BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G43300.1 Length=5616 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg897087 jgi|Araly1|897087|Al_scaffold_0005_1053 8709 0.0 > Ahg897087 jgi|Araly1|897087|Al_scaffold_0005_1053 Length=5277 Score = 8709 bits (4716), Expect = 0.0 Identities = 5107/5294 (96%), Gaps = 34/5294 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGGCTGGTGGATTTTTGACTCGAGCATTTGATACGATGCTTAAGGAGTCTGGAGGA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1 ATGGCGGCTGGTGGATTTTTGACTCGAGCATTTGATACGATGCTTAAGGAGTCCGGAGGA 60 Query 61 AAGAAGTTTCCTGATCTCCAGAAAGCTATTCAAGCTTATCAAGATGGTTCAAAGGTTGTT 120 ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 61 AAGAAGTATCCTGATCTCCAGAAAGCTATTCAGGCTTATCAAGATGGTTCGAAGGTTGTT 120 Query 121 ACGCAGGCTGCACCCTCGAGCATAGTGGAGAGTTCACAAGCTGAAGGTGGAGGTGAAAAA 180 || ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 121 ACACAGGCTGCATCCTCGAGTGTAGACGAGAGTTCACAAGCTGAAGTTGGAGGTGAAAAA 180 Query 181 ACTGGGGTAGAAGCAGATGAACCGCAAAAAGTCACGAGTGCTGAAGTAG-CGCAGCAGGC 239 ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| | ||| ||||||| | || ||||||| Sbjct 181 ACTGGGGGAGAAACAGATGAACCGAAAAAAGTCCCAAGTTCTGAAGTGGCCG-AGCAGGC 239 Query 240 TAGCCAGTCAAAAAGTGAGACTATAAACGTTTCCTTAGCAAATGCTGGACACACATTAGG 299 |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 TAGCCAGTTAAAAAATGAGACTATAAATGTTTCCTTAGCAAATGCTGGACACACATTAGG 299 Query 300 GGGAGCGGAAGTGGAGCTTGTGCTGAAACCTCTACGCCTTGCATTTGAGACAAAGAACTT 359 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GGGAGCGGAAGTGGAGCTTGTTCTGAAACCTCTACGCCTTGCATTTGAGACAAAGAACTT 359 Query 360 AAAAATATTTGATGCTGCTTTGGATTGTCTTCATAAACTCATTGCCTATGATCATTTGGA 419 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 AAAAATATTTGATGCTGCTTTGGATTGTCTTCATAAACTCATTGCCTATGATCATTTGGA 419 Query 420 AGGGGATCCGGGGTTGGATGGTGGAAAAAATTCTGCACCTTTCACCGACATTCTGAACAT 479 ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 GGGGGATCCGGGATTGGATGGTGGAAAAAACTCTGCACCTTTCACCGACATTCTGAACAT 479 Query 480 GGTTTGCAGCTGTGTTGATAATTCATCACCAGACAGCACTGTACTCCAAGTACTGAAGGT 539 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 480 GGTTTGCAGCTGTGTTGATAATTCATCACCAGACAGCACTGTACTCCAAGTGCTGAAGGT 539 Query 540 TCTTCTTACAGCTGTTGCTTCAGGAAAGTTCAAAGTGCATGGGGAGCCATTGCTGGGAGT 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TCTTCTTACAGCTGTTGCTTCAGGAAAGTTCAAAGTGCATGGGGAGCCATTGCTGGGAGT 599 Query 600 TATTAGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGCAAGAGCCCAATTAACCAAGCAACTTC 659 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 TATTCGAGTTTGCTATAACATTGCTCTAAACAGCAAGAGCCCAATTAACCAAGCAACTTC 659 Query 660 