BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G46960.1
Length=4175
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg323324 jgi|Araly1|323324|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000868 6460 0.0
Ahg485072 jgi|Araly1|485072|fgenesh2_kg.5__1064__AT3G46950.1 152 2e-35
> Ahg323324 jgi|Araly1|323324|fgenesh1_pm.C_scaffold_5000868
Length=4110
Score = 6460 bits (3498), Expect = 0.0
Identities = 3919/4112 (95%), Gaps = 70/4112 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACAAAGTCGAAGCAGGCAATGAGCTCGGCTTCCGGGTCGGATTCTCCGGTCATGGT 60
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAACAGAGTCCAAGCAGGCAATGAGCTCGGCTTCCGTGTCGGATTCTCCGGTCATGGT 60
Query 61 GGTCACCTCCGCGTCGAGCCTTTTTACACGGCCGAGAGAGACGACGCAC-TGAACTCACT 119
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 61 GGTCACCTCCGCGTCGAGCCTCTTTACACGGCCGAGAGAGACGACGC-CGTGAACTCACT 119
Query 120 TCCCGATTTTGTATCCCCTCCTGCATTTGCCAAGGAAACAAAAGAATCAATAAAGAAACA 179
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCCCGATTTCGTATCCCCTCCTGCATTTGCCAAGGAAACAAAAGAATCAATAAAGAAACA 179
Query 180 TATTGAGGAGAAGTATCTCATCCCGAGACTGGAACCGGATCAGTTTTCTGCTGAAAAAGC 239
|||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 TATTGAGGAGAAATATCTCCTACCAAGACTGGAACCGGATCAATTTTCTGCTGAAAAAGC 239
Query 240 TGAGAATCAGTGGGATTTTGATTGGTTTTCCAGGGTGAAGATGCCCCTTCAACCCTCTTT 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGAGAATCAGTGGGATTTTGATTGGTTTTCCAGGGTGAAGGTGCCCCTTCAACCCTCTTT 299
Query 300 GCCAAGGTCCGTTGTGGTTCCGACTTGGGAGTTGCCATTCAGGCGTCAAAAAGAGGATAC 359
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 300 GCCAAGGCCCGTTGTGGTTCCGACTTGGGAGTTGCCATTCAGGCGTCAAAAAGTGGATAC 359
Query 360 TGAGAACGGAGCATGGGAGCCAAAATCAGTGGAGGTGGATTTGTCAGAACAAATGTATGG 419
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 TGAGAATGGAGCGTGGGAGCCAAAATCAGTGGAGGTGGATTTGTCAGACCAAATGTATGG 419
Query 420 GGATCAAGATTCTGGATTTTTTCCACGAATGGTAGGACCTCCGAAGGATTTTCTGAGAGG 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGATCAAGATTCTGGATTTTTTCCACGAATGGTAGGACCTCCGAAGGATTTTCTGAGAGG 479
Query 480 AAGTGTCAACAATCGCCCTTTCCGTCCAGGTGGCTTGGAGGATTCACAGTCTTCAGAGAG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AAGTGTCAACAATCGCCCTTTCCGTCCAGGTGGCTTGGAGGATTCACAGTCTTCAGAGAG 539
Query 540 AGTCCTTCCAGAGGGTGTCTCTAGTGGCCAATGGGTACAGGAATTGCTCAATGGGGGTCC 599
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 540 AGTCCTTCCAGAGGGTGTCTCTAGCGGCCAATGGGTACAGGAATTGCTAAATGGGGGTCC 599
Query 600 TGCTCAAACTGTTCCTCCTAGTTTTAAGCAGAGTTTAGATCTTGGAGATCTGATGCCATA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGCTCAAACTGTTCCTCCTAGTTTTAAGCAGAGTTTAGATCTTGGAGATCTGATGCCATA 659
Query 660 TCCCCAAACATGGAGCGTTTATGAGGATCATAGTTCACATGGCAATGCTTCAGATGAAAA 719
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 660 TCCCCAAACATGGAGCGTTTATGAGGATCAGAGTTCACATGGCAATGCTTCTGATGAAAA 719
Query 720 ---------T---TC---G--A---G-CAAGTTGTCTATTCAGTTTGACGATCTGTTCAA 758
| || | | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 720 TTCGGTCTGTAGATCAATGTCACTGGTCAAGTTGTCTATTCAGTTTGACGATCTGCTCAA 779
