BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G27670.1
Length=5865
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484555 jgi|Araly1|484555|fgenesh2_kg.5__547__AT3G27670.1 9116 0.0
> Ahg484555 jgi|Araly1|484555|fgenesh2_kg.5__547__AT3G27670.1
Length=5806
Score = 9116 bits (4936), Expect = 0.0
Identities = 5537/5825 (95%), Gaps = 49/5825 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 GGGTCGGTTCGGTTTCTCTA--TTATCTTATTGGGCCAAATCG-GACGGCCCATTATCTA 101
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 GGGTCGGTTCGGTTTCTCTAGCTTAACTTATTGGGCCAAATCGAGACGGCCCATTATCTA 60
Query 102 GCTCCGGCTTATCGGACTTCCTCTTCCCCGGCGCTGTAAATTCCAAGTCCCTCCGTTCAC 161
|| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 GCACCGGCTTATCGGACTTCCTC-TACCCGGCGCTGTAAATTCCAAATCCCTCCGTTCAC 119
Query 162 GTCTCCAAACTAGCCGTTGCCTTCTCTCTCTCCAGCCAAAGCGATGGCCTCATACGCTAC 221
||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTCTCCAAACTAGCCGTTGCC-T-TCTCTCTCCGGTCAAAGCGATGGCCTCATACGCTAC 177
Query 222 GTTACTGGAGAAAACTCGCGTACCTCAACCTTCTATACAAAGATTCGCAGTAATCTCCGT 281
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 178 GTTACTGGAGAAAACTCGCGTTGCTCAACCTTCTATACAAAGATTCGCAGTAATTTCCGT 237
Query 282 CTTCTCCAAGTTACGATCTGCTCCAGAACAATTTGGATCAGAAGCCGAAGCCGGAAGAGA 341
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 238 CTTCTCCAAGTTACGATCTGCTCCAGAACAATTAGGATCAGAATCTGAAGCCGGAAGAGA 297
Query 342 AGCTATCTCCTTCTGCCTCACTTCTGAATCTATCACTGTCGTTGATCAATCCGTTCATGA 401
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 298 AGCTATCTCCTTCTGTCTCACTTCTGAATCTGTCACTGTAGTTGATCAATCCGTTCGTGA 357
Query 402 GCTATGTCGATTAGTATCAGACTCAGTTTTAGACCTCTCTCGTGGTTTGCTAGAACTTCA 461
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 358 GCTATGTCGATTAGTATCAGACTCTGTCTTAGACCTCTCTCGTGGTTTGTTAGAACTTCA 417
Query 462 ATCAGCTCTCGAAGGATGCGATTCGAAATTGGTTTCGCTGTTCGTGAAAGGGTTAGGGTT 521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 418 ATCAGCTCTCGAAGGATGCGATTCGAAATTGGTTTCGCTGTTTGTGAAAGGGTTAGGGTT 477
Query 522 TTTGATTCGTATTGGTTATGAACGGAATAATGGGAACTGGAAGTTTAATTCGACGGAGAA 581
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TTTGATTCGTATTGGTTATGAACGGAATTCTGGGAATTGGAAGTTTAATTCGACGGAGAA 537
Query 582 TCATCCGTTTGTTAGGATTCAATCTAGCCGAGTGGAGACACAGACGGAGCTTCTTCATCA 641
|||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TCATCCGTTTGTTAGGATTCTTTCTAGCCGAGCGGAGACACAGACGGAGCTTCTTCATCA 597
Query 642 AGTATCACTCTTTGTGATGCATAATCGAAGATTAGGAATGGTGGGAGTATGTGAATTCTT 701
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AGTATCACTCTTTGTGATGCATAATCGGCGATTAGGAATGGTGGGAGTATGTGAATTCTT 657
Query 702 GGAGCCGTTCTTGAATTTCACTATACTGCGGATTCCGCTTTCAGATTCGTCTTCATCGTT 761
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 658 GGAGCCGTTCTTGAATTTCACAATACTGCGGATTCCACTTGCAGATTCGTCGTCATCGTT 717
Query 762 GTTTGCGAGGGAGTTGATTTCATCAATGGCTTCCCTTTGTTGCTCATCCCGCCACGAAGC 821
