BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G27325.2
Length=3718
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg322858 jgi|Araly1|322858|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000402 3140 0.0
> Ahg322858 jgi|Araly1|322858|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000402
Length=3144
Score = 3140 bits (1700), Expect = 0.0
Identities = 1856/1930 (96%), Gaps = 15/1930 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 319 ATGCGTGATGTAAGATTTGCTATGAGCATTCGACCAAGGCTGAGGATAGTTGGCGTTTTG 378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGCGTGATGTAAGATTTGCTATGAGCATTCGACCAAGGCTGAGGATAGTTGGCGTAGTG 60
Query 379 ATTTTAGCGGCATGGATTGGGCTTGTGGCTTTGTTTGGTTTGCTAAAACCTATAAAGAAT 438
|||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTTTAGCAGCATGGATTGGGTTTGCAGCTTTGTTTGGTTTGCTAAAACCTATAAAGAAT 120
Query 439 GGTTGTACTATGACTTACATGTATCCTACTTACATTCCTATCTCTGTGACGGATGATACA 498
|| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 121 GGATGTACTATGACTTACATGTATCCCACTTATATTCCTATCTCTGTGACGGATGATGCA 180
Query 499 ACTCCTGGAAGATATGGACTTTATCTTTACCATGAAGGTTGGAGGAAGATTGACTTTAAG 558
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTCCTGGAAGATATGGACTCTATCTTTACCACGAAGGTTGGAGGAAGATTGACTTTAAG 240
Query 559 GAACACCTTAAGAAACTTAGTGGAGTTCCTGTTCTTTTCATTCCAGGCAATGCTGGTAGC 618
|| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGCATCTGAAGAAACTTAGTGGAGTTCCAGTTCTTTTCATTCCAGGCAATGCTGGTAGC 300
Query 619 TACAAGCAGGTCAGGTCTGTGGCAGCAGAATCTGATAGAGCGTTTCAGGGGGGCCCATTT 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 TACAAGCAGGTCAGGTCTGTGGCAGCAGAATCTGATAGAGCGTTTCAGGGGGGGCCATTT 360
Query 679 GAGCGCACATTTTACCAGGAAGCTTCTCTACTCCGTGGGGGAGGTGCAGATACGGAGTCT 738
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 GAGCGCACATTTTACCAGGAAGCTTCTCTATTCCGTGGGGGAGGTGCAGATACGGAGTTT 420
Query 739 GTAGACTATGATTTGCCTAGTCAGTACAGTAACAGACTAGATTGGTTTGCTGTGGATCTT 798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTAGACTATGATTTGCCTAGTCAGTACAGTAACAGACTAGATTGGTTTGCTGTGGATCTT 480
Query 799 GAAGGTGAACATTCTGCAATGGATGGTCGCATACTTGAGGAGCACACTGAATATGTCGTA 858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GAAGGTGAACATTCTGCAATGGATGGTCGCATACTTGAGGAGCACACTGAATATGTCGTA 540
Query 859 TATGCCATTCATA-------G-----G---ATTCTAGATCAATATAAGGAATCTCATGAT 903
||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TATGCCATTCATAGGGTGGGGATTTTGATAATTCTAGATCAATATAAGGAATCTCATGAT 600
Query 904 ACCAGAGAAAGAGAAGGTGCCGCTGCGTCCAGTAAATTACCACATGATGTGATCTTGGTT 963
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 601 ACCAGAGAAAGAGAAGGTGCCGCTGCGTCCAGCAACTTACCACATAATGTGATATTGGTT 660
Query 964 GGGCATTCTATGGGTGGTTTTGTTGCTAGAGCTGCTGCAGTCCATCCTCGTTTGCGGAAA 1023
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGCCATTCTATGGGTGGTTTTGTTGCCAGAGCTGCTGCAGTCCATCCTCGTTTGCGGAAA 720
