BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G26935.1
Length=2014
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484481 jgi|Araly1|484481|fgenesh2_kg.5__473__AT3G26935.1 3038 0.0
> Ahg484481 jgi|Araly1|484481|fgenesh2_kg.5__473__AT3G26935.1
Length=1864
Score = 3038 bits (1645), Expect = 0.0
Identities = 1816/1893 (96%), Gaps = 34/1893 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 77 aaaaaaaaaaaCCCTTCTTTTTCGCTGGCTTACTCGTGCCCTTGTCGGCTTACTTCGCCG 136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAAAAAAAAACCCTTCTTTTTCGCTGGCTTACTCGTGCCCTTGTCGGCTTACTTCGCCG 60
Query 137 GAAATCTGAATTATCCTTTTGCCGGAGACTACTTACCCTTC-TCTTTCTTCATCTTCG-A 194
||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||| |||| | |
Sbjct 61 GAAATCTGAATTATCCTTTCGCCGGAGACT--TTACCCTTCTTCTTCCTT-ATCTGGGTA 117
Query 195 AACGGGTTTTTAAAGCTCAGCTCTTGGTGACGCCGTCGTgagagagagagagattgaagt 254
||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 118 AAC-GGTTTATAAAGCTCAGGTCTTGGTGACGCCGTCGT----------GAGATTGAAGT 166
Query 255 agaagaagaagaaattgaggttgagagaTGTATGTAGTGCCTCCGCCTCAGCGATCTGAT 314
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 167 ------AGTAGAAATTGAGGTTGAGAGATGTATGTAGTGCCTCCTCCTCAGCGATCTGAT 220
Query 315 TCTGGATCCAATGGTGATTTAAGGGTTTACCAAACTTGGAAAGGCAGCAATATATTCTTT 374
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 TCTGGATCGAATGGTGATTTAAGGGTTTACCAAACTTGGAAAGGCAGCAATATATTCTTT 280
Query 375 CTTCAGGGAAGGTTTGTATTTGGGCCAGATGTTAGATCACTGGCGCTGACCATTTGTCTC 434
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 281 CTTCAGGGAAGGTTTGTATTTGGCCCAGATGTAAGATCATTGGCGCTGACCATTTGTCTC 340
Query 435 ATTGCTGTCCCTGTTACAATTTTCTGCATCTTTGTCGCAAGGAAGCTAATTGATGACTTC 494
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 341 ATTGCTGTCCCTGTTACAATTTTCTGCATCTTTGTTGCAAGGAAGCTGATTGATGACTTC 400
Query 495 TCCGATAGCTGGGGAGTCTCAATAGTAGCTGTCGCCGTCGTGTTCACCATTTATGATTTA 554
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 TCCGATAGCTGGGGAGTATCAATAGTAGCTGTCGCCGTCGTGTTCACCATTTATGATTTA 460
Query 555 ATTCTTCTGCTGCTTACATCCGGAAGAGATCCAGGTATTATCCCAAGAAATGCTCATCCT 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 461 ATTCTTCTGCTGCTTACATCCGGAAGAGATCCAGGTATTATCCCAAGAAATGCTCATCCT 520
Query 615 CCAGAGCCTGAAACCCTTGATGGAAACATGGATGCAGGGGCTGGCCAGACTCCGCAGCTG 674
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 CCAGAGCCTGAAGCCCTTGATGGAAACATGGATGCAGGGGCTGGCCAGACTCCGCAGCTG 580
Query 675 CGATTGCCTCGCATTAAGGAAGTACAGCTTAATGGAATCACATTTAAGGTCAAGTACTGT 734
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 CGACTGCCTCGCATTAAGGAAGTAGAGCTTAATGGAATCACATTTAAGGTCAAGTACTGT 640
Query 735 GACACTTGCATGCTCTATAGGCCGCCTCGCTGCTCGCATTGCTCAATTTGCAACAACTGC 794
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 GACACGTGCATGCTCTATAGGCCGCCTCGCTGCTCCCATTGCTCAATTTGCAACAACTGC 700
Query 795 GTAGAAAGGTTTGACCATCACTGCCCTTGGGTCGGCCAATGTATTGGGATGAGGAACTAC 854
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 GTAGAAAGGTTTGACCATCACTGCCCGTGGGTTGGCCAATGTATTGGGATGAGGAACTAC 760
Query 855 CGATTCTTCTTCATGTTCGTCTTCTCCACGACCCTTCTATGTATATATGTGTTTGCCTTC 914
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 761 CGATTCTTCTTCATGTTTGTCTTCTCCACGACCCTTCTCTGTATATATGTGTTTGCCTTC 820
Query 915 TGCTGGGTCTATATAAGAAAGATTATGGAATCAGAGCACACAACCACTTGGAAGGCAATG 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 TGCTGGGTCTATATAAGAAAGATTATGGAATCAGAGCACACAACCACTTGGAAGGCAATG 880
Query 975 CTTAAAACTCCTGCCTCCATTGTTCTAATAATATACACATTCATATCAATGTGGTTTGTT 1034
