BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G44340.1
Length=3723
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484854 jgi|Araly1|484854|fgenesh2_kg.5__846__AT3G44340.1 5845 0.0
Ahg491448 jgi|Araly1|491448|fgenesh2_kg.7__881__AT4G32640.2 1711 0.0
> Ahg484854 jgi|Araly1|484854|fgenesh2_kg.5__846__AT3G44340.1
Length=3669
Score = 5845 bits (3165), Expect = 0.0
Identities = 3518/3685 (95%), Gaps = 38/3685 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 37 TCTCCTTCTACTCTCCAGATCCGAGGATTCTCTTCGTTTACAGATTTGT-AAACGTTCGT 95
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1 TCTCCTTCTACTCTCCAGATCCGAGGATTCTCTT-GTTTACAGATTTGTAAAACGTACGT 59
Query 96 GAAATTGGATTTGTTGATCTC-TTTGGTA-A-ACAAGCATGGCTGCTCCAGTGCCTCCAG 152
|| |||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GATATTGGATTTGTTGATCTCTTTTGGTATATA-AAGCATGGCTGCTCCAGTGCCTCCAG 118
Query 153 GAGCATATAGACCTAATAACAATCAGCAAAACTCTGGTGGTCCTCCGAATTTTGTTCCTG 212
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GAGCATATAGACCTAATAACAATCCGCAAAACTCCGGTGGTCCTCCGAATTTTGTTCCTG 178
Query 213 GTTCACAAGGAAACCCCAATTCTTTAGCTGCTAATATGCAGAATTTGAACATTAATCGGC 272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 GTTCACAAGGAAACCCCAATTCTTTAGCTGCTAATATGCAGAATTTGAACATTAATCGGC 238
Query 273 CACCTCCTCCTATGCCTGGTTCAGGTCCTAGACCATCTCCACCTTTTGGTCAGTCACCAC 332
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CACCTCCTCCTATGCCTGGTTCTGGTCCTAGACCATCTCCACCTTTTGGTCAGTCACCAC 298
Query 333 AATCTTTTCCTcaacaacaacaacaacaacCAAGGCCTTCTCCAATGGCTAGACCTGGAC 392
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 AATCTTTTCCT------CAACAACAACAACCAAGGCCTTCTCCAATGGCTAGACCTGGAC 352
Query 393 CTCCTCCTCCTGCTGCTATGGCTAGACCAGGTGGACCTCCTCAGGTATCGCAACCTGGTG 452
||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 353 CTCCTCCACCTGCTGCAATGGCGAGACCAGGTGGACCTCCTCAGGTATCGCAACCTGGCG 412
Query 453 GTTTTCCGCCAGTTGGAAGACCCGTTGCTCCACCTTCTAATCAGCCACCGTTTGGTGGAA 512
| ||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||||||||| |
Sbjct 413 GGTTTCCACCAGTTGGAAGACCGGTTGGTCCGCCTTCTAGTCAGCCGCCGTTTGGTTCCA 472
Query 513 GACCATCTACAGGTCCGTTGGTTGGTGGTGGTTCGTCATTTCCTCAGCCTGGTGGTTTTC 572
||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 GACCATCGACTGGTCCATTGGTTGGTGGTGGTTCGTCATTTCCTCAGCCTGGTGGTTTTC 532
Query 573 CAGCTTCAGGTCCACCAGGAGGTGTACCTTCTGGTCCTCCTTCAGGAGCACGTCCGATTG 632
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 CGGCTTCAGGTCCACCAGGAGGTGTACCTTCTGGTCCTCCTTCAGGAGCACGTCCGATTG 592
Query 633 GTTTTGGTTCTCCTCCACCTATGGGACCTGGTATGTCCATGCCTCCTCCCTCTGGCATGC 692
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GTTTTGGTTCGCCTCCACCTATGGGACCTGGCATGTCCATGCCTCCTCCCTCTGGCATGC 652
Query 693 CTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCCCTCTGGCATGCATGGCGGTCATTTGAGCA 752
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |
