BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G33530.3
Length=4390
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936878 jgi|Araly1|936878|scaffold_501069.1 3110 0.0
> Ahg936878 jgi|Araly1|936878|scaffold_501069.1
Length=4089
Score = 3110 bits (1684), Expect = 0.0
Identities = 1842/1916 (96%), Gaps = 19/1916 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 38 TTGGTAGAAAGCTGCAACAATGGCAGCATCGAAGCCATCACCAACCGATACCTGGGATTC 97
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TTGGTAGGAAGCTGCAACAATGGCAGCATCGAAGCCGTCACCAACCGATACCTGGGATTC 61
Query 98 TACTCTCCCCGGTCCTCCCAGCCGTAACAACTTCGGATCCGCCGATCTCAGTCCCTCCGG 157
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TACTCTCCCTGGTCCTCCCAGCCGTAACAACTTCGGATCCGCCGATCTCAGTCCCTCCGG 121
Query 158 TCTCTTCGCCTTTGCCTCTGGCTCCTCCGTCTCTGTCGTCGATtctcgttctctccagct 217
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 TCTCTTCGCCTTCGCCTCTGGCTCCTCCGTCTCTGTCGTCGATTCTCGTTCTCTCCAGCT 181
Query 218 cgtttccactatccctctccctcctcctcccggtgctctctctcccttcgtcacttccgt 277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 182 CGTTTCCACTATCCCTCTCCCTCCTCCTCCCGGTGCTCTCTCTCCCTTTGTTACTTCCGT 241
Query 278 ccgttggattcctctccctctcccccgcgatctactctccaccgaaccctccgcctctca 337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 CCGTTGGATTCCTCTCCCTCTCCCCCGCGATCTACTCTCCACCGAACCCTCCGCCTCTCA 301
Query 338 ccttctcctcGCCGTTGCAGATCGCCACGGCCGTGTCGCTCTCGTTGACTTCCATCTTCG 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 CCTTCTCCTCGCCGTTGCAGATCGCCACGGCCGTGTCGCTCTCGTTGACTTCCATCTTCG 361
Query 398 CTCCGTCGTCGTCTGGCTTAATCCTTCCTCCGATCCCAAGCTCGGAATTCAAGACCTTTG 457
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 362 CTCCGTCGTCCTCTGGCTTAATCCTTCCTCCGATCCCAACCTTGGGATTCAAGACCTTTG 421
Query 458 TTGGGTTCAAGCTCGCCACGATTCTCATGTCCTCGCTGCGATTTCTGGATCTTCGTTTCT 517
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||
Sbjct 422 CTGGGTTCAAGCTCGCCAGGATTCTCATGTCCTCGCCGCCATTTCTGGATCTTCCTTTCT 481
Query 518 CTCGCTCTACACGACCTCCGGTGGACTTTTCTGGAAGTACGATGCCGGCACGGAGATTCT 577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 482 CTCGCTCTACACGACCTCCGGTGGACTTTTCTGGAAGTACGATGCCGGTACGGAGATTCT 541
Query 578 CTCCTGTCTCCGCCGCGATCCCTATGATTCTCGCCATTTCTGTGTGCTTGGCCTTAAAGG 637
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 542 CTCCTGTCTCCACCGCGATCCCTATGATTCTCGCCATTTCTGTGTGCTTGGCCTCAAAGG 601
Query 638 ATTCCTATTGTCGGTTAAGGTACTTGGAGATAGTGAGAACGATGTTGTGATTCAGGAGAT 697
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 602 ATTCCTATTGTCGGTTAAGATACTTGGAGATACTGAGAACGACGTTGTGATTCAGAAGAT 661
Query 698 GCAGATAAAGACAGATTTCAGTGAGCTACCGAGGTTGGAAAGAGAGGCAGCTAGTAATGG 757
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 662 GCAGATAAAGACAGATTTCAGTGAGCTACTGAGGTTGGAAAGAGAGGCGGCTAGTAATGG 721
Query 758 CAATTCATCATC------GTCTTC---GCCTGCTTCAGCCGCATTTCCGTTATACTTTGC 808
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 722 CAATTCATCATCTTCTTCGTCTTCTTCGCCTGCTTCAGCCGCATTTCCGTTGTACTTCGC 781
