BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G42660.1
Length=2862
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936893 jgi|Araly1|936893|scaffold_501084.1 4460 0.0
> Ahg936893 jgi|Araly1|936893|scaffold_501084.1
Length=2899
Score = 4460 bits (2415), Expect = 0.0
Identities = 2717/2865 (95%), Gaps = 12/2865 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAATCACGATCTCTAAAGCTCCGGGAAGCCCATAAAGTCGGCGGAAGCGCCGCCTTC 60
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGAAATCACGATCGCTAAAGCTCCGGGAAGCCCATAAAGTTGGCGGAAGCGCCGCCTTC 80
Query 61 TGCTCTATCCTCTGGGACCACAAAGCCGAACATTTCGTCACTTCATCTTCTTCGGATCCC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TGCTCTATCCTCTGGGACCACAAAGCCGAACATTTCGTCACTTCATCTTCTTCGGATCCC 140
Query 121 TCAATCTCCGTCCACGATGGACTCTCAACCT-CCACATTACCCCCGACGATTCTCCGTCA 179
|||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||| || |||||||| |||||
Sbjct 141 TCAATCTCCGTCCACGATGGACTCACT-CCTTCCACTTTACCTCCTACGATTCTTCGTCA 199
Query 180 TCACCAAGACGGCGTCACCTCCTTGGCTCTTAGCAACGACTCTACTCTCCTCGCCTCTGG 239
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 200 TCACCAAGACGGCGTCACCGCCTTGGCCCTTAGCAACGACTCTACTTTCCTCGCTTCCGG 259
Query 240 ATCTATCGATCATTGCGTCAAGCTCTACAAGTTCCCAAGTGGGGAATTTCAGACGAACAT 299
|||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 260 ATCTATTGACCATTGTGTGAAGCTCTACAAGTTCCCAAGTGGGGAATTTCAGACGAATAT 319
Query 300 TACTAGATTTACACTTCCGATTCGCGTGCTTGCGTTTAACGGCTCAGGGAGTCTATTAGC 359
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 320 TACTAGATTTACGCTTCCGATTCGCGTGCTTGCGTTTAACGGCTCAGGGAGTCTATTGGC 379
Query 360 AGCTGCAGGAGATGATGAAGGAATCAAACTTATCAATACATTTGATGGTTCGATTGTTAG 419
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 AGCTGCTGGAGATGATGAAGGAATCAAACTTATCAATACATTTGATGGTTCGATTGTTAG 439
Query 420 AGTTTTGAAAGGGCACAAAGGACCAGTGACCGGCTTAGATTTCCATCCTAATGGTGAGCT 479
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 440 AGTTTTGAAAGGGCACAAAGGACCTGTGACCGGCTTAGATTTCCACCCTAATGGTGAGCT 499
Query 480 TTTAGCTTCGATTGACACAACTGGTACTGTGTTATGCTGGGAACTTCAAAACGGAGTCGT 539
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 500 CTTGGCTTCGATTGACACAACTGGTACTGTGTTATGCTGGGAACTTCAAAACGGAATTGT 559
Query 540 TTCGTTTACCCTTAAGGGTGTTGCGCCAGATACCGGTTTCAACACTTCCATTGTGAATAT 599
||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 TTCGTTTACCCTTAAGGGTGTTGCGCCCGACACAGGTTTCAACACTTCCATTGTGAATAT 619
Query 600 TCCTAGATGGAGCCCTGATGGAAGAACTC-TCGCTGTGCCTGGTTTGAGAAACGATGTTG 658
|||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 620 TCCTAGATGGAGCCCTGATGGAAGAA-TCCTTGCCGTGCCTGGTTTGAGAAACGATGTGG 678
Query 659 TGATGTATGATAGATTCACTGGGGAGAAGCTTTTTGCCTTGAGAGGTGATCATCTCGAGG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 679 TGATGTATGATAGATTCACTGGGGAGAAGCTTTTTGCCTTGAGAGGTGATCATCTCGAGG 738
Query 719 CTATATGTTATTTAACGTGGGCTCCTAATGGCAAGTATATAGCTACATCTGGTCTTGATA 778
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 CTATATGCTATTTAACGTGGGCTCCTAATGGCAAGTATATAGCTACATCTGGTCTTGATA 798
Query 779 AACAAGTGCTTCTTTGGGATGTTGATAAGAAACAAGACATAGATAGGCATAAATTTGAGG 838
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 799 AACAAGTTCTTCTCTGGGATGTTGATAAGAAACAGGACATAGACAGGCAGAAATTCGAGG 858
Query 839 AGAGGATATGTTGTATGTCGTGGAAACCGAATGGTAATGCATTGTCGGTTATCGATGCCA 898
||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| |||
Sbjct 859 AGAGGATATGTTGTATGGCCTGGAAACCGAATTGTAATGCTTTGTCGGTCATTGATACCA 918
