BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G44330.1
Length=2071
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg937058 jgi|Araly1|937058|scaffold_501249.1 2924 0.0
> Ahg937058 jgi|Araly1|937058|scaffold_501249.1
Length=1739
Score = 2924 bits (1583), Expect = 0.0
Identities = 1689/1741 (97%), Gaps = 3/1741 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 AAAACCCTAGATCCACAACAATGGCGGAAGAGAAGAAATCGAAGCAGAGACATCGAGTCA 119
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAACCCTAGATCCACAACAATGGTGGATGAGAAGAAATCGAAGCAGAGACATCGAGTCA 60
Query 120 TGGTCTTCGAATCCATGTATCCCATCCTCGCTCTTATGCTTATACTCGTCGCTTGCGTCG 179
||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGTCTTTGAATCTATGTATCCCATCGTCGCTCTTATGCTTATACTCGTCGCTTGCGTCG 120
Query 180 AGCTTTGCGATGCAGCTACTGTTGTAGATGTTTATCGTCTAATCCAGTACGATATCTCTG 239
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| |
Sbjct 121 AGCTTTGCGATGCAGCTACTGTTGTCGATGTTTATCGTTTAATTCAGTACGATATCTCCG 180
Query 240 GTGTTCCTTTTGGTTCTCGTTTCTCTTCTCTTAATCATCATGCTGCTTCTCTTAGCTTCC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTGTTCCTTTTGGTTCTCGTTTCTCTTCTCTTAATCATCATGCTGCTTCTCTTAGCTTCC 240
Query 300 AACGTGGTGCCGATCTATCTCGTTCTGTACTTATACTTCCTCTTCGTGAGCTTGACATTG 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACGTGGTGCCGATCTATCTCGTTCTGTACTTATACTTCCTCTTCGTGAGCTTGACATTG 300
Query 360 CTTTTGTTCAAGATTACATCTCGCAAAAGCAGTCGCTTGGTGGATTGTTGATTTTGCTTC 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTTTGTTCAAGATTACATCTCGCAAAAGCAGTCGCTTGGTGGATTGTTGATTTTGCTTC 360
Query 420 CTCAGACGTTTAGGCCTGGGAATGTTGGTGGTGGAAGTTTAAGCTCTGAAAATGATGGGT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 361 CTCAGACGTTTAGGCCTGGGAATGTTGGTGGTGGAAGTCTAAATTCTGAAAATGATGGGT 420
Query 480 TTAGG-AGTTTATTAGGTCAACTTGAGAAGTTACTTGTACATGGAAACATACCTTTTCCT 538
||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTAGGAAG-TTATTAGCTCAACTTGAGAAGATACTTGTTCATGGAAACATACCTTTTCCT 479
Query 539 GTGTACTTCGCGTTTGAGAATGAAGAGACTGATGCTATGTTGGCTGATGTAAAGAAAAAT 598
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTGTACTTCGCGTTTGAGAATGAAGAGACTGATGCTATGTTGGCTGATGTAAAGAAAAAT 539
Query 599 GATGCACTTGGTCAGCAAGCTACTGCTACTACTGGCGGATATAAGCTTGTTATCTCTGTA 658
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 540 GATGCACTTGGTCAGCAAGCTACTGCTACTACAGGCGGATATAAGCTTGTGATCTCTGTA 599
Query 659 TCAGAGCCTAGGAAAATTGCATCTCCAACCATCACAAACATCCAGGGATGGCTGCCAGGA 718
|||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| || |||
Sbjct 600 TCAGAGCCTAAGAAAATTGCATCTCCCATCATCACAAACATCAAGGGATGGCTACCCGGA 659
Query 719 TTAAGAGCAGAAGGAGATTCCAGCCAGCTTCCAACAATTGCTGTAGTTGCATCGTATGAT 778
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 TTAAGAGCAGAAGGAGATTCCAACCAGCTTCCAACAATTGCTGTAGTTGCATCCTATGAT 719
Query 779 ACCTTTGGAGCAGCTCCGGCATTATCAGTTGGAAGTGACAGCAATGGAAGTGGGGTTGTG 838
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 720 ACCTTCGGAGCAGCTCCGGCATTATCAGTTGGAAGTGACAGCAATGGAAGTGGGGTCGTG 779
Query 839 GCGCTTCTTGAAGTGGCTAGATTATTTTCCGTTCTGTACTCAAATCCCAAGACGAGAGGG 898
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 780 GCGCTTCTTGAAGTGGCTAGACTATTTTCCGTTCTGTACTCAAATCCCAAGACAAGAGGG 839
