BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G48820.1
Length=1759
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg937649 jgi|Araly1|937649|scaffold_501840.1 2191 0.0
> Ahg937649 jgi|Araly1|937649|scaffold_501840.1
Length=1364
Score = 2191 bits (1186), Expect = 0.0
Identities = 1299/1355 (96%), Gaps = 1/1355 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 TTC-TACTGGGGAATCGATGAAGCTCTTGCATCTGATATTCTTATTAGCTTTGACTACTG 102
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 4 TTCTTACTGGGGAATCGATGAAGCTCTTGCATTTGATATTCTTATTAGCTCTAACAACTG 63
Query 103 GAATCTCTGCTGTTCTAATCTACATTATCGGCGTCTCTAATCTCTACGAGTCTAATCGTT 162
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 64 GAATCTCTGCTGTTCTAATCTACATTATCGGCGTCTCTAATCTATACGAGTCTAATCGGC 123
Query 163 TTACCAATGAAGATTTAGAGGCGTTGCAGTCTTTGCAGAACGGATTCCAGAAGTGCGTAA 222
||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 124 TTAGCAATGAAGATTTAGAGGCGTTGCATTCCTTGCAGAGCGGATTCCAGAAGTGCGTAA 183
Query 223 GTGCAAATGGTTTGGGACTACAAGCTGCTATGGGTAGAGATTATTGCAAAGTTTCTATAA 282
||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 184 GTGCAAATGGTTTAGGACTACAAGGTGCTATGGGTAGTGATTATTGCAAAGTTTCAATAA 243
Query 283 ACTTCCCTAAGGATACTGTCCCCAAATGGAAAGATCCCAAGTCTGGAGAGCTTGAAGGAT 342
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 ACTTCCCCAAGGATACTCTCCCCAAATGGAAAGATCCCAAGTCTGGAGAGCTTGAAGGAC 303
Query 343 TGTCATATGAGTTTGACCTGTGTGAAGCAGTAGCTACATGGGAACAAGTCAGGAATAGCT 402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 304 TGTCATATGAGTTTGACCTGTGTGAAGCAGTAGCTACATGGGAACAAGTTAGGAATAGCT 363
Query 403 CTACAATACTCACCAAGGAATACATTGATGCCTTACCAAATGGATGGGAGGATTATGCAT 462
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 364 CTACCATACTCACCAAGGAATACATTGATGCCTTACCAAATGGATGGGAGGATTATGCTT 423
Query 463 GGCGCAGAATCAATAAAGGAATTCAACTTAATCGTTGCCAGAATAAATCTTTATGCATTG 522
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 424 GGCGCAGAATCAATAAAGGAATTCAACTTAATCGTTGCCAGAATAAATCTTTATGCATCG 483
Query 523 AGAAGCTTTCATTGGTGCTTCCTGAAACACCACCATATTTCCCCCGGCAGTTTGGGCGAT 582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 484 AGAAGCTTTCATTGGTGCTTCCTGAAACACCACCATATTTTCCCCGGCAGTTTGGGCGAT 543
Query 583 GTGCTGTTATTGGTAACTCTGGTGATCTCTTAAAAACAAAGTTCGGAAAGGAGATAGATA 642
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 GTGCTGTTATTGGTAACTCTGGTGATCTCTTAAAAACAAAGTTCGGAAAGGAGATAGATA 603
Query 643 CTTATGATACGGTTCTAAGAGAAAATGGTGCTCCTATTCAGAACTACAAGGAATATGTGG 702
| || ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 CCTACGATGCAGTTCTAAGAGAAAATGGTGCTCCGATTCAGAACTACAAGGAATATGTGG 663
Query 703 GAGAGAAAAGTACATTCCGTCTTCTTAATAGAGGGTCAGCAAAAGCCCTTGACAAAGTCG 762
|||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 664 GAGAAAAAAGTACATTCCGACTTCTTAATCGAGGGTCAGCAAAAGCCCTTGACAAAGTCG 723
Query 763 TGGAGTTGGATGaaaaaaaGCAAGAGGTCCTGCTCGTCAAAACAACAATACATGATATTA 822
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 724 TGGAGTTAGATGAAAAAAAGCAAGAGGTCCTGCTAGTCAAAACAACAATTCATGATATTA 783
Query 823 TGAACAAGATGATTCGGGAAGTCCCAATAAAAAATCCTGTGTACTTAATGCTCGGTGCTT 882
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 784 TGAACAAGATGATTCGGGAAGTCCCAATAAAAAACCCTGTGTACTTAATGCTTGGTGCTT 843
Query 883 CATTTGGCTCAGCAGCCAAAGGAACTGGGCTCAAGGCTCTTGAGTTTGCTCTCTCGACGT 942
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 844 CATTTGGGTCAGCAGCCAAAGGAACTGGGCTCAAGGCTCTTGAGTTTGCTCTTTCGACGT 903
Query 943 GTGATTCAGTGGATATGTATGGATTCACAGTGGATCCAGGCTATAAAGAGTGGACAAGAT 1002
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 904 GTGATTCAGTGGATATGTATGGTTTCACTGTGGACCCAGGTTATAAAGAGTGGACAAGAT 963
Query 1003 ATTTTTCAGAATCCCGACAAGGACATACTCCTTTGCATGGAAGAGCTTACTACCAGATGA 1062
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 964 ACTTTTCAGAATCCCGACAAGGACATACTCCTTTGCATGGTAGAGCTTACTACCAGATGA 1023
Query 1063 TGGAATGCTTGGGTCTCATTAAAATACACTCTCCCATGAGAGCTGATCCAAACCGTGTCG 1122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1024 TGGAATGCTTGGGTCTCATTAAAATACACTCTCCCATGAGAGCTGATCCAAACCGAGTCG 1083
Query 1123 TGAAATGGGTGCCAAGCCGCAGTACAATTAGATCTGCAAGAATTGCAGCAGAAAAGCTCT 1182
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1084 TGAAATGGGTGCCAAGCCGCAGTACTATTAGATCTGCAAGAATTGCAGCAGAGAAGCTCT 1143
Query 1183 TAAGGAGAGTTGGAGCAGGATCTGCAGATCCATTAGCTTCATGCTCCATAGTAAAGAAGA 1242
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1144 TAAGGAGAGTTGGAGCAGGATCTTCAGACCCATTAGCTTCATGCTCAAGAGTAAAGAAGA 1203
Query 1243 GAAACAAAAACAAGCGTCCAATGGTCTCACACCTCAGAAAACCTGTGAGCGACCATCAAA 1302
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 GAAACAAAAACAAGCGTCCAATGGTCTCACACCTGAGAAAACCTGTGAGCGACCATCAAA 1263
Query 1303 AATTTGTGAGAAGCACGAGCATGTACCCAGTGGAGCACAGTCCAGGACATGGTCAGCTTT 1362
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 ATTTTGTGAGAAGCACGAGCATGTACCCGGTGGAGCACAGTCCAGGACATGGTCAGCTTT 1323
Query 1363 GCATTACACCAGCTGACTAAGAAACTGCATATCTA 1397
||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1324 GCATTACACCAGCTGACTAAGAAACTGCACATCTA 1358
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 66010394585
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5