BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G43210.1
Length=3193
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg323079 jgi|Araly1|323079|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000623 4471 0.0
> Ahg323079 jgi|Araly1|323079|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000623
Length=2829
Score = 4471 bits (2421), Expect = 0.0
Identities = 2697/2831 (95%), Gaps = 16/2831 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 230 ATGATGGGACCTCCGAGAACTCCGTTAAGTAAGATAGATA-AGTC--CAATCCTTATACT 286
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGATGGGACCTCCGAGAACACCGTTAAGTAAGGTAGATAGGGTCAATAATCCTTATACT 60
Query 287 CCATGTGGTTCCAAAGTTACAGAGGAGAAGATTCTTGTCACTGTTCGGATGAGACCATTA 346
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCAGGTGGTTCCAAAGTTACAGAGGAGAAGATTCTTGCCACTGTTCGGATGAGACCATTA 120
Query 347 AATTGGAGGGAACATGCCAAATATGATCTCATTGCTTGGGAATGTCCCGATGATGAGACT 406
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 121 AACTGGAGGGAACATGCCAAATATGATCTCATTGCATGGGAATGTCCCGATGATCAGACC 180
Query 407 ATCGTCTTTAAGAATCCGAATCCTGACAAGGCTCCAACAAAATATTCATTTGATAAAGTT 466
||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 181 ATCGTCTTTAAGAATCCCAATCCTGAGAGGGCTGCAACCAAATTTTCATTTGATAAAGTT 240
Query 467 TTTGAGCCAACTTGTGCAACTCAAGAGGTGTATGAAGGTGGTTCTAGGGACGTTGCACTA 526
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 TTTGAGCCAACTTGTGCAACTCAAGAGGTTTATGAAGGTGGTTCTAGGGACGTCGCACTA 300
Query 527 TCTGCATTAGCAGGAACAAATGCAACTATTTTTGCTTATGGTCAGACTAGTAGTGGCAAG 586
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 TCTGCATTAGCAGGAACCAATGCAACTATTTTTGCTTATGGTCAGACTAGCAGTGGCAAG 360
Query 587 ACGTTTACAATGAGGGGGGTTACTGAAAGTGTTGTTAAAGATATATACGAACATATAAGA 646
||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 ACGTTTACAATGAGGGGAGTTACTGATAGTGTAGTTAAAGATATATACGAGCATATAAGA 420
Query 647 AAAACTCAAGAAAGGAGCTTTGTCTTGAAAGTATCTGCTTTGGAGATTTATAACGAGACC 706
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 421 AAAACTCAAGAAAGGAGCTTCGTCTTGAAAGTATCTGCTTTGGAGATCTATAACGAGACT 480
Query 707 GTGGTTGACCTTTTAAATCGTGATACTGGGCCCCTTAGACTGTTAGATGATCCAGAGAAA 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTGGTTGACCTTTTAAATCGTGATACTGGGCCCCTTGGACTGTTAGATGATCCAGAGAAA 540
Query 767 GGAACCATTGTGGAAAATCTGGTGGAGGAAGTGGTAGAAAGCAGGCAACATTTACAGCAT 826
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 GGAACCATTGTGGAAAATCTGGTGGAGGAAGTGGTAGAAAGCAGGCAACACTTACAGCAT 600
Query 827 TTAATTAGCATTTGTGAAGATCAAAGGCAAGTAGGTGAAACTGCTTTAAACGACAAAAGT 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 601 TTAATTAGCATTTGTGAAGATCAAAGGCAAGTAGGTGAAACTGCTTTGAACGACAAAAGT 660
Query 887 TCAAGATCGCATCAGATTATTCGGCTGACCATCCATAGCAGTCTCAGGGAAATAGCAGGC 946
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 TCAAGATCGCATCAGATTATTCGGCTGACCATCCAGAGCAGTCTCAGGGAAATAGCTGGC 720
Query 947 TGTGTGCAGTCTTTCATGGCAACTCTGAATCTTGTTGATCTTGCTGGAAGCGAACGTGCT 1006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TGTGTGCAGTCTTTCATGGCAACTCTGAATCTTGTTGATCTTGCTGGAAGCGAACGTGCT 780
Query 1007 TTTCAAACAAACGCAGATGGTCTAAGATTGAAGGAAGGAAGCCACATTAACCGTAGTTTA 1066
| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 781 TGTCAAACAAACGCAGATGGCCTAAGATTGAAGGAAGGGAGCCATATTAACCGTAGTTTA 840
Query 1067 TTGACACTTACTACAGTGATCAGAAAACTGAGTTCTGGAAGAAAAAGGGATCACGTGCCG 1126
