BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G43600.1
Length=4268
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg323092 jgi|Araly1|323092|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000636 5975 0.0
Ahg470440 jgi|Araly1|470440|fgenesh2_kg.1__394__AT1G04580.1 195 3e-48
> Ahg323092 jgi|Araly1|323092|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000636
Length=3957
Score = 5975 bits (3235), Expect = 0.0
Identities = 3726/3966 (94%), Gaps = 22/3966 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 132 ATGAGCTTGGTTTTCGCCATTAATGGACAAAGGTTCGAGCTTGAGCTCTCCTCTGTTGAC 191
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAGCTTGGTTTTCGCCATTAATGGGCAAAGGTTCGAGCTTGAGCTCTCCTCTGTTGAC 60
Query 192 CCTTCAACAACTTTGTTGGAGTTTCTTCGTTATCAGACTTCTTTCAAGAGTGTCAAGCTC 251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||||||
Sbjct 61 CCTTCAACAACTTTGTTGGAGTTTCTTCGTTATCAGACTACTTGCAAGAGCGTTAAGCTC 120
Query 252 AGCTGCGGTGAAGGAGGATGTGGTGCTTGTGTTGTTCTTCTCTCCAAGTTCGATCCTGTC 311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 AGCTGCGGTGAAGGAGGATGTGGTGCTTGTGTTGTTCTTCTCTCCAAGTACGATCCTGTT 180
Query 312 TTACAAAAAGTCGAAGATTTCACTGTGAGCTCTTGTCTTACACTCCTCTGCAGCGTCAAC 371
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTACAAAAAGTCGAAGATTTCACTGTCAGCTCTTGCCTCACTCTCCTCTGCAGCGTCAAC 240
Query 372 CACTGCAATATTACGACATCAGAAGGACTTGGGAACAGCAGAGACGGTTTCCACCCGATT 431
||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||
Sbjct 241 CACTGCAGTATTACGACTTCAGAAGGACTTGGCAACAGCAGGGATGGTTTTCATCCGATT 300
Query 432 CACAAGCGGTTATCCGGTTTCCATGCCTCTCAATGTGGTTTCTGTACACCTGGAATGTCT 491
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 301 CACAAGCGGTTATCTGGTTTCCATGCCTCTCAATGTGGTTTCTGTACACCTGGGATGTGT 360
Query 492 GTTTCTCTCTTCTCTGCTCTTTTAGATGCTGACAAGTCTCAATATTCCGACCTTACGGTT 551
||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 361 GTTTCTCTCTTCTCTGCACTCTTAGACGCTGACAAGTCTCAATCTTCCGAGCTTACGGTT 420
Query 552 GTGGAAGCAGAGAAGGCTGTCTCAGGAAACTTATGTCGGTGTACTGGTTACCGTCCGATT 611
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GTGGAAGCAGAGAAGGCTGTCTCGGGAAACTTATGTCGGTGTACTGGTTACCGTCCGATT 480
Query 612 GTTGATGCTTGTAAGAGCTTTGCTTCGGATGTTGACATTGAGGATCTTGGATTAAACTCT 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 481 GTTGATGCTTGTAAGAGCTTTGCTTCGGATGTTGACATTGAGGATCTTGGACTCAACTCT 540
Query 672 TTTTGTAGGAAAGGGGATAAAGATTCTAGTAGTTTAACTCGGTTTGATAGTGAGAAGCGT 731
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTCTGTAGGAAAGGGGATAAAGATTCTAGTAGTTTAACTCGGTTTGATAGTGAGAAGCGT 600
Query 732 ATTTGTACATTTCCAGAGTTTCTCAAGGATGAGATTAAGTCTGTGGATTCTGGAATGTAC 791
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTTGTACATTTCCGGAGTTTCTCAAGGAAGAGATTAAGTCTGTGGATTCTGGAATGTAT 660
