BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G48810.1 Length=2514 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg347976 jgi|Araly1|347976|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001368 3035 0.0 > Ahg347976 jgi|Araly1|347976|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001368 Length=1974 Score = 3035 bits (1643), Expect = 0.0 Identities = 1815/1900 (96%), Gaps = 3/1900 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGTACTTGAAAGAAGGATGTTCGTTGCTATTGAAAGTTCAAAAACCCTTAATCCCATTT 60 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGTACCTGAAAGAAGGATGTTCGTTGCTATTGAAAGTTCAAAAACCCTTAATCCCATTT 60 Query 61 GTCCTCAATACAAATCTCAATGTGAATCATCTCCTCACAGAATCTCCAAACCATGCGGAG 120 |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| || ||| Sbjct 61 GTCCTCAACACAAATCTCAATGTG-A--ATCTCCTCACAGAAGCTCCAAACCACGCAGAG 117 Query 121 ATCAAAGAATTAGATGTGGTAAAGAGGCTGAGACAAGAGTCATGTGTTCCATTAGCTTTG 180 |||||||||| || |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 118 ATCAAAGAATCAGCTGTGTTAAAGAGACTGAGACATGAGTCATGTGTTCCCTTAGCTTTG 177 Query 181 CATTTCTTCAAATCCATTGCAAATTCTAATCTTTTCAAGCACACGCCTTTAACATTCGAG 240 |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 CATTTCTTCAAATCCATTGCCAATTCAAATCTTTTCAAGCACACGCCTTTAACATTCGAG 237 Query 241 GTAATGATTAGAAAGCTTGCAATGGATGGTCAGGTTGATAGTGTTCAGTATCTTTTGCAG 300 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 238 GTGATGATCAGAAAGCTTGCAATGGATGGTCAGGTTGATAGTGTTCAGTATCTTTTGCAG 297 Query 301 CAAATGAAACTTCAAGGTTTTCATTGTTCTGAAGATTTGTTTATCAGTGTTATTAGTGTA 360 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 298 CAAATGAAACTACAAGGTTTTCATTGTTCTGAAGATTTGTTTATCAGTGTTATTAGTGTA 357 Query 361 TATAGGCAAGTGGGTTTAGCTGAAAGAGCTGTGGAGATGTTTTATAGGATTAAGGAGTTT 420 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 358 TATAGACAAGTGGGTTTAGCTGAAAGAGCTGTGGAGATGTTTTATAGGATTAAGGAATTT 417 Query 421 GGGTGTGATCCTTCTGTGAAGATATATAATCATGTTTTGGATACTTTACTTGGTGAGAAT 480 |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 418 GGGTGTGACCCTTCGGTGAAGATATATAATCATGTTTTGGATACTTTACTTGGTGAGAAT 477 Query 481 AGGATTCAGATGATTTATATGGTTTATAGAGATATGAAGAGAGATGGGTTTGAGCCTAAT 540 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 478 AGGATTCAGATGATTTATACGGTTTATAGAGATATGAAGAGAGATGGTTTTGAGCCTAAT 537 Query 541 GTGTTTACGTATAATGTTCTTCTTAAGGCGTTGTGTAAGAATAATAAGGTAGATGGTGCG 600 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 GTGTTTACCTATAATGTTCTTCTTAAGGCGTTGTGTAAGAATAATAAGGTAGATGGTGCG 597 Query 601 AAGAAGCTGCTCGTTGAGATGTCGAATAAAGGGTGTTGTCCTGATGCTGTGAGTTATACT 660 |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 AAGAAGTTGTTGGTTGAGATGTCGAATAAAGGGTGTTGTCCTGATGCTGTGAGTTATACC 657 Query 661 ACGGTGATCTCGTCGATGTGTGAGGTTGGTTTGGTTAAGGAAGGTAGAGAACTCGCGGAA 720 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 658 ACGGTGATCTCGTCGATGTGTGAGGTTGGTATGGTGAAGGAAGGTAGGGAACTTGCGGAA 717 Query 721 AGATTTGAACCTGTTGTGAGTGTTTATAATGCTTTGATTAATGGGTTATGCAAAGAGCAT 780 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 718 AGATTTGAACCTGTTGTGAGTGTGTATAATGCTTTGATTAATGGGTTATGCAAAGAGCGT 777 Query 781 GATTACAAAGGGGCGTTTGAACTGATGAGAGAAATGGTGGAGAAGGGGATATCTCCTAAT 840 ||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 GATTACAAAGGGGGGGTTGAATTGATGAGTGAAATGGTGGAGAAGGGGATATCTCCTAAT 837 Query 841 GTTATCTCGTACTCTACACTTATCAATGTGCTTTGTAATTCTGGTCAGATTGAGCTTGCT 900 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 GTTATCTCGTACTCTACACTTATCAATGAGCTTTGTAATTCTGGTCAGATTGAGCTTGCT 897 Query 901 