BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G43300.1
Length=5616
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg897087 jgi|Araly1|897087|Al_scaffold_0005_1053 8709 0.0
> Ahg897087 jgi|Araly1|897087|Al_scaffold_0005_1053
Length=5277
Score = 8709 bits (4716), Expect = 0.0
Identities = 5107/5294 (96%), Gaps = 34/5294 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGCTGGTGGATTTTTGACTCGAGCATTTGATACGATGCTTAAGGAGTCTGGAGGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGCGGCTGGTGGATTTTTGACTCGAGCATTTGATACGATGCTTAAGGAGTCCGGAGGA 60
Query 61 AAGAAGTTTCCTGATCTCCAGAAAGCTATTCAAGCTTATCAAGATGGTTCAAAGGTTGTT 120
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 AAGAAGTATCCTGATCTCCAGAAAGCTATTCAGGCTTATCAAGATGGTTCGAAGGTTGTT 120
Query 121 ACGCAGGCTGCACCCTCGAGCATAGTGGAGAGTTCACAAGCTGAAGGTGGAGGTGAAAAA 180
|| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 121 ACACAGGCTGCATCCTCGAGTGTAGACGAGAGTTCACAAGCTGAAGTTGGAGGTGAAAAA 180
Query 181 ACTGGGGTAGAAGCAGATGAACCGCAAAAAGTCACGAGTGCTGAAGTAG-CGCAGCAGGC 239
||||||| |||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||| | || |||||||
Sbjct 181 ACTGGGGGAGAAACAGATGAACCGAAAAAAGTCCCAAGTTCTGAAGTGGCCG-AGCAGGC 239
Query 240 TAGCCAGTCAAAAAGTGAGACTATAAACGTTTCCTTAGCAAATGCTGGACACACATTAGG 299
|||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TAGCCAGTTAAAAAATGAGACTATAAATGTTTCCTTAGCAAATGCTGGACACACATTAGG 299
Query 300 GGGAGCGGAAGTGGAGCTTGTGCTGAAACCTCTACGCCTTGCATTTGAGACAAAGAACTT 359
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGGAGCGGAAGTGGAGCTTGTTCTGAAACCTCTACGCCTTGCATTTGAGACAAAGAACTT 359
Query 360 AAAAATATTTGATGCTGCTTTGGATTGTCTTCATAAACTCATTGCCTATGATCATTTGGA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AAAAATATTTGATGCTGCTTTGGATTGTCTTCATAAACTCATTGCCTATGATCATTTGGA 419
Query 420 AGGGGATCCGGGGTTGGATGGTGGAAAAAATTCTGCACCTTTCACCGACATTCTGAACAT 479
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGGGATCCGGGATTGGATGGTGGAAAAAACTCTGCACCTTTCACCGACATTCTGAACAT 479
Query 480 GGTTTGCAGCTGTGTTGATAATTCATCACCAGACAGCACTGTACTCCAAGTACTGAAGGT 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 480 GGTTTGCAGCTGTGTTGATAATTCATCACCAGACAGCACTGTACTCCAAGTGCTGAAGGT 539
Query 540 TCTTCTTACAGCTGTTGCTTCAGGAAAGTTCAAAGTGCATGGGGAGCCATTGCTGGGAGT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TCTTCTTACAGCTGTTGCTTCAGGAAAGTTCAAAGTGCATGGGGAGCCATTGCTGGGAGT 599
Query 600 TATTAGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGCAAGAGCCCAATTAACCAAGCAACTTC 659
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TATTCGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGCAAGAGCCCAATTAACCAAGCAACTTC 659
