BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G44530.1
Length=3758
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg897208 jgi|Araly1|897208|Al_scaffold_0005_1174 3583 0.0
Ahg949379 jgi|Araly1|949379|scaffold_801266.1 207 4e-52
> Ahg897208 jgi|Araly1|897208|Al_scaffold_0005_1174
Length=3054
Score = 3583 bits (1940), Expect = 0.0
Identities = 2145/2241 (96%), Gaps = 26/2241 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 345 ATGATTGCGGAGAAGCCCTTTTGGGTTAAACATGAAGGGTTACAGATATTCTCCATTGAT 404
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTGCGGAGAAACCCTCTTGGGTTAAACATGAAGGGGTACAGATATTCTCCATTGAT 60
Query 405 GTTCAACCTAATGGAGAAAGGTTTGCTACTGGCGGTGGTGACCACAAGGTTCGTATATGG 464
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |
Sbjct 61 GTTCAGCCTAATGGAGAAAGGTTTGCTACAGGCGGTGGTG---AC------C-------- 103
Query 465 AACATGAAGTCTGTTGACAAGGATTTGCAAAACATAGATACAAAAGAGAGGCTTCTTGCA 524
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 104 -AC---AAGTCTGTTGACAAGGATTTGCAAAACTTAGATACAAAAGAGAGGCTTCTCGCA 159
Query 525 ACTCTTCGTGACCATTTTGGGTCAGTCAACTGTGTTAGGTGGGCCAAGAACAGTAGGTAT 584
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 160 ACTCTTCGTGACCACTTTGGGTCAGTCAACTGTGTTAGGTGGGCCAAGCACAGTAGGTAT 219
Query 585 GTAGCATCTGGTTCTGATGATCAAGTGATTCAAATCCATGAGAGGAAGCCTGGTTCAGGC 644
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 220 GTAGCATCTGGTTCTGATGATCAAGTGATACAAATTCATGAGAGGAAGCCTGGTTCAGGC 279
Query 645 ACCACTGAGTTTGGTAGTGGAGAAGCCCCTGATGTTGAGAACTGGAAAGCTGTAATGACT 704
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 280 ACCACTGAGTTTGGTAGTGGAGAAGCCCCCGATGTTGAGAACTGGAAAGCTGTAATGACT 339
Query 705 TTAAGGGGACACACTGCCGATGTGGTGGATCTTAATTGGTCTCCAGATGATTCGATGCTG 764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 340 TTAAGGGGACACACTGCCGATGTGGTGGATCTTAATTGGTCTCCAGATGATTCGATGCTG 399
Query 765 GCTAGTGGGAGTTTGGACAACACAGTGCATATATGGAATATGCGCACTGGTATGTGCACC 824
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 400 GCTAGTGGGAGTTTGGACAACACAGTCCATATCTGGAATATGCGCACTGGTATGTGCACT 459
Query 825 ACTGTTCTCAGGGGTCACTTGAGTTTGGTTAAAGGTGTAACTTGGGATCCAATTGGGTCA 884
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 460 ACTGTTCTCAGGGGTCACTTGAGCTTGGTTAAAGGTGTAACTTGGGATCCAATCGGGTCA 519
Query 885 TTTATTGCTAGCCAGTCGGATGACAAAACTGTGATAATATGGCGAACAAGTGATTGGGGC 944
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 520 TTTATTGCTAGCCAATCTGATGACAAAACTGTGATAATATGGCGAACAAGCGATTGGGGC 579
Query 945 ATGGCTCACAGAACAGATGGTCACTGGGCAAAATCGCTTGGATCCACATTTTTCAGGCGA 1004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 ATGGCTCACAGAACAGATGGTCACTGGGCAAAATCGCTTGGATCCACATTTTTCAGGCGA 639
Query 1005 CTTGGGTGGTCACCCT-GTGGCCACTTCCTTACTACCACTCATGGGTTTCAGAAGCCGAA 1063
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 640 CTTGGGTGGTC-CCCTTGTGGCCACTTCCTTACTACTACTCATGGATTTCAGAAGCCGAA 698
Query 1064 GCATTCTGCTCCTGTTTTAGAAAGAGGGGAATGGTCTGTAGCATATGACTTCTTAGGTCA 1123
