BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT3G48820.1 Length=1759 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg937649 jgi|Araly1|937649|scaffold_501840.1 2191 0.0 > Ahg937649 jgi|Araly1|937649|scaffold_501840.1 Length=1364 Score = 2191 bits (1186), Expect = 0.0 Identities = 1299/1355 (96%), Gaps = 1/1355 (0%) Strand=Plus/Plus Query 44 TTC-TACTGGGGAATCGATGAAGCTCTTGCATCTGATATTCTTATTAGCTTTGACTACTG 102 ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||| Sbjct 4 TTCTTACTGGGGAATCGATGAAGCTCTTGCATTTGATATTCTTATTAGCTCTAACAACTG 63 Query 103 GAATCTCTGCTGTTCTAATCTACATTATCGGCGTCTCTAATCTCTACGAGTCTAATCGTT 162 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 64 GAATCTCTGCTGTTCTAATCTACATTATCGGCGTCTCTAATCTATACGAGTCTAATCGGC 123 Query 163 TTACCAATGAAGATTTAGAGGCGTTGCAGTCTTTGCAGAACGGATTCCAGAAGTGCGTAA 222 ||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 124 TTAGCAATGAAGATTTAGAGGCGTTGCATTCCTTGCAGAGCGGATTCCAGAAGTGCGTAA 183 Query 223 GTGCAAATGGTTTGGGACTACAAGCTGCTATGGGTAGAGATTATTGCAAAGTTTCTATAA 282 ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 184 GTGCAAATGGTTTAGGACTACAAGGTGCTATGGGTAGTGATTATTGCAAAGTTTCAATAA 243 Query 283 ACTTCCCTAAGGATACTGTCCCCAAATGGAAAGATCCCAAGTCTGGAGAGCTTGAAGGAT 342 ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 244 ACTTCCCCAAGGATACTCTCCCCAAATGGAAAGATCCCAAGTCTGGAGAGCTTGAAGGAC 303 Query 343 TGTCATATGAGTTTGACCTGTGTGAAGCAGTAGCTACATGGGAACAAGTCAGGAATAGCT 402 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 304 TGTCATATGAGTTTGACCTGTGTGAAGCAGTAGCTACATGGGAACAAGTTAGGAATAGCT 363 Query 403 CTACAATACTCACCAAGGAATACATTGATGCCTTACCAAATGGATGGGAGGATTATGCAT 462 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 364 CTACCATACTCACCAAGGAATACATTGATGCCTTACCAAATGGATGGGAGGATTATGCTT 423 Query 463 GGCGCAGAATCAATAAAGGAATTCAACTTAATCGTTGCCAGAATAAATCTTTATGCATTG 522 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 424 GGCGCAGAATCAATAAAGGAATTCAACTTAATCGTTGCCAGAATAAATCTTTATGCATCG 483 Query 523 AGAAGCTTTCATTGGTGCTTCCTGAAACACCACCATATTTCCCCCGGCAGTTTGGGCGAT 582 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 484 AGAAGCTTTCATTGGTGCTTCCTGAAACACCACCATATTTTCCCCGGCAGTTTGGGCGAT 543 Query 583 GTGCTGTTATTGGTAACTCTGGTGATCTCTTAAAAACAAAGTTCGGAAAGGAGATAGATA 642 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 544 GTGCTGTTATTGGTAACTCTGGTGATCTCTTAAAAACAAAGTTCGGAAAGGAGATAGATA 603 Query 643 CTTATGATACGGTTCTAAGAGAAAATGGTGCTCCTATTCAGAACTACAAGGAATATGTGG 702 | || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 604 CCTACGATGCAGTTCTAAGAGAAAATGGTGCTCCGATTCAGAACTACAAGGAATATGTGG 663 Query 703 GAGAGAAAAGTACATTCCGTCTTCTTAATAGAGGGTCAGCAAAAGCCCTTGACAAAGTCG 762 |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 664 GAGAAAAAAGTACATTCCGACTTCTTAATCGAGGGTCAGCAAAAGCCCTTGACAAAGTCG 723 Query 763 TGGAGTTGGATGaaaaaaaGCAAGAGGTCCTGCTCGTCAAAACAACAATACATGATATTA 822 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 724 TGGAGTTAGATGAAAAAAAGCAAGAGGTCCTGCTAGTCAAAACAACAATTCATGATATTA 783 Query 823 TGAACAAGATGATTCGGGAAGTCCCAATAAAAAATCCTGTGTACTTAATGCTCGGTGCTT 882 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 784 TGAACAAGATGATTCGGGAAGTCCCAATAAAAAACCCTGTGTACTTAATGCTTGGTGCTT 843 Query 883 CATTTGGCTCAGCAGCCAAAGGAACTGGGCTCAAGGCTCTTGAGTTTGCTCTCTCGACGT 942 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 844 CATTTGGGTCAGCAGCCAAAGGAACTGGGCTCAAGGCTCTTGAGTTTGCTCTTTCGACGT 903 Query 943 GTGATTCAGTGGATATGTATGGATTCACAGTGGATCCAGGCTATAAAGAGTGGACAAGAT 1002 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 904 GTGATTCAGTGGATATGTATGGTTTCACTGTGGACCCAGGTTATAAAGAGTGGACAAGAT 963 Query 1003 ATTTTTCAGAATCCCGACAAGGACATACTCCTTTGCATGGAAGAGCTTACTACCAGATGA 1062 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 964 ACTTTTCAGAATCCCGACAAGGACATACTCCTTTGCATGGTAGAGCTTACTACCAGATGA 1023 Query 1063 TGGAATGCTTGGGTCTCATTAAAATACACTCTCCCATGAGAGCTGATCCAAACCGTGTCG 1122 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1024 TGGAATGCTTGGGTCTCATTAAAATACACTCTCCCATGAGAGCTGATCCAAACCGAGTCG 1083 Query 1123 TGAAATGGGTGCCAAGCCGCAGTACAATTAGATCTGCAAGAATTGCAGCAGAAAAGCTCT 1182 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1084 TGAAATGGGTGCCAAGCCGCAGTACTATTAGATCTGCAAGAATTGCAGCAGAGAAGCTCT 1143 Query 1183 TAAGGAGAGTTGGAGCAGGATCTGCAGATCCATTAGCTTCATGCTCCATAGTAAAGAAGA 1242 ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| Sbjct 1144 TAAGGAGAGTTGGAGCAGGATCTTCAGACCCATTAGCTTCATGCTCAAGAGTAAAGAAGA 1203 Query 1243 GAAACAAAAACAAGCGTCCAATGGTCTCACACCTCAGAAAACCTGTGAGCGACCATCAAA 1302 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1204 GAAACAAAAACAAGCGTCCAATGGTCTCACACCTGAGAAAACCTGTGAGCGACCATCAAA 1263 Query 1303 AATTTGTGAGAAGCACGAGCATGTACCCAGTGGAGCACAGTCCAGGACATGGTCAGCTTT 1362 | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1264 ATTTTGTGAGAAGCACGAGCATGTACCCGGTGGAGCACAGTCCAGGACATGGTCAGCTTT 1323 Query 1363 GCATTACACCAGCTGACTAAGAAACTGCATATCTA 1397 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1324 GCATTACACCAGCTGACTAAGAAACTGCACATCTA 1358 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 66010394585 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5