Query 660 TAAAGCAATGCTGACTCAGATGATAAGCATTGTATTCAGGAGAATGGAGACTGACATTGT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAAAGCAATGCTGACTCAGATGATAAGCATTGTATTCAGGAGAATGGAGACTGACATTGT 719
Query 720 TTCCGCATCATCCACAGTGTCTCAAGAAGAACATGTTTCAGGTGACACTTCAAGCCCTAA 779
||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 720 TTCCGCACCATCCACAGTGTCTCAGGAAGATCATGTTTCAGGCGACAGTTCAAGCCCTAA 779
Query 780 AAATGAAGAAATAACTGCAGCTGACGAAAATGAGAAAGAAATGACCTTAGGAGATGCACT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AAATGAAGAAATAACTGCAGCTGACGAAAATGAGAAAGAAATGACCTTAGGAGATGCACT 839
Query 840 CACTCAGGCTAAAGACACAACTCTTGCATCTGTTGAAGAGCTGCATACCCTTGTGGGCGG 899
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CACTCAGGCAAAAGACACAACTCTTGCTTCTGTTGAAGAGCTGCATACCCTTGTGGGCGG 899
Query 900 TGCTGATATTAAGGGTTTAGAAGCCGCCCTTGACAAAGCTGTGCATCTTGAAGATGGCAA 959
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TGCTGATATTAAGGGTTTAGAAGCTGCCCTTGACAAAGCTGTGCATCTTGAAGATGGCAA 959
Query 960 GAAGATAAAACGGGGCATCGAGCTGGAGAGCATGAGTATTGGACAGCGTGATGCATTGCT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAAGATAAAACGGGGCATCGAGCTGGAGAGCATGAGTATTGGACAGCGTGATGCATTGCT 1019
Query 1020 TGTTTTCCGTACCCTTTGCAAGATGGGTATGAAAGAAGATAGTGATGAAGTCACAACCAA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TGTTTTCCGTACCCTTTGCAAGATGGGTATGAAAGAAGATAGTGATGAAGTCACAACCAA 1079
Query 1080 GACCCGTATATTGTCTCTTGAGCTTCTTCAGGGTATGTTAGAAGGAGTTAGTCACTCATT 1139
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1080 GACCCGTATATTGTCTCTTGAGCTTCTTCAGGGTATGTTAGAAGGAGTTAGTCATTCGTT 1139
Query 1140 TACAAAGAACTTTCACTTTATAGATTCAGTGAAAGCCTACCTCTCATATGCATTGTTGCG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TACAAAGAACTTTCACTTTATAGATTCAGTGAAAGCCTACCTCTCATATGCATTGTTGCG 1199
Query 1200 GGCGTCGGTTTCTCAGTCTTCTGTCATATTTCAGTATGCATCTGGTATCTTCTCCGTGCT 1259
||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGCTTCAGTATCTCAGTCTTCTGTCATATTTCAGTATGCATCTGGTATCTTCTCCGTGCT 1259
Query 1260 TTTGCTGCGGTTCAGAGACAGTTT-AAA---AGTAA--GC----A---T--GGATTGTTA 1304
||| |||||||||||||||||||| ||| || || | | | |||||||||
Sbjct 1260 TTTACTGCGGTTCAGAGACAGTTTAAAATTTAGAAATTCCTTTTATTGTGGGGATTGTTA 1319
Query 1305 CCTTTCACCATATTTTTCTGATCCTAAATCTCACTCTCAGGGTGAAATTGGTATATTTTT 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1320 CCTTTCACCATATTTTTCTGATCCTAAATCTCACTTTCAGGGTGAAATTGGTATCTTTTT 1379
Query 1365 CCCCATCATCGTCTTAAGATCATTAGATAACTCCGAGTGTCCCAATGACCAAAAGATGGG 1424
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CCCCATCATCATCTTAAGATCATTAGATAGCTCCGAGTGTCCCAATGACCAAAAGATGGG 1439
Query 1425 TGTTCTTAGGATGCTTGAGAAAGTCTGCAAAGATCCTCAGATGCTTGTTGATGTGTATGT 1484
