BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G25800.1
Length=2097
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936261 jgi|Araly1|936261|scaffold_500452.1 2832 0.0
Ahg920212 jgi|Araly1|920212|scaffold_101493.1 1962 0.0
> Ahg936261 jgi|Araly1|936261|scaffold_500452.1
Length=1808
Score = 2832 bits (1533), Expect = 0.0
Identities = 1708/1794 (95%), Gaps = 5/1794 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 93 TGTTG-AGATGTCTATGATCGATGAGCCGTTGTACCCAATCGCCGTACTTATAGACGAGT 151
||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 17 TGTTGAAGATGTCTATGATCGATGAGCCGTTGTATCCAATCGCTGTGCTTATAGACGAGT 76
Query 152 TAAAAAACGATGATATTCAGCTAAGATTGAATTCCATCAGAAGGCTTTCTACGATCGCTC 211
|||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || ||||
Sbjct 77 TAAAAAACGATGATATTCAGCTTAGATTGAACTCTATTAGAAGACTTTCTACAATTGCTC 136
Query 212 GTGCTCTTGGGGAAGAGAGGACTAGAAAGGAATTGATCCCTTTCCTTAGCGAAAACAATG 271
|||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 137 GTGCTCTTGGTGAAGAGCGGACTAGGAAGGAGTTGATTCCTTTTCTTAGTGAAAACAATG 196
Query 272 ACGATGATGATGAGGTTTTATTAGCAATGGCTGAAGAATTGGGTGTGTTTATTCCTTATG 331
|||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 197 ACGATGATGATGAGGTGTTGTTGGCAATGGCTGAAGAATTGGGTGTTTTTATTCCTTATG 256
Query 332 TTGGTGGTGTTGAGTATGCACATGTTCTT-CTTCCACCT-TTGGAAACTCTTTCGACTGT 389
|||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 257 TTGGTGGTGTTGAGTATGCACATGTT-TTGCTTCC-GCTGTTGGAAACTCTTTCGAGTGT 314
Query 390 CGAAGAAACTTGTGTTAGGGAGAAAGCTGTTGAGTCGCTTTGTAGAGTTGGCTCTCAGAT 449
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 315 TGAAGAAACTTGTGTGAGGGAGAAAGCTGTTGAGTCGCTTTGTAGAGTTGGTTCTCAGAT 374
Query 450 GAGGGAGAGTGACTTGGTTGATCATTTCATTTCGTTAGTTAAGCGACTTGCCGCTGGTGA 509
|| |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 375 GAAGGAGAGTGACTTGGTTGATCATTTTATACCATTAGTTAAGCGACTTGCGGCTGGTGA 434
Query 510 GTGGTTCACAGCTAGAGTATCGGCTTGCGGTGTTTTCCATATTGCATACCCGAGCGCGCC 569
|||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 435 GTGGTTTACAGCTAGAGTATCAGCTTGCGGGGTTTTCCATATTGCATACCCAAGCGCGCC 494
Query 570 GGATATGTTGAAGACTGAGTTAAGATCGTTGTATACTCAGCTTTGTCAGGATGATATGCC 629
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 495 GGATATGTTGAAGACTGAGTTAAGATCGTTATATACCCAGCTCTGTCAGGATGATATGCC 554
Query 630 GATGGTAAGGAGAGCTGCAGCAACTAATCTTGGGAAATTTGCTGCTACGGTTGAATCAGC 689
||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 555 AATGGTGCGGAGAGCTGCAGCTACCAATCTGGGGAAATTTGCTGCTACGATTGAATCAGC 614
Query 690 GCATTTGAAGACCGACGTTATGTCCATGTTTGAGGATCTTACTCAAGATGATCAAGATTC 749
|||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 GCATTTGAAGACTGACATTATGTCCATGTTTGATGATCTTACTCAAGATGATCAAGATTC 674
