BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G25670.1
Length=1428
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg896416 jgi|Araly1|896416|Al_scaffold_0005_382 2206 0.0
> Ahg896416 jgi|Araly1|896416|Al_scaffold_0005_382
Length=1428
Score = 2206 bits (1194), Expect = 0.0
Identities = 1355/1433 (95%), Gaps = 10/1433 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTTGGATTCA-TTTGGTTTTATTCCTTTGTCTAA-CTCTCCTGTGTTGCGTTACTG 58
|||||||||||||| | | ||||| ||||||| ||||| || ||| ||| |||||||| |
Sbjct 1 ATGTCTTGGATTCACTCT-GTTTTGTTCCTTTTTCTAACCT-TCCGGTGGTGCGTTACCG 58
Query 59 GAGAATTATCACCGGAAGGCACTGATGATGGAGCTCCGATGGAGAAAACAGAACAAGAAG 118
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 GAGAATCATCACCGGAAGTCACTGATGATGGAGCTCCGATGGAGAAAACAGAACAAGAAG 118
Query 119 CTCTTTACTCAGCTATTCAAGGGTTTGTTGGTGATTCTTGGAATGGTTCTGATCTTTATC 178
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 119 CTCTTTACTCAGCTATTCAAGGATTTGTTGGTGATTCTTGGAATGGTTCTGATCTTTACC 178
Query 179 CTGATCCTTGTGGTTGGACTCCTATTCAGGGTGTTTCTTGTGATCTTTATGGTGACTTGT 238
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 CTGACCCTTGTGGTTGGACTCCTATTCAGGGTGTTTCTTGTGATCTTTATGGTGACTTGT 238
Query 239 GGTATGTCACGGATCTAACCCTAGGTCTTGTTCATGAAAACTCACTTTCTTGCGCCACAA 298
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 239 GGTATGTCACGGATCTAACCCTAGGTCTCGTTCATGAAAACTCGCTTTCTTGCGGTGCAA 298
Query 299 GTTTGGAGATAAAGCCACAGTTATTCAAGCTCAAGCACTTGAAATCACTCACGTTCTTCA 358
||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 299 GTTTGAAGATAAAGCCACAGTTGTTCAAACTCAAGCACTTGAAATCTCTCACGTTCTTCA 358
Query 359 ACTGCTTCACGTCGCCGATAAGAATACCTAAAGAGGATTGGATAAACTTGGCAAGTAACT 418
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 359 ACTGCTTCACTTCGCCGATAACAATACCTAAAGAGGATTGGATTAACTTGGCAAGTAACT 418
Query 419 TAGAATCACTCGAGTTTAGATCCAATCCTGGTTTGATTGGTGAACTTCCTGAAACAATTG 478
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TAGAATCTCTCGAGTTTAGATCCAATCCTGGTTTGATTGGTGAACTTCCTGAAACAATTG 478
Query 479 GAAGTCTCACAAAGCTGAAGTCTTTGGTGGTTCTTGAAAACGGGTTTAACGGGAAGTTAC 538
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GATGTCTCACAAAGCTGAAGTCTTTGGTGGTTCTTGAAAACGGGTTTAACGGGAAGTTAC 538
Query 539 CGACGAGAATCTGCAATTTAACTAGGTTAAAGCGGTTGGTTCTGGCGGGAAACTTGTTCA 598
||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CGACGAGTCTCTGCAATTTAACTAGGTTAAAACGGTTGGTTCTGGCGGGAAACTTGTTCA 598
Query 599 CTGGG-ACGATTCCGGATTGTTTCAACGGGTTTAAGGATCTACTGATCTTGGATATGAGT 657
| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 599 C-GGGAACGATTCCGGATTGTTTTAATGGGTTTAAGGATTTACTGATCTTGGATATGAGT 657
Query 658 CGGAACTCATTCTCAGGGATATTGCCTTTGTCTGTTGGAGAGATGGTTTCATTGCTTAAG 717