Query 759 GAAGGCATGGGAAGAAGATACTTTCTCTGAACTTGAG-G-GA------G-------A-T- 801
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || | | |
Sbjct 780 GAAGGCATGGGAAGAAGATACTTTCTCCGAACTTGAGAGAGATGGTGTGTTTAATCATTC 839
Query 802 -GATCATACAGCTGGATCTGAGTCTCCAAAGGCGGAAGCTGAACCCGATGCTAAAGCGAG 860
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 840 ATATCATACAGCTGGATCTGAGTCTCCAAAGGCAGAAGCTGAACCCGAAGCTAAAGCGAG 899
Query 861 CATAAGCAATGAAGTCAGCAAAGGACTAGAGACTGACGTCACTGTGCTGGATGAGATTTT 920
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CATAAGCAATGAAGTCAGCAAGGGACTAGAGACTGACGTCACTGTGCTGGATGAGATTTT 959
Query 921 GTCATCAGCAAAAACAGCAATAATGTCTGAAGAGGCAGTTACTGGGAGCAGCGATAAACA 980
|||||||||||||||||||||| || | || |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 960 GTCATCAGCAAAAACAGCAATATTGACGGACGAGGCAGTTACTGGGAACAGCGATAAACA 1019
Query 981 ACTACGGAAAGAGGGATGGGCCACTAAAGGAGATAGCCAAGACATTGCAGACCGGTTTTA 1040
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ACTACGGAAAGAGGGATGGGCCACGAAAGGAGATAGCCAAGACATTGCAGACCGGTTTTA 1079
Query 1041 TGAGCTTGTTCCTGACATGGCGATTGAATTCCCTTTCGAATTGGACAACTTTCAGAAGGA 1100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGAGCTTGTTCCTGACATGGCGATTGAATTCCCTTTCGAATTAGACAACTTTCAGAAGGA 1139
Query 1101 GGCTATCTGTTGTTTAGAAAAGGGAGAGTCTGTTTTTGTAGCAGCACATACATCGGCGGG 1160
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 GGCTATCTGTTGTTTAGAAAAGGGGGAGTCTGTTTTTGTAGCAGCACATACATCAGCGGG 1199
Query 1161 GAAGACAGTTGTTGCAGAATATGCATTCGCTTTGGCCACCAAGCACTGTACACGAGCGGT 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1200 GAAGACAGTTGTTGCAGAATATGCATTCGCTTTGGCCACCAAGCACTGTACACGAGCTGT 1259
Query 1221 TTATACTGCTCCAATTAAAACCATCAGCAACCAAAAATACAGAGATTTTTGTGGGAAGTT 1280
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1260 TTACACTGCTCCAATTAAAACCATCAGCAACCAAAAATACAGAGATTTTTGTGGGAAATT 1319
Query 1281 TGATGTAGGACTTCTCACAGGTGATGTTAGCATAAGGCCAGAGGCATCTTGTCTGATCAT 1340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGATGTAGGACTTCTCACAGGTGATGTTAGCATAAGGCCAGAGGCATCTTGTCTGATCAT 1379
Query 1341 GACAACTGAAATATTAAGGTCAATGCTTTATCGTGGTGCTGATATCATACGTGATATAGA 1400
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GACTACTGAAATATTAAGGTCAATGCTTTATCGTGGTGCTGATATCATACGTGATATAGA 1439
Query 1401 ATGGGTTATATTTGATGAAGTTCACTATGTCAATGACGTAGAGAGAGGGGTTGTTTGGGA 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ATGGGTTATATTTGATGAAGTTCACTATGTCAATGACGTAGAGAGAGGGGTTGTTTGGGA 1499
Query 1461 AGAAGTCATCATCATGTTGCCAAGGCATATAAATTTTGTCCTCCTTTCTGCAACGGTGCC 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 AGAAGTCATCATCATGTTGCCAAGGCATATAAATTTTGTCCTCCTTTCTGCAACGGTGCC 1559
Query 1521 AAACACATTTGAATTTGCTGATTGGATTGGCCGAACAAAACAAAAGGAGATACGTGTTAC 1580
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1560 AAACACATTTGAATTTGTTGATTGGATTGGCCGAACAAAACAAAAAGAGATACGTGTTAC 1619
Query 1581 TGGCACGACAAAAAGACCAGTTCCCCTAGAGCATTGTCTTTTTTACTCTGGAGAACTCTA 1640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1620 TGGCACGACAAAAAGACCAGTTCCCCTAGAGCATTGTCTATTTTATTCTGGAGAACTCTA 1679
