BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G27470.1
Length=1803
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936504 jgi|Araly1|936504|scaffold_500695.1 1999 0.0
> Ahg936504 jgi|Araly1|936504|scaffold_500695.1
Length=1222
Score = 1999 bits (1082), Expect = 0.0
Identities = 1178/1225 (96%), Gaps = 4/1225 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 243 TGGAAATATGAGAAGACCTAGTCAAATGATGAGGCTTCTATTAACATCCTTTTTCGGTGT 302
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 TGG-AATATGAG-AGACCTAGTCAAATGATGAGGCTTCTATTAACATCCTTTTTCGGGGT 58
Query 303 TATTGTTGGTTTCCTTATGGGTATTACTTTTCCAACCTTGACTTTAACTAAGATGAATCT 362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 59 TATTGTTGGTTTCCTTATGGGTATTACTTTTCCAACCTTGACCTTAACTAAGATGAATCT 118
Query 363 TCCATCCACATTGTTTCCCTCGATTGATCTTGCATACATTGAGGATAAATACTCTGACAT 422
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 119 TCCATCCACATTGTTTCCATCGATTGATCTCGCATACATTGAGGATAAATACTCGGACAT 178
Query 423 ATCAAGACAAAGACTATTTGGTTCTTGGTCTTCGACAAAAGGCCTCAAACTCAAGAATGA 482
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 179 ATCCAGACAAAGACTATTTGGTTCTTGGTCTTCGACAAAAGGCCTCAAACTTAAGAATGA 238
Query 483 CATCCCTGACCCTCCATATAACTATAATGACACTAAGATATGGGTTTCGACTAACCCCCG 542
|||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 239 CATCCCTGACCCCCCCTATAACTATAGTGACACTAAGATATGGGTTCCTACTAACCCCCG 298
Query 543 TGGTGCTGAGAGGCTACCACCAGATATAGTCACGCCTGAATCAGATTTTTACCTCCGTCG 602
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TGGTGCTGAGAGGCTACCCCCAGATATAGTCACGCCTGAATCAGATTTTTACCTCCGTCG 358
Query 603 ACTGTGGGGCGACCCTAATGAGGATTTAACAGTCAAGCAGCGGTATCTAGTAACATTTAC 662
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ACTGTGGGGTGACCCTAATGAGGATTTAACAATCAAGCAGCGGTATCTAGTAACATTTAC 418
Query 663 GGTTGGCTATGATCAGAGGAAAAATATAGACACTGTGTTGAAGAAGTTCTCAGATAACTT 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GGTTGGCTATGATCAGAGGAAAAATATAGACACTGTGTTGAAGAAGTTCTCAGATAACTT 478
Query 723 CTCTATAATGCTGTTTCACTACGATGGCCGGGCAAGCGAATGGGAAGAGTTTGAATGGTC 782
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTCTATAATGCTGTTTCACTATGATGGCCGGGCCAGCGAATGGGAAGAGTTTGAATGGTC 538
Query 783 CAAGCGAGCCATTCATGTGAGCATTCGGAAACAAACAAAATGGTGGTACGCTAAGCGATT 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 539 CAAGCGAGCCATTCATGTGAGCATTCGGAAACAAACAAAATGGTGGTACGCCAAGAGATT 598
Query 843 TCTTCATCCTGACATAGTTGCCCCCTATGAATATATCTTCATATGGGATGAGGATCTTGG 902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 599 TCTTCATCCTGACATAGTTGCCCCCTATGAATATATATTCATATGGGACGAGGATCTTGG 658
Query 903 CGTGGAACACTTTGATTCGGAAAAATATCTGGCGGTGGTGAAGAAGCATGGTTTGGAAAT 962
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 659 TGTGGAACACTTTGATTCGGAAAAATATCTGGCCGTGGTGAAGAAACATGGTTTGGAAAT 718
Query 963 CTCACAGCCTGGATTAGAGCCATATGAAGGGCTCACATGGGAGATGACCAAGAAAAGAGA 1022
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 719 CTCACAGCCTGGGTTAGAGCCATATGAAGGGCTCACATGGGAAATGACAAAGAAAAGAGA 778
Query 1023 CGACACTGAAGTCCACAAGCATGCTGAGGAAAGGAATGGGTGGTGCACTGATCCCAATTT 1082
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 779 CGACACTGAAGTCCACAAGCATGCTGAGGAGAGGAATGGGTGGTGCACCGATCCCAACTT 838
Query 1083 ACCCCCTTGTGCAGCGTTTGTGGAGATTATGGCTCCTGTTTTCTCCCGCAAGGCATGGCG 1142
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 839 ACCCCCTTGTGCAGCATTTGTGGAGATTATGGCTCCTGTTTTCTCCCGCAAAGCATGGCG 898
Query 1143 CTGTGTGTGGCATATGATTCAGAACGATTTGATTCATGGATGGGGTCTGGACTTTGCCGT 1202
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CTGTGTGTGGCATATGATTCAGAACGATTTGGTTCATGGATGGGGTCTGGACTTTGCCGT 958
Query 1203 TCGGAAATGTGTTCAGAACGCACACGAGAAAATTGGAGTTGTAGATGCTCAATGGATTAT 1262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 959 TCGGAAATGTGTTCAGAACGCACACGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTAT 1018
Query 1263 ACATCAAGGTGTTCCATCATTAGGGAATCAAGGACAACCAGAGCAAGGGAAACAACCATG 1322
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1019 TCATCAAGGTGTTCCATCACTCGGGAATCAAGGACAACCAGAGCGAGGGAAACAACCATG 1078
Query 1323 GGAAGGGGTGAGAGAACGATGCAGGAGAGAGTGGACAATGTTTCAAGACAGATTGGATGA 1382
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GGAAGGGGTGAGGGAAAGATGCAGGAGAGAGTGGACAATGTTTCAAGACAGATTGGATGA 1138
Query 1383 TGCTGAAAAAGCTTATTTTGAAGCATCTGCTCACAAGAATGCTTCTTCACGGCCTCACGG 1442
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TGCTGAAAAAGCTTATTTTGAAGCATCTGCTCACAACAATGCTTCTTCACGGCCTCACGG 1198
Query 1443 GTAATAAGGAAACATAT-AGTCTCT 1466
|||||||| ||| ||| |||||||
Sbjct 1199 GTAATAAGTAAA-ATAACAGTCTCT 1222
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67686365365
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5