BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G48670.1
Length=2447
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485222 jgi|Araly1|485222|fgenesh2_kg.5__1214__AT3G48670.1 3507 0.0
Ahg318024 jgi|Araly1|318024|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001040 99.0 1e-19
> Ahg485222 jgi|Araly1|485222|fgenesh2_kg.5__1214__AT3G48670.1
Length=2229
Score = 3507 bits (1899), Expect = 0.0
Identities = 2126/2235 (95%), Gaps = 17/2235 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 TTTGTTCAACCCTAGGTGAAATAAAGGACGA-CC----CAAAACAAGTGACGAGAGAGCA 75
||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 TTTCTTCAACCCTAGGTGAAATAAAGGACGACCCAAAACAAAACAAGTGACGAGAGAGGA 60
Query 76 GAGA-GAGCTTCTTCTTCCGGACACTGAACAGTGAGAGCACCCATCTCCAACCTCTTCCT 134
|||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 GAGAGGAGCTTCTTCTTCTGGACACTGAACAGT--GAGCACCCATCTCCAGCCTCTTCCT 118
Query 135 GAACAAGATGGGAAGCACTGTGATTTTAAGCTCAGATGATGAAGATTCAGATATTAGTGA 194
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GAACAAGATGGGGAGCACTGTGATTTTGAGCTCAGATGATGAAGATTCAGATATTAGTGA 178
Query 195 ATCTGAAATGGATGAGTATGGAGACAAAATGTACCTAAACCTTAAAGGTGGGAAGCTGAA 254
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 179 ATCTGAAATGGATGAGTATGGAGACAAAATGTACTTAAATCTTAAAGGTGGGAAGCTCAA 238
Query 255 AGTGAGACTCTCTCCTCAAGCTTTTATCTGTCCTTATTGTCCAAACAAGAAGAAAACTAG 314
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 239 AGTGAGACTCTCTCCTCAAGCTTTTGTCTGTCCTTATTGTCCAAACAAGAAGAAACCTAG 298
Query 315 TTTTCAATACAAAGATCTTCTTCAACATGCTTCTGGAGTTGGTAATAGCAATTCTGATAA 374
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 299 TTTTCAATACAAAGATCTCCTTCAACATGCTTCTGGAGTTGGTAATAGCAATTCAGATAA 358
Query 375 AAGAAGTGCAAAGGAGAAAGCAAGTCACCTTGCTCTTGTCAAATACCTTCAACAAGATCT 434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 359 AAGAAGTGCAAAGGAGAAAGCAAGTCACCTTGCTCTTGTCAAATACCTTCAACAGGATCT 418
Query 435 TGCTGATTCAGCT-TCAGAAGCAGAGCCTTCATCAAAGCGTCAGAAAAACGGAAACCCTA 493
||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TGCTGATTCAGCTGT-AGAAGCAGAGCCTTCATCGAAGCGTCAGAAAAACGGAAACCCTA 477
Query 494 TTCAAGATTGTGATCATGACGAGAAGCTTGTGTATCCTTGGAAAGGTATTGTGGTGAATA 553
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 478 TTCAAGATTGTGATCAGGACGAGAAGCTTGTCTATCCTTGGAAAGGTATTGTGGTTAATA 537
Query 554 TTCCAACTACAAAGGCACAAGATGGTCGATCTGCGGGCGAGAGTGGATCGAAGCTAAGGG 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TTCCAACTACAAAGGCACAAGATGGTCGATCTGCGGGTGAGAGTGGATCGAAGCTAAGGG 597
Query 614 ATGAGTATATTCTAAGAGGATTTAACCCGACTAGAGTTCGTCCTTTATGGAACTACTTGG 673
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 598 ATGAGTACATTCTAAGAGGATTTAACCCGACTAGAGTTCGTCCTTTATGGAACTACTGGG 657
Query 674 GACATTCAGGAACAGCTATTGTGGAGTTTAACAAAGATTGGAATGGACTTCACAATGGTC 733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GACATTCAGGAACAGCTATTGTGGAGTTTAACAAAGATTGGAATGGACTTCACAATGGTC 717
