BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G31422.1 Length=2127 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg479822 jgi|Araly1|479822|fgenesh2_kg.3__2523__AT5G28141.1 2165 0.0 > Ahg479822 jgi|Araly1|479822|fgenesh2_kg.3__2523__AT5G28141.1 Length=1478 Score = 2165 bits (1172), Expect = 0.0 Identities = 1378/1479 (93%), Gaps = 7/1479 (0%) Strand=Plus/Plus Query 653 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 712 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60 Query 713 GGTATTACTTCTTATTGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 772 || ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120 Query 773 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCTGataatatttttaaattaataaaaataatttta 832 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATTTTA 180 Query 833 gaagaatataatttaacaaacaaaatattttctatttCTTTTGATAATGCATCCGCTAAT 892 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 181 GAAGAATATAATTTAACAAACAGAATATTTTCTATTTCGTTTGACAATGCATCCGCTAAT 240 Query 893 ACGGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTTT 952 || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 241 ACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTT 300 Query 953 CATGTTCGATGCATTTGTCATGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 1012 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 CATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360 Query 1013 CAAAATAATCTTATTTCTCCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACAA 1072 |||||||| ||| |||| || || |||| ||||||||||||||| ||||| || |||||| Sbjct 361 CAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAA 420 Query 1073 TTAAAG-AAAAATGGTTTCGATTTTGTAAAATGCATAATGTATCCCCCAAAAGGTTTTCT 1131 |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTCT 480 Query 1132 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 1191 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 540 Query 1192 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCACT 1251 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| Sbjct 541 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACT 600 Query 1252 CATTGGGATGATTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAACATTT 1311 |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 601 CATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATTT 660 Query 1312 TTATTATCCGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATGTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 1371 || ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 TTGTTATCTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 720 Query 1372 GCTGATGTGATGCATGAACATGAAAATAATACTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-TAT 1430 |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||| | | ||| Sbjct 721 GCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACTAT 779 Query 1431 GAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGAGAAATCCCATCTCTTAATTTGCTTGCATGTGT 1490 ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || Sbjct 780 GAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCCGT 839 Query 1491 TTTTGATCTTCGAACTAAATTTGATGGTTTATATGATTACCTCATCGCATATTATGATCT 1550 |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 840 TTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGATTT 899 Query 1551 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTAATGTCCCAAGCATTATTTCCAACTCAAGAAAAGACAT 1610 |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| ||||| |||||| Sbjct 900 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGACAT 959 Query 1611 AGAAAATTTGTATGATGAATATTATAGATTACATGAGCATTTGGTACCACAAGGAACTGA 1670 ||||||||| |||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||||| |||||| Sbjct 960 AGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACTGA 1019 Query 1671 ATCATCTCTACAAAATGATATGTTATCAACTTCTACGTTAAGTCTTGTAGAAAGAATGCG 1730 ||||||||| |||| | |||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1020 ATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCG 1079 Query 1731 GCGAC-GTAAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTGAAAAATATTTAT 1789 ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1080 GCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTTAT 1138 Query 1790 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGCAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1849 |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1198 Query 1850 GGAAGAGTCATCAATCTCAATATCCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGACGTTCTTTCTT 1909 ||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1199 GGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTCTT 1258 Query 1910 CACCCGTTTTTACAGTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGATG 1969 |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1259 CACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGACG 1318 Query 1970 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTTGACGATTGGA 2029 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| Sbjct 1319 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTGGA 1378 Query 2030 CCAAAGCCGGATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAGAT 2088 ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| Sbjct 1379 CCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAGAT 1437 Query 2089 ATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGATCAGAAGATAGT 2127 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 ATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGATCAGAAGATAGT 1476 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 80027604745 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5