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 699 GCATTCTGCTCCAGTTTTAGAAAGAGGGGAATGGTCTGTAGCATATGACTTCTTAGGACA 758
Query 1124 TAGTGCTCCAATCATTGTTGTTAGATTCAATCATTCAATGTTCAAAAGAATCCCCTCTAG 1183
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 759 TAGTGCTCCAATCATTGTTGTTAGGTTCAATCATTCAATGTTCAAAAGAATATCCTCTAG 818
Query 1184 TACCCATGAAACTAAACAAGTTGGGTGGAGCAATGGAACATCAAAGTCAGGGGAGAAAGA 1243
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 819 TACCCAGGAAACTAAACAAGTTGGGTGGAGCAATGGAACATCAAAGACAGGGGGGAAAGA 878
Query 1244 TTTGCAGTCATACAATGTTATTGCAATGGGGAGTCAAGACCGTACTATAACCGTATGGAC 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 TTTGCAGTCATACAATGTTATTGCAATGGGGAGTCAAGACCGTACTATAACCGTATGGAC 938
Query 1304 AACTGGAAGTGCGCGTCCTCTTTTTGTCGCCAAGCATTTCTTTGGCCAAAGTGTTGTGGA 1363
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 AACTGGAAGTGCGCGTCCTCTTTTTGTCGCGAAGCATTTCTTTGGCCAAAGTGTTGTGGA 998
Query 1364 TCTATCATGGAGTCCCGACGGATATTCACTTTTCGCATGTTCCTTGGACGGAACGGTGGC 1423
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 999 TCTATCATGGAGTCCAGACGGATATTCACTTTTCGCATGTTCCTTGGACGGAACAGTGGC 1058
Query 1424 GATGATTCACTTTGACCCAAAAGAACTAGGCGTCAGGCTAACCGATACTGAACTCGACGA 1483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1059 GATGATTCACTTTGACCCAAAAGAACTAGGCGTCAGGCTAACCAATACTGAACTTGACGA 1118
Query 1484 ATTGAAGAAATCTCGATATGGAGATGTCAGAGGCCGGCAAGCAAACTTAGTTGAGAGCCC 1543
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1119 ATTGAAGAAAAGTCGATATGGAGATGTCAGAGGCCGGCAAGCAAACTTAGTTGAGAGCCC 1178
Query 1544 AGCCCAGTTATTACTTGAAACAGCCTCGACAAAGCAAGCCGGTAGTAAGAGGGCGGCATC 1603
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 TGCCCAGTTATTACTTGAAACAGCCTCGACAAAGCAAACCGGTAGTAAGAGGGCGGCATC 1238
Query 1604 GGATGTTCAACAAAATCAGGTGACTACAAAACCATCTGTTAGTGTGGAGAGTACTGCAAA 1663
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 GGATGTTCAACAAAATCAGGTGACAACAAAACCATCTGCTAGTGTGGAGAGTACTGCAAA 1298
Query 1664 GAGGCGTAAATCGCAAGTCGATGATCGGAATAAGGCAGCAGAGTCTACTGGTCAAACATT 1723
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1299 AAGGCGTAAATCGCAAGTCGATGATCCGAATAAGGCAGCAGAGGCTACTGGTCACACATT 1358
Query 1724 AAATAAAGCATCAACCTTAAATCGAGTATCTAGTCCTGTGAATCAAAAAGTGTATAGAAG 1783
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 AAATAAAGCATCAACCTTAAATCGTGTATCTAGTCCTGTGAATCAAAAAGTGTATAGAAG 1418
Query 1784 GCCTGACGGAAGAAAGAGGATCATTCCTGAAGCTGTTGGAGTTCCCCAACAGGAGAATAA 1843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 GCCTGACGGAAGAAAGAGGATCATTCCTGAAGCTGTTGGAGTTCCCCAACAGGAGAATAA 1478
Query 1844 TATCATGATTAATGGGGAATCACATAATTTTCTGCCTGCTTCCGCTGCTGCTCCT-GCTA 1902
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1479 TGTCATGATTAATGGGCAATCACATAATTTTCTGCCTGCTTCCGCTGCTGCTCCTAG-TA 1537
Query 1903 AGGGAGATAGTGGAGATTTTCCTGTGGAGATTAGCAATAGGGATTTGTCCGGGAAAGAAA 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1538 AGGGAGATAGTGGAGATTTTCCTGTGGAGATTAGCAATATAGATTTGTCCGGGAAAGAAA 1597