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TGTTCTTAGGATGCTTGAGAAAGTCTGCAAAGATCCGCAGATGCTTGTTGATGTGTATGT 1499
Query 1485 AAACTATGATTGTGATCTAGAGGCCCCAAACTTGTTTGAGCGCATGGTAACAACTTTGTC 1544
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AAACTATGATTGTGATCTAGAGGCTCCAAACTTGTTTGAGCGCATGGTAACAACTTTGTC 1559
Query 1545 TAAAATTGCTCAAGGGTCTCAGAGTGCTGATCCAAATCCTGCCATGGCTTCGCAGACAGC 1604
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TAAAATTGCTCAAGGGTCTCAGAGTGCTGATCCAAATCCTGCCATGGCTTCGCAGACAGC 1619
Query 1605 TTCGGTTAAAGGTTCATCCCTTCAGTGCCTGGTCAACGTTCTTAAATCACTAGTTGATTG 1664
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TTCAGTTAAAGGTTCATCCCTTCAGTGCCTCGTCAACGTTCTTAAATCACTAGTTGATTG 1679
Query 1665 GGAGAAAATAAGGAGAGAGGCAGAAAATAGTACAAGAAATGCAAACGAGGACTCTGCTTC 1724
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1680 GGAGAAAATAAGGAGAGAGGCAGAAAATAGTACACGAAATGCAAATGAGGACTCTGCTTC 1739
Query 1725 TACTGGAGAGCCAATTGAAACCAAAAGCAGGGAAGATGTCCCAAGCAACTTTGAGAAGGC 1784
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TGCTGGAGAGCCAATTGAAACCAAAAGCAGGGAAGATATCCCAAGCAACTTTGAGAAGGC 1799
Query 1785 TAAAGCTCATAAATCCACAATGGAGGCTGCCATCTCCGAGTTCAACAGGAATTCAGTGAA 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TAAAGCTCATAAATCCACAATGGAGGCTGCCATCTCCGAGTTCAACAGGAATTCAGTGAA 1859
Query 1845 GGGTGTCGAATATCTAATTGCAAACAAGTTGGTTGAAAGGAATCCTGCTTCAGTTGCACA 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GGGTGTCGAATATCTAATTGCAAACAAGTTGGTCGAAAGGAATCCTGCTTCAGTTGCACA 1919
Query 1905 GTTTCTGAGAAGTACTTCGAGTCTGAGCAAGGTTATGATTGGCGATTACCTGGGCCAACA 1964
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1920 GTTTCTGAGAAGTACTTCGAATCTGAGCAAGGTTATGATTGGCGATTATCTGGGCCAACA 1979
Query 1965 CGAGGAGTTTCCTCTTGCTGTCATGCATGCATATGTTGATTCAATGAAATTTTCAGAAAT 2024
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1980 CGAGGAGTTTCCTCTTGCTGTCATGCACGCATATGTTGATTCAATGAAATTTTCGGAAAT 2039
Query 2025 GAAGTTTCATTCGGCTATTCGTGAATTTCTCAAAGGTTTTAGACTTCCTGGAGAGGCCCA 2084
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2040 GAAGTTTCATTCAGCTATTCGTGAATTTCTCAAAGGTTTTAGACTTCCAGGAGAGGCCCA 2099
Query 2085 AAAAATTGATCGTATTATGGAAAAGTTCGCAGAAAGATATTGCGCAGACAATCCGGGTCT 2144
|||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AAAAATTGATCGCATTATGGAAAAGTTTGCTGAGAGATATTGCGCAGACAATCCGGGTCT 2159
Query 2145 TTTCAAGAATGCAGATACAGCCTACGTTCTAGCCTATGCAGTTATCATGTTAAATACAGA 2204
|||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TTTCAAGAATGCAGATACTGCATATGTTCTAGCCTATGCAGTTATCATGTTAAATACAGA 2219
Query 2205 TGCGCATAATCCTATGGTTTGGCCTAAGATGTCAAAATCAGATTTCACACGTATGAATGC 2264