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 718 GTTTGCGAGGGAGTTGATTTCATCAATGGCTTCCCTTTGTTGCTCATCCCGCAAAGAAGC 777
Query 822 ACTACCGATATTCAGATTGCTTA-TGCGATGTCTAAAATATATCCCGGGAAATAATCT-- 878
||| ||||||||||| |||| || |||| || |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 778 ACTTCCGATATTCAGGTTGC-TATTGCGTTGCCTAAAATATATCCCGGGAAAAAATCTGG 836
Query 879 --G------G--A----AG-TA-ATTGTCAAGATC-CTAGTGGATGCCTACACTGTGGTT 921
| | | || || |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 AAGACAATAGAAATTTCAGCTACATTGTCAAGA-CTCTAGTGGATGCCTACACTGTGGTT 895
Query 922 GTGAGAGACTTGGTTGGAACCGGATTGGAAGTAACAGAAGTTCATTTGCTCGGTGTGCAA 981
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 896 GTGAGAGACTTGGTTGGAACTGGATTGGAAGTAACAGAAGTTCATCTGCTCGGCGTGCAA 955
Query 982 CTGGTGGATGGCGTACTTTTTCTTTGCGCTTCTCCTCATGTACAAACAACCGAACAAGAG 1041
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 956 CTGGTAGATGGTGTACTTTTTCTTTGCGCTTCTCCTCATGTACAAACAACCGAACAAGAG 1015
Query 1042 TCTGTTATCGAATCTTTGAAGCACTTGTTGGCTGTTCAGAAAGACCTTGGATTAGCATAT 1101
|||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1016 TCTGTTATCGAATCTTCGAAGCATTTGTTGGCTGTTCAGAAAGACCTTGGATTACCATAT 1075
Query 1102 TCACATGATTTATCCTTGGTGGTTCTCTCGCTAGTTTTCATGCTTGCCAAATCTACTGTC 1161
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1076 TCACGTGATTTATCCTTGGTGGTTCTCTCGCTAGTTTTCATGCTTGCCAAATCCAGTGTC 1135
Query 1162 GAGCATGAACAACTCTGTATTCTAAAGTTTCTGCTTTTTCTGCTCAAATGGAAAACTGAA 1221
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GAGCATGAACAACTCTCTATTCTAAAGTTCCTGCTTTTTCTGCTCAAATGGAAAACTGAA 1195
Query 1222 AGTGAAAACTTGTCGGTTAAGGATGCGGCTGGTTCAAGTGTGGAGTCTCTATTATTGTTC 1281
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AGTGAAAACTTGTCGGTTAAAGATGCGGCCGGTTCAAGTGTGGAGTCTCTATTATTGTTC 1255
Query 1282 CCTATCACCGCACTGATGTCTTCTCCTTCTAAATCAATCAAAGTAGCAGCAAGTAAGGTT 1341
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CCTATCATCGCACTGATGTCTTCTCCTTCTAAATCAATCAAAGTAGCAGCAAGTAAGGTT 1315
Query 1342 CTTTCCATCGTAGAAAATTTCTTGGTAACAGTGTCAAATGCACCAAAGATTGAGGTCCAC 1401
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1316 CTTTCCATCATAGAAAATGTCTTGGTAACAGTGTCAAATGCACCAAAGATTGGGGTCCAC 1375
Query 1402 ACAAGTAAGGGAGATTCACCACTCAGCAGGGTGGGCTCTGTCGTATTTAGGTTCATGCAG 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1376 ACAAGTAAGGGAGATTCACCACTCAGCAGGGTGGGCTCTGTCGTATTTAGGGTCATGCAG 1435
Query 1462 CAACTCTGGCATCAGAATGATTACACACCTTCCACGTCTTCCTTCCTCAGAGTGGCTTAC 1521
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CAACTCTGGCATCAGAATGATTACGCACCTTCCACGCCCTCCTTCCTCAGAGTGGCTTAC 1495
Query 1522 ACCAATGGAAGTGAAAAACAGGAAACTTAT-CTAGGACCAGTGACTTGGAATTCACTACT 1580
| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 ATCAATGGAAGTGAAAAACAGGAAACTTATAC-AGGACCAGTGACTTGGAATTCACTACT 1554
Query 1581 TAGGGAACACGCTGAACGGTTTTGGGATaaaaaaaaGTTGTCTGCGTCGTTTTGTCTTTC 1640
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TAGGGAACATGCTGAACGGTTTTGGGATAGAAAAAAGTTGTCTGCGTCGTTTTGTCTTTC 1614
