BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G28430.1
Length=3286
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936615 jgi|Araly1|936615|scaffold_500806.1 4172 0.0
> Ahg936615 jgi|Araly1|936615|scaffold_500806.1
Length=2550
Score = 4172 bits (2259), Expect = 0.0
Identities = 2456/2552 (96%), Gaps = 9/2552 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 344 AGGATTGA-TTTAAACAATCATGTGGCTTTCCTTCTTAAGACCCAGAGATCGATTCTCCT 402
|||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGGATTGATTTTTAACAATCATGTGGCTTTCCTTCTTAAGACCCAGAGATCGATTCTCCT 60
Query 403 TAGCCGAACTCAGGTATTTGACTGACCAGCTGAGAAAGATTCAGATAGTAAACGAGGCTA 462
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 61 TAGCCGAACTCAGGTATCTGACTGACCAGCTGAGAAAGATTCAGATAGTGAACGATGCTA 120
Query 463 ATAAGGATCTCGTTATCGAGGCACTGAGATCGATTGCGGAGATATTAACTTATGGGGATC 522
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 ATAAGGATCTCGTTGTCGAGGCACTGAGATCGATTGCGGAGATATTAACTTATGGTGATC 180
Query 523 AGCATGACCCCTTATTCTTTGAATTTTTTATGGAGAAACAAGTAATGGGAGAGTTTGTAC 582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGCATGACCCCTTATTCTTTGAATTTTTTATGGAGAAACAAGTAATGGGAGAGTTTGTAC 240
Query 583 GTATTTTGAGGGTTAGCAAGACAGTAACAGTTTCTGTCCAGTTGTTGCAAACCATGAGTA 642
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTATTTTGAGGGTTAGCAAGACGGTAACAGTTTCCGTACAGTTGTTGCAAACCATGAGTA 300
Query 643 TAATGATCCAAAACCTAAAAAGTGAACAAGCCATCTATTACTTGTTCAGTAACGAATATG 702
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTATGATCCAAAACCTAAAAAGTGAACAAGCCATCTATTACTTGTTCAGTAACGAATATG 360
Query 703 TAAACTATTTGATAACATATACATTTGACTTCCAACACGAAGAGCTTCTATCTTACTACA 762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TAAACTATTTGATAACATATACATTTGACTTCCAACACGAAGAGCTTCTATCTTACTACA 420
Query 763 TATCCTTCTTAAGAGCTGTTAGTGGGAAGCTGAACAAGCATACAATATCGTTGCTTTTGA 822
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 421 TATCCTTCTTAAGAGCTGTTAGTGGGAAGCTAAACAAGCATACAATATCATTGCTTTTGA 480
Query 823 AGACCGAGAACGATGTAGTAGTTTCTTTCCCCCTTTATGTCGAAGGCATACAATTTGCAT 882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGACCGAGAACGATGTAGTAGTTTCTTTCCCCCTTTATGTCGAAGGCATACAATTTGCAT 540
Query 883 TTCATGAAGAGAACATGATACGCACTGCAGTTCGTGCCCTGACTCTTAATGTATATCACG 942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTCATGAAGAGAACATGATACGCACTGCAGTTCGTGCCCTGACTCTTAATGTATATCACG 600
Query 943 TTGGCGATGAATCTGTGAATGATTATGTAGTTAGTCCACCGCACACCGAGTACTTTTCAA 1002
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTGGCGATGAATCTGTGAATGATTATGTAGTTAGTCCACCGCACACCGAGTACTTTTCAA 660
Query 1003 AATTAATTTCATTTTTCCAAAAGCAATGCATGGATCTAAGTGCAATGGTCTTGAACACTC 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 661 AATTAATTTCATTTTTCCAAAAGCAATGCATGGATCTAAGTGCAATGGTGTTGAACACTC 720
Query 1063 TAAAAAGCCCATCTCCGGATTCAGGTGGAAAATTGTTTTCTGCCGTTGATGGGATTGAGG 1122
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TAAAGAGCCCATCTCCGGATTCAGGTGGAAAATTGTTTTCTGCCGTTGATGGGATTGAGG 780