Sbjct 653 CTGGTGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGTGGTCCGTTGAGTA 712
Query 753 ATGGGCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGACCTCCTCCTCCGA 812
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 713 ATGGGCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCCTCCGA 772
Query 813 TGATGGGTCCGGGGGCATTTCCCAGAGGATCACAATTCACAAGTGGTCCTATGATGGCTC 872
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 TGATGGGTCCGGGGGCATTTCCCAGAGGATCACAGTTCACAAGTGGTCCTATGATGGCTC 832
Query 873 CACCGCCACCATATGGACAGCCTCCTAATGCAGGCCCTTTTACGGGAAATTCACCATTAT 932
||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 833 CACCGCCTCCCTATGGACAGCCTCCTAACGCAGGTCCTTTTCCAGGAAATTCACCATTAT 892
Query 933 CTTCACCTCCTGCTCATTCAATACCCCCGCCGACAAATTTTCCTGGTGTC-CCTTATGGC 991
|||| |||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||| | ||||| |||
Sbjct 893 CTTCGCCTCCTGCTCATTCGCTGCCTCCGCCAACAACTTTTCCTGGTG-CACCTTACGGC 951
Query 992 AGACCACCCATGCCAGGAGGCTTTCCTTATGGAGCACCACCACAACAGCTACCTTCTGCT 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||
Sbjct 952 AGACCACCCATGCCAGGAGGCTTTCCTTATGGAGCACCACCTCAGCAGCTACCTTCTACT 1011
Query 1052 CCTGGCACTCCTGGTTCAATCTATGGCATGGGTCCAATGCAAAATCAGTCAATGACCTCT 1111
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1012 CCTGGCACTCCTGGTTCAATGTATAGCATGGGTCCAGTGCCAAATCAGTCAATGACCTCT 1071
Query 1112 G----T--TTCTAGCCCCTCAAAGATTGATCTTAATCAGATACCAAGGCCAGGTTCAAGC 1165
| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GTTTCTAATTCTAGCCCCTCAAAGATTGATCTGAATCAGATACCAAGGCCAGGTTCAAGC 1131
Query 1166 TCCAGTCCAATTGTGTATGAAACTCGTGTGGAAAATAAGGCTAATCCTCCACCACCTACT 1225
||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TCCAGTCCAATCATGTATGAAACTCGTGTGCAGAATCAGGCTAATCCTCCACCACCTACT 1191
Query 1226 ACTGTTGATTATATAACTAGAGACACTGGAAATTCCAGCCCGCGTTACATGCGATGCACA 1285
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 ACTGTTGATTATATTACTAGGGACACTGGAAATTCCAGCCCGCGTTACATGCGATGCACA 1251
Query 1286 ATCAATCAGATCCCATGCACTGTTGATCTTCTATCTACATCTGGTATGCAACTGGCACTA 1345
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1252 ATCAATCAGATCCCTTGCACTGTTGATCTTCTATCTACATCTGGTATGCAACTGGCGTTA 1311
Query 1346 ATAGTCCAACCAATGGCGCTTTCTCATCCATCTGAAGAGCCTATCCAAGTTGTGGACTTT 1405
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 ATAGTCCAACCAATGGCACTTTCTCATCCATCTGAAGAGCCTATCCAAGTTGTGGACTTT 1371
Query 1406 GGTGAGAGTGGCCCTGTTAGATGTTCACGTTGTAAGGGCTACGTGAATCCTTTCATGAAG 1465
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 1372 GGTGAGAGTGGCCCTGTTAGATGTTCACGTTGTAAGGGCTACATGAATCCTTTTATGAAG 1431
Query 1466 TTCATTGACCAAGGAAGGAAGTTCATATGTAACTTGTGTGGATACACTGATGAGACTCCT 1525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TTCATTGACCAAGGAAGGAAGTTCATATGTAACTTGTGTGGATACACTGATGAGACTCCT 1491
Query 1526 CGTGACTACCAGTGTAATCTCGGTCCAGATGGTAGACGTAGGGATGCTGATGAAAGGCCT 1585