Query 1641 ACAAGAGATACCTATTTTACTTGGTGCTGTTGCTGGTGTCATGGTGATGCACCCGTCACT 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1615 ACAAGAGATACCTATTTTACTTGGTGCTGTTGCTGGTGTCATGGTGATGCACCCGTCCCT 1674
Query 1701 AGGAGCTGATGCTATTGGTTCTTTGACTATTATTGGTGGCATTGATTCTAAGATGAGTGT 1760
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||
Sbjct 1675 AGGAGCTGATGCTGTTAGTTCTTTGACTATTATTGGTGGCATCGATCCTAAGATGTGTGT 1734
Query 1761 CCCGCTGTTGCTAGCTGTTCTATATTTCAGCAACTTGTTATCTCGAACTAACGTCCCTTG 1820
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 CCCGCTGTTGCTAGCTGTTCTATATTACAGCAACTTGTTATCTCGAACTAACGTCCCTTG 1794
Query 1821 TCAGAGTCTATTGTCAAAACTTCTGGGGTTGCTCCCATCACTAGCTGCACAACAGGTGAT 1880
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1795 TCAGGGTCTATTGTCAAAACTTCTGGGGTTGCTCCCATCACTAGCTGCCCAACAGGTGAT 1854
Query 1881 GATTCCACTTGTAGTTCAGACTATTACTCCAATGCTACGCAAGGATGCCAAAGGTCTGTT 1940
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1855 GATTCCACTTGTAGTTCAGACTATTACTCCAATGCTACACAAGGATGCGAAAGGTCTGTT 1914
Query 1941 GTATGCTACAGCTATTAGATTACTTTGCCAGACCTGGGTAGTCAATGACCGTGCCTTTTC 2000
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GTATGCTACAGCAATTAGATTACTTTGCCAGACCTGGGTAGTCAATGACCGTGCCTTTTC 1974
Query 2001 GAGTTTGCAAGAGGTGTTACGCCCGCAAGGATTTATAGAATATATTTCAGAGAGACATAT 2060
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 AAGTTTGCAAGAGGTGTTACGCCCAAAAGGATTTATAGACTATATTTCAGAGAGACATAT 2034
Query 2061 CTGCATTAGTATGGCTGCTTCCATCCATGATGTATGCAAGAGACACCCTGATAGAGGAGT 2120
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2035 CTGCATTAGTATGGCTGCTTCCATTCACGATGTATGCAAGAGACACCCTGATAGGGGGGT 2094
Query 2121 AGACCTAATCTTGTCCGTTCAGGCCTGTATAGAAAGCCAAAACTGTCCAGTTAGAGCCCT 2180
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||| ||
Sbjct 2095 AGACCTAATCTTGTCCGTTCAGGCCTGTATAGAAAACCAAGACTATCCAGTTCGAGCACT 2154
Query 2181 TGGTTTTCAGAGTCTTTCGCATCTGTGTGAAGCCGATGTCATTGATTTCTATACTGCATG 2240
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TGGTTTTCAGAGTCTTTCCCATCTGTGTGAAGCCGATGTCATTGATTTCTATACTGCATG 2214
Query 2241 GGATGTCATTAAGAAACATGCTCAACATATCAAACTGGATCCTCTCCTTGCTTATAGTGT 2300
|| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GGGTGTCGTTAAGAAACATGCTCAACACATCAAACTGAATCCTCTCCTTGCTTATAGTGT 2274
Query 2301 ATGCCATCTTCTAAAGTGGGGTGCCATGGATGCCGAAGCATATCCTGAAGATGCAGAAAA 2360
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 ATGCCTTCTTCTAAAGTGGGGTGCAATGGATGCCGAAGCATATCCTGAAGATGCAGAAAA 2334
Query 2361 CGTTTTGAACATTTTGTGGGAAATTGGGAGCTCTATGCAGAAGCCTCATGATTCCCAATG 2420
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2335 CGTTCTGAACATTTTATGGGAAATTGGGAGCTCTATGCAGATGCCTCATGATTCCCAATG 2394
Query 2421 GACAAAGGCAAGAGTCTCTGCCATAGTGGCCCTGGGTCAATATGAGGTATCATTTATGGA 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 GACAAAGGCAAGAGTCTCTGCCATAGTGGCCCTGGGTCAATATGAGGTATCATTTATGGA 2454
