BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G48560.1
Length=2270
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485214 jgi|Araly1|485214|fgenesh2_kg.5__1206__AT3G48560.1 3369 0.0
> Ahg485214 jgi|Araly1|485214|fgenesh2_kg.5__1206__AT3G48560.1
Length=2186
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 2058/2168 (95%), Gaps = 28/2168 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 65 caacaTCTTCTTCGATCTCCTTCTCCACCAAACCATCTCCTTCCTCCTCCAAATCACCAT 124
||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 11 CAACATCTTCTTCGATCTCCTTCCCCACC-AA--A---CCTTCCTCCTCCAAATCTCCAT 64
Query 125 TACCAATCTCCAGATTCTCCCTCCCATTCTCCCTAAACCCCAACAAATCA---TCCT-C- 179
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 65 TACCAATCTCCAGATTCTCCCTCCCATTCGCACTAAACCCCAACAAATCATCCTCCTCCT 124
Query 180 C-TCCTCCCGCCGCCGCGGTATCAAATCCAGCTCTCCCTCCTCCATCTCCGCCGTGCTCA 238
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 125 CTTCCTCCCGCCGCCGCGGTATCAAATCCAGCTCT--CT-CTCCATCTCCGCCGTGCTCA 181
Query 239 ACACAACCACCAATGTCACAACCACTCCCTCTCCAACCAAACCTACCAAACCCGAAACAT 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 182 ACACAACCACCAATGTCACAACCACTCCCTCTCCAACAAAACCTACCAAACCCGAAAAAT 241
Query 299 TCATCTCCCGATTCGCTCCAGATCAACCCCGCAAAGGCGCTGATATCCTCGTCGAAGCTT 358
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TCATCTCCCGATTCGCTCCAGATCAACCACGCAAAGGCGCTGATATCCTCGTCGAAGCTT 301
Query 359 TAGAACGTCAAGGCGTAGAAACCGTATTCGCTTACCCTGGAGGTGCATCAATGGAGATTC 418
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 TAGAACGTCAAGGCGTAGAAACCGTCTTCGCTTACCCTGGAGGTGCATCAATGGAGATTC 361
Query 419 ACCAAGCCTTAACCCGCTCTTCCTCAATCCGTAACGTCCTTCCTCGTCACGAACAAGGAG 478
|||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 ACCAAGCCCTAACTCGCTCCTCGTCAATCCGTAACGTCCTTCCTCGTCACGAACAAGGAG 421
Query 479 GTGTATTCGCAGCAGAAGGATACGCTCGATCCTCAGGTAAACCAGGTATCTGTATAGCCA 538
|||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GTGTTTTCGCCGCCGAAGGATACGCTCGATCCTCAGGTAAACCAGGTATCTGTATAGCCA 481
Query 539 CTTCAGGTCCCGGAGCTACAAATCTCGTTAGCGGATTAGCCGATGCGTTGTTAGATAGTG 598
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 CTTCAGGTCCCGGAGCTACGAATCTCGTTAGCGGATTAGCCGATGCGTTGTTAGATAGTG 541
Query 599 TTCCTCTTGTAGCAATCACAGGACAAGTCCCTCGTCGTATGATTGGTACAGATGCGTTTC 658
|||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 542 TTCCTCTTGTAGCAATCACAGGTCAAGTCCCTCGTAGGATGATTGGTACTGATGCGTTTC 601
Query 659 AAGAGACTCCGATTGTTGAGGTAACGCGTTCGATTACGAAGCATAACTATCTTGTGATGG 718
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 602 AAGAAACTCCAATTGTTGAGGTAACGCGTTCGATTACGAAGCATAACTATCTTGTGATGG 661