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TGCACATAATCCAATGGTTTGGCCTAAGATGTCAAAATCGGATTTCACACGTATGAATGC 2279
Query 2265 CACTAATGATCCTGAAGATTGTGCTCCAACTGAACTTCTGGAAGAGATCTATGATTCTAT 2324
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 CACGAATGATCCTGAAGATTGTGCTCCAACTGAACTTCTGGAAGAGATCTATGATTCTAT 2339
Query 2325 TGTACAAGAAGAAATTAAACTAAAAGACGATGACACCATGAAGAAGCTCAGTAGTCAAAG 2384
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2340 TGTACAAGAAGAAATTAAACTAAAAGATGATGACACCATGAAGAAGCTCAGCAGTCAAAG 2399
Query 2385 GCCAGGAGGAGAAGAAAGAGGTGGTCTTGTCAGCATTCTTAATCTGGGTTTGCCAAAGAG 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2400 GCCAGGAGGAGAAGAAAGAGGTGGTCTTGTCAGTATTCTTAATCTGGGTTTGCCAAAAAG 2459
Query 2445 AATATCAGCAGCTGATGCTAAATCTGAGACTGAGGACATTGTTAGGAAAACACAGGAAAT 2504
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 AATATCAGCAGCTGATGCTAAGTCTGAGACTGAGGACATTGTTAGGAAAACACAGGAAAT 2519
Query 2505 TTTCCGAAAGCATGGAGTGAAAAGAGGAGTCTTTCACACGGTTGAGCAAGTGGACATTAT 2564
|||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 2520 TTTCCGGAAGCATGGAGTGAAACGAGGAGTCTTCCACACTGTTGAGCAAGTCGAAATTAT 2579
Query 2565 AAGGCCCATGGTGGAAGCTGTTGGGTGGCCTCTGCTTGCTGCTTTCTCCGTTACAATGGA 2624
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 AAGGCCCATGGTGGAAGCTGTTGGGTGGCCTTTACTTGCTGCTTTCTCCGTTACAATGGA 2639
Query 2625 AGTAGGTGATAACAAACCAAGGATTCTTCTCTGCATGGAGGGATTTAAAGCTGGAATACA 2684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AGTAGGTGATAACAAACCAAGGATTCTTCTCTGCATGGAGGGATTTAAAGCTGGAATACA 2699
Query 2685 TATTGCTTATGTTCTTGGAATGGATACAATGCGATATGCATTTCTAACATCGCTTGTCAG 2744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 TATTGCTTATGTTCTTGGAATGGATACAATGCGATATGCCTTTCTAACATCGCTTGTCAG 2759
Query 2745 GTTCACTTTCTTGCATGCTCCAAAAGAAATGCGGAGCAAAAATGTTGAAGCATTGAGGAT 2804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 GTTCACTTTCTTGCATGCTCCAAAAGAAATGCGGAGCAAAAATGTTGAAGCATTGAGGAT 2819
Query 2805 ATTACTGGGGTTGTGTGACTCAGAACCTGACACCCTTCAAGATACTTGGAATGCAGTTTT 2864
|||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 ATTACTGGCTTTGTGTGACTCGGAACCTGATACCCTTCAAGATACTTGGAATGCAGTTTT 2879
Query 2865 AGAATGTGTTTCTAGGCTGGAATTCATTATTTCTACTCCCGGAATTGCTGCAACAGTAAT 2924
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2880 AGAATGTGTTTCTAGGCTTGAATTCATTATTTCTACTCCTGGGATTGCTGCAACAGTAAT 2939
Query 2925 GCATGGATCAAACCAGATCTCCAGGGATGGGGTTGTTCAATCATTGAAGGAGTTAGCCGG 2984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2940 GCATGGATCAAACCAGATCTCCAGGGATGGGGTTGTTCAATCATTGAAGGAGTTAGCCGG 2999
Query 2985 GAGACCTGCTGAACAAGTTTTTGTAAACAGTGTCAAGCTGCCCAGTGAATCTGTTGTGGA 3044