Query 899 AGGGAAGATATGGAGTTTGGGAATCTTTGGTTCCATCATCTATGCTATCTCCTACAGTTG 958
|||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 919 AGGGAAAATACGGAATTTGGGAATCTTTGGTTCCATCATCCATGCTATCTCCTACAGTGG 978
Query 959 GTGTTCCAGATATAGTACCAAAGAAGAGGAATGAGATTCTTGATTTTGATGATGAAGTTG 1018
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||
Sbjct 979 GTATTCCAGATATACTACCAAAGAAGAGGAATGAGATTCTTAATTTTGATGAAGAAATTG 1038
Query 1019 AGGAAGAAATTTATCGTGCATCTGAAAGTTTAGATGATGCTATGGGAGATAGTGATGATG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 AGGAAGAAATTTATCGTGCATCTGAAAGTTTAGATGATGCTATGGGAGATAGTGATGATG 1098
Query 1079 GAGAATCTCATCATACTAGTAGGAAAAGATTGAGGAAGAAAACTTTGATTGATGAAGATG 1138
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1099 GAGAATCTCATCATACTAGCAGGAAAAGATTGAGGAAGAAAACTTTGATTGATGATGATG 1158
Query 1139 TTGATGATGCATATGAGGAACTTAATGATGGGAGTAGCTTACCTTCGGCATCTGAGTACA 1198
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1159 TTGATG---CATATGAGGAACTTAATGATGGGAGTAGCTTACCTTCGGCATCTGAATACA 1215
Query 1199 GGAAAAAGTCACATAGAGGACATAGAGAGAAGCAGGGTGCAAGAAGTGGGGCTTTTAAAG 1258
| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 GAAAAAAATCACATAGAGCACATAGAGAGAAGCAGGGTGCAAGAAGTGGGGCTTTTAAAA 1275
Query 1259 GCATTTCAGCCTCAACCAAGTACAAAATGCAAAGTTCCTTTCAACCTGGTGCAACACCAC 1318
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 GCATTTCAGCATCAACCAAGTACAAAATGCAAAGTCCCTTTCAACCTGGTGCAACACCAC 1335
Query 1319 CGGAACCAGGAAAACGGACATTCTTGTGTTACAATATGCTGGGATGTATAACTACTATTG 1378
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1336 TGGAACCAGGAAAACGGACGTTCTTGTGTTACAATATGTTGGGATCTATAACTACAATTG 1395
Query 1379 AACATGAGGGGAACTCACGTATTGAGACAGATTTTCATGATACTGGAAGAGGTCCACGAG 1438
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 AACATGAGGGGAACTCCCGTATTGAGACAGATTTTCATGATACTGGAAGAGGTCCACGAG 1455
Query 1439 TTTCATCGATGATAGACATTTACGGCTTCACTATGGCATCAATAAATGAAACTGGGTGTG 1498
||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1456 TTTCATCAATGATCGACATCTATGGCTTCACTATGGCATCAATTAATGAAAGTGGGTGTG 1515
Query 1499 TCTTTGCAAATCCCTGTAAGGGAGAAAAGAACATGAGTGTTCTGATGTATCGACCATTTA 1558
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 TCTTTGCAAATCCTTGCAAGGGAGAAAAGAACATGAGTGTTCTGATGTATCGACCATTTA 1575
Query 1559 GAAGCTGGGCCAGTAATAGTGAGTGGACAATGAGATTTGAAGGTGAAGAGGTGAAAGTTG 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1576 AAAGCTGGGCCAGTAATAGTGAGTGGACAATGAGGTTTGAAGGTGAAGAGGTGAAGGTTG 1635
Query 1619 TTGCTAACGGTTCTGGTTGGGTTGCTGCAGTTACAAGCCTCAATTTGCTTCGTGTATTTA 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1636 TTGCTAACGGTTCTGGTTGGGTTGCTGCAGTTACAAGCCTCAATTTGCTTCGCATATTTA 1695
Query 1679 GCGAGGGCGGTTTACAGAAACATATTCTTTCTCTTGATGGGCCCGTAGTCACTGCAGTAG 1738
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1696 GCGAGGGTGGTTTACAGAAACATATTCTTTCCCTTGATGGGCCTGTAGTCACTGCAGTAG 1755
Query 1739 GATGCAAGGATCATCTAGCTGTGGTAACTCATGTTTCAGACTGTCTTCCTTCAAATGAAC 1798
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1756 GATGCAAGGATCATCTTGCTGTGGTAACTCATGTTTCAGAGTGTCTTCCTTCAAATGAAC 1815
Query 1799 AGGTGATGGAATTTAGAGTCTTTAACATATCCAAAATGACTCAGGAGTTGAAAGGCCGTG 1858
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816 AGGTGATGGAATTCAGAGTCTTTAACATATCCAAAATGACTCAGGAGTTGAAAGGCCGTG 1875
Query 1859 TTGCCTTAACCCCTGGCTCACGTTTAACATGGATAGGATTCAGTGAAGAAGGTTCTTTGA 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1876 TTGCCTTAACCCCTGGCTCACGTTTAACATGGATAGGATTCAGTGACGAAGGTTCTTTGA 1935
