BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G42640.1
Length=2995
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg323063 jgi|Araly1|323063|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000607 4638 0.0
> Ahg323063 jgi|Araly1|323063|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000607
Length=2847
Score = 4638 bits (2511), Expect = 0.0
Identities = 2738/2850 (96%), Gaps = 6/2850 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGACTGA-ATTCTCGTGGGATGAAATCAAGAAAGAAAATGTGGACCTTGAGCGGAT 59
||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGGCAACTGATATT-TCGTGGGATGAAATCAAGAAAGAAAATGTGGATCTTGAGCGGAT 59
Query 60 CCCTGTGGAAGAAGTGTTTGAGCAGCTGAAATGCTCAAAAGAAGGTTTGTCCAGCGATGA 119
|||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 60 CCCTATTGAAGAAGTATTTGAGCAGCTGAAATGCTCAAAAGAAGGTTTGTCAAGTGATGA 119
Query 120 AGGTG-CTAAAAGGCTTGAAATATTTGGGGCAAACAAGCTTGAAGAGAAATCAGAGAACA 178
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 120 AGG-GAAGAAAAGGCTTGAAATATTTGGGGCAAACAAGCTCGAAGAGAAATCAGAGAACA 178
Query 179 AGTTTTTGAAATTCTTGGGGTTCATGTGGAATCCTCTCTCATGGGTTATGGAGTCTGCTG 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 AGTTTTTGAAATTCTTGGGGTTCATGTGGAATCCTCTCTCATGGGTTATGGAGTCTGCTG 238
Query 239 CAATCATGGCTATTGTTTTAGCTAATGGAGGAGGAAAGGCGCCGGATTGGCAAGATTTTA 298
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 239 CAATCATGGCTATTGTTTTAGCTAACGGGGGAGGAAAGCCTCCGGATTGGCAAGATTTTA 298
Query 299 TCGGTATTATGGTGTTGCTTATCATCAACTCCACCATAAGTTTCATCGAGGAGAACAATG 358
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 TTGGTATTATGGTGTTGCTTATCATCAACTCCACCATCAGTTTCATCGAGGAGAACAATG 358
Query 359 CTGGCAATGCCGCTGCTGCTCTCATGGCAAATCTTGCACCAAAGACTAAGGTGTTGAGAG 418
| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 359 CCGGAAATGCCGCCGCTGCTCTCATGGCAAATCTTGCACCCAAGACTAAGGTGTTGAGAG 418
Query 419 ATGGTAAATGGGGGGAGCAAGAGGCTTCAATCTTGGTTCCGGGTGATTTGATAAGCATCA 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ATGGTAAATGGGGGGAGCAAGAGGCTTCAATCTTGGTTCCGGGTGATTTGATAAGCATCA 478
Query 479 AATTGGGTGACATTGTTCCTGCTGATGCTCGTCTCCTCGAAGGAGATCCTTTAAAAATTG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 AATTGGGTGACATTGTTCCTGCTGATGCTCGTCTCCTCGAAGGAGATCCTTTAAAAATTG 538
Query 539 ACCAATCTGCTCTTACTGGTGAATCCCTTCCAACCACCAAACACCCAGGAGATGAAGTAT 598
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 539 ACCAATCTGCTCTTACCGGTGAATCCCTTCCAGTCACCAAACACCCCGGAGATGAAGTAT 598
Query 599 TCTCTGGCTCAACCTGCAAGCAAGGTGAGATTGAGGCTGTTGTCATTGCCACGGGTGTCC 658
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |
Sbjct 599 TCTCCGGCTCAACCTGCAAGCAAGGTGAGATTGAAGCTGTTGTGATTGCTACGGGTGTTC 658
Query 659 ACACCTTTTTTGGCAAGGCTGCTCATCTTGTTGACAGTACCAACAATGTTGGCCATTTCC 718
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 ACACCTTCTTTGGCAAGGCTGCTCATCTTGTTGACAGTACCAACAATGTTGGCCATTTCC 718
Query 719 AAAAGGTTTTGACATCAATTGGTAACTTCTGTATATGCTCAATTGGATTGGGGATGTTGA 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 719 AAAAGGTTTTGACATCAATTGGTAACTTCTGTATATGCTCAATTGGATTGGGAATGTTGA 778
Query 779 TTGAGATATTGATTATGTACCCTATCCAACACCGCACATACAGAGATGGTATTGATAATC 838
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TTGAAATATTGATTATGTACCCTATCCAACACCGCACATACAGAGATGGTATTGATAATC 838
Query 839 TATTGGTGCTTTTGATCGGAGGAATCCCAATCGCCATGCCAACAGTTTTGTCTGTAACAA 898
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TATTGGTACTTTTGATCGGAGGAATTCCAATCGCCATGCCAACAGTTTTGTCTGTAACAA 898
