BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G43920.2
Length=4743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484824 jgi|Araly1|484824|fgenesh2_kg.5__816__AT3G43920.1 6416 0.0
> Ahg484824 jgi|Araly1|484824|fgenesh2_kg.5__816__AT3G43920.1
Length=4593
Score = 6416 bits (3474), Expect = 0.0
Identities = 3864/4056 (95%), Gaps = 12/4056 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 694 AAGATTTTTAATCCTGAAGAGCGTG-AAGGAGTGGAAAAGTTTGCTACAA-CGGTTAAAG 751
|||||||||||| |||||||| | | |||| || ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 544 AAGATTTTTAATTCTGAAGAG-GGGAAAGGGGTAGAAAAGTTTGCTA-AAGCGGTTAAAG 601
Query 752 AAGGTCCAATATTGTATAACCCATCACCA-TCCTGTAGTTTGGAATTGAAAGAAAAGTTA 810
||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 AAGGTCCAATATTCTATGACCCATCACCATTCC-GTAGTTTGGAATTGAAAGAAAAGTTA 660
Query 811 GAAACTTCACACCTCAAGTTTGATGCTTCTCTTAGAAGGCTTCAAGAGTTGGGAAAAGAC 870
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 661 GAGACTTCACACCTCAAGTTTGATGCTTCTCTTAGAAGGCTTCAAGAGTTGGAAAAAGGC 720
Query 871 AGTTTTCTGAATATGGATAATAAGTTTGAGACATATCAAAAGAGATTGTCTATCGACTAC 930
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 AGTTTTCTCAACATGGATAATAAGTTTGAGACATATCAAAAGAGATTGTCCATCGACTAC 780
Query 931 AGAGAGATTTTGCATTGCCTTGATAATCTTGGCCTGATTTGCGCACACTTGGCGGCTGAA 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGAGAGATTTTGCATTGCCTTGATAATCTTGGCCTGATTTGCGCACACTTGGCGGCTGAA 840
Query 991 GTCTGCTTGGAGAAAATCTCAGATACGAAAGAGGAAAGTGAAACTTATAAAGAATGCTCA 1050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 GTCTGCTTGGAGAAAATCTCAGATACGAAAGAGGAAAGTGAAACTTATAAAGAATGGTCA 900
Query 1051 ATGGTGTGCAAGGAATTTCTTGAGGATATTTTATCCACCATTGGGGTGTATTTGCCGCAA 1110
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 901 ATGGTGTGCAAGGAATTTCTAGAGGATATTTTATCCACAATTGGGGTGTATTTGCAGCAA 960
Query 1111 -GATGATAAG-AGTCTGGTAGATTTGCAGCAAAACCATCTGTCAGCAGTAATTTCTGGGC 1168
|| |||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |
Sbjct 961 GGA-GATAAGAATTC-GGTAGATTTGCAGCAAAACCGTCTGTCAGCAGTAAATTCTGGAC 1018
Query 1169 ATGTATCTCCAAAGCTAAAAGAACTCTTCCATCTATTGGATTCCTTTAGAGGTGACAAGC 1228
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1019 ATGTATCTCCAAAGTTAAAAGAACTCTTCCATCTATTGGATTCATTTAGAGGTGAAAAGC 1078
Query 1229 AAAAGCAGTGCCTTATTTTAGTTGAGAGAATTATAACTGCGAAAGTGATCGAAAGATTCG 1288
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AAAAACAGTGCCTTATTTTAGTTGAGAGAATTATAACTGCGGAAGTGATCGAAAGATTCG 1138
Query 1289 TTAAGAAAGAAGCCTCTTTGGCTTACCTTAATGTCTTGTATTTAACCGAAAACAACCCCT 1348
| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1139 TGAAGAAAGAAGCCTCTTTAGCTTACCTCAATGTCTTGTATTTAGTCGGAAACAACCCCT 1198
Query 1349 CCACCAATGTATCGGCACAGAAAATGCAAATTGAAATCCCTGATTTATTTCAACATGGCA 1408