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 841 TTGACACTTACTACAGTAATCAGAAAACTGAGTTCTGGAAGAAAAAGTGATCACGTGCCA 900
Query 1127 TATAGAGACTCAAAGCTGACAAGAATTTTGCAAAATTCACTTGGCGGGAATGCTAGAACA 1186
||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TATAGAGACTCAAAGTTGACAAGGATTTTGCAAAATTCACTTGGCGGGAATGCTAGAACA 960
Query 1187 GCAATTATATGTACGATTAGTCCGGCACTGAGTCATGTTGAACAGACAAAAAAGACACTT 1246
|||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 961 GCAATTATATGTACGATTAGCCCAGCACTCAGCCACGTTGAACAGACCAAAAAGACACTC 1020
Query 1247 TCTTTTGCCATGAGTGCGAAGGAAGTCACCAATTGCGCTAAAGTAAACATGGTTGTCTCA 1306
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 TCTTTTGCCATGAGTGCGAAGGAAGTCACCAACTGCGCTAAAGTGAACATGGTTGTCTCA 1080
Query 1307 GaaaaaaaGCTGCTGAAACATCTGCAGCAAAAAGTAGCTAAACTCGAGTCAGAGTTAAGA 1366
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAGAAAAAGTTGCTGAAACATCTGCAGCAAAAAGTAGCCAAACTCGAGTCAGAGTTAAGA 1140
Query 1367 AGCCCGGAGCCCAGTTCATCCACCTGCTTAAAGTCTCTGTTAATTGAGAAAGAGATGAAA 1426
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AGCCCGGAGTCCAGTTCATCTACCTGCTTAAAGTCTCTGTTAATTGAGAAAGAGATGAAA 1200
Query 1427 ATCCAACAGATGGAATCCGAAATGAAAGAGCTAAAGCGTCAGAGAGACATTGCACAGTCT 1486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1201 ATCCAACAGATGGAATCCGAAATGAAAGAGCTAAAGCGTCAGAGAGACATTGCACAATCT 1260
Query 1487 GAACTTGATCTAGAAAGAAAAGCAAAGGAGCGGAAGGGATCAAGTGAGTGTGAACCTTTT 1546
|| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAGCTTGATCTAGAAAGAAAAGCAAAGGAGCTGAAGGGGTCAAGTGAGTGTGAACCTTTT 1320
Query 1547 TCTCAAGTGGCAAGGTGTCTCTCATACCATACAAAGGAGGAATCCATTCCAAGCAAATCT 1606
||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCTCAAGTGGCAAGGTGTCTCTCCTACCAAACTGAGGAGGAGTCCATTCCAAGCAAATCT 1380
Query 1607 GTTCCGTCAAGCCGCAGAACAGCTCGTGATAGGAGAAAGGATAATGTGAGGCAGTCTTTA 1666
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GTTCCGTCAAGCCGCAGAACAACTCGTGGTAGGAGAAAGGATAATGTGAGGCAGTCTTTA 1440
Query 1667 ACTTCGGCGGATCCAACAGCGCT-AGTCCAAGAAATTCGTTTGCTTGAAAAACATCAAAA 1725
||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACTTCAGCGGATCCAACAGC-CTTAGTCCAAGAAATTCGTTTGCTTGAAAAACATCAAAA 1499
Query 1726 GAAGTTGGGTGAAGAAGCAAACCAAGCACTGGATCTAATTCACAAAGAAGTGACATCCCA 1785
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1500 GAAGTTGGGTGAGGAAGCAAACCAAGCACTGGAGCTAATTCATAAAGAAGTGACATCCCA 1559
Query 1786 TAAACTGGGTGATCAACAAGCTGCAGAAAAAGTTGCGAAAATGCTGTCAGAAATCAGGGA 1845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1560 TAAACTGGGTGATCAACAAGCTGCAGAAAAAGTTGCGAAAATGCTGTCAGAAATCCGAGA 1619
Query 1846 CATGCAGAAGAGCAACCTTTTAACTGAGGAAATTGTAGTTGGTGATAAAGCCAACCTGAA 1905
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1620 CATGCAGAAGAGCAACCTTTTAACCGAGGAAATTGTAGTTGGTGATAAAGCTAACTTGAA 1679
Query 1906 GGAAGAAATAAATCGGTTGAATTCTCAAGAAATTGCAGCTTTGGAGAAGAAGCTAGAGTG 1965
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1680 GGAAGAAATAACCCGGTTGAATTCTCAAGAAATTGCAGCTTTGGAGAAGAAGCTTGAGTG 1739
Query 1966 TGTTCAGAACACTATTGACATGCTTGTCTCGTCTTTTCAGACAGATGAACA---GACTCC 2022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1740 TGTTCAGAACACTATTGACATGCTTGTCTCGTCTTTTCAGACAGAGGAACAACAGACTCC 1799
Query 2023 AGATTTCAGGACCCAGGTGAAAAAGAAGAGACTTCTTCCCTTCGGCTTAAGTAATAGTCC 2082
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AGATTTCAGGACCCAGGTGAAAAAGAAGAGAGTTCTTCCCTTCGGCTTAAGTAATAGTCC 1859
Query 2083 TAACCTACAGCATATGATCCGGGGACCATGTTCACCTCTTTC-T-----GGGACTGAAAA 2136
