BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G27730.1 Length=3702 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg936540 jgi|Araly1|936540|scaffold_500731.1 5430 0.0 > Ahg936540 jgi|Araly1|936540|scaffold_500731.1 Length=3436 Score = 5430 bits (2940), Expect = 0.0 Identities = 3282/3447 (95%), Gaps = 24/3447 (1%) Strand=Plus/Plus Query 133 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTCAAATCTGTCTCAGATTTGCCTGGAA 192 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 4 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTAAAATCCGTCTCAGATTTGCCTGGAA 63 Query 193 ATTTCCGTTCAGCTTTCAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGCGAGTGCTTTCCGC 252 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | Sbjct 64 ATTTCCGTTCAGCTTTTAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGTGAGTGTTTTCCAC 123 Query 253 TTTGCTTTCACTCCGATATCAACATGATTATTTCTGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACTG 312 | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 124 TGTGCTTCCACTCCGATATCAACATGGTTATTTCAGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACCG 183 Query 313 TACTTTTTGAGCTT-TGCATTTTGAGGCT-CTTCTCAAAGTCCATCTCTAAGGAAGGAAG 370 ||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 184 TACTTTTTGAG-TTATGCATTTTGAGGCTCCTT-TCAAAGTCCATAGCTAAGGAAGGAA- 240 Query 371 T-TTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAACAGTTTACATATCTCCGTCTAAGGCTTTAG 429 | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 241 TGTTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAGCAGTTTACATATCTCCGTCCAAGGCTTTAG 300 Query 430 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTCAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 489 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTTAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 360 Query 490 AGCTGACAGGTGATAATGAAACCTACAGCACTAA-GAATATACAAGACGCAGATATTATC 548 ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 361 AGCTGACTGGTGATAATGAAACCTACAGCAC-AAGGAATATACAAGACGCAGATATAATC 419 Query 549 TTGACCACACCTGAGAAATTTGATGCAGTAAGCCGTTATCGTGTTACCAGTGGAGGATTA 608 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 420 TTGACTACACCTGAGAAATTTGATGCAGTGAGCCGTTATCGCGTTACCAGTGGAGGCTTA 479 Query 609 GGTTTCTTCAGCGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 668 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 GGTTTCTTCAGTGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 539 Query 669 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGATTAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 728 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGAATAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 599 Query 729 CTAAGGTCAAGTACTTTAGCCTCTGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 788 |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 CTAAGGTCAAGTCCTCTAGCCTCCGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 659 Query 789 ATTGAAGATCTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 848 ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 ATTGAGGATTTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 719 Query 849 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACGAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 908 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACTAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 779 Query 909 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTCCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 968 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTTCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 839 Query 969 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 1028 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 899 Query 1029 CTAGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAA 1088 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 CTTGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAG 959 Query 1089 CTGGAACGATTAAGGGAGGCTTCGCCGATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1148 |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CTGGAAAGATTAAGGGAGGCTTCGCCAATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1019 Query 1149 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1208 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1079 Query 1209 GGGCTCTTCCTGAATGGAGATATCCAAGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1268 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 GGGCTCTTCCTTAATGGAGATATCCAGGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1139 Query 1269 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTGGTCATTAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1328 ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTCGTCATAAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1199 Query 1329 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACTCTACTACAGATGTCTGGCAGGGCTGGTCGG 1388 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1200 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACACTACTACAGATGTGTGGCAGGGCTGGTCGG 1259 Query 1389 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACGAGAAGAGAGACGGTCCATCTA 1448 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1260 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACCAGAAGAGAGACGGTCCATCTG 1319 Query 1449 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGCGAAGTTGTTGAGTCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1508 ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGTGAGGTTGTTGAATCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1379 Query 1509 GAGCACCTAACCGCAGAAATAGTGCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1568 |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 GAGCACCTAACCACAGAAATAGTTCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1439 Query 1569 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCGGAGAATTATGCTATT 1628 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1440 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCAGAGAATTATGCTATT 1499 Query 1629 AAAAAAGGAATTCCTAAAGATCGGGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1688 || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 AAGAAAGGAATTCCGAAAGATCAAGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1559 Query 1689 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1748 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1619 Query 1749 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGAAACAATGAAGTAC 1808 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1620 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGACACAATGAAGTAC 1679 Query 1809 ATTATTAATACGCCAACGAGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTATGTCATGCT 1868 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1680 ATTATTAATGCGCCAACGGGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTGTGTCGTGCT 1739 Query 1869 