Query 750 TGTTAGATTATTGGCCGTTGAGGGTTGTGCTGCTCTTGGGAAATTGTTGGAGCCTCAGGA 809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 675 TGTTAGATTATTGGCCGTTGAGGGTTGTGCTGCTCTTGGGAAATTGTTGGAGCCCCAGGA 734
Query 810 TTGTGTCCAACACATTCTTCCCGTGATTGTTAATTTCTCGCAGGATAAGTCTTGGCGTGT 869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 CTGTGTCCAACACATTCTTCCCGTGATTGTTAATTTCTCGCAGGATAAGTCTTGGCGTGT 794
Query 870 GCGCTATATGGTTGCAAATCAACTCTACGAGCTTTGTGAAGCCGTGGGACCTGAGCCTAC 929
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 795 GCGCTATATGGTTGCGAATCAACTCTACGAGCTTTGTGAAGCTGTGGGACCTGAATCTAC 854
Query 930 TAGGACGGAGCTGGTGCCTGCATATGTGCGCCTACTTCGTGATAATGAAGCTGAAGTACG 989
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 855 TAGGACGGAGCTGGTGCCTGCATATGTGCGTCTACTTCGTGATAATGAGGCTGAAGTACG 914
Query 990 CATAGCAGCTGCCGGAAAAGTTACAAAGTTTTGTCGGATTCTAAACCCTGAAATTGCTAT 1049
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 CATAGCAGCTGCAGGAAAAGTTACAAAGTTTTGTCGGATTCTAAACCCTGAAATTGCTAT 974
Query 1050 CCAGCACATTCTCCCCTGTGTGAAGGAGCTATCATCAGACTCTTCTCAGCATGTCAGATC 1109
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 CCAGCACATTCTCCCCTGTGTGAAGGAGCTATCATCGGACTCTTCTCAGCATGTCAGATC 1034
Query 1110 TGCATTGGCCTCAGTTATAATGGGAATGGCTCCAGTCTTGGGTAAGGATGCAACAATTGA 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TGCATTGGCCTCAGTTATAATGGGAATGGCTCCAGTCTTGGGTAAGGATGCAACAATTGA 1094
Query 1170 GCATCTCCTTCCAATCTTTCTTTCTCTATTGAAAGATGAGTTCCCGGATGTACGCTTGAA 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 GCATCTCCTTCCAATCTTTCTTTCTCTATTGAAAGATGAGTTCCCGGATGTACGCTTGAA 1154
Query 1230 CATTATCAGCAAACTTGACCAAGTGAATCAGGTTATTGGGATTGATCTACTATCACAATC 1289
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155 CATTATCAGCAAACTCGACCAAGTGAATCAGGTTATTGGGATTGATCTACTATCACAATC 1214
Query 1290 CTTGTTGCCAGCTATTGTAGAACTTGCTGAAGATAGACACTGGAGAGTAAGACTTGCTAT 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1215 CTTGTTGCCAGCTATTGTAGAACTTGCTGAAGATAGACACTGGAGAGTAAGACTTGCTAT 1274
Query 1350 AATCGAGTATATCCCTTTGTTGGCAAGTCAGTTAGGTGTTGGCTTCTTTGACGATAAGCT 1409
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 AATTGAGTATATCCCTTTATTGGCAAGTCAGTTAGGTGTTGGCTTCTTTGACGATAAGCT 1334
Query 1410 TGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTACAAGACAAGGTTCACTCAATCCGCGATGCTGCTGC 1469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1335 TGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTACAAGACAAGGTTCACTCAATCCGCAATGCTGCTGC 1394
Query 1470 TAACAATCTCAAGCGGCTTGCTGAGGAATTTGGTCCTGAATGGGCAATGCAACATATAGT 1529
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1395 TAACAATCTCAAGCGGCTTGCTGAGAAATTTGGTCCTGAATGGGCTATGCAACATATAGT 1454