Query 719 ATGTTGAAGATATCCCTAGGATTATTGAGGAAGCTTTCTTTTTAGCTACTTCTGGTAGAC 778
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 ATGTTGAAGATATTCCTAGGATTGTTGAGGAAGCTTTCTTTTTAGCTACTTCTGGTAGAC 721
Query 779 CTGGACCTGTTTTGGTTGATGTTCCTAAAGATATTCAACAACAGCTTGCGATTCCTAATT 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 CTGGACCTGTTTTGGTTGATGTTCCTAAAGATATTCAACAACAGCTTGCGATTCCTAATT 781
Query 839 GGGAACAGGCTATGAGATTACCTGGTTATATGTCTAGGATGCCTAAACCTCCGGAAGATT 898
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GGGATCAGGCTATGAGGTTACCTGGTTATATGTCTAGGATGCCTAAACCTCCGGAAGATT 841
Query 899 CTCATTTGGAGCAGATTGTTAGGTTGATTTCTGAGTCTAAGAAGCCTGTGTTGTATGTTG 958
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CTCATTTGGAGCAGATTGTTAGGTTGATTTCGGAGTCTAAGAAGCCTGTGTTGTATGTTG 901
Query 959 GTGGTGGTTGTTTGAATTCTAGCGATGAATTGGGTAGGTTTGTTGAGCTTACGGGGATCC 1018
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 902 GTGGTGGTTGTTTGAATTCGAGCGATGAATTGGGTAGGTTTGTTGAACTTACGGGGATCC 961
Query 1019 CTGTTGCGAGTACGTTGATGGGGCTGGGATCTTATCCTTGTGATGATGAGTTGTCGTTAC 1078
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 962 CTGTTGCGAGTACGTTGATGGGGTTGGGGTCTTATCCTTGTGATGATGAGTTGTCCTTGC 1021
Query 1079 ATATGCTTGGAATGCATGGGACTGTGTATGCAAATTACGCTGTGGAGCATAGTGATTTGT 1138
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 ATATGCTTGGAATGCATGGGACGGTGTATGCGAATTACGCTGTGGAGCATAGTGATTTGT 1081
Query 1139 TGTTGGCGTTTGGGGTAAGGTTTGATGATCGTGTCACGGGTAAGCTTGAGGCTTTTGCTA 1198
||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1082 TGTTGGCTTTTGGGGTGCGGTTTGATGATCGTGTCACGGGTAAACTTGAGGCTTTTGCTA 1141
Query 1199 GTAGGGCTAAGATTGTTCATATTGATATTGACTCGGCTGAGATTGGGAAGAATAAGACTC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 GTAGGGCTAAGATTGTTCATATTGATATTGACTCGGCTGAGATTGGGAAGAATAAGACTC 1201
Query 1259 CTCATGTGTCTGTGTGTGGTGATGTTAAGCTGGCTTTGCAAGGGATGAATAAGGTTCTTG 1318
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1202 CTCATGTGTCTGTGTGTGGAGATGTTAAGCTGGCTTTGCAAGGGATGAACAAGGTTCTTG 1261
Query 1319 AGAACCGAGCGGAGGAGCTTAAGCTTGATTTTGGAGTTTGGAGGAATGAGTTGAACGTAC 1378
|||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AGAACCGAGCAGAGGAACGTAAGCTTGATTTTGGAGTTTGGAGGAATGAGTTGAACGTAC 1321
Query 1379 AGAAACAGAAGTTTCCGTTGAGCTTTAAGACGTTTGGGGAAGCTATTCCTCCACAGTATG 1438
|||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1322 AGAAGCAAAAGTTTCCGTTGAGCTTCAAGACGTTTGGGGAAGCAATTCCTCCACAGTATG 1381
Query 1439 CGATTAAGGTCCTTGATGAGTTGACTGATGGAAAAGCCATAATAAGTACTGGTGTCGGGC 1498
||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||
Sbjct 1382 CGATTCAGCTCCTTGATGAGCTGACTGATGGAAAAGCTATTATAAGCACCGGTGTCGGGC 1441
