BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G43550.1
Length=1054
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475383 jgi|Araly1|475383|fgenesh2_kg.2__513__AT1G59406.1 1644 0.0
Ahg907559 jgi|Araly1|907559|Al_scaffold_0002_640 1591 0.0
> Ahg475383 jgi|Araly1|475383|fgenesh2_kg.2__513__AT1G59406.1
Length=1053
Score = 1644 bits (890), Expect = 0.0
Identities = 1003/1057 (95%), Gaps = 10/1057 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGCTTCAAATTATATGGCTCGCTTTGGTTTTAATCGCCGTTG-AGACTTATGCAGT 59
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Sbjct 4 ATGAAGCTTCAAATTCTATGGCTCGCTTTGGTTTTAATCGTCGTTGAAG-CTAATGCAGT 62
Query 60 TAAGCAAGGGAAAAACGTAACGATCCCCGCGCTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 119
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Sbjct 63 CAAGCAAGGGATAAACGCAACGATCCCGGCGCTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 122
Query 120 TACAGGAAATAACAATAATCTTCCCACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATACGGTAA 179
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Sbjct 123 TACAGGAAATAACAATAATCTTCCCACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATATGGTAA 182
Query 180 AGATTATCCTGGAGGCTTTGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 239
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Sbjct 183 AGATTATCCTGGAGGCTTTGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 242
Query 240 TATTGCGGAAAAATTGGGATTGGT-TAAGACATTACCAGCATATATGAATCCATATTTGA 298
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Sbjct 243 TATTGCCGAAAAGTTGGGATTG-TCTAAGACATTACCAGCATATATGAATCCATATTTGA 301
Query 299 AGCCACATGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACCGGTTATGATCCAT 358
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Sbjct 302 AGCCTGAGGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCTT 361
Query 359 TGACAGCAAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 418
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Sbjct 362 TGACAGCTAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 421
Query 419 ATATATCAAAGATCAAGAGGCATTTCGGAGAAGAAAAAGCCAAAGATATCTTGGAACATA 478
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Sbjct 422 ATATATCAAAGATCAAGAGGCATTTCGGAGAAGAAAAAGCCAAAGAAATCTTGGAACATA 481
Query 479 GTTTCTTTCTCGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCTC 538
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Sbjct 482 GTTTCTTTCTTGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCTC 541
Query 539 ATAGATATGATCGTACCTCTTATGCCAATTTCTTGGCTGACTCTGCTGTTCATTTCGTGA 598
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Sbjct 542 ATAGATATGATCGTATCTCTTACGCCAATTTCTTGGCTGATTCTGCTGTCCATTTCGTGA 601
Query 599 GAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCTGTTGGTT 658
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Sbjct 602 AAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGGAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCCGTTGGTT 661
Query 659 GTGTTCCACTCCAAAGAACAGTTTTTGGAGG-TTTCTTTACAAGAGGATGTAATCAACCT 717
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Sbjct 662 GTGTTCCTCTTCAAAGAACAGTTTTTGGAGGGTTT-TTTACAAGAGGATGTAATCAACCT 720
Query 718 CTAAACAATATGGCAAAACAATTTAACGCAAGACTTTCTCCAGCACTAGATTCTTTAGAT 777
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Sbjct 721 CTAAACAACATGGCAAAACAATTCAACGCAAGACTTTCTCCGGCACTAGATTCTTTAGAT 780
Query 778 AAAGAGTTGGATGGTGTTATTATTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTTGACATGATC 837
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Sbjct 781 AAAGAGTTGGATGGTGTCATCCTTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTCGACATGATC 840
Query 838 CAACATCCTAAAAAATATGGCAGGTTTTGAGGTGGCTGATAGAGGATGTTGCGGTAAAGG 897
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Sbjct 841 CAACACCCTAAAAAATA---C-GGTTTTGAGGTAGCTGATAGAGGATGTTGCGGTAAAGG 896
Query 898 ACTGCTCACGATCTCCTATTTATGTAACTCATTGAACCCATTTACGTGTTCTAACTCTTC 957
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Sbjct 897 ACTGCTCACGATATCCTATATGTGTAACTCATTGAACCCATTTACGTGTTCTAACTCTTC 956
Query 958 AGCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAAGTGAAAGAGCTTATCAAGTTATTGTCGA 1017
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Sbjct 957 ATCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAACTGAAAGAGCTTATCAAGTTATTGTCGA 1016
Query 1018 CAATTTACTTGACAAATATTTGAGCAAAGTATATTGA 1054