Query 1530 TCCTCAGGTTCTTGAGATGGTTAACAACCCTCACTATCTCTACCGAATGACCATTTTGCG 1589
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1455 TCCTCAGGTTCTTGAGATGATTAACAACCCTCACTATCTCTACCGAATGACCATTTTACG 1514
Query 1590 TGCGGTGTCTCTTCTTGCACCTGTAATGGGCTCAGAGATTACATGCTCTAAGCTCTTACC 1649
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1515 CGCGGTTTCTCTTCTTGCACCAGTAATGGGCTCAGAAATCACATGCTCTAAGCTCTTGCC 1574
Query 1650 TGTAGTAATGACTGCATCTAAAGACAGAGTTCCAAACATCAAATTCAACGTCGCTAAAGT 1709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1575 TGTAGTAATGACTGCATCTAAAGACAGAGTTCCAAACATCAAATTCAACGTAGCGAAAGT 1634
Query 1710 ACTTCAATCCCTCATTCCAATAGTTGATCAATCGGTTGTGGAGAAGACGATTCGTCCTGG 1769
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1635 GCTTCAATCCCTCATTCCAATAGTCGATCAATCGGTTGTGGAAAAGACGATTCGTCCTGG 1694
Query 1770 GCTTGTGGAGCTAAGCGAGGATCCAGATGTTGATGTCAGGTTTTTCGCAAACCAAGCTCT 1829
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1695 GCTTGTGGAGCTAAGCGAGGATCCAGACGTTGATGTCAGGTTTTTCGCAAACCAAGCTCT 1754
Query 1830 ACAATCTATTGACAATGTGATGATGTCTAGCTAAAACCATTAGATCTTGTCTCT 1883
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1755 TCAATCTATTGACAATGTGATGATGTCTAGCTAAAAACATTAGATCTTGTCTCT 1808
> Ahg920212 jgi|Araly1|920212|scaffold_101493.1
Length=1804
Score = 1962 bits (1062), Expect = 0.0
Identities = 1549/1784 (87%), Gaps = 34/1784 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 99 GATGTCTATGATCGATGAGCCGTTGTACCCAATCGCCGTACTTATAGACGAGTTAAAAAA 158
|||||||||| | |||||||| || ||||| || ||||| ||||| |||||| |||||||
Sbjct 20 GATGTCTATGGTTGATGAGCCTTTATACCCGATTGCCGTGCTTATCGACGAGCTAAAAAA 79
Query 159 CGATGATATTCAGCTAAGATTGAATTCCATCAGAAGGCTTTCTA-CGATCGCTCGTGCTC 217
||||||||||||||| |||||||| || || ||| ||||||||| | || ||||||||||
Sbjct 80 CGATGATATTCAGCTTAGATTGAACTCTATTAGACGGCTTTCTATC-ATTGCTCGTGCTC 138
Query 218 TTGGGGAAGAGAGGACTA-GAAAGGAATTGA-TCCCTTTCCTTAGCGAAAACAATGACGA 275
|||| || |||||||| | |||| || |||| ||| ||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 139 TTGGAGAGGAGAGGACAAGGAAA-GAGTTGATTCCGTTT-CTTAGTGAGAACAATGACGA 196
Query 276 TGATGATGAGGT-TTTATTAGCAATGGCTGAAGAATTGGGTGTGTTTATTCCTTATGTTG 334
|||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| |
Sbjct 197 TGATGATGAGGTGCTT-TTGGCTATGGCGGAAGAGTTGGGGGTTTTTATTCCGTATGTAG 255
Query 335 GTGGTGTTGAGTATGCACATGTTCTT-CTTCCACCTTTGGAAACTCTTTCGACTGTCGAA 393
| || |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||| ||| ||
Sbjct 256 GAGGGGTTGAGTATGCACATGTT-TTGCTTCCACCTTTGGAGACTCTCGCGAGTGTTGAG 314
Query 394 GAAACTTGTGTTAGGGAGAAAGCTGTTGAGTCGCTTTGTAGAGTTGGCT-CTCAGATGAG 452
|||||||| || ||||| |||||||| || || ||||| ||| |||| | ||||||||||