Query 899 TGGCTATTGGATCACATAGACTCTCTCAACAAGGTGCCATCACCAAGAGGATGACTGCAA 958
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |
Sbjct 899 TGGCTATTGGGTCACATAGACTCTCTCAACAAGGTGCCATCACCAAGCGTATGACTGCCA 958
Query 959 TTGAAGAAATGGCTGGAATGGATGTTCTCTGCAGTGATAAGACTGGAACTCTAACCCTTA 1018
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 959 TTGAAGAGATGGCTGGAATGGATGTTCTATGCAGTGATAAGACTGGAACTCTAACACTTA 1018
Query 1019 ACAAGCTCTCTGTCGACAAGTCCTTAATTGAAGTGTTCCCAAAGAACATGGATAGTGACT 1078
|||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1019 ACAAACTCTCTGTCGACAAGTCTTTGATTGAAGTGTTCCCAAAGAACATGGATACAGATT 1078
Query 1079 CAGTTGTATTGATGGCTGCAAGAGCTTCCAGGATTGAAAACCAAGATGCCATTGATGCTT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CAGTTGTATTGATGGCTGCAAGAGCTTCCAGGATTGAAAACCAAGATGCCATTGATGCTT 1138
Query 1139 CCATCGTCGGAATGTTGGGTGATCCTAAAGAGGCAAGAGCAGGAATCACAGAGGTGCATT 1198
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CCATTGTCGGAATGTTGGGTGATCCAAAAGAGGCAAGAACAGGAATCACAGAGGTGCATT 1198
Query 1199 TCTTGCCCTTTAACCCTGTAGATAAACGTACAGCGATCACATACATCGATGAAAGCGGAG 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TCTTGCCCTTTAACCCTGTAGATAAACGTACAGCCATCACATACATCGATGAAAGCGGAG 1258
Query 1259 ACTGGCATCGGAGCAGTAAAGGAGCTCCTGAGCAGATCATTGAACTCTGCAATCTCCAAG 1318
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1259 ACTGGCATCGAAGCAGCAAAGGAGCTCCTGAGCAGATCATCGAACTATGCAATCTCCAAG 1318
Query 1319 GAGAGACTAAAAGAAAAGCACACGAAGTTATCGATGGTTTTGCTGAACGTGGGCTTCGTT 1378
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GAGAGACTAAAAGAAAAGCACATGAAGTTATTGATGGTTTTGCTGAACGTGGGCTTCGTT 1378
Query 1379 CTCTTGGTGTTGCTCAACAGACTGTGCCTGAGAAGACTAAGGAAAGTGATGGTAGTCCAT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTCTTGGTGTTGCTCAACAGACTGTGCCTGAGAAGACTAAGGAAAGTGATGGTAGTCCAT 1438
Query 1439 GGGAGTTCGTTGGTCTGTTGCCACTCTTTGACCCCCCAAGACATGACAGTGCGGAAACTA 1498
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GGGAGTTCGTTGGTCTATTGCCACTCTTTGACCCGCCAAGACATGACAGTGCGGAAACTA 1498
Query 1499 TTAGACGAGCCCTTGAGCTTGGTGTCAATGTTAAGATGATTACCGGTGACCAACTTGCCA 1558
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TTAGACGTGCCCTTGAGCTTGGTGTCAATGTTAAGATGATTACCGGTGACCAACTTGCCA 1558
Query 1559 TCGGTATTGAGACTGGTCGTAGGCTTGGCATGGGAACCAACATGTACCCATCCACTTCAC 1618
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTGGTATTGAGACTGGTCGTAGGCTTGGCATGGGAACCAACATGTACCCATCCACTTCAC 1618
Query 1619 TCCTTGGCAATTCAAAGGATGAATCATTAGTTGGCATCCCTATCGATGAGCTCATTGAGA 1678
||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TCCTTGGAAATTCAAAAGATGAGTCATTAGTTGGCATCCCTATCGATGAGCTCATTGAGA 1678
Query 1679 AAGCTGATGGATTTGCTGGAGTCTTCCCTGAGCACAAGTATGAGATCGTAAAGAAGCTAC 1738
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1679 AAGCTGATGGATTTGCTGGAGTTTTCCCTGAACACAAGTATGAGATTGTTAAGAAGCTAC 1738
Query 1739 AAGAGAGGAAGCACATTTGTGGGATGACTGGAGATGGTGTAAACGATGCTCCAGCTTTGA 1798
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AAGAAAGGAAGCACATTTGTGGGATGACTGGAGATGGTGTAAACGATGCTCCAGCTTTGA 1798
Query 1799 AGAAAGCGGATATTGGAATTGCAGTGGCAGATGCTACTGATGCGGCAAGAAGCGCCTCAG 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1799 AGAAAGCGGATATTGGAATTGCAGTGGCAGATGCTACTGATGCGGCGAGAAGTGCCTCAG 1858
Query 1859 ACATTGTTCTAACAGAACCAGGACTAAGCGTGATAATAAGTGCCGTATTGACAAGTCGCG 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACATTGTTCTAACAGAACCAGGACTAAGCGTGATAGTGAGTGCCGTATTGACAAGTCGCG 1918
