BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G25690.1
Length=3384
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484330 jgi|Araly1|484330|fgenesh2_kg.5__322__AT3G25690.1 5509 0.0
> Ahg484330 jgi|Araly1|484330|fgenesh2_kg.5__322__AT3G25690.1
Length=3311
Score = 5509 bits (2983), Expect = 0.0
Identities = 3210/3320 (97%), Gaps = 14/3320 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 73
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 60
Query 74 TGTCATAAGGTTGATGAACAAGATTTGGACTAGAGA-TTGT-TTGAAGGAACGATGGGTT 131
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGTCATAAGGTTCATGAACAGGATTTGGACTAGAGATTTTTCTTGAAGGAACGATGGGTT 120
Query 132 AAGTTAGTATCAGTAGAGTGATAATTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 191
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGTTAGTATCCGTAGAGTGATATTTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 180
Query 192 GGAAGGGAATTGATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 251
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGAAGGGAATTTATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 240
Query 252 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCA 311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCG 300
Query 312 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGCGACAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACTAC 371
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 301 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGTGATAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACAAC 360
Query 372 AATCTCAATGACAAGAATCTGCaagaggaggaagaggaagaagaagaagaggTGAAACTA 431
|||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AATCTCAATGACAAGAATGTGCAAGAGGAGG-A-A-GAAGAAGAAGAAGAGGTGAAACTA 417
Query 432 ATCAACAGTGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTACTTAGATGATGATATA 491
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 418 ATCAACAGCGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTTTTTAGATGATGATATT 477
Query 492 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 537
Query 552 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAGATGGCTTATAACGAT 611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 538 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAAATGGCGTATAACGAT 597
Query 612 GGTGAGCTCGAACGGTT-AAAGCAATTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 670
|||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 GGTGAGCTCGAAAGGTTGAAA-CAGTTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 656
Query 671 TGAAGGTGAATTACTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCAGATATCGTTGAGTT 730
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 657 CGAAGGTGAATTGCTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCGGATATAGTTGAGTT 716
Query 731 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATTGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 790
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATCGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 776
Query 791 TCTGCAAGCTGAGAGAAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATTGTAAGAAA 850
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 777 TCTGCAAGCTGAGAGGAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATAGTAAGAAA 836
Query 851 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAGGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 910
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAAGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 896
Query 911 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 956
Query 971 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACTGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTACAGGA 1030
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 957 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACCGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTTCAGGA 1016
Query 1031 TTTGGAAGTGCAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAATAGAGAGCTTCAACATGAGAAGAG 1090
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1017 TTTGGAAGTGGAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAACAGAGAGCTTCAATATGAGAAGAG 1076
Query 1091 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1136
Query 1151 TGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1210
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1196
Query 1211 GGATTTGTTAAAGCAAGTGGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTTAGTGAAGTTGAGGAATT 1270
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1197 GGATTTATTAAAGCAAGTTGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTCAGTGAAGTTGAGGAATT 1256
Query 1271 GGTTTATCTACGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1330
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GGTTTATCTCCGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1316
Query 1331 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1376
Query 1391 AGCAAAACGGTTAATGTTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1450
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGCAAAACGGTTAATGCTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1436
Query 1451 AGAAAGCAACTATTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCAAT 1510
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1437 AGAAAGCAACTACTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCGAT 1496
Query 1511 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTTAGTAGTTTTAGCAAGAAGCCAGGATTGATTCAGAAACT 1570
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTGAGTAGTTTTAGCAAGAAACCAGGATTGATTCAGAAACT 1556
Query 1571 TAAGAAATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCAAGCGTTCAATCATCGCCTTCAAGATCATT 1630
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1557 CAAGAGATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCGAGCGTTCAATCGTCGCCTTCAAGATCATT 1616
Query 1631 TTACGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGTATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1690
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CTATGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGCATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1676
Query 1691 ATCTTTGATGATTAGAAACGCTGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1750
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATCTTTGATGATTAGAAACGCCGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1736
Query 1751 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCAAGAATCAGAACACAACAACA 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1737 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCTAGAATCCGAACACAACAACA 1796
Query 1811 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1856
Query 1871 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1916
Query 1931 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCAAGAGCAGAGAGATTTGG 1990
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1917 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCGAGAGCAGAGAGATTTGG 1976
Query 1991 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTTGTTCC 2050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1977 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTGGTTCC 2036
Query 2051 CTCTGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAATCTAACGAAGGTAA 2110
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2037 CTCCGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAGTCTAACGAAGGTAA 2096
Query 2111 AGCCAGCGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2170
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 AGCCAACGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2156
Query 2171 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCAGCTGGAGGTGGTAAAAGTACTAACTT-GC 2229
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||| ||
Sbjct 2157 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCATCTGGAGCTGGTAAAAGTACCA-CTTTGC 2215
Query 2230 CTTCAGCAAGACCTCCTTTacctggtggtggtccaccaccacctcctccaccacctggcg 2289
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CTTCAGCAAGACCTCCCTTACCTGGTGGAGGTCCACCACCACCTCCTCCACCACCTGGCG 2275
Query 2290 gtggaccgcctcctccacctggcggtggaccacctccaccaccacctcctcctGGAGCAC 2349
|||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2276 GTGGGCCTCCTCCTCCACCTGGTGGTGGGCCGCCGCCACCACCACCGCCTCCTGGAGCAC 2335
Query 2350 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGGAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2409
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGCAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2395
Query 2410 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2455
Query 2470 GAACTGGTAATTCTTCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2529
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GAACTGGTAATTCATCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2515
Query 2530 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTACAGTCGTTAG 2589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2516 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTTCAGTCATTAG 2575
Query 2590 CAACTGAAGTCCGAGCTTCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2649
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 CAACTGAAGTCCGAGCTGCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2635
Query 2650 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGACT 2709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2636 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGATT 2695
Query 2710 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2755
Query 2770 AACTGGAGAAGCAAGTTACGTCCTTTGTTGATGATCCTAATCTCTCTTGTGAACCTGCTT 2829
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2756 AACTGGAGAAGCAAGTTACTTCCTTTGTCGATGATCCTAATCTCCCTTGTGAACCTGCTT 2815
Query 2830 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2816 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2875
Query 2890 CGAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2949
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2876 CAAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2935
Query 2950 ATACTGGCGTCGTAGGAAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 3009
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 ATACTGGCGTCGTAGGGAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 2995
Query 3010 AACGAGTAGCTTATGAGCTAGATTCAGTGAGCGGATCCGATAAAGATCCGAACAGAGAGT 3069
||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2996 AACGAGTAGCTTATGAGCTTGATTCAGTGAGTGGCTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGT 3055
Query 3070 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3115
Query 3130 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAGGAACTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3189
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAAGAACTAAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3175
Query 3190 -ACaataataataataataataataataGCAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3248
| | || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 GAGAC-AAGAATAATAATAATAACAA---CAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3231
Query 3249 TTACTTCTCTCTGTATCATTTGTATCACATACTTCATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3308
|||||| ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3232 TTACTTTTCTATGTATCATTTGTATCACATACATGATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3291
Query 3309 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3328
||||||||||||||||||||
Sbjct 3292 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3311
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127759272561
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5