1046
Query 1284 ACTAAGTTGAAGACATGGAGTGATAACGGTATCAAGAAACTTAAGCTTCTTCTAGCGCGT 1343
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1047 ACTAAGTTGAAGACATGGAGCGATAACGGCATCAAGAAACTTAAGCTTCTTCTAGCACGT 1106
Query 1344 ATGGGATTTGCACTTATCGAGTGTCAGCAAAAGTTTCCGTACATGAGCCTTGAGGTGAAG 1403
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1107 ATGGGATTTGCGCTTATCGAGTGCCAGCAAAAGTTTCCATACATGAGCCATGAGGTGAAA 1166
Query 1404 AGGAAGATGAAGCAAGAGTTTGATCGGTTTTTGCCAGAATATGGGCTTAATGATTTCTAC 1463
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1167 AGGAAAATGAAGCAAGAGTTTGATCGGTTTTTGCCAGAATATGGGCTTAATGATTTCTAC 1226
Query 1464 TACCGGAGTTTCTTGCGGCTTCATGGTTATAGCTCAAGGGTCTCTGCTGCAGATGTTGTC 1523
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 TACCGGAGTTTCTTGAGGCTTCATGGTTATAGCTCAAGGGTCTCTGCTGCAGATGTTGTG 1286
Query 1524 TATGGTATTACAGCACTTCTTGAATCATTTCTTGGGTCAGGTGGCTCCTCTGCTTCAAAA 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287 TATGGTATTACAGCACTTCTTGAATCATTTCTTGGATCAGGTGGCTCCTCTGCTTCAAAA 1346
Query 1584 CAGTTTGGTGAAGCTTATGATGCTCTGTCTTTGAACAATTTGGATAAACTTCGATCTGGG 1643
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1347 CAGTTTGGCGAAGCTTATGATGCTCTGTCTTTGAACAATTTGGATAAACTTCGGTCTGGG 1406
Query 1644 ATGCAACAAGCAATCAAGGTTCAACGAGCAATTCTTAGACAAGGAAGTGCAGCAATCACT 1703
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 ATGCAACAAGCAATCAAGGTTCAACGAGCAATTCTTAGACAAGGAAGTGCAGCAATCACC 1466
Query 1704 AAAAGTGGATGCATTCGAAGTGGTAGGAAATTCAGATGGGTAAAGATTGAAGATTCAATG 1763
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1467 AAAACTGGATGCATCCGAAGTGGTAGGAAATTCAGATGGGTGAAGATTGAAGATTCCATG 1526
Query 1764 GATGCGAAGTATTTGGGATATCCTCAGGCCTTAACAAAATTCTGTTACTTTCTGATGGAT 1823
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1527 GATGCTAAGTATTTGGGATATCCTCAGGCCTTAACAAAATTTTGTTACTTTCTAATGGAT 1586
Query 1824 GCTTTGAGAGAGAAAGGAGCTAGGATGAAACCAATGCTATGTGCCTGCGCATCTCAACAA 1883
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 GCTTTGAGAGAGAAAGGAGCTAGGATGAAACCGATGCTATGTGCCTGCGCATCTCAACAA 1646
Query 1884 CCTGGGAAGATACTCGTGGTTGGGGTTTGTGGGAAACCGAGGCTCGGGGCAGTCAGAGGG 1943
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 CCTGGGAAGTTACTCGTGGTTGGAGTTTGTGGGAAGCCGAGGCTCGGGGCAGTCAGAGGG 1706
Query 1944 AATGCTTTTGGCAATGCTTTCAGAAAGGCAGCTCAAGAAAGTAGAGCTGATTACTTTCAC 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1707 AATGCTTTTGGCAATGCTTTCAGAAAGGCAGCTCAAGAAAGTAGAGCTGATTACTTTCAC 1766
Query 2004 GAGCTATTCGAGTCTTCTTGGATTGTCTTGGATGCTTCTGCAGTTAACTCTTTCATGATT 2063
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1767 GAGCTTTTCGAGTCTTCATGGATTGTCTTGGATGCTTCTGCAGTTAACTCTTTCATGATT 1826
Query 2064 AGATTAACCGAGAAGCTCTGACATAGTCTCATTGTTCTTCGATTCAGTGTgttttctttt 2123
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1827 AGATTAACTGAGAAGCTCTGACATAGACTCATCGTTCTTCGATTCAATGTGTTTTCTTTT 1886