Query 1123 ACACCTTGTACTACTTTAGTGATGTTATCTCTGCTGGCATACCTGATATCGGGAGGCTGA 1182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 781 ACACCTTGTACTACTTTAGTGATGTTATCTCTGCTGGCATACCTGACATCGGGAGGCTGA 840
Query 1183 TAACAGATCACATTCTGCAGCATCTAACTCTCCCACTTCTTCTCCCGTCTTTATGCTCCG 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TAACAGATCACATTCTGCAGCATCTAACTCTCCCACTTCTTCTCCCGTCTTTATGCTCCG 900
Query 1243 AGGCTGTAAATGACATATCAGTTGATCCTGTCACTTCTCTTTATCTGCTTTCATGCATCC 1302
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 901 AGGCTGTAAATGATATGTCAGTTGATCCTGTCACTTCTCTCTACCTGCTTTCTTGCATCC 960
Query 1303 TGCGGATAGTTAAAATCAAAGATTTGGCAAATATGACTGCTGCTACTCTTTTCTGCCCTG 1362
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGCGGATAGTTAAAATTAAAGATTTGGCAAATATGACTGCTGCTACTCTTTTCTGCCCTG 1020
Query 1363 TAAAAGCATTCATTTCAAGTTCCCTAGTGAAACCTAATAGCAGCTTGGCTCCTGAAGGCC 1422
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1021 TAAAAGCATTCATTTCAAGTTCCCTGGTGAAACCTAATAACAGCTTGGCTCCTGAACTCC 1080
Query 1423 TTACATATGTAAATGGGCATCCAGACAAGGGTGTTACTGAGGAGGCAAATCAACAGTGTT 1482
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 TTACATATGGAAATGGGCATCCAGACAAGGGTGTTGCTGAGGAGGCAGATCAACAGTGTT 1140
Query 1483 CAAGCACTGCGGCAGGCATGAGTGACGATGGAAATTCCCAC-TTATGCAGTGAAGATACT 1541
|||||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||| || ||||||||| |||||
Sbjct 1141 CAAGCACT---GCAGTCATGAGTGAGGATGGAAAGTCTCACGTT-TGCAGTGAAAATACT 1196
Query 1542 CCGAAAAGTATCTTCAACAATTCTCATATGACGTTTAGGGAGACTTTACTTCAATATATT 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1197 CCGAAAAGTATCTTCAACAATTCTCATATGACGTTTAGGGAGACTTTACTTCAGTATATT 1256
Query 1602 TCTGAAGGAGATGATGTACAAGCTCAGGGTTCCTTGTTTGTGCTAGCCACTCTGCTGCAG 1661
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1257 TCTGAGGGAGATGATGTACAAGCTCAGGGTTCCTTGTTTGTGCTAGCCACTTTGCTGCAG 1316
Query 1662 ACAAAAGAACTTGAAGAGTCAATGCTAGATGCTTTTGGCATTCTTCCTCAGCGTAAGCAG 1721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 ACAAAAGAACTTGAAGAGTCAATGCTAGATGCTTTTGGTATTCTTCCTCAGCGTAAGCAG 1376
Query 1722 CACAAAAAACTTTTGCTGCAATCTTTGGTTGGGGAGGACACTGGTGAAGAACAACTATTT 1781
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1377 CACAAAAAACTTTTGCTGCAATCTTTGGTTGGGGAGGACACTGGTGAAGAACAACTTTTT 1436
Query 1782 TCACCGCGAAATGGTTCCATGAGAGATGGCTTAAGTAGTGAACTTGATTGGTATCTACGG 1841
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TCACCGCGAAATGGTTCAATGAGAGATGGCTTAAGTAGTGAACTTGATTGGTATCTACGG 1496
Query 1842 AGGTTGGAGGAGCAGTTTGGAGTGTGCTGTTCATTGCCTGGGGCTGCAAGGTGCCCCCGT 1901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 AGGTTGGAGGAGCAGTTTGGAGTGTGCTGTTCATTGCCTGGGGCTGCAAGGTGCCCCCGT 1556
Query 1902 GTACATAGACATCAGGTGGTGGATACATTGGTCACTCTTCTCTGCCGAGAAAACATATCT 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GTACATAGACATCAGGTGGTGGATACATTGGTCACTCTTCTCTGCCGAGAAAACATATCT 1616
Query 1962 GCAGAAACATTATGGGATGGAGGATGGCTTTTACGCCAATTGCTTCCTTATAGTGAGGCA 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1617 GCAGAAACATTATGGGATGGAGGATGGCTTTTACGCCAATTGCTTCCTTATAGCGAGGCA 1676
Query 2022 GAATTTAATCGTAAACATCTCAAGATGCTGAATGTTTCGTATGAGAAATGCAAAAATTCC 2081
