BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G26540.1
Length=2103
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484418 jgi|Araly1|484418|fgenesh2_kg.5__410__AT3G26540.1 3328 0.0
Ahg347015 jgi|Araly1|347015|fgenesh1_pg.C_scaffold_5000407 472 6e-132
> Ahg484418 jgi|Araly1|484418|fgenesh2_kg.5__410__AT3G26540.1
Length=2082
Score = 3328 bits (1802), Expect = 0.0
Identities = 1991/2084 (96%), Gaps = 5/2084 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAGTGACCGGAGTTTCTTCTGCTTTTGGCCGTCTTTTCAAACAAGATAAAACCCAC 60
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCAGTGACCGGAGTTTCTTCTGCTTTTGGCCGTCTTTTCAAACATGATAAAACCCAC 60
Query 61 AAGCGTGTTATCGGC-AC-CGGAACCAAACTTACAGTGACCCGTCAGATTCTTGAGCATC 118
|||||||||||| || || | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 AAGCGTGTTATC-GCTACAC-GACCCAAATTTACAGTGACCCGTCAGATTCTTGAGCACC 118
Query 119 TCGAAGGCGGTAATGTCTCGAAAGCCGTCTCTGTTCTCTTTGCTTCTCCAGAGCCAGTTA 178
| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TTGAAGGCGGTAATGTTTCGAAAGCTGTCTCTGTTCTCTTTGCTTCTCCAGAGCCAGTTG 178
Query 179 GTTATTGGCTATACGAGCGTCTTTTCCGTTCTTGTTCCTCGAAAGCTCTTGTTGTGCAAG 238
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 179 GGTATTGGCTATACGAGCGTCTTTTCCGTTCTTGTTCCTCGAAATCTCTTGTTGTGCAAG 238
Query 239 CCCGTAAAGTCCAATCTCACTTAGTAACTTTCTCTCCGTTGCCTCCGATTTTCCTCTTGA 298
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 239 CCCGTAAAGTCCAATCCCATTTAGTAACTTTCTCTCCGTTGCCTCCGAGTTTCCTCTTGA 298
Query 299 ACAGAGCCATTGAGGCTTATGGTAAATGTGGGTGTGTTGATGATGCACGAGAGCTGTTCG 358
| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 299 ATAGAGCTATTGAGGCTTATGGGAAATGTGGGTGTGTTGATGATGCACGGGAACTGTTCG 358
Query 359 AGGAAATGCCTGAACGAGATGGTGGGTCTTGGAACGCTGTGATTACTGCTTGTGCGCAAA 418
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 AGCAAATGCCTGAACGAGATGGTGGTTCTTGGAACGCTGTGATTACTGCTTGTGCGCAAA 418
Query 419 ACGGTGTCTCTGATGAGGTGTTTCGTATGTTTCGTAGAATGAATAGAGATGGCGTACGAG 478
| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 419 ATGGCGTCTCGGATGAGGTATTTCGTATGTTTCATAGGATGAATAGAGATGGAGTACGAG 478
Query 479 CTACGGAGACTTCTTTTGCTGGTGTTTTAAAGTCATGTGGTTTAATCTTGGACTTGAGAT 538
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 479 CTACGGAGACTTCTTTTGCTGGTGTTTTAAAGTCATGTGGTTTAGTCTTGGACCTGAGAT 538
Query 539 TATTGAGGCAGCTGCATTGTGCTGTGGTGAAGTATGGGTATTCGGGGAATGTAGATTTGG 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 539 TATTGAGGCAGCTGCATTGTGCTGTGGTGAAGTATGGGTATTCGGGAAATATAGATTTGG 598
Query 599 AGACTTCGATTGTTGATGTTTATGGGAAGTGTCGGGTGATGAGTGATGCGAGAAGAGTGT 658
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 599 AAACTTCGATTGTTGATGTTTATGGGAAGTGTCGGGTTATGAGTGATGCGAGAAGAGTTT 658
Query 659 TTGATGAGATTGTAAACCCTAGTGATGTATCTTGGAATGTGATTGTGCGGCGGTATCTTG 718
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TTGATGAGATTGTAAACCCTAGTGATGTTTCATGGAATGTGATTGTGCGGCGGTATCTTG 718
Query 719 AGATGGGGTTTAATGATGAGGCAGTGGTGATGTTTTTCAAGATGCTGGAGTTGAATGTTC 778
|| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 719 AGTTGGGTTTTAATGATGAGGCAGTGGTAATGTTTTTCAAGATGTTAGAGTTGAATGTTC 778
