BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G43550.1 Length=1054 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg475383 jgi|Araly1|475383|fgenesh2_kg.2__513__AT1G59406.1 1644 0.0 Ahg907559 jgi|Araly1|907559|Al_scaffold_0002_640 1591 0.0 > Ahg475383 jgi|Araly1|475383|fgenesh2_kg.2__513__AT1G59406.1 Length=1053 Score = 1644 bits (890), Expect = 0.0 Identities = 1003/1057 (95%), Gaps = 10/1057 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAAGCTTCAAATTATATGGCTCGCTTTGGTTTTAATCGCCGTTG-AGACTTATGCAGT 59 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||| Sbjct 4 ATGAAGCTTCAAATTCTATGGCTCGCTTTGGTTTTAATCGTCGTTGAAG-CTAATGCAGT 62 Query 60 TAAGCAAGGGAAAAACGTAACGATCCCCGCGCTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 119 |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 63 CAAGCAAGGGATAAACGCAACGATCCCGGCGCTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 122 Query 120 TACAGGAAATAACAATAATCTTCCCACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATACGGTAA 179 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 123 TACAGGAAATAACAATAATCTTCCCACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATATGGTAA 182 Query 180 AGATTATCCTGGAGGCTTTGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 239 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 183 AGATTATCCTGGAGGCTTTGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 242 Query 240 TATTGCGGAAAAATTGGGATTGGT-TAAGACATTACCAGCATATATGAATCCATATTTGA 298 |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 243 TATTGCCGAAAAGTTGGGATTG-TCTAAGACATTACCAGCATATATGAATCCATATTTGA 301 Query 299 AGCCACATGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACCGGTTATGATCCAT 358 |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 302 AGCCTGAGGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCTT 361 Query 359 TGACAGCAAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 418 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 362 TGACAGCTAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 421 Query 419 ATATATCAAAGATCAAGAGGCATTTCGGAGAAGAAAAAGCCAAAGATATCTTGGAACATA 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 422 ATATATCAAAGATCAAGAGGCATTTCGGAGAAGAAAAAGCCAAAGAAATCTTGGAACATA 481 Query 479 GTTTCTTTCTCGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCTC 538 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 482 GTTTCTTTCTTGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCTC 541 Query 539 ATAGATATGATCGTACCTCTTATGCCAATTTCTTGGCTGACTCTGCTGTTCATTTCGTGA 598 ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| Sbjct 542 ATAGATATGATCGTATCTCTTACGCCAATTTCTTGGCTGATTCTGCTGTCCATTTCGTGA 601 Query 599 GAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCTGTTGGTT 658 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 602 AAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGGAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCCGTTGGTT 661 Query 659 GTGTTCCACTCCAAAGAACAGTTTTTGGAGG-TTTCTTTACAAGAGGATGTAATCAACCT 717 ||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 662 GTGTTCCTCTTCAAAGAACAGTTTTTGGAGGGTTT-TTTACAAGAGGATGTAATCAACCT 720 Query 718 CTAAACAATATGGCAAAACAATTTAACGCAAGACTTTCTCCAGCACTAGATTCTTTAGAT 777 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 721 CTAAACAACATGGCAAAACAATTCAACGCAAGACTTTCTCCGGCACTAGATTCTTTAGAT 780 Query 778 AAAGAGTTGGATGGTGTTATTATTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTTGACATGATC 837 ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 781 AAAGAGTTGGATGGTGTCATCCTTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTCGACATGATC 840 Query 838 CAACATCCTAAAAAATATGGCAGGTTTTGAGGTGGCTGATAGAGGATGTTGCGGTAAAGG 897 ||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 CAACACCCTAAAAAATA---C-GGTTTTGAGGTAGCTGATAGAGGATGTTGCGGTAAAGG 896 Query 898 ACTGCTCACGATCTCCTATTTATGTAACTCATTGAACCCATTTACGTGTTCTAACTCTTC 957 |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 897 ACTGCTCACGATATCCTATATGTGTAACTCATTGAACCCATTTACGTGTTCTAACTCTTC 956 Query 958 AGCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAAGTGAAAGAGCTTATCAAGTTATTGTCGA 1017 | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 ATCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAACTGAAAGAGCTTATCAAGTTATTGTCGA 1016 Query 1018 CAATTTACTTGACAAATATTTGAGCAAAGTATATTGA 