BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G27700.1
Length=3689
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg347147 jgi|Araly1|347147|fgenesh1_pg.C_scaffold_5000539 3155 0.0
> Ahg347147 jgi|Araly1|347147|fgenesh1_pg.C_scaffold_5000539
Length=2805
Score = 3155 bits (1708), Expect = 0.0
Identities = 1823/1879 (97%), Gaps = 5/1879 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 399 ATGGAACTTTCTGTTTCCTCTCCAAAGCAAAGTGTGTTATCTCCACCTGATTGTATGAGT 458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAACTTTCTGTTTCCTCTCCAAAGCAAAGTGTGTTATCTCCACCTGATTGTATGAGT 60
Query 459 GACCCTGAGGAGGAGCATGAGATCAGTGAGGAGGAGGATGATGATCGCAACCATAAGCAC 518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACCCTGAGGAGGAGCATGAGATCAGTGAGGAGGAGGATGATGATCGCAACCATAAGCAC 120
Query 519 CGTAGGAAAGAAGAGACCAGGTCTCAGTCTTTGGAACAAGATTCTTCAGATCAGGCTTTC 578
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTAGGAAAGAAGAGACGAGGGCTCAGTCTTTGGAACAAGATTCTTCAGATCAGGCTTTC 180
Query 579 TCACGGCCGTACAGGAAAAACTATAGACATTATGAAAATGGCAATTCGTTTAGTGAACAT 638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 TCACGGCCGTACAGGAAAAACTATAGACATTATGAAAATGGCAATTCGTTTAGTGAAAAT 240
Query 639 GAAAAGCGGTCTTTTGGGACTGGATCAGGGCAACGTGTACAGTTTGATAACCAAAGAATG 698
|||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAAAGCGGTCTTTTGGGACAGGATCAGCGCAACGTGTACAGTTTGATAACCAAAGAATG 300
Query 699 AGGTCAAACCCAATGTTTTCAAGGGACTCTGGTCCTGGTAGAGGTAGAGGAAACTATGGT 758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 AGGTCAAACCCAATGTTTTCAAGGGACTCTGGTCCTGGTAGAGGTAGAGGAAATTATGGT 360
Query 759 TCTTGGGCCCAGCGTGATTCCAGGTTTAATCCTGTTGATCTCTCATCTCATATGGTTCAA 818
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 TCTTGGGCTCAGCGTGATTCCAGGTTTAATCCTGTTGATCTCTCTTCTCATATGGTTCAA 420
Query 819 GTCGGGTCTATGGGCCAGGGTATGTTTGGAGGAAGGGGACTAGCTGGTGTTTCAGCTGCT 878
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTCGGGTCTATGGCCCAGGGCATGTTTGGAGGAAGGGGACTAGCTGGTGTTTCAGCTGCT 480
Query 879 CAAAGTGCACCATGGCCTCCTTTTGGAATGATTCCTGGAGTTCCTAATGGTGGCTTGGAT 938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 481 CAAAGTGCACCATGGCCTCCTTTTGGAATGATTCCTGGAATTCCAAATGGTGGCTTGGAT 540
Query 939 GGTTTCCATCACTTACAAGGGTCCCTTAGACCGCCCTTAAATGCGCCACTTAACATGGGT 998
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 541 GGTTTCCATCACTTACAAGGATCCCTAAGACCGCCCTTAAATGCTCCACTCAACATGGGT 600
Query 999 ATTCCTCGGCA-ACGATGCAGAGACTTTGAGGAACGTGGTTTCTGCCTCAGAGGGGACAT 1057
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTCCTCGGCAGA-GATGCAGAGACTTTGAGGAACGTGGTTTCTGCCTCAGAGGGGACAT 659
Query 1058 GTGTCCAATGGAGCATGGAATGAATCGTATTGTTGTTGACGATGTTCAGAGTCTATCACA 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GTGTCCAATGGAGCATGGAATGAATCGTATTGTTGTTGACGATGTTCAGAGTCTATCACA 719
Query 1118 GTTTAACCTTCCCGTTTCAGTCCCTGGTGCACCTCATCTGGCAGCTTCTTCTAAACAAGT 1177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 720 GTTTAACCTTCCCGTTTCAGTCCCTGGTGCACCTCATCTGGCAGCTTCTTCTAAACCAGT 779
Query 1178 GCCCGCTCAGTTTGGGGGTGCCAGTTTCATGAATCCTAAAGGAGCTCATGGGAGGACTAA 1237
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 780 GCCCGCACAGTTTGGGGGTGCCAATTTCATGAATCCTAAAGGAGCTCATGGGAGGACAAA 839
Query 1238 CGAGGGGGGAATGGCTGTTGATGGTTTGGGTTATGGGGATGCATATCCTAGTGCTGGTGG 1297