Query 809 TAGATTTGCCTTCTCGCCACATTGGAAGAATATACTCTTTGTGACGTTTCCTAGGGAGCT 868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TAGATTTGCCTTCTCGCCACATTGGAAGAATATACTCTTTGTGACGTTTCCTAGGGAGCT 841
Query 869 ATTGGTGTTTGATCTGCAATATGAGACGCCCCTCTCGACTACGCCATTACCTCGTGGTTG 928
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 ATTGGTGTTTGATCTGCAATATGAGACACCCCTCTCCACTACGCCATTACCTCGTGGTTG 901
Query 929 CGCCAAGTTTCTTGATATCTTGCCTGATCCAAACAAGGAGTTGCTTTATTGTGGTCATGT 988
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 902 CGCCAAGTTTCTTGATGTCTTGCCTGATCCAAACAAGGAGTTGCTTTATTGTGCTCATGT 961
Query 989 CGATGGCAGGCTCAGCATTTGGCGTCGGAAAGAAGGAGAACAGGTGCATGTCATGTGTAC 1048
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 962 CGATGGTAGGCTCAGCATTTGGCGTCGGAAAGAAGGAGAACAGTTGCATGTCATGTGTAC 1021
Query 1049 CATGGAAGAGTTTATGCCATCTATTGGAATGTCCATCCCGTCTCCTTCCGCTCTGGCTGT 1108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 CATGGAAGAGTTTATGCCATCTATTGGAATGTCCATCCCGTCTCCTTCCGCTCTGGCTGT 1081
Query 1109 TCTACTCAGTCATTCAGACTCCACAATGCAAACCATTACAAAAATTCACCCGGATGGAAC 1168
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1082 TCTCCTCAGTCATTCAGACTCCACAATGCAAACCATTACAAAACTTCACCCGGATGGAAC 1141
Query 1169 CTCTTCTATAGATTTTGATAACCCATTTGACTTTTATGACGAAAGTCTTCTTGTTTCTAA 1228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1142 CTCTTCTATAGATTTTGATAACCCATTTGACTTTTATGACGAAAGTCTTCTTGTTTCGAA 1201
Query 1229 GACAACTTTTATCTCCCTATCTGATGATGGCAAAATATGGAAGTGGGTCTTAAGTGCTGA 1288
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GACAACTTTTATCTCCCTATCTGATGACGGTAAAATATGGAAGTGGGTCTTAAGTGCTGA 1261
Query 1289 AGGTGTTGAAGATGCTCTGAAAAATGCATCAGACTTGGACATGGGTATTGGAGCCACTGA 1348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1262 AGGTGTTGAAGATGCTCTGAAAAATGCATCAGACTTGGACATGGGTACTGGAGGCACTGA 1321
Query 1349 AGCAGCACTTCCTGGAGCTATTCAGGAAAATGATTCCTCAAGTCTGGATGATGAATTAGT 1408
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1322 AGCAGCACTTCCTGGAGCTATTCAGAAAAATAATTCCTCAAGTCTGGATGATGATTTAGT 1381
Query 1409 TGTTGCACCTACAAATCGAAGCAGAGGTCACACATCAGGTTCCTCCATGGAAAAATCAGA 1468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TGTTGCACCTACAAATCGAAGCAGAGGTCACACATCAAGTTCCTCCATGGAAAAATCAGA 1441
Query 1469 TCTATCATTTAAGAAGTT--TGGC-G-----TTACCAGGGCTTATACTTGTTTACTTCGC 1520
||||||||||||| ||| |||| | || |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1442 TCTATCATTTAAG--GTTGGTGGCTGGAAGATTTTTGGGGCTTATACTTGTTTACGTCGC 1499
Query 1521 TCAATGCAGATCAGCCTGACTGGACAGCTTCAGCTTCTCTCTTCCACAGTCTCTACACTT 1580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TCAATGCAGATCAGCCTGACTGGACAGCTTCAGCTTCTCTCTTCCACAGTCTCTACACTT 1559
Query 1581 GCTGTACCATCTCCGTCTCTTACAGCAACCCTAGCAAGAGGGGGTAACATTCCTGCTGCA 1640
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1560 GCTGTACCATCTCCGTCTCTTACAGCAACCCTAGCAAGAGGGGGTAACATTCCTGCGGCA 1619