TTCTCGTTTCTGACGCAGATGTTGAAACGAGGGTGTCATCCAAATATTTATACATTGAGT 960 |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 898 TTCTCGCTTCTGGCTCAGATGTTGAAACGAGGGTGTCATCCAAATGTCCATACATTGAGT 957 Query 961 TCTCTTGTGAAGGGTTGTTTTCTAAGAGGTACGACCTTCGATGCTCTAGACTTGTGGAAC 1020 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 TCTCTTGTGAAGGGTTGTTTTGTAAGAGGTACGACCTTCGATGCTCTAGACTTGTGGAAC 1017 Query 1021 CAGATGATCAGAGGATTTGGGTTACAGCCGAACGTTGTAGCGTATAATACTTTGGTACAA 1080 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 1018 CAGATGATTAGAGGATTTGGGTTACAGCCGAACGTTGTAGCATATAATACATTGGTACAA 1077 Query 1081 GGGTTTTGTTCCCATGGGAATATAGTCAAGGCTGTGTCTGTCTTTTCACACATGGAAGAA 1140 || ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1078 GGATTTTGTTCCCATGGGAAAATAGACAAGGCTGTGTCTGTCTTTTTACACATGGAAGAA 1137 Query 1141 ATCGGATGTTCTCCAAACATCAGAACCTATGGCTCACTTATCAACGGTTTTGCCAAAAGA 1200 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 1138 ATCGGATGTTCTCCAAACATCAGAACCTATGGCTCACTTATCAACGGCTTTACCAAAAGA 1197 Query 1201 GGTAGCCTGGATGGCGCAGTTTATATATGGAACAAGATGCTGACTAGTGGATGTTGCCCA 1260 |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1198 GGTAGCCTCGAGGGCGCAGTTTATATATGGAATAAGATGCTAACTAGTGGATGCTGCCCA 1257 Query 1261 AATGTTGTAGTCTATACGAACATGGTGGAAGCTCTTTGTAGGCACTCCAAGTTTAAAGAA 1320 |||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1258 AATGTTGTGGTGTATACTAGCATGGTGGAAGCTCTTTGTAGGCACTCCCAGTTTAAAGAA 1317 Query 1321 GCTGAATCTCTTATAGAGATTATGTCCAAAGAAAACTGTGCTCCTTCTGTGCCAACGTTT 1380 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 GCTGAATCTCTTATAGAAATTATGTCCAAAGAAAACTGTGCTCCTTCTGTGCCAACGTTT 1377 Query 1381 AACGCATTTATCAAAGGTTTATGCGATGCAGGGAGGCTTGACTGGGCTGAGAAAGTGTTC 1440 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 AACGCATTTATCAAAGGTTTATGCAATGCAGGGAGGCTTGACTGGGCTGAGAAAGTGTTC 1437 Query 1441 AGACAAATGGAGCAGCAACACAGATGCCCTCCCAACATTGTAACATACAACGAGTTACTG 1500 |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 AGACAAATGGAGCAGCAATACAGGTGTCCTCCCAACATTGTAACATACAACGAGTTACTG 1497 Query 1501 GATGGGCTCGCAAAGGCAAACCGAATAGAAGAAGCTTATGGTCTAACCCGAGAGATCTTC 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GATGGGCTCGCAAAGGCAAACCGAATAGAAGAAGCTTATGGTCTAACCCGAGAGATCTTC 1557 Query 1561 ATGAGAGGTGTGGAGTGGAGCTCATCGACTTACAACACGCTTTTACATGGATCATGCAAT 1620 ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 ATGAGAGGTGTGGAGTGGAGCACATCAACTTACAACACGCTTTTACATGGATCATGCAAT 1617 Query 1621 GCAGGTCTCCCGGGGATAGCTCTGCAGCTAGTAGGAAAAATGATGGTCGATGGTAAATCT 1680 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 GCAGGTCTCCAGGGGATAGCTCTGCAGCTAGTAGGAAAAATGATGGTCGATGGTAAATCT 1677 Query 1681 CCGGATGAGATAACTATGAATATGATAATATTAGCATATTGCAAACAAGGCAAAGCTGAG 1740 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1678 CCGGATGAGATAACAATGAATATGATAATATTAGCATATTGCAAACAAGGAAAAGCTGAG 1737 Query 1741 AGGGCAGCCCAGATGTTGGATCTAGTTTCATGTGGAAGAAGAAAGTGGCGGCCTGATGTA 1800 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 AGGGCAGTCCAGATGTTGGATCTAGTTTCATGTGGAAGAAGAAAGTGGCGGCCTGATGTT 1797 Query 1801 ATCTCTTACACAAACGTGATTTGGGGTCTATGCAGATCTAATTGTAGGGAGGATGGAGTG 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 ATCTCTTACACAAACGTGATTTGGGGTCTATGTAGATCTAATTGTAGGGAGGATGGAGTG 1857 Query 1861 ATTCTTCTTGAGAGGATGATAAGTGCAGGGATCGTCCCAA 1900 |||||| ||||||| |||||||||| | ||||| |||||| Sbjct 1858 ATTCTTTTTGAGAGAATGATAAGTGAAAGGATCATCCCAA 1897 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 94768529560 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5