BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G46790.1
Length=2230
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg937399 jgi|Araly1|937399|scaffold_501590.1 3273 0.0
> Ahg937399 jgi|Araly1|937399|scaffold_501590.1
Length=2017
Score = 3273 bits (1772), Expect = 0.0
Identities = 1930/2008 (96%), Gaps = 3/2008 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 TCATCGGAAAAATGTTTCTGTCTCACCCTCCTCAAGTAATACAACCAACTTATCATACAG 103
||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||
Sbjct 12 TCACCGG-AAAATGTTTCTATCCCACCCTCCTCAAGTAATACAACCAAATTATTACACAG 70
Query 104 TTAACTTCTTACCTCGCTCTCCTCTGAAGCCACCGTCGTGTTCCGTTGCTTTAAACAATC 163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 71 TTAACTTCTTACCTCGCTCTCCTCTGAAGCCACCGTTGTGTTCCGTTGCTTTAAACAATC 130
Query 164 CTTCAATTTCCTCCGGCGCCGGAGCTAAAATCTCTAATAATCAGCTAATTCAATCATTGT 223
||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 131 TTTCGATTTCTTCCGGCGCCGGAGCTAAACTCTCTAATAATCAGCTAATTCAATCATTGT 190
Query 224 GCAAAGAGGGTAAACTTAAACAAGCGATTCGCGTCTTGTCTCAGGAATCTAGCCCAAGTC 283
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 191 GCAAAGAGGGTAAACTTAAACAAGCGCTTCGCGTCTTGTCTCAAGAATCTAGCCCGAGTC 250
Query 284 AACAGACTTACGAGCTTCTGATTCTCTGCTGCGGTCATCGGAGCTCTCTTTCTGATGCTC 343
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 251 AACAGACTTACGAGCTTCTGATTCTCTGTTGCGGTCATCGGAGCTCTCTTTCTGATGGTC 310
Query 344 TACGTGTTCATCGACATATTCTGGATAATGGGTCTGATCAAGATCCTTTTTTGGCTACGA 403
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 TACGTGTTCATCGACATATTTTGGATAATGGGTCTGATCAAGATCCTTTTTTGGCTACGA 370
Query 404 AGCTTATTGGTATGTACTCGGATTTGGGTTCTGTGGATTATGCACGGAAGGTGTTCGATA 463
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AGCTTATTGGTATGTATTCGGATTTGGGTTCTGTGGATTATGCACGGAAGGTGTTCGATA 430
Query 464 AAACGCGTAAGAGAACTATATATGTCTGGAACGCTTTGTTTCGAGCCCTTACGTTAGCAG 523
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 431 AAACGCGTAAAAGAACTATATATGTCTGGAACGCTTTGTTTCGAGCGCTTACGTTAGCGG 490
Query 524 GTCATGGAGAAGAAGTGTTGGGTTTGTATTGGAAGATGAATAGGATTGGAGTTGAGTCAG 583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 GTCATGGAGAAGAAGTGTTGGGTTTGTATTGGAAGATGAATAGGATTGGAGTTGAGTCAG 550
Query 584 ATAGGTTCACATACACTTATGTTCTCAAGGCTTGTGTTGCATCGGAATGCACGGTGAATC 643
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 551 ATAGGTTCACATACACTTACGTTCTCAAGGCTTGTGTTGCATCGGAATGCACGGCGGATC 610
Query 644 ATCTGATGAAAGGGAAAGAGATTCATGCACATCTTACTCGACGAGGTTACAGTTCTCATG 703
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 611 ATCTGACGAAAGGGAAAGAGATTCATGCACATCTTACTCGACGAGGTTACAATTCTCATG 670
Query 704 TTTACATTATGACTACGTTGGTGGACATGTATGCTAGATTTGGCTGTGTGGATTATGCCA 763
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 TTTACATCATGACTACGTTGGTGGACATGTATGCTCGATTTGGCTGTGTGGATTATGCCA 730
Query 764 GCTATGTGTTTGGGGGAATGCCGGTGAGGAACGTTGTTTCTTGGAGCGCTATGATCGCCT 823
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 731 GCTATGTGTTTAATGGAATGCCGGTGAGGAACGTTGTTTCTTGGAGCGCTATGATTGCCT 790
Query 824 GCTATGCAAAGAACGGGAAAGCTTTTGAAGCTCTGAGGACTTTCCGTGAAATGATGAGAG 883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 791 GCTATGCAAAGAACGGGAAAGCTTTTGAAGCTCTGAGGACTTTCCGTGAAATGATGACCG 850
Query 884 AAACCAAAGATTCATCTCCGAATTCTGTGACTATGGTTAGTGTGCTTCAAGCTTGTGCTT 943
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 851 AAACTAAAGATTCATCTCCGAATTCTGTGACTATGGTTAGTGTGCTTCAAGCTTGTGCTT 910
Query 944 CGCTTGCGGCTTTAGAGCAAGGGAAATTGATTCATGGGTACATACTCAGACGGGGGCTTG 1003
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 CGCTTGCGGCTTTAGAGCAAGGGAGATTGATTCATGGGTACATACTCAGACGGGGGCTTG 970
Query 1004 ACTCCATATTGCCAGTGATCAGTGCTCTTGTGACGATGTATGGTAGATGCGGTAAGCTTG 1063
