BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G48110.1
Length=3496
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485172 jgi|Araly1|485172|fgenesh2_kg.5__1164__AT3G48110.1 3127 0.0
> Ahg485172 jgi|Araly1|485172|fgenesh2_kg.5__1164__AT3G48110.1
Length=3385
Score = 3127 bits (1693), Expect = 0.0
Identities = 1825/1888 (97%), Gaps = 11/1888 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 GGATAACACAAAACctctctctatctctctcGTCTTCCAAAAATCGAGCACTACACATTG 79
||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 1 GGATAACACAAAA-C-CTCTC--TCTCTCTCGTCTTCC-AAAATCCACCACTACACATTG 55
Query 80 ACTCTCTTCTACAAAGAGTCTGGTCACACTCATGGCCAtcctccat-ttctctcttcctc 138
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 56 ACTCTCTTCTACAAAGAGTCTGGT--CACTCATGGCCATCCTCCATCTT-TCTCTTCCTC 112
Query 139 ttatcgtctctttccttcgtcctcacgcctctcctcgcttcttcctcctccctcgctctc 198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 113 TTATCGTCTCTTTCCTTCGTCCTCACGCCTCTCCTCGCTTCTTCCTCCTCCCTCACTCTC 172
Query 199 tttctcagtcccctttcctctcccGCCGCCGTTTTCACCGTACCTCCGCCGTTTCCTCCG 258
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 173 TTTCTCATTCCCCTTTTCTCTCCCGCCGCCGTTTTCACCGTACCTCCGCCGTTTCCTCCG 232
Query 259 CCGCTGTTCATCACCAATCCTATCGTAATCCCGACGATGATGTTACCCGCGCGGTGTCTG 318
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||
Sbjct 233 CCGCTGTTCATCCCCAATCCTATCGTAAGCCCGACGATGATGTCACCCGCGCCGCGTCTG 292
Query 319 TTCCTACATTCCAACAAGCGATTCAACGCCTCCAGGAATATTGGGCTTCCGTTGGATGTG 378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 293 TTCCTACATTCCAACAAGCGATTCAACGCCTCCAGGAATATTGGGCTTCCGTCGGATGTT 352
Query 379 CCGTTATGCAACCAAGTAACACTGAGGTCGGAGCTGGCACCATGAATCCTTGTACCTTTT 438
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 CTGTTATGCAACCAAGTAACACTGAGGTCGGAGCTGGCACCATGAATCCTTGTACCTTTT 412
Query 439 TGAGGGTTCTTGGTCCTGAACCATGGAATGTTGCTTATGTTGAGCCAAGCATACGTCCTG 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 413 TGAGGGTTCTTGGTCCTGAACCATGGAATGTTGCTTATGTTGAGCCAAGTATACGTCCTG 472
Query 499 ACGACTCTCGCTATGGAGAGAATCCC-AATAGGCTTCAAAGACACACTCAATTTCAAGTC 557
| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 473 ATGACTCTCGCTATGGAGAGAA-CCCAAATAGGCTTCAAAGACATACTCAATTTCAGGTC 531
Query 558 ATATTGAAACCTGACCCTGGAAACTCTCAACAGCTCTTTATCAACAGTCTTTCTGCTCTA 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 532 ATATTGAAACCTGACCCTGGAAACTCTCAACAGCTCTTTATCAACAGTCTTTCTGCTTTA 591
Query 618 GGTATTGATGTGACTGCACACGATATACGGTTTGTAGAAGACAACTGGGAGAGCCCGGTG 677
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 GGTATTGATGTGACTGCACACGATATACGGTTTGTAGAAGACAACTGGGAGAGCCCGGTG 651
Query 678 CTTGGTGCTTGGGGGTTGGGCTGGGAGATTTGGATGGATGGTATGGAAATCACACAATTT 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 CTTGGTGCTTGGGGGTTGGGCTGGGAGATTTGGATGGATGGTATGGAAATCACACAATTT 711
Query 738 ACTTACTTCCAGCAGGCTGGAAGTCTTCCGTTGTCTCCAGTATCTGTTGAAATAACTTAT 797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 712 ACTTACTTCCAGCAGGCTGGAAGTCTTCCGTTGTCTCCAGTATCTGTTGAAATCACTTAT 771
