BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G28860.1
Length=4228
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484657 jgi|Araly1|484657|fgenesh2_kg.5__649__AT3G28860.1 6577 0.0
> Ahg484657 jgi|Araly1|484657|fgenesh2_kg.5__649__AT3G28860.1
Length=4151
Score = 6577 bits (3561), Expect = 0.0
Identities = 3982/4183 (95%), Gaps = 38/4183 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 tctcACCACTTCAAAACAAGACACTCGTAAAAGAGTTCTTGAACTTCACAAAACAATTGT 81
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1 TCTCATCACTTCAAAACAAGACACTCGTAGAAGAGTTCTTGAACTTCAC--AA-AA---- 53
Query 82 CAGATTTTCAAGAAAAACTTTATAAAACAAAAAACATTTCATTCTTtctctctctctctc 141
|| |||||||||||||||||| | |||| ||||| | || | ||| | ||||||||||
Sbjct 54 CA-ATTTTCAAGAAAAACTTT-TTAAAC-AAAAA-A---CA-T-TTTAT-TCTCTCTCTC 103
Query 142 tcACTGCTCAATGATCTCGTTTTCTCACTAAACCAACTCGTTTCTTCTTACTTTCTTTAA 201
| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 104 T--CTGCTCAATGATCTCGTTTTCTCACTGAGCCAACTCGTTTCTTCTTTCTTTCTTTAA 161
Query 202 CTCGGATCTACAAAAAACCATGTCGGAAACTAACACAACCGATGCCAAGACTGTTCCAGC 261
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 162 CTCGGATCT--AAAAAACCATGTCGGAACCTAACACGACCGATGCCAAGACTGTTCCGGC 219
Query 262 AGAAGCAGAGAAGAAGAAAGAACAGAGTTTACCATTCTTTAAACTCTTTTCTTTCGCTGA 321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 220 AGAAGCAGAGAAGAAGAAAGAACAGAGTTTACCATTCTTTAAACTCTTCTCTTTCGCTGA 279
Query 322 TAAATTTGATTATCTCTTAATGTTCGTTGGTTCTCTTGGTGCCATTGTTCATGGCTCTTC 381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 TAAATTTGATTATCTCTTAATGTTCGTTGGTTCTCTTGGTGCCATTGTTCATGGCTCTTC 339
Query 382 CATGCCTGTCTTCTTTTTACTCTTTGGTCAAATGGTTAATGGATTTGGTAAAAACCAAAT 441
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 340 CATGCCTGTCTTTTTTTTACTGTTTGGTCAAATGGTTAATGGATTTGGTAAAAACCAAAT 399
Query 442 GGATTTACATCAAATGGTTCATGAAGTCTCTAGATATTCTCTATATTTCGTCTACTTGGG 501
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 400 GGATTTACATCAAATGGTTCATGAAGTCTCAAAATATTCTCTGTATTTCGTCTACTTGGG 459
Query 502 TTTGGTCGTTTGCTTCTCTTCTTACGCAGAGATAGCATGTTGGATGTATTCTGGAGAAAG 561
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 460 TTTGGTCGTTTGCTTCTCTTCATACGCAGAGATAGCATGTTGGATGTATTCTGGAGAAAG 519
Query 562 ACAAGTAGCAGCATTAAGGAAGAAATATCTTGAAGCAGTATTAAAACAAGACGTTGGGTT 621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 520 ACAAGTAGCAGCATTAAGGAAGAAATATCTTGAAGCAGTATTAAAACAAGACGTTGGGTT 579
Query 622 CTTTGATACTGATGCTAGAACTGGTGACATTGTCTTTAGTGTTTCTACTGATACTCTTCT 681
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 CTTTGATACTGATGCAAGAACTGGTGACATTGTCTTTAGTGTTTCTACTGATACTCTTCT 639
Query 682 TGTTCAAGATGCCATTAGTGAAAAGGTTGGAAACTTTATACATTACCTCTCAACATTTTT 741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 640 TGTTCAAGATGCCATTAGTGAAAAGGTTGGAAACTTTATACATTACCTATCAACATTTTT 699
Query 742 GGCGGGATTAGTAGTTGGATTTGTATCAGCATGGAAATTAGCTTTGTTAAGTGTTGCTGT 801
||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 700 GGCGGGACTAGTCGTTGGATTTGTATCAGCATGGAAATTAGCTTTGTTAAGTGTTGCGGT 759