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CGAGGGCGGAATGGCTGTTGATGGTTTGGGTTATGGGGATGCATATCCTAGTGCTGGTGG 899
Query 1298 AACTGACTTTTACGATCCTGATCAACCTTTGTGGAATAATAGTACTGGTGAAACTTCAGG 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AACTGACTTTTACGATCCTGATCAACCTTTGTGGAATAATAGTACTGGTGAAACTTCAGG 959
Query 1358 TGCAATATCTACACTCAATTCTCATGGGGTTGATGAGAATGTGGCTCCACTGGATGACAG 1417
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 960 TGCAATATCGACACTCAATTCTCATGGGGTTGATGAGAATGTAGCTCCACTGGATGACAG 1019
Query 1418 TAACCAAGACGCCGCTGAAAATGGGTGTGGTATTAGAGACTCTAGAAGCACAAGTCAATC 1477
||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1020 TAACCAAGACGGCGCTGAAAATGGGTGTGGTATTCGAGACTCTAGAAGCATAAGTCAATC 1079
Query 1478 AGTTTGGGGAAGAATGAAAGGTTCTAATAGTCAAGCAAATTCCAAAGAGAAAGCTGATGC 1537
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGTTTGGGGAAGAATGCGTGGTTCTAATAGTCAAGCAAATTCCAAAGAGAAAGCTGATGC 1139
Query 1538 AGTATTAAATTCATCAGCTGTTCCTGAAGATCAATTGAAGGAGGTCTCAGTTAATTCATC 1597
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGTATTAAATTCATCAGCTGGTCCTGAAGATCAATTGAAGGAGGTCTCAGTTAATTCATC 1199
Query 1598 TCGACACGGTAAACAAAACCATGTTGGTGAAAGTGTCGCAAAAGTTGTTGATTCATCGAA 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 TCGACACGGTAAACAAAACCATGTTGGTGAAAGTGTCGCAAAAGTTGTTGATTCATCGAA 1259
Query 1658 TATTTCAAATGATATGATGAACAATACAAGGAAACCAACTCAAAAGGCAATGCGGACTCT 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TATTTCAAATGATATGATGAACAATACAAGGAAACCAACTCAAAAGGCAATGCGGACTCT 1319
Query 1718 ATTTGTGAATTATGTTCCACACGAGAGCAACAGAAGGGACCTCATTCTTGCCCATTTTCA 1777
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 ATTTGTGAATAATGTTCCCCACGAGAGCAACAGAAGGGATCTCATTCTTGCTCATTTTCA 1379
Query 1778 GAAATTTGGGAAAGTTATTGACATTCACATCCCAGTAAATAGTGAGAGAGCATTTGTGCA 1837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1380 GAAATTTGGGAAAGTTATTGACATTCACATCCCAGTAAATAGTGAGCGAGCATTTGTGCA 1439
Query 1838 GTTCTCAAAACGTGAAGAGGCTGAATCTGCCCTCAGGGCACCTGATGCTGTGATGGGTAA 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTCTCAAAACGTGAAGAGGCTGAATCTGCCCTCAGGGCACCTGATGCTGTGATGGGTAA 1499
Query 1898 CCGCTTCATCAAACTTTGGTGGGCAAATAGAGATAGTATACCTGATAATGGCCTGTCCAC 1957
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CCGCTTTATCAAACTTTGGTGGGCAAATAGAGATAGTATACCTGATAATGGCCTGTCCAC 1559
Query 1958 TGGCAGTGGTGCTTCTATGAAGGGTCGTAGTATGACTGCTTCTGGAGCACAGAACCAATT 2017
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1560 TGGCAATGGTGCTTCTATGAAGGGTCGTGGTATGACTGCTTCTGGACCGCAGAACCAATT 1619
Query 2018 TCCTATTGCTGCTGCATCGAAAAGCAACCATGTATCTTCAATTGCTAAGGTCCCTACCTT 2077
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||
Sbjct 1620 TCCTATTGCTGCAGCATCGAAAAGCAACCATGTATCTTCCATTGCTAAGGTCCCTGCATT 1679
Query 2078 CCAAACTGGTGGAGCTCCATCCTCCTCTGAACAGCCTAAGCCTGTGGTGGTGACCACCAG 2137
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1680 CCACACTGGTGGAGCTCCATCCTCTTCTGAACAGCCTAAGCCTGTGGTGG---CCACTAG 1736
Query 2138 TGGTCCCAAGGTTACGCCGCTTCAGCAGAAAAAAGCAGACACTCTTGAGCGGTTGAAGGA 2197
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TGGTTCCAAGGTTACGCCGCTTCAGCAGAAAAAAGCAGATACTCTTGAGCGGTTGAAGGA 1796
Query 2198 GACTCTTCGTAAAAAACAGGAAATGCTGGAGCAGAAGCGTAACGAGTACCGCAAAAAATT 2257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1797 GACTCTTCGTAAAAAACAGGAAATGCTGGAGCAGAAGCGTAACGAGTACCGGAAAAAATT 1856
