BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G48470.1
Length=3142
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485207 jgi|Araly1|485207|fgenesh2_kg.5__1199__AT3G48470.1 3105 0.0
> Ahg485207 jgi|Araly1|485207|fgenesh2_kg.5__1199__AT3G48470.1
Length=3175
Score = 3105 bits (1681), Expect = 0.0
Identities = 1895/1995 (95%), Gaps = 27/1995 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1166 TTCTTGAGTGCCCACCGGTTACTAATACACTTGCTAAAGGTGATGTCACACAAGGACTTC 1225
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1190 TTCTTGAGTGCCCACCGGTTACTAATACACTTGCTAAAGGTGATGTCACACAAGGACTGC 1249
Query 1226 TTGAAACAACGCAGCGACTAGCCTCAGTTTGGTCAAAACGGGAGTTTCTGCAGTCCGTCC 1285
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 TTGAAACAACGCAGCGACTAGCCTCAGTTTGGTCAAAACGGGAGTTTCTGCAGTCCGTCC 1309
Query 1286 AATTGGAGCAGCAAGCTTACCTTCAGTTCCTGTTTCCCGTAACAGATATAT-CAGATATA 1344
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||
Sbjct 1310 CATTGGAGCAGCAAGCTTACTTTCAGTTCCTGTTTCCCATAACAGATAT-TGCAGATATA 1368
Query 1345 ACTGCAGCTCTTGGGCTTTGCCTGGAGAACATGTC-AAGAGAAGAACTAGATAGAACAAA 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1369 ACTGCAGCTCTTGGGCTTTGCCTGGAGAACATGTCAAAG-GAAGAACTAGATAGAACGAA 1427
Query 1404 GGATGTAATGCACAGTATTCTTCAAGGAGTTAGCTGTAGACTGGAGAACCCAGGAGATCT 1463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 GGATGTAATGCACAGTATTCTTCAAGGAGTTAGCTGTAGACTGGAGAACCCAGGAGATCT 1487
Query 1464 GGTACGGAAAATGGCTAGCTCTATCGCCTTTATGTTCTCTAAAGTAATTGACCCGAAGAA 1523
|||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 GGTACGAAAAATGGCTAGCTCTATTGCGTTCATGTTCTCTAAAGTAATTGACCCGAAGAA 1547
Query 1524 TCCTCTGTACCTTGATGATTCAATCACTGATAATGCAATTGACTGGGAATTTGGATTGCA 1583
|||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548 TCCTCTGTACCTCGATGATTCATTCACTGGGAATGCAATTGACTGGGAATTTGGATTGCA 1607
Query 1584 AA---C---------GG--C-ATCAATCACAAATACAATGGAAAATGGAGATGGTGAAAA 1628
|| | || | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1608 AATGGCTGTGGGAGGGGTCCGGTCAATCACAAATTCAATGGAAAATGAAGATGGTGAAAA 1667
Query 1629 CAAAAGATCAGCCTCCTTAACTGAAGTAAATGAGTCTAGTCGCAGAAACAAGCAAAAGGA 1688
||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||| |
Sbjct 1668 CAAAACATCAGCCGCCTTAACTGAAGTAAATGACTCTAGCCGCAGTAACAAG-GAAA--A 1724
Query 1689 AAATCGCAAGAGTAAGAACATATCTGCTTTTGTATTGGCTGATCCCAATGAAATAGTTGA 1748
|||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1725 AAATCGCAAGAGCAAGAACATATCTGATTTTGTATTGGCTGATCCCGATGAAATAGTTGA 1784
Query 1749 TTTGGCTACGTTAAACTGTGATACGGAGAGTGATAAAGATGATGGCGATGATGACGCAAG 1808
||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1785 TTTGGCTACCTTAAACTGTGAAACAGAGAGTGATAAAGATGATGTTGATGATAACGCAAG 1844
Query 1809 TGTCAGCTCTGATAATTCAAGTGTCACTTCTTTGGAGCCATATGATCTTATGGATGATGA 1868
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1845 TGTCAGCTCTGATAATTCAAGTGTCACTTCTTTGGAGCCATATGATCTAATGGATGATGA 1904