Query 802 GATTCCCGGAATCGCTTTCGCCGGAGGTTTATACGCTTATACACTCACCGGAATTACTTC 861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 760 GATTCCCGGAATCGCTTTCGCCGGAGGTTTATACGCTTATACACTCACCGGAATTACTTC 819
Query 862 AAAGAGCCGTGAATCTTATGCTAACGCCGGTGTTATCGCCGAGCAGGCAATTGCTCAAGT 921
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 AAAGAGCCGTGAATCTTATGCTAACGCCGGCGTTATCGCCGAGCAGGCAATTGCTCAAGT 879
Query 922 TCGAACTGTTTATTCTTATGTTGGAGAGAGTAAGGCACTTAATGCGTATTCGGATGCGAT 981
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 880 TCGAACTGTTTACTCTTATGTTGGAGAGAGTAAGGCACTTAGTTCGTATTCGGATGCGAT 939
Query 982 TCAGTATACGCTTAAGCTCGGTTATAAAGCGGGGATGGCTAAAGGGTTGGGTTTAGGATG 1041
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 940 TCAGTATACGCTTAAGCTCGGTTATAAAGCTGGGATGGCTAAAGGATTGGGTTTAGGATG 999
Query 1042 TACTTATGGAATAGCTTGTATGTCATGGGCTTTGGTGTTTTGGTATGCTGGAGTTTTTAT 1101
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1000 TACTTATGGAATAGCTTGTATGTCATGGGCTTTGGTGTTTTGGTATGCCGGGGTTTTTAT 1059
Query 1102 TCGGAATGGACAAACCGATGGAGGAAAGGCGTTTACTGCTATATTCTCTGCTATTGTTGG 1161
||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1060 TCGGAATGGGCAGACCGATGGAGGAAAGGCGTTTACGGCTATATTCTCTGCCATTGTTGG 1119
Query 1162 TGGAATGAGTTTGGGGCAATCTTTCTCGAATCTTGGGGCGTTTAGTAAAGGTAAAGCGGC 1221
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 TGGAATGAGTTTGGGACAATCTTTCTCCAATCTTGGGGCTTTTAGTAAAGGTAAAGCGGC 1179
Query 1222 TGGTTATAAGTTGATGGAGATAATTAACCAGAGACCGACGATAATTCAAGACCCGTTGGA 1281
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1180 TGGTTACAAGCTGATGGAGATAATTAACCAGAGACCGACGATAATTCAAGACCCGTTAGA 1239
Query 1282 TGGAAAATGTTTGGATCAAGTTCATGGGAACATTGAGTTTAAAGATGTGACTTTTAGCTA 1341
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240 CGGAAAATGCTTGGATCAAGTTCATGGGAACATTGAGTTTAAAGATGTGACTTTTAGCTA 1299
Query 1342 TCCTTCACGGCCTGATGTTATGATCTTCAGGAACTTTAATATTTTCTTCCCTTCTGGGAA 1401
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1300 TCCTTCACGGCCTGATGTTATGATATTCAGAAACTTTAATATTTTCTTTCCTTCTGGGAA 1359
Query 1402 AACTGTGGCGGTTGTTGGTGGGAGTGGCTCTGGAAAGAGTACTGTTGTTTCCCTCATTGA 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 AACTGTGGCGGTTGTTGGTGGGAGTGGCTCTGGAAAGAGTACTGTTGTTTCCCTCATTGA 1419
Query 1462 GAGATTCTATGATCCAAACAGCGGGCAAATTCTGTTGGATGGTGTTGAGATAAAGACGCT 1521
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1420 GAGATTCTACGATCCAAACAGCGGGCAAATTCTGTTGGATGGTGTTGAAATAAAGACTCT 1479
Query 1522 TCAGTTGAAGTTTTTGCGTGAACAAATCGGGCTTGTGAATCAAGAACCTGCGCTCTTTGC 1581
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1480 TCAGTTGAAGTTTTTGCGCGAACAAATCGGGCTTGTGAATCAAGAACCAGCTCTGTTTGC 1539
Query 1582 CACTACTATACTAGAGAACATACTCTATGGAAAGCCTGATGCAACAATGGTTGAAGTTGA 1641
||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1540 CACCACCATACTTGAGAACATACTCTACGGAAAGCCTGATGCAACAATGGTTGAAGTTGA 1599