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 GAGGCCTGCTGAACAAGTTTTTGTAAACAGTGTCAAGCTGCCCAGTGAATCTGTTGTGGA 3059
Query 3045 GTTTTTTACTGCGCTATGTGGTGTTTCAGCTGAAGAATTGAAGCAGTCTCCTGCCCGTGT 3104
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 3060 ATTCTTTACTGCTCTATGTGGTGTTTCAGCTGAAGAACTGAAACAGTCTCCTGCCCGTGT 3119
Query 3105 TTTCAGCTTGCAGAAGCTAGTTGAGATCAGTTATTACAATATAGCACGTATCCGAATGGT 3164
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3120 TTTCAGCTTGCAGAAGCTAGTGGAGATCAGTTATTACAATATAGCTCGTATCCGAATGGT 3179
Query 3165 CTGGGCAAGAATATGGTCTGTCCTTGCCGAACATTTCGTATCTGCTGGTAGCCATCATGA 3224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3180 CTGGGCAAGAATATGGTCTGTCCTTGCCGAACATTTCGTATCTGCTGGTAGCCATCATGA 3239
Query 3225 TGAAAAGATTGCAATGTATGCCATAGATTCTCTGAGACAGCTCGGGATGAAGTATTTAGA 3284
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3240 TGAAAAAATTGCAATGTATGCCATAGATTCTCTGAGACAGCTCGGGATGAAGTATTTGGA 3299
Query 3285 ACGTGCTGAGCTCACCAATTTCACTTTCCAAAATGATATTCTCAAACCGTTCGTTATTAT 3344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3300 ACGTGCTGAGCTCACCAATTTCACTTTCCAAAATGATATTCTCAAACCGTTCGTTATTAT 3359
Query 3345 CATGCGGAATACTCAAAGTCAGACCATAAGGAGCCTAATTGTTGACTGCATCGTTCAGAT 3404
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3360 CATGCGGAATACTCAAAGCCAGACCATAAGGAGCCTAATTGTTGACTGCATCGTTCAGAT 3419
Query 3405 GATAAAATCTAAAGTTGGAAGTATCAAATCGGGATGGAGGAGTGTTTTTATGATATTTAC 3464
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3420 GATAAAATCTAAAGTTGGAAGTATAAAATCGGGATGGAGGAGTGTTTTTATGATATTTAC 3479
Query 3465 AGCAGCTGCAGATGACGAAGTTGAATCGATAGTTGAAAAATCATTTGAGAATGTTGAGCA 3524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3480 AGCAGCTGCAGATGACGAAGTTGAATCGATAGTTGAAAAATCATTTGAGAATGTTGAGCA 3539
Query 3525 AGTTATTCTGGAACACTTTGACCAGGTGATAGGTGACTGCTTCATGGATTGTGTCAATTG 3584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3540 AGTTATTCTGGAACACTTTGACCAGGTGATAGGTGACTGCTTCATGGATTGCGTCAATTG 3599
Query 3585 TCTCATCAGGTTTGCCAATAACAAAGCTTCAGACCGGATAAGCCTGAAAGCTATTGCCCT 3644
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3600 TCTCATCAGGTTTGCCAATAATAAAGCTTCAGACCGGATAAGCCTGAAAGCTATTGCCCT 3659
Query 3645 TCTCAGAATATGTGAGGATCGGCTTGCAGAGGGACTTATACCCGGTGGTGTTCTTAAGCC 3704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 3660 TCTCAGAATATGTGAGGATCGGCTTGCAGAGGGACTTATACCTGGTGGTGTTCTCAAGCC 3719
Query 3705 CGTTGATGGCAATGAGGATGAAACTTTTGATGTGACAGAGCATTACTGGTTTCCGATGCT 3764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3720 CGTTGATGGCAATGAGGATGAAACTTTTGATGTGACAGAGCATTACTGGTTTCCGATGCT 3779
Query 3765 TGCCGGTCTATCTGATCTCACATCTGATTATAGGCCCGAAGTTAGAAACTGTGCTCTGGA 3824
