BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G26720.1
Length=3316
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484445 jgi|Araly1|484445|fgenesh2_kg.5__437__AT3G26720.1 5018 0.0
> Ahg484445 jgi|Araly1|484445|fgenesh2_kg.5__437__AT3G26720.1
Length=3176
Score = 5018 bits (2717), Expect = 0.0
Identities = 3032/3181 (95%), Gaps = 33/3181 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATTCTTCACGCGCCTCTCTCTCTTCTTCGTCCTCTACAAAAACACTTGTCTCTCTTCTA 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||
Sbjct 1 GATTCTTCACGCGCGTCTCTCTCTTCTTCGTCTTCTACAAAAACACTTG----TC--CTA 54
Query 61 CACATTGTTCTTCACGAACCTCTCTGTATCATCTTCATCTTCTTCTCCCGTAAAGCTCTC 120
|| |||||||||||||| |||||||| | | |||||||| || | | |
Sbjct 55 CATATTGTTCTTCACGATCCTCTCTG--T-A---TCATCTTC--CT--C-----G---T- 95
Query 121 GCGTCTATGGCGGTCAAA-TGTTTCTCTCTTTATCTGATTCTGGCGGCGATTGTAATCGG 179
|||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 96 --GTCTATGGAGGT-AAACTATTTCTCTCTTTATCTGATTCTGGCGGCGATTGTAATCGG 152
Query 180 CGGCGTCACCTCCGAGTACATAGAGTACAACACAAAACCGAGAATCGTCCCTGAGAAAAT 239
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 153 CGGCGTCAACTCCGAGTATATAGAGTACAACACAAAACCGAGAATCGTCCCTGAGAAAAT 212
Query 240 CAATGTTCACTTAGTTCCTCACTCACACGACGATGTAGGTTGGCTTAAGACCGTTGATCA 299
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 213 CAATGTTCACTTAGTTCCTCACTCACACGACGACGTTGGTTGGCTTAAGACTGTTGATCA 272
Query 300 GTACTACGTAGGCTCCAATAACTCCATTAGGGGAGCTTGTGTTCAGAATGTATTGGATTC 359
||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 273 GTACTACGTCGGAGCTAATAACTCCATTAGGGGAGCTTGTGTTCAGAATGTATTGGATTC 332
Query 360 TGTAATCGCTTCATTGCTTGATGATGAAAATAGAAAGTTTATTTATGTTGAAATGGC-TT 418
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 333 TGTAATTGCTTCATTGCTTGATGATGAAAATAGAAAGTTTATTTATGTTGAGATGGCGTT 392
Query 419 TCTTTCAAAGATGGTGGAGGCAACAAAGCAATGCTAAGAAAGTTAAAGTCAAGAAGCTTG 478
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 393 T-TTTCAAAGATGGTGGAGGCAACAAAGCAAGGCTAAGAAAGTTAAGGTCAAGAAGCTTG 451
Query 479 TTGACTCTGGTCAACTTGAGTTCATAAATGGTGGAATGTGTATGCATGATGAGGCAACTC 538
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 452 TTGACTCTGGTCAACTAGAGTTCATAAATGGTGGAATGTGTATGCATGATGAGGCGACTC 511
Query 539 CACATTATATTGACATGATTGATCAGACTACATTAGGCCATCAGTTTATTAAAACTGAGT 598
| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 CGCATTATATTGATATGATTGATCAGACAACATTGGGCCATCAGTTTATTAAAACTGAGT 571
Query 599 TTGGTCAGGTTCCTAGAGTTGGTTGGCAGATTGATCCCTTTGGACATTCTGCAGTACAAG 658
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 572 TTGGTCAGGTTCCTAGAGTTGGTTGGCAGATCGATCCCTTTGGACATTCTGCAGTGCAAG 631
Query 659 CTTACCTGCTTGGTGCTGAGTTTGGCTTTGATTCGCTGTTTTTCGCTAGAATTGACTACC 718
||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 CTTACTTGCTTGGTGCAGAGTTTGGCTTTGACTCGCTGTTTTTCGCTAGAATTGACTACC 691