Query 2481 -AAACAAGTTTTCTGACTTCAACAAGAATTGTACATATTTACTCTTCTCGGAGACAAATG 2539
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2455 GAAA-AAGTTTTCTGATTTCAACAAGAATTGTACATATTTGCTCTTCTCGGAGACAAATG 2513
Query 2540 CGGAAATTCTGAATGCTTTAGAAGACCTTTCAATCAAAATCATGATTCACGAGCACAGCG 2599
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 CGGAAATTTTGAATGCTTTAGAAGACCTTTCAATCAAGATCATGATTCACGAGCACAGCA 2573
Query 2600 TCCGGCGTAGATATGTAAGAGAGAAGAAAGTTCCTGGTAGTAAGATTGAAAAGCTGCTTG 2659
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 TCCGGCGTAGATATGTTAGAGAGAAGAAAGTTCCTGGTAGTAAGATTGAAAAGCTGCTTG 2633
Query 2660 ATGTGATACCTCAGGTCATCTTCCCTGCAGGGAAAGAAATAAAGACTGGAGAACTACCTG 2719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 ATGTGATACCTCAGGTCATCTTCCCTGCAGGGAAAGAAATAAAGACTGGAGAACTACCTG 2693
Query 2720 GTGCGGCATTACTATGTCTATCTTATAACCCCAGAGATGTGAAGTTTGGGTCATCAAGAA 2779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 GTGCGGCATTACTATGTCTATCTTATAACCCCAGAGATGTGAAGTTTGGGTCATCAAGAA 2753
Query 2780 GCTTTCATGATGTTCATTTTCAATACGAGGAGGCATTTAGAGTAGTAGTCAAATCTCTCC 2839
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 GCTTTCGTGATGTTCATAGTCAATACGAGGAGGCATTTAGAGTAGTAGTCAAATCTCTCC 2813
Query 2840 AGCTCTCAAGAAATATTTCCCTTGCTCTTATTTCCTTGCAATCACTGAAAGCTTTTATGC 2899
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2814 AGCTGTCAAGAAATATTTCCCTTGCTCTTATTTCCTTGCAATCACTGAAAGCATTTATGC 2873
Query 2900 GGCGTTGGATGAGAGCGAATATATTGTCCATTGATGCAACGACTAAAGAATTATCATCGG 2959
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2874 GGCGTTGGATGAGAGCTAATATCTTGTCCATTGATGCAACGAGTAAAGAATTATCATCGG 2933
Query 2960 ATAAGACCTCTAAAGCTACAAACAACATCATGAAGAGTTTGGTACATATGGCTGAAGAAG 3019
|||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 ATAAAATTTCTAAAGCTGCAAACAACATCATGAAGAGTCTGGTACATATGGCTGAAGAAG 2993
Query 3020 CTCTTCCCAGGTGTGCAGAAAACATAGCACTGGCGCTGGGTGCACTATGTGCAGCTTTGC 3079
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2994 CTCTTCCCAGGTGTGCAGAAAACATAGCACTGGCACTGGGTGCACTATGTGCAGCTTTGC 3053
Query 3080 CAGCTGCTTCTCATAATATTAAAGCGTCTGCATCAAAATTTCTGTTGAGTTGGTTGTTGG 3139
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3054 CAGCTGCTGCTCATAATATTAAAGCGACTGCATCAAAATTTCTGTTGAGTTGGTTGTTGG 3113
Query 3140 AGCATGAGCATGAACACCGTCAGTGGACGGCTGGTATTTCTCTTGGATTGATTTCGTCGT 3199
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3114 AGCATGAGCATGAACACCGTCAGTGGACAGCTGGTATTTCTCTTGGATTGATTTCGTCGT 3173
Query 3200 CCCTACACGTAACTGACCACAAGCAGAAATTTCAGAATATATCTGGGCTTCTTGAGGTTT 3259
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3174 CCCTACATGTGACTGACCACAAGCAGAAATTTCAGAATATATCTGGGCTTCTTGAGGTTT 3233
Query 3260 TGTGTAGCAGTAAAAGCACTCTTGTAAAAGGAGCCTGTGGGGTTGGATTGGGTTTTTCAT 3319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3234 TGTGTAGCAGTAAAAGCACTCTTGTAAAAGGAGCCTGTGGGGTTGGATTGGGTTTTTCAT 3293