||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1199 CCACCAATGCATCAGCACAGAAAACGCAAATTGAAATCCCTAATTTATTTCATGATGGCA 1258
Query 1409 AGGTGAATCTTTTATTCATCACAGATGTGGTTGAAGAGGGATTTCAGGTTCCAGATTGCT 1468
||||||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1259 AGGTGAATCTTTTGTTTATCACGGATGTGGTTGAAAAGGGATTTCAGGTTCCAAATTGCT 1318
Query 1469 CATGCATGGTTTGTTTTGACCTGCCCAAAACAATGTGTAGTTACTCGCAGTCTCAAAAAC 1528
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1319 CATGCATGGTTTGTTTTGACCTGCCCAAAACAGTGTGTAGTTACTCGCAGTCTCAAGAAC 1378
Query 1529 ATGCCAAACAGAGTAATTCTAAGTCTATCATGTTTCTTGAAAGAGGGAACCCGAAGCAAA 1588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1379 ATGCCAAACAGAGTAATTCTAAGTCTATCATGTTTCTTGAAAGGGGGAACCCGAAACAAA 1438
Query 1589 GAGACCATCTGCATGACCTTATGCGAAGAGAAGTCCTAATTCAAGATCCAGAAGCTCCAA 1648
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1439 GAGACCATCTGTATGACCTTATGCGAAGAGAAGTCCCAATTCGAGATCCAGAAGCTCCAA 1498
Query 1649 ACTTGAAATCGTGTCCACCTCCAGTGAAAAATGGACACGGTGTGAAGGAGATTGGATCCA 1708
||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||| |||
Sbjct 1499 ACTTGAAATCGTGTCCACCTCCAGTGACAAATGGCCATGGCGTGAAGGAGATTGGAACCA 1558
Query 1709 TGGTTATCCCAGATTCTAACATAACTGTATCTGAGGAAGCAGCTTCCACACAAACTATGA 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGGTTATCCCAGATTCTAACATAACTGTATCTGAGGAAGCAGCTTCCACACAAACTATGA 1618
Query 1769 GTGATCCTCCTAGCAGAAATGAGCAGTTACCACCGTGTAAAAAGTTACGCTTGGATAACA 1828
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTGATCCTCCTAGCAGAAATGAGCAGTTACCACCATGTAAGAAGTTACGCTTGGATAACA 1678
Query 1829 ATCTCTTACAATCCAACGGCAAAGAGAAGGTTGCCTCTTCTAAAAGTAAATCATCTTCAT 1888
|||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1679 ATCTTTTACAATCCAGCGCCAAAGAGAAGGTTGCCTCTTCTAAAAGTAAATCATCTTCCT 1738
Query 1889 CGGCTGCAGGTTCaaaaaaaCGTAAGGAGTTGCACGGAACAACCTGTGCAAACGCATTGT 1948
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CGGCTGCAGGTTCAAAAAAACGTAAGGAGTTGCACGGAACAACCTGTGCAAACGCATTGT 1798
Query 1949 CAGGAACCTGGGGAGAAAATATTGATGGCGCCACCTTTCAGGCTTATAAGTTTGACTTCT 2008
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CAGGAACCTGGGGAGAAAATATTGATGGCGCCATCTTTCAGGCTTATAAGTTTGACTTCT 1858
Query 2009 GTTGTAATATTTCTGGCGAAGTATACTCGAGTTTCTCTCTTTTGCTTGAGTCAACTCTCG 2068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1859 GTTGTAATATTTCTGGCGAAGTATACTCGAGTTTCTCTCTTTTGCTTGAGTCAACCCTCG 1918
Query 2069 CCGAGGATGTTGGTAAAGTTGAGATGGACCTTTACTTGGTCAGGAAGCTTGTCAAGGCTT 2128
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1919 CCGAGGATGTTGGTAATGTTGAGATGGACCTTTACTTGGTCAGGAAGCTTGTGAAGGCTT 1978
Query 2129 CTGTCTCACCTTGTGGCCAGATACGTTTGAGTCAAGAGGAGCTGGTCAAAGCAAAATATT 2188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |
Sbjct 1979 CTGTCTCACCTTGTGGCCAGATACGTTTGAGTCAAGAGGAGTTGGTCAAAGCAAAGTACT 2038