Query 719 AAGATCGTGCAAAGAGGTTAAGAGAGAAGACACTTGAGGTTATTTGGCAAGGTTCCAAGT 778
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 AAGATCGTGCAAAGAGATTAAGAGAGAAGACACTTGAGGTTATTTGGCAAGGTTCCAAGT 751
Query 779 CTCTTGGCTCTTCTTCACAGATATTTACTGGTGTATTCCCAAGACATTATGACCCTCCTG 838
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 752 CTCTTGGCTCATCTTCACAGATATTCACTGGTGTATTCCCAAGACATTATGACCCTCCTG 811
Query 839 AAGGGTTCACGTTTGAAATAAATGATGTATCAGCTCCTATCCAGGATGATCCTCTCCTTT 898
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 812 AAGGGTTCGTGTTTGAAATAAATGATGTATCAGCTCCTATCCAGGACGATTCTCTCCTTT 871
Query 899 TTGACTACAATGTTCAAGAAAGAGTCAACGACTTTGTAGCAGCAGCCCTCGCACAGGTTA 958
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 872 TTGACTACAATGTTCAAGAGCGAGTCAACGACTTTGTAGCTGCAGCCCTCGCACAGGTTA 931
Query 959 ATGTGACCAGGACAAATCATATAATGTGGTTAATGGGAACTGACTTCCGTTACCAGTATG 1018
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 ATGTGACCAGGACAAATCATATCATGTGGCTAATGGGAACTGACTTCCGTTACCAGTATG 991
Query 1019 CATATTCGTGGTTCAGACAGATAGACAAGTTTATTCATTATGTTAACAAGGATGGGCGTC 1078
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 CATATTCGTGGTTCAGACAGATGGACAAGTTTATTCATTATGTTAACAAGGATGGGCGTC 1051
Query 1079 TCAATGTTCTGTATTCGACACCATCTATCTACACCGATGCAAAATATGCTGCAAACGAGT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 TCAATGTTCTGTATTCGACACCATCTATCTACACCGATGCAAAATATGCTGCAAACGAGT 1111
Query 1139 CCTGGCCCCTAAAGACTGATGATTTCTTCCCGTATGCGGACAAACCTAATGCATACTGGA 1198
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 CCTGGCCCTTAAAGACTGATGATTTCTTCCCGTATGCGGACAAACCTAATGCATACTGGA 1171
Query 1199 CAGGGTACTTTACGAGCAGGCCAGCCTTTAAGAAATACGTGAGGGATTTAAGTGGTTACT 1258
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 CAGGGTACTTTACGAGTAGGCCAGCCTTTAAGAAATACGTGAGGGATTTAAGTGGTTACT 1231
Query 1259 ATCTGGCAGCTCGACAATTGGAATTCTTGAGAGGAAGGGATAGTTCAGGACCAACAACTG 1318
||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 ATCTGGCAGCTCGACAATTAGAGTTCTTGAGAGGTAGGAATAGTTCAGGACCAACAACTG 1291
Query 1319 ATATGCTAGCCGATGCTTTGGCAATTGCTCAACACCATGATGCAGTTAGTGGTACACAAA 1378
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 ATGTGCTAGCCGATGCTTTGGCAATTGCTCAACACCATGATGCAGTTAGTGGTACACAAA 1351
Query 1379 GACAACATGTGGCTGCAGATTATGCTCTTAGACTCTCAATGGGCTACCTGCAGGCCGAGA 1438
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1352 GACAGCATGTGGCTGCAGATTATGCTCTTAGACTCTCAATGGGTTATCTGCAGGCCGAGA 1411
Query 1439 AATTGGTTGCCTCTTCCCTTTCCTTTCTATCAGCAGCAAAATCAAGTACTGAAAAGAAGA 1498
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 AATTGGTTGCATCTTCCCTTTCCTTTCTATCAGCAGCAAAATCAAGTACTGAAAAGAAGA 1471
Query 1499 ATCCTGGCACAAAATTTCAGCAGTGTCCCCTGCTTAATATTAGTTACTGTCCTGCATCTG 1558
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1472 ATCCTGGCACAAAATTTCAGCAGTGTCCCCTGCTTAATATCAGTTACTGTCCTGCATCTG 1531
