BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G42170.1
Length=2452
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg323059 jgi|Araly1|323059|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000603 3094 0.0
> Ahg323059 jgi|Araly1|323059|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000603
Length=1965
Score = 3094 bits (1675), Expect = 0.0
Identities = 1877/1974 (95%), Gaps = 16/1974 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 343 GGAAACAGCTTTGGAAGTGTACAATGACACTGAAATG-GTTTCACCAGAGACCCAACCGA 401
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | | |||||||| || ||||| |
Sbjct 3 GGAAACAGCTTTGGAGGTGTACAATGATACTGAAACGAG-GTCACCAGAAACACAACCAA 61
Query 402 TCAAGCGACGCAAGAAGAAGTCGATGGTGTGGGAACATTTCACAATCGAGGCGGTAGAAC 461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 62 TCAAGCGACGCAAGAAGAAGTCGATGGTGTGGGAACATTTCACAATCGAGGCGGTGGAAC 121
Query 462 CGAACTGCAGAAGAGCTTTTTGCAAAGGATGTAATCAGAGTTTTGCTTACAGCAACGGTA 521
|||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 122 CGAATTGCAGAAGGGCTTTTTGCAAAGGATGTAACCAGAGTTTTGCTTATAGCAACGGTA 181
Query 522 ACAAAGTGGCTGGTACTAGCCATCTTAAGCGTCACATTTTTAAGGGGACATGTCCTGCAC 581
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ACAAAGTGGCTGGTACTAGCCATCTTAAGCGTCACATTGCTAAGGGGACATGTCCTGCAC 241
Query 582 TTATCCATACGCATGACAATGACAACAACCCA-CTGATGTCTACTCCTTACACTCCCAAG 640
|||||||||| || |||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TTATCCATACACAAGACAATGACAACAA-CCAGCTCATGACTACTCCTTACACTCCCAAG 300
Query 641 ACTGACACTCCGAGAAGGCGTTACCGGTCTCAGAACAACGCTAGTCCCTATGTTGCGTTT 700
| |||||| ||||||||||||||||| | ||| || | ||||||| | ||||||||||
Sbjct 301 AGTGACACCCCGAGAAGGCGTTACCGAACCCAG-AC--CCCTAGTCCTTTTGTTGCGTTT 357
Query 701 AATCAGGACAAGTGTCGTCAAGAGATAGCTAAGATGATCATTATGCATGACTACCCTCTT 760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AATCAGGACAAGTGTCGTCAAGAGATAGCTAAGATGATCATTATGCATGACTACCCTCTT 417
Query 761 CACATGGTTCAGCATCCAGGTTTTGTCTCGTTCGTGCAGAGTATTCAGCCTCACTTTGAT 820
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CACATGGTTCAGCATCCAGGGTTCATCTCGTTCGTGCAGAGTATTCAGCCTCACTTTGAT 477
Query 821 GCTGTGAGCTTTAACAATGTTCAAGGAGACTGTGTGGCGACTTACCTTGCTGAAAAGCAG 880
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 478 GCTGTGAGCTTTAACAATGTTCAAGGAGACTGTGTGGCGACTTACCTTGCAGAAAAGCAG 537
Query 881 AATGTCATGAAGTCTTTAGAAGGGATTCCTGGACGCTTCTGTCTAACGCTCGACTTTTGG 940
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 538 AATGTCATGAAGTCTTTAGAAGGGATTCCTGGACGCTTCTGTCTAACGCTGGACTTCTGG 597
Query 941 ACCTCCAAGCTAACTCTTGGGTATGTGTTTATAACTGCTCACTACATTGACAGCGATTGG 1000
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 598 ACGTCCAAGCTAACTCTTGGGTATGTGTTTATAACTGCTCACTTCATTGACAGCGATTGG 657
Query 1001 AAGATACAAAAGAAGCTTCTCAATGTTTTGATGGAATCGTATCCAGAAGCTGACGAAGCC 1060
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AAGATACAAAAGAAGCTTCTCAATGTTATGATGGAATCGTATCCAGAAGCTGACGAAGCC 717
Query 1061 TTGAGTCTCGCGGTTGCAAATTGTGTTTCTGAATGGGGTCTGGAGGGAAAGTTGTTTAAC 1120
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 718 TTGAGTCTTGTGGTTGCAAATTGTGTTTCTGAATGGGGTCTTGAGGGAAAGTTGTTT-TC 776
Query 1121 -GTCACCTTTAACCACCCGGCGAGTAACTCTGCGGTTGAAAACATCAGACCTCAACTCTG 1179
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TGTCACCTTCAACCATCCGGCGAGTAACTCTGCAGTTGAAAACATCAGACCTCAACTCTG 836
Query 1180 CATCAAGAACCCTGGGATTCTGGATGGTCAGTTGGTAATAGGGAATTGTGTTGCCCGAAC 1239
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 CATCAAGAACCCTGGAATTCTGGATGGTCAGTTGGTAATAGGGAATTGTGTTGCCCGAAC 896
Query 1240 ATTTGGTAGCCTCGCTAAAGATGTCCTGGAGAAAGGGAAAGATGTGATCAAGAACATCCG 1299