Query 779 GACCTTTGAATCACACGGTTTCTAGTGTAATGTTAGCTTGTTCGAGATCCTTGGCCCTTG 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 779 GACCTTTGAATCACACGGTTTCTAGTGTAATGTTAGCTTGTTCAAGATCCCTGGCCCTTG 838
Query 839 AGGTGGGAAAGGTAATCCATGCCATTGCTGTGAAACTTAGTGTTGTGGCAGATACAGTTG 898
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGGTGGGAAAGGTAATCCACGCCATTGCTGTCAAAATTAGTCTTGTGGCAGATACAGTTG 898
Query 899 TTTCTACTTCTGTATTTGATATGTATGTAAAATGTGACAGATTGGAGAGTGCTCGCAGAG 958
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 TTTCTACTTCTATATTTGATATGTATGTAAAATGTGATAGATTGGAGAGTGCTCGCAGAG 958
Query 959 TATTTGACCAAACTAGATCTAAAGATTTGAAATCTTGGACTTCGGCGATGTCGGGATATG 1018
||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TATTTGACCAAACCAAATCTAAAGATTTGAAATCTTGGACTTCGGCGATGTCGGGATATG 1018
Query 1019 CAATGAGTGGTTTAACTAGAGAGGCAAGGGAGCTCTTTGATTTGATGCCTGAACGGAATA 1078
||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CAATGAGTGGTATAACTAGAGATGCAAGGGAGCTCTTTGATTTGATGCCTGAACGGAATA 1078
Query 1079 TAGTCTCATGGAACGCAATGTTGGGCGGATATGTACATGCCCATGAATGGGATGAGGCAC 1138
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 TAGTCTCATGGAACGCAATGTTGGGCGGATATGTACGTGCCCATGAATGGGATGACGCAC 1138
Query 1139 TGGATTTTCTCACTTTGATGCGCCAGGAGATTGAAAATATTGATAATGTCACTCTTGTGT 1198
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGGATTTTCTCACTTTGATGCGCAAGGAGATTGAAGATATTGATAATGTCACTCTTGTGT 1198
Query 1199 GGATCCTAAATGTCTGCTCTGGTATATCAGATGTTCAAATGGGGAAGCAAGCTCATGGTT 1258
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGATCCTAAATGTCTGCTCAGGTATATCAGATGTTCAAATGGGAAAGCAAGCTCATGGTT 1258
Query 1259 TTATCTACCGACATGGATATGATACGAATGTAATTGTAGCCAATGCACTTCTTGATATGT 1318
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TTATCTACCGACATGGATATGATACAAATGTAATTGTAGCCAATGCACTTCTTGATATGT 1318
Query 1319 ATGGAAAATGCGGGACCTTGCAGAGTGCCAATATTTGGTTCCGCCAAATGAGTGAACTAA 1378
| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ACGGAAAATGCGGTACCTTGCATAGTGCCAATATTTGGTTCCGCCAAATGAGTGAACTAA 1378
Query 1379 GGGATGAGGTTTCATGGAATGCTTTATTGACTGGTGTAGCTCGAGTTGGCAGGAGTGAAC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GGGATGAGGTTTCATGGAATGCTTTATTGACTGGTGTAGCTCGAGTTGGCAGGAGTGAAC 1438
Query 1439 AAGCCTTATCTTTCTTTGAAGGGATGCAAGTGGAGGCCAAACCAAGCAAATACACACTGG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1439 AAGCCTTATCTTTCTTTGAAGGGATGCAAGTGGAGGCCAAACCTAGCAAATACACACTCG 1498
Query 1499 CAACGCTCTTAGCAGGTTGTGCGAACATTCCTGCTTTAAATTTAGGCAAAGCAATCCACG 1558
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CAACGCTCTTAGCAGGGTGTGCAAACATTCCTGCATTAAATTTAGGCAAAGCAATCCACG 1558
Query 1559 GATTCCTGATCAGAGATGGCTATAAAATTGATGTTGTTATACGGGGTGCAATGGTTGACA 1618
| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1559 GGTTCCTGATTAGAAATGGCTATAATATTGATGTTGTTATACGGGGTGCTATGGTTGACA 1618
Query 1619 TGTATTCCAAATGCCGATGTTTCGACTATGCTATCGAAGTATTCAAAGAGGCAGCTACAC 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TGTATTCCAAATGCCGATGTTTCGACTATGCTATTGAAGTATTCAAAGAGGCAGCTACAC 1678
Query 1679 GGGACTTGATTCTATGGAACTCTATTATCCGTGGATGTTGTCGTAATGGAAGAAGCAAGG 1738