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 CGTGACTACCAATGTAATCTGGGTCCAGATGGTAGACGTAGGGATGCTGATGAAAGGCCT 1551
Query 1586 GAGCTGTGTAGGGGAACTGTTGACTTTGTTGCTACAAAAGAATATATGGTACGAGATCCA 1645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GAGCTGTGTAGGGGAACTGTTGACTTTGTTGCTACAAAAGAATATATGGTACGAGATCCA 1611
Query 1646 ATGCCAGCAGTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCAATGAACGCGATTCAAACAGGTGCA 1705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1612 ATGCCAGCAGTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCAATGAATGCGATTCAAACAGGTGCA 1671
Query 1706 ACTGCAGCTGCTTGCAGTGCAATCCAGCAAGTCCTCTCAGACCTTCCTGAAGGTCCTAGG 1765
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 ACTGCAGCTACTTGCAGTGCAATCCAGCAAGTCCTCTCAGACCTTCCTGAAGGTCCTAGG 1731
Query 1766 ACATTTGTTGGAATTGCCACGTTTGACTCAACAATTCACTTTTATAATTTGAAGCGTGCA 1825
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 ACATTTGTTGGAATTGCCACATTTGATTCAACAATTCACTTTTATAATTTGAAGCGTGCA 1791
Query 1826 CTGCAGCAGCCATTGATGCTCATTGTTCCGGATGTTCAAGATGTGTATACACCTTTAGAA 1885
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 CTGCAGCAGCCGTTGATGCTCATTGTTCCTGATGTTCAAGATGTGTATACACCTTTAGAA 1851
Query 1886 ACAGATGTCATTGTTCAGCTATCTGAGTGCCGTCAACACCTAGAGATTTTGCTGGAAAGT 1945
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 ACAGATGTCATTGTTCAGCTATCTGAGTGCCGTCAACACCTAGAGATTTTGCTGGAAAGT 1911
Query 1946 ATCCCAACAATGTTTCAGGAAAGTAAGAGTCCTGAATCTGCTTTTGGTGCAGCAGTTAAG 2005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 ATCCCAACAATGTTTCAGGAAAGTAAGAGTCCTGAATCTGCTTTTGGTGCAGCAGTTAAG 1971
Query 2006 GCCGCATTCTTAGCGATGAAGAGCACTGGAGGAAAGCTCATGGTGTTCCAATCAGTTTTG 2065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1972 GCCGCATTCTTAGCGATGAAGAGCACTGGAGGAAAGCTCATGGTGTTTCAATCAGTTTTG 2031
Query 2066 CCTTCTGTTGGCATTGGAGCACTTTCTTCTAGAGAAGCCGATGGGAGAGCTAATGCCTCT 2125
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CCTTCTGTTGGCATTGGAGCACTTTCTTCTAGAGAGGCCGATGGGAGAGCTAATGCCTCT 2091
Query 2126 GCGGGTGAAAAAGAGGCCCATAAATTACTACAACCCGCAGACAAAACTTTAAGGACCATG 2185
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 GCGAGTGAAAAGGAGGCCCATAAATTACTTCAACCCGCAGACAAAACTTTAAGGACCATG 2151
Query 2186 GCTATTGAATTTGCTGAATACCAGGTCTGTGTAGATTTGTTTATCACAACTCAAGCGTAT 2245
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2152 GCTATTGAATTTGCTGAATACCAGGTCTGTGTAGATTTGTTTATCACAACTCAAGCCTAT 2211
Query 2246 GTTGACATGGCTTCAATTTCTGAGATCCCAAGAACAACTGGAGGACAGGTTTATTGTTAT 2305
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2212 GTTGACATGGCTTCAATTTCCGAGATCCCAAGAACAACTGGAGGACAGGTTTATTGCTAT 2271
Query 2306 TACCCTTTCTCAGCTCTTTCAGACCCCCCAAAGTTATACAACGATCTTAGATGGAATATC 2365
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 TACCCTTTCTCAGCTCTTTCAGACCCCCCAAAGCTATACAACGATCTTAGATGGAATATC 2331