Query 1642 AGCTGCTGCTTCCGCTGCGAATGCGCATAGTTTCATTACATTACTTCCTAAAGGCTACGA 1701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1600 AGCTGCTGCTTCCGCTGCGAATGCGCATAGTTTCATTACATTGCTTCCTAAAGGTTATGA 1659
Query 1702 CACACAGGTTGGAGAACGTGGTGTTCAACTCTCAGGTGGACAGAAGCAGAGAATTGCAAT 1761
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1660 CACACAGGTTGGAGAACGTGGAGTTCAACTATCAGGTGGACAGAAACAGAGAATTGCAAT 1719
Query 1762 TGCTAGGGCGATGTTGAAAGACCCAAAGATTCTGTTACTAGATGAAGCTACAAGCGCTCT 1821
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1720 TGCTAGGGCAATGTTGAAAGACCCAAAGATTCTGTTACTAGATGAAGCTACAAGTGCTCT 1779
Query 1822 TGATGCTAGCTCTGAGAGCATTGTTCAGGAAGCTTTAGACAGAGTCATGGTGGGGAGGAC 1881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1780 TGATGCTAGCTCTGAGAGCATTGTTCAGGAAGCTTTAGACAGAGTCATGGTAGGCAGGAC 1839
Query 1882 CACTGTTGTTGTTGCTCATCGTCTCTGCACCATCAGAAATGTTGATTCCATTGCCGTGAT 1941
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1840 CACTGTGGTTGTTGCTCATCGTCTCTGCACCATCAGAAATGTTGATTCCATTGCCGTGAT 1899
Query 1942 ACAGCAAGGCCAAGTTGTTGAAACCGGAACACATGAAGAACTCATTGCCAAATCCGGTGC 2001
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 ACAACAAGGCCAAGTTGTTGAAACCGGAACACATGAAGAACTCATTGCCAAATCCGGTGC 1959
Query 2002 TTACGCATCCCTCATCAGGTTTCAGGAAATGGTTGGTACTCGAGATTTCTCAAACCCGTC 2061
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1960 TTACGCATCCCTCATCAGGTTTCAAGAAATGGTTGGTACTCGAGATTTCTCAAATCCGTC 2019
Query 2062 AACTCGTCGCACTCGTTCAACCCGTTTGAGCCATTCACTGTCAACGAAATCACTCAGTTT 2121
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2020 AACTCGTCGCACTCGTTCAACCCGTTTGAGCCATTCTCTGTCAACAAAATCACTCAGTTT 2079
Query 2122 AAGATCAGGAAGTTTGAGGAATCTGAGCTATTCTTACAGCACTGGAGCTGATGGTCGGAT 2181
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 AAGATCAGGAAGTTTGAGGAATCTGAGCTATTCGTACAGCACTGGAGCTGATGGTCGGAT 2139
Query 2182 AGAGATGATTTCAAATGCAGAGACTGACCGAAAGACTCGTGCCCCTGAAAATTACTTCTA 2241
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2140 AGAGATGATTTCAAATGCAGAGACGGACCGAAAGACTCGCGCCCCTGAAAATTACTTCTA 2199
Query 2242 CAGGCTTCTCAAGCTTAATTCACCGGAATGGCCTTACTCAATCATGGGAG-CAGTAGGCT 2300
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | ||||
Sbjct 2200 CAGGCTTCTCAAGCTTAATTCACCTGAATGGCCTTACTCCATCATGGGAGCCA-TTGGCT 2258
Query 2301 CAATTCTTTCTGGTTTCATTGGTCCTACATTTGCTATTGTGATGAGCAACATGATCGAAG 2360
| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2259 CGATTCTTTCTGGTTTCATCGGACCTACATTTGCTATTGTGATGAGTAATATGATCGAAG 2318
Query 2361 TCTTCTACTACACAGACTATGATTCAATGGAAAGGAAAACAAAAGAGTATGTCTTCATCT 2420
||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| || || || |||||||
Sbjct 2319 TCTTCTACTACACAGACTACAATTCAATGGAGAGAAAAACAAAGGAATACGTTTTCATCT 2378
Query 2421 ACATTGGTGCTGGTCTCTATGCTGTGGGTGCTTATTTGATCCAACATTACTTCTTTAGCA 2480
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2379 ACATCGGTGCTGGTCTCTACGCTGTGGGTGCTTATTTGATCCAACATTACTTCTTTAGCA 2438
Query 2481 TCATGGGAGAAAACCTCACAACAAGAGTAAGAAGAATGATGCTCTCAGCTATCTTGAGAA 2540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 TCATGGGAGAAAACCTCACAACAAGAGTAAGAAGAATGATGCTCTCAGCTATCTTGAGAA 2498