1054 ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1017 CAATTTACTCGAAAAATATTTGAGCAAAGTCTATTGA 1053 > Ahg907559 jgi|Araly1|907559|Al_scaffold_0002_640 Length=1050 Score = 1591 bits (861), Expect = 0.0 Identities = 992/1055 (94%), Gaps = 10/1055 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAAGCTTCAAATTATATGGCTCGCTTTGGTTTTAATCGCCGTTG-AGACTTATGCAGT 59 ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||| || || |||||| Sbjct 1 ATGAAGCTTCAAATTCTATGTCTCGCTTTGGTTTTAATCGCCATTGAAG-CTAATGCAGC 59 Query 60 TAAGCAAGGGAAAAACGTAACGATCCCCGCGCTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 119 |||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 CAAGCAAGGGATAAACGCAACGATCCCGGCACTAATAGTTTTTGGAGATTCAATAATGGA 119 Query 120 TACAGGAAATAACAATAATCTTCCCACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATACGGTAA 179 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 120 TACAGGAAATAACAATAATCTTCACACTCTTCTTAAATGTAACTTCCCTCCATATGGTAA 179 Query 180 AGATTATCCTGGAGGCTTTGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 239 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 AGATTATCCTGGAGGCTTCGCCACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTTCTGATCT 239 Query 240 TATTGCGGAAAAATTGGGATTGGTTAAGACATTACCAGCATATATGAATCC-ATATTTGA 298 |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||| Sbjct 240 TATTGCGGAAAAGTTGGGATTGGCTAAGACATTACCAGCATATATGAA-CCGAAATTTGA 298 Query 299 AGCCACATGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACCGGTTATGATCCAT 358 |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 299 AGCCTGAGGATCTTCTTAAAGGTGTAACATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCTT 358 Query 359 TGACAGCAAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 418 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 359 TGACAGCTAAAATTATGTCAGTGATATCGGTGTGGGATCAACTCATATATTTCAAAGAAT 418 Query 419 ATATATCAAAGATCAAGAGGCA-TTTCGGAGAAGAAAAAGCCAAAGATATCTTGGAACAT 477 |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 419 ATATATCAAAGATCAAGAAGCACTTT-GGAGAAGAAAAAGCCAAAGAAATCTTGGAACAT 477 Query 478 AGTTTCTTTCTCGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCT 537 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 AGTTTCTTTCTTGTGGTGTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATTTAGCTCAAGCT 537 Query 538 CATAGATATGATCGTACCTCTTATGCCAATTTCTTGGCTGACTCTGCTGTTCATTTCGTG 597 ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 538 CATCGATATGATCGTACTTCTTACGCCAATTTCCTGGCTGACTCTGCTGTCCATTTCGTG 597 Query 598 AGAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCTGTTGGT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 AGAGAATTACATAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGAGTGTTTAGTGCAGTCCCTGTTGGT 657 Query 658 TGTGTTCCACTCCAAAGAACAGTTTTTGGAGGTTTCTTTACAAGAGGATGTAATCAACCT 717 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| Sbjct 658 TGTGTTCCACTCCAAAGAACAGTTTTTGGAGGTTTTTTTACAAGAAGATGTAACCAACCT 717 Query 718 CTAAACAATATGGCAAAACAATTTAACGCAAGACTTTCTCCAGCACTAGATTCTTTAGAT 777 |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 718 CTAAACAACATGGCAAAACAATTCAACGCAAGACTTTCTCCAGCTCTAGATTCTTTAGAT 777 Query 778 AAAGAGTTGGATGGTGTTATTATTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTTGACATGATC 837 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 AAAGAGTTGGATGGTGTTATTCTTTACATTAATGTTTATGATACTCTTTTTGACATGATC 837 Query 838 CAACATCCTAAAAAATATGGCAGGTTTTGAGGTGGCTGATAGAGGATGTTGCGGTAAAGG 897 ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 838 CAACACCCTAAAAAATATGG----TTTTGAGGTAGCTGATAAAGGATGTTGTGGTAAAGG 893 Query 898 ACTGCTCACGATCTCCTATTTATGTAACTCATTGAACCCATTTACGTGTTCTAACTCTTC 957 |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||| Sbjct 894 ACTGCTCACGATATCCTATTTATGTAACTTATTGAACCCATTTACATGTTCAAATTCTTC 953 Query 958 AGCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAAGTGAAAGAGCTTATCAAGTTATTGTCGA 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || Sbjct 954 AGCTTATATATTTTGGGATAGCTATCATCCAACCGAAAGAGCTTATCAAGTCATCGTTGA 1013 Query 1018 CAATTTACTTGACAAATATTTGAGCAAAGTATATT 1052 ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1014 CAATTTACTCGACAAATATTTGAGCAAAGTCTATT 1048 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 39228481593 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5