Query 1641 CAAAGTTTGTGAGAACGAAGTTTTTCTTTCAAAAGGGATAAAGGATGCTAAAGATTCACA 1700
||||||||||||| | ||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CAAAGTTTGTGAGGATGAAGTTTTTATTCCTAAAGGGATAAAGGATGCTAAAGATTCACA 1739
Query 1701 AAAGAAGAAGAATTCAAATGCAGTTAGTGTTGCACCTAAACAACAAATGGGATCTTCAGC 1760
|||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 1740 AAAGAAGAAGAATTCAAATGCAGTTAGTGTCGCTCCTAAACAGTATACGGGATCTTCAGC 1799
Query 1761 TCATCAAGATGGGAGCAAATCTCAGAAACATGAAGCTCATTCTCGTGGCAAGCAGAATAA 1820
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TCATCAAGATGGGAACAAATCTCAGAAACATGTAGCTCATTCTCGTGGCAAGCAGAATAA 1859
Query 1821 ACACTCAAGTGTAAAAGATGTGGGAAAATCCTCTTACAGTGGTAACAGTCAGAACAATGG 1880
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ACACTCAAGTGCAAAAGATGTGGGAAAATCCTCTTACAGTGGTAACAGTCAGAACAATGG 1919
Query 1881 GGCATTTAGACGATCAGCAGCTTCAAATTGGTTACTGCTTATCAACAAGCTTTCAAAAAT 1940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1920 GGCATTTAGACGATCAGCAGCTTCAAATTGGTTACTGCTTATCAACAAGCTCTCAAAAAA 1979
Query 1941 GTCCCTATTACCTGTGGTTGTCTTCTGTTTCTCGAAGAATTATTGTGATAGGTGTGCCGA 2000
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GTCCCTGTTACCTGTGGTTGTCTTCTGTTTCTCGAAGAATTATTGTGATAGGTGTGCCGA 2039
Query 2001 CGCCTTGACTGGGACCGACCTCACCAGTAGCTCTGAGAAAAGTGAAATCCGTGTCTTTTG 2060
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2040 CGCCTTAACTGGGACCGACCTCACCAGTAGCTCTGAGAAAAGTAAAATCCGTGTCTTTTG 2099
Query 2061 CGATAAAGCGTTTTCAAGATTGAAAGGGTCTGATCGGAATTTACCTCAGGTTCTCAGACT 2120
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CGATAAAGCATTTTCAAGATTGAAAGGGTCTGATCGGAATTTACCTCAGGTTCTCAGACT 2159
Query 2121 CCAAAGCTTACTTCATAGAGGAATTGGTGTTCATCATGCTGGGCTGCTTCCAATTGTAAA 2180
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TCAAAGCTTACTTCATAGAGGAATCGGTGTTCATCATGCTGGGCTGCTTCCAATTGTAAA 2219
Query 2181 GGAAGTTGTTGAAATGCTTTTTTGCCGTGGTGTTATTAAGGTGCTATTTTCAACGGAGAC 2240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GGAAGTTGTTGAAATGCTTTTTTGCCGTGGTGTTATTAAGGTGCTATTTTCAACGGAGAC 2279
Query 2241 ATTTGCCATGGGGGTTAATGCTCCAGCTAGAACGGTCGTTTTTGATGCTTTGAGGAAGTT 2300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 ATTTGCCATGGGGGTTAATGCTCCAGCTAGAACGGTCGTTTTTGATGCTTTGAGGAAGTT 2339
Query 2301 TGATGGCAAGGAATTTAGACAATTGCTTCCTGGAGAGTACACTCAAATGGCAGGACGTGC 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 TGATGGCAAGGAATTTAGACAATTGCTTCCTGGAGAGTACACTCAAATGGCAGGACGTGC 2399
Query 2361 TGGCAGAAGAGGACTTGACAAAACGGGCACAGTTGTTGTCATGTGTCGCGATGAAGTTCC 2420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TGGCAGAAGAGGACTTGACAAAACGGGCACAGTTGTTGTCATGTGTCGCGATGAAGTTCC 2459
Query 2421 AGATGAGAGTGATCTGAGGCGTGTAATTGTTGGAAGCGCAACAAGACTAGAATCTCAGTT 2480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 AGATGAGAGTGATCTGAGGCGTGTAATTGTTGGAAGCGCAACAAGACTAGAATCTCAGTT 2519
Query 2481 TCGACTAACCTACATAATGATCCTCCATCTTTTACGTGTTGAAGAATTAAAGGTGGAGGA 2540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2520 TCGACTAACCTACATAATGATCCTCCATCTTTTACGTGTTGAAGAATTGAAGGTGGAGGA 2579