|||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 971 ACTCCATATTACCGGTGATCAGTGCTCTTGTGACAATGTATGGTAGATGCGGTAAGCTCG 1030
Query 1064 AAGTGGGACAAAGAGTATTTGATCGAATGCATGACCGGGATGTTGTGTCCTGGAATTCCT 1123
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1031 AAGTGGGACAGAGAGTATTTGATCGAATGCATGACAGGGATGTTGTATCCTGGAATTCCT 1090
Query 1124 TGATATCAAGCTATGGCGTTCACGGGTATGGaaaaaaaGCAATTCAGATATTTGAAGAGA 1183
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 TGATATCAAGCTATGGCGTTCACGGGTATGGAAGGAAAGCAATTCAGATATTTGAAGAGA 1150
Query 1184 TGCTCGCCAACGGGGCTTCCCCAACTCCCGTAACATTTGTCAGCGTTTTGGGAGCTTGCA 1243
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1151 TGCTCGCCAATGGGGCTTCTCCAACTCCCGTAACATTTGTCAGCGTTTTGGGGGCTTGCA 1210
Query 1244 GCCACGAGGGTCTTGTTGAAGAAGGAAAGAGACTGTTTGAAACAATGTGGAGAGACCATG 1303
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1211 GCCACGAGGGACTTGTTGAAGAAGGAAAAAGATTGTTTGAATCAATGTGGAGAGACCATG 1270
Query 1304 GGATAAAACCACAAATCGAACATTATGCTTGTATGGTTGATCTGTTAGGTCGGGCGAATA 1363
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1271 GGATAAAACCACAAGTCGAGCATTATGCTTGTATGGTTGATCTGTTAGGTCGGGCAAATA 1330
Query 1364 GGTTAGACGAGGCAGCAAAGATGGTACAAGACATGAGGACTGAACCAGGG-CCTAAGGTT 1422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1331 GGTTAGACGAGGCAGCAAAGATGGTACAAGACATGAGGACTGAACC-GGGACCTAAGGTT 1389
Query 1423 TGGGGTTCCCTTCTTGGTTCTTGTAGAATTCACGGTAATGTTGAGCTTGCAGAGCGGGCG 1482
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1390 TGGGGTTCCCTTCTCGGGTCTTGTAGAATTCACGGTAATGTTGAGCTTGCAGAGCGGGCG 1449
Query 1483 AGTAGAAGGCTCTTTGCGCTTGAACCAAAAAATGCAGGGAACTATGTGTTGTTGGCAGAC 1542
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 AGTAGAAGGCTCTTTGCACTTGAACCAAAAAATGCAGGGAACTATGTGTTGTTGGCAGAC 1509
Query 1543 ATTTACGCGGAAGCTCAGATGTGGGATGAGGTTAAGAGAGTGAAGAAGCTTCTAGAACAC 1602
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 ATTTACGCGGAAGCTCAGATGTGGGATGAGGTTAAGAGAGTGAAGAAGCTTCTAGAACAC 1569
Query 1603 AGGGGACTGCAGAAGCTGCCTGGTCGATGCTGGATGGAAGTGAGGAGGAAAATGTACTCG 1662
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1570 CGGGGACTGCAGAAGCTGCCTGGTCGATGCTGGATGGAAGTGAGGAGAAAAATGTACTCA 1629
Query 1663 TTTGTCTCGGTTGATGAGTTTAACCCTCTTATGGAACAGATTCATGCTTTCTTGGTTAAG 1722
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 TTTGTCTCGGTGGATGAGTTTAACCCTCTTATGGAACAGATTCATGCTTTCTTGGTTAAG 1689
Query 1723 TTAGCCGAAGATATGAAGGAGAAAGGGTACATACCACAGACCAAAGGAGTTCTGTATGAG 1782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 TTAGCCGAAGATATGAAGGAGAAAGGGTACATACCACAGACCAAAGGAGTTCTGTATGAG 1749
Query 1783 CTTGAAACAGAAGAAAAAGAGAGGATAGTGTTGGGACACAGTGAGAAACTTGCGTTGGCG 1842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1750 CTTGAAACAGAAGAAAAAGAGAGGATAGTGTTGGGACACAGTGAGAAACTGGCGTTGGCG 1809
Query 1843 TTTGGGCTGATAAATACATCGAAAGGAGAACCAATCAGAATCACGAAGAACTTGCGTTTG 1902
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1810 TTTGGGCTGATAAATACATCAAAAGGAGAACCAATTAGAATCACAAAGAACTTGCGTTTG 1869
Query 1903 TGCGAGGACTGTCACTTGTTTACAAAGTTCATCTCGAAGTTTATGGAGAAAGAGATTCTA 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1870 TGCGAGGACTGTCACTTGTTTACAAAGTTCATCTCAAAGTTTATGGAGAAGGAGATTCTT 1929
Query 1963 GTCAGAGATGTGAACCGGTTTCATCGATTCAAGAATGGAGTGTGTTCTTGTGGAGATTAC 2022
|| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1930 GTTAGAGATGTGAACCGGTTTCATAGGTTCAAGAATGGAGTGTGTTCTTGTGGAGATTAC 1989
Query 2023 TGGTAATGCATATGGGGACTTATACATT 2050
||||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 1990 TGGTAATACTTGTGGGGACTTATACATT 2017
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83950899980
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5