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3780 TGCCGGTCTGTCTGATCTCACATCTGATTTTAGGCCCGAAGTTAGAAACTGTGCTTTGGA 3839
Query 3825 GGTGTTGTTTGATTTGCTAAATGAAAGGGGAAACAAGTTCTCCACACCTTTCTGGGAGAG 3884
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3840 GGTGTTGTTTGATTTGCTGAATGAAAGGGGAAACAAGTTCTCCACACCTTTCTGGGAGAG 3899
Query 3885 TATCTTCCATCGCATCTTGTTTCCAATTTTTGATCATGTGAGTCATGCTGGAAAGGAAAG 3944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3900 TATCTTCCATCGCATCTTGTTTCCAATTTTTGATCATGTGAGTCATGCTGGAAAGGAAAG 3959
Query 3945 CTTAATATCTTCCGGGGATGTAAAATTTCGTGAAACAAGCATTCATTCCCTTCAGCTCCT 4004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3960 CTTAATATCTTCCGGGGATGTAAAATTTCGTGAAACAAGCATTCATTCCCTCCAGCTCCT 4019
Query 4005 CTGCAATCTCTTCAATACGTTCTACAAGGAAGTATGTTTTATGCTGCCTCCACTTTTAAG 4064
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4020 CTGCAATCTCTTCAATACGTTCTATAAGGAAGTATGTTTTATGCTGCCTCCACTTTTAAG 4079
Query 4065 TTTGCTCCTAGACTGTGCGAAGAAATCAGATCAGACAGTTGTTTCAATTTCATTAGGAGC 4124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 4080 TTTGCTCCTAGACTGTGCGAAGAAATCAGATCAGACAGTCGTGTCAATTTCCTTAGGAGC 4139
Query 4125 ATTGGTTCACCTCATCGAGGTTGGAGGCCACCAATTTAGTGAGGGAGACTGGGATATGCT 4184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4140 ATTGGTTCACCTCATCGAGGTTGGAGGCCACCAATTTAGTGAGGGAGACTGGGATATGCT 4199
Query 4185 CTTGAAAAGCATAAGAGATGCATCATACACAACTCAACCGCTGGAGCTGTTGAATGCTTT 4244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4200 TTTGAAAAGCATAAGAGATGCATCATACACAACTCAACCGCTGGAGCTGTTGAATGCTTT 4259
Query 4245 GAGTTTTGACAATCCGAAAAAGAACCTAGTTTTGGCAGGAGACATAGAGGCCGATGCCTC 4304
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4260 GAGTTTTGACAATCCGAAAAAGAACCTAGTTCTGACAGGAGACATAGAGGCCGATGCCTC 4319
Query 4305 TGATTCTCCACGAGTTGATCGTAATCCGGACGATATTAAAGATAATGGGAAAGTGTCCGC 4364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4320 TGATTCTCCACGAGTTGATCGTAATCCGGACGATATTAAAGATAATGGGAAAGTTTCCGC 4379
Query 4365 CCAGGCATCTCCAAGGATTGGTACTCATGGTACTTCCCTAGAATCTGGGATACCGCCTAA 4424
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4380 CCAGGCATCTCCAAGGATTGGTACTCATGGTGCTTCCGTAGAATCTGGGATACCGCCTAA 4439
Query 4425 GGCTGATGGTTCGGAAGGTCGTCCATCGTCATCTGGAAGGGCTCAAAAGGATGTGGATGA 4484
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 4440 GTCTGATGGCTCGGAAGGTCGTCCATCGTCATCTGGAAGAGCTCAAAAGGATGGGGATGA 4499
Query 4485 TGTGAATCTGCAGCGGAGTCAGACTTTTGGCCAAAGATTCATGGACAATCTCTTCCTCCG 4544
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 4500 TGTGAATTTGCAGCGGAGTCAGACTTTTGGCCAAAGATTCATGGACAATATCTTCCTCAG 4559
Query 4545 GAATCTCACATCTCAACCAAAAAGCTCTGTTGCAGAAGTGACTGTACCCTCCTCTCCATA 4604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 4560 GAATCTCACATCTCAACCAAAAAGCTCTGTTGCAGAAGTGTCTGTACCTTCCTCTCCATA 4619