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 CTTAAAACTCCTGCCTCCATTGTTCTAATAATCTACACATTCATATCAATGTGGTTTGTT 940
Query 1035 GGTGGCTTAACAGTTTTCCATTTATATCTCATCAGCACGAACCAGACTACATACGAGAAT 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 941 GGTGGCTTAACAGTTTTCCATTTATATCTCATCAGCACGAACCAGACGACATATGAGAAT 1000
Query 1095 TTCCGATACAGATATGATCGGCGAAGCAACCCACATAACAAGGGAGTGGTTAATAACTTC 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 TTCCGATACAGATATGATCGGCGAAGCAACCCACATAACAAGGGAGTGGTTAATAACTTC 1060
Query 1155 AAAGAAACAtttttttCCACAATCCCTCCTTCAAAGAACGACTTTAGAGCTATGGTCCAG 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 AAAGAAACATTTTTTTCCACAATCCCTCCTTCAAAGAACGACTTTAGAGCTATGGTCCAG 1120
Query 1215 CGTGAACCTCCATTACCTCCTAGATCTGTAGCAGGTGGTTTTATGAGTCCAAACATGGGT 1274
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 CGTGAACCTCCATTGCCTCCTAGATCTGTAGCAGGTGGTTTTATGAGTCCAAACATGGGT 1180
Query 1275 AAAGCCAATGATGAGATTGAAATGGGAAGGAAGGCTGTTTGGGCAGACATGGGTCCAGCA 1334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 AAAGCCAATGATGAGATTGAAATGGGAAGGAAGGCTGTTTGGGCAGACATGGGTCCAGCA 1240
Query 1335 ATGTCAGATCATGGTGACGGTAAACATGGTAACAATGAGCGGTTACATGTTAAGGACGGT 1394
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 ATGTCAGATCATGGTGACGGTAAACATGGTAAC---GAGCGGTTACATGTTAAGGACGGT 1297
Query 1395 GAGTTAGGCGAGCTATCTCCAGACATTAGGGCAACAGTTGATGAACAGAGTGATAGGCCA 1454
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 GAGTTAGGCGAGCTATCTCCAGACATTAGGACAACAGTTGATGAACAGAGTGATAGGCCA 1357
Query 1455 AGTATGCACCCGAGACGCTCAAGCTGGGGAAGGAAAAGCGGAAGCTGGGACATGTCACCA 1514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1358 GGTATGCACCCGAGACGCTCAAGCTGGGGAAGGAAAAGCGGAAGCTGGGACATGTCACCA 1417
Query 1515 GAAGTTATGGCCTTAGCAGCCAGAGTAGGAGAACAAAACCAGAACGGCGGAGGTAGCAGC 1574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1418 GAAGTTATGGCCTTAGCAGCCAGAGTAGGAGAACAAAACCAGAACGGTGGAGGAAGCAGC 1477
Query 1575 AGCGGAAGCGGTTTAGTGACGGAGAACCGGCCTACATAATTGATTACATGGTTTAGCACC 1634
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1478 AGCGGAAGCGGTTTAGTGACTGAGAACCGGCCTACATAATTGAATACACGGTTTAGCACG 1537
Query 1635 GAAGGAAGAAAGAACATAGCCGAAGTTCGGTATGGTGAATACAGGTTTAGAGAAAATCTG 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1538 GAAGGAAGAAAGAACATAGCCGAAGTTCGGTATGGTGAATACAGGTTTAGAGAAAATCTG 1597
Query 1695 AGGGGAGtttctttttcttttctttttcaaatgtgtattttttttcTGGGATTATTCAGC 1754
||| |||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1598 AGGAGAGTTTTTTTTTCTTTTCTTTTTCAAATGCGT-TTTTTTTT-TGG-ATTATTCAGC 1654
Query 1755 TTATAATCAGTCTTGTGGTTTGTGGTTTATGGAGGGAAAGCAGAACTTGCTAATGTTCTT 1814
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 1655 TTATAATCAGTCATGTGGTTTGTGGTTTATGGAGGGAAAG-A-A-CTTGCTAATGTTCTT 1711
Query 1815 AATGTGGAAAGTGTTTGTGTTGGGCTTTGTTGTGGTAAAGCAAAGGTTGAATTGGTGTGT 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712 AATGTGGAAAGTGTTTGTGTTGGGCTTTGTTGTGGTAAAGCAAAGGTTGAATTGGTGTGT 1771
Query 1875 TGTTTGTATGAGTGAGctttcttctggatttgtttt---cttcttcttttcttttagttg 1931
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1772 TGTTTGTATGAGTGAGCTTTCTTCTGGATTTGTTTTTTTCTTCTTCTTTTCTTCTAGTTG 1831
Query 1932 tgttaatacatttaaccagagatttctgttttt 1964
||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1832 TGTTAATACATTTAACCAGAGATCTATGTTTTT 1864
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 75723407060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5