BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G48810.1
Length=2514
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg347976 jgi|Araly1|347976|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001368 3035 0.0
> Ahg347976 jgi|Araly1|347976|fgenesh1_pg.C_scaffold_5001368
Length=1974
Score = 3035 bits (1643), Expect = 0.0
Identities = 1815/1900 (96%), Gaps = 3/1900 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTACTTGAAAGAAGGATGTTCGTTGCTATTGAAAGTTCAAAAACCCTTAATCCCATTT 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTACCTGAAAGAAGGATGTTCGTTGCTATTGAAAGTTCAAAAACCCTTAATCCCATTT 60
Query 61 GTCCTCAATACAAATCTCAATGTGAATCATCTCCTCACAGAATCTCCAAACCATGCGGAG 120
|||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| || |||
Sbjct 61 GTCCTCAACACAAATCTCAATGTG-A--ATCTCCTCACAGAAGCTCCAAACCACGCAGAG 117
Query 121 ATCAAAGAATTAGATGTGGTAAAGAGGCTGAGACAAGAGTCATGTGTTCCATTAGCTTTG 180
|||||||||| || |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 118 ATCAAAGAATCAGCTGTGTTAAAGAGACTGAGACATGAGTCATGTGTTCCCTTAGCTTTG 177
Query 181 CATTTCTTCAAATCCATTGCAAATTCTAATCTTTTCAAGCACACGCCTTTAACATTCGAG 240
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CATTTCTTCAAATCCATTGCCAATTCAAATCTTTTCAAGCACACGCCTTTAACATTCGAG 237
Query 241 GTAATGATTAGAAAGCTTGCAATGGATGGTCAGGTTGATAGTGTTCAGTATCTTTTGCAG 300
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GTGATGATCAGAAAGCTTGCAATGGATGGTCAGGTTGATAGTGTTCAGTATCTTTTGCAG 297
Query 301 CAAATGAAACTTCAAGGTTTTCATTGTTCTGAAGATTTGTTTATCAGTGTTATTAGTGTA 360
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 CAAATGAAACTACAAGGTTTTCATTGTTCTGAAGATTTGTTTATCAGTGTTATTAGTGTA 357
Query 361 TATAGGCAAGTGGGTTTAGCTGAAAGAGCTGTGGAGATGTTTTATAGGATTAAGGAGTTT 420
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 358 TATAGACAAGTGGGTTTAGCTGAAAGAGCTGTGGAGATGTTTTATAGGATTAAGGAATTT 417
Query 421 GGGTGTGATCCTTCTGTGAAGATATATAATCATGTTTTGGATACTTTACTTGGTGAGAAT 480
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 GGGTGTGACCCTTCGGTGAAGATATATAATCATGTTTTGGATACTTTACTTGGTGAGAAT 477
Query 481 AGGATTCAGATGATTTATATGGTTTATAGAGATATGAAGAGAGATGGGTTTGAGCCTAAT 540
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 478 AGGATTCAGATGATTTATACGGTTTATAGAGATATGAAGAGAGATGGTTTTGAGCCTAAT 537
Query 541 GTGTTTACGTATAATGTTCTTCTTAAGGCGTTGTGTAAGAATAATAAGGTAGATGGTGCG 600
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GTGTTTACCTATAATGTTCTTCTTAAGGCGTTGTGTAAGAATAATAAGGTAGATGGTGCG 597
Query 601 AAGAAGCTGCTCGTTGAGATGTCGAATAAAGGGTGTTGTCCTGATGCTGTGAGTTATACT 660
|||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AAGAAGTTGTTGGTTGAGATGTCGAATAAAGGGTGTTGTCCTGATGCTGTGAGTTATACC 657
Query 661 ACGGTGATCTCGTCGATGTGTGAGGTTGGTTTGGTTAAGGAAGGTAGAGAACTCGCGGAA 720
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 658 ACGGTGATCTCGTCGATGTGTGAGGTTGGTATGGTGAAGGAAGGTAGGGAACTTGCGGAA 717
Query 721 AGATTTGAACCTGTTGTGAGTGTTTATAATGCTTTGATTAATGGGTTATGCAAAGAGCAT 780
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 718 AGATTTGAACCTGTTGTGAGTGTGTATAATGCTTTGATTAATGGGTTATGCAAAGAGCGT 777
Query 781 GATTACAAAGGGGCGTTTGAACTGATGAGAGAAATGGTGGAGAAGGGGATATCTCCTAAT 840
||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GATTACAAAGGGGGGGTTGAATTGATGAGTGAAATGGTGGAGAAGGGGATATCTCCTAAT 837
Query 841 GTTATCTCGTACTCTACACTTATCAATGTGCTTTGTAATTCTGGTCAGATTGAGCTTGCT 900
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GTTATCTCGTACTCTACACTTATCAATGAGCTTTGTAATTCTGGTCAGATTGAGCTTGCT 897
