BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G45190.1
Length=2808
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg347608 jgi|Araly1|347608|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001000 3836 0.0
> Ahg347608 jgi|Araly1|347608|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001000
Length=2379
Score = 3836 bits (2077), Expect = 0.0
Identities = 2286/2385 (96%), Gaps = 21/2385 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 ATGTTTTGGAAGTTGACTGCTCTCTCTGCTGCTTCACCGGTTGAATCCATATTAGACAAG 177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTTTGGAAGTTGACTGCTCTCTCTGCTGCTTCACCGGTCGAATCGATATTAGACAAG 60
Query 178 GAAGATTTCACTTTGGAAGAACTTTTGGATGAGGAAGACATAATCCAAGAATGCAGAGCT 237
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAAGATTTCACTTTGGAAGAACTATTGGATGAGGAAGATATAATCCAAGAATGCAGAGCT 120
Query 238 TTGAACAGCCGGCTCATAAATTTTCTGAGAGAAAGAGCCCAAGTGGAACAGTTATTACGT 297
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 121 TTGAACAGCCGTCTCATAAATTTTCTGAGAGAAAGAGCCCAAGTGGAACAGTTGTTACGT 180
Query 298 TTTATTGTTGAAGAATCTCCTGAAGATGCAGACAGCAAGCGCGCTTTCAAGTTTCCTTTC 357
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTTATTGTTGAAGAATCTCCTGAAGATGCTGATAGCAAGCGCGCTTTCAAGTTTCCTTTC 240
Query 358 ATCTCCTCTGAAGTCTTGACCTGTGAAATTGATGTAATTCTCAAGACTTTAGTGGACGAG 417
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 241 ATCTCCTCTGAAGTCTTGACCTGTGAAATTGATGTTATTCTTAAGACTTTGGTAGACGAG 300
Query 418 GAGGAGCTAATGAACCTACTTTTCTCCTTTTTGGAACCCAACCGTTCCCACAGTGTAATG 477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGGAGCTAATGAACCTACTTTTCTCCTTTTTGGAACCCAACCGTTCCCACAGTGTAATG 360
Query 478 CTAGCTGGGTATTTCAGCAAGGTTGTCATATGCCTCATGTTGAGGAAGACGGTCCCGCTG 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTAGCTGGGTATTTCAGCAAGGTTGTCATATGCCTCATGTTGAGGAAGACGGTCCCGCTG 420
Query 538 ATGAACTATGTAAAAGCCCATCAGAATGTTTTCCAGCAACTGGTTGATTTGATAGGGATC 597
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGAACTATGTAAAAGCTCATCAGAATGTTTTCCAGCAACTGGTTGATTTGATAGGGATC 480
Query 598 ACGTCCATTATGGAGGTTCTTATCCGGTTGGTTGGTGCGGATGATCATGTGTATCCTAAC 657
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 481 ACGTCCATTATGGAGGTTCTAATCCGGTTGGTTGGTGCGGATGATCATGTGTATCCCAAC 540
Query 658 CACCTAGATGTGATGCAATGGTTAGCTGATAGCAATCTGCTTGAAATGATTGTGGATAAG 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CACCTAGATGTGATGCAATGGTTAGCTGATAGCAATCTGCTTGAAATGATTGTGGATAAG 600
Query 718 CTTAGCCCATCAAACTCTCTTGAAGTTCATGCAAATGCTGCTGAAACACTGTGCACTATC 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTTAGCCCATCAAACTCTCTTGAAGTTCATGCAAATGCTGCCGAAACACTGTGCACTATC 660
Query 778 GCTCAAAATGCACCGTCACCGTTGGCTACCAAACTTTCTAGTTCAAGTTTTGTTGCAAGG 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 661 GCTCAAAATGCACCGTCACCGTTGGCTACCAAACTCTCTAGTTCAAGTTTTGTTGGAAGG 720