Query 1024 TCAGCTGTGCAAACCATTCTAACACTCTCAAGTCCACACCAATCACCTCCTCTGGCATTG 1083
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TCAGCTGTGCAAACCATTATAACACTCTCAAGTCCACACCAATCACCTCCTCTGGCATTG 780
Query 1084 CAGCCATCCTTGGGGCATTACTTTGCTCAAGTGAATCGAGAATGGAAAAAAGGTTATGAA 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CAGCCATCCTTGGGGCATTACTTTGCTCAAGTGAATCGAGAATGGAAAAAAGGTTATGAA 840
Query 1144 GTTCAAACATCCCCTGGGGGAAATTATGTGTCTGACCCATTACTATCCGGAGTTGTTGTT 1203
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 841 GTTCAAACATCCCCTGGGGGAAGTTATGTGTCTGACCCATTACTATCCGGAGTTATTGTT 900
Query 1204 GTATCCATTTCCGGTGGCTACAATGACTATCAGGTTCGATCGAAGTTAGAGTCACTTGAT 1263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTATCCATTTCCGGTGGCTACAATGACTATCAGGTTCGATCGAAGTTAGAGTCACTTGAT 960
Query 1264 GGCATTGTCCCTTCAAGTCACGGCTTTATGATAAGTAGTACAAGCATGACAAACGTGTGG 1323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 961 GGCATTGTCCCTTCAAGTCACGGCTTTATGATAAGTAGTACAAGCATGAAAAACGTGTGG 1020
Query 1324 CTGTCAATGGAACATCAAGCTATTTTGTGGTGTAACCAATTGGTTGTTCAAGTTTCACAT 1383
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CTGTCAATGGAACATCAAGCTATCTTGTGGTGTAACCAATTGGTTGTTCAAGTTTCACAT 1080
Query 1384 ACGCTTCTTAGTATGGTTGACTCGAAAACTAATCAGCCATTTTCTGATACTGATAAGAGA 1443
|||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1081 ACGCTTCTCAGTTTGGTGGACTCGAAAACTAATCAGCCATTTTCTGATACTGATAAGCGA 1140
Query 1444 CTTTGGGTTTTAACCAGAATGCTTCAAAGTGCATTAGCTCAAAGTTTCAATGGAATGACA 1503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTTTGGGTTTTAACCAGAATGCTTCAAAGTGCATTAGCTCAAAGTTTCAATGGAATGACA 1200
Query 1504 CCCATGGAAGTCTCTCATGAGTTACCCATATTGGCCTCAAAGGGCTCTACGTGTTTCCTG 1563
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1201 CCCATGGAAGTCTCTCATGAGTTACCCATGTTGGCCTCAAAGGGCTCTACGTGTTCCCTG 1260
Query 1564 GATTGGAGGGATGATGCTCTCGATAGGGATCTATACATACAAACAAGTACTGTCACGATT 1623
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1261 GATTGGAGAGATGATGCTCTCGATAGGGATCTATACATACAAACAAGTACTGTTACGATT 1320
Query 1624 TTGGCAATGGACGGGAGAAGGCGCTGGTTGGACATAGATTTATTGGGGTCAAATGGAAAG 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TTGGCAATGGACGGGAGAAGGCGCTGGTTGGACATAGATTTATTGGGGTCAAATGGAAAG 1380
Query 1684 AATCACTTTATATTTGTCACAAATCTGGTGCCTTGTTCTGGAGTAAGACTCCATCTATGG 1743
|| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AACCACTTTATCTTTGTTACAAATCTGGCGCCCTGTTCTGGAGTAAGACTCCATCTATGG 1440
Query 1744 CCTGAGAAGGAGAAATCGAATTCAAATTTACCGGTTTGTGAAAGGGTCTTGGAAGTTACA 1803
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1441 CCTGAGAAGGAGAAATCAAATTCAAATTTACCGGTTTGTGAAAGGATCGTGGAAGTTACA 1500
Query 1804 TCAAAGATGGTTCTCATTCCGGCAGGCCCTGCACCAAAACAGTCGGAACCAGGGAGTCAG 1863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TCAAAGATGGTTCTCATTCCGGCAGGCCCTGCACCAAAACAGTCGGAACCAGGGAGTCAG 1560