Query 792 CGATGGTGCAGCCCAGCGAGTGTTGAGGAACTCTCGAGCTTATTGGAAGCTTGCAAGGCT 851
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 661 CGATGGTGCAGCCCAGGGAGTGTTGAGGAACTATCGAGCTTATTGGAAGCTTGCAGGGCT 720
Query 852 AATAGTAATACAGTTTCTATGAAATTGGTTGCTGGTAACACAAGTATGGGATACTATAAA 911
||| || ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AATCGTGATAGAGTATCTATCAAATTGGTTGCTGGTAACACAAGTATGGGATACTATAAG 780
Query 912 GATG-AAAGAGAGCAGAATTACGACAAATACATAGATATAACTCGAATCCCGCACCTTAA 970
|||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 781 GATGAAAAG-GAGCAGAATTATGACAAATACATAGATATAACTCGAATCCCGCAGCTCAA 839
Query 971 AGAGATCAGAGAAAACCAGAATGGGGTTGAGATAGGATCAGTGGTAACAATCTCTAAAGT 1030
|||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AGAGATAAAAGAAAACCAGAATGGGGTTGAGATCGGATCAGTGGTAACAATCTCTAAAGT 899
Query 1031 TATTGCTGCTCTGAAGGAGATTAGGGTCTCACCGGGAGTGGAGAAGATATTTGGAAAACT 1090
|||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 900 TATTTCTGCTCTGAAGGAGATTCGGGTCTCACTGGGAGTAGAGAAGATGTTTGGGAAACT 959
Query 1091 TGCTACTCATATGGAAATGATAGCGGCGAGATTTATCAGGAACTTTGGTAGCATTGGTGG 1150
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 960 TGCTACTCATATGGAAAAGATTGCGGCGAGATTTATCAGGAACTTTGGGAGCATTGGGGG 1019
Query 1151 AAACCTTGTGATGGCTCAGAGGAAACAGTTTCCTTCTGATATGGCTACAATACTTCTTGC 1210
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 1020 GAACCTTGTAATGGCTCAGAGGAAACAGTTTCCTTCTGACATAGCCACAATACTTCTTGC 1079
Query 1211 AGCTGGTGCATTTGTTAACATAATGAGCTCATCAAGAGGACTCGAAAAGCTAACACTTGA 1270
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AGCTGGTACATTTGTTAACATAATGAGCTTGCCAAGAGAACTCGAAAAGCTAACACTTGA 1139
Query 1271 AGAGTTCCTTGAACGTTCTCCTCTTGAGGCTCATGATCTGGTTCTGAGTATTGAAATTCC 1330
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAAGTTCCTTGAACGTTCTCCTCTTGAGGCTCATGATCTGGTTCTGAGTATTGAAATTCC 1199
Query 1331 TTTTTGGCATTCTGAAACAAACTCTGAATTGTTCTTTGAAACCTATAGAGCTGCACCTCG 1390
|||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1200 TTTTTGGCATTCTGAAGCAAGCTCTGAATTGCTCTTTGAAACCTATCGAGCTGCACCGCG 1259
Query 1391 TCCACATGGAAGCGCTCTGGCTTACCTGAATGCTGCTTTCTTGGCTGAAGTGAAGGATAC 1450
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TCCAAATGGAAGCGCTCTGGCTTACCTGAATGCTGCTTTCTTGGCTGAAGTGAAGGATAC 1319
Query 1451 AATGGTAGTTAACTGTAGATTGGCTTTCGGGGCTTACGGGACCAAACACGCCATTAGGTG 1510
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AATGGTAGTTAACTGTAGACTGGCTTTCGGGGCTTACGGGACCAAACACGCCATTAGGTG 1379
Query 1511 TAAGGAAATCGAAGAGTTCCTGTCTGGTAAAGTAATCACTGACAAAGTTCTGTATGAGGC 1570
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TAAGGAAATTGAAGAGTTCCTGTCTGGTAAGGTAATCACTGACAAAGTTCTGTATGAGGC 1439
Query 1571 TATTACCTTACTTGGCAATGTTGTGGTGCCTGAAGACGGTACAAGCAATCCT-GCTTACA 1629