Query 1963 TAGTTTGCAGGAACCCTGATCTGAAAGAGCGTTCAAGGATTACAGCTCGTGCTACCATTA 2022
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 TAGTGTGCAGGAACCCTGATCTGAAAGAGCGTTCAAGGATTACAGCTCGTGCTACCATTA 1657
Query 2023 CTGAGAGCCTTGTTATTGAGAAGGTTCCTGGAACCTCTGGTAGGGATGGAGTTTTAAATG 2082
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1658 CTGAGAGCCTTATTATTGAGAAGGTTCCTGGAACCTCTGGTAGAGATGGAGTTTTAAATG 1717
Query 2083 TTGAGCAATCTGTAGGTATAAAAGAATCTTCTAGCACTGATCTGTTGATAAGGGTATTCG 2142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718 TTGAGCAATCTGTAGGTATAAAAGAATCTTCTAGCACAGATCTGTTGATAAGGGTATTCG 1777
Query 2143 ATTGGAAAGATGGGGAAGCTGCACCACCTGTTTGCTTAGAAGCTTGTCCAAGGGAGCATG 2202
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1778 ATTGGAAAGATGGGGAAGCCGCACCACCTGTTTGCTTAGAAGCTTGTCCACGGGAGCATG 1837
Query 2203 CTTTGGACACTGTTGGTGCAGTAAGTACATCAATGGTCAAGGAAACTGAGATTTCTTGCA 2262
|| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838 CTCTGGACACTGTTGGTGCAATAAGTACATCTATGGTCAAGGAAACTGAGATTTCTTGCA 1897
Query 2263 AAAAGTCAGGCGAAACTCTTTGGTCTGATCGGATTATGGGGAGAGTCACTGTTTTGGCTG 2322
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1898 AAAAATCAGGCGAAACTCTTTGGTCTGATCGGATTATGGGGAGAGTCACTGTTTTGGCTG 1957
Query 2323 GAAATCCAAATTTTTGGGCTGCTGGATGCGAAGACGGAAGCCTCCAGGTTTACACTAAGT 2382
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1958 GAAATCCAAATTTTTGGGCTGTTGGATGCGAAGACGGAAGCCTCCAGGTGTACACTAAGT 2017
Query 2383 GTGGAAGGCGTGCTATGCCTACAATGATGATGGGGTCTGCTGCAACTTTTATTGATTGTG 2442
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2018 GTGGAAGGCGTGCTATGCCTACAATGATGATGGGGTCTGCTGCAACATTTATTGATTGCG 2077
Query 2443 ACGATAGCTGGAAGTTGTTGCTTGTAACAAGAAAAGGATCTCTATATGTATGGGATCTAT 2502
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 ACGATAGCTGGAAATTGTTGCTTGTAACAAGAAAAGGATCTCTATATGTATGGGATCTAT 2137
Query 2503 TCAATAGGAAATGCGTTCTTCACGACTCTTTATCTTCTTTGGTCTCTTCCGATGTCAATT 2562
||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2138 TCAATAGGAAATGCGTTCTCCATGACTCTCTATCTTCTTTGGTCTCTTCCAATGTCAATT 2197
Query 2563 TATCTTCCACAGT-GAAAGTA 2582
||||||||||||| ||| |||
Sbjct 2198 TATCTTCCACAGTAGAAGGTA 2218
Score = 1356 bits (734), Expect = 0.0
Identities = 805/840 (96%), Gaps = 2/840 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2683 GTACAATAAAAGTGATATCTGTGAAATTATCCAAATCTGGTTCACCGCTTGTTGTTCTAG 2742
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2216 GTACGATAAAAGTGATATCTGTGAAATTATCCAAATCTGGTTCACCACTTGTTGTTCTAG 2275
Query 2743 CCACACGTCATGCATTCCTTTTTGACACTAGTCTAATGTGTTGGCTGAGAGTGGCTGATG 2802
||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 CCACACGTCATGCATTCCTCTTCGACACGAGTCTAATGTGTTGGCTGAGAGTGGCTGATG 2335
Query 2803 ACTGCTTCCCGGCCTCAAATTTTAGTAGCTCCTGGAATTTGGGCTCAGCTCCATGCGGCG 2862
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2336 ACTGCTTTCCGGCCTCAAATTTCAGTAGCTCCTGGAATTTGGGCTCAGCCCCATGCGGCG 2395