Query 1864 ACTGAACAAGCTCCCCCATCTGCAGTACTGAAGCTGGGGCCTGAAGACATGCGTGGATTC 1923
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1561 ACTGAACAAGCTCCCCCATCTGCAGTGCTGAAACTGGGGCCGGAAGACATGCGTGGATTT 1620
Query 1924 AGATTCTTGACTATCTCAGTTGCGCCTCGCGAAGCCGTTTCTGGTAAACCTCCAGTAGCA 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1621 AGATTCTTGACTATCTCAGTTGCGCCTCGCGAAGCCGTTTCTGGTAAACCTCCTGTAGCA 1680
Query 1984 GTTTCCATGGCAGTAGGGCAGTTCTTTAATCCCGGAGACGGGGCCGTGGAGGTCTCATCT 2043
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GTTTCCATGGCAGTAGGGCAGTTCTTTAATCCCGGAAACGGGGCCGTGGAGGTCTCATCT 1740
Query 2044 CAATCAATGCTCTTATCCACTTACTGGGCAAAGGAAATATTTTTGAAGGAGGACCATCCT 2103
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1741 CAATCAATGCTCTTATCCACTTACTGGGCAAAGGAAATATTTTTGAAGGAGGACCAACCT 1800
Query 2104 CTAGCTTACAATCTATCGTTTTCTACCAGCTTAGGTCTATTGCCCGCAACACTGTCCCTG 2163
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1801 CTTGCTTACAATCTATCGTTTGCTACCAGCTTAGGTCTATTGCCCACAACACTGTCCCTG 1860
Query 2164 AAAACTACTGGATGCGGAATTAAAACTTTTGGTTTACCAGACGGCGAGACAGGAGACTTG 2223
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AAAACTGCTGGATGTGGAATTAAAACTTTTGGTTTACCAGATGGCGAGACAGGAGACTTG 1920
Query 2224 GACAAGGATA 2233
||||||||||
Sbjct 1921 GACAAGGATA 1930
Score = 1147 bits (621), Expect = 0.0
Identities = 663/684 (97%), Gaps = 0/684 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2893 GCAATCCGAATTCTGAAGCTCAACACAACAATTCTTATGACACTAATCGCAGTTACCTTG 2952
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2461 GCAATCCGAATTCTGAAGCTCAACACAAAAATTGTTATGACACTAGTCGCAGTTACCTTG 2520
Query 2953 GTGTCCTTTGTTCATCCGGCTTTGGGTCTTTTTGTACTCCTCGCCTCTCATGCCCTTTGC 3012
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 GTGTCCTTTGTTCATCCAGCTTTGGGTCTTTTTGTACTCCTCGCCTCTCATGCCCTTTGC 2580
Query 3013 TGCCATAACTCCATGTGCTGTATTATGATGGCATCAAAGAGAAAGGAATCACTCGACCAG 3072
|||||||||||||||||||||||| ||| | |||| | ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2581 TGCCATAACTCCATGTGCTGTATTGTGACGTCATCGAGGAGAAAGGAATCAGTCGACCAG 2640
Query 3073 AAAAATGAAGCCGAGCGTAAAACGCGACATCCCTCAAGCAGAGAGGATCCCGTGTCAGGA 3132
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 AAAAATGAAGCCGAGCGTAAAACGCGACATCCCTCGAGCAGAGAGGATCCCGTGTCAGGA 2700
Query 3133 GACTTGTCTGAAAAGTCATTTGTTGAGACGCAAGCAGACATCTTCAACCACAGGCACGGT 3192
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701 GACTTGTCTGAAAAGTCATTTGTTGAGACACAAGCAGACATCTTCAACCACAGGCACGGC 2760
Query 3193 TTACTAATATTGCATCTCCTTGCAGCTTTGATGTTCGTACCCTCTCTTGCCGCTTGGTTC 3252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 TTACTAATATTGCATCTCCTTGCAGCTTTGATGTTCGTACCCTCTCTTGCCGCTTGGTTC 2820
Query 3253 CAGCGGATAGGAACAGGACAAAGCTTCCCTTGGTTTGCTGACTCGGCTCTCTGCGTTGGC 3312
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2821 CAGCGGATCGGAACAGGACAAAGCTTCCCTTGGTTTGCTGACTCTGCTCTCTGCGTTGGT 2880
