BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G27730.1
Length=3702
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936540 jgi|Araly1|936540|scaffold_500731.1 5430 0.0
> Ahg936540 jgi|Araly1|936540|scaffold_500731.1
Length=3436
Score = 5430 bits (2940), Expect = 0.0
Identities = 3282/3447 (95%), Gaps = 24/3447 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 133 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTCAAATCTGTCTCAGATTTGCCTGGAA 192
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTAAAATCCGTCTCAGATTTGCCTGGAA 63
Query 193 ATTTCCGTTCAGCTTTCAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGCGAGTGCTTTCCGC 252
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 64 ATTTCCGTTCAGCTTTTAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGTGAGTGTTTTCCAC 123
Query 253 TTTGCTTTCACTCCGATATCAACATGATTATTTCTGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACTG 312
| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 124 TGTGCTTCCACTCCGATATCAACATGGTTATTTCAGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACCG 183
Query 313 TACTTTTTGAGCTT-TGCATTTTGAGGCT-CTTCTCAAAGTCCATCTCTAAGGAAGGAAG 370
||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 184 TACTTTTTGAG-TTATGCATTTTGAGGCTCCTT-TCAAAGTCCATAGCTAAGGAAGGAA- 240
Query 371 T-TTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAACAGTTTACATATCTCCGTCTAAGGCTTTAG 429
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 241 TGTTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAGCAGTTTACATATCTCCGTCCAAGGCTTTAG 300
Query 430 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTCAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 489
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTTAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 360
Query 490 AGCTGACAGGTGATAATGAAACCTACAGCACTAA-GAATATACAAGACGCAGATATTATC 548
||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 361 AGCTGACTGGTGATAATGAAACCTACAGCAC-AAGGAATATACAAGACGCAGATATAATC 419
Query 549 TTGACCACACCTGAGAAATTTGATGCAGTAAGCCGTTATCGTGTTACCAGTGGAGGATTA 608
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 420 TTGACTACACCTGAGAAATTTGATGCAGTGAGCCGTTATCGCGTTACCAGTGGAGGCTTA 479
Query 609 GGTTTCTTCAGCGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 668
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GGTTTCTTCAGTGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 539
Query 669 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGATTAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 728
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGAATAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 599
Query 729 CTAAGGTCAAGTACTTTAGCCTCTGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 788
|||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CTAAGGTCAAGTCCTCTAGCCTCCGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 659
Query 789 ATTGAAGATCTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 848
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATTGAGGATTTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 719
Query 849 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACGAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 908
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACTAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 779
Query 909 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTCCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 968
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTTCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 839
Query 969 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 1028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 899
Query 1029 CTAGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAA 1088
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CTTGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAG 959
Query 1089 CTGGAACGATTAAGGGAGGCTTCGCCGATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1148
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CTGGAAAGATTAAGGGAGGCTTCGCCAATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1019
Query 1149 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1079
Query 1209 GGGCTCTTCCTGAATGGAGATATCCAAGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1268
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGGCTCTTCCTTAATGGAGATATCCAGGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1139
Query 1269 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTGGTCATTAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1328
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTCGTCATAAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1199
Query 1329 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACTCTACTACAGATGTCTGGCAGGGCTGGTCGG 1388
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACACTACTACAGATGTGTGGCAGGGCTGGTCGG 1259
Query 1389 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACGAGAAGAGAGACGGTCCATCTA 1448
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACCAGAAGAGAGACGGTCCATCTG 1319
Query 1449 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGCGAAGTTGTTGAGTCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1508
||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGTGAGGTTGTTGAATCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1379
Query 1509 GAGCACCTAACCGCAGAAATAGTGCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1568
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GAGCACCTAACCACAGAAATAGTTCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1439
Query 1569 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCGGAGAATTATGCTATT 1628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1440 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCAGAGAATTATGCTATT 1499
Query 1629 AAAAAAGGAATTCCTAAAGATCGGGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1688
|| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AAGAAAGGAATTCCGAAAGATCAAGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1559
Query 1689 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1619
Query 1749 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGAAACAATGAAGTAC 1808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1620 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGACACAATGAAGTAC 1679
Query 1809 ATTATTAATACGCCAACGAGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTATGTCATGCT 1868
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1680 ATTATTAATGCGCCAACGGGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTGTGTCGTGCT 1739
Query 1869 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1799