TAAAGCAATGCTGACTCAGATGATAAGCATTGTATTCAGGAGAATGGAGACTGACATTGT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 TAAAGCAATGCTGACTCAGATGATAAGCATTGTATTCAGGAGAATGGAGACTGACATTGT 719 Query 720 TTCCGCATCATCCACAGTGTCTCAAGAAGAACATGTTTCAGGTGACACTTCAAGCCCTAA 779 ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 720 TTCCGCACCATCCACAGTGTCTCAGGAAGATCATGTTTCAGGCGACAGTTCAAGCCCTAA 779 Query 780 AAATGAAGAAATAACTGCAGCTGACGAAAATGAGAAAGAAATGACCTTAGGAGATGCACT 839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 AAATGAAGAAATAACTGCAGCTGACGAAAATGAGAAAGAAATGACCTTAGGAGATGCACT 839 Query 840 CACTCAGGCTAAAGACACAACTCTTGCATCTGTTGAAGAGCTGCATACCCTTGTGGGCGG 899 ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 CACTCAGGCAAAAGACACAACTCTTGCTTCTGTTGAAGAGCTGCATACCCTTGTGGGCGG 899 Query 900 TGCTGATATTAAGGGTTTAGAAGCCGCCCTTGACAAAGCTGTGCATCTTGAAGATGGCAA 959 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TGCTGATATTAAGGGTTTAGAAGCTGCCCTTGACAAAGCTGTGCATCTTGAAGATGGCAA 959 Query 960 GAAGATAAAACGGGGCATCGAGCTGGAGAGCATGAGTATTGGACAGCGTGATGCATTGCT 1019 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 GAAGATAAAACGGGGCATCGAGCTGGAGAGCATGAGTATTGGACAGCGTGATGCATTGCT 1019 Query 1020 TGTTTTCCGTACCCTTTGCAAGATGGGTATGAAAGAAGATAGTGATGAAGTCACAACCAA 1079 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 TGTTTTCCGTACCCTTTGCAAGATGGGTATGAAAGAAGATAGTGATGAAGTCACAACCAA 1079 Query 1080 GACCCGTATATTGTCTCTTGAGCTTCTTCAGGGTATGTTAGAAGGAGTTAGTCACTCATT 1139 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 1080 GACCCGTATATTGTCTCTTGAGCTTCTTCAGGGTATGTTAGAAGGAGTTAGTCATTCGTT 1139 Query 1140 TACAAAGAACTTTCACTTTATAGATTCAGTGAAAGCCTACCTCTCATATGCATTGTTGCG 1199 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TACAAAGAACTTTCACTTTATAGATTCAGTGAAAGCCTACCTCTCATATGCATTGTTGCG 1199 Query 1200 GGCGTCGGTTTCTCAGTCTTCTGTCATATTTCAGTATGCATCTGGTATCTTCTCCGTGCT 1259 ||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 GGCTTCAGTATCTCAGTCTTCTGTCATATTTCAGTATGCATCTGGTATCTTCTCCGTGCT 1259 Query 1260 TTTGCTGCGGTTCAGAGACAGTTT-AAA---AGTAA--GC----A---T--GGATTGTTA 1304 ||| |||||||||||||||||||| ||| || || | | | ||||||||| Sbjct 1260 TTTACTGCGGTTCAGAGACAGTTTAAAATTTAGAAATTCCTTTTATTGTGGGGATTGTTA 1319 Query 1305 CCTTTCACCATATTTTTCTGATCCTAAATCTCACTCTCAGGGTGAAATTGGTATATTTTT 1364 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1320 CCTTTCACCATATTTTTCTGATCCTAAATCTCACTTTCAGGGTGAAATTGGTATCTTTTT 1379 Query 1365 CCCCATCATCGTCTTAAGATCATTAGATAACTCCGAGTGTCCCAATGACCAAAAGATGGG 1424 |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 CCCCATCATCATCTTAAGATCATTAGATAGCTCCGAGTGTCCCAATGACCAAAAGATGGG 1439 Query 1425 TGTTCTTAGGATGCTTGAGAAAGTCTGCAAAGATCCTCAGATGCTTGTTGATGTGTATGT 1484 