Query 901 TTCTCGTTTCTGACGCAGATGTTGAAACGAGGGTGTCATCCAAATATTTATACATTGAGT 960
|||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 898 TTCTCGCTTCTGGCTCAGATGTTGAAACGAGGGTGTCATCCAAATGTCCATACATTGAGT 957
Query 961 TCTCTTGTGAAGGGTTGTTTTCTAAGAGGTACGACCTTCGATGCTCTAGACTTGTGGAAC 1020
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TCTCTTGTGAAGGGTTGTTTTGTAAGAGGTACGACCTTCGATGCTCTAGACTTGTGGAAC 1017
Query 1021 CAGATGATCAGAGGATTTGGGTTACAGCCGAACGTTGTAGCGTATAATACTTTGGTACAA 1080
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1018 CAGATGATTAGAGGATTTGGGTTACAGCCGAACGTTGTAGCATATAATACATTGGTACAA 1077
Query 1081 GGGTTTTGTTCCCATGGGAATATAGTCAAGGCTGTGTCTGTCTTTTCACACATGGAAGAA 1140
|| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1078 GGATTTTGTTCCCATGGGAAAATAGACAAGGCTGTGTCTGTCTTTTTACACATGGAAGAA 1137
Query 1141 ATCGGATGTTCTCCAAACATCAGAACCTATGGCTCACTTATCAACGGTTTTGCCAAAAGA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1138 ATCGGATGTTCTCCAAACATCAGAACCTATGGCTCACTTATCAACGGCTTTACCAAAAGA 1197
Query 1201 GGTAGCCTGGATGGCGCAGTTTATATATGGAACAAGATGCTGACTAGTGGATGTTGCCCA 1260
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1198 GGTAGCCTCGAGGGCGCAGTTTATATATGGAATAAGATGCTAACTAGTGGATGCTGCCCA 1257
Query 1261 AATGTTGTAGTCTATACGAACATGGTGGAAGCTCTTTGTAGGCACTCCAAGTTTAAAGAA 1320
|||||||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1258 AATGTTGTGGTGTATACTAGCATGGTGGAAGCTCTTTGTAGGCACTCCCAGTTTAAAGAA 1317
Query 1321 GCTGAATCTCTTATAGAGATTATGTCCAAAGAAAACTGTGCTCCTTCTGTGCCAACGTTT 1380
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GCTGAATCTCTTATAGAAATTATGTCCAAAGAAAACTGTGCTCCTTCTGTGCCAACGTTT 1377
Query 1381 AACGCATTTATCAAAGGTTTATGCGATGCAGGGAGGCTTGACTGGGCTGAGAAAGTGTTC 1440
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 AACGCATTTATCAAAGGTTTATGCAATGCAGGGAGGCTTGACTGGGCTGAGAAAGTGTTC 1437
Query 1441 AGACAAATGGAGCAGCAACACAGATGCCCTCCCAACATTGTAACATACAACGAGTTACTG 1500
|||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AGACAAATGGAGCAGCAATACAGGTGTCCTCCCAACATTGTAACATACAACGAGTTACTG 1497
Query 1501 GATGGGCTCGCAAAGGCAAACCGAATAGAAGAAGCTTATGGTCTAACCCGAGAGATCTTC 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GATGGGCTCGCAAAGGCAAACCGAATAGAAGAAGCTTATGGTCTAACCCGAGAGATCTTC 1557
Query 1561 ATGAGAGGTGTGGAGTGGAGCTCATCGACTTACAACACGCTTTTACATGGATCATGCAAT 1620
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ATGAGAGGTGTGGAGTGGAGCACATCAACTTACAACACGCTTTTACATGGATCATGCAAT 1617
Query 1621 GCAGGTCTCCCGGGGATAGCTCTGCAGCTAGTAGGAAAAATGATGGTCGATGGTAAATCT 1680
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GCAGGTCTCCAGGGGATAGCTCTGCAGCTAGTAGGAAAAATGATGGTCGATGGTAAATCT 1677
Query 1681 CCGGATGAGATAACTATGAATATGATAATATTAGCATATTGCAAACAAGGCAAAGCTGAG 1740
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1678 CCGGATGAGATAACAATGAATATGATAATATTAGCATATTGCAAACAAGGAAAAGCTGAG 1737
Query 1741 AGGGCAGCCCAGATGTTGGATCTAGTTTCATGTGGAAGAAGAAAGTGGCGGCCTGATGTA 1800
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 AGGGCAGTCCAGATGTTGGATCTAGTTTCATGTGGAAGAAGAAAGTGGCGGCCTGATGTT 1797
Query 1801 ATCTCTTACACAAACGTGATTTGGGGTCTATGCAGATCTAATTGTAGGGAGGATGGAGTG 1860
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ATCTCTTACACAAACGTGATTTGGGGTCTATGTAGATCTAATTGTAGGGAGGATGGAGTG 1857
Query 1861 ATTCTTCTTGAGAGGATGATAAGTGCAGGGATCGTCCCAA 1900
|||||| ||||||| |||||||||| | ||||| ||||||
Sbjct 1858 ATTCTTTTTGAGAGAATGATAAGTGAAAGGATCATCCCAA 1897
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 94768529560
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5