BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G27470.1 Length=1803 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg936504 jgi|Araly1|936504|scaffold_500695.1 1999 0.0 > Ahg936504 jgi|Araly1|936504|scaffold_500695.1 Length=1222 Score = 1999 bits (1082), Expect = 0.0 Identities = 1178/1225 (96%), Gaps = 4/1225 (0%) Strand=Plus/Plus Query 243 TGGAAATATGAGAAGACCTAGTCAAATGATGAGGCTTCTATTAACATCCTTTTTCGGTGT 302 ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1 TGG-AATATGAG-AGACCTAGTCAAATGATGAGGCTTCTATTAACATCCTTTTTCGGGGT 58 Query 303 TATTGTTGGTTTCCTTATGGGTATTACTTTTCCAACCTTGACTTTAACTAAGATGAATCT 362 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 59 TATTGTTGGTTTCCTTATGGGTATTACTTTTCCAACCTTGACCTTAACTAAGATGAATCT 118 Query 363 TCCATCCACATTGTTTCCCTCGATTGATCTTGCATACATTGAGGATAAATACTCTGACAT 422 |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 119 TCCATCCACATTGTTTCCATCGATTGATCTCGCATACATTGAGGATAAATACTCGGACAT 178 Query 423 ATCAAGACAAAGACTATTTGGTTCTTGGTCTTCGACAAAAGGCCTCAAACTCAAGAATGA 482 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 179 ATCCAGACAAAGACTATTTGGTTCTTGGTCTTCGACAAAAGGCCTCAAACTTAAGAATGA 238 Query 483 CATCCCTGACCCTCCATATAACTATAATGACACTAAGATATGGGTTTCGACTAACCCCCG 542 |||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 239 CATCCCTGACCCCCCCTATAACTATAGTGACACTAAGATATGGGTTCCTACTAACCCCCG 298 Query 543 TGGTGCTGAGAGGCTACCACCAGATATAGTCACGCCTGAATCAGATTTTTACCTCCGTCG 602 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 TGGTGCTGAGAGGCTACCCCCAGATATAGTCACGCCTGAATCAGATTTTTACCTCCGTCG 358 Query 603 ACTGTGGGGCGACCCTAATGAGGATTTAACAGTCAAGCAGCGGTATCTAGTAACATTTAC 662 ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 ACTGTGGGGTGACCCTAATGAGGATTTAACAATCAAGCAGCGGTATCTAGTAACATTTAC 418 Query 663 GGTTGGCTATGATCAGAGGAAAAATATAGACACTGTGTTGAAGAAGTTCTCAGATAACTT 722 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 GGTTGGCTATGATCAGAGGAAAAATATAGACACTGTGTTGAAGAAGTTCTCAGATAACTT 478 Query 723 CTCTATAATGCTGTTTCACTACGATGGCCGGGCAAGCGAATGGGAAGAGTTTGAATGGTC 782 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 CTCTATAATGCTGTTTCACTATGATGGCCGGGCCAGCGAATGGGAAGAGTTTGAATGGTC 538 Query 783 CAAGCGAGCCATTCATGTGAGCATTCGGAAACAAACAAAATGGTGGTACGCTAAGCGATT 842 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| Sbjct 539 CAAGCGAGCCATTCATGTGAGCATTCGGAAACAAACAAAATGGTGGTACGCCAAGAGATT 598 Query 843 TCTTCATCCTGACATAGTTGCCCCCTATGAATATATCTTCATATGGGATGAGGATCTTGG 902 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 599 TCTTCATCCTGACATAGTTGCCCCCTATGAATATATATTCATATGGGACGAGGATCTTGG 658 Query 903 CGTGGAACACTTTGATTCGGAAAAATATCTGGCGGTGGTGAAGAAGCATGGTTTGGAAAT 962 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 659 TGTGGAACACTTTGATTCGGAAAAATATCTGGCCGTGGTGAAGAAACATGGTTTGGAAAT 718 Query 963 CTCACAGCCTGGATTAGAGCCATATGAAGGGCTCACATGGGAGATGACCAAGAAAAGAGA 1022 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 719 CTCACAGCCTGGGTTAGAGCCATATGAAGGGCTCACATGGGAAATGACAAAGAAAAGAGA 778 Query 1023 CGACACTGAAGTCCACAAGCATGCTGAGGAAAGGAATGGGTGGTGCACTGATCCCAATTT 1082 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 779 CGACACTGAAGTCCACAAGCATGCTGAGGAGAGGAATGGGTGGTGCACCGATCCCAACTT 838 Query 1083 ACCCCCTTGTGCAGCGTTTGTGGAGATTATGGCTCCTGTTTTCTCCCGCAAGGCATGGCG 1142 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 839 ACCCCCTTGTGCAGCATTTGTGGAGATTATGGCTCCTGTTTTCTCCCGCAAAGCATGGCG 898 Query 1143 CTGTGTGTGGCATATGATTCAGAACGATTTGATTCATGGATGGGGTCTGGACTTTGCCGT 1202 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 CTGTGTGTGGCATATGATTCAGAACGATTTGGTTCATGGATGGGGTCTGGACTTTGCCGT 958 Query 1203 TCGGAAATGTGTTCAGAACGCACACGAGAAAATTGGAGTTGTAGATGCTCAATGGATTAT 1262 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 959 TCGGAAATGTGTTCAGAACGCACACGAGAAAATTGGAGTTGTTGATGCTCAATGGATTAT 1018 Query 1263 ACATCAAGGTGTTCCATCATTAGGGAATCAAGGACAACCAGAGCAAGGGAAACAACCATG 1322 |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1019 TCATCAAGGTGTTCCATCACTCGGGAATCAAGGACAACCAGAGCGAGGGAAACAACCATG 1078 Query 1323 GGAAGGGGTGAGAGAACGATGCAGGAGAGAGTGGACAATGTTTCAAGACAGATTGGATGA 1382 |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 GGAAGGGGTGAGGGAAAGATGCAGGAGAGAGTGGACAATGTTTCAAGACAGATTGGATGA 1138 Query 1383 TGCTGAAAAAGCTTATTTTGAAGCATCTGCTCACAAGAATGCTTCTTCACGGCCTCACGG 1442 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 TGCTGAAAAAGCTTATTTTGAAGCATCTGCTCACAACAATGCTTCTTCACGGCCTCACGG 1198 Query 1443 GTAATAAGGAAACATAT-AGTCTCT 1466 |||||||| ||| ||| ||||||| Sbjct 1199 GTAATAAGTAAA-ATAACAGTCTCT 1222 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 67686365365 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5