Query 838 ATATTTGGTCATGCTTTCGAAGATCCTCAGTCCAAATCTAGCCTTGTCCACACACTTTCG 897
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATATTTGGTCATGCTTTCGAAGATCCCCAGTCCAAATCTAGCCTTGTCCACACACTTTCA 780
Query 898 GTGTGCATTTCATTGTTGAGCCCAAGAAGATCTGTAGTTTCTTCCCCCTTTATGTATTCA 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTGTGCATTTCATTGTTGAGCCCAAGAAGATCTGTAGTTTCTTCCCCCTTTATGTATTCA 840
Query 958 TTCAGGGGACAACAAATCTTCGAGTCTCCAATTTCTGTGAATCCGGAGACTATTGCCACC 1017
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TTCAGGGGCCAACAAATCTTCGAGTCTCCAATTTCTGTGAATCCGGAGACTATTGCCACC 900
Query 1018 ATGCTGCCTAGACTTGGTGACTTTGTCGCACTTTTAAATGTGACCTCTGATGAAAAGATT 1077
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATGCTGCCTAGACTTGGTGACTTTGTCGCGCTTTTAAATGTGACCTCTGATGAAAAGATT 960
Query 1078 TTACCTACAACCTATGGGCAGTTGAGGCCTCCTCTTGGCAGTCATCGTCTGAAGATTGTG 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 961 TTACCTACAACCTATGGGCAGTTGAGGCCTCCTCTTGGCAGTCATCGGCTAAAGATTGTG 1020
Query 1138 GAGTTCATTGCTGTCTTGCTGAAAACTCGAAGTGAAGCAACAGGAAAAGAACTAGCTAGC 1197
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |
Sbjct 1021 GAGTTCATTGCTGTCTTGCTGAAAACTCGGAGTGAAGTGACAGGAAAAGAACTAGCCAAC 1080
Query 1198 TCAGGAGCTATTAGAAGAGTCCTTGATCTGTTCTTTGAGTACCCGTATAATAATGCTCTG 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1081 TCAGGAGCTATTAGAAGAGTCCTTGATCTGTTTTTTGAGTACCCGTATAATAATGCACTG 1140
Query 1258 CATCATCAGGTGGAGAGTATAATTTTATCGTGTTTAGAAAGCAAGAACGATGAGATAGTT 1317
|| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1141 CACCATCAGGTGGAGAGTATAATAGTATCGTGTTTGGAAAGCAAAAACGATGAGATTGTT 1200
Query 1318 GACCATCTTCTCCGAGAGTGTGATTTGATTGGAAAAATTATTAAAACAGAGAAACAGCCA 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GACCATCTTCTCCGAGAGTGTGATTTGATTGGAAAAATTATTAAAACAGAGAAACAGCCA 1260
Query 1378 ATTCTTTCTGGTGATAAGCAGCCAACATTAGCTGCTGCTGGAAAGCAGGCTCCACGGGTG 1437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 ATTCTTTCTGGTGATAAGCAGCCAACATTAGCTGCTGCTGGAAAGCAGGCTCCACGGGTG 1320
Query 1438 GGGAATGTTGGTCATATCTCAAGAATCTCAAACAAGCTTGTTCAGCTGTCAACTAACAGT 1497
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGAAATGTTGGTCATATCTCAAGAATTTCAAACAAGCTTGTTCAGCTGTCAACTAACAGT 1380
Query 1498 AACCAGATAAAGACTTTACTTGAGGAAAATAACGATTGGGGTGAGTGGGAAGCTAATACG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1381 AACCAGATAAAGACTTTACTTGAGGAAAATAACGATTGGGGTGAGTGGGAAGCAAATACG 1440
Query 1558 TTGCATGATCGAAATGCAGTTGAGAATGTGTATCGCTGGGTTTGCGGACGCCCGACTGCA 1617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTGCATGATCGAAATGCAGTTGAGAATGTGTATCGCTGGGTTTGCGGACGCCCGACTGCA 1500
Query 1618 TTACATGATAGGACTAGGGACAGTGATGATGACGAAGTCCATGATAGGGATTATGATCTT 1677
||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TTACATGATAGAACTAGGGACAGTGACGATGATGAAGTTCATGATAGGGATTATGATCTT 1560
Query 1678 GCTGGTTTAGCTAATAACTTGAACCAGTTCAGATACAACATGCAAGAGAACAATGGTGCT 1737