||||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CGGAACTTAATCTCAGGGACATTGCCTTCGTCCATTGGAGAGATGGTTTCATTGCTTAAG 717
Query 718 CTTGACCTAAGCAATAACCAATTAGAAGGGAGGTTGCCTCAAGAAATCGGGTTTTTGAAG 777
|||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTTGACCTAAGCAATAACCACTTAGAAGGCAAGTTACCTCAAGAAATCGGGTTTTTGAAG 777
Query 778 AATCTGACACTTTTGGATCTAAGGAACAACAGAATCTCTGGAGGGTTGTTCGAAAACATC 837
||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 778 AATCTGACACTGTTGGATCTTAGGAACAACATAATCTCTGGAGGGTTGTTCGAAAACGTC 837
Query 838 GAAAAGATTCCATCTCTAACGGATCTTGTTTTATCAGGGAACCCAATGGGCAGTGATGAC 897
| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GTAAAGATTCGATCTTTAACGGATCTTGTTTTATCAGGGAACCCAATGGGCAGTGATGAC 897
Query 898 ATGATGGGAATAAAGTGGGAGAATATGGGCAATTTGGTCATTTTGGATCTGTCAAAGATG 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 ATGATGGGAATAAAGTGGGAGAATATGGGCAATTTGGTCATTTTGGATCTGTCAAAGATG 957
Query 958 GGTTTAAGAGGTGAGGTTCCTTTAGGTTTAACAAGTTTGAGAAGATTGAGGTTTCTTGGT 1017
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 958 GGTTTAAGAGGTGAGATTCCTTTAGGTTTAACAAGTTTGAAAAGATTGAGGTTTCTTGGT 1017
Query 1018 CTCAACGACAACAACTTGACCGGCACTGTCCCATCAA-AAGAGCTCGAGACATTGCCTTG 1076
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CTCAACGACAACAATTTAACCGGCACTGTCCCATCGAGAAG-GCTCGAGACATTGCCTTG 1076
Query 1077 TCTTGGTGCTCTATACATCAATGGAAACAATCTATCAGGAGAGCTAAGA-TTCTCAAGAA 1135
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1077 TCTTGGTGCTCTCTACATCAATGGAAACAATCTATCAGGAGAGCTT-GAATTCTCAAGAA 1135
Query 1136 AGTTCTATGAGAAGATGGGAACAAGGTTTAAGGCTTCAAAGAATCCAAATCTTTGTCAGG 1195
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 AGTTCTATGAGAAGATGGGAACGAGATTTAAGGCTTCAAAGAATCCAAATCTTTGTCAGC 1195
Query 1196 ATGTTGTGTCAGAATCTCGGCAATATGTTGTTGGATTGAAGTCTTGCATGATGGAGAAGG 1255
|||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 ATGTCGTGTCAGAAGCTCAGCAATATGTTGTTGGATTGAAGTCTTGCATGATGGAGAAGA 1255
Query 1256 CAGAGGATAGTTTGGTAATTAAACAAACTTGGAGCAACCTTAAGAAGGAGGATGAGTCAA 1315
||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1256 CAGGGGGTAGTTCGGTAATTAAACAAACGTGGAGCAACCTTAAGGAGGAGGATGAGTCAA 1315
Query 1316 GTTCATCAATGGGTGTGATGGTTACTAGACATGTGTTGTTGTCAAATGGGTTCATGTGGG 1375
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 GTTCATCAATGGGTGTGATGGTTACTAGACACGTGTTGTTGTCAAATGGGTTCATGTGGG 1375
Query 1376 ATTTGCTTTTGGAGCTTTCTCTTATATTATTATTGAATTTGTTAGTTTGTTAA 1428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 ATTTGCTTTTGGAGCTTTCTCTTATATTATTATTGAATTTGTTAGTTTGTTAA 1428
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 53402523490
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5