Query 1559 AAGCTCGTCTGTTGAGCGGGAAAAGCCTGGTGGTTGTTGTTTACAATTCTCTAGGATGGA 1618
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532 AAGCTCGTCTGCCCAGCGGGAAAAGCCTGGTGGTTGTTGTTTACAATTCTCTAGGATGGA 1591
Query 1619 AACGAGAAGAAGTTGTCCGAGTTCCTGTGTCGTCTGAAAATGTTATTGTGAAAGATGCAT 1678
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592 AACGAGAGGAAGTTGTCCGAGTTCCTGTGTCGTCTGAAAATGTTATTGTGAAAGATGCAT 1651
Query 1679 CTGGGAAAGAAGTCGTGTTTCAGCTTCTACCTCTTTCAGAAATCGCTTTGAGAATTAGAA 1738
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1652 CTGGGAAAGAAGTCGTGTCTCAGCTTCTACCTCTTTCAGACATCGCTTTGAGAATAAGAA 1711
Query 1739 ATGAGTATGTCAAAGCGTATCTGGGAAGATCACCACGGGATACTGCAAAACACGTGCTTG 1798
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1712 ATGAGTATGTCAAAGCGTATCTGGGAGGATCACCAAGGGATGCTGCAAAACATGTGCTTG 1771
Query 1799 CATTTACAGCTTCAGTACCACCTCTTGGGTTCAGCTCGTATGTAATCTCAGACACTGGAC 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1772 CATTTACAGCTTCAGTACCACCTCTTGGGTTCAGCTCGTATGTCATCTCAGACACTGGAC 1831
Query 1859 GAACAGCGCGTGGACTATCTGCATCATATGTTACTTCTGGAAGCATGAATCAAAATGTAG 1918
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 GAACAGCGTGTGGACTATCTGCATCATATGTTACTTCTGGAAGCATGAATCAAAATGTAG 1891
Query 1919 AAGTTGGCCAGGGAAATCTAAAGTTACGCTATTCAGAAGAAGGAGTTAAAATAACTCGTC 1978
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | |||||||
Sbjct 1892 AAGTTGGCCAGGGAAATCTAAAGTTACGTTATTCGGAAGAGGGAGTGAAATTGACTCGTC 1951
Query 1979 ACTTAAGTACCAAAAATCAGGTTACTGCAGAACAGTCATATGCTTATTATATTGGAAGCA 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1952 ACTTAAGTACCAAAAATCAGGTTACTGCAGAACAATCATATGCTTATTACATTGGAAGCA 2011
Query 2039 ATGGAACTGACAAGGATCCTCAGGCTTCTGGAGCTTACGTTTTTCGACCAGATGGTGTGC 2098
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 ATGGAACTGATAAGGATCCTCAGGCTTCTGGAGCTTACGTTTTTCGACCAGATGGTGTGC 2071
Query 2099 TTCCAATTAAATCTAAAGAAGAGGCTCAATTGACTATTGTTCAAGGACCTTTGTTCGATG 2158
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2072 TTCCAATCAAATCTGAAGAAGAGGCTCAATTGACTATTGTTCGAGGACCTCTGTTCGATG 2131
Query 2159 AAGTGCACCAGGAGCTTAACTCCTGGATATCACAGATTACCAGAGTGTACAAGGGAAAAA 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2132 AAGTGCACCAGGAGCTTAACTCCTGGATATCACAGATTACCAGAGTGTACAAGGGAAAAA 2191
Query 2219 ACCATGCTGAAATTGAGTTCACAATTGGGCCTATACCAGCTGATGATGGTATTAGCAAAG 2278
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2192 ACCATGCTGAAATTGAGTTCACAGTTGGGCCTATACCAGCTGATGATGGTATTAGCAAGG 2251
Query 2279 AGATTATCACTAAACTTACAACCACCATGAAGACAAATGGAACATTTTACACAGACTCGA 2338
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2252 AGGTTATCACTAAACTTACAACCACCATGAAGACAAATGGAACATTTTACACAGACTCTA 2311
Query 2339 ATGGCCGTGACTTCATCAAGCGGATTCGGGACTTCAGAACAGATTGGGACTTGCAAGTGT 2398
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2312 ATGGCCGTGACTTCATCAAAAGGATTCGGGACTTCAGAACAGATTGGGACTTGCAGGTGT 2371