Query 3313 GTAATCTTCCATGGAATACTGAACTCGAGACCCGAGTCAAGCATTCTACGCTCTTTCCCG 3372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2881 GTAATCTTCCATGGAATACTGAACTCGAGACCCGAGTCAAGCATCCTACGCTCTTTCCCA 2940
Query 3373 TTTTTCTCAGGACACCAAATCCGTCCCCATCACATCTATCTTCTCGCTGGCTACTACTGC 3432
||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2941 TTTCTCTCAGGACACCAACTCCGTCCGCATCACATCTATCTTCTCGCTGGCTACTACTGC 3000
Query 3433 TTCTTCTCCGGGCTAGAGTTGGCTCCATACAAAGTGTTCTATGCGATAGCTTCTTTAGGC 3492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3001 TTCTTCTCCGGGCTAGAGTTGGCTCCATACAAAGTGTTCTATGCGATAGCTTCTTTAGGC 3060
Query 3493 TATATCTCTTTGACTCTTAAGATCTCACAGGTGAACAAGAACGACCTTCGTTTCCGTACT 3552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3061 TATATCTCTTTGACTCTTAAGATCTCACAGGTGAACAAGAACGACCTTCGTTTCCGTACT 3120
Query 3553 AAAAGCAGAATACACAGAAACTGA 3576
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3121 AAAAGCAGAATACACAGAAACTGA 3144
Score = 782 bits (423), Expect = 0.0
Identities = 451/465 (97%), Gaps = 0/465 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2234 AGCTCTGCAAATTGCGTTGTTTCCCACCTGTTGCTCTTGCCTGGGATTCTGCTTCTGGAC 2293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997 AGCTCTGCAAATTGCGTTGTTTCCCACCTGTTGCTCTTGCCTGGGATTCTGCTTCTGGAC 2056
Query 2294 TTCACGTTTTTGCAAATCTATACAGTGAGACAATAGTTATTGATTCATCACCAGCTCTTT 2353
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 TTCACGTTTTTGCAAATCTCTACAGTGAGACAATAGTTATTGATTCATCACCAGCTCTTT 2116
Query 2354 GGAGTTCTCAGAGTTCTGAGAAAACAACCGTTATGCTATTGGTTGACCCTCATTGCTCAT 2413
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 GGAGTTCTCAGAGTTCTGAGAAAACTACCGTTATGCTACTGGTTGACCCTCATTGCTCAT 2176
Query 2414 ACACCGCAAGTGTTCATGTTTCTGCTCCAGCCATGTCCAGCAGATTTGTCCTTCTATATG 2473
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2177 ACACAGCAAGTGTTCATGTTTCTGCTCCAGCCATCTCCAGCAGATTTGTCCTTCTATATG 2236
Query 2474 GTCCTCAGATAGTTGGCTTCTCATTTGCCGTCATAATGTTCGCTCTTATGCGGCAAGCTA 2533
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237 GTCCTCAGATAGTTGGCATCTCATTTGCCGTCGTAATGTTCGCTCTTATGCGGCAAGCTA 2296
Query 2534 ATCAATGGGACAACAAATTATCAGTGCCACCATTACTTTCTGCTGTAGAGTACAATTTAG 2593
||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2297 ATCAATGGGACAACAAACTATCAGTGCCACCATTGCTCTCTGCTGTGGAGTACAATTTAG 2356
Query 2594 AAATGCCATCCCCATTTCTGCTTCTAGCTGTTTTACCTCTTATAAGTTCATTGTTCTACT 2653
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 AAATGCCATCTCCATTTCTGCTTCTAGCTATTTTACCTCTTATAAGTTCATTGTTCTACT 2416
Query 2654 CCTTCCTAATGGGTCAACCAATTCCTCCCCTCACAAGCTTCACAG 2698
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2417 CCTTCCTAATGGCTCAACCAATTCCTCCCCTCACAAGCTTCACAG 2461
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140470501943
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5