BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT3G49142.1
Length=2061
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg485272 jgi|Araly1|485272|fgenesh2_kg.5__1264__AT3G49140.1 3151 0.0
Ahg897766 jgi|Araly1|897766|Al_scaffold_0005_1732 1881 0.0
> Ahg485272 jgi|Araly1|485272|fgenesh2_kg.5__1264__AT3G49140.1
Length=3784
Score = 3151 bits (1706), Expect = 0.0
Identities = 1937/2050 (94%), Gaps = 9/2050 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAACGCATCAATGTCGATCTCCATCTTCTCCATTTTCCGAAATTCAGAAAATTTCAA 60
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1 ATGAAACGCATCAATGTCGATCTCCGTCTTCTCCATTTTCCGGAATTCAGACAATTTCAA 60
Query 61 TCACGAAAAGTATCTTCGTCCCTACCCAAATTGGAACTCGATC--AGAAA-TCACCACAG 117
| ||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||| |||| | ||| |||||| ||
Sbjct 61 ACTCGAAAAGTAACTTCTTCCGTACCCAACCTGGAACTTGATCAAAAAAATTCACCAAAG 120
Query 118 GAGACAGTTTTCTTACTTGGTCAGGTACTTGACACTTACCCAGATATCAGAACACTTAGA 177
||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||
Sbjct 121 GAGACAGCTTTCATGCTTGGTCAGGTACTTGACACTTACCCAGATCTCAAAACGCTTAGA 180
Query 178 ACAGTCCACTCAAGAATCATTTTGGAAGATCTACGTTGTAATTCTTCTTTGGGTGTTAAA 237
||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| | || ||||||
Sbjct 181 ACAGTCCACTCCAGAATCATTTCAGAAGATCTACGCTACAATTCTTCTCTAGGCGTTAAA 240
Query 238 CTTATGAGAGCTTATGCTTCTCTAAAAGATGTAGCGTCAGCACGCAAGGTGTTCGACGAA 297
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTATGAGAGCTTATGCTTCTCTAAAAGATGTGGCAACAGCACGCAAGGTGTTCGACGAA 300
Query 298 ATTCCTGAGAGAAACGTAATTATCATTAATGTTATGATTAGAAGCTATGTGAATAATGGG 357
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 ATTCCTGAGAGAAACGTAATTATCATTAATGTTATGATCAGAAGCTATGTTAATAATGGG 360
Query 358 TTTTACGGTGAAGGTGTTAAAGTGTTTGGGACGATGTGTGGTTGTAATGTTAGACCTGAT 417
|||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||
Sbjct 361 TTTTACCGTGAAGGTATTCAAGTGTTTGGGACGATGTGTAGTTGTCATGTTAAACCTGAT 420
Query 418 CATTATACTTTCCCGTGTGTTCTAAAGGCGTGTTCTTGCTCTGGGACTATTGTCATTGGG 477
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 421 CATTACACTTTCCCGTGTGTTCTAAAGGCATGTTCTTGCTCTGGGAATATTGTCATTGGG 480
Query 478 AGGAAAATTCATGGGTCTGCTACAAAAGTTGGGCTCTCTTCGACTTTGTTTGTTGGGAAT 537
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AAGAAAATTCATGGGTCTGCTACAAAAGTTGGGCTCTCTTCGACTTTGTTTGTTGGGAAT 540
Query 538 GGTTTAGTTTCTATGTATGGAAAGTGTGGATTTTTATCTGAAGCAAGGCTTGTACTTGAC 597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGTTTAGTTTCTATGTATGGAAAGTGTGGATTTTTATCTGAAGCAAGGCTTGTACTTGAT 600
Query 598 GAGATGTCTAGGAGAGATGTGGTGTCTTGGAACTCGTTGGTTGTTGGGTATGCGCAAAAT 657
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 601 GAGATGTCTAGGAGAGATGTGGTCTCTTGGAACTCGTTAGTTGCTGGGTATGCGCAAAAT 660
Query 658 CAGAGATTTGATGATGCTTTGGAGGTTTGTAGGGAAATGGAGTCTGTGAAGATAAGCCAT 717
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 661 CAGAGATTTGATGATGCTTTGGAAGTTTGTAGGGAAATGGAATCTGTGAAGATAAGCCAC 720
Query 718 GATGCTGGTACGATGGCTAGTCTGTTACCAGCAGTGAGTAACACTACAACTGAAAACGTT 777
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GATGCTGGCACCATGGCTAGTCTGTTACCAGCAGTGAGTAACACTACAACTGAAAACGTT 780