Query 2189 TTCAGCAGTTTTTCTTTAATGGCATGTTTGGAAAGTTGTTTGTTGGATCTAAGTCACAGG 2248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTCAGCAGTTTTTCTTTAATGGCATGTTTGGAAAGTTATTTGTTGGATCTAAGTCACAGG 2098
Query 2249 GAACAAAGAGAGAATTTTTGCTTCAAACTGACACTAGTTCTCTTTGGCACCCTGCCTTTA 2308
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2099 GAACGAAGAGAGAATTTTTGCTTCAAACTGACACAAGTTCTCTTTGGCACCCTTCCTTTA 2158
Query 2309 TGTTTCTACTGCTACCAGTTGAAACAAATGATCTAGCTTCGAGTGCGACAATTGATTGGT 2368
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TGTTTCTACTGCTACCAGTTGAAACAAAGGATCTAGCTTCGAGTGCGACAATTGATTGGT 2218
Query 2369 CAGCTATCAACTCCTGTGCCTCAATAGTTGAGTTCTTGAAGAAAAATTCTCTTCTTGATC 2428
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2219 CAGCTATCAACTCCTGTGCCTCAATAGTTGAGTTCTTGAAGAAAAATTCTCTTCTTGAAC 2278
Query 2429 TTCGGGATAGTGATGGGAATCAGTGCAATACCTCATCCGGTCAGGAAGTCTTACTAGACG 2488
||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2279 TTCAGGTTAGTGATGGGAATCAGTGCAACACCTCATCCGATCAGGAAGTCTTACTCGACG 2338
Query 2489 ATAAAATGGAAGAAACGAATCTGATTCATTTTGCCAATGCTTCGTCTGATAAAAATAGTC 2548
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ATAAAATGGAAGAAACGAATCTGATTCATTTTGCCAACGCTTCGTCTGATAAAAATAGTC 2398
Query 2549 TCGAAGAACTTGTGGTCATTGCAATTCATACTGGACGGATATACTCTATAGTTGAAGCCG 2608
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2399 TTGAAGAACTTGTGGTCATTGCAATTCATACTGGAAGGATATACTCTATAGTTAAAGCAG 2458
Query 2609 TAAGCGATTCTTCTGCTATGAGCCCCTTTGAGGTG-GATGCCTCATCAGGCTATGCTACT 2667
|||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| || ||||| |||| ||||||| |
Sbjct 2459 TAAGGGATTCTTCTGCTCTGAGCCCGTTTGA-GTGCGACGCCTCGTCAGAATATGCTAGT 2517
Query 2668 TATGCAGAATATTTTAACAAAAAGTATGGGATTGTTTTAGCGCACCCGAACCAGCCGTTG 2727
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||
Sbjct 2518 TATGCAGAATATTTTAATAAAAAGTATGGGATTGTTTTGGCGCACCCAAATCAGCCGTTG 2577
Query 2728 ATGAAGTTGAAGCAGAGTCACCATGCGCACAACCTTTTAGTCGACTTCAATGAAGAGATG 2787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2578 ATGAAGTTGAAGCAGAGTCACCATGCGCACAACCTTTTAGTCGACTTCAATCAAGAGATG 2637
Query 2788 GTTGTGAAGACAGAACCAAAAGCTGGCAATGTTAGGAAAAGAAAACCGAATATCCATGCG 2847
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 2638 GTTGTGAAGACAGAACCAAAAGCTGGCAATGTTAGAAAAAAAAAACCAAATATCCATGCG 2697
Query 2848 CATTTGCCTCCAGAGCTTTTGGCTAGAATTGATGTACCGCGTGCTGTGCTAAAATCAATC 2907
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 CATTTGCCTCCTGAGCTTTTGGCCAGAATTGATGTACCGCGTGCTGTGCTAAAATCAATC 2757
Query 2908 TACTTGCTGCCTTCAGTGATGCACCGCCTAGAGTCTCTAATGTTGGCCAGCCAGCTTAGG 2967
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2758 TACTTGCTGCCCTCAGTGATGCACCGCCTAGAGTCTCTAATGTTGGCTAGCCAGCTTAGG 2817