Query 2366 ACGAGGCCCCAAGGTTTTGAGGCTGTCATGCGAGTCAGATGCAGTCAGGGTATTCAAGTG 2425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 ACGAGGCCCCAAGGTTTTGAGGCTGTCATGCGAGTCAGATGCAGTCAGGGTATTCAAGTG 2391
Query 2426 CAAGAATACTCAGGGAACTTCTGTAAGCGCATACCAACTGACATCGATCTACCTGCGATT 2485
|| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2392 CATGAATACTCAGGGAATTTCTGTAAACGCATACCAACTGACATCGATCTACCAGCGATT 2451
Query 2486 GACTGTGACAAAGCTATAATGGTGACATTAAAGCATGATGACAAACTACAAGATGGAGCT 2545
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 GACTGTGACAAAGCTGTAATGGTGACATTAAAGCATGATGACAAACTACAAGATGGAGCT 2511
Query 2546 GAATGCGGTTTTCAGTGTGCCCTTCTGTATACCACCATATCTGGAGAAAGGAGAATTAGG 2605
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2512 GAATGTGGTTTCCAGTGTGCCCTTCTGTATACCACCATATCTGGAGAAAGAAGAATTAGG 2571
Query 2606 GTTCTTAACTTATCAATCCCTTGTACAAACATGCTCAGTAACTTGTTCCGCTCAGCTGAC 2665
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 GTTCTTAACTTATCGCTCCCTTGTACAAACATGCTCAGTAACTTGTTCCGCTCAGCTGAC 2631
Query 2666 CTAGATTCCCAATTTGCTTGTATGCTGAAACAAGCGGCTAATGAGATCCCTTCGAAGGCA 2725
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2632 CTGGATTCCCAATTTGCTTGTATGCTGAAACAAGCGGCTAATGAGATCCCTTCCAAGGCA 2691
Query 2726 CTTCCGTTGGTAAAGGAGCAAGCAACTAATGATTGCATCACCATACTACATTCCTATCGT 2785
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2692 CTTCCGTTGGTAAAGGAGCAAGCAACTAATAATTGCATCACCATACTACATTCCTATCGT 2751
Query 2786 AAATTCTGCGCTACAGTTACATCAACTGGACAACTTATTCTACCTGAAGCACTCAAGCTT 2845
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2752 AAATTCTGCGCTACAGTTACATCAACCGGACAACTTATTCTTCCTGAAGCACTCAAGCTT 2811
Query 2846 TTGCCATTATATACTCTCGCCTTAACCAAAGGTGTGGGGTTACGAATGGACGGGAGAATT 2905
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 TTGCCTTTATATACTCTCGCCTTAACCAAAGGTGTGGGGTTACGAATGGACGGGAGAATT 2871
Query 2906 GATGACCGATCATTTTGGATAAACCATGTGTCTTCATTGTCCACTCCTTTGGCTATTCCG 2965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 GATGACCGATCATTTTGGATAAACCATGTGTCTTCATTGTCCACTCCTTTGGCTATTCCG 2931
Query 2966 CTAGTTTATCCAAGGATGATTGCTGTCCATGACCTTGATGCAAATGATAATGAAGAAAAT 3025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2932 CTAGTTTATCCAAGGATGATTGCTGTCCATGACCTTGATGTAAACGATAATGAAGAAAAT 2991
Query 3026 GTGGTTCCTTGTCCAATCCCATTACAAAGTGAACACCTTAGCGATGAGGGAGTCTATTTT 3085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2992 GTGGTTCCTTGTCCAATCCCATTACAAAGTGAACACCTTAGCGATGAGGGAGTATATTTT 3051
Query 3086 CTTGAGAACGGTGAAGATGGTTTGATATATATTGGAGAATCAGTAAATTCAGATATCCTA 3145
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3052 CTTGAGAACGGTGAAGATGGTTTGATATATATTGGGGAATCAGTAAATTCAGATATCCTA 3111
Query 3146 CAGAAGCTCTTTAATGTTCGCTCAGCTGCTGAACTTCCAAGTCAGTATGTGCTGCAAAAG 3205
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3112 CAGAAGCTCTTTAATGTTCACTCAGCTGCTGAACTTCAAAATCAGTATGTGCTGCAAAAG 3171