Query 1499 AACATCAAATGTGGGCGGCGCAGTTCTACAATTACAAGAAACCAAGGCAGTGGCTATCAT 1558
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 AACATCAAATGTGGGCGGCGCAGTTTTACAAGTACAAGAAACCAAGGCAGTGGCTATCAT 1501
Query 1559 CAGGAGGCCTTGGAGCTATGGGATTTGGACTTCCTGCTGCGATTGGAGCGTCTGTTGCTA 1618
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1502 CAGGAGGCCTTGGAGCTATGGGTTTTGGACTTCCTGCTGCGATTGGAGCGTCCGTCGCCA 1561
Query 1619 ACCCTGATGCGATAGTTGTGGATATTGACGGAGATGGAAGCTTTATAATGAATGTGCAAG 1678
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1562 ACCCTGATGCGATTGTTGTGGATATTGACGGAGATGGAAGCTTCATAATGAATGTGCAAG 1621
Query 1679 AGCTAGCCACTATTCGTGTAGAG-AATCTTCCAGTGAAGGTACTTTTATTAAACAACCAG 1737
|||| ||||| || ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 AGCTGGCCACAATCCGTGTAGAGCAA-CTTCCAGTGAAGATACTTTTATTAAACAACCAG 1680
Query 1738 CATCTTGGCATGGTTATGCAATGGGAAGATCGGTTCTACAAAGCTAACCGAGCTCACACA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 CATCTTGGCATGGTTATGCAATGGGAAGATCGGTTCTACAAAGCTAACCGAGCTCACACA 1740
Query 1798 TTTCTCGGGGATCCGGCTCAGGAGGACGAGATATTCCCGAACATGTTGCTGTTTGCAGCA 1857
| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||
Sbjct 1741 TATCTCGGGGACCCGGCACAGGAGGACGAGATATTCCCGAACATGCTGCAGTTTGCATCA 1800
Query 1858 GCTTGCGGGATTCCAGCGGCGAGGGTGACAAAGAAAGCAGATCTCCGAGAAGCTATTCAG 1917
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GCTTGCGGGATTCCAGCGGCGAGGGTGACAAAGAAAGCAGATCTCCGAGAAGCTATTCAG 1860
Query 1918 ACAATGCTGGATACACCAGGACCTTACCTGTTGGATGTGATTTGTCCGCACCAAGAACAT 1977
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 ACAATGCTGGATACACCAGGGCCTTACTTGTTGGATGTCATTTGTCCGCACCAAGAACAT 1920
Query 1978 GTGTTGCCGATGATCCCGAGTGGTGGCACTTTCAACGATGTCATAACGGAAGGAGATGGC 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GTGTTGCCGATGATCCCGAGTGGTGGCACTTTCAACGATGTCATAACGGAAGGAGATGGC 1980
Query 2038 CGGATTAAATACTGAGAGATGAAACCGGTGATTATCAGAACCTTTTATGGTCTTTGTATG 2097
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||
Sbjct 1981 CGGACTAAATACTGAGAGATGAAACCGGTGATTATCAGAACCTTTCATGGTATT-GTATG 2039
Query 2098 CATATGGTaaaaaaaCTTAGTTTGCAATTTCCTGTTTGTTTTGGTAATTTGAGTTTCTTT 2157
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 CATATGGTAAAAA--CTTAGTTTGCAATTTCCAGTTTGTTTTGGTAATTTGAGTTTCTT- 2096
Query 2158 TAGTTGTTGATCTGCCTGCTTTTTGGTTTACGTCAGACT--ACTACTGCTGTTGTTGTTT 2215
||||||||| |||| | |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2097 -AGTTGTTGAACTGC-T--TTTT-GGTTTACCTCAGACTCTACTACTGCTGTTGTTGTTT 2151
Query 2216 GGTTTCCT 2223
||||||||
Sbjct 2152 GGTTTCCT 2159
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85474509780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5