Query 2124 atagttttcagtttt-atctcactgtttgcattttttACGAGCCTGTGTAATAGGCACAA 2182
| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1887 ACAGTTTTCAGTTTTTATCTCACTGTTTTCATTTTTTACGAGCCTGTGTAATAGGCAGAA 1946
Query 2183 TCTGTTATCAATCATGTAACTTGTTT 2208
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 TCTGTTATCAATCATGTAACTTGTTT 1972
Score = 54.7 bits (29), Expect = 3e-06
Identities = 32/33 (97%), Gaps = 1/33 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 232 CTTATTAGGGATTTGATTGGATCTACAAAATTC 264
||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 CTTATTAGGGATTTGATTGGATCTACAAA-TTC 32
> Ahg887357 jgi|Araly1|887357|Al_scaffold_0706_1
Length=1437
Score = 2289 bits (1239), Expect = 0.0
Identities = 1376/1440 (96%), Gaps = 17/1440 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 315 GAATCGTTCTACGCGAAGCTTCGTGAGTCAGCTACTTCATTATCTTCACAGAAT-CCAC- 372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 3 GAATCGTTCTACGCGAAGCTTCGTGAGTCAGCTACTTCATGATCTTCACAGAATCCCACT 62
Query 373 TTTTGATATTTCCTTCAACATCTGATGTTGATTCACTTTGTGCGCTTAAGGTTATTACTC 432
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 TTTTGATA-TTCCTTCAACATCTGATGTTGATTCACTTTGTGCGCTTAAGGTTATTACTC 121
Query 433 ATATCCTTGAATCAGATTCGATTCAGTATTCTTGTTTCCCTGTATCGTCTTTTTTGGAGA 492
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 ATATCCTCGAATCAGATTCGATTCAGTATTCTTGTTTCCCTGTATCGTCTTTTTTGGAGA 181
Query 493 TTCACAAGTATGCTGGTCCTGCTGGTTTGTGTTCTACTTCGT-TGGAGAGTCCTCCTGTT 551
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||
Sbjct 182 TTCACAAGTATGCTGGTCCTGCTGGTTTGTGTTCTACTTCGTCT-GAGTCTCCTCCTGTT 240
Query 552 ACTATACTGTTGATTAATTGGGGTTGTCACCGTGATTTGAAGCTTGTGTTGAAGTTAGGT 611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 ACTATACTGTTGATTAATTGGGGTTGTCACCGTGATTTGAAGCTCGTGTTGAAGTTAGGT 300
Query 612 CCTTCGGCTCGTGTTTTCGTTGTTGATAGTCATAGGCCTATTCATTTGCATAATCTTAGT 671
|| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCCGCGGCTCGTGTTTTTGTTGTTGATAGTCATAGGCCTATTCATTTGCATAATCTTAGT 360
Query 672 GATTATAATGAGCAAGTTGTTGTTCTTCATACTGATGATGATGAGAGGCAAGGTGATTTG 731
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 361 GATTATAATGAGCAAGTTGTTGTTCTTCATACTGATGATGATGAGAGGCAAGCTGATTTG 420
Query 732 GCTTATGATTTCGATGTGTTGAAATTGGCGAATGAGAGCTTTCAGTTACGTGTAGAAGAT 791
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 GCTTATGATTTCGATGTGTTGAAATTGGCGAACGAGAGCTTTCAGTTACATGTAGAAGAA 480
Query 792 GCTGGTGAAGAATCtgatgaggaggaggaaga---tgaggaagagga---tgaggaggat 845
| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||
Sbjct 481 GGGGGTGAA---TCTGATGAGGAGGAGGAAGAAGATGAGGAAGAGGAAGATGAGGATGAT 537
Query 846 gatgatgatgatg-a--tggtgatAGGCCAAGTAAGAGGAGGAAAATGGGAGATGGTGTG 902
||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 538 GATGATGATGATGGAGATGGTGATAGGCCAAGTAAGAGGAGAAAAATGGGAGATGGTGTG 597
Query 903 AAGGTTTTCAAGAAGCTAAAGAGGGATTATTACAAGATGGGGACTTTTCATGGGAAGCCA 962