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1440 TATTACCTTGCTTGGCAATGTCGTGGTGCCTGAAGACGGTACAAGCAAT-CTGGCTTACA 1498
Query 1630 GGTCAAGCTTGGCGCCTGGCTTCCTTTTCAAGTTCCTTCACACCTTAATGACCCATCCTA 1689
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||
Sbjct 1499 GGTCAAGCTTGGCGCCGGGCTTCCTTTTCAAGTTCCTTAAAACCATAATGACTCATCCTA 1558
Query 1690 CTACAGATAAACCTTCAAATGGTTACCACTTGGATCCACCAAAACCGTTGCCAATGTTGT 1749
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 CTACAGATAAATCTTCAAATGGTTACCACTTGGATCCACCAAAACCGTTGCCAATGTTGT 1618
Query 1750 CTTCTTCACAAAATGTTCCTATAAACAATGAATATAATCCAGTTGGTCAGCCTGTTACTA 1809
||||||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1619 CTTCTTCACAACATATTCCTATAAATAATGAATATGATCCAGTTGGTGAGCCTGTTACTA 1678
Query 1810 AAGTTGGAGCTTCCCTTCAGGCTTCTGGTGAGGCTGTTTATGTGGACGATATTCCATCTC 1869
||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1679 AAGCTGGAGCTTCCCTTCAGGCTTCTGGGGAGGCTGTTTATGTGGATGATATTCCATCTC 1738
Query 1870 CCACAAACTGTCTCTATGGAGCATTTATCTATAGCAAAAAGCCATTCGCTA-GGATAAAA 1928
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1739 CCACAAACTGCCTCTATGGAGCATTCATCTATAGCACAAAGCCATTCGC-ACGGATAAAA 1797
Query 1929 GGTATTCACTTCAAGGACGATTTGGTACCTACTGGAGTTGTTGCAGTCATTTCTCGCAAG 1988
|||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GGTATTCATTTCAAGGAAAATTCGGTACCTACTGGAGTTGTTGCAGTCATTTCTCGCAAG 1857
Query 1989 GATGTTCCTAAAGGCGGAAAGAATATTGGTATGAAGATTGGATTAGGCTCCGACCAATTG 2048
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1858 GATGTTCCTAAAGGTGGAAAGAATATTGGTATGAAGACTGGATTAGGCTCCGATCAATTA 1917
Query 2049 TTCGCAGAGGATTTCACCACTAGTGTAGGCGAATGCATCGCCTTCGTGGTTGCTGATACG 2108
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TTCGCAGAGGATTTCACCATTACTGTAGGCGAATGCATCGCCTTCGTGGTTGCTGATACG 1977
Query 2109 CAGAGACATGCGGATGCTGCAGTAAACCTTGCAGTTGTTGAATACGAGACAGAGGATTTG 2168
||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1978 CAGAGACATGCAGATGCTGCAGCAAATCTTGCAGTAGTTGAATATGAAACAGAGGATTTG 2037
Query 2169 GAACCACCAATCTTATCTGTAGAAGACGCGGTCAAGAAATCTAGTCTGTTTGACATTATC 2228
||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GAATCGCCGATCTTATCTGTAGAAGACGCGGTCAAGAAATCTAGTCTGTTTGACATTATC 2097
Query 2229 CCTTTCCTTTATCCACAACAAGTTGGTGATACATCAAAAGGAATGGCTGAAGCTGATCAC 2288
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CCTTTCTTTTATCCACAACAAGTTGGTGATACATCAAAAGGAATGGCTGAAGCTGATCAT 2157
Query 2289 CAAATTCTCAGCTCGGAAATAAGACTCGGATCGCAATACGTCTTCTACATGGAGACACAA 2348
| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 CGAATTCTCAGCTCGGAAATTCGACTCGGGTCGCAATACTTCTTCTACATGGAGACACAA 2217
Query 2349 ACAGCTCTTGCAGTGGGAGATGAAGACAACTGCATTGTAGTCTATAGTTCAACACAGACC 2408