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Sbjct 1017 CAATTTACTCGAAAAATATTTGAGCAAAGTCTATTGA 1053
> Ahg907559 jgi|Araly1|907559|Al_scaffold_0002_640
Length=1050
Score = 1591 bits (861), Expect = 0.0
Identities = 992/1055 (94%), Gaps = 10/1055 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGCTTCAAATTATATGGCTCGCTTTGGTTTTAATCGCCGTTG-AGACTTATGCAGT 59
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Sbjct 1 ATGAAGCTTCAAATTCTATGTCTCGCTTTGGTTTTAATCGCCATTGAAG-CTAATGCAGC 59
Query 60 TAAGCAAGGGAAAAACGTAACGATCCCCGCGCTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 119
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Sbjct 60 CAAGCAAGGGATAAACGCAACGATCCCGGCACTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 119
Query 120 TACAGGAAATAACAATAATCTTCCCACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATACGGTAA 179
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Sbjct 120 TACAGGAAATAACAATAATCTTCACACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATATGGTAA 179
Query 180 AGATTATCCTGGAGGCTTTGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 239
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Sbjct 180 AGATTATCCTGGAGGCTTCGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 239
Query 240 TATTGCGGAAAAATTGGGATTGGTTAAGACATTACCAGCATATATGAATCC-ATATTTGA 298
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Sbjct 240 TATTGCGGAAAAGTTGGGATTGGCTAAGACATTACCAGCATATATGAA-CCGAAATTTGA 298
Query 299 AGCCACATGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACCGGTTATGATCCAT 358
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Sbjct 299 AGCCTGAGGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCTT 358
Query 359 TGACAGCAAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 418
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Sbjct 359 TGACAGCTAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 418
Query 419 ATATATCAAAGATCAAGAGGCA-TTTCGGAGAAGAAAAAGCCAAAGATATCTTGGAACAT 477
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Sbjct 419 ATATATCAAAGATCAAGAAGCACTTT-GGAGAAGAAAAAGCCAAAGAAATCTTGGAACAT 477
Query 478 AGTTTCTTTCTCGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCT 537
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Sbjct 478 AGTTTCTTTCTTGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCT 537
Query 538 CATAGATATGATCGTACCTCTTATGCCAATTTCTTGGCTGACTCTGCTGTTCATTTCGTG 597
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Sbjct 538 CATCGATATGATCGTACTTCTTACGCCAATTTCCTGGCTGACTCTGCTGTCCATTTCGTG 597
Query 598 AGAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCTGTTGGT 657
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Sbjct 598 AGAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCTGTTGGT 657
Query 658 TGTGTTCCACTCCAAAGAACAGTTTTTGGAGGTTTCTTTACAAGAGGATGTAATCAACCT 717
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Sbjct 658 TGTGTTCCACTCCAAAGAACAGTTTTTGGAGGTTTTTTTACAAGAAGATGTAACCAACCT 717
Query 718 CTAAACAATATGGCAAAACAATTTAACGCAAGACTTTCTCCAGCACTAGATTCTTTAGAT 777
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Sbjct 718 CTAAACAACATGGCAAAACAATTCAACGCAAGACTTTCTCCAGCTCTAGATTCTTTAGAT 777
Query 778 AAAGAGTTGGATGGTGTTATTATTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTTGACATGATC 837
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Sbjct 778 AAAGAGTTGGATGGTGTTATTCTTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTTGACATGATC 837
Query 838 CAACATCCTAAAAAATATGGCAGGTTTTGAGGTGGCTGATAGAGGATGTTGCGGTAAAGG 897
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Sbjct 838 CAACACCCTAAAAAATATGG----TTTTGAGGTAGCTGATAAAGGATGTTGTGGTAAAGG 893
Query 898 ACTGCTCACGATCTCCTATTTATGTAACTCATTGAACCCATTTACGTGTTCTAACTCTTC 957
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Sbjct 894 ACTGCTCACGATATCCTATTTATGTAACTTATTGAACCCATTTACATGTTCAAATTCTTC 953
Query 958 AGCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAAGTGAAAGAGCTTATCAAGTTATTGTCGA 1017
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Sbjct 954 AGCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAACCGAAAGAGCTTATCAAGTCATCGTTGA 1013
Query 1018 CAATTTACTTGACAAATATTTGAGCAAAGTATATT 1052
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Sbjct 1014 CAATTTACTCGACAAATATTTGAGCAAAGTCTATT 1048
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 39228481593
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5