Query 798 GGGCTTGAGCGCATCATCATGTTACTTCAGGAAGTTGACCATTTCAAAAAGATCTTATAT 857
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 772 GGGCTTGAGCGCATCATCATGTTGCTTCAGGAAGTTGACCATTTCAAAAAGATCGTATAT 831
Query 858 GCTGATGGAATCACCTATGGGGAGCTTTTCTTGGAAAATGAGAAGGAAATGAGCTCATAT 917
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GCTGATGGAATCACCTACGGGGAGCTTTTCTTGGAAAATGAGAAGGAAATGAGCTCATAT 891
Query 918 TATTTAGAGCATGCTAGTGTGGATCGCCTTCAAAAGCATTTCGATTATTTTGATGAAGAA 977
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 892 TATTTAGAGCATGCTAGCGTGGACCGCCTTCAAAAGCATTTCGATTATTTTGACGAAGAA 951
Query 978 GCACGTTCCTTGCTTGCCTTAGGACTTCCAATCCCTGCGTATGACCAGCTTCTGAAGACA 1037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 GCACGTTCCTTGCTTGCCTTAGGACTTCCAATCCCTGCGTATGACCAGCTTCTGAAGACG 1011
Query 1038 TCTCACGCTTTTAACATTTTAGACGCTAGAGGTTTCATTGGCGTAACTGAACGTGCTCGT 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1012 TCTCACGCTTTTAACATTTTAGACGCTAGAGGTTTCATTGGTGTAACTGAACGTGCTCGT 1071
Query 1098 TATTTCGGTCGAATGCGTAGCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGT 1157
||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TATTTTGGAAGAATGCGCAGCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGT 1131
Query 1158 GAGTCTCTTGGACATCCTCTTGGTGTTGCCTCCGAACCAGTTCCTCCCGTTTGTCACAGA 1217
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GAGTCTCTTGGACATCCTCTTGGTGTTGTCTCCGAACCAGTTCCTCCCGTTTGTCACAGA 1191
Query 1218 GCTGCTCTGGAAAAAGTGGCTGAAAAGGTTTCTGAAGATCCAAGATCGTTTATTATTGAG 1277
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1192 GCTGCTTTGGAAAAAGTGGCTGAAAAGGTTCCTGAAGATCCAAGATCGTTTATTATCGAG 1251
Query 1278 ATAGGGACTGAAGAGATGCCACCTCAAGATGTTATCAATGCTAGTGAACAACTCAGGGTC 1337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 ATAGGGACTGAAGAGATGCCACCTCAAGATGTTATCAATGCTAGTGAACAACTCAGGGTC 1311
Query 1338 TTAGTGCTAGAATTACTAGAGAACCAAAGATTGCGGCATGGTGCTGTGAAAGCATTTGGC 1397
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1312 TTAGTGCTAGAATTACTAGAGGACCAAAGATTGCGGCATGGTGCTGTGAAGGCATTTGGC 1371
Query 1398 ACACCTCGCAGGCTAGTGGTTTTAGTTGATGCTATGTCCTCGAAGCAGCTGGAAGAGGAG 1457
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1372 ACACCTCGCAGGCTAGTGGTTTTAGTAGATGCTATGTCTTCTAAGCAGCTGGAAGAGGAG 1431
Query 1458 GTTGAAGTTCGAGGACCCCCTGCTTCTAAAGCTTTTGATGATGAAGGAAATCCTACAAAG 1517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1432 GTTGAAGTTCGAGGACCCCCTGCTTCTAAAGCTTTTGATGATCAAGGAAATCCTACAAAG 1491
Query 1518 GCTGCTGAGGGTTTTAGCCGCAGATATGGCGTTCCATTGGAAAAATTGTACAGAAAAGTT 1577
||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 GCTGCAGATGGTTTTAGTCGTAGATATGGCGTTCCATTGGAAAAATTGTACAGAAAAGTT 1551
Query 1578 TCTGGGAAGACAGAATATGTACATGCACGAGTTACAGAGCCAGCTCGACTTGCTTTGGAG 1637
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TCTGGGAAGACAGAATATGTCCATGCACGAGTTACAGAGCCAGCTCGACTTGCTTTGGAG 1611
Query 1638 GTTCTGTCAGAAGATTTACCTGGTATACTGGCTAAAATATCGTTCCCAAAGTCAATGCGG 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1612 GTTCTGTCAGAAGATTTACCTGGTATACTGGCTAAAATATCGTTCCCAAAGTCGATGCGC 1671