Query 3320 GCCAAGATCTGCTCACTCGGACTGAAGCCTCTGCGAGCTCTGATATAGACAGTGACTCCT 3379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3294 GCCAAGATCTGCTCACTCGGACTGAAGCCTCTGCGAGCTCTGATATAGACAGTGACTCCT 3353
Query 3380 ACAGGAACCAAGAAGAACGGCTCTTGGGAAGGATAGTGAGGTTGCTATCTTCTATATTAC 3439
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 3354 ACAGGAACCAAGAAGAACGGCTCTTAGGAAGGATAGTGAGGTTACTATCTTCAATATTAC 3413
Query 3440 ATGGTTTCCTGCACACTCCGTGTGATATCCTAGAAAGCTTGTCTGCACTGTTCCCCCCTG 3499
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 3414 ATCGTTTCCTGCACACTCCGTGTGATATCCTAGAAAGCTTGTCTGCATTGTTCCCAGCTG 3473
Query 3500 GAGAGGAAGACAACGTTATAGGTTTACCTCAGCTGTTGGATGAGAGTTCTGATGATTTTG 3559
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3474 GAAAGGAAGACAACGTTATAGGTTTACCTCAGCTGTTGGATGATAGTTCTGATGATTTTG 3533
Query 3560 ATGATGATACATGGGGTATTGCTGGACTCATTATAGGTTTGGGGATGTCAGTTGGTGCAA 3619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3534 ATGATGATACATGGGGTATTGCTGGACTCATTATAGGTTTGGGGATGTCAGTTGGTGCAA 3593
Query 3620 TATACAGAGCTGGGAAGAAAGACGCTGTTGTAAAGATTAAAAATCTGATTGTATCATGGA 3679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3594 TATACAGAGCTGGGAAGAAAGACGCTGTTGTAAAGATTAAAAACCTGATTGTATCGTGGA 3653
Query 3680 TCCCATATGCAGATTCTCTGAAGCAAACCTC-GGGTTCTAATAGTAAGGTATCAGTGAGA 3738
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3654 TCCCATATGCAGATTCTCTTAAGCAAAC-TCCGGGTTCTAATAGTAAGGTATCAGTGAGA 3712
Query 3739 CTGTTTTCAGTCGGTTCCTGCCTTGCACTCCCAATTGTGATAACTTTCTGCCAAAAAGTA 3798
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3713 CTGTTTTCAGTTGGTTCCTGCCTTGCACTCCCAATTGTGATCACTTTCTGCCAAAAAGTT 3772
Query 3799 GAACTGTTTGATGCACATGAGGTAGATGATATAATCGGTTGTTTCAAGGACCTTATTTCC 3858
||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3773 GAACTGTTTGATGCACATGAGGTGGATCATCTAATCGGTTGTTTCAAGGACCTTATTTCC 3832
Query 3859 GAGTTGCTAATCGTTAGAAAGTCTGGTGCTTTACGTAAGAGGTTGTTGATGGCTTCCTGT 3918
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3833 GAGTTGCTGATTGTTAGAAAGTCTGGTGCTTTACGTAAGAGGTTGTTGATGGCTTCCTGT 3892
Query 3919 ATTGGGGCGGGAGACCTCCTTGGTTCTGTAT-TGAATGAAGGTATCCACCCTGTTAAGAT 3977
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3893 ATTGGGGCGGGAGACCTCCTTGGTTCTGT-TCTGAATGAAGGTATCCACCCTGTTAAGAT 3951
Query 3978 TGAGTCTGTAAAAGAGTTACTAGAACTGTTCAAGAAATGTTACTCTGGACTTTACCCACC 4037
|||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3952 TGAGTCTGTAAAAGGGTTACTAGAACTATTCAGGACATGTTACTCTGGACTTTACCCACC 4011
Query 4038 GGTTGCTCACTTTGGAGGCATGCTCGGAGTTGTTAATGTTTTAGGAGCAGGTGCTGGGAA 4097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4012 GGTTGCTCACTTTGGAGGCATGCTCGGAGTTGTTAATGTTTTAGGAGCAGGTGCTGGGAA 4071
Query 4098 TTTGGTGTATTCTC-ATCCTCGACCCCGTGCTCCTCCAGCCAGTTCTGAGGAGAACGAAA 4156
||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 4072 TTTGGTGTATT-TCCATCCTTTACCCCGTGCTCCTCCAGCCAGTTCTGAGGAAAACGAAA 4130
Query 4157 TCTCTTATGTATCAGGTCCTTTGCTTTCAAACGCATATTTTACTCAGCAGTTGACGCCAG 4216
| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4131 TATCTTATGTGTCAGGTCCTTTGCTTTCAAACCCATATTTTACTCAGCAGTTGACGCCAG 4190