Query 1869 TAAGGATTTAGGGAAACAATTTACACATTTGGTGGATGTTGTTGGAGCTCTTAGGAAAAC 1928
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1905 CAAGGATTTAGGGAAACAATTTACACATTTGGTGGATGTTGTTGGAGCTCTTCGGAAAAC 1964
Query 1929 CGATGATGCTGATGGGGTGGAGAAAGCTATATATGTTGCAGAGAAACTTGTGCGAGCATC 1988
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 CGATGATGCTGATGGGGTGGAGAAAGCAATATATGTTGCAGAGAAACTTGTGCGAGCATC 2024
Query 1989 ACCTGATGAATTGACTCATATAGCTGGTGACCTTGCTCGAACTCTGGTACAGGTTCGCTG 2048
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 ACCTGATGAATTGACTCACATAGCTGGTGACCTTGCTCGAACTCTGGTACAGGTTCGCTG 2084
Query 2049 CTCTGATATAGCAATCGAAGGTGAAGAAGATTCAGCTGAAGAAAAGCGGCAAAGAGCTCT 2108
|||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2085 CTCTGATATAACAATTGAAGGTGAAGAAGATTCAGCAGAAGAGAAGCGGCAAAGAGCTCT 2144
Query 2109 AATTGCGTTGCTCGTGACCCGTCCATTTGAATCCCTTGAAACTCTAAACAATATTTTGTA 2168
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 AATTGCGTTGCTTGTGACCCGTCCATTTGAATCCCTTGAAACTCTAAACAATATTTTGTA 2204
Query 2169 TTCGCCTAATGTAGATGTAAGTCAGCGCATAATGATACTTGATGTCATGGCTGAAGCAGC 2228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2205 TTCGCCTAATGTAGATGTAAGTCAGCGCATAATGATACTTGATGTCATGTCTGAAGCAGC 2264
Query 2229 TAGGGAGCTTGCTAATTCCAAGACCCTGAAACCTAAACACGAAGCACGGGGACCTCTGAT 2288
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 TCGGGAGCTTGCTAATTCCAAGACCCTAAAACCTAAACATGAAGCACGGGGACCTCTGAT 2324
Query 2289 ATCAAATATATCAGATCCTCAACCCTGGTATTTGCCTAGCAATGCGAGTACCCCATGGAA 2348
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2325 ATCAAATATCTCAGATCCTCAACCCTGGTATTTGCCTAGCAATGCGAGTACTCCATGGAA 2384
Query 2349 AAAGGTGTCTGAGACAGGATCTTTTCATCTGAACTGGGCAAATCGATTTGAGAGAGAGCT 2408
|||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 AAAGGTCCCCGAGACGGGATCTTTTCATCTGAACTGGGCAAATCGATTTGAGAGAGAGCT 2444
Query 2409 ACAGTCAAAGCCTGGACAGACAAAGAAAGGAAAATCTCGAAGGTGGAGCCTCAAATCAGC 2468
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 ACAGTCAAAGCCTGGACAGACGAAGAAAGGAAAATCTCGAAGGTGGAGCCTCAAATCAGC 2504
Query 2469 AGACAGAGATCAAAACAGTACTGACTGGTCTCAGAATAGATTTCCACTATATGCAGCAGC 2528
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 AGACAGAGATCAAAACAGTACTGACTGGTCTCAGAATAAATTTCCACTATATGCAGCAGC 2564
Query 2529 ATTTATGCTTCCAGCCATGAAAGAGTTTGACAAGAAACGACATGGTGTTGACTTACTTGG 2588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565 ATTTATGCTTCCAGCCATGAAAGAGTTTGACAAGAAACGACATGGTGTTGACTTACTTGG 2624
Query 2589 CAGGGACTTTGTTGTCCTTGGGAAACTTGTTCACATGCTCGGCGTCTGTATGCAATGTGC 2648
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2625 CAGGGACTTTGTTGTCCTTGGGAAACTTGTTCACATGCTCGGCGTCTGTATGCAGTGTGC 2684
Query 2649 ATCAATGCATCCAGAAGCATCTGCATTAGCTATCTCTCTTCTAGATATGTTACAACGAAG 2708
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 ATCGATGCATCCAGAAGCATCTGCGTTAGCTATCTCTCTTCTAGATATGTTACAACGAAG 2744
