BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G30340.1
Length=1249
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936810 jgi|Araly1|936810|scaffold_501001.1 1890 0.0
> Ahg936810 jgi|Araly1|936810|scaffold_501001.1
Length=1138
Score = 1890 bits (1023), Expect = 0.0
Identities = 1098/1135 (97%), Gaps = 1/1135 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TGATATACTTATAATCATAAATCATGGTAAAGTTTGATACAAAACTATGGAAGGCTGTGC 62
||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGATATACTTATAATTATAAATCATGGTACAGTTTGATACAAAACTATGGAAGGCTGTGC 60
Query 63 TTATGATGTCCATGATCAACATTGGTTTAAGTGTTGTAAACGTTATGTTCAAGAAGATGA 122
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTATGATGTCCATGATCAACATTGGTTTAAGCGTTGTAAACGTTATGTTCAAGAAGATGA 120
Query 123 TTGATGAAGGACTTAACCGTATGGTCGCGACCACTTACCGACTTGCTGTAGGAACTCTGT 182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 TTGATGAAGGACTTAACCGTATGGTCGCGACCACTTACCGACTTGCTGCAGGAACTCTGT 180
Query 183 TCTTGATACCATTCGCGATTTTCTTGGAAAGACATAACAGGCCAAAACTCACGGGTAGGA 242
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTTGATACCATTCGCGATTTTCTTGGAACGACATAACAGGCCAAAACTCACGGGTAGGA 240
Query 243 TCTTGTGTTCACTCTTCTTTAGCGCTCTTCTGGGGACAAGTTTGGTGCAATACTTCTTTC 302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTTGTGTTCACTCTTCTTTAGCGCTCTTCTGGGGACAAGTTTGGTGCAATACTTCTTTC 300
Query 303 TTATTGGACTAGAGTATACATCTTCAACTTTTTCCTTAGCGTTTAGCAACATGGTTCCTT 362
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TTATTGGGCTAGAGTATACATCTTCTACTTTTTCCTTAGCGTTTAGCAACATGGTTCCTT 360
Query 363 CGGTTACATTTGCCTTGGCTCTCGTCTTTAGGCAAGAGACGCTGAACATCAAGAGCAACG 422
|||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CGGTCACTTTTGCCTTGGCTCTCGTTTTTAGACAAGAGACGCTGAACATCAAGAGCAACG 420
Query 423 TAGGAAGAGCCAAACTGCTAGGCACAATGATATGTATTTGTGGAGCTTTAGTGCTTACGC 482
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 421 TAGGAAGAGCCAAAGTGTTAGGCACAATGATATGTATTTGTGGAGCTTTAGTGCTTACAC 480
Query 483 TTTATAAAGGAACCGCTTTAAGTCGAGAACACAGTACTCATATGGAAACACATACAAGAA 542
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 TTTATAAAGGAACCGCTTTAAGTCGAGAACACAATACTCATATGCAAACACATACAAGAA 540
Query 543 CTGATTCCACCGGTGCAATGACACAAAAGTGGGCAATGGGTTCGATCATGCTGGTTATAT 602
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGATTCAACCGGTGCAATGACGCAAAAGTGGGCAATGGGTTCGATCATGCTGGTTATAT 600
Query 603 CGATCATAATATGGTCATCTTGGTTCATTGTTCAAGCTAAAATAAGCCGAGTTTATCCGT 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 601 CGATCATAATATGGTCATCTTGGTTCATTGTTCAAGCTAAAATAAGCCGAGTTTATCGGT 660
Query 663 GCCAATACACGAGTACCACGATCCTCTCTTTCTTTGGCGTGATTCAATCTGCTTTGTTGA 722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 661 GCCAATACACGAGTACCACGATCCTCTCTTTCTTTGGTGTGATCCAATCTGCTTTGTTGA 720
Query 723 GTTTGATCTCGGAGAGGAGCACATCTATGTGGGTCGTTAAAGACAAGTTCCAAGTTTTAG 782
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GTTTGATCTCGGAGAGGAGCATGTCTATGTGGGTCGTTAAAGACAAGTTCCAAGTTTTAG 780
Query 783 CTTTACTTTATTCGGGTATCGTTGGATCGGGATTGTGCTACGTGGGAATGTCGTGGTGTC 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTTACTTTATTCGGGTATCGTTGGATCGGGATTGTGCTACGTGGGAATGTCGTGGTGTC 840
Query 843 TCCGCCAAAGAGGTGCGGTGTTCACGTCGAGCTTCATACCTTTGATTCAAGTCTTTGCTG 902
|||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCCGGCAAAGAGGTGCGGTTTTCACGTCCAGCTTCATACCTTTGATTCAAGTCTTTGCTG 900
Query 903 CCATTTTCAGCTTCTCTTTCCTTCATGAGCAAATATACTGTGGAAGTGTGATAGGATCAA 962
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCATTTTCAGCTTCTCTTTCCTTCATGAGCAAATTTACTGTGGAAGTGTGATAGGATCAA 960
Query 963 TGGTCATTATCGTGGGACTTTATATACTTTTATGGGGAAAAAGCAAGGATAAGTCTGCAT 1022
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TGGTCATCATCGTGGGACTTTACATACTTTTATGGGGAAAAAGCAAGGATAAGTCTGCAT 1020
Query 1023 CAGTGACCAAACAAGAACCATTAGATCTTGATATTGAAGGTTGTGGGACAGCACCAAAGG 1082
|||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1021 CAGTAACCAAACAAGAACCATTAAATCTTGATCTTGAAGGTTGTGGGACAGCTCCAAAGG 1080
Query 1083 AACTCAATAGTACTGCCCATCAAGTGTCTGCAAAATAATAACTTC-AAGATATAT 1136
||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1081 AACTCAATAGTACTGCCCATCCAGTCTCTGAAAAATAATAACTTCCAAGATATAT 1135
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 46662450408
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5