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 TGTTCTTAGGATGCTTGAGAAAGTCTGCAAAGATCCGCAGATGCTTGTTGATGTGTATGT 1499 Query 1485 AAACTATGATTGTGATCTAGAGGCCCCAAACTTGTTTGAGCGCATGGTAACAACTTTGTC 1544 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 AAACTATGATTGTGATCTAGAGGCTCCAAACTTGTTTGAGCGCATGGTAACAACTTTGTC 1559 Query 1545 TAAAATTGCTCAAGGGTCTCAGAGTGCTGATCCAAATCCTGCCATGGCTTCGCAGACAGC 1604 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 TAAAATTGCTCAAGGGTCTCAGAGTGCTGATCCAAATCCTGCCATGGCTTCGCAGACAGC 1619 Query 1605 TTCGGTTAAAGGTTCATCCCTTCAGTGCCTGGTCAACGTTCTTAAATCACTAGTTGATTG 1664 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 TTCAGTTAAAGGTTCATCCCTTCAGTGCCTCGTCAACGTTCTTAAATCACTAGTTGATTG 1679 Query 1665 GGAGAAAATAAGGAGAGAGGCAGAAAATAGTACAAGAAATGCAAACGAGGACTCTGCTTC 1724 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1680 GGAGAAAATAAGGAGAGAGGCAGAAAATAGTACACGAAATGCAAATGAGGACTCTGCTTC 1739 Query 1725 TACTGGAGAGCCAATTGAAACCAAAAGCAGGGAAGATGTCCCAAGCAACTTTGAGAAGGC 1784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 TGCTGGAGAGCCAATTGAAACCAAAAGCAGGGAAGATATCCCAAGCAACTTTGAGAAGGC 1799 Query 1785 TAAAGCTCATAAATCCACAATGGAGGCTGCCATCTCCGAGTTCAACAGGAATTCAGTGAA 1844 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 TAAAGCTCATAAATCCACAATGGAGGCTGCCATCTCCGAGTTCAACAGGAATTCAGTGAA 1859 Query 1845 GGGTGTCGAATATCTAATTGCAAACAAGTTGGTTGAAAGGAATCCTGCTTCAGTTGCACA 1904 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 GGGTGTCGAATATCTAATTGCAAACAAGTTGGTCGAAAGGAATCCTGCTTCAGTTGCACA 1919 Query 1905 GTTTCTGAGAAGTACTTCGAGTCTGAGCAAGGTTATGATTGGCGATTACCTGGGCCAACA 1964 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1920 GTTTCTGAGAAGTACTTCGAATCTGAGCAAGGTTATGATTGGCGATTATCTGGGCCAACA 1979 Query 1965 CGAGGAGTTTCCTCTTGCTGTCATGCATGCATATGTTGATTCAATGAAATTTTCAGAAAT 2024 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1980 CGAGGAGTTTCCTCTTGCTGTCATGCACGCATATGTTGATTCAATGAAATTTTCGGAAAT 2039 Query 2025 GAAGTTTCATTCGGCTATTCGTGAATTTCTCAAAGGTTTTAGACTTCCTGGAGAGGCCCA 2084 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2040 GAAGTTTCATTCAGCTATTCGTGAATTTCTCAAAGGTTTTAGACTTCCAGGAGAGGCCCA 2099 Query 2085 AAAAATTGATCGTATTATGGAAAAGTTCGCAGAAAGATATTGCGCAGACAATCCGGGTCT 2144 |||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 AAAAATTGATCGCATTATGGAAAAGTTTGCTGAGAGATATTGCGCAGACAATCCGGGTCT 2159 Query 2145 TTTCAAGAATGCAGATACAGCCTACGTTCTAGCCTATGCAGTTATCATGTTAAATACAGA 2204 |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 TTTCAAGAATGCAGATACTGCATATGTTCTAGCCTATGCAGTTATCATGTTAAATACAGA 2219 Query 2205 TGCGCATAATCCTATGGTTTGGCCTAAGATGTCAAAATCAGATTTCACACGTATGAATGC 2264 ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2220 