Query 2541 ACGAAGTTGGTTGGTTCGATGAGGATGAACACAACTCAAGCCTGATCGCTGCACGTTTAG 2600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2499 ACGAAGTTGGTTGGTTCGATGAGGATGAACACAACTCAAGCCTGATCGCTGCACGGTTAG 2558
Query 2601 CTACTGATGCAGCAGATGTTAAATCCGCTATAGCCGAGAGAATCTCAGTAATTCTACAAA 2660
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 CTACTGATGCAGCCGATGTTAAATCCGCTATAGCCGAGAGAATCTCAGTAATTCTACAAA 2618
Query 2661 ACATGACTTCACTTCTCACATCCTTCATAGTCGCCTTCATAGTAGAATGGAGAGTCTCAC 2720
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2619 ACATGACTTCACTTCTCACATCCTTCATAGTTGCCTTCATAGTAGAATGGAGAGTCTCAC 2678
Query 2721 TTCTCATCTTAGGCACATTCCCACTTCTAGTCCTCGCTAACTTTGCTCAGCAACTATCTC 2780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2679 TTCTCATCTTAGGCACATTCCCACTTCTAGTCCTCGCCAACTTTGCTCAGCAACTATCTT 2738
Query 2781 TGAAGGGTTTTGCTGGAGACACAGCTAAGGCTCATGCAAAGACTTCAATGATTGCTGGTG 2840
||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 TGAAGGGTTTTGCTGGAGATACAGCCAAGGCGCATGCAAAGACTTCAATGATTGCTGGTG 2798
Query 2841 AAGGAGTCAGTAACATTAGAACCGTAGCAGCTTTCAATGCACAGAGCAAGATTCTCTCTT 2900
||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2799 AAGGAGTTAGCAACATTAGAACTGTAGCAGCGTTCAATGCACAGAGCAAAATTCTCTCTT 2858
Query 2901 TGTTCTGTCATGAGCTTCGTGTACCTCAGAAAAGAAGCTTATACCGAAGTCAAACCTCGG 2960
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2859 TGTTCTGTCACGAGCTTCGTGTTCCTCAGAAAAGAAGTTTATACCGGAGTCAAACCTCGG 2918
Query 2961 GTTTCCTATTTGGCCTCTCGCAGCTTGCTCTCTATGGTTCTGAGGCTTTAATTCTCTGGT 3020
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2919 GTTTCCTATTTGGCCTCTCGCAGCTTGCTCTATATGGTTCTGAGGCTTTGATTCTCTGGT 2978
Query 3021 ATGGTGCCCACCTTGTGAGTAAAGGCGTGTCAACCTTTTCCAAAGTGATCAAAGTGTTTG 3080
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2979 ATGGCGCCCACCTTGTGAGCAAAGGCGTGTCAACCTTTTCCAAAGTGATCAAAGTGTTTG 3038
Query 3081 TGGTTTTGGTCATTACTGCAAACTCTGTTGCTGAAACTGTCAGTCTTGCTCCTGAAATTA 3140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3039 TGGTTTTGGTCATTACTGCAAACTCTGTTGCTGAAACTGTCAGCCTTGCTCCTGAAATTA 3098
Query 3141 TTCGGGGAGGTGAAGCTGTTGGTTCGGTTTTCTCGGTCTTGGACAGGCAGAC-CAGGATT 3199
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | |||||
Sbjct 3099 TCCGGGGAGGTGAAGCGGTTGGTTCGGTTTTCTCGGTATTGGATAGGCAAACTC-GGATT 3157
Query 3200 GACCCGGATGATGCTGATGCTGATCCCGTGGAGACGATCCGTGGAGACATTGAGTTTAGG 3259
||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3158 GACCCGGATGATGCTGATGCTGATCCCGTTGAAACAATCCGTGGAGACATAGAGTTTAGG 3217
Query 3260 CATGTTGATTTCGCTTACCCTTCAAGACCCGACGTCATGGTTTTCAGGGACTTTAACCTC 3319
||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3218 CATGTGGATTTCGCTTACCCTTCAAGACCAGATGTCATGGTTTTCAGGGACTTTAACCTC 3277
Query 3320 AGAATTCGAGCTGGACATAGCCAAGCTCTTGTGGGCGCGAGTGGGTCAGGGAAGAGTTCT 3379
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3278 AGAATCCGAGCTGGACATAGCCAAGCTCTAGTGGGCGCAAGTGGGTCAGGGAAGAGTTCT 3337