Query 4217 TTGTGCAAGAAATATTTCTTATCGCACAAAATACCAAGGATCGCCAGCTCCAACATTATG 4276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4191 TTGTGCAAGAAATATTTCTTATCGCACAAAATACCAAGGATCGCCAGCTCCAACATTATG 4250
Query 4277 CTGCATGGGCAATCTCAATTCTTAGAACTTACATGCGGTCAGGGGAATCGTCAAGTCTCA 4336
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 4251 CTGCATGGGCAATATCAATTCTTAGAAATTACATGCGGTCCGGGGAAGCGTCAAGTCTCA 4310
Query 4337 GCAATGAAAACCAATCTGATGACTCTGACCGTAATTCCATCTCTCACAATGTTCCTGAAC 4396
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4311 GCAATGAAAACCAATCTGATGACTCTCACCGTAATTCCATCTCTCACAATGTTCCTGAAC 4370
Query 4397 ATACCATGGTCATGAAACTTGCTCAAGGCCTGACAAATCCAAGTTTTCCTTTGGCGGGTA 4456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4371 ATACCATGGTCATGAAACTTGCTCAAGGCCTGACAAATCCAAGTTTTCCTTTGGCGGGTA 4430
Query 4457 GCCCTTTGAATATTGGCACAATGGCAAGTGCTTTGCGGTGTTTGTCTCATGCTCCGAGAT 4516
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4431 GCCCTCTGAATATTGGCACAATGGAAAGTGCTTTGCGGTGTTTGTCTCATGCTCCGAGAT 4490
Query 4517 TGCCAAACTTGGACTGGGGAGCAACAATAAGGCGTTTAATGAAACAAGAGACTCAGACTG 4576
||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 4491 TGCCAAACTTGGACTGGGGGGCAACAATAAGACGATTAATGAAACAAGAGACCCAGACCG 4550
Query 4577 ATGTAACGCAATCAGGCGATGTTCCTAAGGAAATAACTCTTAGGGAAGAGTGCTTCAAAT 4636
||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4551 ATGTATCGCAATCAGGCGATGTTCCCAAGGAAAGAACTCTTAGGGAAGAGTGCTTCAAAT 4610
Query 4637 TTTCATTAGCCCACGCAAGCGAATTTGATGAACTTCTAGCTTTTCTGGACGAACTGTCGG 4696
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 4611 TTTCATTAGCCTACGCAAGCGAATTTGATGAACTTCTAGCTTTTCTGGACGAGTTGTCTG 4670
Query 4697 AACTATCGAGATTCAAGGCACTAGAGGAGAGTCTTCAGTCGTGCCTGCTCTGTCATCTAG 4756
||||| | ||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 4671 AACTAGCCAGATTCAAGGCGCTAGAGCAGAGTCTCCAGTCATGCCTGCTTTGTCATCTAG 4730
Query 4757 GGGGTTTAATGAGAATATTCTCAGGTTCAAGAATGAATAAATTGTTTGACGATGTCTCTT 4816
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4731 GGGATTTAATGAGAATATTCTCAGGTTCAAGAATGAATAAATTATTTGACGATGTCTCTT 4790
Query 4817 GCTTTGTAGTCTCGCTATCATCAGACCAAACATATAGCTGTGATCAGAAGAGCTCACTGA 4876
|||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 4791 GCTTTGTAATCTCACTATCATCAAACCAAGTATATAGCTGTGAACAGAAGAGCTCATTGA 4850
Query 4877 GGGTCTCTTGTTGGAAGGGTCTGAGTCAGTGTCTTGAAGAAACTTCACTTGAATCTTCAG 4936
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4851 GGGTCTCTTTTTGGAAGGGTCTGAGTCAGTGTCTTGAAGAAACTTCGCTTGAATCTTCAG 4910
Query 4937 AATACGTCACAAAGATTGAAAAATGCATAGAGTTGCTTTTTGCTGTCTTACCAGTAGCAT 4996
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4911 AATACATCACAAAGATTGAAAAATGTATAGAGTTGCTTTTTGCTGTCTTACCAGTAGCAT 4970
Query 4997 CACAATCTCCTAGAGCAGATCAGATGGGTTCGGTGAAAGAGTGGTCAGAGGCAGTTACAT 5056
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4971 CACAATCTCCTGGAGCAGATCAGATGGGTTCGGTGCACGAGTGGTCAGAGGCAGTTAGAT 5030