Query 1641 GCTGTTCCGTTGGTTGCTTTGGGAACTCAGAGTGGGACAATCGATGTTGTTGATGTATCA 1700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GCTGTTCCGTTGGTTGCTTTGGGAACTCAGAGTGGGACAATCGATGTTGTTGATGTATCA 1679
Query 1701 ACGAATGCTGTTGCTGCAAGCACTTCGGTTCATACTGGTGTTGTTAGAGGCCTTCGGTGG 1760
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1680 ACAAATGCTGTTGCTGCAAGCACTTCGGTTCATACTGGTGTTGTTAGGGGCCTTCGGTGG 1739
Query 1761 CTTGGAAATTCAAGATTAGTTTCATTTTCTTACAGTCAGGTGAATGACAAAAGCAGAGGC 1820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CTTGGAAATTCAAGATTAGTTTCATTTTCTTACAGTCAGGTGAATGACAAAAGCAGAGGC 1799
Query 1821 TACATAAATAGGCTTGTTGTTACCTGCCTTAGAAGTGGGTTGAATAAACCATTTCGTGAT 1880
|||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1800 TACATAAATAAGCTTGTTGTTACCTGCCTTAGGAGTGGGTTGAATAAAACATTTCGTGAT 1859
Query 1881 TTACAAAAGCCAGAGCGCACTCCCATAAGAGCTCTTAGAACTTCTTCTTCCGGAAG 1936
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1860 TTACAAAAGCCAGAGCGCACTCCCATAAGAGCTCTTAGAACTTCTTCTTCTGGAAG 1915
Score = 2726 bits (1476), Expect = 0.0
Identities = 1548/1583 (98%), Gaps = 3/1583 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2629 TTGATTCACCAGATCCGTTAGCCCAATCACTTCTCCAGCCTCAAATTCCTGGCACCCTTG 2688
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2509 TTGATTCACCAGATCCGTTAGCCCAGTCACTTCTCCAGCCTCAAATTCCTGGAACCCTTG 2568
Query 2689 TACTGGAACTTGATTGGCTGCCTCTGAGAACTGATAAAAATGATCCGCTTGTTCTATGCA 2748
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2569 TACTGGAACTTGATTGGCTGCCTCTGAGAACTGATAAAAATGATCCACTTGTTCTATGCA 2628
Query 2749 TTGCCGGGGCTGATAGCACCTTCCGGCTCGTTGAGGTTACTGTAAATGAAAAGAAAGCTG 2808
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TTGCTGGGGCTGATAGCACCTTCCGGCTCGTTGAGGTTACTGTAAATGAAAAGAAAGCTG 2688
Query 2809 GCTTTGTGCCCCAGTCTAAATCAGTAAAGGAGAGGTTTCGTCCTATGCCTATGTATTCCC 2868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2689 GCTTTGTGCCCCAGTCTAAATCAGTAAAGGAGAGGTTTCGTCCTATGCCTATGTACTCCC 2748
Query 2869 CTATCTTACTTCCTGTGCCACATGCGCTGGCACTGCGGATGATTTTACAGTTAGGAGTGA 2928
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 CTATCCTACTTCCTGTGCCACATGCGCTGGCACTGCGGATGATTTTACAGTTAGGAGTGA 2808
Query 2929 AACCATCTTGGTTTAATACGTCTAGCACAACTTTGGAGAAGAGGCCTCATTTAATCCGTG 2988
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2809 AACCATCTTGGTTTAATACGTCTAGCACAACTTTGGAGAAGAGGCCTCATTTGATCCGTG 2868
Query 2989 GGATGGCTTCATCCTCTAAGGATCTACGGAGTTACATGATTCAGTTACCGCCTTTAGGGG 3048
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2869 GAATGGCTTCATCCTCTAAGGATCTACGGAGCTACATGATTCAGTTACCGCCTTTAGGAG 2928
Query 3049 ACCCTGTAGTGCCCGAAATGCTGTTGAAGATACTAGAACCTTATCGGAAAGAAGGTTGCT 3108
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 ACCCTGTAGTGCCAGAAATGCTGTTGAAGATACTAGAACCTTATCGGAAAGAAGGTTGCT 2988
Query 3109 TGCTGGACGATGAAAGAGCAAAACTTTACGCTGATGTGGTCAAGAAAGGTTATGCTGCAA 3168
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2989 TGCTGGACGATGAAAGAGCAAAACTGTACGCTGATGTGGTCAAGAAAGGTTATGCTGCAA 3048