Query 899 AAATACAATTTACTTTTTGCACTAACATCTGGTGGACCCTACAACTACGAAGGAACTCAA 958
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 AGATACAATTTACTTTTTGCACTAACATCTGGTGGACCCTACAACTACGAAGGAACTCAA 899
Query 959 AAGTGGCTAAAGAGCCTTGATCAGAGGATGCGTGAGAGCATTGATTATGCCATTTGCTTG 1018
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAGTGGCTGAAGAGCCTTGATCAGAGGATGCGTGAGAGCATTGATTATGCCATTTGCTTG 959
Query 1019 AACAGTGTTGGTTCTTGGGACAGTGAACTATTGATCCATGTGTCAAAGCCTCCGGATAAT 1078
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 960 AACAGTGTTGGGTCTTGGGACAGTGAACTATTGATCCATGTGTCAAAGCCTCCAGATAAC 1019
Query 1079 GCCTATATAAAACAAATTTTTGAGGGCTTCTCTAATGTGGCAGAAGACTTGGGTTTTCAA 1138
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GCCTATATAAAGCAAATTTTTGAGGGCTTCTCTAACGTGGCAGAAGACTTGGGTTTTCAA 1079
Query 1139 GTTGCTCTGAAGCACAAGAAGATTAATATCTCTAATTCACGAGTTGCTTGGGAGCATGAA 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GTTGCTCTGAAGCACAAGAAGATTAATATCTCTAATTCACGAGTTGCTTGGGAGCATGAA 1139
Query 1199 CAATTTTCAAGACTCAGAGTAACTGCAGCCACATTATCTGAACTTTCAACTCCACCCGAG 1258
|| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CAGTTTTCAAGACTCAGAGTAACTGCAGCCACAATATCTGAACTTTCAACTCCACCCGAG 1199
Query 1259 TTACTGGAAAATGCTGGAAGTCTGTCTGACACAAGGCAATTGGTGAATGAAGATGCTATC 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1200 TTACTGGAAAATGCTGGAAGTCTGTCTGACACAAGGCAATTGGTGAGTGAAGATGCTATC 1259
Query 1319 ATTAAGGGTGTCAAGTTGGTGGCTGAAAGCCTTGCGAAACATATCTATGGTCACCAAGGA 1378
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ATTAAGGGTGTCAAATTGGTGGCTGAAAGCCTTGCGAAACATATCTATGGTCACCAAGGA 1319
Query 1379 AAAGACATTAAGATTTTTGCTGATGACAGTAGTTTGGCTGTAAATCCATTCTATGTGAGA 1438
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AAAGACATCAAGATTTTTGCTGATGACAGTAGTTTGGCTGTAAATCCATTCTATGTGAGA 1379
Query 1439 TCATGGTTGGATCTTTTGTCACAAACACCTCGGGTAGCACCGTTTCTCTCAAAGAACGAA 1498
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCATGGTTGGATCTTTTGTCACAAACTCCTCGGGTAGCACCGTTTCTCTCAAAGAACGAA 1439
Query 1499 CCATTAATCATGGCTCTGAAGAAGGAACTAGAGGATTATACTGCTGAAGTGAGTGTTCAA 1558
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1440 CCATTAATCATGGCTCTGAAAAAGGAACTAGAGGATTATACTGCTGAAGTTAGTGTTCAA 1499
Query 1559 CATGAATCTTTAGATGGAAGTTTCACCTTTTACGACTCAACAAAGGCTAGCCTTAATATA 1618
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CATGAATCTTTAGACGGAAGTTTCACCTTTTACGACTCAACAAAGGCTAGCCTTAATATA 1559
Query 1619 TACCAGGTGGCAAGTGTAACGTTCGACTTGCTCTTGCTTCTGGTTCTAGGATCATACTTG 1678
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TACCAGGTGGCGAGTGTAACCTTCGACTTGCTCTTGCTTCTGGTTCTAGGATCATACTTG 1619
Query 1679 ATAGTGCTTTTCAGTTTCCTCGTCATCACAACTCGGGGTCTGGATGACTTGATAAGCTTA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 ATAGTGCTTTTCAGTTTCCTCGTCATCACAACTCGGGGTCTGGATGACTTGATAAGCTTA 1679
Query 1739 TTTCGCCGGCCTCCTTCCCGGAAAGTGAAAATGGGATGATTTTCTTCCTTTTCCGGTAAC 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1680 TTTCGCCGGCCTCCTTCCCGGAAAGTGAAAATGGGATGATTTGCTTCCTTT-CCGGTAAC 1738
Query 1799 T 1799
|
Sbjct 1739 T 1739
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77894551025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5