Query 2709 GGAAGTATGCAATCACCCAGAGGCCTATGTCCGAAGAGCGGTCCTTTTTGCAGCCTCTTC 2768
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 GGAAGTATGCAATCACCCCGAAGCCTATGTCCGAAGAGCGGTCCTTTTTGCAGCCTCTTC 2804
Query 2769 TGTTTTGGTTTCTCTTCACCCGTCTTACATAGTGTCAACCTTGGTTGAAGGAAATCTTGA 2828
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 TGTTTTGGTCGCTCTTCACCCGTCTTACATAGTCTCAACCTTGGTTGAAGGAAATCTTGA 2864
Query 2829 TCTTTCCAGAGCTCTTGAATGGATCAGAACGTGGGCTCTTCAAATAGCTGACTCAGACAT 2888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 TCTTTCCAGAGCTCTTGAATGGATCAGAACGTGGGCTCTTCAAATAGCTGACTCAGACAT 2924
Query 2889 CGACCGAGACTGTTACACGATGGCTTTGTCATGTCTCCAACTCCATGCCGAGATGGCTCT 2948
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2925 CGACCGAGACTGTTACACTATGGCTTTGTCATGTCTCCAACTCCATGCCGAGATGGCTCT 2984
Query 2949 TCAAACTTCCCGAGCTTTAGAATCAA-CTGGTGGAAGTAGCAGCAGCAGTAGCATTAGAC 3007
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | | | |||
Sbjct 2985 TCAAACTTCCCGAGCTTTAGAATCAAGC-GGTGGAAGTAGCAGCAGCAGCA-C-TG-GAC 3040
Query 3008 CGATGAACATAAGTCTACCTTCGGGTATCTCTAAACTGACATCAATCAAACTTCCTTCTT 3067
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3041 CGATGAACATAAGTCTACCTTCTGGTATCTCTAAGCTGACATCAATCAAACTTCCTTCTT 3100
Query 3068 CAAATGTTCATCTCTAGAAACGCCATTCCCATTAATTCGGGTCTAGTCACTTCTGTATAG 3127
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||
Sbjct 3101 CAAATGTTCATCTCTAGAAACTTCGTTCCCATTAATTCGGCTCTAGTCACCTCTGTAGAG 3160
Query 3128 TAGCATTTCTTCACT 3142
|| ||||||||||||
Sbjct 3161 TAACATTTCTTCACT 3175
Score = 706 bits (382), Expect = 0.0
Identities = 422/442 (95%), Gaps = 0/442 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 709 GCTTCCTGCACTGAGGCCAATTGCACAGTTATCGTTTTATCATTTGTCGGGGAAGTTTTT 768
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 688 GCTTCCAGCACTGAGGCCAATAGCACAGTTATCGTTTTATCATTTGTCGGGGAAATTTTT 747
Query 769 TCCCGCATCTGTCGACGTGGATTATCAGATTTGCTGTTAAGTGAAGTAACACCTCATGTC 828
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 748 TCCCGCATCTGTCGACGCGGATTATCAGATTTGCTGTTAAGTGAAGTAATACCTCATGTC 807
Query 829 CTAGCTCAAGTTAGGAGGTTACTAAACTCAAAGATAGGTGCTATTGAGGTGGATACATTT 888
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||| |||| ||||||
Sbjct 808 CTAGCTCATGTTAGGAGGTTACTAAACTCAAAGATGGGTTCCACTGAGATGGAAACATTT 867
Query 889 CAGTTGGACCCTACAACCCGGATTTGGTCGAAAACTATGGAAGCAGTGACAGATCCGTAT 948
||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 CAGTTGGACCCTACATCCCAGATTTGGTCGAAATCTATGGAAGCAGTGACAGATCCGTAT 927
Query 949 GCTGTTGAGAAAATGGCTGAACAACTTTTACATCAGCTATATGCTGAGCATCCAAGTGAT 1008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 928 GCTGTTGAGAAAATGGCTGAACAACTTTTACATCAGCTATATGCTGAGCATGCAAGTGAT 987
Query 1009 GTTGAAGCTTTCTGGACTATTTGGACTTTGTTTCATCGCAATGTAATACATCAGGCATCA 1068
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 GTTGAAGCTTTCTGGACTATTTGGTCTTTGTTTCATCGCAATGTAATACATCAGGCATCA 1047