Query 2968 GAAGAGATTGATTGTAGCATAGATAACTTCAGTATATCAAGTACATCGATTCTTGAAGCA 3027
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2818 GAAGAGATTGATTGTAGCATCGATAACTTCAGTATATCAAGTACCTCGATTCTTGAAGCA 2877
Query 3028 GTTACAACACTTACATGCCCCGAATCATTTTCAATGGAGCGGTTGGAACTGCTCGGGGAT 3087
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2878 GTTACAACACTTACATGCCCCGAAGCATTTTCAATGGAGCGGTTGGAACTGCTGGGGGAT 2937
Query 3088 TCAGTCTTGAAGTATGTTGCGAGCTGTCATCTATTCCTTAAGTATCCTGACAAAGATGAG 3147
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2938 TCAGTCTTGAAGTATGTTGCGAGCTGTTATCTATTCCTTAAGTATCCTGACAAAAATGAG 2997
Query 3148 GGGCAACTATCACGGCAGAGACAATCGATTATATCTAACTCAAATCTTCACCGCTTGACA 3207
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 2998 GGACAACTATCACGGCAGAGGCAATCGATTATATCTAACTCAAATCTTCATCGCTTGGCA 3057
Query 3208 ACCAGTCGCAAACTACAGGGATACATAAGAAATGGCGCTTTTGAACCGCGTCGCTGGACT 3267
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 ACCAATCGCAAACTACAGGGATACATAAGAAACGGCGCTTTTGAACCGCGTCGCTGGACT 3117
Query 3268 GCACCTGGTCAATTTTCTCTTTTTCCTGTTCCTTGCAAGTGTGGGATTGATACTAGAGAA 3327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 GCACCTGGTCAATTTTCTCTTTTTCCTGTTCCTTGCAAGTGTGGGATTGATACTAGAGAA 3177
Query 3328 GTACCATTGGACCCAAAATTCTTCACAGAAAACATGACTATCAAAATAGGCAAGTCTTGC 3387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3178 GTACCATTGGACCCAAAATTCTTCACAGAAAACATGACTATCAAAATCGGCAAGTCTTGC 3237
Query 3388 GACATGGGTCATAGATGGGTAGTTTCAAAATCTGTATCAGATTGCGCTGAGGCCCTGATT 3447
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3238 GACATGGGTCATAGATGGACAGTTTCAAAATCTGTATCAGATTGCGCTGAGGCCCTGATT 3297
Query 3448 GGTGCCTATTATGTAAGCGGTGGATTGTCTGCTTCTCTCCATATGATGAAATGGCTCGGT 3507
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 GGTGCCTATTATGTAAGTGGTGGATTGACTGCTTCTCTCCATATGATGAAATGGCTCGGT 3357
Query 3508 ATTGACGTCGATTTTGACCCAAACCTAGTCGTTGAAGCCATCAATAGAGTTTCTCTACGG 3567
|| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3358 GTTAATGTTGATTTTGACCCAAACCTAGTCGTTGAAGCCATCAGTAGAGTTTCTCTACGG 3417
Query 3568 TGTTACATTCCTAAAGAAGATGAGCTCATAGAGTTGGAGAGAAAGATCCAACATGAATTC 3627
|||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3418 TGTTACATCCCTAAAGACGATGAGCTCACAGAGTTGGAGAGAAAGATCCAACATGAATTC 3477
Query 3628 TCTGCAAAGTTTCTTTTAAAAGAGGCTATCACACACTCCTCTCTTCGTGAATCCTATTCA 3687
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||
Sbjct 3478 TCTGCAAAGTTCCTTTTAAAAGAGGCTATCACACACTTCTCTGTTCATGAATCCTATTCA 3537
Query 3688 TACGAGAGATTAGAGTTTCTTGGCGATTCTGTACTGGATTTTCTAATAACCCGTCATCTT 3747
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 3538 TACGAGAGATTGGAGTTTCTTGGCGATTCTGTACTCGATTTTCTAATCACTCGTCATCTT 3597
Query 3748 TTTAACACCTACGAACAAACTGGGCCTGGAGAGATGACCGATCTTCGTTCTGCATGTGTA 3807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3598 TTTAACACCTACGAACAAACTGGGCCTGGAGAGATGACCGATCTTCGTTCTGCATGTGTA 3657