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2218 ACAGCTCTTGCAGTGCCAGATGAAGACAACTGCATTGTAGTCTATAGTTCAACTCAGAGC 2277
Query 2409 CCTCAGTACGTACAGTCATCGGTCGCTGCTTGCCTAGGCATCCCTGAAAATAACATCCGT 2468
||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2278 CCTCACTACGTACACTCCTCGGTCGCTGCTTGCCTAGGCATCCCTGAAAACAACGTCCGT 2337
Query 2469 GTCATAACCAGACGTGTTGGTGGAGGTTTTGGAGGGAAATCTGTCAAGTCAATGCCAGTT 2528
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GTCATAACCAGACGTGTTGGTGGAGCTTTTGGAGGAAAAGCTGTCAAGTCAATGCCAGTT 2397
Query 2529 GCAACAGCGTGCGCTCTTGCTGCTAAGAAACTGCAGCGTCCTGTGAGAACTTATGTCAAC 2588
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2398 GCAACAGCGTGCGCTCTTGCTGCTAATACACTGCAGCGTCCTGTGAGGACTTATGTAAAC 2457
Query 2589 CGCAAGACCGATATGATAATGACTGGTGGGAGGCATCCGATGAAGATAACGTATAGTGTG 2648
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2458 CGCAAGACCGATATGATAATGACTGGCGGGAGGCATCCGATGAAGATAACCTACAGTGTG 2517
Query 2649 GGGTTCAAATCTACAGGGAAGATCACAGCTTTGGAGCTAGAAATACTAATTGATGCTGGG 2708
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2518 GGTTTCAAATCCACAGGGAAGATCACAGCTTTGGAGCTAGAAATACTAATTGATGCAGGG 2577
Query 2709 GCAAGT-TATGGTTTTAGTATGTTTATTCCATCAAATCTCATAGGGTCGCTAAAGAAGTA 2767
|||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2578 GCAAGTCT-TGGTTATAGTACGTTTATTCCATCAAATATCATTGGGGCGCTAAAGAAGTA 2636
Query 2768 CAATTGGGGCGCCTTATCTTTTGATATCAAACTTTGTAAAACAAATCTTCTAAGCAGAGC 2827
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 CAATTGGGGTGCCTTATCTTTTGATATCAAACTTTGTAAAACAAATCTTCTAAGCAGAGC 2696
Query 2828 AATCATGAGATCCCCGGGGGACGTGCAGGGTACGTATATTGCTGAAGCCATCATCGAAAA 2887
||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 AATCATGAGATCCCCCGGAGATGTGCAGGGTACGTATATCGCTGAAGCCATCATCGAAAA 2756
Query 2888 TATAGCCTCTAGCCTCTCTTTGGAGGTTGATACAATAAGAAAGATTAATCTCCATACACA 2947
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2757 TGTAGCCTCTAGCCTCTCTTTGGAGGTTGATACAATAAGAAAGATTAATCTCCATACATA 2816
Query 2948 TGAGAGCTTAGCCCTGTTCTACAAGGATGGTGCTGGTGAACCACATGAGTATACTTTATC 3007
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TGAGAGCTTAGCTCTATTCTACAAGGATGGTGCTGGTGAACCACATGAGTATACTTTATC 2876
Query 3008 TTCGATGTGGGATAAGGTTGGCGTATCTTCCAAGTTTGAGGAGAGGGTTTCTGTTGTCAG 3067
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TTCGATGTGGGATAAGGTTGGCGTATCTTCCAACTTTGAGGAGAGGGTTTCTGTTGTCAG 2936
Query 3068 AGAGTTCAACGAGTCTAACATGTGGAGAAAACGAGGGATATCTCGAGTACCTATTATCTA 3127
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2937 ACAGTTCAACGAGTCTAACATGTGGCGAAAACGAGGGATATCTCGAGTACCCATTATTTA 2996
Query 3128 TGAGGTTTTATTG-TTTGCTACTCCAGGGAGAGTAAGTGTTTTGAGCGATGGGACGATTG 3186
| |||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2997 TCAGGTTTCATTGATTT-CAACTCCAGGGAGAGTAAGTGTTTTGAGCGATGGCACGATTG 3055