Query 3380 GTAATTGCGATGATCGAGCGGTTTTACGACCCTCTTGCTGGAAAAGTCATGATTGATGGC 3439
||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3338 GTAATCGCGATGATTGAGCGGTTTTATGACCCGCTTGCTGGAAAAGTCATGATTGATGGC 3397
Query 3440 AAAGACATCCGCCGGCTAAACCTGAAATCTCTAAGGCTCAAAATCGGTCTTGTTCAACAA 3499
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3398 AAAGATATCCGCCGGCTAAACCTGAAATCTCTAAGGCTCAAAATCGGTCTTGTTCAACAA 3457
Query 3500 GAACCAGCTCTCTTCGCAGCAACGATCTTCGACAACATCGCCTATGGTAAAGATGGTGCA 3559
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 3458 GAACCAGCTCTTTTCGCAGCAACCATCTTCGACAACATCGCATATGGGAAAGATGGTGCA 3517
Query 3560 ACTGAATCCGAGGTAATTGATGCAGCTCGAGCCGCAAATGCTCACGGTTTCATCAGTGGT 3619
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3518 ACTGAATCCGAGGTAATTGAGGCAGCGCGGGCCGCAAATGCTCATGGTTTCATCAGTGGT 3577
Query 3620 TTACCTGAAGGTTACAAAACTCCAGTAGGCGAAAGAGGAGTGCAGTTATCAGGTGGACAG 3679
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3578 TTGCCTGAAGGTTACAAAACTCCAGTGGGCGAAAGAGGAGTGCAGTTATCAGGTGGACAG 3637
Query 3680 AAACAGAGGATCGCGATAGCAAGAGCTGTGCTCAAGAACCCTACAGTGTTGCTTCTAGAC 3739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3638 AAACAGAGGATCGCGATAGCAAGAGCTGTGCTCAAGAACCCTACAGTGTTGCTTCTAGAC 3697
Query 3740 GAAGCAACTAGCGCACTAGATGCAGAATCAGAATGCGTGCTGCAAGAGGCGTTAGAGAGG 3799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3698 GAAGCAACTAGCGCACTAGATGCAGAATCAGAATGCGTGCTGCAAGAGGCATTAGAGAGG 3757
Query 3800 CTCATGAGAGGTCGGACCACCGTGGTAGTTGCTCACCGCTTGTCCACCATAAGAGGTGTT 3859
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3758 CTCATGAGAGGTCGGACAACCGTGGTAGTTGCTCACCGCTTGTCCACCATAAGAGGTGTT 3817
Query 3860 GATTGCATTGGTGTGATTCAAGACGGGCGGATTGTGGAGCAAGGCAGCCATTCAGAGCTC 3919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3818 GATTGCATTGGTGTGATTCAAGACGGGCGGATTGTGGAGCAAGGCAGCCATTCCGAGCTC 3877
Query 3920 GTTAGCCGACCAGAGGGAGCTTATTCAAGGCTGTTACAGCTTCAAACACATAGGATTTGA 3979
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3878 GTAAGCCGACCAGAGGGAGCGTATTCAAGGCTTTTACAGCTTCAAACGCATAGGATTTGA 3937
Query 3980 AGCTTGATCATGGATTaaaaacaaaaaa---TCGGTTTGTGTAAttttttttATATTAAA 4036
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||
Sbjct 3938 AGCTTGATCATGGTTTAAAAACAAAAAAAAATCGGTTTCTGTAATTTTTTTTAAATCAAA 3997
Query 4037 ACTTTAATTTGGAAGATTTCTATGGACTATAACGATAATATGAATAGGTGTAGATAATGA 4096
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3998 ACTTTAATTTGGAAGATTTCGATGGACTATAACGATAATATGGATAGGTGTAGATAATGA 4057
Query 4097 AGCTTTTGGAGTGTTTATGAAGGTTCTTTAATTAAGGGTTAt-ttttttCGCATTTTGCT 4155
|||||||| | | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||
Sbjct 4058 AGCTTTTGC--T-T--ATGAAGGTTCTTTAAG---GGGTTTTCTTTTTTCGCATTT-GCT 4108
Query 4156 TATGTGCCCGTTTTGGAACATAAGACTGAACTATGTTTTCGTT 4198
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 4109 TATGTGCCCGTTTTGGAACATGAGACTAAACTATGTTTTCGTT 4151
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 159879864173
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5