BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G46970.1
Length=2981
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485074 jgi|Araly1|485074|fgenesh2_kg.5__1066__AT3G46970.1 4795 0.0
> Ahg485074 jgi|Araly1|485074|fgenesh2_kg.5__1066__AT3G46970.1
Length=2955
Score = 4795 bits (2596), Expect = 0.0
Identities = 2846/2966 (96%), Gaps = 20/2966 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 aaatcaaatcgccaaaa--ca-aaaacagaaaatcaaatataaaacaatgaaaatTACGT 81
||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1 AAAACAAATCGCCAAAATTCACTAAACAGAAAATCAAATAAAAAACAAGGAAAATTACGT 60
Query 82 -TTCTGTCATTCACCTTCTGAAAAATATCTTACGCTTCTTTTTTAGTATATACTGATTCT 140
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAT-TGTCATTCACCTTCTCAAAAATATCTTACGCTTCTTTTTTAGTATATACTGATTCT 119
Query 141 CCGTAGTATCTTCTCCCTT-ATTAAGCTCTGAAGTGTTGGCTCATCTCTTTCCAGATTCC 199
|| |||||||||||| ||| | |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 120 CCATAGTATCTTCTCGCTTCA-TAAGCTCTCAAGTGTTTGCTCCTCTCTTTCCAGATTCC 178
Query 200 GGCTTCGAAATTTGGGAGATAAGCGATGGCAAACGCCAATGGAAAAGCTGCGACTAGTTT 259
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 GGCTTCGAAATTTGGGAGATAAGCGATGGCAAATGCGAATGGAAAAGCTGCGACTAGTTT 238
Query 260 ACCGGAGAAAATCTCGGCTAAGGCGAATCCGGAGGCCG-ATGATGCTACGGAGATCGCTG 318
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||
Sbjct 239 ACCGGAGAAAATCTCGGCGAAGGCGAATCCGGAGG-CGAATGAAGCTACGGAGATCGCTG 297
Query 319 GGAATATCGTCTACCACGCCAAGTACAGTCCACATTTCTCTCCATTGAAGTTCGGGCCTG 378
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 298 GGAATATCATCTACCACGCCAAGTACAGTCCACATTTCTCTCCATTGAAGTTCGGTCCTG 357
Query 379 AGCAAGCTCTCTACGCTACCGCAGAGAGTCTTCGCGATCGTCTCATTCAGCTGTGGAATG 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AGCAAGCTCTCTACGCTACCGCAGAGAGTCTTCGCGATCGTCTCATTCAGCTGTGGAATG 417
Query 439 AGACTTATGTTCATTTTAACAAAGTTGATCCAAAACAAACTTATTACTTGTCAATGGAGT 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 418 AGACTTATGTTCATTTTAACAAAGTTGATCCAAAACAAACTTACTACTTGTCAATGGAGT 477
Query 499 ATCTCCAAGGTCGTGCTTTGACCAATGCCATTGGGAATTTGAACCTTCAAGGTCCATATG 558
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 ATCTCCAAGGTCGTGCTTTGACAAATGCGATTGGTAATTTGAACCTTCAAGGTCCATATG 537
Query 559 CTGATGCACTGCGTACGCTGGGTTATGAGCTTGAGGAGATAGCTGAGCAGGAGAAAGATG 618
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CTGATGCACTGCGTAAGCTGGGTTATGAGCTTGAGGAGATAGCTGAGCAGGAGAAAGATG 597
Query 619 CAGCTCTAGGAAATGGTGGGTTAGGGAGACTTGCCTCGTGTTTCTTGGATTCGATGGCCA 678
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 598 CAGCTCTGGGAAATGGTGGGTTAGGGAGACTTGCCTCGTGCTTCTTGGATTCGATGGCCA 657
Query 679 CCCTAAATCTGCCTGCTTGGGGTTATGGTTTGAGGTACAGACATGGGTTGTTTAAGCAAA 738
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 658 CCCTAAATTTGCCTGCTTGGGGTTATGGGTTGAGGTACAGACATGGGCTGTTTAAGCAAA 717
Query 739 TAATCACAAAGAAAGGTCAAGAAGAGATTCCAGAGGACTGGCTTGAGAAATTCAGCCCAT 798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 718 TAATCACAAAGAAAGGTCAAGAAGAGATTCCAGAGGACTGGCTTGAGAAATTCAGCCCGT 777
Query 799 GGGAAATTGTGAGGCACGACGTGGTATTCCCTGTCAGATTTTTCGGCAAGGTGCAAGTAA 858
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 778 GGGAAATTGTGAGGCACGACGTAGTATTCCCTGTCAGATTTTTCGGCAAGGTGCAAATAA 837
Query 859 ATCCGGATGGATCAAGGAAATGGGTAGATGGTGATGTTGTACAAGCTCTTGCTTATGACG 918
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ATCCGGATGGATCACGGAAATGGGTAGGCGGTGATGTTGTACAAGCTCTTGCTTATGACG 897
Query 919 TGCCAATCCCGGGATATGGCACAAAGAACACAATCAGTCTCCGTCTCTGGGAAGCAAAAG 978
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TGCCAATCCCGGGATATAACACAAAGAACACAATCAGTCTCCGTCTCTGGGAAGCAAAAG 957