Query 778 ATGTATGTTAAAGATATGTTTTTTAAAATGGGGAAAAAGAGTTTGGTTTCATGGAATGTG 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGTATGTTAAAGATATGTTTTTTAAAATGGGGAAAAAGAGTTTGGTTTCATGGAATGTG 840
Query 838 ATGATCGGTGTGTATATGAAAAATGCGATGCCTGTTGAAGCTGTGGAATTGTATTCCCGA 897
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||
Sbjct 841 ATGATCGGTGTGTATATGAAAAACGCGATGCCTGTTGAAGCCGTGGAGTTGTATTCCGGA 900
Query 898 ATGGAGGCTGATGGGTTTGAACCTGATGCAGTCTCAATCACAAGTGTATTACCTGCTTGT 957
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 901 ATGGAGGCTGATGGGTTCGAACCTGATGCAGTCTCGATCACAAGTGTGTTACCTGCTTGT 960
Query 958 GGAGATACCTCTGCTCTGTCTCTTGGTAAGAAAATCCATGGATACATTGAGAGGAAGAAG 1017
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 961 GGAGATACATCTGCTCTGTCTCTTGGTAAGAAAATCCATGGATACATTGAGAGAAAGAAG 1020
Query 1018 CTGATACCAAATCTGTTGTTAGAGAATGCACTGATCGACATGTATGCAAAATGCGGATGT 1077
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1021 CTGATACCGAATCTGTTGTTAGAGAATGCACTGATTGATATGTATGCGAAATGCGGATGT 1080
Query 1078 TTAGAGAAAGCTAGAGATGTGTTTGAGAACATGAAGTCACGTGATGTTGTGTCTTGGACA 1137
||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TTAGACAGAGCGAGAGATGTGTTTGAGAACATGAAGTCACGTGATGTTGTGTCTTGGACA 1140
Query 1138 GCTATGATTTCAGCTTATGGATTCAGCGGACGAGGCTGTGACGCAGTGGCATTGTTTTCG 1197
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GCTATGATTTCAGCTTATGGATTCAGCGGAAGAGGCTGTGACGCAGTGGCATTGTTTTCG 1200
Query 1198 AAATTGCAAGATTCGGGTCTCGTCCCTGATTCAATTGCGTTTGTCACAACGCTTGCTGCT 1257
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1201 AAAATGCAAGATTCGGGTCTCGTCCCTGATTCAATTGCGTTTGTCACAACGCTCGCTGCT 1260
Query 1258 TGTAGCCATGCGGGGTTACTAGAAGAAGGTAGGAGTTGTTTCAAACTCATGACAGATCAT 1317
|||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGTAGCCACGCAGGATTACTAGAAGAAGGTAGGAGTTGTTTCAAACTCATGACAGATCAT 1320
Query 1318 TACAAGATCACTCCTAGGTTAGAGCATTTGGCTTGTATGGTGGATCTTCTTGGCCGAGCC 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TACAAGATCACTCCTAGGTTAGAGCATTTGGCTTGTATGGTGGATCTTCTTGGCCGAGCC 1380
Query 1378 GGGAAAGTGAAAGAAGCTTACAGATTTATACAAGATATGTCAATGGAACCAAACGAGAGA 1437
||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGGAAAGTGAAAGAAGCCTACAAATTCATACAAGAAATGCCAATGGAACCAAACGAGAGA 1440
Query 1438 GTTTGGGGAGCATTATTAGGAGCTTGCAGGGTGCATTCTGATACAGACATCGGTCTACTA 1497
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1441 GTTTGGGGAGCGTTATTAGGAGCTTGCAGAGTGCATTCCAATACAGATATCGGTCTACTA 1500
Query 1498 GCAGCTGATAAACTTTTCCAGTTAGCACCCGAGCAATCGGGTTACTACGTATTGCTTTCT 1557
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCAGCTGATAAACTTTTCCAGTTAGCACCAGAGCAATCGGGTTACTACGTATTGCTTTCT 1560
Query 1558 AACATATACGCAAAGGCTGGAAGATGGGAAGAAGTGACTAACATCAGAAACATAATGAAG 1617
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AACATTTACGCAAAGGCTGGAAGATGGGAAGAAGTGACTAACATCAGAAACATAATGAAG 1620
Query 1618 AGCAAAGGGTTAAAGAAGAATCCCGGAGCAAGCAATGTTGAGGTCAACAGAATAATTCAT 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1621 AGCAAAGGGTTAAAGAAGAATCCCGGAGCAAGCAATGTTGAGGTGAACAGAATAATTCAT 1680
Query 1678 ACATTCTTAGTAGGCGACAGGTCACACCCGCAATCCGATGAGATATACAGAGAGCTGGAT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1681 ACATTCTTAGTAGGCGACAGGTCACACCCGCAATCCGCTGAGATCTACAGAGAGCTGGAT 1740