Query 4605 TAAGCATGAAGATCCTACAGAGCCTGACAGCAGAGAAGAAGAGAGTCCAGCAT-TGGGAG 4663
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 4620 TAAGCATGAAGATCCTACAGAGCCCGACAGCAGAGAAGAAGAGAGTCCAGC-TCTGGGAG 4678
Query 4664 CTATTAGAGGAAAATGCATCACACAATTACTACTACTTGGTGCTATCAACAGCATCCAGC 4723
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4679 CTATTAGACGAAAATGCATCACACAATTACTACTACTTGGTGCTATCAACAGCATTCAGC 4738
Query 4724 AAAAATACTGGAGTAATTTGAAAACCCCACAGAAGATTGCGATTATGGACATCTTATTCT 4783
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4739 AAAAATACTGGAGTAATTTGAAAACACTACAGAAGATTGCGATTATGGACATCTTATTCT 4798
Query 4784 CTTTCATCGAATTTGCTTCTTCCTACAATTCATATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATC 4843
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 4799 CTTTCATAGAATTTGCTTCTTCCTACAATTCATATTCTAATCTCAGAACACGTATGAATC 4858
Query 4844 ACATTCCCACAGAGAGGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCA 4903
|||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4859 ACATTCCCGCTGAGAGGCCACCTTTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCA 4918
Query 4904 TATATTTGGACGTCTTGCAAAAGACAACTTCTGGGCTTGCGGATGATGCATCTAACTCGG 4963
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4919 TATATTTGGACGTCTTGCAAAAGACAACTTCTGGGCTTGCAGATGATGCATCTAACTCGG 4978
Query 4964 AAGATAGACTAGAAGGTGCAGCAGAAGAAAAATTGGTATCGTTCTGTGAACAGGTTCTGA 5023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4979 AAGATAGACTAGAAGGTGCAGCAGAAGAAAAATTGGTATCGTTCTGTGAACAGGTGCTGA 5038
Query 5024 AAGAAACATCTGATCTCCAGTCCACTTTGGGGGAGACTACTAACATGGATGTTCATCGGG 5083
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 5039 AAGAAACATCTGATCTCCAGTCCACTTTGGGGGAGACTACTAACATGGATGTCCATCGGG 5098
Query 5084 TACTGGAGCTACGTTCTCCCGTGATTGTGAAGGTTTTGGAAGGCATGTGCTTCATGAACA 5143
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5099 TACTGGAGCTGCGTTCTCCTGTGATTGTGAAGGTTTTGGAAGGCATGTGCTTCATGAACA 5158
Query 5144 ACACAATATTCAGGAAGCACATGAGAGAGTTCTACCCTCTGCTCACGAGGCTCGTTTGCT 5203
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |
Sbjct 5159 ACACAATATTCAGGAAACACATGAGAGAGTTCTACCCTCTGCTCACAAGGCTCAT--G-- 5214
Query 5204 GTGAACAGATGGAGATAAGAGGTGCACTAGCCAACCTTTTCAAAGCACAATTGAAGCCAC 5263
| | || | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5215 G--A-CA--T--A-A---GAGGTGCACTAGCCAACCTTTTCAAAGCACAATTGAAGCCAC 5263
Query 5264 TTTTGCAACAGTAA 5277
||||||||||||||
Sbjct 5264 TTTTGCAACAGTAA 5277
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 212703775497
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5