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GCTGGGTTGGCTAATAACTTGAACCAGTTCAGATACAACATGCAAGAGAACAATGGTGCT 1620
Query 1738 GGAGAGGAGCATGGTTCTAATGACAGAGATGAAGAGGATGTCTATTTTGATGATGAATCT 1797
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GGAGAGGAGCATGGTTCCAATGACAGAGATGAAGAGGATGTCTATTTTGATGATGAATCT 1680
Query 1798 GCTGAAGTTGTTATATCATCTCTAAGGCTTGGTGATGAACAAGCGAACAATTTATTCACC 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1681 GCTGAAGTTGTTATATCATCTCTAAGGCTTGGTGATGAACAGGCAAACAATTTATTCACA 1740
Query 1858 AACTCGAACTGGTTCACGTTCCAAGGAGATGAATTAGGCGAAAACACAGGAACAGGAGCG 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AACTCGAACTGGTTCACGTTCCAAGGAGATGAATTGGGCGAAAACACAGGAACAGGAGCG 1800
Query 1918 ATTTCTTCCGAGGAAGCAATGGAAGATGTAAGCTTGAATGAAACTTCCGATGGCGGAGAT 1977
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1801 ATATCTTCGGAGGAAGCAATGGAAGATGTAAGCTTGAATGAAACTTCCGGTGGTGGAGAT 1860
Query 1978 GAAGAAGACGAAGACGAAGACTGTTTGATTACAGAAAGCAAGAACCCTTTTGTTGACTCA 2037
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GAAGAAGATGAAGAC------TGTTTGATTACAGAAAGCAAGAACCCTTTTGTTGACTCG 1914
Query 2038 ACTGCAGCCACAGCCTCAACCTCAGAAGCAGTCTCTGTAGACGCTGATATCGAGATTGAT 2097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GCTGCAGCCACAGCCTCAACCTCAGAAGCAGTCTCTGTAGACGCTGATATCGAGATTGAC 1974
Query 2098 GAAGATGTGGGTACAGATGAATTGTCACCTGAATGGGTTGAACGTAATGATTCATCTTCA 2157
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1975 GAAGATGTGGGTACAGATGAATTGTCACCGGAATGGATTGAACGTGGTGATTCATCTTCA 2034
Query 2158 GCCATTGCACCGGG-A--A--G-TAC--------A-GATGATGTGAAGATGCCTGATGTG 2202
|| || |||||| | | | | | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 TCCGTTCCACCGGTCACTACAGATCCGTTCCCGGAAGATGATGTGAAGATGCCTGATGTG 2094
Query 2203 AGAATCCCAAACGGTTCTTCATCCTCAGAAGGTGAGATTAGCCCGAGATCACCGCCTGTA 2262
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2095 AGAATCCCGAACGGTTCTTCATCCTCGGAAGGTGAGATTAGCCCAAGATCACCGCCCGTA 2154
Query 2263 CCTTCATTGTTTGGAAAAGATGTTGAGTTTGTGGGAGTTGAGCCAGAAGGAACTGAAAGG 2322
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2155 CCTTCATTGTTTGGAAAGGACGTTGAGTTTGTGGGAGTTGAGCCAGAAGGAACAGAAAGG 2214
Query 2323 GCAATGGATCAAGCTCTCAAGGAAGGCATAGTGGGAGAAGCAGGACCGATGAAGAGGAAC 2382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2215 GCAATGGATCAAGCTCTCAAGGAAGGCATAGTGGGAGAAGCAGGGCCGATGAAGAGGAAC 2274
Query 2383 ACCACCACAGCCTCACCGGGAAAGGAGAGCCCTGATGATAGTATGCAGGAGTACAACGAC 2442
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 ACCACCACAGCCTCACCGGGAAAGGATAGCCCCGATGATAGTATGCAGGAGTACAACGAC 2334
Query 2443 ACTAACTACTGGAAGGTTGATCAGGAGGTGACTGTAGTTGAATGA 2487
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 ACTAACTACTGGAAGGTTGATCAGGAGGTGACTGTAGTTGAATGA 2379
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105967061590
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5