Query 3206 TATGATAATCAGCTATCAAAGAAGTTCAATGACGTGGTGAATGAAATAAGGAGGCAAAGA 3265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 TATGATAATCAGCTATCAAAGAAGTTCAATGACGTGGTGAATGAAATAAGGAGGCAAAGA 3231
Query 3266 AGTTCTTACCTACGCATTAAATTGTGCAAGAAAGGAGATCCAGCTGGAAATATGTTGTTC 3325
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3232 AGTTCTTACCTACGCCTTAAATTGTGCAAGAAAGGAGATCCAGCAGGAAATATGTTGTTC 3291
Query 3326 CAATCGTATATGGTAGAGGACAGGGGATCGGGTGGGGCTTCGTACGTGGATTTTCTCGTT 3385
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3292 CAATCGTATATGGTGGAGGACAGGGGATCGAGTGGGCCTTCGTACGTGGAGTTTCTCGTT 3351
Query 3386 TCAGTTCACCGTCAAATCCAACACAAACTGAACTGATAGGTCTCTCTAGTCTCCTCTGGA 3445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3352 TCAGTTCACCGTCAAATCCAACACAAACTGAACTGACAGGTCTCTCTAGTCTCCTCTGTT 3411
Query 3446 GCAAAGCAGAAGAAAA-GGAAAGACAATCTTCTTCCTTTGTACATACTTTCGGTTGGAAA 3504
| | | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3412 TCCA-GAAAAAGAAAAAGGAAAGACAATCTTCTTCCTTTGTACATACTTTCGGCTGGAAA 3470
Query 3505 CTTTATAATTATTCTTCAAGTTCTTATGTGCTTGATAGAAAGTTCTATATTCAATGGAag 3564
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3471 CTTTATAATTATTCTTCAAGTTCTTATGTCCTTGA--GAA-GTTCTATATTCAATGGAAG 3527
Query 3565 atagagagag----cagagacagacag--attgagaga----gagagCTAGATATTCTTC 3614
|||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3528 ATAGAGAGAGAGAACAGAGACAGACAGGGAGAGAGAGACACAGAGAGCTAGATATTCTTC 3587
Query 3615 TGCCttttttgtggatttttatttatacaacagtttttttGTAGTGGCGTATACTTCAGA 3674
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 3588 TGCTTTTTTTGTGGATTTTTATTTATACAACAGTCTTTTTGTAGTG-CGTA--CTTCAGA 3644
Query 3675 AAAAAGGTTTTACAATATTTAACGA 3699
||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3645 AAAAAGGTTTTCCAATATTTTACGA 3669
Score = 145 bits (78), Expect = 3e-33
Identities = 88/93 (95%), Gaps = 0/93 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 673 GCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCCCTCTGGCAT 732
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 GCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGTGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCCCTCTGGCAT 734
Query 733 GCATGGCGGTCATTTGAGCAATGGGCCTCCTCC 765
|| |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 735 GCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCC 767
Score = 134 bits (72), Expect = 6e-30
Identities = 86/93 (92%), Gaps = 0/93 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 715 GCCTCCTCCCTCTGGCATGCATGGCGGTCATTTGAGCAATGGGCCTCCTCCCTCTGGCAT 774
|||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 633 GCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGTGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCCCTCTGGCAT 692
Query 775 GCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGACCTCCTCC 807