Query 1919 CTATCTTCCAGAGGATGAAGAACTACACAATCTACGCTGTTTCCATCACTATCCGTATTG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CTATCTTCCAGAGGATGAAGAACTACACAATCTACGCTGTTTCCATCACTATCCGTATTG 1978
Query 1979 TTTTGGGATTCATGCTTGTTGCTTTAATCTGGAGATTTGATTTCGCACCTTTCATGGTCT 2038
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1979 TTTTGGGATTCATGCTTGTTGCTTTGATCTGGAGATTTGATTTTGCACCTTTCATGGTCT 2038
Query 2039 TGATTATCGCAATCCTAAATGATGGAACCATCATGACTATCTCTAAGGACAGGGTTAAAC 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TGATTATCGCAATCCTAAATGATGGAACCATCATGACAATCTCTAAGGACAGGGTTAAAC 2098
Query 2099 CTTCCCCGGTGCCAGATTCTTGGAAGCTCAATGAGATTTTCGCCACTGGCGTTGTTCTAG 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CTTCCCCGGTGCCAGATTCTTGGAAGCTCAATGAGATTTTTGCCACTGGCGTTGTTCTAG 2158
Query 2159 GAACCTACATGGCTCTTACCACTGTACTCTTTTTCTGGCTAGCTCATGACACAGACTTCT 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2159 GAACCTACATGGCTCTTACCACTGTACTCTTTTTCTGGCTAGCTCATGACACAAACTTCT 2218
Query 2219 TCAGCAAAACATTTGGAGTTAGGTCCATACAAGGGAACGAAGAAGAACTTATGGCAGCTT 2278
|||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||
Sbjct 2219 TCAGCAAAACATTTGGGGTGAGGTCCATACAAGGAAATGAAGAAGAGCTTATGGCAGCTT 2278
Query 2279 TGTATCTTCAAGTGAGCATCATAAGTCAAGCACTTATCTTTGTAACCAGATCAAGGAGCT 2338
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |
Sbjct 2279 TGTATCTTCAAGTGAGCATCATTAGTCAAGCACTTATCTTCGTTACGAGATCAAGGAGTT 2338
Query 2339 GGTCATTTGTTGAACGACCTGGGTTTTTGCTCCTAATAGCCTTTGTTATAGCACAATTGG 2398
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2339 GGTCATTTGTTGAACGTCCTGGGTTTTTGCTCCTAATAGCCTTTGTCATAGCACAATTGG 2398
Query 2399 TGGCTACATTGATCGCTGTGTATGCAAACTGGGGATTCGCAAGAATCGTCGGTTGTGGAT 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2399 TGGCTACATTGATCGCTGTGTATGCAAACTGGGGATTTGCAAGAATCGTAGGTTGTGGAT 2458
Query 2459 GGGGATGGGCTGGAGGT-ATATGGGTATACAGTATCATTACCTACATTCCTCTTGATATT 2517
||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2459 GGGGATGGGCTGGAG-TCATATGGGTATATAGTATCATTACCTACATTCCTCTTGACATC 2517
Query 2518 CTCAAGTTCATCATCCGTTACGCTCTCACTGGCAAGGCTTGGGATAACATGATCAACCAG 2577
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 CTCAAGTTCATCATTCGTTACGCTCTCACGGGCAAGGCTTGGGATAACATGATCAACCAG 2577
Query 2578 AAAACTGCGTTCACAACTAAGAAAGATTATGGAAAAGGAGAGAGGGAGGCTCAGTGGGCA 2637
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2578 AAAACTGCGTTCACAACAAAGAAAGATTATGGAAAAGGAGAGAGGGAGGCTCAATGGGCA 2637
Query 2638 CTAGCTCAACGTACACTCCATGGTCTACCACCTCCAGAAGCAATGTTCAACGACAATAAG 2697
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2638 CTAGCTCAACGTACACTCCATGGTCTACCACCCCCGGAAGCAATGTTCCACGACAATAAA 2697
Query 2698 AACGAGCTCTCTGAAATAGCAGAGCAGGCCAAAAGGCGTGCCGAAGTTGCGAGGCTGAGA 2757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 2698 AACGAGCTCTCTGAAATAGCAGAGCAGGCCAAAAGGCGCGCCGAAGTTGCTAGGCTAAGA 2757
Query 2758 GAGCTTCACACTCTAAAGGGTCACGTTGAATCTGTAGTGAAGCTCAAGGGGCTTGACATT 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 GAGCTTCACACTCTAAAGGGTCACGTTGAATCTGTAGTGAAGCTCAAGGGGCTTGACATT 2817
Query 2818 GATACCATTCAACAACACTACACTGTTTAA 2847
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 GATACCATTCAACAACACTACACTGTTTAA 2847
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113089937405
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5