Query 3169 GATTTGCTTTTGCAGCTTCTGTTTTTGGTGAAACCTCAGAAGCACTTTTCTGGTTGCAAC 3228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 GATTTGCTTTTGCAGCTTCTGTTTTTGGTGAAACCTCAGAAGCACTTTTCTGGTTGCAAC 3108
Query 3229 TTCCTCAAGCCATTCGCCATCTGATGAACAAGCTAACGAGAAGGTCTCCGCAGAAAATCT 3288
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3109 TGCCTCAAGCCATTCGCCATCTGATGAACAAGCTGACGAGAAAGTCTCCGCAGAAAATCT 3168
Query 3289 CTTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGCTGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCATCTA 3348
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3169 CTTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGTTGATGAAGTAGCTATGCTGAGTAAAATACCATCTA 3228
Query 3349 CTGGAT-TATCGTCACCTGAAGCCAGGAAGATAGACTCTATGTGTGATGGTTCACTTAGA 3407
|||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3229 CTGG-TATATCGACACCTGAAGCCAGGAAGATAGATTCTATGTGTGATGGTTCACTTAGA 3287
Query 3408 TTGATGGCTTTTGAGCGAGAAGAATTACGGACGCGTGCCAATGAACGTCTTCCTTGGCAT 3467
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3288 TTGATGGCTTTTGAGCGAGAAGAATTACGGACACGTGCCAATGAACGTCTTCCTTGGCAT 3347
Query 3468 GAAAAATTAGACGGAGAAGATTGCATTCAGAAACAAGTACACGAGCTGATATCAGTTGGA 3527
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3348 GAAAAATTACACGGAGAAGATTGCATTCAGAAACAAGTACACGAGCTGATATCAGTTGGA 3407
Query 3528 AATTTGGAAGCTGCTGTTAGTTTGCTGCTTTCTTCAGCTCCAGATTCTCCATACTTCTAT 3587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3408 AATTTGGAAGCTGCTGTTAGTTTGCTGCTTTCTTCAGCTCCAGATTCTCCATACTTCTAT 3467
Query 3588 CCAAATGCTCTCCGAGCTGTTGCACTCGCTTCTGCTGTGTCTAAATCTCTTCTCGACCTT 3647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3468 CCAAATGCTCTCCGAGCTGTTGCACTCGCTTCTGCTGTGTCTAAATCTCTTCTCGACCTT 3527
Query 3648 GCACTAAAGGTTGTTGCAGCCAACATGGTAAGGACCGACAATTCACTCACTGGTACTCAT 3707
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3528 GCACTAAAGGTTGTTGCAGCCAACATGGTAAGGACCGACAATTCACTCACTGGTACTCAT 3587
Query 3708 CTTTTATGTGCCGTTGGTAGGCACCAAGAAGCTTGTTCACAGCTCCAAGATTCTGGACGA 3767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3588 CTTTTATGTGCCGTTGGTAGGCACCAAGAAGCTTGTTCACAGCTCCAAGATTCTGGACGA 3647
Query 3768 TGGACCGATGCTGCTACCTTGGCCGCAACACATTTAGAAGGATCGGATTATGCCAGGGTA 3827
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3648 TGGACCGATGCTGCTACCTTGGCTGCAACACATTTAGAAGGATCGGATTATGCCAGGGTA 3707
Query 3828 TTGCAAAGGTGGGCTGATCATGTTCTCCATGCGGAGCACAACGTCTGGCGGGCCCTTATT 3887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3708 TTGCAAAGGTGGGCTGATCATGTTCTCCATGCGGAGCACAATGTCTGGCGGGCCCTTATT 3767
Query 3888 TTATATGTGGCTGCTGGTTCCCTGCAAGAGGCGCTTGCAGCTCTCAGAGAGGTGCAACAG 3947
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3768 TTATATGTGGCTGCTGGTTCCCTGCAAGAGGCGTTTGCAGCTCTCAGAGAGGTGCAACAG 3827
Query 3948 CCTGATACAGTAGCCATGTTTGTCCTCGCGTGTCAGGAGATTCATTCAGAAATCATAACC 4007
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3828 CCTGATACAGTAGCCATGTTTGTGCTCGCGTGTCAGGAGATTCATTCAGAAATCATAACC 3887