Query 2863 AGCTTGCTGGTTTGCAGGTTGATGTCAGAAAGTACATGGCTAGAAAGCCAGGGTGGAACA 2922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 AGCTTGCTGGTTTGCAGGTTGATGTCAGAAAGTACATGGCTAGAAAGCCAGGGTGGAACA 2455
Query 2923 GGATAACTGATGATGGAACGCAAACACGTGCACATTTGGAATCTCAACTTGCATCTTCTC 2982
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GGATAACTGATGATGGAATGCAAACACGTGCACATTTGGAATCTCAACTTGCATCTTCTC 2515
Query 2983 TTGCACTTGAGTCTCCTAATGAATACCGCCAGTGCCTCCTTGCCTATGTGAGGTTTCTAG 3042
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TTGCACTTGAGTCTCCTTTTGAATACCGCCAGTGCCTCCTTGCCTATGTGAGGTTTCTAG 2575
Query 3043 CAAGAGAGGCAGACGAGTCCAGATTAAGAGAAGTCTGTGAGAGCTTTCTTGGACCTCCCA 3102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 2576 CAAGAGAGGCAGACGAGTCCAGATTAAGAGAAGTCTGCGAGAGCTTTCTTGGACCTCCAA 2635
Query 3103 CTGGTATGGCTGAAGCAGCATCTTCAGACACAAACTTGTCTTGGGATCCTTATGTTCTGG 3162
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2636 CTGGTATGGCTGAAGCAGCATCTTCAGACACAAACTTGTCTTGGGATCCTAATGTTCTGG 2695
Query 3163 GGGTGAAGAAGCATAAACTTTTGAGAAACGATATTCTACCTGCAATGGCGTCAAACAGAA 3222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 GGGTGAAGAAGCATAAACTTTTGAGAAACGATATTCTCCCTGCAATGGCGTCAAACAGAA 2755
Query 3223 AAGTGCAGCGTCTACTCAATGAGTTTATAGATCTCTTATCTGAATATGAAGACGTAGAAA 3282
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2756 AAGTGCAGCGTCTACTCAATGAGTTTATAGATCTCTTATCTGAATATGAAGACGCAGAAA 2815
Query 3283 CAGCAGATCCTGCCCCCAAGGGCTCGACACCTACCATGAACTGTGGTGGAGTCCCATCTT 3342
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2816 CAGCAGATCCTGCCCCCAAGGGCTCGACACCTACCATGAACTGTGGTGGAGCCCCATCTT 2875
Query 3343 CACTGGATCAAATTGGCTCTGATCCTCCAGCCATGACAGCTACTACTCCTATGACTA-TA 3401
|||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||
Sbjct 2876 CACTTGATCAAATGGGCTCTGATCCACCAGCCATGACAGCTACTACCCCTATGAC-AGTA 2934
Query 3402 GACAATGACAAACCAGTCTCTCTGGAGAATCCAGCGGCTTTGGATATAGGTGTGTGTGAG 3461
||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2935 GACAATGACAAACCAGTTTCTGTGGCGAATTCAGTGGCTTTGGAGATAGGCGTGTGTGAG 2994
Query 3462 AAAACGGGTTCTGAGGACCGGGATAAACAAGACCAGAACTCAAGAGACTCGGGCTCTTGA 3521
||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2995 AAACCGGGTTCTGAAGACCGGGATAGACAAGACCAGAACTCAAGAGACCCAGGCTCTTGA 3054
> Ahg949379 jgi|Araly1|949379|scaffold_801266.1
Length=688
Score = 207 bits (112), Expect = 4e-52
Identities = 123/128 (96%), Gaps = 1/128 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 326 TCGAATTGAG-AGAAGAGAGATGATTGCGGAGAAGCCCTTTTGGGTTAAACATGAAGGGT 384
|||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCGAATTGGGCAGAAGAGAGATGATTGCGGAGAAACCCTCTTGGGTTAAACATGAAGGGT 60
Query 385 TACAGATATTCTCCATTGATGTTCAACCTAATGGAGAAAGGTTTGCTACTGGCGGTGGTG 444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 TACAGATATTCTCCATTGATGTTCAACCTAATGGAGAAAGGTTTGCTACAGGCGGTGGTG 120
Query 445 ACCACAAG 452
||||||||
Sbjct 121 ACCACAAG 128
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141992804863
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5