BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G44600.1
Length=2390
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg484871 jgi|Araly1|484871|fgenesh2_kg.5__863__AT3G44600.1 3504 0.0
> Ahg484871 jgi|Araly1|484871|fgenesh2_kg.5__863__AT3G44600.1
Length=2282
Score = 3504 bits (1897), Expect = 0.0
Identities = 2148/2264 (95%), Gaps = 38/2264 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AACCTTGCTTTCAATCGACGAAGGA-G-TTTTGAGTTGAGGAAGTGAGTAGAAATCAATG 64
|||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 AACCTTGCTTTCAATCGACGAA-GAGGTTTTTGAGTTGAGGAAGAGAGTAGAAATCAATG 59
Query 65 GAGGAAGAATCTAAGAATGGCGGAACCACGATTCCGACTGAAGAATTGGCGGTGGTTGCG 124
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GAGGAAGAATCGAAGAATGGTGGAACCACGATTCCGACTGAAGAATTGGCGGTGGTTGCG 119
Query 125 GTGCCACCTGTAGTAGAAGAAGAGGAGCCGATGGTCGGACCTGGACCAGCTCCACGAGGC 184
||||| | || ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GTGCCGCTTGAAGTGGAAGAGGAGGAGGCGATGGTCGGACCTGGACCAGCTCCACGAGGC 179
Query 185 AAACGCAAGCGTCCGCTTCAATTCGAGCAAGCTTATCTTGATTCGCTTCCTTCTGCTAAT 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AAACGCAAGCGTCCGCTTCAATTCGAGCAAGCTTATCTTGATTCGCTTCCTTCTGCTAAT 239
Query 245 ATGTATGAGAAAAGTTATATGCATCGAGATGTAGTTACACATGTTGCTGTTTCAGCAGCT 304
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 ATGTATGAGAAAAGTTATATGCATCGGGATGTAGTTACACATGTTGCTGTTTCAGCAGCT 299
Query 305 GAGTTCTTTATAAGTGGAAGTATGGATGGTCACTTGAAATTTTGGAAGAAAAAGGGTGTT 364
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GATTTCTTTATCAGTGGAAGCATGGATGGTCACTTGAAATTTTGGAAGAAAAAGGGTGTT 359
Query 365 GGTATCGAGTTTGCTAAGCATTTCCGCTCCCATCTCGGTCCAATTGAAGGTCTAGCGGTT 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GGTATCGAGTTTGCTAAGCATTTCCGCTCCCATCTCGGTCCAATTGAAGGTCTAGCGGTT 419
Query 425 AGCATTGATGGTTTGCTTTGCTGTACAATCTCAAATGATCATGCTGTTAAAATATATGAT 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGCATTGATGGTTTGCTTTGCTGTACAATCTCAAATGATCATGCTGTTAAAATATATGAT 479
Query 485 GTTGTCAACTACGATATGATGGCCATGATCCGTTTGCCATATATTCCTGGTGCTGTTGAG 544
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 480 GTTGTCAACTACGACATGATGGCCATGATCCGTTTGCCATATATCCCTGGTGCTGTTGAG 539
Query 545 TGGGTCTACAAGCAAGGGGATGTCAAAGCTAAACTTGCTGTCAGTGACCGAGACTCTTTG 604
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 TGGGTCTACAAACAAGGGGATGTCAAAGCTAAACTTGCTGTCAGTGACCGAGACTCTTCG 599
Query 605 TTTGTGCACATTTATGATCCTCGTTCTGGTTCCAACGAACCCATTGCTTCAAAAGAGATA 664
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTTGTGCACATTTATGATCCCCGTTCTGGTTCCAATGAACCCATTGCTTCAAAAGAGATA 659
Query 665 CATATGAATCCAATTAAGGTCATGAAGTACAATCCTGTTTCGGACACAATGATCTCTGGT 724
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 CATATGAATCCAATTAAGATCATGAAGTACAATCCTGTTTCGGACACAATGATCTCTGGT 719