Query 4008 GAGCTATCAACCCAAGACGAGGAGTCTGAATCTGCTTCTGGTGATGGCACAGTACCGCTG 4067
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3888 GAGCTCTCAACCCAAGACGAGGAATCTGAATCTGCTTCTGGTGAAGGCACAGTACCGCTG 3947
Query 4068 CCCGATCTGCCTGGTCTTGAATCAGGGAAGGAAGAAGTGACAGCGGTTTGTGAATACTTT 4127
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 3948 CCCGATCTGCCTGGTCTTGAATCAGGGAAGGAAGAAGTTACAGCGGTTTGCGAATACTTT 4007
Query 4128 CAACAGTACCAGAGAAAGCTAGTGCATTTGTGCATGGACTCTCAACCCTACACCGACTGA 4187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4008 CAACAGTACCAGAGAAAGCTAGTGCATTTGTGCATGGACTCTCAACCCTACACCGACTGA 4067
Query 4188 TGAGGAAACTATACTACCAAACT 4210
||||||| ||| || ||||||||
Sbjct 4068 TGAGGAA-CTACACAACCAAACT 4089
Score = 909 bits (492), Expect = 0.0
Identities = 564/594 (95%), Gaps = 24/594 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1982 GTATCTTCTAATTCTTTTCCGTGATGCTCCTGTAGAAGTTTGGGCAATGACCAAGCATCC 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 GTATCTTCTAATTCTTTTCCGTGATGCTCCTGTAGAAGTTTGGGCAATGACCAAGCATCC 1975
Query 2042 AGTTATGCTTAGATCATTAGCTCTTCCTTTCACGGTAGTGGAATGGACGCTTCCAGCTGT 2101
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 AGTCATGCTTAGATCATTAGCTCTTCCTTTCACGGTAGTGGAATGGACGCTTCCAGCTGT 2035
Query 2102 TCCGCGCCCAGGTCAAGGCGGTCCGTCCAAACAATCGCTCTCAGCATCCGAAGGAGTAAC 2161
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TCCGCGCCCAGGTCAAGGCGGTCCTTCCAAACAATCGCTCTCAGCATCCGAAGGAGTAAC 2095
Query 2162 TGCTTCAGGAGA--C-T---C-----TT--C--A--T----CA---GTGGGCTCAGATGG 2197
|||||||| ||| | | | || | | | || ||||||||||||||
Sbjct 2096 TGCTTCAGCAGACTCTTGGGCGGTAATTGACATATCTGCAGCATCGGTGGGCTCAGATGG 2155
Query 2198 ATCGCAAGAAGAAACTGTAGAGAGTTTTGCATTTGCACTAGTAAATGGTGCTCTTGGAGT 2257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 ATCGCAAGAAGAAACTGTAGAGAGTTTTGCATTTGCACTAGTAAATGGTGCTCTTGGAGT 2215
Query 2258 ATTTGAAGTCCAAGGACGTCGAATTCGAGATTTCAGACCTAAATGGCCATCTACTTCATT 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ATTTGAAGTCCAAGGACGTCGAATTCGAGATTTCAGACCTAAATGGCCATCTACTTCATT 2275
Query 2318 CGTTCCCTCAGATGGATTGGTTACAGCCATGGCATATCGCTTGCCTCATGTGGTTATGGG 2377
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CATTCCCTCAGATGGATTGGTTACAGCCATGGCATATCGCTTGCCTCATGTGGTTATGGG 2335
Query 2378 AGATAGATCAGGAAACATAAGATGGTGGGATGTAACAACAGGACAGTCATCTGCATTTAA 2437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 AGATAGATCAGGAAACATAAGATGGTGGGATGTAACAACAGGACAGTCATCTGCATTTAA 2395
Query 2438 TAGTCACAGAGATGGAATACGGAGGATCAAATTTTCTCCTGTTGTTGCTGGAGATCGCAG 2497
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 TAGTCACAGAGATGGAATAAGGAGGATCAAATTTTCTCCTGTTGTTGCTGGAGATCGCAG 2455
Query 2498 CAGAGGGCGTGTAGCTGTGCTATTTAATGACAATACATTCTCTGTATTTGATCT 2551
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CCGAGGGCGTGTAGCTGTGCTATTTAATGACAATACATTCTCTGTATTTGATCT 2509
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 166045190999
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5