Query 3187 TTGTTGAGATTGGTGGAATCGAGCTAGGACAAGGGTTATGGACAAAGGTGAAGCAGATGA 3246
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 TTGTTGAGGTTGGTGGAATCGAGCTAGGACAAGGGCTATGGACAAAGGTGAAGCAGATGA 3115
Query 3247 CTAGTTATGCTCTTGGTATGCTACAATGCGATGGAACGGAAGAACTCTTGGAGAAGATAA 3306
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 3116 CTAGTTATGCTCTTGGTATGCTACAATGCGATGGAACAGAAGAATTCTTGGAGAAGATAA 3175
Query 3307 GAGTTATACAATCAGATTCATTGAGCATGGTCCAAGGAAATTTCACAGGAGGTAGCACAA 3366
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 GAGTTGTACAATCAGATTCATTGAGCATGGTCCAAGGAAATTTCACAGGAGGTAGCACAA 3235
Query 3367 CATCCGAGGGAAGCTGCGCAGCTGTTCGTCTCTGCTGCGAAACCTTAGTCGAAAGATTGA 3426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3236 CATCCGAGGGAAGCTGCGCAGCTGTTCGTCTCTGCTGTGAAACCTTAGTCAAAAGATTGA 3295
Query 3427 AACCTTTAATGGAAAGATCAGATGGTCCAATCACCTGGAATGAGTTGATTTCTCAGGCTT 3486
|||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 3296 GACCTTTGATGGAGAGATCGGGTGGTCCAATCACCTGGAATAAGTTGATATCTCAGGCTT 3355
Query 3487 ATGCACAATCCGTGAACTTATCAGCTAGTGACTTGTATACTCCAAAAGACACTCCCATGC 3546
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 ATGCTGAATCCGTGAACTTATCAGCTAGTGACTTGTATACTCCAAAAGACACTCCCATGC 3415
Query 3547 AGTACCTGAACTATGGTACTGCGGTCAGCGAGGTTGAAGTAGACCTTGTGACGGGACAAA 3606
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3416 GGTACCTGAACTATGGTACTGCGGT--------T-GAAGTAGACCTTGTGACGGGACAAA 3466
Query 3607 CCACAGTTCTACAGACAGATATCTTATATGACTGTGGAAAAAGTCTCAATCCCGCTGTCG 3666
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3467 CCACGGTTCTACAGACAGATATCTTGTATGACTGTGGAAAAAGCCTCAATCCCGCTGTCG 3526
Query 3667 ATTTAGGACAGATTGAAGGATCTTTTGTTCAAGGACTTGGGTTTTTCATGCTTGAAGAGT 3726
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3527 ATTTAGGACAGATTGAAGGATCTTTTGTGCAAGGACTTGGGTTTTTCATGCTTGAAGAGT 3586
Query 3727 ACATAGA-AGATCCAGAAGGACTCCTTCTGACGGATAGCACATGGACATACAAGATTCCA 3785
||||| | |||||||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3587 ACATA-ACAGATCCAGAAGGACTCGTTGTGACAGACAGCACATGGACATACAAGATCCCG 3645
Query 3786 ACAGTTGACACCATTCCTAAACAGTTCAATGTCGAGATACTAAATGGTGGATGTCATGAA 3845
|| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3646 ACCGTTGACACCATTCCTAGACAGTTCAACGTCGAAATACTAAACAGTGGATGTCATGAA 3705
Query 3846 AAACGCGTACTCTCTTCTAAAGCCTCGGGAGAGCCTCCGTTGCTACTGGCAGCTTCGGTG 3905
| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3706 AGACGTGTACTCTCTTCTAAAGCCTCAGGAGAGCCTCCGTTGCTACTGGCAGCTTCGGTG 3765
Query 3906 CACTGCGCTACCAGACAGGCTGTTAAAGAAGCACGCAAACAGCTATGTATGTGGAAAGGT 3965
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3766 CACTGCGCCACCAGACAGGCTGTTAAAGAAGCGCGCAAACAGCTACACATGTGGAAAGGT 3825