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GGGACTTGATTCTATGGAACTCTATTATCTGTGGATGTTGTCGTAATGGAAGAAGCAAGG 1738
Query 1739 AGGTCTTTGAGTTGTTCATGCTTTTGGAAAATGAAGGAGTTAAGCCTGACCATGTCACCT 1798
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGGTCTTTGAGTTGTTCATGCTTTTGGAAGATGAAGGAGTTAAGCCTGACCATGTCACCT 1798
Query 1799 TTTTGGGAATCTTACAAGCTTGCATACGTGAAGGTCATGTCGAACTCGGTTTTCAGTATT 1858
||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTTCGGCCATTTTACAAGCTTGCATACGTGAAGGTCATGTCGAACTCGGTTTTCAGTATT 1858
Query 1859 TCAGTTCTATGAGCACCAAATATCATATATCACCACAGGTTGAGCATTATGATTGTATGA 1918
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCAGTTCTATGAGCACCAAATATCTTATATTACCACAGATTGAGCATTATGATTGTATGG 1918
Query 1919 TTGAACTCTACTGCAAGTATGGATGCTTGCATCAGCTTGAAGAATTTCTCCTCTTGATGC 1978
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TAGAACTCTACTGCAAGTATGGATGCTTGCGTCAGCTTGAAGAATTTCTCCTCTTGATGC 1978
Query 1979 CTTTTGATCCACCTATGCAAATGTTGACAAGGATAAATGATGCTTGCCAAAGATACCGCT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 CTTTTGATCCACCTATGCAAATGTTGACAATGATAAATGATGCTTGCCAAAGATACCGCT 2038
Query 2039 GGTCAAAGTTAGGAGCATGGGCTGCTAAACGGCTT-ATGAATGA 2081
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2039 GGTCAAAGTTAGGAGCATGGGCTGCTAAACGGCTTTATGAATGA 2082
> Ahg347015 jgi|Araly1|347015|fgenesh1_pg.C_scaffold_5000407
Length=828
Score = 472 bits (255), Expect = 6e-132
Identities = 291/309 (94%), Gaps = 0/309 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 GTCAGATTCTTGAGCATCTCGAAGGCGGTAATGTCTCGAAAGCCGTCTCTGTTCTCTTTG 160
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 236 GTCAGATTCTTGAGCACCTTGAAGGCGGTAATGTCTCAAAAGCCGTCTCTGCTCTCTTTG 295
Query 161 CTTCTCCAGAGCCAGTTAGTTATTGGCTATACGAGCGTCTTTTCCGTTCTTGTTCCTCGA 220
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 296 CTTCTCCAGAGCCAGTTGGGTATTGGCTATACGAGCGTCTTTTCCGTCCTTGTTCCTCGA 355
Query 221 AAGCTCTTGTTGTGCAAGCCCGTAAAGTCCAATCTCACTTAGTAACTTTCTCTCCGTTGC 280
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 AATCTCTTCTTGTGCAAGCCCGTAAAGTCCAATCCCATTTAGTAACTTTCTCTCCGTTGC 415
Query 281 CTCCGATTTTCCTCTTGAACAGAGCCATTGAGGCTTATGGTAAATGTGGGTGTGTTGATG 340
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 416 CTCCGAGTTTCCTCTTGAACAGAGCTATTGAGGCTTATGGGAAATGTGGGTGTGTTGATG 475
Query 341 ATGCACGAGAGCTGTTCGAGGAAATGCCTGAACGAGATGGTGGGTCTTGGAACGCTGTGA 400
||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 476 ATGCACGGGAACTGTTCGAGCAAATGCCTGAACGAGATGGTGGTTCTTGGAACGCTGTGA 535
Query 401 TTACTGCTT 409
|||||||||
Sbjct 536 TTACTGCTT 544
Score = 124 bits (67), Expect = 2e-27
Identities = 71/73 (97%), Gaps = 0/73 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 548 AGCTGCATTGTGCTGTGGTGAAGTATGGGTATTCGGGGAATGTAGATTTGGAGACTTCGA 607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 569 AGCTGCATTGTGCTGTGGTGAAGTATGGGTATTCGGGTAATGTAGATTTGGAGACTTCCA 628
Query 608 TTGTTGATGTTTA 620
|||||||||||||
Sbjct 629 TTGTTGATGTTTA 641
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79113438865
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5