Query 1929 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1859
Query 1989 CGTATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTCTTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 2048
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 CGCATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTATTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 1919
Query 2049 CCTTCAGTCCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAACGGATCC 2108
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1920 CCTTCAGTGCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAATGGATCC 1979
Query 2109 AGAATAGCCAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACTCTT 2168
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1980 AGAATAGCGAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACGATT 2039
Query 2169 AGCTCAACTCTTCTTGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTCTGGGACGACAGTCCATATTTG 2228
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGCTCAACTCTTCTGGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTGTGGGACGACAGTCCATATTTG 2099
Query 2229 CTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACAGCTAAGGCACTTCATTCGATGGGAGTC 2288
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2100 TTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACTGCGAAGGCACTTCATTCAATGGGAGTC 2159
Query 2289 AGGTCATTTGAAGCTCTTGCAGAAGCTGATCCGCGAAGGATAGAGATTGTTACCGGCCGA 2348
|||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2160 AGGTCATTTGAAGCTCTTTCTGAAGCTGATCCACGAAGGATAGAGATTGTTACCGGTCGA 2219
Query 2349 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCACTACCTCCAAAAGTTGAA 2408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2220 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCCCTACCTCCAAAAGTTGAA 2279
Query 2409 ATCAAGGTCGAGGAAGTGGACTGTCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2468
||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 ATCAAGGTCCAGGAAGTTGACTGCCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2339
Query 2469 TCACGGGTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCACTACGCTGACTTGATTGTTGGT 2528
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||
Sbjct 2340 ACACGGCTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCATTATGCTGACATGATTGTTGGT 2399
Query 2529 TCAGAGGAAGAGAATCTTATCCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2588
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TCAGAGGAAGAGAATCGTATTCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2459
Query 2589 CCCTATAGCGTAACCGTACTCTTGGAAAGGCCTCATCAACAAACAAAGGTGACTGTGAAG 2648
|| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2460 CCATATAACGTAACCATACTCCTGGAAAGGCCTCATCAACAAGCAAAGGTGACTGTGAAG 2519
Query 2649 GCTGATCTCATCTTTGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCACGAAACACTTCTACTGAAG 2708
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2520 GCTGATCTCATCTTCGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCATGAAACACTTCTACTCAAG 2579
Query 2709 AAGGCAAACAACAACAAAGTAAATTACAAAAGCGAAAACAGGATGCCTCAGTATTATCCT 2768
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2580 AAGGCAAACAACAACAAAATAAACTACAAAAGCGAAAACAGGCTGCCTCACTATTATCCT 2639
Query 2769 CCTATGGCAAG-TGCCTGCATAGCAGATGATGACAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2827
||||||| | ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 CCTATGGTG-GCTGCCTGCGTAGTAGATGA---CAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2695
Query 2828 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAGCTCATCGATGATGATTCAGAAGA 2887
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2696 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAACTCATAGATGAGGATTCAGAAGA 2755
Query 2888 AGAGAAAGAGCCCTATGTGACAATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2947
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 AGAGAAAGAACCCTATGTGACGATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2815
Query 2948 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCTAAGTGTTTTCCTTCATTGAACCCTTTGAATCC 3007
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2816 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCAAAGTGTTTTCCTTCATTGAACACTTTGAATCC 2875
Query 3008 AACCTCCTCTCCAGCATCAGGAAAATCAATTCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGAGAATAA 3067
||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2876 GACCACCTCTCCGGCATCAGGAAAATCAAATCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGACAAG-- 2933
Query 3068 TTCTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTGTTTGACTTACCTACAAATAC 3127
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2934 T-CTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTCTTTGACTTACCTACAAATAC 2992
Query 3128 TAAAGACATCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTA-GCCCGGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3186
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 TAAAGACGTCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTAAGCC-GGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3051
Query 3187 AGAAAACTGAAACAGAAAGACCATTCTCAGATGAAACAATATTTAACTACATAAGGAAAA 3246
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3052 AGAAAACTGAAACAGAAAGGCCATTCTCAGATGAAACAATATTCAACTACATAAGGAAAA 3111
Query 3247 GGTCCAAGAATTCTCCGG-CACTCGCCACATCGAAAA-TCGAGAATCCTATAACCATTTC 3304
||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3112 GGTCCAAGAATTCCCCGGTC-CTCGCCACATC-AAAACTCGAGGATCCCATAACCATTTC 3169
Query 3305 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGCCCGTATAGAACATATGGATTATTGGTTAG 3364
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||
Sbjct 3170 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGTCCGTATAGAGCTTACGGATTATTGGTTAG 3229
Query 3365 CCCTGCTACTAAAATTCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTCTGTCCTTTGA 3424
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 3230 TCCTGCTACTAAAAAGCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTTTGCCCTTTGA 3289
Query 3425 TATCTCGATGGTAAAGAGAAGTGACACGAGCTTAGAGCAG-ACTAAAGGATTCTGCTCGA 3483
|||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| | |||| | |||||||||
Sbjct 3290 TATCTCGATGGTGAAGAGAAGTGGCACGAACTTAGAGCAGGAGAAAAG-ACTCTGCTCGA 3348
Query 3484 CACTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGCATCTTCTCTT 3543
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3349 CATTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGTATCTTCTCTT 3408
Query 3544 TTCTGTGACTTTCTCATATACATGCCA 3570
||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 3409 TTCTGTGACTTTCGCATATACATACCA 3435
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139861580775
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5