Query 3966 GAGAATGGTTCCTCCGGTTCAGCGTTTCAGTTGCCAGTTCCAGCTACAATGCCGGTTGTG 4025
||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3826 GAGGATGGTTCCTCCGATTCAACGTTTCAGTTGCCTGTTCCGGCTACAATGCCGGTTGTG 3885
Query 4026 AAGGAGCTATGCGGTCTAGATATCATTGAAAGCTATTTGGAGTGGAAGTTACACGACAAC 4085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||
Sbjct 3886 AAGGAGCTATGCGGTCTAGATATCATTGAAAGCTATTTGGAGTGGAAATTACGCTCCAAC 3945
Query 4086 TC-AAA 4090
|| |||
Sbjct 3946 TCTAAA 3951
> Ahg470440 jgi|Araly1|470440|fgenesh2_kg.1__394__AT1G04580.1
Length=4097
Score = 195 bits (105), Expect = 3e-48
Identities = 389/521 (75%), Gaps = 39/521 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 192 CCTTCAACAACTTTGTTGGAGTTTCTT-CGTTATC-AGACT-TCTTTCAAGAGTGTCAAG 248
||||| || ||||| | ||| ||||| |||| | | ||| |||| ||||||||||||
Sbjct 64 CCTTCTACGACTTTACTCGAG-TTCTTGCGTT-CCAACACTCGCTTT-AAGAGTGTCAAG 120
Query 249 CTCAGCTGCGGTGAAGGAGGATGTGGTGCTTGTGTTGTTCTTCTCTCCAAGT-TCGATCC 307
|||||||| || ||||| || ||||||||||| | || |||| || || | | |||||
Sbjct 121 CTCAGCTGTGGCGAAGGGGGTTGTGGTGCTTGCATCGTAATTCTATCAAAATAT-GATCC 179
Query 308 TGTCTTACAAAAAGTCGAAGA-T-TTCACTGTGAGCTCTTGTCTTACACTCCTCTGCAGC 365
||| ||| | ||||||| || | || || | | |||||| || || || || ||||||
Sbjct 180 TGTGTTAGACCAAGTCGAGGAGTATT--CTATAAACTCTTGCCTGACCCTTCTTTGCAGC 237
Query 366 GTCAACCACTGCAATATTACGACATCAGAAGGACTTGGGAACAGCAG-AGACGGTTTCCA 424
| || ||| || || ||||| || |||||||| |||| | | | | || |||||
Sbjct 238 ATAAATGGGTGCTCCATAACCACATCCGATGGACTTGGAAACA-CTGAAAAAGGGTTCCA 296
Query 425 CCCGATTCACAAGCGGTTAT-CCGGTTTCCATGCCTCTCAATGTGGTTTCTGTACACCTG 483
||| ||||||||| | || | | || ||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 297 CCCAATTCACAAGAGATT-TGCAGGGTTCCATGCCTCTCAATGTGGTTTCTGTACCCCGG 355
Query 484 GAATGT-CTGTTTCTCTCTTCTCTGCTCTTTTAGATGC---TGAC---AAGT-CTCA-A- 533
| |||| | | ||||||| ||||||||||| | | || | || || |||| |
Sbjct 356 GGATGTGCA-TCTCTCTCTACTCTGCTCTTTCAAAAGCCCATAACTCCAAAAACTCACAA 414
Query 534 TATTC-C-G-A---CCTTACGGTTGTGGAAGCAGAGAAGGCTGTCT-CAGGAAA-CTTAT 585
| ||| | | | ||| || | | | ||||| |||||| || | | | ||||| ||| |
Sbjct 415 TCTTCTCCGGATTACCTGACTGCTCTTGAAGCCGAGAAGTCTAT-TGCTGGAAATCTT-T 472
Query 586 GTCGGTGTACTGGTTACCGTCCGATTGTTGATGCTTGTAAGAGCTTTGCTTCGGATGTTG 645
|||| || || ||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| |
Sbjct 473 GTCGCTGCACCGGTTATCGTCCCATTGCTGATGCTTGTAAGAGTTTTGCTGCTGATGTGG 532
Query 646 ACATTGAGGATCTTGGATTA-AACTCTTTTTGTAGGAAAGG 685
| || |||||| |||| || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 533 ATATAGAGGAT-TTGGGTTTCAACTCTTTTTGGAGGAAAGG 572
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161402167093
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5