Query 725 GACACAAAAGGAATCATTGAGTACTGGAGTGCAACTACATTACAGTTTCCCGAGGATGAG 784
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 GACACAAAAGGAATCATTGAGTACTGGAGTCCAGCTACATTGCAGTTTCCCGAGGATGAG 779
Query 785 GTAAACTTTAAACTGAAGAGTGATACAAATCTCTTTGAGATTATAAAGTGCAAAACAACA 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTAAACTTTAAACTGAAGAGTGATACAAATCTCTTTGAGATTATAAAGTGCAAAACAACA 839
Query 845 ATCTCTGCCATTGAGGTGAGTCCAGATGGTAAACAGTTTTCCATTACAGCTCCTGATCGT 904
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 ATCTCTGCCATTGAGGTGAGTCCAGATGGTAGACAGTTTTCCATTACATCTCCTGATCGT 899
Query 905 AGGATTCGTGTGTTCTGGTTTAGAACTGGTAAACTGAGGCGGGTATATGATGAGTCACTT 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AGGATTCGTGTGTTCTGGTTTAGAACTGGTAAACTTAGGCGGGTATATGATGAGTCACTT 959
Query 965 GTGGTGGCCCAAGATCTGCAGAGGAGTGATGCTCCCTTATACAGGCTTGAAGCTATTGAC 1024
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAGGTGGCCCAAGATCTGCAGAGGAGTGATGCTCCATTATACAGGCTTGAAGCTATTGAC 1019
Query 1025 TTTGGTAGAAGAATGGCAGTTGAAAAGGAACTTGAAAAAACCGAGAGTGCTCCGCAGCCC 1084
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TTTGGTAGAAGAATGGCAGTTGAGAAGGAACTTGAAAAAACCGAGAGTGCTCCGCAGCCC 1079
Query 1085 AATGCTGTGTTTGATGAAAGCTCTAATTTCCTTATATACGCCACTTTTCTTGGAATAAAA 1144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1080 AATGCTGTGTTTGATGAAAGCTCTAATTTCCTTATATACGCCACTCTTCTTGGAATAAAA 1139
Query 1145 GTAATAAATTTACACACCAACACAGTTGCAAGGATCCTTGGAAAGGTGGAGAGTAATGAA 1204
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATAATAAATTTACACACCAACACAGTTGCAAGGATCCTTGGGAAGGTGGAGAGTAATGAA 1199
Query 1205 AGGTATCTGAGAGTTGCATTATATCAAGGTGATCAAGGAGGCAAGAAAGTTAGAAAGATT 1264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 AGGTATCTGAGAGTTGCATTATATCAAGGTGATCAAGGAGGCAAGAAAGTTAGAAAGATT 1259
Query 1265 CCTGCAGCTGCAGCAAATGTAAATGAAAGCAAGGAGCCTTTGACTGATCCGACTATCCTA 1324
|| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1260 CCAGCAGCCGCAGCAAATGTAAATGAAAGCAAAGAGCCCTTGACTGATCCAACTATCCTA 1319
Query 1325 TGCTGTGCCTTTAAGAAACACAGGATCTATATGTTCAGTCGGAGAGAGCCAGAAGAACCT 1384
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGCTGTGCCTTCAAGAAACACAGGATCTATATGTTCAGTCGAAGAGAGCCAGAAGAACCT 1379
Query 1385 GAAGATGCAAGCCAAGGGAGAGATGTGTTTAACGAGAAGCCTGCTGCTGATGAACTTATG 1444
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GAAGATGCAAGCCAAGGGAGAGATGTGTTCAATGAGAAGCCTGCTGCTGATGAACTTATG 1439
Query 1445 TCTGTCTCAGATATTGGAAACTCAGCCACAACATCCCTTCCAGAGAACGTGATAATGCAT 1504
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1440 GCTGCCTCAGATATTGGAAACTCAGCCACAACATCTCTTCCAGAGAACGTGATCATGCAT 1499
Query 1505 ACTACGCTTGGTGACATTCACATGAAGCTTTACCCAGAAGAATGTCCCAAAACTGTGGAG 1564