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1928 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1799 Query 1929 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1988 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1859 Query 1989 CGTATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTCTTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 2048 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 CGCATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTATTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 1919 Query 2049 CCTTCAGTCCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAACGGATCC 2108 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1920 CCTTCAGTGCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAATGGATCC 1979 Query 2109 AGAATAGCCAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACTCTT 2168 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1980 AGAATAGCGAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACGATT 2039 Query 2169 AGCTCAACTCTTCTTGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTCTGGGACGACAGTCCATATTTG 2228 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 AGCTCAACTCTTCTGGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTGTGGGACGACAGTCCATATTTG 2099 Query 2229 CTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACAGCTAAGGCACTTCATTCGATGGGAGTC 2288 ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2100 TTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACTGCGAAGGCACTTCATTCAATGGGAGTC 2159 Query 2289 AGGTCATTTGAAGCTCTTGCAGAAGCTGATCCGCGAAGGATAGAGATTGTTACCGGCCGA 2348 |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2160 AGGTCATTTGAAGCTCTTTCTGAAGCTGATCCACGAAGGATAGAGATTGTTACCGGTCGA 2219 Query 2349 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCACTACCTCCAAAAGTTGAA 2408 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2220 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCCCTACCTCCAAAAGTTGAA 2279 Query 2409 ATCAAGGTCGAGGAAGTGGACTGTCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2468 ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2280 ATCAAGGTCCAGGAAGTTGACTGCCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2339 Query 2469 TCACGGGTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCACTACGCTGACTTGATTGTTGGT 2528 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| Sbjct 2340 ACACGGCTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCATTATGCTGACATGATTGTTGGT 2399 Query 2529 TCAGAGGAAGAGAATCTTATCCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2588 |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 TCAGAGGAAGAGAATCGTATTCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2459 Query 2589 CCCTATAGCGTAACCGTACTCTTGGAAAGGCCTCATCAACAAACAAAGGTGACTGTGAAG 2648 || |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2460 CCATATAACGTAACCATACTCCTGGAAAGGCCTCATCAACAAGCAAAGGTGACTGTGAAG 2519 Query 2649 GCTGATCTCATCTTTGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCACGAAACACTTCTACTGAAG 2708 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 2520 GCTGATCTCATCTTCGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCATGAAACACTTCTACTCAAG 2579 Query 2709 AAGGCAAACAACAACAAAGTAAATTACAAAAGCGAAAACAGGATGCCTCAGTATTATCCT 2768 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 2580 AAGGCAAACAACAACAAAATAAACTACAAAAGCGAAAACAGGCTGCCTCACTATTATCCT 2639 Query 2769 CCTATGGCAAG-TGCCTGCATAGCAGATGATGACAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2827 ||||||| | ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2640 CCTATGGTG-GCTGCCTGCGTAGTAGATGA---CAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2695 Query 2828 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAGCTCATCGATGATGATTCAGAAGA 2887 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 2696 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAACTCATAGATGAGGATTCAGAAGA 2755 Query 2888 AGAGAAAGAGCCCTATGTGACAATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2947 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2756 AGAGAAAGAACCCTATGTGACGATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2815 Query 2948 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCTAAGTGTTTTCCTTCATTGAACCCTTTGAATCC 3007 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2816 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCAAAGTGTTTTCCTTCATTGAACACTTTGAATCC 2875 Query 3008 AACCTCCTCTCCAGCATCAGGAAAATCAATTCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGAGAATAA 3067 ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2876 GACCACCTCTCCGGCATCAGGAAAATCAAATCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGACAAG-- 2933 Query 3068 TTCTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTGTTTGACTTACCTACAAATAC 3127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2934 T-CTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTCTTTGACTTACCTACAAATAC 2992 Query 3128 TAAAGACATCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTA-GCCCGGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3186 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2993 TAAAGACGTCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTAAGCC-GGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3051 Query 3187 AGAAAACTGAAACAGAAAGACCATTCTCAGATGAAACAATATTTAACTACATAAGGAAAA 3246 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 3052 AGAAAACTGAAACAGAAAGGCCATTCTCAGATGAAACAATATTCAACTACATAAGGAAAA 3111 Query 3247 GGTCCAAGAATTCTCCGG-CACTCGCCACATCGAAAA-TCGAGAATCCTATAACCATTTC 3304 ||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||| Sbjct 3112 GGTCCAAGAATTCCCCGGTC-CTCGCCACATC-AAAACTCGAGGATCCCATAACCATTTC 3169 Query 3305 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGCCCGTATAGAACATATGGATTATTGGTTAG 3364 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| Sbjct 3170 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGTCCGTATAGAGCTTACGGATTATTGGTTAG 3229 Query 3365 CCCTGCTACTAAAATTCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTCTGTCCTTTGA 3424 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 3230 TCCTGCTACTAAAAAGCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTTTGCCCTTTGA 3289 Query 3425 TATCTCGATGGTAAAGAGAAGTGACACGAGCTTAGAGCAG-ACTAAAGGATTCTGCTCGA 3483 |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| | |||| | ||||||||| Sbjct 3290 TATCTCGATGGTGAAGAGAAGTGGCACGAACTTAGAGCAGGAGAAAAG-ACTCTGCTCGA 3348 Query 3484 CACTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGCATCTTCTCTT 3543 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3349 CATTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGTATCTTCTCTT 3408 Query 3544 TTCTGTGACTTTCTCATATACATGCCA 3570 ||||||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 3409 TTCTGTGACTTTCGCATATACATACCA 3435 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 139861580775 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5