TGCACATAATCCAATGGTTTGGCCTAAGATGTCAAAATCGGATTTCACACGTATGAATGC 2279 Query 2265 CACTAATGATCCTGAAGATTGTGCTCCAACTGAACTTCTGGAAGAGATCTATGATTCTAT 2324 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2280 CACGAATGATCCTGAAGATTGTGCTCCAACTGAACTTCTGGAAGAGATCTATGATTCTAT 2339 Query 2325 TGTACAAGAAGAAATTAAACTAAAAGACGATGACACCATGAAGAAGCTCAGTAGTCAAAG 2384 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2340 TGTACAAGAAGAAATTAAACTAAAAGATGATGACACCATGAAGAAGCTCAGCAGTCAAAG 2399 Query 2385 GCCAGGAGGAGAAGAAAGAGGTGGTCTTGTCAGCATTCTTAATCTGGGTTTGCCAAAGAG 2444 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2400 GCCAGGAGGAGAAGAAAGAGGTGGTCTTGTCAGTATTCTTAATCTGGGTTTGCCAAAAAG 2459 Query 2445 AATATCAGCAGCTGATGCTAAATCTGAGACTGAGGACATTGTTAGGAAAACACAGGAAAT 2504 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2460 AATATCAGCAGCTGATGCTAAGTCTGAGACTGAGGACATTGTTAGGAAAACACAGGAAAT 2519 Query 2505 TTTCCGAAAGCATGGAGTGAAAAGAGGAGTCTTTCACACGGTTGAGCAAGTGGACATTAT 2564 |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| Sbjct 2520 TTTCCGGAAGCATGGAGTGAAACGAGGAGTCTTCCACACTGTTGAGCAAGTCGAAATTAT 2579 Query 2565 AAGGCCCATGGTGGAAGCTGTTGGGTGGCCTCTGCTTGCTGCTTTCTCCGTTACAATGGA 2624 ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2580 AAGGCCCATGGTGGAAGCTGTTGGGTGGCCTTTACTTGCTGCTTTCTCCGTTACAATGGA 2639 Query 2625 AGTAGGTGATAACAAACCAAGGATTCTTCTCTGCATGGAGGGATTTAAAGCTGGAATACA 2684 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2640 AGTAGGTGATAACAAACCAAGGATTCTTCTCTGCATGGAGGGATTTAAAGCTGGAATACA 2699 Query 2685 TATTGCTTATGTTCTTGGAATGGATACAATGCGATATGCATTTCTAACATCGCTTGTCAG 2744 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2700 TATTGCTTATGTTCTTGGAATGGATACAATGCGATATGCCTTTCTAACATCGCTTGTCAG 2759 Query 2745 GTTCACTTTCTTGCATGCTCCAAAAGAAATGCGGAGCAAAAATGTTGAAGCATTGAGGAT 2804 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2760 GTTCACTTTCTTGCATGCTCCAAAAGAAATGCGGAGCAAAAATGTTGAAGCATTGAGGAT 2819 Query 2805 ATTACTGGGGTTGTGTGACTCAGAACCTGACACCCTTCAAGATACTTGGAATGCAGTTTT 2864 |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2820 ATTACTGGCTTTGTGTGACTCGGAACCTGATACCCTTCAAGATACTTGGAATGCAGTTTT 2879 Query 2865 AGAATGTGTTTCTAGGCTGGAATTCATTATTTCTACTCCCGGAATTGCTGCAACAGTAAT 2924 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 2880 AGAATGTGTTTCTAGGCTTGAATTCATTATTTCTACTCCTGGGATTGCTGCAACAGTAAT 2939 Query 2925 GCATGGATCAAACCAGATCTCCAGGGATGGGGTTGTTCAATCATTGAAGGAGTTAGCCGG 2984 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2940 GCATGGATCAAACCAGATCTCCAGGGATGGGGTTGTTCAATCATTGAAGGAGTTAGCCGG 2999 Query 2985 GAGACCTGCTGAACAAGTTTTTGTAAACAGTGTCAAGCTGCCCAGTGAATCTGTTGTGGA 3044 