Query 2541 CATGCTGAAAAGAAGTTTTGCTGAATTTCATGCCCAGAAGAAACTACCCGAGAAACAACA 2600
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2580 CATGCTGAAAAGAAGTTTTGCTGAATTCCATGCTCAGAAGAAACTGCCCGAGAAACAACA 2639
Query 2601 GCTTCTCATGATAAAACGTTCTCTACCAA-C-----TA---AA-C--AT--ATTGA---A 2643
||||||||||| ||||||||||||||||| | || || | || ||||| |
Sbjct 2640 GCTTCTCATGAGAAAACGTTCTCTACCAATCAAAAATATCGAAGCTGATCTATTGATTTA 2699
Query 2644 T-------G-T--ATTAAAGGTGAACCGGCAATTGAAGATTACTATGACATGTACATGGA 2693
| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2700 TTCATCCAGATGTATTAAAGGTGAACCGGCAATTGAAGATTACTATGACATGTATATGGA 2759
Query 2694 AGCAAATGAATATAACAACAAGATGTCGGAAGCGGTCATGCAGTCTCCTTATGCCCAGAG 2753
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2760 AGCAAATGAATATAACAGCAAGATGTCGGAAGCGGTCATGCAGTCTCCTTATGCCCAGAG 2819
Query 2754 TTTTCTTGTACAAGGAAGAGTAGTGGTCATGAAATCTGGAATGGGCATAGACAATTTACT 2813
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2820 TTTTCTTGTACCAGGAAGAGTAGTGGTCATGAAATCTGGAACGGGCATAGACAATTTACT 2879
Query 2814 CGGAATCGTTCTGAAGGGACCTTCCAACACTAACAGACAATATGTTGTTTTGGTGATAAA 2873
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2880 CGGAGTCGTTCTGAAGGGACCTTCCAACACTAACAGACAATATGTTGTTTTGGTGAAAAA 2939
Query 2874 ATCTGAAATACCGCCACCGGAGAAAAATATGGTCAGCATTGGCAAGAAAAGTTCAGATCC 2933
|||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2940 ATCTGAAATACCGCCACCAGAGAGAAATATGGTGAGCATTGGCAAGAAAAGCTCAGAGCC 2999
Query 2934 TTCTCAAGGTTATTTTATTGCGCCTAAATCAAAACGTGGTTTTGAAGAAGAATTTTATAC 2993
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 TTCTCAAGGTTATTTTATTGCGCCCAAATCAAAACGTGGTTTTGAAGAAGAATTTTATAC 3059
Query 2994 AAAGCCGAGCTCTCGTAAAGGTCCCGTTGTAATAAAGATAGAGCTCCCGTACCATGGGGT 3053
||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3060 GAAGCCGAGCTCTCGTAAAGGTTCCGCTGTGATAAAGATAGAGCTCCCGTACCATGGAGT 3119
Query 3054 TGCTGCTGGTGTAGGTTACGAGGTTAAAGGGTTTGATAACAAAGAATTTTTGTGCATATG 3113
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3120 CGCTGCTGGCGTAGGTTACGAGGTTAAAGGGTTTGATAACAAAGAATTTTTGTGCATATG 3179
Query 3114 CGATAGCAAGATAAAGATTGATCAGGTGCGCCTACTCGAGGATGGGAACAAGGCAGCTTT 3173
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3180 CGATAGCAAGATAACGATTGATCAGGTGCGTCTACTCGAGGATGGGAACAGGGCAGCTTT 3239
Query 3174 TTCTCAGACGGTTCAACAGCTTCTGGATCTGAAATCAGACGGAAACAAATTTCCTCCTGC 3233
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 3240 TTCGCAGACGGTTCAACAGCTTTTGGATCTGAAATCAGACGGAAACAAGTATCCTCCTGC 3299
Query 3234 TCTAGACCCAGTAAAAGATTTGAAGCTGAAAGATGCTGAGCTTGTGGAGACATACTATAA 3293
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 3300 TCTAGACCCAGTAAAAGATTTGAAGCTGAAAGATGTTGAGCGTGTGGAGACGTACTATAA 3359
Query 3294 ATGGACCAACCT-ATTGCAAAAGATGTCCATGAATAAGTGCCACGGTTGTGTCAAATTGG 3352
|||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3360 ATGGAC-AAGCTTATTGCAAAAGATGTCCATGAATAAGTGCCAAGGTTGTGTCAAATTGG 3418
Query 3353 AAGAGCACATGAAGTTAGCTAGGGAGATTAAGAAGCATAAGACGGATCTCAAAGATCTTG 3412