Sbjct 315 GAAACTTGCGTGAGGGAAAAAGCTGTAGATTCACTTTGCAGAATTGG-TGCTCAGATGAG 373
Query 453 GGAGAGTGACTTGGTTGATCATTTCATTTCGT-TAGTTAAGCGACTTGCCGCTGGTGAGT 511
||||| |||||||||||| ||||||| || | | | |||||||||| | |||||||| |
Sbjct 374 GGAGAATGACTTGGTTGAGCATTTCA-CTCCTCTGGCTAAGCGACTTTCAGCTGGTGAAT 432
Query 512 GGTTCACAGCTAGAGTATCGGCTTGCGGTG-TTTTCCATATTGCATACCCGAGCGCGCCG 570
|||||||||| |||||||| || || || | ||||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 433 GGTTCACAGCCAGAGTATCAGCATGTGG-GATTTTCCATATTGCATACCCAAGTGCCCCA 491
Query 571 GATATGTTGAAGACTGAGTTAAGATCGTTGTATACTCAGCTTTGTCAGGATGATATGCCG 630
||| | | ||||| ||| ||||||| | ||| |||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 492 GATCCGCTAAAGACGGAGCTAAGATCAATATATGGTCAGCTTTGTCAAGATGACATGCCA 551
Query 631 ATGGTAAGGAGAGCTGCAGCAACTAATCTT-GGGAAATTTGCTGCTACGGTTGAATCAGC 689
||||| | |||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 552 ATGGTGCGCAGAGCTGCAGCAACCAAT-TTGGGGAAGTTTGCTGCTACCATTGAATCAGC 610
Query 690 GCATTTGAAGACCGACGTTATGTCCATGTTTGAGGATCTTACTCAAGATGATCAAGATTC 749
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 611 TCATTTGAAGACAGACATTATGTCCATGTTTGAGGATCTTACGCAAGATGATCAAGATTC 670
Query 750 TGTTAGATTATTGGCCGTTGAGGGTTGTGCTGCTCTTGGGAAATTGTTGGAGCCTCAGGA 809
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 671 GGTTAGATTATTGGCTGTTGAGGGTTGTGCTGCTCTTGGGAAATTGTTGGAGCCCCAGGA 730
Query 810 TTGTGTC-CAACACATTCTTCCCGTGATTGTTAATTTCTCGCAGGATAAGTCTTGGCGTG 868
|||||| | |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 731 CTGTGTCGC-ACACATTCTTCCTGTGATTGTGACTTTCTCGCAGGATAAGTCCTGGCGTG 789
Query 869 TGCGCTATATGGTTGCAAATCAACTCTACGAGCTTTGTGAAGCCGTGGGACCTGAGCCTA 928
|||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| |
Sbjct 790 TGCGTTATATGGTTGCAAATCAGCTCTATGAACTTTGTGAAGCTGTAGGACCGGAGCCAA 849
Query 929 CTAGGACGGAGCTGGTGCCTGCATATG-TGCGCCTACTTCGTGATAATGAAGCTGAAGTA 987
|||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 850 CTAGGACGGATCTGGTGCCTGCATATGCT-CGTCTACTTCGTGATAATGAGGCTGAAGTT 908
Query 988 CGCATAGCAGCTGCCGGAAAAGTTACAAAGTTTTGTCGGATTCTAAACCCTGAAATTGCT 1047
|| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| | |||
Sbjct 909 CGGATAGCAGCTGCTGGAAAAGTTACCAAGTTTTGTCGCATTTTAAACCCTGAACTCGCT 968
Query 1048 ATCCAGCACATTCTCCCCTGTGTGAAGGAGCTATCATCAGACTCTTCTCAGCATGTCAGA 1107
|||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 969 ATCCAGCACATTCTTCCCTGTGTAAAGGAATTATCATCAGACTCTTCTCAGCACGTCAGA 1028
Query 1108 TCTGCATTGGCCTCAGTTATAATGGGAATGGCTCCAGTCTTGGGTAAGGATGCAACAATT 1167
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 TCTGCATTGGCATCAGTTATAATGGGAATGGCTCCAGTCTTGGGTAAGGATGCAACAATT 1088