Query 734 TTTTGTTTGACAAGGCTTATAC-AGTAGATGGTCATGGGAAGAAGGACTGGTTGAAGAAA 792
|||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 718 TTTTGTTTGACAAGGCTTAT-CGAGTAGACGGTCATGGAAAGAAGGATTGGTTGAAAAAA 776
Query 793 GACGGTCCCAAGTTAGGTCTTTACG-GTTGGATTGCTCGTGCTGATGATTATAACGGTAA 851
|| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 GATGGTCCCAAGTTAGGTCTTTACGCGT-GGATTGCTCGTGCTGATGATTATAACGGTAA 835
Query 852 TAATATTATTGGAGAAAACTTGAGGAAGACGGGTGATCTGAAAACTATAGCTGAGCTTAC 911
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 836 TAATATTATTGGAGAAAACCTGAGGAAGACAGGTGATCTCAAAACTATAGCTGAGCTTAC 895
Query 912 GGAAGAAGAGGCGAGGAAACAGGAATTGCTTGTGCAGAACCTGAGACAACTTGTAGAAGA 971
|||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 896 GGAAGAAGAGGCGAGGAAACAGCAAAAGCTAGTGCAGAATCTGACACAACTTGTAGAAGA 955
Query 972 GAAGAAAAAAGACATGAAGGAGATTGAGGAGCTTTGTTCAGTTAAGTCAGAGGAACTTAA 1031
||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 956 AAAGAAGAAAGACATGAAGCAGATTGAGGAGCTTTGTTCAGTGAAGTCAAAGGAACTTAA 1015
Query 1032 TCAGTTGATGGAAGAGAAGGAGAAGAATCAGCAAAAGCATTACCGTGAGCTGAATGCTAT 1091
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1016 TCAGTTGATGGAAGAGAAGGAGAAGAATGAACAAAAGCATTACCGAGAGCTGAATGCTAT 1075
Query 1092 ACAAGAAAGAACAATGAGTCACATTCAAAAGATAGTTGATGATCATGAGAAATTGAAGAG 1151
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 ACAAGAGAGAACAATGAGTCACATTCAAAAGATAGTTGATGATCATGAGAAATTGAAGAG 1135
Query 1152 GCTGTTGGAGTCAGAGAGGAAGAAACTCGAAATCAAATGTAATGAGTTGGCAAAGCGCGA 1211
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GCTGTTGGAGTCAGAGAAGAAGAAACTCGAAATCAAAGGTAATGAGTTGGCAAAGCGCGA 1195
Query 1212 AGTGCACAATGGAACCGAGAGAATGAAATTGTCTGAAGATCTTGAACAGAATGCATCTAA 1271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1196 AGTGCACAATGGAACCGAGAGAATGAAATTGTCTGAAGATCTTGAACAGAACGCATCTAA 1255
Query 1272 GAATAGCTCTCTTGAACTAGCTGCCATGGAACAACAAAAGGCAGACGAGGAAGTTAAAAA 1331
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 GAATAGTTCTCTTGAACTAGCAGCCATGGAACAACAAAAGGCAGACGAGGAAGTTAAAAA 1315
Query 1332 ACTTGCTGAAGACCAAAGGAGGCAAAAGGAGGAGCTTCATGAGAAAATCATAAGACTAGA 1391
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 ACTTGCGGAAGACCAAAGGAGGCAAAAGGAGGAGCTTCATGAGAAAATCATAAGACTAGA 1375
Query 1392 AAGACAGAGAGATCAGAAACAAGCGATTGAGCTAGAAGTTGAGCAGTTGAAAGGACAGCT 1451
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 AAGACAAAGAGATCAGAAACAAGCGATTGAGCTAGAGGTTGAGCAGTTGAAAGGACAGCT 1435
Query 1452 CAATGTGATGAAGCACATGGCATCAGATGGCGATGCTGAAGTTGTGAAAGAGGTGGACAT 1511
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||
Sbjct 1436 TAATGTGATGAAGCACATGGCATCAGACGGCGATGCTGAAATTGTGAAAAAGGTGGAAAT 1495
Query 1512 CATCTTCAAAGATTTAGGTGAGAAGGAAGCACAACTCGCAGATCTCGATAAATTTAACCA 1571
|||||| |||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1496 CATCTTTAAAGATTTAGGTGAGAAGGAAGGAGAACTCGAAGACCTCGATAAATTTAACCA 1555
Query 1572 AACTCTTATCCTTAGAGAGCGCAGGACCAACGATGAGCTTCAAGAAGCTCATAAAGAATT 1631