Query 5057 GTTTGCAGAAGTCGCATCGGGATTGGTTATACAAATTCCTACAGGTTTCAAATCTTGAAC 5116
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 5031 GTTTGCAGAAGTCGCCCCGGGATTGGTTATACAAATTTCTTCAGGTTTCAAATCTTGAAC 5090
Query 5117 CTGGAAACGAAAAGACTAACTTCCAAGGTGATCTAAAGAAGATCCAGGCAAAAGCCAAGC 5176
|| |||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5091 CTCGAAACGGAGAGACGGACTTCAAAGGTGATCTAAAGAAGATCCAGGCAAAAGCCAAGC 5150
Query 5177 TAGCAAAACTTGGCTCAGTTCCATTTTCCGAGTTAGGAAAATTGAAAG-CTATTATATTA 5235
|||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 5151 TAGCAAGACTTAGCTCAATTCCATTTTCCGAGTTAGGAAAATT-AAAGGCTATTATATTA 5209
Query 5236 AATTGTGAAGAGTCAGATATCTGGGACGTGTTGATTGAGATAGTAGCGGCTCTGCATCAC 5295
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 5210 AATTGTGAACAGTCAGATATCTGGAACGTGTTGATTGAGATAGTAGCGGCTTTGCATCAC 5269
Query 5296 GCTGAAGGAGGAATCAAGAGACAGTGGCTCATTGATGCAGTTGAAATCAGCTGCGTTTCT 5355
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5270 GCCGAAGGAGGAATCAAAAGACAGTGGCTCATTGATGCAGTTGAAATCAGCTGCGTTTCT 5329
Query 5356 AGCCATCCTTCCACTGCTATTATCTTCGTCGGCCTTCTTTCTAGTATCTGCTGCGAATAC 5415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5330 AGCCATCCTTCCACTGCTATTATCTTCGTCGGCCTTCTTTCAAGTATCTGCTGCGAATAC 5389
Query 5416 ATGCCGTTTCTCAATTTAGACCGCTCCACGGTGTTGAGCGATATGTCTGTTACCGTAACT 5475
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5390 ATGCCGTTTCTCACTTTAGACCGATCCACGGTGTTGAGCGATATGTCTGTTACCGTAACT 5449
Query 5476 TCTCTCCTTTCTGATCCAAGCTATGAAGTGGTCACAGAGCCTTTCATCTCGTTTCTATGG 5535
|||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5450 TCTCTCCTGTCTGATCCCAGCTATGAAGTGGTCGCAGAGCCTGTCATCTCGTTTCTATGG 5509
Query 5536 ACTTCATTGGAACGTGTTTACAGTTTTGCAACTGAATCTGACGCTAATGCAAGGCTAAGC 5595
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5510 ACTTCATTGGAACGTATTTACAGTTTTGCAACTGAATCTGACGCTAATGCAAGGATAAGC 5569
Query 5596 TCACAGCAAATTGCGCAAAGCGAGAGAGATAAAGCACCAATGCTTGTGAAAGTGATGCAT 5655
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5570 TCACAGCAAATTGCGCAAAGTGAGAGAGATAAAGCATCAATGCTTATGAAAGTGATGCAT 5629
Query 5656 TACATTTGTGTAGCCTTCAGAGATCATTTGCCTCTTGAGAAACAGCTTAGACTTGCTTCT 5715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5630 TACATTTGTGTAGCCTTCAGAGATCATTTGCCTCTTGAGAAACAGCTTAGACTTGCTTCT 5689
Query 5716 ATGGACATGTCTTAATTCCTTA-AAACCtattgtatagtttttatatttaggagtatttt 5774
||||| || ||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 5690 ATGGAGATCCCTTGATTCCTTTTAAAC-TATTGTATAATTTTTATATTTAGGTGTATTTT 5748
Query 5775 gttgtatttttaatttttaGCGGGAATTTCATTGCCCACACTGTTGTATTTTTGAAAGAT 5834
|||||||||||| | | || | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5749 GTTGTATTTTTAGT-----G-GG-ATTTTCATTTCCCACATTGTTGTATTTTTGAAAGAT 5801
Query 5835 ATATA 5839
|||||
Sbjct 5802 ATATA 5806
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 222180111174
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5