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1677 GAATTTAATCGCAAACATCTCAAGATGCTGAATGTTTCGTATGAGAAATGCAAAAGTGCC 1736
Query 2082 CTTACCAGGGAAATTAAAGGTATCTGGCCTGATCTACTCATCAGGGTACTGCTTGATGAG 2141
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1737 CTTACCCGGGAAATTAAAGGTACCTGGCCTGATCTACTTATCACAGTACTGCTTGATGAG 1796
Query 2142 TGGAGAAAGTGCAAAAGAGTAATCGAAGCTCCATCCCCTCAAAAAGAGCCTAAATCTGTT 2201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TGGAGAAAGTGCAAAAGAGTAATCGAAGCTCCATCCCCTCAAAAAGAGCCTAAATCTGTT 1856
Query 2202 CTTCTTCAGCTGGATAGATCCTCTTCTAATGATAACTCTGTTAGCGAATCATCATTCACA 2261
||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CTTCTCCAGCTGGATAGATCCTCTTCTAATGATG-CT--GTTAGCGAATCATCATTCACA 1913
Query 2262 GCTGGTGAAAGAATGTGCGAGGTGGTAAAGGTTTTCGTGCTTCTTCATCAACTCCAAATT 2321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 GCTGGTGAAAGAATGTGCGAGGTGGTAAAGGTTTTCGTGCTTCTTCATCAACTCCAAATT 1973
Query 2322 TTCTCGCTCGGTAGGTCCTTACCCGAGCAGCCGCCTATTTATCCTCCAGCCGACCGATCT 2381
||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 1974 TTCTCGCTCGGTAGGCCCTTACCCGAGCAGCCTCCGATTCACCCTCCAGCCAACCGATCT 2033
Query 2382 GAAACTTCTCGTGCCACAAGAGCTGGTCTGGATGTATCAGTCCCCAAACCTGGCACCGAA 2441
||||| ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 GAAACGTCTCGTGCCACAATTGCTGGTTTGGATGTTTCAGTCCCCAAACCTGGCACCGAA 2093
Query 2442 CTGAAGCTAGTTGATGCTGTACCCTGTAGGATTGCCTTTGAAAGAGGCAAGGAACGAGAT 2501
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2094 CTGAAGCTAGTTGATGCTGTACCCTGTAGGATTGCCTTTGAAAGAGGCAAGGAACGTGAT 2153
Query 2502 TTCTCATTTCTAGCATTATCATCCGGTGAGTCTGGATGGATTGTCCTTGCTGATCCAGAT 2561
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2154 TTCTCGTTTCTAGCATTATCATCTGGTGAGTCTGGGTGGATTGTCCTTGCTGATCCAGAT 2213
Query 2562 AATGGAATCGTCCGTGTAACGGCACCTTTAGCCGGCTGCAAACCCCGAATAGATGAAAAG 2621
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2214 AACGGAATCGTCCGTGTAACCGCACCTTTAGCCGGCTGCAAACCCCGAATTGACGAAAAG 2273
Query 2622 CACCCGAGATGGCTACACTTGAGAATCCGACCATCTACATTACCGTTGTTGGATCCAACA 2681
||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 CACCCCAAATGGCTACACTTGAGAATTCGACCATCTACATTACCGTTGTTGGATCCAACA 2333
Query 2682 AAGCGAGGAGTCTATGAGAAGCTCAAGTCCAAAGGTCTAGTAGATGGGAGATGGATATTA 2741
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2334 AAGCGAGGAGTCTATGAGAAGCTCATGTCTAAAGGTCTAGTAGACGGGAGATGGATATTA 2393
Query 2742 GCATTCAGGGACGATGAATCTTGCCACTCTGCTTACTCAATGGTTGCAGGTGAGATCGAT 2801
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 GCATTCAGGGATGATGAATCTTGCCTCTCTGCTTACTCAATGGTTGCAGGTGAGATCGAT 2453
Query 2802 CTACAATGCAGCGAGGTAGAAAGAAGGTTAAGGCCATTGTTTGACCTTGAAAGAAACCAG 2861
| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2454 CAACAATGCAGCGAGGTAGAACGAAGACTAAGGCCATTGTTTGACCTAGAACGAAACCAA 2513
Query 2862 CTAGAAGATCAATGAAACATCATACTGCCGAT 2893
| |||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2514 CAAGAAGATCAATGAAACATCACACTTCCGAT 2545
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124029630407
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5