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3000 GAGGCCTGCTGAACAAGTTTTTGTAAACAGTGTCAAGCTGCCCAGTGAATCTGTTGTGGA 3059 Query 3045 GTTTTTTACTGCGCTATGTGGTGTTTCAGCTGAAGAATTGAAGCAGTCTCCTGCCCGTGT 3104 || |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| Sbjct 3060 ATTCTTTACTGCTCTATGTGGTGTTTCAGCTGAAGAACTGAAACAGTCTCCTGCCCGTGT 3119 Query 3105 TTTCAGCTTGCAGAAGCTAGTTGAGATCAGTTATTACAATATAGCACGTATCCGAATGGT 3164 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3120 TTTCAGCTTGCAGAAGCTAGTGGAGATCAGTTATTACAATATAGCTCGTATCCGAATGGT 3179 Query 3165 CTGGGCAAGAATATGGTCTGTCCTTGCCGAACATTTCGTATCTGCTGGTAGCCATCATGA 3224 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3180 CTGGGCAAGAATATGGTCTGTCCTTGCCGAACATTTCGTATCTGCTGGTAGCCATCATGA 3239 Query 3225 TGAAAAGATTGCAATGTATGCCATAGATTCTCTGAGACAGCTCGGGATGAAGTATTTAGA 3284 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 3240 TGAAAAAATTGCAATGTATGCCATAGATTCTCTGAGACAGCTCGGGATGAAGTATTTGGA 3299 Query 3285 ACGTGCTGAGCTCACCAATTTCACTTTCCAAAATGATATTCTCAAACCGTTCGTTATTAT 3344 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3300 ACGTGCTGAGCTCACCAATTTCACTTTCCAAAATGATATTCTCAAACCGTTCGTTATTAT 3359 Query 3345 CATGCGGAATACTCAAAGTCAGACCATAAGGAGCCTAATTGTTGACTGCATCGTTCAGAT 3404 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3360 CATGCGGAATACTCAAAGCCAGACCATAAGGAGCCTAATTGTTGACTGCATCGTTCAGAT 3419 Query 3405 GATAAAATCTAAAGTTGGAAGTATCAAATCGGGATGGAGGAGTGTTTTTATGATATTTAC 3464 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3420 GATAAAATCTAAAGTTGGAAGTATAAAATCGGGATGGAGGAGTGTTTTTATGATATTTAC 3479 Query 3465 AGCAGCTGCAGATGACGAAGTTGAATCGATAGTTGAAAAATCATTTGAGAATGTTGAGCA 3524 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3480 AGCAGCTGCAGATGACGAAGTTGAATCGATAGTTGAAAAATCATTTGAGAATGTTGAGCA 3539 Query 3525 AGTTATTCTGGAACACTTTGACCAGGTGATAGGTGACTGCTTCATGGATTGTGTCAATTG 3584 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 3540 AGTTATTCTGGAACACTTTGACCAGGTGATAGGTGACTGCTTCATGGATTGCGTCAATTG 3599 Query 3585 TCTCATCAGGTTTGCCAATAACAAAGCTTCAGACCGGATAAGCCTGAAAGCTATTGCCCT 3644 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3600 TCTCATCAGGTTTGCCAATAATAAAGCTTCAGACCGGATAAGCCTGAAAGCTATTGCCCT 3659 Query 3645 TCTCAGAATATGTGAGGATCGGCTTGCAGAGGGACTTATACCCGGTGGTGTTCTTAAGCC 3704 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 3660 TCTCAGAATATGTGAGGATCGGCTTGCAGAGGGACTTATACCTGGTGGTGTTCTCAAGCC 3719 Query 3705 CGTTGATGGCAATGAGGATGAAACTTTTGATGTGACAGAGCATTACTGGTTTCCGATGCT 3764 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3720 CGTTGATGGCAATGAGGATGAAACTTTTGATGTGACAGAGCATTACTGGTTTCCGATGCT 3779 Query 3765 TGCCGGTCTATCTGATCTCACATCTGATTATAGGCCCGAAGTTAGAAACTGTGCTCTGGA 3824 ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3780 TGCCGGTCTGTCTGATCTCACATCTGATTTTAGGCCCGAAGTTAGAAACTGTGCTTTGGA 3839 Query 3825 GGTGTTGTTTGATTTGCTAAATGAAAGGGGAAACAAGTTCTCCACACCTTTCTGGGAGAG 3884 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3840 GGTGTTGTTTGATTTGCTGAATGAAAGGGGAAACAAGTTCTCCACACCTTTCTGGGAGAG 3899 Query 3885 TATCTTCCATCGCATCTTGTTTCCAATTTTTGATCATGTGAGTCATGCTGGAAAGGAAAG 3944 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3900 TATCTTCCATCGCATCTTGTTTCCAATTTTTGATCATGTGAGTCATGCTGGAAAGGAAAG 3959 Query 3945 CTTAATATCTTCCGGGGATGTAAAATTTCGTGAAACAAGCATTCATTCCCTTCAGCTCCT 4004 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 3960 CTTAATATCTTCCGGGGATGTAAAATTTCGTGAAACAAGCATTCATTCCCTCCAGCTCCT 4019 Query 4005 CTGCAATCTCTTCAATACGTTCTACAAGGAAGTATGTTTTATGCTGCCTCCACTTTTAAG 4064 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4020 CTGCAATCTCTTCAATACGTTCTATAAGGAAGTATGTTTTATGCTGCCTCCACTTTTAAG 4079 Query 4065 TTTGCTCCTAGACTGTGCGAAGAAATCAGATCAGACAGTTGTTTCAATTTCATTAGGAGC 4124 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| Sbjct 4080 TTTGCTCCTAGACTGTGCGAAGAAATCAGATCAGACAGTCGTGTCAATTTCCTTAGGAGC 4139 Query 4125 ATTGGTTCACCTCATCGAGGTTGGAGGCCACCAATTTAGTGAGGGAGACTGGGATATGCT 4184 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4140 ATTGGTTCACCTCATCGAGGTTGGAGGCCACCAATTTAGTGAGGGAGACTGGGATATGCT 4199 Query 4185 CTTGAAAAGCATAAGAGATGCATCATACACAACTCAACCGCTGGAGCTGTTGAATGCTTT 4244 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4200 TTTGAAAAGCATAAGAGATGCATCATACACAACTCAACCGCTGGAGCTGTTGAATGCTTT 4259 Query 4245 GAGTTTTGACAATCCGAAAAAGAACCTAGTTTTGGCAGGAGACATAGAGGCCGATGCCTC 4304 ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4260 GAGTTTTGACAATCCGAAAAAGAACCTAGTTCTGACAGGAGACATAGAGGCCGATGCCTC 4319 Query 4305 TGATTCTCCACGAGTTGATCGTAATCCGGACGATATTAAAGATAATGGGAAAGTGTCCGC 4364 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 4320 TGATTCTCCACGAGTTGATCGTAATCCGGACGATATTAAAGATAATGGGAAAGTTTCCGC 4379 Query 4365 CCAGGCATCTCCAAGGATTGGTACTCATGGTACTTCCCTAGAATCTGGGATACCGCCTAA 4424 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 4380 CCAGGCATCTCCAAGGATTGGTACTCATGGTGCTTCCGTAGAATCTGGGATACCGCCTAA 4439 Query 4425 GGCTGATGGTTCGGAAGGTCGTCCATCGTCATCTGGAAGGGCTCAAAAGGATGTGGATGA 4484 | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| Sbjct 4440 GTCTGATGGCTCGGAAGGTCGTCCATCGTCATCTGGAAGAGCTCAAAAGGATGGGGATGA 4499 Query 4485 TGTGAATCTGCAGCGGAGTCAGACTTTTGGCCAAAGATTCATGGACAATCTCTTCCTCCG 4544 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 4500 TGTGAATTTGCAGCGGAGTCAGACTTTTGGCCAAAGATTCATGGACAATATCTTCCTCAG 4559 Query 4545 GAATCTCACATCTCAACCAAAAAGCTCTGTTGCAGAAGTGACTGTACCCTCCTCTCCATA 