Query 3808 AACAATGAAAATTTTGCGCAAGTTGCAGTGAAAAATAACCTGCATACCCACCTTCAACGC 3867
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3658 AATAATGAAAATTTTGCGCAAGTTGCAGTGAAAAATAATCTGCATATCCACCTTCAACGC 3717
Query 3868 TGTGCTACGGTTCTCGAGACTCAAATAAACGACTATCTGATGTCCTTTCAAAAGCCAGAT 3927
|||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 3718 TGTGCTACGGTTCTTGAGAATCAAATAAACGAGTATCTGATGTCCTTCCCAAAGCCAGAT 3777
Query 3928 GAGACTGGTAGATCAATCCCTTCAATACAGGGCCCTAAGGCTCTTGGAGATGTTGTGGAG 3987
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3778 GAAACTGGTAGATCAATCCCTTCAATACAGGGCCCTAAGGCTCTTGGAGATGTGGTGGAG 3837
Query 3988 AGTATCGCTGGAGCATTGCTGATCGATACGAGGTTAGATCTCGATCAAGTGTGGAGAGTC 4047
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3838 AGTATCGCTGGAGCATTGCTGATCGATACAAGGTTAGATCTCGATCAAGTGTGGAGAGTC 3897
Query 4048 TTTGAGCCGTTGCTTTCTCCACTTGTAACTCCAGATAAACTTCAGCTTCCTCCATACCGG 4107
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3898 TTTGAGCCGTTGCTATCTCCACTTGTAACTCCAGATAAACTTCAGCTTCCTCCGTACCGG 3957
Query 4108 GAGCTCAATGAGCTATGCGACTCTCTTGGGTATTTCTTTCGAGTGAAATGTTCAAATGAT 4167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 3958 GAGCTCAATGAGCTATGCGACTCTCTTGGGTATTTCTTCCGAGAGAAATGTTCAAATGAT 4017
Query 4168 GGTGTCAAAGCACAAGCCACGATCCAGTTGCAGCTGGATGATGTTCTTTTAACTGGAGAT 4227
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 4018 GGTGTCAAGGCACAAGCCACGATCCACTTGCAGCTGGACGATGTTCTTCTAACTGGAGAT 4077
Query 4228 GGATCTGAACAGACAAATAAACTGGCCTTGGGAAAAGCAGCTTCACATCTGCTTACACAA 4287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4078 GGATCTGAACAGACAAATAAACTGGCCTTGGGAAAAGCAGCTTCACATCTGCTTACGCAA 4137
Query 4288 CTTGAGAAGAGAAACATTTCACGTAAAACCTCGCTCGGGGATAATCAAAGTTCCATGGAT 4347
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4138 CTTGAGAAGAGAAACATTTCACGTAAAATTTCGATCGGGGATAATCAAAGTTCCATGGAT 4197
Query 4348 GTCAATCTTGCTTGCAATCATAGCGACAGAGAAACTCTGACTTCAGAGACTACTGAAATC 4407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||
Sbjct 4198 GTCAATCTTGCTTGCAATCATAGCGACAGAGAAACTCCGACTTCAGATTCTATTGAAATC 4257
Query 4408 CAGAGTATAGTGATTCCATTTATTGGACCTATAAACATGAAGAAAGGCGGGCCTCGTGGA 4467
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4258 CAGAGCATAGTGATTCCAGTTATTGGACCTATAAACATGAAGAAAGGCGGGCCTCGTGGA 4317
Query 4468 ACTCTACATGAGTTTTGCAAGAAGCATCTGTGGCCAATGCCTACTTTCGATACCTCGGAA 4527
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 4318 ACTCTACATGAGTTCTGCAAGAAACATCTCTGGCCAATGCCTACTTTTGACACCTCGGAA 4377
Query 4528 GAGAAATCCAGAACTCCGTTTGAATTCATAGATGGCGGTGAGAAGCGGACTAGCTTCAGC 4587
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4378 GAGAAATCCAGAACTCCGTTTGAATTCACAGATGGCGATGAGAAGCGAACTAGCTTCAGC 4437