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 ATTTAGTAGCCTCGCTAAAGATGTCCTGGAGAAAGGAAAAGATGTGATCAAGAACATCCG 956
Query 1300 GGACAGTGTGAAGCATGTGAAAACGTCAGAGTCCCATGAGGAGAGGTTTACTGAGCTCAA 1359
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 957 GGACAGTGTGAAGCACGTGAAAACCTCAGAGTCCCATGAGGAGAGGTTTATTGAGCTCAA 1016
Query 1360 GGAACAGCTTCAAGTTCCAAGCGAGAAGGTGCTTTCTCTTGATGATCAGACGCAATGGAA 1419
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GGAACAGCTTCAAGTTCCAAGCGAGAAGGTACTTTCTCTTGATGATCAGACGCAATGGAA 1076
Query 1420 CACAACATATATGATGCTTGTGGCTGCTTCAGAATTAAAGGAAGTGTTCTCGTGCTTAGA 1479
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CACAACATATAAGATGCTTGTGGCTGCTTCAGAATTAAAGGAAGTGTTCTCGTGCTTAGA 1136
Query 1480 CACTGCTGATCCTGACTACAAGAAACCTCCTTCAGCAGAGGATTGGAGGCATGTGGAGGC 1539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CACTGCTGATCCTGACTACAAGAAACCTCCTTCAGCAGAGGATTGGAGGCATGTGGAGGC 1196
Query 1540 ACTTTGCACATTCCTGAAGCCTCTTTTCGAAGCAGTCTCCACTCTTCAATCTACTGGAAA 1599
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 ACTTTGCACATTCCTGAAGCCTCTTTTCGAAGCAGCCTCCACTCTTCAATCTACTGGAAA 1256
Query 1600 CCCATCTGCTGTTACCTTCTTCCATGAAGTGTGGAAGACACAGTCAGATTTGTCTCGGGC 1659
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1257 CCCATCTGCTGTTACCTTCTTTCATGAAGTTTGGAAGACACAGTCAGATCTGTCTCGGGC 1316
Query 1660 GATAGCTGGAGAGGATCCTTTTGTCACAGGTATTGCTAAAACCATGCAAGAGAAGGTAGA 1719
|| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||
Sbjct 1317 AATTGCTGGAGAGGATCCTTATGTCGCAGGTATTGCTAAAACCATGAAAGATAAGGTTGA 1376
Query 1720 CAAGTACTGGAGAGACTGTAGCTTGGTTTTGGCAATGGCCGTGGTGATGGATCCTCGGTT 1779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CAAGTACTGGAGAGACTGTAGCTTGGTTTTGGCAATGGCGGTGGTGATGGATCCTCGGTT 1436
Query 1780 CAAGATGAAGCTTGTCGAGTTCAGTTTCTCCAAGATATTTGGAGAAGATGCTGGGAAGAA 1839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CAAGATGAAGCTTGTCGAGTTCAGTTTCTCCAAGATATTTGGAGAAGATGCTGGGAAGAA 1496
Query 1840 CATCAAGACTGTGGATGATGGGATCCACGAGCTCTTCACCGAATACATGGCGCTCCCGTC 1899
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1497 CATCAAGACCGTGGATGATGGGATCCACGAGCTCTTCAGCGAATACATGGCGCTCCCATC 1556
Query 1900 GCCCC-AAAACACGACATCTGAAGGTGGGAAAGCAGATGGACTGTCGGATTTTGACACGT 1958
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1557 GCCCCTAAAAC-CGACATCTGAAGGTGGGAAAGCAGATGGACTGTCAGATTTTGACACGT 1615
Query 1959 ACATAATGGAGACAACGGGGCAGAATCTGAAATCAGAGCTGGACCAGTACCTTGATGAAA 2018
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1616 ACATAATGGAGACAACGGGGCAGAATCTGAAATCAGAGCTTGACCAGTACCTTGATGAAA 1675
Query 2019 CCCTGCTTCCCAGGGTTCAGGAGTTTGATGTTCTTGACTGGTGGAAACAGAACAAGCTCA 2078
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1676 CGCTGCTTCCCAGGGTTCAGGAGTTTGATGTTCTTGACTGGTGGAAACAGAACAAACTCA 1735
Query 2079 AGTACCCGACCTTGTCAAAGATGGCTAGAGACATCCTTTCAATCCCGGTTTCAGCTGCAG 2138
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1736 AGTACCCGACATTGTCGAAGATGGCTAGAGACATCCTCTCGATCCCGGTTTCAGCTGCAG 1795
Query 2139 CCTTTGACTATGTCTTTGACATGGAACCGAGGGAAATGGATGAGTACAAGACGTCACTGA 2198
||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1796 CCTTTGACTATGTCTTTGACATGGAGCCAAGGGAGATGGATGAGTATAAGACGTCACTGA 1855
Query 2199 GGCCCGAGACAGTGGAGGCTCTGATTTGCGCAAGGGAATGGCTTCTTGAGAGTAATGCTT 2258
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||
Sbjct 1856 GGCCCGAGACAGTGGAGGCTCTGATTTGCGCGAGGGAATGGCTTCTCGAGA--A-TGCTT 1912
Query 2259 CTTCTTCCGCAGCTGCGCAAAATG-CAAGTGCTACCATCAAATCTGAAGCATAG 2311
||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1913 CTTCTTCTGCAGCTGCGCAAA-TGGCAAGTGCTATCATCAAATCTGAAGCATAG 1965
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92406934370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5