Query 979 CTAGAGCTGAGGATCTTGATCTTTTTCAGTTCAACGAAGGAGAATATGAATTGGCTGCAC 1038
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 CTAGAGCGGAGGATCTTGATCTTTTTCAGTTCAACGAAGGAGAATATGAATTGGCTGCAC 1017
Query 1039 AGCTTCATTCTCGAGCTCAACAGATTTGCACTGTTTTATATCCAGGAGATGCTACCGAGA 1098
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AGCTACATTCTCGAGCTCAACAGATTTGCACTGTGTTATATCCAGGAGATGCTACCGAGA 1077
Query 1099 ATGGGAAGTTATTACGGTTAAAACAGCAGTTCTTTCTCTGCAGTGCTTCGCTTCAGGATA 1158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 ATGGGAAGTTATTACGGTTAAAACAGCAGTTCTTTCTCTGCAGTGCTTCGCTTCAGGATA 1137
Query 1159 TTATATCAAGATTTCACGAGAGGAGCACCACTGAAGGCAGCCGGAAATGGTCAGAGTTTC 1218
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 TTATATCAAGATTTCATGAGAGGAGCACCACCGAAGGCAGCCGGAAATGGTCAGAGTTTC 1197
Query 1219 CAAGTAAAGTTGCTGTTCAAATGAATGACACACACCCAACTCTTGCAATACCTGAGCTCA 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1198 CAAGTAAAGTTGCTGTTCAAATGAATGACACACACCCAACTCTTGCAATTCCTGAGCTCA 1257
Query 1279 TGCGATTGCTAATGGATGACAATGGACTTGGATGGGATGAGGCTTGGGATGTGACATCAA 1338
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1258 TGCGATTGCTAATGGATGAAAATGGACTTGGATGGGATGAGGCTTGGGAGGTGACATCAA 1317
Query 1339 AGACCGTTGCTTACACCAATCACACTGTCCTTCCTGAAGCGTTGGAGAAATGGTCACAAT 1398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GGACCGTTGCTTACACCAATCACACTGTCCTTCCTGAAGCGTTGGAGAAATGGTCACAAT 1377
Query 1399 CTTTGATGTGGAAGCTTCTTCCTCGTCATATGGAAATAATAGAAGAGATTGACAAGAGGT 1458
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1378 CTTTGATGTGGAAGCTTCTTCCTCGTCATATGGAAATAATAGAAGAGATTGACAGGAGGT 1437
Query 1459 TTGTTCAAACCATTCGCGATACAAGAGTTGATCTGGAGGATAAGATTTCAAGTTTGAGCA 1518
|||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TTGTGCAAACCATTCGCGATACACGAGTTGATCTCGAGGATAAGATTTCAAGTTTGAGCA 1497
Query 1519 TCTTAGATAACAATCCACAAAAGCCTGTGGTGAGAATGGCTAACTTATGTGTTGTATCCT 1578
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1498 TCTTAGATAACAATCCACAAAAGCCTGTGGTGAGAATGGCTAACTTATGTGTTGTATCAT 1557
Query 1579 CGCATACGGTGAATGGCGTTGCTCAGTTACACAGTGATATCTTGAAGGCTGAGTTATTCG 1638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CGCATACGGTGAATGGCGTTGCTCAGTTACACAGTGATATCTTGAAGGCTGAGTTATTCG 1617
Query 1639 CAGACTATGTCTCTATATGGCCAAACAAGTTTCAAAACAAGACTAATGGCATCACACCTC 1698
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CAGACTATGTCTCTATATGGCCAAACAAATTTCAAAACAAGACTAATGGCATCACACCTC 1677
Query 1699 GAAGGTGGTTACGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGATATAATCACAAAGTGGTT-AAAG 1757
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1678 GAAGGTGGCTACGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGATATAATCACAAAGTGGTTGAAA- 1736
Query 1758 ACTGACAAATGGATTACCGATCTTGACCTACTTACCGGTCTTCGCCAGTTTGCGGACAAT 1817
|||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1737 ACTGACAAATGGATCACCGACCTTGACCTTCTTACTGGTCTTCGGCAGTTTGCGGACAAT 1796
Query 1818 GAAGAACTCCAATCTGAATGGGCTTCTGCAAAGACAGCCAATAAGAAACGTTTGGCTCAA 1877
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 GAAGAACTCCAATCTGAATGGGCTTCTGCAAAGACAGCCAATAAGAAACGTTTGGCTCAG 1856
Query 1878 TATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATCGATCCAACAAGCTTATTTGACATACAAGTT 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 TATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATCGATCCAACAAGCTTATTTGACATACAAGTT 1916
Query 1938 AAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTGATGAACATTCTTGGAGTAGTATACAGATTC 1997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1917 AAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTGATGAACATACTTGGAGTAATATACAGATTC 1976