Query 2399 ACCAACCGGTTGCTGGGAACTATTATCCTC-TAAATCTCGGGATATACATGCAAGATAAA 2457
|||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2372 ACCAACCGGTTGCTGGGAACTATTATCC-CATTAATCTCGGGATATACATGCAAGATAAA 2430
Query 2458 ACCTCAGAGCTATCCGTGTTGGTGGATCGAGCTGTAGGTGGATCCAGCTTAGAGAACGGC 2517
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2431 ACCTCAGAGCTATCGGTGTTGGTGGATCGAGCTGTAGGTGGATCCAGCTTAGAGAACGGC 2490
Query 2518 CAGATCGAGTTGATGCTTCATCGGAGAATGCAGCATGATGACATTAGAGGTGTTGGTGAG 2577
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2491 CAGATTGAGTTGATGCTTCATCGGAGAATGCAGCATGATGACATTAGAGGTGTTGGCGAG 2550
Query 2578 ATTCTTAATGAAACAGTCTGTCTCCCTGAAGGATGCAAAGGATTAACGATACAAGGGAAG 2637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2551 ATTCTTAATGAAACAGTCTGTCTCCCTGAAGGATGCAAAGGATTAACGATACAAGGGAAG 2610
Query 2638 TTTTATGTACAGATAGATAAACCTGGAGATGGGGCAAAATGGCGTCGAACATTTGGTCAA 2697
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2611 TTTTATGTACAGATAGATAAACCCGGAGATGGGGCAAAATGGCGTAGAACATTTGGTCAA 2670
Query 2698 GAAATTTATTCTCCACTACTTATAGCATTCACAGAACAGGAAGGAGATAGTTGGATTAAT 2757
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2671 GAAATATATTCTCCACTACTTCTAGCATTCACAGAACAGGAAGGTGATAGTTGGATTAGT 2730
Query 2758 TCACATAAGACGACATTCTCAGCGTTTGAACCGTCATATTCATTACCAAAAAACGTCGCA 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2731 TCACATAAGACGACATTCTCAGCGTTTGAACCGTCATACTCATTACCAAAAAACGTCGCA 2790
Query 2818 TTACTCACCCTCCAGGAGTTGGAAAATGGGGAAGTTCTTCTAAGGCTTGCTCACTTATTC 2877
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2791 TTACTCACCCTCCAGGAATTGGAAAATGGGGAAGTTCTTCTAAGGCTTGCTCACTTATTC 2850
Query 2878 GAGGTTGGGGAGGATAGTGAGTACTCAGTTATGGCAAAAGTAGAGCTCAAGAAACTATTC 2937
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2851 GAGGTTGGGGAGGATAGTGAGTACTCAGTTTTGGCAAAAGTAGAGCTCAAGAAACTATTC 2910
Query 2938 CACAACAAAAAGATAAGGGAAGTAAAGGAGACAAGTCTTTCCGGGAACCAAGAGAAGGCG 2997
||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2911 CACAACAAAAAGATAAGCCAAGTGACGGAGACAAGTCTTTCAGGGAACCAAGAGAAGGCA 2970
Query 2998 GAGATGGAGAAGAGACGGCTAATCTGGAAAGTAGAAGGCTCGGCCGGGGAGGAAGTGAAG 3057
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2971 GAGATGGAGAAAAGACGGCTAATCTGGAAAGTAGAAGGCTCGGCCGGGGAGGAAGTGAAG 3030
Query 3058 AGAGGAGAGGCGGTGGACGCAGAGAAGCTAGTGGTTGAGCTTGTTCCGATGGAAATTCGA 3117
|||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3031 AGAGGAGAAGCGGTGGATGCGGAGAAGCTAGTGGTTGAGCTTGTTCCGATGGAAATCCGA 3090
Query 3118 ACCTTGTTGATCAAGTTTGATGATCAAATTGAAATGGTTGGTGATAAAGAGCAGCAACAT 3177
||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3091 ACCTTCTTGATAAAGTTTGATGATCACATTGAAATGGTTGGTGACAAAGAGCAGCAACAT 3150
Query 3178 A 3178
|
Sbjct 3151 A 3151
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125171357597
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5