Query 4588 AGTTTCACATCGACCATAACCCTAAGGATACCCAATCGTGAGGCTGTGATGTATGCTGGA 4647
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4438 AGTTTCACATCGACAATAACCCTAAGGATACCCAACCGTGGGGCTGTGATGTATGCTGGA 4497
Query 4648 GAAGCAAGGCCTGACAAGAAGAGTTCCTTCGACTCTGCAGTCGTGGAATTGCTTTATGAG 4707
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4498 GAAGCCAGGCCTGACAAGAAAAGTTCCTTCGACTCTGCAGTCGTGGAATTGCTTTATGAG 4557
Query 4708 CTCGAGCGCCGCAAGATCGTCATAATACAAAAGTAG 4743
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4558 CTCGAGCGCCGCAAGATCGTCACAATACAAAAGTAG 4593
Score = 721 bits (390), Expect = 0.0
Identities = 508/562 (90%), Gaps = 20/562 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCATTCGTCGTTGGAGCCGGAGAAAATGGAGGAAGGTGGGGGAAGCAATTCGCTTAAG 60
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCATTCCTCGTTGGAGCCGGAGAAAATGGAGGAA------GGAAGCAATTCGCTTAAG 54
Query 61 AGAAAATTCTCTGAAATCGATGGAGATCAAAATCTTGATTCTGTCTCTTCTCCTATGATG 120
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 55 AGGAAATTCTCTGAAATCGATGGAGATCAAATTCTTGCTTCTGTCTCTTCTCCTATGATG 114
Query 121 ACTGACTCTAATGGTAGTTATGAATTGAAAGTGTACGAGGTTGCTAAGAACAGGAACATA 180
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 115 GTTGAATCTAATGGTAGTTATGAGTTGAAAGTGTACGAGGTTGCTAAGAACAGGAACATA 174
Query 181 ATTGCTGTT-TTGGGGACAGGGATTGATAAGTCAGAGATCACTAAGAGGCTTATCAAAGC 239
||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 175 ATTGCTGTTCTTGGG-ACAGGAACTGATAAGTCAGTGATCACTAAGATGCTTATCAAAGC 233
Query 240 TATGGGTTCTTCTGATACAGACAAAAGATTGATAATTTTCTTGGCCCCAACTGTGAATCT 299
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
Sbjct 234 CATGGGTTGTTCTGATACAGATAAAAGATTGATAATTTTCTTGGCTCCAACTGTCAATAT 293
Query 300 TGTTAAACAGCAATGCTGTGAGATCAGAGCACTTGTGAATTTGAAAGTTGAAGAGTACTT 359
| || | ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 294 T------CA--A-TGCTGTGAGATCAGAGCGCAAGTGAATTTGAAGGTTGAAGAGTACTT 344
Query 360 TGGAGCTAAAGGAGTTGATAAATGGACATCTCAGCGCTGGGATGAGGAATTTAGCAAGCA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 345 TGGAGCTAAAGGAGTTGATAAATGGACATCTCAGCGCTGGGATGAGGAAGTTAGCAAGCA 404
Query 420 CGATGT---TTTAGTTATGACTCCTCAAATATTATTGGATGTCCTTAGAAGTGCATTCCT 476
|||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 405 CGATGTAAGTTTGGTTATGACTCCTCAAATACTGTTGGATGCCCTTAGAAGTGCATTTCT 464
Query 477 GAAACTAGAGATGGTATGTCTTCTAATAATAGATGAATGCCACCATACCACTGGCAATCA 536
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 465 GAAACTAGAGATGGTATGTCTTCTAATATTAGACGAATGCCACCGCACCACTGGTAATCA 524
Query 537 TCCCTATGCGAAGTTAATGAAG 558
||||||||| ||||||||||||
Sbjct 525 TCCCTATGCAAAGTTAATGAAG 546
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 179479514268
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5