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3419 AAGAGCACATGAAGTTAGCTAGGGAGATTAAGAAGCATAAGAATGATCTCAAAGATCTTG 3478
Query 3413 AATTTCAAATGTCTGATGAAGCCCTATTACAAATGCCTGCCTTTCAGGGCCGGATCGATG 3472
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3479 AATTTCAAATGTCAGATGAAGCCCTATTACAGATGCCTGCGTTTCAGGGCCGGATCGATG 3538
Query 3473 TTCTGAAGAACATTGGGTGTATAGATGATGACCTCGTCGTCCAAATCAAAGGTCGTGTCG 3532
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3539 TTCTGAAGAACATTGGGTGTATAGATGATGACCTCGTCGTCCAAATCAAAGGCCGTGTCG 3598
Query 3533 CTTGCGAGATGAATTCTGGGGAAGAATTGATTTGCACAGTGTGTCTGTTCGAGAATCAAT 3592
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3599 CTTGCGAGATGAATTCTGGGGAAGAGTTGATTTGCACAGTGTGTCTGTTCGAGAATCAAT 3658
Query 3593 TCGAAGAATTAGAACCAGAAGAAGCAGTGGCTATAATGTCTGCCTTTGTCTTCCAACAGA 3652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3659 TCGAAGAATTAGAACCAGAAGAAGCAGTGGCTATAATGTCTGCCTTTGTCTTCCAACAGA 3718
Query 3653 AAAACACTTCAGCGCCTACACTAACTCCTAAGCTGGCTAAGGCTAAACAAAGACTCTATG 3712
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3719 AAAACACTTCAGCGCCTTCACTTACTCCTAAGCTGGCTAAGGCTAAACAAAGACTCTATG 3778
Query 3713 ATACAGCAATCAGACTTGGTGAACTTCAAGCTCAGTACAATTTACAAATAGACCCTGAAG 3772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3779 ATACAGCAATCAGACTTGGTGAACTTCAAGCTCAGTACAATTTACAAATAGACCCTGAAG 3838
Query 3773 AATATGCTCAGGAGAATCTCAAATTTGGTCTGGTCGAAGTCGTCTATGAGTGGGCAAAGG 3832
||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3839 AATATGCCCAGGAGAATCTCAAATTCGGTCTGGTTGAAGTCGTCTATGAGTGGGCAAAGG 3898
Query 3833 GGACTCCATTTGCAGAGATATGTGAACTGACAGATGTCCCGGAAGGTCTGATAGTTCGAA 3892
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3899 GGACTCCATTTGCAGAGATATGTGAACTGACGGATGTCCCGGAAGGTCTGATAGTTCGAA 3958
Query 3893 CCATTGTGAGATTGGATGAGACATGCCGTGAATTCAAGAACGCAGCTGCCATTATGGGGA 3952
|||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3959 CCATTGTGAGATTGGATGAGACGTGCCGTGAGTTCAAGAACGCAGCCGCCATTATGGGGA 4018
Query 3953 ACTCGGCGTTACACAAGAAAATGGATGCAGCTTCAAATGCCATAAAACGTGACATCGTCT 4012
|||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4019 ACTCAGCGTTACATAAGAAAATGGATGCGGCTTCAAATGCTATAAAACGTGACATCGTCT 4078
Query 4013 TTGCGGCTAGTCTGTATGTGACCGGAGTGTAA 4044
|||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4079 TTGCGGCTAGTCTGTATGTGACCGGAGTATAA 4110
> Ahg485072 jgi|Araly1|485072|fgenesh2_kg.5__1064__AT3G46950.1
Length=1474
Score = 152 bits (82), Expect = 2e-35
Identities = 89/92 (97%), Gaps = 1/92 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 4085 CACTTAACTTGAAATTCAAATCACTAAACATGTCCACA-AATATAGTAGTTAAATTTTTC 4143
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1474 CACTTAACTTGAAATTCAAATCACTAAACATGTCCATAGAATATAGTCGTTAAATTTTTC 1415
Query 4144 GTTACGACTATTACAGAAATGGATTTCAGTTT 4175
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 GTTACGACTATTACAGAAATGGATTTCAGTTT 1383
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 157862812804
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5