Query 1738 GTTCTAGTAAAGAAAATGAAAGAGTTAGGTTATGTTCCTGATTCAGAGTCAGCGCTTCAC 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1741 GTTCTAGTAAAGAAAATGAAAGAGTTAGGTTATGTTCCTGATTCAGAATCAGCACTTCAC 1800
Query 1798 GATGTGGAAGAGGAAGATAAAGAGACGCATTTAGCTGTTCACAGTGAGAAATTAGCCATT 1857
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GATGTAGAAGAAGAAGATAAAGAGACGCATTTAGCTGTTCACAGTGAGAAATTAGCCATA 1860
Query 1858 GTGTTTGCTCTGATGAACACTAAGGAGGAAGAAGAAGACAGTAATAATACCATAAGAATA 1917
|||||||| ||||||||||| | | | | |||||||| ||||||||| | |||||||||
Sbjct 1861 GTGTTTGCCCTGATGAACAC-A-G-A--A-GAAGAAGATAGTAATAATGCGATAAGAATA 1914
Query 1918 ACGAAGAATCTTAGGATATGTGGAGACTGTCATGTTGCAGCTAAGCTTATCTCACAGATA 1977
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 ACGAAGAATCTTAGGATATGTGGAGATTGTCATGTTGCAGCTAAGCTTATCTCACAGATA 1974
Query 1978 ACTTCTCGAGAGATAATCATCAGAGACACTAATAGATTTCATGTGTTCCGGTTCGGTGTT 2037
|||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1975 ACTTCTCGAGAGATCATTATCAGGGACACTAATAGATTTCATGTGTTTCGGTTTGGTGTT 2034
Query 2038 TGCTCTTGTG 2047
||||||||||
Sbjct 2035 TGCTCTTGTG 2044
> Ahg897766 jgi|Araly1|897766|Al_scaffold_0005_1732
Length=2361
Score = 1881 bits (1018), Expect = 0.0
Identities = 1115/1163 (96%), Gaps = 1/1163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 286 GTGTTCGACGAAATTCCTGAGAGAAACGTAATTATCATTAATGTTATGATTAGAAGCTAT 345
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 GTGTTCGACGAAATTCCTGAGAGAAACGTAATTATCATTAATGTTATGATCAGAAGCTAT 60
Query 346 GTGAATAATGGGTTTTACGGTGAAGGTGTTAAAGTGTTTGGGACGATGTGTGGTTGTAAT 405
|| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||| ||
Sbjct 61 GTTAATAATGGGTTTTACCGTGAAGGTATTCAAGTGTTTGTGACGATGTGTAGTTGTCAT 120
Query 406 GTTAGACCTGATCATTATACTTTCCCGTGTGTTCTAAAGGCGTGTTCTTGCTCTGGGACT 465
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 121 GTTAAACCTGATCATTACACTTTCCCGTGTGTTCTAAAGGCATGTTCTTGCTCTGGGAAT 180
Query 466 ATTGTCATTGGGAGGAAAATTCATGGGTCTGCTACAAAAGTTGGGCTCTCTTCGACTTTG 525
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTGTCATTGGGAAGAAAATTCATGGGTCTGCTACAAAAGTTGGGCTCTCTTCGACTTTG 240
Query 526 TTTGTTGGGAATGGTTTAGTTTCTATGTATGGAAAGTGTGGATTTTTATCTGAAGCAAGG 585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTGTTGGGAATGGTTTAGTTTCTATGTATGGAAAGTGTGGATTTTTATCTGAAGCAAGG 300
Query 586 CTTGTACTTGACGAGATGTCTAGGAGAGATGTGGTGTCTTGGAACTCGTTGGTTGTTGGG 645
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 301 CTTGTACTTGATGAGATGTCTAGGAGAGATGTGGTCTCTTGGAACTCGTTAGTTGCTGGG 360
Query 646 TATGCGCAAAATCAGAGATTTGATGATGCTTTGGAGGTTTGTAGGGAAATGGAGTCTGTG 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 TATGCGCAAAATCAGAGATTTGATGATGCTTTGGAAGTTTGTAGGGAAATGGAATCTGTG 420
Query 706 AAGATAAGCCATGATGCTGGTACGATGGCTAGTCTGTTACCAGCAGTGAGTAACACTACA 765
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAGATAAGCCACGATGCTGGCACCATGGCTAGTCTGTTACCAGCAGTGAGTAACACTACA 480
Query 766 ACTGAAAACGTTATGTATGTTAAAGATATGTTTTTTAAAATGGGGAAAAAGAGTTTGGTT 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ACTGAAAACGTTATGTATGTTAAAGATATGTTTTTTAAAATGGGGAAAAAGAGTTTGGTT 540