Query 1698 TGGAACTCTTCAGTAATGTTTAGCAGGCCGATTCGCTGGGTTATGGCCTTACATGGTGAT 1757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1672 TGGAACTCTTCAGTAATGTTTAGCAGGCCGATTCGCTGGGTTATGGCCTTACATGGGGAT 1731
Query 1758 CTGGTTGTGCCATTCTCCTTTGCTGGCATCTCAAGTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGC 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CTGGTTGTGCCATTCTCCTTTGCTGGCATCTCAAGTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGC 1791
Query 1818 AATACTGCTTCAGCATCACTGTTGGTACAGAATGCAGAATCCTATGAAGATACTATGAGG 1877
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1792 AATACTGCTTCAGCATCACTATTTGTACAGAATGCAGAATCCTATGAAGATGCTATGAGG 1851
Query 1878 AATTCTGGAATCAATATTGAGATTGAGG 1905
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 AATTCTGGAATCAATATTGAGATTGAGG 1879
Score = 2464 bits (1334), Expect = 0.0
Identities = 1420/1462 (97%), Gaps = 3/1462 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1903 AGGAAAGGAAGAAAATCATTCTTGAGAAGTCAAATGCACTAGCAAAGAGTGTGAGTGGGC 1962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1925 AGGAAAGGAAGAAAATCATTCTTGAGAAGTCAAATGCACTAGCTAAGAGTGTGAATGGGC 1984
Query 1963 GCCTTGTTGTTCCGCAGAACTTACTTAATGAAGTTGCAAATCTCGTCGAAGCTCCTGTGC 2022
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1985 GCCTTGTTGTCCCGCAGAACTTACTTAATGAGGTTGCAAATCTCGTCGAAGCTCCTGTGC 2044
Query 2023 CCTTAATTGGAAAGTTCAAGGAATCATTCTTAGAACTTCCAGAGGAGCTATTAACTATTG 2082
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 CTTTAATTGGAAAGTTCAAGGAATCATTCTTAGAACTTCCAGAGGAGCTATTAACTATTG 2104
Query 2083 TTATGCAGAAGCACCAGAAGTATTTTTCCATTATTGATGAGAGTGGACAGCTATTGCCTT 2142
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 TTATGCAGAAGCACCAGAAGTATTTTTCTATTATTGATGAGAGTGGACAGCTATTGCCTT 2164
Query 2143 ACTTTATTGCTGTTGCCAATGGTGCAATAAATGAGGATGTGGTGAAGAAAGGAAATGAAG 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2165 ACTTTATTGCTGTTGCCAATGGTGCAATAAATGAGGATGTGGTGAAGAAAGGAAATGAAG 2224
Query 2203 CAGTTCTCAGGGCACGTTATGAAGATGCAAAGTTCTTCTATGAGGTGGACACAAGGAAAA 2262
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 CAGTTCTCAGGGCACGTTATGAAGATGCGAAGTTCTTCTATGAGGTGGACACAAGGAAAA 2284
Query 2263 GATTTTCTGAATTCCGAGATCAGCTACAGGGAATTCTTTTCCATGAAAAGCTGGGGACGA 2322
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2285 GGTTTTCTGAATTCCGAGATCAGCTACAGGGAATTCTTTTCCATGAAAAGCTGGGGACAA 2344
Query 2323 TGCTGGATAAGATGAACCGCCTCAAAAAGATGGTATCTAAACTTTGTTTGGCCCTCAAAA 2382
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 2345 TGCTGGATAAGATGAACCGCCTAAAAAAGATGGTATCTAAGCTTTGTTTGGCCCTCGAAA 2404
Query 2383 TTGATGAAGATCTGCTTCCGGTTGTAGAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCAGATCTTG 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2405 TTGATGAAGATCTGCTTCCGGTTGTAGAGGATGCTGCCTCACTTGCTATGTCAGACCTTG 2464
Query 2443 CAACTGCTGTAGTTACAGAATTTACTGCGCTGTCAGGAATAATGGCTCGTCATTATGCTC 2502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2465 CAACTGCTGTAGTTACAGAATTTACTGCGCTGTCAGGAATAATGGCTCGTCATTATGCTC 2524
Query 2503 TCAGAGATGGCTATTCAGAGCAGATAGCAGAAGCTTTGCTGGAAATTACACTTCCTAGAT 2562