Query 1998 AAGAAACTAAAGGAGATGAAGCCTGAGGAGAGGAAGAAAACAGTTCCTCGTACTGTCATG 2057
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1977 AAGAAACTAAAGGAGATGAAGCCTGAGGAAAGGAAGAAAACAGTTCCGCGTACTGTCATG 2036
Query 2058 ATTGGGGGTAAAGCATTTGCCACCTATACAAATGCAAAACGGATAGTGAAGCTGGTGAAT 2117
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 ATTGGGGGTAAAGCATTTGCAACCTATACAAATGCAAAACGGATAGTGAAGCTGGTGAAT 2096
Query 2118 GATGTTGGTGATGTTGTTAACAGCGATCCAGAGGTCAACGAATACCTAAAGGTGGTATTT 2177
||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GATGTGGGTGACGTTGTTAACAGTGATCCAGAGGTCAATGAATACCTAAAGGTGGTATTT 2156
Query 2178 GTTCCAAACTACAATGTCACTGTAGCGGAGATGCTAATACCCGGAAGTGAGCTATCTCAA 2237
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 GTTCCAAACTACAACGTCACTGTAGCGGAGATGCTTATACCCGGAAGTGAGCTATCTCAA 2216
Query 2238 CACATCAGCACAGCAGGCATGGAGGCAAGTGGTACCAGCAATATGAAATTCGCTCTCAAC 2297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CACATCAGCACAGCAGGCATGGAGGCAAGTGGTACCAGCAATATGAAATTCGCTCTCAAC 2276
Query 2298 GGTTGTCTTATTATAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTTGAGATAAGAGAGGAGGTTGGC 2357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 GGTTGTCTTATTATAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTTGAGATAAGAGAGGAGGTTGGC 2336
Query 2358 GAAGAAAATTTCTTTCTTTTTGGTGCAACGGCCGATCAGGTCCCTCGACTGCGTAAAGAA 2417
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GAAGAAAATTTCTTTCTTTTTGGTGCAACAGCTGATCAGGTCCCTCGACTGCGTAAAGAA 2396
Query 2418 CGAGAAGACGGACTGTTCAAACCCGATCCTCGGTTCGAAGAGGCAAAGCAGTTTGTCAAA 2477
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2397 AGAGAAGACGGACTATTCAAACCCGATCCTCGTTTCGAAGAGGCGAAGCAGTTTGTCAAA 2456
Query 2478 AGTGGAGTGTTTGGGAGCTACGATTATGGTCCACTCCTTGATTCTCTTGAGGGTAACACA 2537
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 AGTGGAGTGTTTGGGAGCTACGATTATGGTCCGCTCCTTGATTCTCTTGAGGGTAACACA 2516
Query 2538 GGTTTTGGACGTGGTGATTACTTCCTGGTTGGGTATGACTTCCCCAGCTACATGGACGCT 2597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2517 GGTTTTGGACGTGGTGATTACTTCCTGGTTGGGTATGACTTCCCCAGCTACATGGATGCT 2576
Query 2598 CAGGCCAAAGTTGACGAAGCTTATAAGGACCGGAAGGGGTGGCTGAAAATGTCGATATTG 2657
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 CAGGCCAAAGTTGATGAAGCTTATAAGGACCGGAAGGGGTGGCTGAAAATGTCGATATTG 2636
Query 2658 AGCACAGCCGGGTCAGGAAAGTTCAGCAGTGACCGTACAATAGCTCAGTATGCCAAAGAG 2717
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 AGCACAGCCGGGTCAGGAAAGTTCAGCAGTGACCGTACGATAGCTCAGTATGCCAAAGAG 2696
Query 2718 ATTTGGAACATTGAGGCTTGTCCTGTTCCCTAAGTCCTTATACCGTTCGCATAGACGCTA 2777
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||
Sbjct 2697 ATTTGGAACATCGAGGCTTGTCCTGTTCCATAAGTCCTTGTATCGTTCGCACAGACGATA 2756
Query 2778 CCTGCCTTTATAAAGGCATCTCCACATCCACGCAGCTCCAAAGTCGATATATA-TCATAT 2836
||| |||| | |||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| || | ||||
Sbjct 2757 CCTTCCTT-ACCAAGGCATCTCCATATCCACACAGTTCCAAAGTCGATAT-TACTTATAT 2814
Query 2837 -AGATCTCATAAGAATATAACCAAAATAAAATAAATGATAAACCTTTTCGTATGTATATG 2895
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2815 CAGATCTCATAAGAATATAACCAAAATAAA-T----GATAAACCTTTTCGTATGTATATG 2869
Query 2896 TTTTTGATGTATGCAATATTTTGATTTTGTTCAAAGAAAACGTTATGTAAAATGCTATAT 2955
|| ||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2870 TTCTTGATGTTTGCAATATTTTAATTTTACTCAAGGAAAACGTTCTGTAAAATGCTATAT 2929
Query 2956 GAATGAATGAATTTGGGTTAGTGATT 2981
|||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 2930 GAATGAATGAATTTGGTTTAATGATT 2955
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112556673975
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5