Query 826 TCATGGAATGTGATGATCGGTGTGTATATGAAAAATGCGATGCCTGTTGAAGCTGTGGAA 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 TCATGGAATGTGATGATCGGTGTGTATATGAAAAACGCGATGCCTGTTGAAGCCGTGGAG 600
Query 886 TTGTATTCCCGAATGGAGGCTGATGGGTTTGAACCTGATGCAGTCTCAATCACAAGTGTA 945
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 TTGTATTCCGGAATGGAGGCTGATGGGTTCGAACCTGATGCAGTCTCGATCACAAGTGTG 660
Query 946 TTACCTGCTTGTGGAGATACCTCTGCTCTGTCTCTTGGTAAGAAAATCCATGGATACATT 1005
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTACCTGCTTGTGGAGATACATCTGCTCTGTCTCTTGGTAAGAAAATCCATGGATACATT 720
Query 1006 GAGAGGAAGAAGCTGATACCAAATCTGTTGTTAGAGAATGCACTGATCGACATGTATGCA 1065
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 721 GAGAGAAAGAAGCTGATACCGAATCTGTTGTTAGAGAATGCACTGATTGATATGTATGCG 780
Query 1066 AAATGCGGATGTTTAGAGAAAGCTAGAGATGTGTTTGAGAACATGAAGTCACGTGATGTT 1125
||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAATGCGGATGTTTAGACAGAGCGAGAGATGTGTTTGAGAACATGAAGTCACGTGATGTT 840
Query 1126 GTGTCTTGGACAGCTATGATTTCAGCTTATGGATTCAGCGGACGAGGCTGTGACGCAGTG 1185
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 841 GTGTCTTGGACAGCTATGATTTCAGCTTATGGATTCAGCGGAAGAGGCTGTGACGCAGTG 900
Query 1186 GCATTGTTTTCGAAATTGCAAGATTCGGGTCTCGTCCCTGATTCAATTGCGTTTGTCACA 1245
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GCATTGTTTTCGAAAATGCAAGATTCGGGTCTCGTCCCTGATTCAATTGCGTTTGTCACA 960
Query 1246 ACGCTTGCTGCTTGTAGCCATGCGGGGTTACTAGAAGAAGGTAGGAGTTGTTTCAAACTC 1305
||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ACGCTCGCTGCTTGTAGCCACGCAGGATTACTAGAAGAAGGTAGGAGTTGTTTCAAACTC 1020
Query 1306 ATGACAGATCATTACAAGATCACTCCTAGGTTAGAGCATTTGGCTTGTATGGTGGATCTT 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATGACAGATCATTACAAGATCACTCCTAGGTTAGAGCATTTGGCTTGTATGGTGGATCTT 1080
Query 1366 CTTGGCCGAGCCGGGAAAGTGAAAGAAGCTTACAGATTTATACAAGATATGTCAATGGAA 1425
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1081 CTTGGCCGAGCCGGGAAAATGAAAGAAGCTTACAAATTCATACAAGA-ATGTCAATGGAA 1139
Query 1426 CCAAACGAGAGAGTTTGGGGAGC 1448
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CCAAACGAGAGAGTTTGGGGAGC 1162
Score = 385 bits (208), Expect = 8e-106
Identities = 223/230 (97%), Gaps = 2/230 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1530 GCAATCGGGTTACTACGTATTGCTTTCTAACATATACGCAAAGGCTGGAAGATGGGAAGA 1589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 GCAATCGGGTTACTACGTATTGCTTTCTAACATATACGCAAAGGCTGGAAGATGGGAAGA 1250
Query 1590 AGTGACTAACATCAGAAACATAATGAAGAGCAAAGGGTTAAAGAAGAATCCCGGAGCAAG 1649
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 AGAGACTAACATCAGAAACATAATGAAGAGCAAAGGGTTGAAGAAGAATCCCGGAGCAAG 1310
Query 1650 CAATGTTGAGGTCAACAGA-ATAATTCATACATTCTTAGTAGGCGACAGGTCACACCCGC 1708
|||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 CAATGTTGAGGTGAACAGAGA-AATTCATACATTCTTAGTAGGCGACAGGTCACACCCGC 1369
Query 1709 AATCCGATGAGATATACAGAGAGCTGGATGTTCTAGTAAAGAAAATGAAA 1758
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 AATCCAATGAGATTTACAGAGAGCTGGATGTTCTAGTAAAGAAAATGAAA 1419
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77513648575
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5