Query 1069 GTGAGGCAAGCAAAATGTTTTCTATGGCAGCTTGATTCTTTCTTTAGATACCCCTTTTTC 1128
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1048 GTGAGGCAAGCAAAATGTTTTCTATGGCAGCTTGATTCTTTGTTTAGATACCCCTTTTTC 1107
Query 1129 TTCTTTCATTTCCATCCTAATG 1150
||| |||||||||||||||||
Sbjct 1108 TTCGATCATTTCCATCCTAATG 1129
Score = 630 bits (341), Expect = 2e-179
Identities = 381/400 (95%), Gaps = 4/400 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 229 AGAAATGAATGGTTGGAGACGTTCTATC-GAGGTGTTGCGTTTCCAACGTTTGCTCGAGT 287
|||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 289 AGAAATGATTGGTTGGAGACGTTCTA-CAGAGGTGTTGCGTTCCCAACGTTTGCTCGGGT 347
Query 288 TTTGTTGCTTGATGTTGCTTCGGATTGGCTGTCTTGTTTCCCTATTTCAGTGCAGAAACA 347
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 348 TTTGTTGCTTGATGTTGCTTCGGATTGGCTGTCTTGTTTCCCTATTTCAGTGCAGAAACA 407
Query 348 TTTGTATGATAAGTTCTTCTTAGATGGATCTGTTATTGAGGTTGTTCAAGTCTTGGTTCC 407
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 408 TTTGTATGATAAGTTCTTCGTAGATGGATCTGTTATTGAGGTTGTTCAAGTTTTGGTTCC 467
Query 408 ATTTCTACATCATGTGGGAGATGGTGGCGTTAATGCTAATTCTGTCCAGACTAATGTGGA 467
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 ATTTCTACATCATGTGGGAGATGGTGGCGTTGATCCTAATTCTGTCCAGACTAATGTGGA 527
Query 468 AAGATTGCTTATATTGTGTTTGCTTGAAAATGATGGAGTGCTCAAGATAACTAAAGAAAT 527
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 AAGATTGCTTATATTGTGTTTGCTTGAAAATGCTGGAGTGCTCAAGATAACTAAAGAAAT 587
Query 528 TGGTAATATTTATCAAGGACATAATTCTA-GCAATGGAAGTCTCAAGCCTTTATTATCCA 586
|||| ||| |||||||||| |||||| || | || |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 588 TGGTGATAGTTATCAAGGAGATAATTTTAAG-AACGGAAGTCTTAAGCCTTTATTATCCA 646
Query 587 GGCTATCACAGATCTTGACCTCCATTCCTGATAAAGCACG 626
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 GGCTATCACAGATATTGACCTCCATTCCTGATAAAGCACG 686
Score = 300 bits (162), Expect = 5e-80
Identities = 188/201 (94%), Gaps = 0/201 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGAAGGGACTAAGCAAGAGAGAACGCTTGAAAACAATTTGCTCCACAAGGTCGGA 60
|||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1 ATGGCGGAAGCGACTGAGCAAGAGAGAGCACTTGAAAACAATTTGCTCAACAAGGTCGCA 60
Query 61 GAAGCCGTCTCTGCTATTTCTGATGCAAAGCATGTCGACCAAGTGATCTCCGCTATTCAT 120
|||||| ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 GAAGCCATCTCTGCTATTTCTGATGCAAGGCACGTAGACCAAGTGATCTCTGCTATTCAT 120
Query 121 TCCGTCGCCGTTCTTCTCTTCCCGGTCGATCCATCGTTGTTTTCCGGGAGTATTGGGGAC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 TCCGTCGCCGTTCTTCTCTTCCCGGTCGATCCATCGTTGTTTTCCGGGAGTATTGGTGAC 180
Query 181 AAGTACAGAGAAAGGGTCTGT 201
||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 AAGTACAGAGAAAGGGTTTGT 201
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118689203420
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5