4604 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| Sbjct 4560 GAATCTCACATCTCAACCAAAAAGCTCTGTTGCAGAAGTGTCTGTACCTTCCTCTCCATA 4619 Query 4605 TAAGCATGAAGATCCTACAGAGCCTGACAGCAGAGAAGAAGAGAGTCCAGCAT-TGGGAG 4663 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 4620 TAAGCATGAAGATCCTACAGAGCCCGACAGCAGAGAAGAAGAGAGTCCAGC-TCTGGGAG 4678 Query 4664 CTATTAGAGGAAAATGCATCACACAATTACTACTACTTGGTGCTATCAACAGCATCCAGC 4723 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 4679 CTATTAGACGAAAATGCATCACACAATTACTACTACTTGGTGCTATCAACAGCATTCAGC 4738 Query 4724 AAAAATACTGGAGTAATTTGAAAACCCCACAGAAGATTGCGATTATGGACATCTTATTCT 4783 ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4739 AAAAATACTGGAGTAATTTGAAAACACTACAGAAGATTGCGATTATGGACATCTTATTCT 4798 Query 4784 CTTTCATCGAATTTGCTTCTTCCTACAATTCATATTCTAACCTTAGAACACGTATGAATC 4843 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 4799 CTTTCATAGAATTTGCTTCTTCCTACAATTCATATTCTAATCTCAGAACACGTATGAATC 4858 Query 4844 ACATTCCCACAGAGAGGCCACCTCTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCA 4903 |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4859 ACATTCCCGCTGAGAGGCCACCTTTAAACCTTCTCCGGCAAGAGCTGGAAGGAACCACCA 4918 Query 4904 TATATTTGGACGTCTTGCAAAAGACAACTTCTGGGCTTGCGGATGATGCATCTAACTCGG 4963 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 4919 TATATTTGGACGTCTTGCAAAAGACAACTTCTGGGCTTGCAGATGATGCATCTAACTCGG 4978 Query 4964 AAGATAGACTAGAAGGTGCAGCAGAAGAAAAATTGGTATCGTTCTGTGAACAGGTTCTGA 5023 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 4979 AAGATAGACTAGAAGGTGCAGCAGAAGAAAAATTGGTATCGTTCTGTGAACAGGTGCTGA 5038 Query 5024 AAGAAACATCTGATCTCCAGTCCACTTTGGGGGAGACTACTAACATGGATGTTCATCGGG 5083 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 5039 AAGAAACATCTGATCTCCAGTCCACTTTGGGGGAGACTACTAACATGGATGTCCATCGGG 5098 Query 5084 TACTGGAGCTACGTTCTCCCGTGATTGTGAAGGTTTTGGAAGGCATGTGCTTCATGAACA 5143 |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5099 TACTGGAGCTGCGTTCTCCTGTGATTGTGAAGGTTTTGGAAGGCATGTGCTTCATGAACA 5158 Query 5144 ACACAATATTCAGGAAGCACATGAGAGAGTTCTACCCTCTGCTCACGAGGCTCGTTTGCT 5203 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | Sbjct 5159 ACACAATATTCAGGAAACACATGAGAGAGTTCTACCCTCTGCTCACAAGGCTCAT--G-- 5214 Query 5204 GTGAACAGATGGAGATAAGAGGTGCACTAGCCAACCTTTTCAAAGCACAATTGAAGCCAC 5263 | | || | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5215 G--A-CA--T--A-A---GAGGTGCACTAGCCAACCTTTTCAAAGCACAATTGAAGCCAC 5263 Query 5264 TTTTGCAACAGTAA 5277 |||||||||||||| Sbjct 5264 TTTTGCAACAGTAA 5277 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 212703775497 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5