Query 1919 GCTCATATGATTCTGAGGGTGTGTTGAGGGTTTTTACAAGTCAATATGGTGGCTCATGGA 1978
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 GCTCATACGATTCTGAGGGTGTGTTGAGAGTTTTTACTAGTCAATATGGTGGCTCATGGA 1995
Query 1979 TCCCAGTTTTCAGTACCAGTAAAGAGAAGAAACAAGAAGAAAACTACTGGGTGGTTGGCT 2038
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 TCCCAGTCTTCAGTACCAGTAAAGAGAAGAAACAAGAAGAAAACTACTGGGTGGTTGGCT 2055
Query 2039 TGAATACAAGCAGTTTGTACTGTATAGCTTGCAAATACGCGGAGATGTTCCCACAGGTGA 2098
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||
Sbjct 2056 TGAATACAACCAGTTTGTACTGTATAGCTTGTAAATACCCTGAGATTTTCCCACAGGTGA 2115
Query 2099 CACCAAAACCAATCCTTACCATACTAGACCTTTCTCTCCCGCTTGCATCCTCAGATTTAG 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 CACCAAAACCAATCCTTACCATACTAGACCTTTCTCTCCCGCTTGCATCCTCAGATTTAG 2175
Query 2159 GAGCAGCATCTCTAGAAAATGAGTTAATACTAAAGCAGCTGCGTTTATACGAGACTCAAC 2218
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2176 GAGCAGCATCTCTAGAAAATGAGTTAATGCTAAAGCAGCTGCTTTTATACGAGACTCAAC 2235
Query 2219 GAAAAGTGGACGATATGGCTTTGGTCGGGGTAGACACAACAGCACTTGAAGATGAAGCTT 2278
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2236 GAAGAGTGGACGATATGGCTTTGGTCGGGGTAGACACAACAGCACTTGAAGATGACGCTT 2295
Query 2279 TTGACCTGGAAGTTTCTCAAGATAAATGCATACTAAGGCTCATCAGCTCGTGTTGTAGTA 2338
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2296 TCGACCTGGAAGTTTCTCAAGATAAATGCATACTAAGACTCATCAGCTCGTGTTGTAGTG 2355
Query 2339 GTGATAGTTTTGCAAGGGCCAGTGAACTTATGGAGCTTTTAACTCTAGAAAAATCAATGA 2398
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 GTGATAGTTTTGTAAGGGCCAGTGAACTTATGAAGCTTTTAACTCTAGAAAAATCAATGA 2415
Query 2399 GAGCTGCAATAACACTGGTTACCAAACTCAAGCTTCCTTTTTTGGCAGAGAAATTCAGCA 2458
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2416 GAGCAGCAATAACACTGGTTACCAAACTCAAGCTTCCTTTTTTGGCAGAAAAATTCAGCA 2475
Query 2459 GCATACTCGAGGAAAGGTTGCTTGAAGAAGCTAGCGAGGCGGCGGTAACAAATCCTGC-G 2517
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |
Sbjct 2476 GCATACTGGAGGAAAGGTTGCTTGAAGAAGCTAACGAGGCAA---TAACAGATCCTTCAG 2532
Query 2518 CTGAATCCAAACGGAGAAGTAGTTACAAGAGTTGAATCCAAGGTCCAGAATCCTCCAGCT 2577
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 A-GAATCCAAACAGAGAAGTGGTTACAAGAGTTGAATCCAAGGTCCAGAATCCTCCAGCT 2591
Query 2578 TCGATTCAGACTAGTGAAAACACAGAAGCAGTTATGAAATCTTCTGCAACTAAGCTATCT 2637
||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2592 TCGATTCAGACAAGTGAAAGCACAGAGGCAGTTATGAAATCTTCTGCAACTAAGCTGTGT 2651
Query 2638 GCTCCTACACTTCTAAAGAAATCGAAAGTTTCAGAAGGTCTAAAGCTGGgaaaagaacaa 2697
||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2652 GCTACTACACTTGTAAGGAAAGCGAAAGTTTCAGAAGGTCTTAAGCTGGGAAAAGAACAA 2711
Query 2698 acaaagaaagacaaaagtgacgatgcgaagataaaagagataaagaaaTTGAATTTGAAG 2757
|||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 ACAAAGAAAGACGAAACTGAAGATGCGAAGATAAAAGAGATAAAGAAATTGAATTTGAAG 2771
Query 2758 AATCCGGTGAACAATGTTAACAAGGAAGACAAGGGACAGGAAAAGGAAGTGAATCAAGGA 2817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 AATCCGGTGAACAATGTTAACAAGGAAGACAAGGGACAGAAAAAGGAAGTGAATCAAGGA 2831
Query 2818 GAAGCTCGACGTTCTTCAAACCCGTTCCTCAAATCAACTGTTTAA 2862
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2832 GAAGCTCGACGTTCTTCAAACCCGTTCCTGAAATCAACTGTTTAA 2876
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108023934820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5