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AAGGTTTTCAAGAAGTTAAAGAGGGATTATTACAAGATGGGGACTTTTCATGGGAAGCCA 657
Query 963 TCGGGGTGTTTGTTGTTTGAGCTATCTCATATGTTGAGGAAGAACACTAACGAGTTGTTG 1022
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 658 TCGGGATGTTTGTTGTTTGAGCTATCTCATATGTTGAGGAAGAACACAAATGAGTTGTTG 717
Query 1023 TGGCTGGCTTGTGTTTCTTTGACTGATCAGTTTGTTCATGAGAGGTTGACTGATGAAAGA 1082
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TGGCTGGCTTGTGTTGCTTTGACTGATCAGTTTGTTCATGAGAGGTTGACTGATGAAAGA 777
Query 1083 TATCAAGCTGCGGTTATGGAGCTTGAACAACACATCAATAGCTCAGGGAATATAGATAAG 1142
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TACCAAGCTGCGGTTATGGAGCTTGAACAACACATCAATAGCTCAGGGAATATAGATAAG 837
Query 1143 ATCACTAGTGTTACTCTGAAAGATGGAACCAAGGTTCGAGCACCAGACTGTTCAAGAATC 1202
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 838 ATCACTTCTGTTACTTTGAAAGATGGAACCAAGGTTCGAGCACCTGACTGTTCGAGAATC 897
Query 1203 TCTTATGAAGAAGAGCCTAGGCTTATGCTTCTTAGAGAGTGGACGTTGTTTGACTCCATG 1262
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 898 TCTTATGAAGAAGAGCCTAGGCTTATGCTTCTCAGGGAGTGGACGTTGTTTGACTCTATG 957
Query 1263 CTTTGTTCTTCATACATTGCGACTAAGTTGAAGACATGGAGTGATAACGGTATCAAGAAA 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 958 CTTTGTTCTTCATACATTGCGACTAAGTTGAAGACATGGAGCGATAACGGCATCAAGAAA 1017
Query 1323 CTTAAGCTTCTTCTAGCGCGTATGGGATTTGCACTTATCGAGTGTCAGCAAAAGTTTCCG 1382
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1018 CTTAAGCTTCTTCTAGCACGTATGGGATTTGCGCTTATCGAGTGCCAGCAAAAGTTTCCA 1077
Query 1383 TACATGAGCCTTGAGGTGAAGAGGAAGATGAAGCAAGAGTTTGATCGGTTTTTGCCAGAA 1442
|||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TACATGAGCCATGAGGTGAAAAGGAAAATGAAGCAAGAGTTTGATCGGTTTTTGCCAGAA 1137
Query 1443 TATGGGCTTAATGATTTCTACTACCGGAGTTTCTTGCGGCTTCATGGTTATAGCTCAAGG 1502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TATGGGCTTAATGATTTCTACTACCGGAGTTTCTTGAGGCTTCATGGTTATAGCTCAAGG 1197
Query 1503 GTCTCTGCTGCAGATGTTGTCTATGGTATTACAGCACTTCTTGAATCATTTCTTGGGTCA 1562
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1198 GTCTCTGCTGCAGATGTTGTGTATGGTATTACAGCACTTCTTGAATCATTTCTTGGATCA 1257
Query 1563 GGTGGCTCCTCTGCTTCAAAACAGTTTGGTGAAGCTTATGATGCTCTGTCTTTGAACAAT 1622
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GGTGGCTCCTCTGCTTCAAAACAGTTTGGCGAAGCTTATGATGCTCTGTCTTTGAACAAT 1317
Query 1623 TTGGATAAACTTCGATCTGGGATGCAACAAGCAATCAAGGTTCAACGAGCAATTCTTAGA 1682
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TTGGATAAACTTCGGTCTGGGATGCAACAAGCAATCAAGGTTCAACGAGCAATTCTTAGA 1377
Query 1683 CAAGGAAGTGCAGCAATCACTAAAAGTGGATGCATTCGAAGTGGTAGGAAATTCAGATGG 1742
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CAAGGAAGTGCAGCAATCACCAAAACTGGATGCATCCGAAGTGGTAGGAAATTCAGATGG 1437
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83227185325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5