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2525 TCAGAGATGGCTATTCAGAGCAGATAGCTGAAGCTTTGCTGGAAATTACACTTCCTAGAT 2584
Query 2563 TTTCTGGAGACGTCATCCCAAAAACAGATGCAGGAATGGTTTTGGCAATAG-GTGATAGA 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2585 TTTCTGGAGACGTCATCCCAAAAACAGATGCAGGAATGGTTTTGGCAATAGCG-GATAGA 2643
Query 2622 TTGGATAGCCTTGTTGGTTTATTTGCTGCTGGTTGCCAGCCAAGTTCAACAAATGACCCT 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 TTGGATAGCCTTGTTGGTTTATTTGCTGCTGGTTGCCAGCCAAGTTCAACAAATGACCCT 2703
Query 2682 TTTGGCCTTAGAAGAATATCATATGGCTTAGTTCAGATTTTGGTCGAGAAGGATAAAAAT 2741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2704 TTTGGCCTTAGAAGAATATCATATGGCTTAGTTCAGATTTTGGTCGAGAAGGATAAAAAT 2763
Query 2742 GTCAACTTCAAACGTGTTCTAGAACTTGCAGCCAGTGTACAACCGACGAAGGTTGAGGCA 2801
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2764 GTCAACTTCAAACGTGCTCTAGAACTTGCAGCTAGTGTACAACCGACCAAGGTTGAGGCA 2823
Query 2802 AACACTGTAGAAGATGTGTATCAATTTGTTACTCGAAGACTGGAACAGCTATTGGTTGAC 2861
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 2824 AACACTGTAGAAGATGTGTATCAATTTGTTACACGAAGACTGGAACAACTACTGGTTGAC 2883
Query 2862 AACGGAGTAAGCCCTGAAGTAGTTAGGTCTGTCCTAGCAGAGCGTGGAAACAATCCTTGT 2921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884 AACGGAGTAAGCCCTGAAGTAGTTAGGTCTGTCCTAGCAGAGCGTGGAAACAATCCTTGT 2943
Query 2922 CTGGCAGCACGGACTGCATACAAGACGGAAAAGCTAAGCAAAGGTGAGATGTTTCCGAAG 2981
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2944 CTGGCAGCTCGGACTGCATACAAGATGGAAAAGCTAAGCAAAGGTGAGATATTTCCGAAG 3003
Query 2982 ATAGTGGAAGCATATTCTCGTCCCACACGCATTGTCCGTGGGAAAGATGTTGGTGTTGGA 3041
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 3004 ATAGTGGAAGCATATTCTCGTCCCACACGCATTGTCCGAGGGAAAGACGTTGGTGTTGGA 3063
Query 3042 GTTGAGGTGGATGAGAATGCATTTGAGACTCCCCAAGAGAGAACGTTGTGGAGTACTTAC 3101
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3064 GTTGAGGTGGATGAGAATGCATTTGAGACTTCCCAAGAGAGAGCGTTGTGGAGTACTTAC 3123
Query 3102 ACCTCTATCAAAGATCGAATTCACACTGGCATTGAAATCGAGGACTTCACCGAGATATCC 3161
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||
Sbjct 3124 ACCTCTATTAAAGATCGAATTCACACTGGCATAGAAATAGAGGAGTTCACCGAGGTATCC 3183
Query 3162 ATGCAATTGGTGGAGCCACTCGAGGATTTCTTCAACAATGTATTTGTAATGGTGGAGGAA 3221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3184 ATGCAATTGGTGGAGCCACTCGAGGATTTCTTCAACAATGTATTCGTGATGGTGGAGGAA 3243
Query 3222 GAAAGAGTGAGGAAGAACAGACTCGCTCTGCTTAATAACATTGCCAATCTTCCCAAAGGA 3281
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3244 GAAAGAGTGAGGAAGAACAGACTCGCTCTGCTCAATAACATTGCCAATCTTCCCACAGGA 3303
Query 3282 GTCATTGACCTCTCATTTTTGCCCGGATTTTGATCTTT-ACTTGTTTCATAATCCCACTC 3340
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3304 GTCATTGACCTCTCATTTTTGCCTGGATTTTGAGCTTTTACTTGTTTCATAATCCCACTC 3363
Query 3341 CGGAATCATCAATTCATTGACC 3362
|||||||||||||||||||||
Sbjct 3364 AGGAATCATCAATTCATTGACC 3385
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132021720737
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5