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1860 TAACATACAGCATATGATCCGGGCACCATGTTCACCTCTTTCGTCTTCTGGGACTGAAAA 1919
Query 2137 TAAGGATCCTGAGAGCAATGTTGTGTCTGCTAATTCAGCCCCAGTGTCTTTTGGAGCTAC 2196
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1920 TAAGGCTCCTGAGAGCAATGTTGTGTCTACTAATTCAGCCCCTGTTTCTTTTGGAGCTAC 1979
Query 2197 TCCACCAAAGAGGGATGATAACCG-ATGTCGTACACAGTCAAGGGAAGGAACGCCTGTAT 2255
|||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TCCACCAAAGAGGGATGATAACCGCA-GTCGAACACCGTCAAGGGAAGGAACGCCTGTAT 2038
Query 2256 CACGACAAGCAAATTCAGTCGATATTAAGAGAATGAATCGAATGTATAAGAATGCTGCCG 2315
||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||
Sbjct 2039 CACGACAAGCAAACTCAGTTGATGTTAAGAGAATGAAGCGCATGTTTAAGAATGCTGCCG 2098
Query 2316 AAGAGAATATACGTAATATCAAATCTTATGTTACTGGATTGAAAGAACGTGTGGCGAAGC 2375
|||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AAGAAAATATACGTAACATCAAAGCTTATGTTACTGGATTGAAAGAACGTGTGGCGAAGC 2158
Query 2376 TTCAATACCAGAAGCAGCTGCTTGTTTGCCAGGTGTTAGAACTGGAGGCAAACGAGACAG 2435
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TTCAATACCAGAAGCAGCTTCTTGTTTGCCAGGTGTTAGAACTGGAGGCAAACGAGACAG 2218
Query 2436 GCGCTGCTTCGGAGTACGATGCAACCGATGAATCTCAGATGGATTGGCCATTGTGTTTTG 2495
| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2219 GTGCTGCTTCAGAGTCCGATGCAACCGATGAATCTCAGATGGATTGGCCCTTGTGTTTTG 2278
Query 2496 AAGAGCAGAGAAAGCAAATCATAATGTTATGGCATCTGTGCCACATTTCAATCATTCACA 2555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AAGAGCAGAGAAAGCAAATCATAATGTTATGGCATCTGTGCCACATTTCAATCATTCACA 2338
Query 2556 GAACACAATTCTACATGTTATTCAAAGGAGACCCAGCTGATCAAATCTACATGGAGGTTG 2615
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2339 GGACACAATTCTACATGTTATTCAAAGGAGACCCAGCTGATCAAATCTACATGGAAGTTG 2398
Query 2616 AGCTCCGCAGGCTGACATGGCTCGAACAGCACTTGGCTGAGCTTGGGAATGCGAGTCCTG 2675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AGCTCCGCAGGCTGACATGGCTCGAACAGCACTTGGCCGAGCTTGGGAATGCGAGTCCTG 2458
Query 2676 CATTGCTTGGTGATGAACCAGCAAGCTACGTAGCATCGAGTATAAGAGCTTTGAAGCAGG 2735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2459 CATTGCTTGGTGATGAACCAGCAAGCTACGTAGCATCAAGTATTAGAGCTTTGAAGCAGG 2518
Query 2736 AGAGAGAGTATTTGGCGAAACGGGTAAACACAAAGCTAGGAGCAGAGGAAAGAGAGATGC 2795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2519 AGAGAGAGTATTTGGCGAAACGGGTAAACACAAAGCTAGGAGCGGAGGAAAGAGAGATGC 2578
Query 2796 TATACCTGAAATGGGATGTCCCGCCGGTGGGAAAACAGAGGAGACAACAGTTCATCAACA 2855
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2579 TGTACCTGAAATGGGATGTCCCGCCGGTGGGAAAACAGAGGAGGCAACAGTTCATCAACA 2638
Query 2856 AACTCTGGACAGATCCTCACAACATGCAACACGTGAGAGAGAGTGCGGAGATCGTGGCTA 2915
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2639 AACTCTGGACAGATCCTCACAACATGCAGCACGTGAGAGAGAGCGCAGAGATCGTGGCTA 2698
Query 2916 AGCTTGTCGGATTCTGTGACTCGGGAGAGACCATAAGGAAAGAAATGTTTGAGCTCAACT 2975
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 AGCTTGTCGGATTCTGTGACTCGGGAGAGAACATAAGAAAAGAAATGTTTGAGCTCAACT 2758
Query 2976 TTGCATCTCCTTCAGATAAGAAGACTTGGATGATGGGTTGGAACTTCATATCCAACTTGT 3035
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2759 TTGCGTCTCCTTCAGATAAGAAGACATGGATGATGGGTTGGAACTTCATATCAAACTTGT 2818
Query 3036 TGCATCTCTAG 3046
|||||||||||
Sbjct 2819 TGCATCTCTAG 2829
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120631805915
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5