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ACTACGCTGGGCGACATTCACATGAAGCTTTACCCAGAAGAATGTCCCAAAACTGTGGAA 1559
Query 1565 AATTTCACAACACACTGTAGAAATGGCTATTACGATAACCACCTTTTCCATCGGGTTATC 1624
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1560 AATTTCACAACACACTGTAGAAATGGTTATTACGATAACCACCTTTTCCACCGGGTTATC 1619
Query 1625 AGAGGATTTATGATACAGACTGGAGATCCTCTTGGGGATGGTACTGGAGGACAGTCAATT 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 AGAGGATTTATGATACAGACTGGAGATCCTCTTGGGGATGGTACTGGAGGACAGTCAATT 1679
Query 1685 TGGGGCAGAGAATTTGAGGACGAGTTTCACAAAAGTCTAAGGCATGACAGGCCGTTCACA 1744
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGGGGCAGAGAATTTGAAGACGAGTTTCACAAAAGTCTACGGCATGACAGGCCGTTCACA 1739
Query 1745 TTGTCTATGGCAAATGCCGGCCCAAACACAAATGGGTCTCAGTTCTTCATCACAACAGTG 1804
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||
Sbjct 1740 TTGTCTATGGCAAATGCTGGCCCAAACACAAATGGGTCTCAATTCTTTATCACAACGGTG 1799
Query 1805 GCTACACCGTGGCTAGACAATAAGCACACTGTTTTTGGAAGAGTTGTGAAGGGAATGGAC 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCTACACCGTGGCTAGACAATAAGCACACTGTTTTTGGAAGAGTTGTGAAGGGAATGGAC 1859
Query 1865 GTCGTTCAGGGTATAGAGAAAGTGAAGACAGACAAGAACGACAGGCCTTACCAAGATGTG 1924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1860 GTCGTTCAGGGTATAGAGAAAGTGAAGACAGACAAGAACGACAGACCTTACCAAGATGTT 1919
Query 1925 AAGATACTTAATGTCACCGTTCCGAAATCTTAGCATCTTTGCTACTGTCTCAAAGATAGT 1984
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1920 AAGATACTTAATGTCACTGTTCCGAAATCTTAGCATCTTTGCTGTTGTCTCAAAGATAGT 1979
Query 1985 GAACAATC-TATGCTGATCCGTAACCCC--G-----TGATTGGTTCTATGCTGGGAAGTT 2036
|||||||| | ||||||||| || |||| | ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1980 GAACAATCGT-TGCTGATCCATA-CCCCATGAACCATGATTGGTTCTGTGATGGGAAGTT 2037
Query 2037 GTTCTTGCGGAGATGGATCGAACTGTGGGATATGTTTGTTGTACCCGAGCAGATCAGGTT 2096
| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 2038 GGTA--G---AGATGGATCGAACTGTGGGTTATGTTTGTTGTGCCCGAGCAGATTAGATT 2092
Query 2097 AAGTTGGTGGCATCATCTTCTTGACACTAAACATTATTTTATGTTTTTGTCAAACAAATT 2156
|||||||||||||||||||||||| || | | ||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 2093 AAGTTGGTGGCATCATCTTCTTGA---TA--C-T-ATTTT-TGT------CAAACAACTT 2138
Query 2157 TTATGAGAATGCTTAGTGAACAAAAAGACTT-CAACTTCTAATGTTACTTCAATTCCTCT 2215
| ||| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2139 T-ATGCGAATGCTTAGTGAACAAA--GA-TTGCAACTTCTAATGTTACTTCAATTCCGAT 2194
Query 2216 TATTTTCTTGAAATAGAGTT-GATCTACTTTCTTCTAATTTATC 2258
|||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2195 TATTTTCTTGTAGTAGAGTTTGATTTACTTTCTTCTACTTTATC 2238
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 90045339180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5