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 693 GCCTGGTGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCC 725
Score = 95.3 bits (51), Expect = 3e-18
Identities = 51/51 (100%), Gaps = 0/51 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 673 GCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCC 723
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GCCTCCTCCCTCTGGCATGCCTGGCGGTCCGTTGAGTAATGGGCCTCCTCC 767
> Ahg491448 jgi|Araly1|491448|fgenesh2_kg.7__881__AT4G32640.2
Length=3458
Score = 1711 bits (926), Expect = 0.0
Identities = 1232/1382 (89%), Gaps = 12/1382 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1107 CCTCTGTTTCTAGCCCCTCAAAG-ATTGATCTTAATCAGATACCAAGGCCAGGTTCAAGC 1165
|||||||| || | ||||| ||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CCTCTGTTCCTGGACCCTC-AAGAATTGATCCTAATCAAATCCCAAGGCCAGGTTCAAGC 1280
Query 1166 TCCAGTCCAATTGTGTATGAAACTCGTGTGGAA-AATAAGGCTAATCCTCCACCACCTAC 1224
||||| |||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| || ||| |
Sbjct 1281 TCCAGCCCAACTGTGTTTGAAACTCG-CCAGAATAATCAGGCTAATCCTCCCCCGCCTGC 1339
Query 1225 TACT-GTTGATTATATAACTAGAGACACTGGAAATTCCAG-CCCGCGTTACATGCGATGC 1282
|||| | ||||||| | | ||||||||||||||| || ||| ||||||||| | ||
Sbjct 1340 TACTAG-TGATTATGTTGTTCGAGACACTGGAAATTGTAGTCCC-CGTTACATGAGGTGT 1397
Query 1283 ACAATCAATCAGATCCCATGCACTGTTGATCTTCTATCTACATCTGGTATGCAACTGGCA 1342
|| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1398 ACGATCAATCAGATCCCATGTACAGTTGATCTTCTATCTACATCTGGAATGCAACTGGCG 1457
Query 1343 CTAATAGTCCAACCAATGGCGCTTTCTCATCCATCTGAAGAGCCTATCCAAGTTGTGGAC 1402
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1458 TTGATGGTCCAACCTCTGGCGCTTTCTCATCCATCTGAAGAGCCTATACAAGTTGTGGAC 1517
Query 1403 TTTGGTGAGAGTGGCCCTGTTAGATGTTCACGTTGTAAGGGCTACGTGAATCCTTTCATG 1462
||||||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 1518 TTTGGTGAGGGTGGGCCTGTTCGATGTTCACGCTGTAAGGGTTACATAAATCCTTTCATG 1577
Query 1463 AAGTTCATTGACCAAGGAAGGAAGTTCATATGTAACTTGTGTGGATACACTGATGAGACT 1522
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 AAGTTCATTGACCAAGGAAGGAAGTTCATCTGTAATTTCTGTGGATACACTGATGAGACT 1637
Query 1523 CCTCGTGACTACCAGTGTAATCTCGGTCCAGATGGTAGACGTAGGGATGCTGATGAAAGG 1582
|| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||
Sbjct 1638 CCCCGTGACTATCACTGTAATCTGGGTCCAGATGGTAGACGCAGGGACGTTGATGAAAGA 1697
Query 1583 CCTGAGCTGTGTAGGGGAACTGTTGACTTTGTTGCTACAAAAGAATATATGGTACGAGAT 1642
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1698 CCTGAGCTGTGTAGGGGAACCGTTGAGTTTGTTGCTACAAAAGAATACATGGTACGGGAT 1757
Query 1643 CCAATGCCAGCAGTATATTTCTTCCTCATTGATGTCTCAATGAACGCGATTCAAACAGGT 1702
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1758 CCAATGCCAGCAGTGTATTTTTTCCTCATTGATGTCTCAATGAATGCGATACAAACAGGT 1817
Query 1703 GCAACTGCAGCTGCTTGCAGTGCAATCCAGCAAGTCCTCTCAGACCTTCCTGAAGGTCCT 1762
|| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 GCTACTGCCGCTGCTTGCAATGCAATCCAGCAAGTACTTTCAGACCTTCCTGAAGGTCCT 1877
Query 1763 AGGACATTTGTTGGAATTGCCACGTTTGACTCAACAATTCACTTTTATAATTTGAAGCGT 1822
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1878 AGGACATTTGTTGGGATTGCTACGTTTGACTCAACAATCCACTTCTATAATTTGAAACGT 1937
Query 1823 GCACTGCAGCAGCCATTGATGCTCATTGTTCCGGATGTTCAAGATGTGTATACACCTTTA 1882
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 1938 GCACTGCAGCAGCCATTGATGCTCATTGTCCCTGATGTACAAGATGTTTATACACCATTA 1997
Query 1883 GAAACAGATGTCATTGTTCAGCTATCTGAGTGCCGTCAACACCTAGAGATTTTGCTGGAA 1942
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 1998 GAAACAGATGTCATTGTTCAGCTATCTGAGTGCCGTCAACATCTGGAGCTTTTGCTGGAT 2057
Query 1943 AGTATCCCAACAATGTTTCAGGAAAGTAAGAGTCCTGAATCTGCTTTTGGTGCAGCAGTT 2002
||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2058 AGTATCCCAACGATGTTTCAGGAAAGTAAAACTCCTGAATCTGCTTTTGGTGCAGCAGTT 2117
Query 2003 AAGGCCGCATTCTTAGCGATGAAGAGCACTGGAGGAAAGCTCATGGTGTTCCAATCAGTT 2062
||||| || ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||| ||
Sbjct 2118 AAGGCTGCTTTCTTGGCGATGAAGAGCAAAGGAGGGAAGCTTATGGTATTTCAATCAATT 2177
Query 2063 TTGCCTTCTGTTGGCATTGGAGCACTTTCTTCTAGAGAAGCCGATGGGAGAGCTAATGCC 2122
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||
Sbjct 2178 TTGTGTTCTGTTGGTGTTGGAGCACTTTCTTCTAGAGAGGCTGAAGGGAGAGCTAATATG 2237
Query 2123 TCTGCGGGTGAAAAAGAGGCCCATAAATTACTACAACCCGCAGACAAAACTTTAAGGACC 2182
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||
Sbjct 2238 TCTGCTGGTGAAAAGGAGGCCCATAAATTACTACAACCGGCAGACAAAACTCTAAAGACC 2297
Query 2183 ATGGCTATTGAATTTGCTGAATACCAGGTCTGTGTAGATTTGTTTATCACAACTCAAGCG 2242
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||
Sbjct 2298 ATGGCTATTGAATTTGCTGAATACCAGGTCTGTGTTGATATATTTATCACAGCTCAGGCC 2357
Query 2243 TATGTTGACATGGCTTCAATTTCTGAGATCCCAAGAACAACTGGAGGACAGGTTTATTGT 2302
||||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2358 TATGTTGACATGGCTTCAATTTCCGTCATTCCAAGAACTACTGGAGGACAGGTGTATTGT 2417
Query 2303 TATTACCCTTTCTCAGCTCTTTCAGACCC-CCCAAAG-TTATACAACGATCTTAGATGGA 2360
|||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | || ||||| ||||||| |||||
Sbjct 2418 TATTACCCTTTCTCAGCTCTCTCAGATCCTCCCAA-GCTT-TACAATGATCTTAAATGGA 2475
Query 2361 ATATCACGAGGCCCCAAGGTTTTGAGGCTGTCATGCGAGTCAGATGCAGTCAGGGTATTC 2420
|||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2476 ATATTACTAGGCCACAGGGTTTTGAGGCTGTCATGCGAGTCAGATGCAGCCAGGGTATTC 2535
Query 2421 AAGTGCAAGAATACTCAGGGAACTTCTGTAAGCGCATACCAACTGACATCGATCTACCTG 2480
|||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2536 AAGTGCAAGAATACTCGGGGAATTTCTGCAAACGCATTCCAACTGACATTGATCTACCAG 2595
Query 2481 CG 2482
||
Sbjct 2596 CG 2597
Score = 739 bits (400), Expect = 0.0