Query 2258 GGCTACACTTGAAAAACAA 2276
||| |||||||||||||||
Sbjct 1857 GGCGACACTTGAAAAACAA 1875
Score = 1352 bits (732), Expect = 0.0
Identities = 811/850 (95%), Gaps = 2/850 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2277 GGTACTGTTGTCAAGAGG-GAGGAAGCAGATGAGCCAGATGCTAAGCGTGTTAAACTAGA 2335
||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1957 GGTACGGTTGTCAAG-GGCGAGGAAGTAGATGAGCCAGACGCTAAGCGTGTTAAAGTAGA 2015
Query 2336 CACAGCCTCTGATTCGGGAGCTGCAATTGCATCACCAAAAACAGAGTCATCGACAGATAA 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2016 CACAGCCTCTGATTCGGGAGCTGCAATTGCATCACCAAAACCAGAGTCATCGACAGATAA 2075
Query 2396 GAAAGTGCCTATCCTGAAACCACTTTCCACCGCCAAACTAAGCACAGAAACGCCATCACC 2455
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2076 GAAAGTGCCTATCCAGAAACCACTTTCCAGCGCCAAACTAAGCACAGAAATGCCATCACC 2135
Query 2456 CGATTCAAAAAACTTTAAGCAAAGACCATATTCGTTTACCACAAGTTTGAACGCTCCTAT 2515
||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2136 CGATTCAAAAAACTTGAAGCAAAGACCATATACGTTTACCACAAGTTTGAACACTCCTAT 2195
Query 2516 GGTAAATAGGTATAAGTTGGATAACCGCACCACGACCATCAAAGTGGTTCCTCCTTTGCC 2575
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2196 GGTAAATAGGTATAAGTTGGACAACCGCACCACGACCATCAAAGTGGTTCCCCCTTTGCC 2255
Query 2576 AACTGGGTTAGCTGATGTTGCTGTCGTAAAGGAACATTTTTCATCTTACGGCGAAGTCTC 2635
|||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2256 AACTGGCTTAGCTGATATTGCTGTCTTAAAGGAACATTTTTCTTCTTACGGCGAAGTCTC 2315
Query 2636 AAAAGTGGAACTGGAAGACAATGCATCGATTGATAGTGGCAAGGATCATGAAACACAGAA 2695
||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2316 AAAAGTGGAACTGCAAGACAATGCGTCGATTGGTAGTGGCAAGGACCATGAAACACAGAA 2375
Query 2696 CGAAAGCCGTGCAGCTTGTGTCACATTTGTGAAACGCAGCGCAGCAGAGAAAGCGTTTGC 2755
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2376 CGAAAACCGTGCAGCTTGTGTCACATTTGTGAAACGCAGCGCAGCAGAGAAAGCGTTTGC 2435
Query 2756 TAATGCAAAGTGTTGGCAAGAACACACGTTGCAGCTCGTGTGGGTAACACGTCAAAGCAA 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436 TAATGCAAAGTGTTGGCAAGAACACACGTTGCAGCTCGTGTGGGTAACACGTCAAAGCAA 2495
Query 2816 CAGAGAGAGCAACAATAACAATAACAATAGTAATAGTCTCTCTGTTTCTCGTGACAACCT 2875
|| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 2496 CAAAGAGAGCAATAATAACAATAACAATAGTAGTAGTCTCTCTGTTTCTCATGACCACCT 2555
Query 2876 TAGCAGCAAAAACAAGTGCGCTTCTGTCTCTAATGACCCAAAACCAGCAGTTGAAGTCAA 2935
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2556 TAGCAGCAAAAACAAGTGTGCTTCTGTCTCTAATGACCCAAAACCAGCAGTTGAAGTCAA 2615
Query 2936 GACCTCCTCTACGGAAGAACCAGAGAATACAAATGTTTCTGGAGACAACGACAGTACTTT 2995
| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2616 GGCCTCCTCTACAGAAGAACCAGAGACTACAAATGTTTCTGGAGACAACGACAGTACTTT 2675
Query 2996 GGATAAACAAGAGACCAAAGAAAGCGACAATGATAACAATAAAAGTAACCACGAGTCCAT 3055
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2676 GGATAAAAAAGAGACCAAAGAAAGCGACAATGATAACAATAAAAGTAACCACGAGTCCAT 2735
Query 3056 CGAAGGAGCTTCTGAGGTGATTGCAACTGCAGGAACTGATGAAGAACAATCTGAACAAAT 3115
|||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2736 GGAAGGAGCTTCTGATGCGATTGCAACTTCAGGAACTGATGAAGAACAGTCTGAACAAAT 2795
Query 3116 TCATCAGTGA 3125
||||||||||
Sbjct 2796 TCATCAGTGA 2805
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139366832326
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5