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1556 AACTCTTATCCTTAGAGAGCGCAGGACTAACGATGAGCTTCAAGAAGCTCGTAAAGAATT 1615
Query 1632 GGTAAACATTATGAAAGAATGGAACACAAATATCGGTGTTAAGAGAATGGGAGAGCTCGT 1691
|||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GGTAAACATTATGAAAGAGTGGAAAACAACTATCGGTGTTAAGAGAATGGGAGAGCTCGT 1675
Query 1692 GACGAAACCATTCGTGGATGCAATGCAGCAGAAGTATTGTCAGCAAGATGTGGAGGACCG 1751
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1676 GACGCAACCGTTCGTGGATGCAATGCAGCAGAAGTATTGTCAGCAAGATGTGGAGGACAG 1735
Query 1752 AGCAGTTGAAGTTCTCCAACTTTGGGAACACTATCTCAAAGATTCAGATTGGCATCCAT- 1810
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1736 AGCAGTTGAAGTTCTCCAACTTTGGGAAGGCTATCTCAGAGATCCAGATTGGCATCCATA 1795
Query 1811 TCAAGCGGGTCAAGCTCGAAAATGAAGATAGAGAAGTGGAAGTGATAGATGATAGAGACG 1870
| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 T-AAGCGGATCAAGCTCGAAAATCAAGATAGAGAAGTGGCAGTGATAGATGATAGAGACG 1854
Query 1871 AAAAGCTGAGGGAGCTAAAGGCAGATTTGGGAGATGGTCCTTACAATGCGGTCACGAAAG 1930
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1855 AAAAGCTGAGGGAGCTAAAGGCAGATTTGGGAGACGGTCCTTACAATGCGGTCGCAAAAG 1914
Query 1931 CTTTGTTGGAGATAAACGAGTATAACCCGAGTGGAAGGTATATTACAACAGAGCTATGGA 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 CTTTGTTGGAGATAAACGAGTATAACCCGAGTGGAAGTTATATTACAACAGAGCTATGGA 1974
Query 1991 ACTTCAAAGCAGATAAGAAGGCTACACTTGAAGAAGGTGTCACTTGTTTACTTGATCAAT 2050
|||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 ACTTAAAAGAAGATAAGAGGGCTACACTTGAAGAAGGTGTCACTTGTTTACTTGATCAAT 2034
Query 2051 GGGAAAAGGCGAAACGCAAGCGTGGAATGGCTTAGAGCTGCAAGATGATGGACATGGGAC 2110
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 2035 GGGAAAAGGCTAAACGCAAGCGTGGAATGGCTTAAAGCTGCAAGAAGATGGACATGAGAC 2094
Query 2111 TGAATAAAAAGCCGATGCGGTTTTTAGTTGCAGAGAAATGTGTTTGGTTTGACCAAACTT 2170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2095 TGAATAAAAAGCCGATGCGGTTTTTAGTTGCAGAGAAATGTGTTTGGTTTGATTAAACTT 2154
Query 2171 TGGTGGATTCTGTTTGTTTTTCTTCTCAGAACTTAG-TGAATAATTGACACAACTTTGAT 2229
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2155 TGGTGGATTCTGTTTGTTTTTCTTCTCAGAACTTAGGTGAATAATGGACACAACTTTGAT 2214
Query 2230 GTCTTGCATCGGTTC 2244
||||||||||| |||
Sbjct 2215 GTCTTGCATCGTTTC 2229
> Ahg318024 jgi|Araly1|318024|fgenesh1_pm.C_scaffold_3001040
Length=1956
Score = 99.0 bits (53), Expect = 1e-19
Identities = 88/105 (84%), Gaps = 2/105 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 334 CTTCAACATGCTTCTGGAGTTGGTAATAGCAATTCTGATAAAAGAAGTGCAAAGGAGAAA 393
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| | |||||
Sbjct 184 CTTCAACATGCTTCTGGAGTTGGTAATAGCAAATCCAAGAAAAGAAGTTTGACTGAGAAG 243
Query 394 GCAAGTCACCTTGCTCTTGTCAAATACCTTCAACAA-GATCTTGC 437
||||| |||| |||||||| |||||||||| | || ||||||||
Sbjct 244 GCAAGCCACCGTGCTCTTGCCAAATACCTT-ATTAAAGATCTTGC 287
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92216483145
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5