BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G31422.1
Length=2127
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg479822 jgi|Araly1|479822|fgenesh2_kg.3__2523__AT5G28141.1 2165 0.0
> Ahg479822 jgi|Araly1|479822|fgenesh2_kg.3__2523__AT5G28141.1
Length=1478
Score = 2165 bits (1172), Expect = 0.0
Identities = 1378/1479 (93%), Gaps = 7/1479 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 653 AATAATGTTTCAATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATTCATCATTATATG 712
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Sbjct 1 AATAATGTTTCCATATGCTCTGATATTTGGAGTGATCAGTGGCAAATACATCATTATATG 60
Query 713 GGTATTACTTCTTATTGGCTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 772
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Sbjct 61 GGCATTACTTGTCATTGGGTTGATAGTGATTGGATTATTCAAAAGAGAATTATTGCTTTT 120
Query 773 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCTGataatatttttaaattaataaaaataatttta 832
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Sbjct 121 CGAGTTTTTGATGAAAGACATACATCCGATAATATTTTTAAATTAATAAAAATAATTTTA 180
Query 833 gaagaatataatttaacaaacaaaatattttctatttCTTTTGATAATGCATCCGCTAAT 892
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Sbjct 181 GAAGAATATAATTTAACAAACAGAATATTTTCTATTTCGTTTGACAATGCATCCGCTAAT 240
Query 893 ACGGCTTCCATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGAGGAAAATATTTT 952
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Sbjct 241 ACTGCTTCTATTGATGAATTAATAAATAATTGTAGTCCTATTTTAGGTGGAAAATATTTT 300
Query 953 CATGTTCGATGCATTTGTCATGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 1012
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Sbjct 301 CATGTTCGATGCATTTGTCAAGTTTTAAATTTATGTGTTCAAGATGGTTTATTGGTTTCT 360
Query 1013 CAAAATAATCTTATTTCTCCAATTAAAACTGCTTTGAATTATTTATGGGGTCATCCACAA 1072
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Sbjct 361 CAAAATAACCTTGTTTCACCGATCAAAAATGCTTTGAATTATTTGTGGGGGCACCCACAA 420
Query 1073 TTAAAG-AAAAATGGTTTCGATTTTGTAAAATGCATAATGTATCCCCCAAAAGGTTTTCT 1131
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Sbjct 421 TTAATGAAAAAATGGTTTCGATTTTGTAAATTGCATAACGTATCTCCCAAAAGGTTTTCT 480
Query 1132 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 1191
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Sbjct 481 CGAGATGTTCCTACTCGTTGGAATTCAACATATGATATGCTTGTTGATTCTATTGGTTAT 540
Query 1192 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGCAGTTCTTTAACTTTATGGCCCACT 1251
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Sbjct 541 AAAGATTTATTGTGTAGTTTTATTCAACAAAATTGTAGTTCTTTAACTTTATGGACAACT 600
Query 1252 CATTGGGATGATTGTAATGCACTTTTAAAGTTATTAAAATGTTTTAATGATGCAACATTT 1311
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Sbjct 601 CATTGGGATGATTGTAGTGCACTTTTAAAATTGTTAAAATGTTTCAATGATGCAACATTT 660
Query 1312 TTATTATCCGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATGTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 1371
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Sbjct 661 TTGTTATCTGGTGTTTATTATCCTACTAGTCATTTACTTTTATATGAATGTGTTAATATT 720
Query 1372 GCTGATGTGATGCATGAACATGAAAATAATACTGTTTTGTCATCATGCATAACTAG-TAT 1430
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Sbjct 721 GCTGATGTGATGCATGAACATGGAAATAATATTGCTTTGTCAACATGCATA-CAAACTAT 779
Query 1431 GAGAGATAAATGGTTAAAATACTATAGAGAAATCCCATCTCTTAATTTGCTTGCATGTGT 1490
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Sbjct 780 GAGAGATAAATGGATAAAATACTATAGAGAAATTCCACCTCTTAATTTGCTTGCATCCGT 839
Query 1491 TTTTGATCTTCGAACTAAATTTGATGGTTTATATGATTACCTCATCGCATATTATGATCT 1550
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Sbjct 840 TTTTGATCCTCGAACTAAATTTGATACTTTGTATGATTACCTCATCGCATATTATGATTT 899
Query 1551 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTAATGTCCCAAGCATTATTTCCAACTCAAGAAAAGACAT 1610
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Sbjct 900 ATTGCATTTGTCTGATAGTATTGATGTTCCTAGCATTATTTCAAACTTAAGAATAGACAT 959
Query 1611 AGAAAATTTGTATGATGAATATTATAGATTACATGAGCATTTGGTACCACAAGGAACTGA 1670
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Sbjct 960 AGAAAATTTATATGATGAATATTATAGAATATATCAGCATATGGCACCACAAGAAACTGA 1019
Query 1671 ATCATCTCTACAAAATGATATGTTATCAACTTCTACGTTAAGTCTTGTAGAAAGAATGCG 1730
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Sbjct 1020 ATCATCTCTTCAAACTAATATCTCATCAACTTCTAAGTTAAGTCTTGCAGAAAGAATGCG 1079
Query 1731 GCGAC-GTAAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTGAAAAATATTTAT 1789
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Sbjct 1080 GCGACAG-AAAAGGCAACGACCATCACAAGGTAATAATGCTGAACTTCAAAAATATTTAT 1138
Query 1790 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGCAGGCAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1849
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Sbjct 1139 CTACTAATTTTGAGTTTAGTGATGCAGATGTAGGTAATAACTTTCAAATCATTCATTGGT 1198
Query 1850 GGAAGAGTCATCAATCTCAATATCCAATTTTAGCCATGATCGCAAAAGACGTTCTTTCTT 1909
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Sbjct 1199 GGAAGAGCCACCAATCTCACTATCCGATTTTGGCCATGATCGCAAAAGACGTTTTTTCTT 1258
Query 1910 CACCCGTTTTTACAGTTTCCGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGATG 1969
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Sbjct 1259 CACCAGTTTCTACAGTTTCGGTCGAGCGAGCTTTTAGCATGGGAGGTCAAATACTAGACG 1318
Query 1970 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCTCAAGCATGTCTTGACGATTGGA 2029
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Sbjct 1319 AAACTCGATCAAGAATGAGTCCAGATTCTCTTGAAGCCCAGGCATGTCTTGATGATTGGA 1378
Query 2030 CCAAAGCCGGATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAGAATGAAGAAGAAT-TAGAAGAT 2088
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Sbjct 1379 CCAGGGCCGAATATAGACAACAAGAATTCCTTCGAGAAAATGAAGAAGA-TGTAGAAGAT 1437
Query 2089 ATTGATAGTGATGTATCATCAACGAGATCAGAAGATAGT 2127
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Sbjct 1438 ATTGATAGTGATGTATCGTCAACGAGATCAGAAGATAGT 1476
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80027604745
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5