Query 1168 GAGCATCTCCTTCCAATCTTTCTTTCTCTATTGAAAGATGAGTTCCCGGATGTACGCTTG 1227
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||
Sbjct 1089 GAGCATCTTCTTCCAATCTTTCTTTCTCTATTGAAAGACGAATTTCCTGATGTACGCTTA 1148
Query 1228 AACATTATCAGCAAACTTGACCAAGTGAATCAGGTTATTGGGATTGATCTACTATCACAA 1287
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1149 AACATTATCAGCAAACTTGACCAAGTGAACCAGGTTATTGGGATTGATCTGCTATCGCAA 1208
Query 1288 TCCTTGTTGCCAGCTATTGTAGAACTTGCTGAAGATAGACACTGGAGAGTAAGACTTGCT 1347
|| || | ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| | || |||
Sbjct 1209 TCATTACTACCAGCCATTGTAGAACTTGCTGAAGACAGGCACTGGAGAGTACGTCTGGCT 1268
Query 1348 ATAATCGAGTATAT-CCCTTTGTTGGCAAGTCAGTTAGGTGTTGGCTTCTTTGACGATAA 1406
||||| |||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1269 ATAATAGAGTATATTCCCTT-GTTGGCCAGTCAATTAGGTGTAGGCTTCTTTGATGATAA 1327
Query 1407 GCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTACAAGACAAGGTTCACTCAATCCGCGATGCTGC 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1328 GCTTGGTGCTCTTTGCATGCAATGGTTACAAGACAAGGTTCACTCAATCCGTGAAGCTGC 1387
Query 1467 TGCTAACAATCTCAAGCGGCTTGCTGAGGAATTTGGTCCTGAATGGGCAATGCAACATAT 1526
||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1388 TGCAAACAATCTTAAGCGTCTTGCTGAAGAGTTTGGTCCTGAATGGGCAATGCAGCATAT 1447
Query 1527 AGTTCCTCAGGTTCTTGAGATGGTTAACAACCCTCACTATCTCTACCGAATGACCATT-T 1585
||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| || || ||||| ||| |
Sbjct 1448 AGTTCCTCAGGTTCTAGAGATGATTAACAACCCACACTATCTATATCGGATGACAATTCT 1507
Query 1586 TGCGTGCGGTGTCTCTTCTTGCACCTGTAATGGGCTCAGAGATTACATGCTCTAAGCTCT 1645
| ||||| || || ||||| || || |||||||| || ||||| ||||| || || ||||
Sbjct 1508 T-CGTGCAGTATCGCTTCTCGCTCCAGTAATGGGATCCGAGATCACATGTTCCAAACTCT 1566
Query 1646 TACCTGTAGTAATGACTGCATCTAAAGACAGAGTTCCAAACATCAAATTCAACGTCGCTA 1705
| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |
Sbjct 1567 TGCCTGCGGTGATAACTGCATCTAAAGACAGAGTTCCAAACATCAAATTTAATGTGGCCA 1626
Query 1706 AAGT-ACTTCAATCCCTCATTCCAATAGTTGATCAATCGGTTGTGGAGAAGACGATTCGT 1764
|| | | | ||||| |||||||| ||||| || ||| ||||||||||||| | ||| ||
Sbjct 1627 AAATGA-TGCAATCTCTCATTCCGATAGTCGACCAAGCGGTTGTGGAGAACATGATACGG 1685
Query 1765 CC-TGGGCTTG-TGGAGCTAAGCGAGGATCCAGATGTTGATGT-CAGGTTTTTCGCAAAC 1821
|| || |||| |||||||||| || || || || |||||||| | | |||||||||||
Sbjct 1686 CCATG--CTTGGTGGAGCTAAGTGAAGACCCGGACGTTGATGTTC-GTTTTTTCGCAAAT 1742
Query 1822 CAAGCTCTACAATCTATTGACAATGTGATGATGTCTAGCTAAAA 1865
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 CAAGCTCTCCAATCTATTGACAATGTGATGATGTCTAGCTAAAA 1786
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78884897395
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5