Identities = 653/773 (84%), Gaps = 26/773 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2518 GCATGATGACAAACTACAAGATGGAGCTGAATGCGGTTTTCAGTGTGCCCTTCTGTATAC 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2597 GCATGATGACAAACTACAAGATGGAGCTGAATGTGCTTTCCAGTGCGCCCTTCTGTATAC 2656
Query 2578 CACCATATCTGGAGAAAGGAGAATTAGGGTT-CTTA-ACTTATCAATC-CCTTGTACAAA 2634
|| |||| ||||||||| |||||||||||| | | | |||||| || ||| |||| ||
Sbjct 2657 TACAATATATGGAGAAAGAAGAATTAGGGTTACC-ACA-TTATCACTCTCCT-GTACGAA 2713
Query 2635 CATGCTCAGTAACTTGTTCCGCTCAGCTGACCTAGATTCCCAATTTGCTTGTATGCTGAA 2694
|||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2714 CATGCTCAGTAATTTGTTTCGCGCAGCTGACTTAGATTCTCAATTTGCTTGTATGCTGAA 2773
Query 2695 ACAAGCGGCTAATGAGATCCCTTCGAAGGCACTTCCGTTGGTAAAGGAGCAAGCAACTAA 2754
||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 ACAAGCGGCGAATGAAATTCCTTCGAAGGCACTTCCACTGGTAAAGGAGCAAGCAACTAA 2833
Query 2755 T-GATTGCATCACCAT--ACTAC-ATTCCTATCGTAAATTCTGCGCTACAGTTACATCAA 2810
| | |||||| | || ||| | || |||| |||||||| || |||||||| ||||||
Sbjct 2834 TAG-TTGCATAA--ATGCACT-CTATGCCTACCGTAAATTTTGTGCTACAGTGACATCAT 2889
Query 2811 CTGGACAACTTATTCTACCTGAAGCACTCAAGCT-TTTGCCATTATATACTCTCGCCTTA 2869
|||||||||||||||| || || || |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2890 CTGGACAACTTATTCTTCCCGAGGCGCTCAAGCTATTT-CCATTATATACTCTCGCATTG 2948
Query 2870 ACCAAAGGTGTGGGGTTACGAATGGACGGGAGAATTGATGACCGATCATTTTGGATAAAC 2929
|||||| ||||||| ||| | | ||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||
Sbjct 2949 ACCAAAAGTGTGGGTTTAAGGACGGATGGGAGAATTGATGATCGATCATTCTGGATTAAC 3008
Query 2930 CATGTGTCTTCA-TTGTCCACTCCTTTGGCTATTCCGCTAGTTTATCCAAGGATGATTGC 2988
|||| ||||| || || ||||||||||| || || | |||||||| ||||||||| |
Sbjct 3009 TATGTATCTTCCCTT-TCTACTCCTTTGGCAATCCCATTGGTTTATCCCAGGATGATTTC 3067
Query 2989 TGTCCATGACCTTGATGCAAATGATAATGAAGAAAATGTGGTTCCTTGTCCAATCCCATT 3048
||| || ||||||||||| || || ||||| | | || ||||| ||||||||||||
Sbjct 3068 TGTTCACGACCTTGATGCGAAGGACAATGAGGGATCGGTTCTTCCTCCTCCAATCCCATT 3127
Query 3049 A-CAAAGTGAACACCTTAGCGATGAGGGAGTCTATTTTCTTGAGAACGGTGAAGATGGTT 3107
||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 3128 GTCAA-GTGAACACATTAGCAATGAGGGAGTTTATTTTCTTGAGAATGGTGAAGACGGTC 3186
Query 3108 TGA-TATATATTGGAGAATCAGTAAATTCAGATATCCTACAGAAGCTCTTTAATGTTCGC 3166
| | ||||| |||| ||||||||| | || ||||| || ||||| || ||| ||||| |
Sbjct 3187 T-ACTATATGTTGGCGAATCAGTAGACTCTGATATTCTGCAGAAACTTTTTGGTGTTC-C 3244
Query 3167 T-CAGCTGCTGAACTTCCAAGTCAGTATGTGCTGCAAAAGTATGATAATCAGCTATCAAA 3225
| ||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3245 TTCAGCTGCTGAAATTCCTAGCCAGTATGTGCTGCAGCAGTATGATAATCAGTTATCAAA 3304
Query 3226 GAAGTTCAATGACG-TGGTGAATGAAATAAGGAGGCAAAGAAGTTCTTACCTA 3277
|||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3305 GAAGTTCAATGATGCTG-TGAATGAAATAAGGAGGCAAAGATGTTCTTACCTA 3356
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 140660789808
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5